Biz içtenlikle Shigeo Kita onun değerli öneriler ve tartışma için teşekkür ederiz. Biz Ayrıca John ve Sumire Eckstein el yazması onların eleştirel okuma için teşekkür ederiz.

Not: Bu çalışmada kullanılan numuneler mikroorganizmaların hızla sıvı azot içinde propanla donmuş, Don % 2 Osmiyum tetroxide içeren aseton içinde değiştirilen ve epoksi reçine1,2,3gömülü olduğunu, 4,5,6,7,8,9,10,11,12,13 ,14,15,16,17,18.
1. destek film (Resim 1-3) hazırlanması
Not: Gümüş renkli Formvar destek film19cam üzerinde döküm yöntemi kullanılarak hazırlanır.
<ol><li>%1,5 100 mL ekleyin Formvar etilen ve için bir Formvar yapma aparatı (şekil 1). Yarım saniyeden Formvar çözüm cihazları üst sütununda bir cam slayt (76 x 26 x 1,3 mm) 'a' bir kauçuk top19kullanarak üzerinden hava ile çözüm basarak daldırma.<ol>
<li>Üçlü stopcock açarak ve basıncı azaltmak için 'b' havada serbest sütun çözümden drenaj. Gelen ve kuru havada cam kaymak dışarı cam slayt için bir film yüzeyinde biçiminde. Bir akkor lamba Formvar film kurutma hızlandırmak için kullanın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Bir tıraş bıçağı (şekil 2a) ile cam slaytta filmin dört kenarları kapalı kazıma ve film ayrılması slayt20, kolaylaştırmak için slayda nefes su filmde kapalı cam kaymak içine çeker tarafından float sonra yavaş yavaş bir düşük yatay açı (yaklaşık 10 °, şekil 2b) su.</li>
	<li>(Çapı 4 mm) delikli alüminyum raf (30 x 25 x 3 mm) kullanarak su Formvar filmden kaldırsanız (şekil 3a). Formvar film ile raf bir desiccator kadar kullanmak (şekil 3b) tutmak.</li>
</ol>2. numune blok bir ultrasonik kesme bıçağı ve bir stereomicroscope (şekil 4) altında bir jilet 21 ile düzeltme
<ol><li>Hücre bloğu yüzeyinde bir ışık mikroskobu ile (şekil 4a) blok ucu gözlemleyerek emin olun.</li>
	<li>Chuck (blok sahibi) numune bloğunda mount ve chuck bir düzeltme sahne21 tarihinde (şekil 4b) bağlayabilirsiniz. Bu düzeltme aşamasında numune arkasından bir aydınlatma mekanizması vardır.</li>
	<li>Bir boyut için blok 0.7 mm x 1.0 mm (rakamlar 4 c, 5 d) kırpın. Epoksi reçine çok zor olduğundan, ilk bir ultrasonik kesme bıçağı kullanarak blok döşeme. Ultrasonik kesme bıçağı Yeni tanıtılan bir makinedir ve bloklar kolayca atılır. O zaman daha fazla bir tıraş bıçağı ile blok döşeme. (Bkz: şekil 5 d, şekil 8) kesme doğrultusunda işaretlemek için bir omuz kesti.</li>
</ol>3. microtome (şekil 5) kullanarak elmas bıçak ile numune caddenin kırparak
<ol><li>Numune caddenin chuck ultramicrotome numune sahibinin ayarlayın. Örnek yer 90° saat yönünün tersine seri ultrathin kesit olduğunda gerçek pozisyon karşı gerçekleştirilen (bkz şekil 5 d).</li>
	<li>Blok yüzeyini bir elmas kesme bıçak (bkz şekil 5 d) ile kesmek. Elmas bıçak kenarı örnek blok yüzüne paralel ayarla ve numune yüzeyi herhangi bir numune (şekil 5 d) kaybetmek en az miktarda kesti. Not: Bu adım numune yüzeyi düzeltmek için yapılır. Numune yüzeyi ince bölümünün parçası değişmeden kalır (Bu nedenle bu bölümü şekil 5 dbir ayna gibi parlıyor değil), bu yüzden örnek herhangi bir bölümünü seri kesit kaybetmemek için. Numune caddenin yüzeyinde maruz olmasıdır.</li>
	<li>Bir ayna (Mesa kesim, M) (şekil 5 c) numune blok kesme izlemek için bıçak sahnesinde yerini.</li>
	<li>(Bu Yakası, şekil 5 d, seri kesit içinde örnek olur) bıçak sahne soldaki (şekil 5a) 30 ° döndürerek kesme bıçağı kullanarak blok sol kenarına kesti.</li>
	<li>Bıçak Sahne Alanı'nda 30 ° (şekil 5b) sağa döndürerek (Bu seri kesit, şekil 5 diçinde örnek alt tarafında olur) numune sol kenarına gelen yaklaşık 100 µm blok surata kesti. Not: Numune yaklaşık 90 ince kısmından seri bölümleri kesilir x 1 mm boyutunda nm. Büyük ölçüde paralel olduklarını öyle ki numune yüzeyi ve bıçak kenarı ayarlamak için kullanılır. Bıçak kenarına paralel olmak numune yüzeyi ayarladıktan sonra büyük ölçüde bir tıraş bıçağı ile kaldırılacak. Microtome kullanarak örnek alt ve üst kenarlarında keserek, her iki örnek düz ve kırılmamış şerit bölümler almak gerekli olan düzgün ve tam olarak birbirlerine (şekil 5 d), paralel haline.</li>
</ol>4. paralel olarak birbirine 21 karşılaştıkları böylece numune yüzeyi ve bıçak kenar ayarlama
<ol><li>Kesme bıçağı çıkarmak ve numune blok 90 ° saat yönünde döndür.</li>
	<li>Ultrathin bir parça bıçak bıçak Sahne Alanı'na ayarlayın.</li>
	<li>Her numune yüzeyi büyük bölümünü kullanarak diğer paralel karşılaştıkları numune yüzeyi ve bıçak kenarı ayarlanır. Not: seri kesit, kesme yüz numune yüzeyi ve bıçak kenar bu bölüm yalnızca, özellikle dikey yönde kullanarak ayarlamak üzere çok küçük olduğu için örnek büyük kısmı ayarı için kullanılır. Böylece, örnek büyük bölümünü kullanarak ayarlamayı kolaylaştırır.</li>
</ol>5. yaymak neopren çözüm örnek blok (şekil 6)
<ol><li>Özgün konum olarak tam olarak aynı konumda numune chuck yerleştirmek için chuck ve microtome chuck sahibinin teyp uygulayın ve sınırında (şekil 6a) kesti.</li>
	<li>Numune chuck microtome çıkar ve stereomicroscope (şekil 6b) altında yerleştirin. Bir tıraş bıçağı ile numune büyük kısmını kesti, ince parça seri halinde hangi bölümlerden bırakarak elde edilir.</li>
	<li>Pasteur pipet kullanmadan, yaklaşık 1 µL % 0.5 neopren çözüm (şekil 6b) seri kesit için bölüm tarafı yapışkan yapmak için kullanılmak üzere numune bırak. Neopren çözüm ile tüm örnek kapak. Aşırı neopren çözüm hemen filtre kağıdı numune yerleştirilen bir parçası ile absorbe. Bir şerit bölümlerin almak seri halinde hücre bölümleri fotoğrafını çekmek esastır ve neopren tutkal bölümleri birbirine yapışmasını için çok yararlıdır.</li>
	<li>3-yarık Izgaralar hazırlamak (yırtmaçlı boyutları: Orta, 0.4 mm x 2.2 mm, her iki taraf 0.2 mm x 2.2 mm) (şekil 6 c) 60 ° ila Izgaralar tanıtıcısı bükme tarafından seri bölümleri seçmek için Izgaralar % 0.5 neopren çözüm ile tedavi ve Izgaralar tarafından hidrofilik yapma kızdırma deşarj22.</li>
</ol>6. yapım seri bölümler (Şekil 7-9)
<ol><li>Yer numune caddenin chuck içeri 5.1 (şekil 6a) olarak aynı konumda microtome bantlanmış parçaları hizalayarak. Bu blok yüz ve bıçak kenarı birbirine mükemmel paralel tutar. Sonra örnek yakın bıçak getir.</li>
	<li>Bıçak teknenin su ile doldurun.</li>
	<li>Microtome hava akımı (Şekil 7) önlemek için plastik bir kapak ile kapak. Not: Hava akımı ultrathin kesit ve sık sık bölümleri alımı sırasında sorunlara neden. Plastik kapak üç delik vardır: tek bir delik için dürbün lensler ve kapağı açıkken işlemi izin vermek silah diğer iki delik vardır. Ahşap kol dayama Izgaralar ile seri bölümleri alma gibi hassas iş yaparken silah yerleştirmek için kullanılır. Ahşap kol dayama operatörün el microtome için titreşim iletimi vermemek için microtome tablo (Şekil 7, oklar), farklı tablolarda yerleştirilir.</li>
	<li>200 nm bölüm kalınlığı (şekil 8) Numune kesme başlatın. 200 nm kalınlık ayarı numune yüzeyinin bıçak getirmekte zaman kazandıracak.</li>
	<li>İlk bölüm kestikten sonra bölüm kalınlığı 70 için ayarla nm (şekil 8).</li>
	<li>Seri bölüm sayısı (tam olarak, yaklaşık 1,8 mm; bölüm sayısı değişir bölümlerinin genişliğini bağlı olarak şerit ulaştığı sonra konuşma) 20 ulaştığında, bölüm kalınlığı 10 değerine ayarlayın kesmeye devam ederken nm (şekil 8). Not: microtome 10 nm-kalın kesitler kesemezsin beri yeni bölüm yok görünür ve daha önce kesme bölümleri bıçak kenarından ayrılmış olmak. El ile bir çift saç iplikçiklerinin kullanma bölümlerine ayırmak zorluk önlemek seri bölümleri seçmek için ayrılmış bölüm grupları (Şekil 9) almak önemlidir. Transmisyon elektron mikroskop görüş alanı 2.0 mm olduğu için bölümler en az 1.8 mm uzunluğunda olmalıdır.</li>
	<li>Bölüm kalınlığı 60'a ayarla nm (şekil 8). Makine önceki 10 nm kalınlığı eklediğinden bu 70 nm bölümler (şekil 8) üretecektir.</li>
	<li>Bölüm kalınlığı 70 için ayarla nm (şekil 8) ve kesim 1,8 mm uzun bölümler elde edilen kadar devam edin.</li>
	<li>Beş 1.8 mm uzun bölümler (Şekil 9) elde edilen kadar 6,6-6.8 yineleyin. Biz genellikle beş bölüm grupları mevcuttur beş örnek sahipleri transmisyon elektron mikroskobu bizim laboratuarımızda, ancak beş sınırı değil yapmak.</li>
</ol>7. alarak seri bölümler (şekil 10-12)
<ol><li>'Bölüm-holding loop'23 yerleştirin (döngü iç çapı: 5.0 mm) (şekil 10a) üçüncü bölüm grubu (şekil 10b) üzerinde. Not: Uygun sırada fotoğraf çekmek için onların kesit sırasına göre bölümler almak gereklidir. Bıçak teknede beş bölüm grupları olduğundan, ancak, bu kez hangi grupları olan kafa karıştırıcı alır. Üçüncü grup üzerinde döngü yerleştirerek, iki grup işleci yakın olduğunu ortaya çıkıyor ve operatör üzerinden uzak iki ilk ve ikinci dördüncü ve beşinci gruplarının (şekil 10b) vardır. Bu-ecek önlemek sipariş karıştırma.</li>
	<li>'Su yüzeyi yükselterek loop'23 yerleştirin (WSRL, döngü iç çap: 4.0 mm) (şekil 11a) (şekil 11b) bıçak sahnede. Alt bir mıknatıs ile donatılmış WSRL sıkıca bıçak sahnede stand.<ol>
<li>WSRL döngü sadece seri bölümler onun mili ve kolu hareket ettirerek yerleştirin. Böylece döngü bölümleri çevreleyen su yüzeyine WSRL döngü indirin.</li>
		<li>Böylece su yüzeyi yüzey gerilimi (rakamlar 11 c-d) tarafından arttıracak vidayı aşağı doğru çevirerek döngü bastır. Bölümü döngünün ortasına doğru taşımak, su tepe üzerinde konumlandırın ve bir saç strand21kullanarak bölümü yönünü ayarlayın.</li>
		<li>Bölüm grupları ile bir çıplak yarık-cımbız tarafından düzenlenen ve su yüzeyine (Şekil 11 d) paralel tutulan GRID, dokunarak seçin. İlk olarak, grid dokunmak değil su bölümleri tam olarak ızgara (Şekil 11 d) ortasına yerleştirmek için bölümler için önemlidir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Bölümleri ile birlikte küçük bir damla su ile Izgaralar Formvar destek film16 üzerinde (şekil 12) yerleştirin ve aşırı su filtre kağıdı kullanarak kaldırın. Not: bölümler membran (bölümler) membran (destek film) doğrudan dokunuyor çünkü bir destek film ile kullanılması çekildiği zaman destek film kırışıklıklar genellikle bir sorundur. Destek filmde kırışıklar çıkıyor sorun Formvar destek film16üzerinde küçük bir damla su ile birlikte bir bölümü taşıyan kılavuz yerleştirerek önemli ölçüde azalır.</li>
</ol>8. bölüm16,24 (şekil 13) Boyama
<ol><li>Sonra bölümleri tamamen kurutulur, Formvar filmin Izgaralar çevresinde gözyaşı ve bölümleri taşıyan ızgaraları kaldırmak.</li>
	<li>Doğru sırada (şekil 13) Boyama tüp16 oluk Izgaralar ayarlayın ve uranyl asetat ve kurşun sitrat24bölümlerle leke. Not: Bir oluk 0.6 mm derin 's tüp uzun ekseni boyunca kesilmiş bir tıraş bıçağı ile. Tüp doğrudan ızgaraları kullanımı boyama ve yıkama işlemi16sırasında gerekli olmadığından cımbız, kullanırken destek filmlerin yanlışlıkla kırılma önlemek için yararlıdır.</li>
</ol>9. gözlem seri bölümler (Şekil 14)
<ol><li>Numune tutucu eksenine dikey kılavuz slit uzun ekseninin yönlendirme 5 Izgaralar çok numune tutucu (şekil 14a), doğru sırayla ayarlayın. 'Kılavuz-fixers' tutamaçları dokunmatik değil çünkü Izgaralar kolları (ok uçları) kesilecek, yok.</li>
	<li>Izgaralar 'kılavuz-fixers ile' (şekil 14b) düzeltmek ve numune tutucu transmisyon elektron mikroskobu yerleştirin. Not: Hedef hücre Fotoğraf çekmeden önce tüm hücre bölümleri (iyi fiksasyon ile hayır kirlenme ile iyi durumda ilginç mikroorganizmaların veya hücreleri bulmak için,şekil 15) düşük büyütme görüntüleri almak yararlıdır.</li>
