Yazarlar Joachim Theussl (merkezi tıbbi araştırma, tıbbi Graz Üniversitesi) ses yetenek olarak mükemmel teknik destek video prodüksiyon ve Monica Farrell (Araştırma yönetimi, tıbbi Graz Üniversitesi) için minnettarız.

Protokol ve video çekim tıbbi Graz Üniversitesi (Votum 27-126ex14/15) Kurumsal değerlendirme Komitesi tarafından kabul edildi. Bu video yayın için yazılı izni çocuk ve onun üst elde edildi.
1. aletleri ve malzemeler
<ol>
	<li>Kalibre edilmiş kesim (ISO 015/02) ve genellikle kendi uzunluğu (şekil 1) standart hale getirmek için ilk halka işareti endodontik tedavide kullanılan steril kağıt puan.</li>
	<li>UV ışık ışınlama 260 uygulamak nm kağıt puan (Şekil 2) DNA ve RNA kirlenmesini önlemek için 30 dk için.</li>
	<li>Otoklav 120 ° C ve 1.2 depolama tüpler 20 dk ve UV ışınlatayım için onları de ya da istihdam kullanıma hazır gama tüpler ışınlanmış.</li>
</ol>
2. konular hazırlanması
Not: Çocuk ve onun üst kayıt önce yazılı Onam alındı.
<ol>
	<li>Kakao yağı dudaklar için geçerlidir.</li>
	<li>Retraktörü her iki diş kemer için tam erişim için dil ve yanak monte.</li>
	<li>Dental plak plak açığa çıkması ile leke.</li>
	<li>Kuru alan cihazları çıkarın.</li>
	<li>Su renksiz olana ağız suyla durulayın.</li>
	<li>Fırça diş 45 ° bükülme bir elektrikli diş fırçasıyla iyice. Bu sözlü biyofilm değiştirecek su diş macunu, ama sadece geçerlidir.</li>
	<li>Yine, ağız açık ve kuru tutmak için dil guard dahil olmak üzere kuru alan aparatı monte.</li>
	<li>Temiz ve kuru steril pamuk temizleme bezi supragingival sıvı emme sırasında kağıt önlemek için dizin dişleriyle örnekleme noktası.</li>
</ol>
3. biyofilm örnekleme
<ol>
	<li>Subgingival sulkus örnekleme noktası kağıt
	<ol>
		<li>Kağıt Puan steril diş cımbız ile kavramak.</li>
		<li>Kağıt Puan yüzeysel kadar 4 mm tanımlanmış bir uzunluğu yerleştirin. Bileske epitel (şekil 3) travmatize değil özel dikkat.</li>
		<li>Sonra 20 kağıt noktalarını kaldırma s.</li>
		<li>Doğrudan hazır tüpler içine kağıt puan toplamak: kağıt noktası uç doğrudan bir steril ve DNA ücretsiz şişe yerleştirin ve üçüncü işareti olarak 4 mm (şekil 4) standart uzunluğa kesti.</li>
		<li>Çalışma iletişim kuralları tarafından belirtilen iki kağıt nokta paralel ve aynı anda aynı sitede (şekil 5A) yerleştirin.</li>
		<li>Alternatif olarak, toplamak kağıt makas çeşitli sitelerden çalışma Protokolü "havuza alınan örnekleri" gerektiriyorsa (şekil 5B).</li>
		<li>Kuru alan cihazları için kaldırmak Mukozal ve tükürük örnekleme.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Mukozal kağıt üzerine gelin örnekleme
	<ol>
		<li>Kağıt Puan üst yanak (şekil 6) Vestibüler kat uygulanır.</li>
		<li>Yanak kapatın ve kısa bir süre masaj.</li>
		<li>Yanak açın ve sonra 20 kağıt noktalarını kaldırma s.</li>
		<li>Kağıt puan üçüncü işareti olarak kesin ve onları steril bir tüp içinde subgingival örnekleme için gösterilen şekilde yerleştirin.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Tükürük örnekleme
	<ol>
		<li>Unstimulated tükürük sterilize koleksiyonu gemi (Şekil 7) tükürmek çocuk izin.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
4. transfer ve depolama
<ol>
	<li>Bağlı olarak çalışma tasarımı (şekil 8) tek, havuza alınan veya paralel örnekleri olarak kağıt puan toplamak.</li>
	<li>Daha fazla örnek Yönetimi (Şekil 9) kolaylaştırmak için renk kodlu depolama sisteminin uygulayın.</li>