	<li>Yüksek büyütmede tüm hücre bölümlerde hedef hücreleri resimlerini çekmek.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+spindle+pole+body+duplicates+in+early+G1+phase+in+a+pathogenic+yeast+Exophiala+dermatitidis:+an+ultrastructural+study.">The spindle pole body duplicates in early G1 phase in a pathogenic yeast Exophiala dermatitidis: an ultrastructural study.</a> Exp. Cell Res. 279, 71-79 (2002).</li><li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+spindle+pole+body+of+the+pathogenic+yeast+Exophiala+dermatitidis:+variation+in+morphology+and+positional+relationship+to+the+nucleolus+and+the+bud+in+interphase+cells.">The spindle pole body of the pathogenic yeast Exophiala dermatitidis: variation in morphology and positional relationship to the nucleolus and the bud in interphase cells.</a> Eur. J. Cell Biol. 82, 531-538 (2003).</li><li>Yamaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+and+dynamic+ultrastructure+of+yeast+cells+by+electron+microscopy.">Quantitative and dynamic ultrastructure of yeast cells by electron microscopy.</a> Recent Res. Dev. Microbiology. 8, 219-243 (2004).</li><li>Yamaguchi, M., Biswas, S. K., Ohkusu, M., Takeo, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamics+of+the+spindle+pole+body+of+the+pathogenic+yeast+Cryptococcus+neoformans+examined+by+freeze-substitution+electron+microscopy.">Dynamics of the spindle pole body of the pathogenic yeast Cryptococcus neoformans examined by freeze-substitution electron microscopy.</a> FEMS Microbiol. Lett. 296, 257-265 (2009).</li><li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+spindle+pole+body+of+the+pathogenic+yeast+Cryptococcus+neoformans:+variation+in+morphology+and+positional+relationship+with+the+nucleolus+and+the+bud+in+interphase+cells.">The spindle pole body of the pathogenic yeast Cryptococcus neoformans: variation in morphology and positional relationship with the nucleolus and the bud in interphase cells.</a> J. Electron Microsc. 59, 165-172 (2010).</li><li>Yamaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structome+of+Exophiala+yeast+cells+determined+by+freeze-substitution+and+serial+ultrathin+sectioning+electron+microscopy.">Structome of Exophiala yeast cells determined by freeze-substitution and serial ultrathin sectioning electron microscopy.</a> Curr. Trends Microbiol. 2, 1-12 (2006).</li><li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structome+of+Saccharomyces+cerevisiae+determined+by+freeze-substitution+and+serial+ultrathin+sectioning+electron+microscopy.">Structome of Saccharomyces cerevisiae determined by freeze-substitution and serial ultrathin sectioning electron microscopy.</a> J. Electron Microsc. 60, 321-335 (2011).</li><li>Biswas, S. K., Yamaguchi, M., Naoe, N., Takashima, T., Takeo, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+three-dimensional+structural+analysis+of+Exophiala+dermatitidis+yeast+cells+by+freeze-substitution+and+serial+ultrathin+sectioning.">Quantitative three-dimensional structural analysis of Exophiala dermatitidis yeast cells by freeze-substitution and serial ultrathin sectioning.</a> J. Electron Microsc. 52, 133-143 (2003).</li><li>Yamada, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structome+analysis+of+Escherichia+coli.+cells+by+serial+ultrathin+sectioning+reveals+the+precise+cell+profiles+and+the+ribosome+density.">Structome analysis of Escherichia coli. cells by serial ultrathin sectioning reveals the precise cell profiles and the ribosome density.</a> Microscopy. 66, 283-294 (2017).</li><li>Yamada, H., Yamaguchi, M., Chikamatsu, K., Aono, A., Mitarai, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structome+analysis+of+virulent+Mycobacterium+tuberculosis,+which+survives+with+only+700+ribosomes+at+density+per+0.1+fl+cytoplasm.">Structome analysis of virulent Mycobacterium tuberculosis, which survives with only 700 ribosomes at density per 0.1 fl cytoplasm.</a> PLoS ONE. 10, e0117109 (2015).</li><li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-voltage+electron+microscopy+tomography+and+structome+analysis+of+unique+spiral+bacteria+from+the+deep+sea.">High-voltage electron microscopy tomography and structome analysis of unique spiral bacteria from the deep sea.</a> Microscopy. 65, 363-369 (2016).</li><li>Yamaguchi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prokaryote+or+eukaryote?+A+unique+microorganism+from+the+deep-sea.">Prokaryote or eukaryote? A unique microorganism from the deep-sea.</a> J. Electron Microsc. 61, 423-431 (2012).</li><li>Yamaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrathin+sectioning+of+the+Myojin+parakaryote+discovered+in+the+deep+sea.">Ultrathin sectioning of the Myojin parakaryote discovered in the deep sea.</a> Cytologia. 78, 333-334 (2013).</li><li>Yamaguchi, M., Worman, C. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep-sea+microorganisms+and+the+origin+of+the+eukaryotic+cell.">Deep-sea microorganisms and the origin of the eukaryotic cell.</a> Jpn. J. Protozool. 47, 29-48 (2014).</li><li>Yamaguchi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+electron+microscopic+study+of+microorganisms:+from+influenza+virus+to+deep-sea+microorganisms.">An electron microscopic study of microorganisms: from influenza virus to deep-sea microorganisms.</a> JSM Mycotoxins. 65, 81-99 (2015).</li><li>Yamaguchi, M., Okada, H., Namiki, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smart+specimen+preparation+for+freeze-substitution+and+serial+ultrathin+sectioning+of+yeast+cells.">Smart specimen preparation for freeze-substitution and serial ultrathin sectioning of yeast cells.</a> J. Electron Microsc. 58, 261-266 (2009).</li><li>Yamaguchi, M., Biswas, S. K., Suzuki, Y., Furukawa, H., Takeo, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+reconstruction+of+a+pathogenic+yeast+Exophiala+dermatitidis+cell+by+freeze-substitution+and+serial+sectioning+electron+microscopy.">Three-dimensional reconstruction of a pathogenic yeast Exophiala dermatitidis cell by freeze-substitution and serial sectioning electron microscopy.</a> FEMS Microbiol. Lett. 219, 17-21 (2003).</li><li>Kozubowski, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ordered+kinetochore+assembly+in+the+human+pathogenic+basidiomycetous+yeast,+Cryptococcus+neoformans.">Ordered kinetochore assembly in the human pathogenic basidiomycetous yeast, Cryptococcus neoformans.</a> mBio. 4, e00614-e00613 (2013).</li><li>Yamaguchi, M., Adachi, K., The Japanese Society of Microscopy, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specimen+support.">Specimen support.</a> Guide Book for Electron Microscopy. , 52-57 (2011).</li><li>Hayat, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Support+films.">Support films.</a> Principles and Techniques of Electron Microscopy: Biological Application. , 216 (2000).</li><li>Yamaguchi, M., Kita, S., The Japanese Society of Microscopy, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrathin+sectioning.">Ultrathin sectioning.</a> Guide Book for Electron Microscopy. , 40-52 (2011).</li><li>Yamaguchi, M., Aoyama, T., Yamada, N., Chibana, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+measurement+of+hydrophilicity/hydrophobicity+of+the+plasma-polymerized+naphthalene+film+(Super+support+film)+and+other+support+films+and+grids+in+electron+microscopy.">Quantitative measurement of hydrophilicity/hydrophobicity of the plasma-polymerized naphthalene film (Super support film) and other support films and grids in electron microscopy.</a> Microscopy. 65, 444-450 (2016).</li><li>Kita, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reliable+method+for+obtaining+serial+ultrathin+sections+using+new+small+tools.">Reliable method for obtaining serial ultrathin sections using new small tools.</a> Kenbikyo. 46, 253-257 (2011).</li><li>Yamaguchi, M., Shimizu, M., Yamaguchi, T., Ohkusu, M., Kawamoto, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Repeated+use+of+uranyl+acetate+solution+in+section+staining+in+transmission+electron+microscopy.">Repeated use of uranyl acetate solution in section staining in transmission electron microscopy.</a> Plant Morphology. 17, 57-59 (2005).</li><li>Hayworth, K. J., Kasthuri, N., Schalek, R., Lichtman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automating+the+collection+of+ultrathin+serial+sections+for+large+volume+TEM+reconstructions.">Automating the collection of ultrathin serial sections for large volume TEM reconstructions.</a> Microsc. Microanal. 12, 86-87 (2006).</li><li>Hildebrand, D. G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-brain+serial-section+electron+microscopy+in+larval+zebrafish.">Whole-brain serial-section electron microscopy in larval zebrafish.</a> Nature. 545, 345-349 (2017).</li><li>Denk, W., Horstmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+block-face+scanning+electron+microscopy+to+reconstruct+three-dimensional+tissue+nanostructure.">Serial block-face scanning electron microscopy to reconstruct three-dimensional tissue nanostructure.</a> PLoS Biol. 2, e329 (2004).</li><li>Heymann, J. A. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Site-specific+3D+imaging+of+cells+and+tissues+with+a+dual+beam+microscope.">Site-specific 3D imaging of cells and tissues with a dual beam microscope.</a> J. Struct. Biol. 155, 63-73 (2006).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Burada sunulan yöntem hiçbir pahalı ekipman gerektirir. Sadece bir alüminyum raf (şekil 3), üç-yarık Izgaralar (şekil 6 c), bölüm-holding döngüler (şekil 10a), su yüzeyi yükselterek döngü (şekil 11a) ve boyama tüp (şekil 13) gerektirir. Mevcut yöntemin birçok özellikleri vardır. Numune büyük bölümünü birbirine paralel karşılaştıkları numune yüzeyi ve bıçak kenarı ayarlamak için kullanılır. Seri bölümler zorluk ayıran bölümlerde bir grup yarık Izgaralar üzerine seri bölümlerin alınırken saç iplikçiklerinin bir çift kullanarak önlemek için gruplar halinde kesilir. 'Bölüm-holding loop' bölüm grupları sipariş kadar karıştırma önlemek için kullanılır. Bir 'su yüzeyi yükselterek loop' bölümleri su tepe üzerinde konumlandırılmış ve ızgara önce onları Izgaralar üzerinde istediğiniz konuma yerleştirmek için dokundukları olduğunu emin olmak için kullanılır. Formvar destek film bir alüminyum raf üzerinde kılavuzlar bölümleri kurtarmak için ve destek film kırışıklıklar önlemek için kolaylaştırmak için kullanılır. Bir boyama tüp destek filmleri cımbızla yanlışlıkla kesmemek için kullanılır.
Son zamanlarda, bir Otomatik teyp toplama ultramicrotome bölümleri elektron mikroskobu (SEM) elektron opak plastik kasetlerde Imaging tarama için otomatik olarak toplamak için gelişmiş25 oldu. Bu yöntem olabilir güvenilir bir şekilde kesilmiş binlerce ultrathin bölüm26, hangi mevcut yöntemle mümkün değildir. Ayrıca, seri blok yüz (SBF) 27 ve odak iyon demeti (yalan)-SEM28 3B bilgileri hücre ve dokulara hayvanların toplamak için kullanılır. Bu yöntemleri, SEM mikroskop içinde entegre bir elmas bıçak ya da odak iyon demeti ile kesit ve hiçbir özel teknikler gerektirir tam otomatik bir şekilde yürütülmektedir. Bu yöntemlerin yararlı olmakla birlikte, aparatı değil birçok kurum bu makineler satın almak çok pahalı olduğu. Ayrıca, bu yöntemler SEM fotoğrafı bölümlerine istihdam beri Filmler çözünürlüğe transmisyon elektron mikroskobu (TEM) istihdam mevcut yönteme aşağı kalır yanı yok. Bu yöntemler şu anda bireysel ribozom parçacıklar, mikrotübüller, microfilaments ve DNA iplikleri çözümlenemiyor.
Structome analiz mikroorganizmaların ve bilinmeyen mikroorganizmaların ultrastructural çalışma, hücreleri ve hücre duvarı, plazma zarı, mitokondri, çekirdek, nükleer membran, endoplazmik retikulum gibi hücre bileşenleri gözlemlemek gereklidir, kloroplast, plastitler, Golgi aygıtı, ribozomlar ve yüksek çözünürlükte ipliksi öğeleri. TEM gözlem seri ultrathin bölümlerin böyle analiz üç boyutlu olarak mümkün kılmak için bir kaç yöntemlerinden biridir. Bu yöntemde gözlem sonra Ultrathin bölümleri kaldıkları için aynı bölgede tekrar tekrar görülebilir; gözlenen alan Gözlemden sonra kayıp olduğundan bu SBF veya FIB-SEM, mümkün değildir. Derin deniz mikroorganizmalar düşük büyütmede ilginç canlılar ilk arama ve sonra fotoğraf seri olarak yüksek büyütmede hedef organizma üzerinde çekmek gerekli olduğu eğitim önemli bir özelliktir.
Sonuç olarak, seri ultrathin parça yöntemi şimdi kolay bir ucuz gerçekleştirilebilir ve relaible 3D ultrastructual için gerekli olan çalışmada, bu arada çalışma elektron mikroskobu yüksek çözünürlükte mikroorganizmaların.

Hücreleri ve hücre bileşenleri üç boyutlu en elektron mikroskobik düzeyde çalışmaya uygun seri ultrathin parça tekniği vazgeçilmezdir. Biz Milli direk vücutta hücre döngüsünün Maya hücreleri dinamikleri okudu ve hücre döngüsü ve çoğaltma1,2,3, saat onların ultrastructure morfolojik değişiklikler ortaya 4,5. 2006'da, biz 'structure' birleştirerek yeni bir kelime 'structome' icat ve '-ome' ve 'nicel ve üç boyutlu yapısal bilgi elektron mikroskobik düzeyde bütün bir hücrenin' 6,7olarak tanımlanır.
Seri ultrathin parça tekniği gerektiren structome analiz, bu Maya hücre Saccharomyces cerevisiae ve Exophiala kemiğin yaklaşık 200.000 ribozomlara7,8, bir vardı bulundu Escherichia coli hücre 26.000 ribozomlara9, Mycobacterium tüberküloz hücre 1,700 ribozomlara10 vardı ve Myojin sarmal bakterilerin vardı sadece 300 ribozomlara11. Bu bilgiler sadece büyüme oranı her organizma, aynı zamanda tür9tanımlaması tahmininde yararlı olur.
Ayrıca, structome analiz yeni bir organizma keşfi yol açtı; Kapalı hücre yapısı vardı bir ara bu12,13,14,15prokaryot ve Ökaryotlar arasında Japonya sahillerine, derin deniz Parakaryon myojinensis bulundu. Şu anda, seri ultrathin parça tekniği master için uzun bir süre süreceğini zor olarak kabul edilir. Bu çalışmada, hangi içinde kimse seri ultrathin zorlanmadan kesit yerine güvenilir bir yöntem geliştirdik.