	<li>Son olarak, −80 ° C microbiome analiz bekleyen örnekleri saklayın.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Paster, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Diversity+in+Human+Subgingival+Plaque.">Bacterial Diversity in Human Subgingival Plaque.</a> J Bacteriol. 183 (12), 3770-3783 (2001).</li><li>Aas, J., Paster, B., Stokes, L., Olsen, I., Dewhirst, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+Normal+Bacterial+Flora+of+the+Oral+Cavity.">Defining the Normal Bacterial Flora of the Oral Cavity.</a> J Clin Microbiol. 43 (11), 5721-5732 (2005).</li><li>Ledder, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Analysis+of+the+Subgingival+Microbiota+in+Health+and+Disease.">Molecular Analysis of the Subgingival Microbiota in Health and Disease.</a> Appl Environ Microb. 73 (2), 516-523 (2007).</li><li>Zaura, E., Keijser, B., Huse, S., Crielaard, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+healthy+'core+microbiome'+of+oral+microbial+communities.">Defining the healthy 'core microbiome' of oral microbial communities.</a> BMC Microbiol. 9 (259), 1-12 (2009).</li><li>Alcaraz, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+a+healthy+oral+microbiome+through+metagenomics.">Identifying a healthy oral microbiome through metagenomics.</a> Clin Microbiol Infec. 18 (11), 54-57 (2012).</li><li>Dewhirst, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+Oral+Microbiome.">The Human Oral Microbiome.</a> J Bacteriol. 192, 5002-5017 (2010).</li><li>Keijser, B. J. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+analysis+of+the+Oral+Microflora+of+healthy+adults.">Pyrosequencing analysis of the Oral Microflora of healthy adults.</a> Journal of Dental Research. 87, 1016-1020 (2008).</li><li>K&#246;n&#246;nen, E., M&#252;ller, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiology+of+aggressive+periodontitis.">Microbiology of aggressive periodontitis.</a> Periodontol 2000. 65 (1), 46-78 (2014).</li><li>Nasidze, I., Li, J., Quinque, D., Tang, K., Stoneking, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+diversity+in+the+human+salivary+microbiome.">Global diversity in the human salivary microbiome.</a> Biotechfor. 19 (4), 636-643 (2009).</li><li>Jerv&#248;e-Storm, P. M., Koltzscher, M., Falk, W., D&#246;rfler, A., Jepsen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture+and+real-time+PCR+for+detection+and+quantification+of+five+putative+periopathogenic+bacteria+in+subgingival+plaque+samples.">Comparison of culture and real-time PCR for detection and quantification of five putative periopathogenic bacteria in subgingival plaque samples.</a> J Clin Periodontol. 32 (7), 778-783 (2005).</li><li>Ouhara, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Susceptibilities+of+periopathogenic+and+cariogenic+bacteria+to+antibacterial+peptides,+&#946;-defensins+and+LL37,+produced+by+human+epithelial+cells.">Susceptibilities of periopathogenic and cariogenic bacteria to antibacterial peptides, &#946;-defensins and LL37, produced by human epithelial cells.</a> J Antimicrob Chemoth. 55, 888-896 (2005).</li><li>Belda-Ferre, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+oral+metagenome+in+health+and+disease.">The oral metagenome in health and disease.</a> ISME J. 6 (1), 46-56 (2011).</li><li>Holt, S., Ebersole, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Porphyromonas+gingivalis,+Treponema+denticola,+and+Tannerella+forsythia:+the+'red+complex',+a+prototype+polybacterial+pathogenic+consortium+in+periodontitis.">Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, and Tannerella forsythia: the 'red complex', a prototype polybacterial pathogenic consortium in periodontitis.</a> Periodontol 2000. 38, 72-122 (2005).</li><li>Gomez, A., Nelson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Oral+Microbiome+of+Children:+Development,+Disease,+and+Implications+Beyond+Oral+Health.">The Oral Microbiome of Children: Development, Disease, and Implications Beyond Oral Health.</a> Microb Ecol. 73 (2), 492-503 (2017).</li><li>Klug, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+Biofilm+Analysis+of+Palatal+Expanders+by+Fluorescence+In-Situ+Hybridization+and+Confocal+Laser+Scanning+Microscopy.">Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy.</a> J Vis Exp. , e2967 (2011).