<table><tbody><tr><td>Formvar making apparatus</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>652</td><td>W 180 x D 180 x H 300 mm</td></tr><tr><td>Glass slide</td><td>Matsunami Co. Ltd., Osaka</td><td>-</td><td>76 x 26 x 1.3 mm</td></tr><tr><td>Aluminum rack with 4-mm holes</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>658</td><td>W 30 x D 25 x H 3 mm, Refer to this paper</td></tr><tr><td>Stereomicroscope</td><td>Nikon Co. Ltd., Tokyo</td><td>-</td><td>SMZ 645</td></tr><tr><td>LED illumination for stereomicroscope</td><td>Nikon Co. Ltd., Tokyo</td><td>-</td><td>SM-LW 61 Ji</td></tr><tr><td>Trimming stage</td><td>Sunmag Co.Ltd., Tokyo</td><td>-</td><td>Tilting mechanism equipped, Refer to this paper</td></tr><tr><td>LED illumination for trimming stage</td><td>Sunmag Co.Ltd., Tokyo</td><td>-</td><td>Refer to this paper</td></tr><tr><td>Ultrasonic trimming blade</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>5240</td><td>EM-240, Refer to this paper</td></tr><tr><td>Diamond knife for trimming</td><td>Diatome Co. Ltd., Switzerland</td><td>-</td><td>45&amp;deg;</td></tr><tr><td>Diamond knife for ultrathin sectioning</td><td>Diatome Co. Ltd., Switzerland</td><td>-</td><td>45&amp;deg;</td></tr><tr><td>Ultramicrotome</td><td>Leica Microsystems, Vienna</td><td>-</td><td>Ultracut S</td></tr><tr><td>Mesa cut</td><td>Leica Microsystems, Vienna</td><td>-</td><td>Mirror</td></tr><tr><td>0.5% Neoprene W solution</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>605</td><td></td></tr><tr><td>Special 3-slit nickel grid</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>2458</td><td>Refer to this paper</td></tr><tr><td>Special 3-slit copper grid</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>2459</td><td>Refer to this paper</td></tr><tr><td>Section-holding loop</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>526</td><td>Refer to this paper</td></tr><tr><td>Water-surface-raising loop</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>527</td><td>Refer to this paper</td></tr><tr><td>Staining tube</td><td>Nisshin EM Co. Ltd., Tokyo</td><td>463</td><td>Refer to this paper</td></tr><tr><td>Multi-specimen holder</td><td>JEOL Co. Ltd., Tokyo</td><td>-</td><td>EM-11170</td></tr><tr><td>JEM-1400</td><td>JEOL Co. Ltd., Tokyo</td><td>-</td><td>Transmission electron microscope</td></tr></tbody></table>

a method for obtaining serial ultrathin sections of microorganisms in transmission electron microscopy

Hücreleri ve hücre bileşenleri transmisyon elektron mikroskobu yüksek büyütmede üç boyutlu gözlem ultrathin bölümlerini seri: numune hazırlama gerektirir. Seri ultrathin bölümler hazırlama çok zor olarak kabul edilir, uygun yöntemi kullanılırsa oldukça kolay olsa da. Bu yazıda, güvenli bir şekilde mikroorganizmaların seri ultrathin bölümler elde etmek için bir adım adım yordam göstereceğiz. Bu yöntem anahtar noktaları vardır: 1) numune büyük bölümünü kullanmak ve böylece birbirine; paralel numune yüzeyi ve bıçak kenarı ayarlamak için 2) seri grupları bölümlerde kesme ve saç iplikçiklerinin dibinde bir çift yarık Izgaralar üzerine seri bölümler bir grup alınırken kullanma bölümlerine ayırmak zorluk önlemek için; 3) bir 'bölüm-holding loop' kullanın ve bölüm grupları sipariş kadar karıştırma önlemek için; 4) bölümleri su tepe üzerinde konumlandırılmış ve ızgara önce onları Izgaralar üzerinde istediğiniz konuma yerleştirmek için dokundukları olduğunu emin olun ve bir 'su yüzeyi yükselterek loop' kullanmak için; 5) destek film bir alüminyum raf kullanabilir ve Izgaralar bölümleri kurtarmak için ve destek film kırışıklıklar önlemek için kolaylaştırmak için; ve 6) Boyama bir tüp kullanın ve destek filmleri cımbızla yanlışlıkla kesmemek için. Bu yeni yöntem zorluk olmadan seri ultrathin bölümler elde sağlar. Yönteminin Otomatik teyp toplama ultramicrotome yöntemi ve seri blok-yüz veya elektron mikroskobu tarama odaklı iyon ışını kullanarak elde edilemez 3D yüksek çözünürlükte mikroorganizmaların hücre yapıları analiz olanak sağlar.

Bu protokol için üç-yarık Izgaralar seri bölümleri seçmek için kullanılmıştır. Izgaralar nikel veya bakır yapılmıştır. Seri bölümleri orta slit yerleştirilir. Her iki tarafta yırtmaçlı kılavuzla aldığın zaman bölümleri görüntülemek gereklidir. Izgaralar seri bölümleri ile paralel (Şekil 11 d) cımbızla almaya devam etmek, kolu bükülmüş (şekil 6 c, sağ). Küçük bir kolu ciddi sorunlara neden olan bölümleri toplama, kılavuz, ana parçası bükme engellemek ve boyama sırasında bölümleri bırakarak önlemek için avantajlıdır. Bu kılavuz geleneksel 2.0 mm x 1.0 mm tek delikli kılavuz üzerinde avantajları vardır. Yani, doğrudan iki metal çubuklarla 0.4 mm ayrı bölümlerde desteklenir (1.0 mm daha dar) ve Formvar destek film bölümleri destek film geleneksel tek delikli kılavuzunda yalnızca tarafından desteklenen iken bir üç-yarık kılavuzda. Numune drift bu nedenle üç yarık kılavuz olarak kullanarak yüksek büyütme oranında çekim önlenebilir.
Şekil 15 seri kesitler taşıyan beş Izgaralar düşük büyütme görünümünü gösterir. Her bölüm birlikte sopa beri bile daha yüksek büyütmede sonraki bölümde aynı hücreyi bulmak kolaydır. Şekil 16 ve 17 hücre bölümleri seri görüntülerin örnektir. Bölüm 3-yarık Izgaralar üzerinde güvenli bir şekilde desteklendiği için yüksek büyütme (x 50,000) fotograflara kolayca numune drift alınır. DNA 2 nm çapında liflerinin bu çalışmalar9,12' çekildi.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig1.jpg"> Resim 1 . Formvar destek film yapma aparatı. Cam slayt yarısı daldırma cihazları üst sütun Formvar çözümde çözüm 'a' bir kauçuk top kullanarak üzerinden hava ile basarak. Çözüm sütundan üç yollu stopcock açarak ve basıncı azaltmak için 'b' havada serbest drene. (Yamaguchi ve Adachi, 201119 izni ile yayınlanmıştır). <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig2.jpg"> Resim 2 . Yöntemi cam film serbest bırakmak için slayt üzerinde su. (a) cam slayt film dört Kenarları jilet kullanarak kapalı alıntı. (b) Formvar film kapalı su cam slayt düşük bir açıyla yavaş yavaş azaltarak süzülüyor. (Yamaguchi ve Adachi, 201119 izni ile yayınlanmıştır). <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig3.jpg"> Şekil 3 . Formvar destek film bir alüminyum raf. (a) Formvar filmin bir alüminyum raf ile sudan scooped. (b) raf içinde desiccator kadar kullanmak tutulur. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig4v2.jpg"> Şekil 4 . Ultrasonik kesme bıçağı ve bir stereomicroscope altında bir tıraş bıçağı ile numune bloğunu kırparak. (a) numune varlığı ışık mikroskobu numune bloğum gözlemci tarafından onaylanır. Derin deniz12,14toplanan bir ölçek-solucan chaeta (yaklaşık 1.7 mm uzunluğunda) ile ilişkili bulunan rakam mikroorganizmaların gösterilen blok. (b) düzeltme sahne. (c) bir stereomicroscope tüm görüntü. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig4v2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig5.jpg"> Şekil 5 . Numune bloğunu microtome kullanarak elmas bıçak ile kesme. (a) resimde sol kenar kesme. (b) blok yüz yaklaşık 100 bir konumda kesme nm numune sol kenarından. (c) bir ayna (Mesa kesim, M) bıçak Sahne Alanı'nda yerleştirilir. (d) numune yüzey. Üst tarafı ve en ince kısmı alt tarafı düzgün ve mükemmel paralel olduğunu unutmayın. Ayrıca omuz (bkz. şekil 8) kesme doğrultusunda işaretlemek için kestiğine dikkat edin. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig6.jpg"> Şekil 6 . Numune yüzeyi neopren tedavisi. (a) numune chuck geri tam olarak yer alan özgün konuma yerleştirmek için chuck ve microtome chuck sahibinin bir bant ile işaretlenmiş olup sınırında kesti. (b) numune Pasteur pipet kullanarak neopren Çözümle ıslatma. (c) 3-yarık seri bölümleri toplama duvar kağıtları. Kolu 60 derece (c, doğru) eğildi. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig7.jpg"> Şekil 7 . Plastik kapak microtome ve ahşap kol dayama. Plastik kapak ultrathin kesit sırasında hava akışı önlemek yararlıdır. Ahşap kol dayama seri bölümleri alma gibi hassas iş yapmak için kullanılır. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig7large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig8v2.jpg"> Şekil 8 . Bölüm kalınlığı ayarlama ve uygun kalınlık bölümleri alma. Seri bölüm sayısı 20 ulaştığında, bölüm kalınlığı 10'a ayarlanır nm. Microtome 10 nm-kalın kesitler kesemezsin beri yeni bölüm yok görünür ve daha önce kesme bölümleri bıçak kenarından ayrılmış olmak. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig8v2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig9.jpg"> Şekil 9 . Örnek ultrathin bölümlerin elde protokolü ile. Not 1.8 mm uzun seri bölümlerini beş grupları zaten kesmek sonra ayrılır. Bu özel durumda ultrathin bölümler center örnek varlığı nedeniyle sarımsı rengidir. Numune içeren ve reçine sadece oluşur, diğer parçaları bölümünün gümüş renkli vardır. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig9large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig10.jpg"> Şekil 10 . 'Bölüm-holding loop'. (a) Üstten Görünüm (üst kısım) ve döngü alt görünümü (alt kısmı fotoğraf). (b) bölümü-holding döngünün seri bölümler üçüncü grup tutmak için kullanılır. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig10large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig11.jpg"> Şekil 11 . Seri bölümleri alma. (a) ' su yüzeyi yükselterek loop' (WSRL). Döngü işleci hareketli şaft kaldırılabilir. Döngünün aynı zamanda yukarı ve aşağı vida üst çevirerek taşınabilir. (b) WSRL bıçak Sahne Alanı'nda bir mıknatıs tarafından giderilmiştir. (c) (b) daha yakın bir bakış. (d) diyagram döngü, su yüzeyi, bölümler ve kılavuz alma (yan görünümü) sırasında. Ultrathin bölümleri tam olarak yarık kılavuzuna çıplak kılavuz paralel ultrathin bölümlerine düşürerek alınabilir. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig11large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 12" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig12.jpg"> Şekil 12 . Izgara üzerinde Formvar film yerleştirmek. Izgarayı bölümleri holding ile birlikte küçük bir damla su Formvar film alüminyum raf üzerinde yer alıyor. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig12large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 13" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig13.jpg"> Şekil 13 . Tüp boyama16. Bir oluk 0.6 mm derin bir jilet kullanarak uzun ekseni boyunca yapılır. Izgaralar groove uygun sırayla yerleştirilir. Tüp bir ucunu (ok başı) yönünü işaretlemek için kesilir. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig13large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 14" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig14.jpg"> Şekil 14 . Kılavuzlar içinde numune sahibinin yerleştirerek. (a) kılavuzlar numune sahibi uygun sırayla yerleştirilir. (b) Izgaralar sonra 'kılavuz-fixers' sabitlenir. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig14large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 15" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig15.jpg"> Şekil 15 . Seri bölümler yarık Izgaralar monte edilmiş. Şekilde bir ızgara üzerinde monte edilmiş 18-25 bölümleri gösterilmiştir. Her yarık rakamlarla sıra numarası ilk bölümünden belirtmek. İlk bölüm (bkz. şekil 8) diğerlerinden daha kalındır. Bu bölümleri birlikte bağlı ve aynı kalınlıkta var unutmayın. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig15large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 16" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig16.jpg"> Şekil 16 . Parakaryon myojinensisseri bölümlerini12. Sol alt sayılar dizisi ilk bölümü göre gösterir. Şekil 12 dışarı-in 67 tam bölümleri gösterir. Bu hücrenin bir tek çevrili membran ve bakteri ama hiçbir mitokondri benzer endosymbionts çıplak DNA liflerinin oluşan bir büyük çevrili olması bulundu. Böylece, bu organizma ökaryot12' ye prokaryotlar gelişen bir ara yaşam formu gibi görünüyor. N, hemen. Yamaguchi ve Worman, 2014 çoğaltılamaz. 14 iznine sahip. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig16large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 17" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56235/56235fig17.jpg"> Şekil 17 . Seri bölümler Escherichiacoli9. Sol alt sayılar dizisi ilk bölümü göre gösterir. Şekil 12 tam bölümleri gösterir. Bu hücre 21,700 ribozomlara9içeren bulundu. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56235/56235fig17large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about A Method for Obtaining Serial Ultrathin Sections of Microorganisms in Transmission Electron Microscopy at JoVE.com

A Method for Obtaining Serial Ultrathin Sections of Microorganisms in Transmission Electron Microscopy

Bu çalışmada bir mikroorganizma transmisyon elektron mikroskobu içinde pahalı aletler olmadan seri ultrathin bölümleri elde etmek için güvenilir ve kolay yordamları sunar.

Transmisyon elektron mikroskobu mikroorganizmaların seri Ultrathin bölümler elde etmek için bir yöntem

Observing cells and cell components in three dimensions at high magnification in transmission electron microscopy requires preparing serial ultrathin ...

a-method-for-obtaining-serial-ultrathin-sections-microorganisms

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Engineering

14.1K Görüntüleme.  Chiba University. Bu çalışmada bir mikroorganizma transmisyon elektron mikroskobu içinde pahalı aletler olmadan seri ultrathin bölümleri elde etmek için güvenilir ve kolay yordamları sunar.

Video: A Method for Obtaining Serial Ultrathin Sections of Microorganisms in Transmission Electron Microscopy

Paraffin Embedding and Thin Sectioning of Microbial Colony Biofilms for Microscopic Analysis

Sectioning via paraffin embedding is a broadly established technique in eukaryotic systems. Here we provide a method for the fixation, embedding, and sectioning of intact microbial colony biofilms using perfused paraffin wax. To adapt this method for use on colony biofilms, we developed techniques for maintaining each sample on its growth substrate and laminating it with an agar overlayer, and added lysine to the fixative solution. These optimizations improve sample retention and preservation of micromorphological features. Samples prepared in this manner are amenable to thin sectioning and imaging by light, fluorescence, and transmission electron microscopy. We have applied this technique to colony biofilms of Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas synxantha, Bacillus subtilis, and Vibrio cholerae. The high level of detail visible in samples generated by this method, combined with reporter strain engineering or the use of specific dyes, can provide exciting insights into the physiology and development of microbial communities.

We describe fixation, paraffin embedding, and thin sectioning techniques for microbial colony biofilms. In prepared samples, biofilm substructure and reporter expression patterns can be visualized by microscopy.

Parafin gömme ve ince mikrobiyal koloni biyofilmler mikroskobik analizlerin yapıldığı için kesit

Sectioning via paraffin embedding is a broadly established technique in eukaryotic systems. Here we provide a method for the fixation, embedding, and ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Preparation of Non-human Primate Brain Tissue for Pre-embedding Immunohistochemistry and Electron Microscopy

Despite all the technological advances at the light microscopy&#160;level, electron microscopy remains the only tool in neuroscience to examine and characterize ultrastructural and morphological details of neurons, such as synaptic contacts. Good preservation of brain tissue for electron microscopy can be obtained by rigorous cryo-fixation methods, but these techniques are rather costly and limit the use of immunolabeling, which is crucial to understand the connectivity of identified neuronal systems. Freeze-substitution methods have been developed to allow the combination of cryo-fixation with immunolabeling. However, the reproducibility of these methodological approaches usually relies on costly freezing devices. Moreover, achieving reliable results with this technique is very time-consuming and skill-challenging. Hence, the traditional chemically fixed brain, particularly with acrolein fixative, remains a time-efficient and low-cost method to combine electron microscopy with immunohistochemistry. Here, we provide a reliable experimental protocol using chemical acrolein fixation that leads to the preservation of primate brain tissue and is compatible with pre-embedding immunohistochemistry and transmission electron microscopic examination.

Here, we provide an easy, low-cost, and time-efficient protocol to chemically fix primate brain tissue with acrolein fixative, allowing for long-term preservation that is compatible with pre-embedding immunohistochemistry for transmission electron microscopy.

İmmünohistokimya ve elektron mikroskobu Ön gömme için İnsan Olmayan Primat Beyin Dokusu Hazırlanması

Despite all the technological advances at the light microscopy&#160;level, electron microscopy remains the only tool in neuroscience to examine and ...

Nörobilim

An Unbiased Approach of Sampling TEM Sections in Neuroscience

Investigations of the ultrastructural features of neurons and their synapses are only possible with electron microscopy. Especially for comparative studies of the changes in densities and distributions of such features, an unbiased sampling protocol is vital for reliable results. Here, we present a workflow for the image acquisition of brain samples. The workflow allows systematic uniform random sampling within a defined brain region, and the images can be analyzed using a disector. This technique is much faster than extensive examination of serial sections but still presents a feasible approach to estimate the densities and distributions of ultrastructure features. Before embedding, stained vibratome sections were used as a reference to identify the brain region under investigation, which helped speed up the overall specimen preparation process. This approach was used for comparative studies investigating the effect of an enriched-housing environment on several ultrastructural parameters in the mouse brain. Based on the successful use of the workflow, we adapted it for the purpose of elemental analysis of brain samples. We optimized the protocol in terms of the time of user-interaction. Automating all the time-consuming steps by compiling a script for the open source software SerialEM helps the user to focus on the main work of acquiring the elemental maps. As in the original workflow, we paid attention to the unbiased sampling approach to guarantee reliable results.

We introduce a novel workflow for electron microscopy investigations of brain tissue. The method allows the user to examine neuronal features in an unbiased fashion. For elemental analysis, we also present a script that automatizes most of the workflow for randomized sampling.

Neuroscience bölümlerinde TEM örnekleme tarafsız bir yaklaşım

Investigations of the ultrastructural features of neurons and their synapses are only possible with electron microscopy. Especially for comparative ...

An Alternative Approach for Sample Preparation with Low Cell Number for TEM Analysis

Transmission electron microscopy (TEM) provides details of the cellular organization and ultrastructure. However, TEM analysis of rare cell populations, especially cells in suspension such as hematopoietic stem cells (HSCs), remains limited due to the requirement of a high cell number during sample preparation. There are a few cytospin or monolayer approaches for TEM analysis from scarce samples, but these approaches fail to get significant quantitative data from the limited number of cells. Here, an alternative and novel approach for sample preparation in TEM studies is described for rare cell populations that enables quantitative analysis.
A relatively low cell number, i.e., 10,000 HSCs, was successfully used for TEM analysis compared to the millions of cells typically used for TEM studies. In particular, Evans blue staining was performed after paraformaldehyde-glutaraldehyde (PFA-GA) fixation to visualize the tiny cell pellet, which facilitated embedding in agarose. Clusters of numerous cells were observed in ultra-thin sections. The cells had a well preserved morphology, and the ultra-structural details of the Golgi complex and several mitochondria were visible. This efficient, easy and reproducible protocol allows sample preparation from a low cell number and can be used for qualitative and quantitative TEM analysis on rare cell populations from limited biological samples.

Here, we present a protocol to prepare samples with low cell numbers for transmission electron microscopy (TEM) analysis.

TEM analizi için düşük Hücre sayısı ile örnek hazırlanması için alternatif bir yaklaşım

Transmission electron microscopy (TEM) provides details of the cellular organization and ultrastructure. However, TEM analysis of rare cell populations, ...

Biyoloji

Preparation and Observation of Thick Biological Samples by Scanning Transmission Electron Tomography

This report describes a protocol for preparing thick biological specimens for further observation using a scanning transmission electron microscope. It also describes an imaging method for studying the 3D structure of thick biological specimens by scanning transmission electron tomography. The sample preparation protocol is based on conventional methods in which the sample is fixed using chemical agents, treated with a heavy atom salt contrasting agent, dehydrated in a series of ethanol baths, and embedded in resin. The specific imaging conditions for observing thick samples by scanning transmission electron microscopy are then described. Sections of the sample are observed using a through-focus method involving the collection of several images at various focal planes. This enables the recovery of in-focus information at various heights throughout the sample. This particular collection pattern is performed at each tilt angle during tomography data collection. A single image is then generated, merging the in-focus information from all the different focal planes. A classic tilt-series dataset is then generated. The advantage of the method is that the tilt-series alignment and reconstruction can be performed using standard tools. The collection of through-focal images allows the reconstruction of a 3D volume that contains all of the structural details of the sample in focus.

This report describes a sample preparation protocol and specific imaging conditions for performing scanning transmission electron tomography of thick biological specimens.

Tarama Transmisyon Elektron Tomografi ile hazırlanması ve Kalın Biyolojik Örneklerinin Gözlem

This report describes a protocol for preparing thick biological specimens for further observation using a scanning transmission electron microscope. It ...

3D Mitochondrial Ultrastructure of Drosophila Indirect Flight Muscle Revealed by Serial-section Electron Tomography

Mitochondria are cellular powerhouses that produce ATP, lipids, and metabolites, as well as regulate calcium homeostasis and cell death. The unique cristae-rich double membrane ultrastructure of this organelle is elegantly arranged to carry out multiple functions by partitioning biomolecules. Mitochondrial ultrastructure is intimately linked with various functions; however, the fine details of these structure-function relationships are only beginning to be described. Here, we demonstrate the application of serial-section electron tomography to elucidate mitochondrial structure in Drosophila indirect flight muscle. Serial-section electron tomography may be adapted to study any cellular structure in three-dimensions.

3D Mitochondrial Ultrastructure of Drosophila Indirect Flight Muscle Revealed by Serial-section Electron Tomography

In this protocol, we demonstrate the application of serial-section electron tomography to elucidate mitochondrial structure in Drosophila indirect flight muscle.

3D mitokondriyal Ultrastructure Drosophila dolaylı uçuş kas seri-bölüm elektron tomografi tarafından ortaya

Mitochondria are cellular powerhouses that produce ATP, lipids, and metabolites, as well as regulate calcium homeostasis and cell death. The unique ...

Array Tomography Workflow for the Targeted Acquisition of Volume Information using Scanning Electron Microscopy

Electron microscopy is applied in biology and medicine for imaging of cellular and structural details at nanometer resolution. Historically, Transmission Electron Microscopy (TEM) provided insight into cell ultrastructure, but in the recent decade, the development of modern Scanning Electron Microscopes (SEM) has changed the way of looking inside the cells. Even though the resolution of TEM is superior when protein-level structural details are needed, SEM-resolution is sufficient for the majority of the organelle-level cell biology-related questions. The advancement in technology enabled automatic volume acquisition solutions such as Serial block-face imaging (SBF-SEM) and Focused ion beam SEM (FIB-SEM). Nevertheless, to this day, these methods remain inefficient when the identification and navigation to areas of interest are crucial. Without the means for precise localization of target areas before imaging, operators need to acquire much more data than they need (in SBF-SEM), or, even worse, prepare many grids and image them all (in TEM). We propose the strategy of "lateral screening" using Array Tomography in SEM, which facilitates the localization of areas of interest, followed by automated imaging of the relevant fraction of the total sample volume. Array tomography samples are conserved during imaging, and they can be arranged into section libraries ready for repeated imaging. Several examples are shown in which lateral screening enables us to analyze structural details that are incredibly challenging to access with any other method.

We describe the preparation of ribbons of serial sections and their collection on large transfer support for use as Array Tomography samples, along with automated imaging procedures in a scanning electron microscope. The protocol allows screening, retrieval, and targeted imaging of local, rare events, and the acquisition of large data volumes.

TaramaLı Elektron Mikroskopisi Kullanılarak Hacim Bilgilerinin Hedefli Edinimi için Dizi Tomografi İş Akışı

Electron microscopy is applied in biology and medicine for imaging of cellular and structural details at nanometer resolution. Historically, Transmission ...

Rapid Freezing using Sandwich Freezing Device for Good Ultrastructural Preservation of Biological Specimens in Electron Microscopy

Chemical fixation has been used for observing the ultrastructure of cells and tissues. However, this method does not adequately preserve the ultrastructure of cells; artifacts and extraction of cell contents are usually observed. Rapid freezing is a better alternative for the preservation of cell structure. Sandwich freezing of living yeast or bacteria followed by freeze-substitution has been used for observing the exquisite natural ultrastructure of cells. Recently, sandwich freezing of glutaraldehyde-fixed cultured cells or human tissues has also been used to reveal the ultrastructure of cells and tissues. 
These studies have thus far been carried out with a handmade sandwich freezing device, and applications to studies in other laboratories have been limited. A new sandwich freezing device has recently been fabricated and is now commercially available. The present paper shows how to use the sandwich freezing device for rapid freezing of biological specimens, including bacteria, yeast, cultured cells, isolated cells, animal and human tissues, and viruses. Also shown is the preparation of specimens for ultrathin sectioning after rapid freezing and procedures for freeze-substitution, resin embedding, trimming of blocks, cutting of ultrathin sections, recovering of sections, staining, and covering of grids with support films.

Here we show how to use the sandwich freezing device for rapid freezing of biological specimens, including bacteria, yeast, cultured cells, isolated cells, animal and human tissues, and viruses. We also show how to prepare specimens for ultrathin sectioning after rapid freezing.

Elektron Mikroskopisinde Biyolojik Örneklerin İyi Ultrayapısal Korunması için Sandviç Dondurma Cihazı Kullanılarak Hızlı Dondurma

Chemical fixation has been used for observing the ultrastructure of cells and tissues. However, this method does not adequately preserve the ...

Three-dimensional Characterization of Interorganelle Contact Sites in Hepatocytes using Serial Section Electron Microscopy

Transmission electron microscopy has been long considered to be the gold standard for the visualization of cellular ultrastructure. However, analysis is often limited to two dimensions, hampering the ability to fully describe the three-dimensional (3D) ultrastructure and functional relationship between organelles. Volume electron microscopy (vEM) describes a collection of techniques that enable the interrogation of cellular ultrastructure in 3D at mesoscale, microscale, and nanoscale resolutions. 
This protocol provides an accessible and robust method to acquire vEM data using serial section transmission EM (TEM) and covers the technical aspects of sample processing through to digital 3D reconstruction in a single, straightforward workflow. To demonstrate the usefulness of this technique, the 3D ultrastructural relationship between the endoplasmic reticulum and mitochondria and their contact sites in liver hepatocytes is presented. Interorganelle contacts serve vital roles in the transfer of ions, lipids, nutrients, and other small molecules between organelles. However, despite their initial discovery in hepatocytes, there is still much to learn about their physical features, dynamics, and functions. 
Interorganelle contacts can display a range of morphologies, varying in the proximity of the two organelles to one another (typically ~10-30 nm) and the extent of the contact site (from punctate contacts to larger 3D cisternal-like contacts). The examination of close contacts requires high-resolution imaging, and serial section TEM is well suited to visualize the 3D ultrastructural of interorganelle contacts during hepatocyte differentiation, as well as alterations in hepatocyte architecture associated with metabolic diseases.

A simple and comprehensive protocol to acquire three-dimensional details of membrane contact sites between organelles in hepatocytes from the liver or cells in other tissues.

Hepatositlerde Organeller Arası Temas Bölgelerinin Seri Kesitli Elektron Mikroskobu Kullanılarak Üç Boyutlu Karakterizasyonu

Transmission electron microscopy has been long considered to be the gold standard for the visualization of cellular ultrastructure. However, analysis is ...

Microscopy Techniques for Interpreting Fungal Colonization in Mycoheterotrophic Plants Tissues and Symbiotic Germination of Seeds

Structural botany is an indispensable perspective to fully understand the ecology, physiology, development, and evolution of plants. When researching mycoheterotrophic plants (i.e., plants that obtain carbon from fungi), remarkable aspects of their structural adaptations, the patterns of tissue colonization by fungi, and the morphoanatomy of subterranean organs can enlighten their developmental strategies and their relationships with hyphae, the source of nutrients. Another important role of symbiotic fungi is related to the germination of orchid seeds; all Orchidaceae species are mycoheterotrophic during germination and seedling stage (initial mycoheterotrophy), even the ones that photosynthesize in adult stages. Due to the lack of nutritional reserves in orchid seeds, fungal symbionts are essential to provide substrates and enable germination. Analyzing germination stages by structural perspectives can also answer important questions regarding the fungi interaction with the seeds. Different imaging techniques can be applied to unveil fungi endophytes in plant tissues, as are proposed in this article. Freehand and thin sections of plant organs can be stained and then observed using light microscopy. A fluorochrome conjugated to wheat germ agglutinin can be applied to the fungi and co-incubated with Calcofluor White to highlight plant cell walls in confocal microscopy. In addition, the methodologies of scanning and transmission electron microscopy are detailed for mycoheterotrophic orchids, and the possibilities of applying such protocols in related plants is explored. Symbiotic germination of orchid seeds (i.e., in the presence of mycorrhizal fungi) is described in the protocol in detail, along with possibilities of preparing the structures obtained from different stages of germination for analyses with light, confocal, and electron microscopy.

This protocol aims to provide detailed procedures for collecting, fixing, and maintaining mycoheterotrophic plant samples, applying different microscopy techniques such as scanning and transmission electron microscopy, light, confocal, and fluorescence microscopy to study fungal colonization in plants tissues and seeds germinated with mycorrhizal fungi.

Mikoheterotrofik Bitki Dokularında Mantar Kolonizasyonunu Yorumlamak ve Tohumların Simbiyotik Çimlenmesi için Mikroskopi Teknikleri

Structural botany is an indispensable perspective to fully understand the ecology, physiology, development, and evolution of plants. When researching ...