</li><li>Schlafer, S., Dige, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ratiometric+Imaging+of+Extracellular+pH+in+Dental+Biofilms.">Ratiometric Imaging of Extracellular pH in Dental Biofilms.</a> J Vis Exp. , (2016).</li><li>Kilian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+oral+microbiome+-+an+update+for+oral+healthcare+professionals.">The oral microbiome - an update for oral healthcare professionals.</a> British Dental Journal. 221 (10), 657-666 (2016).</li><li>Razzouk, S., Termechi, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+genome,+epigenome,+and+oral+microbiome+interactions:+toward+personalized+periodontal+therapy.">Host genome, epigenome, and oral microbiome interactions: toward personalized periodontal therapy.</a> J Periodontol. 84 (9), 1266-1271 (2012).</li><li>De Freitas, A., Marquezan, M., da Nojima, M., Alviano, D., Maia, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+influence+of+orthodontic+fixed+appliances+on+the+oral+microbiota:+A+systematic+review.">The influence of orthodontic fixed appliances on the oral microbiota: A systematic review.</a> Dent Press J Orthod. 19 (2), 46-55 (2014).</li><li>Akin, M., Tezcan, M., Ileri, Z., Ayhan, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Incidence+of+white+spot+lesions+among+patients+treated+with+self-+and+conventional+ligation+systems.">Incidence of white spot lesions among patients treated with self- and conventional ligation systems.</a> Clin Oral Invest. 19 (6), 1501-1506 (2015).</li><li>Ren, Y., Jongsma, M., Mei, L., van der Mei, H., Busscher, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Orthodontic+treatment+with+fixed+appliances+and+biofilm+formation-a+potential+public+health+threat?.">Orthodontic treatment with fixed appliances and biofilm formation-a potential public health threat?.</a> Clin Oral Invest. 18 (7), 1711-1718 (2014).</li><li>Santigli, E., Trajanoski, S., Eberhard, K., Klug, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sampling+Modification+Effects+in+the+Subgingival+Microbiome+Profile+of+Healthy+Children.">Sampling Modification Effects in the Subgingival Microbiome Profile of Healthy Children.</a> Frontiers Microbiol. 7, 2142 (2017).</li><li>Klug, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+Mouth+to+Model:+Combining+in+vivo+and+in+vitro+Oral+Biofilm+Growth.">From Mouth to Model: Combining in vivo and in vitro Oral Biofilm Growth.</a> Frontiers Microbiol. 7, 1448 (2016).</li><li>Xim&#233;nez-Fyvie, L., Haffajee, A., Socransky, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+composition+of+supra-+and+subgingival+plaque+in+subjects+with+adult+periodontitis.">Microbial composition of supra- and subgingival plaque in subjects with adult periodontitis.</a> J Clin Periodontol. 27 (10), 722-732 (2000).</li><li>Zijnge, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+Biofilm+Architecture+on+Natural+Teeth.">Oral Biofilm Architecture on Natural Teeth.</a> PLoS ONE. 5 (2), e9321 (2010).</li><li>Diaz, P. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+high+throughput+sequencing+to+explore+the+biodiversity+in+oral+bacterial+communities.">Using high throughput sequencing to explore the biodiversity in oral bacterial communities.</a> Mol Oral Microbiol. 27 (3), 182-201 (2012).</li><li>Goode, M., Cheong, S., Li, N., Ray, W., Bartlett, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collection+and+extraction+of+saliva+DNA+for+next+generation+sequencing.">Collection and extraction of saliva DNA for next generation sequencing.</a> J Vis Exp. , (2014).</li><li>Hodgson, N., Granger, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collecting+saliva+and+measuring+salivary+cortisol+and+alpha-amylase+in+frail+community+residing+older+adults+via+family+caregivers.">Collecting saliva and measuring salivary cortisol and alpha-amylase in frail community residing older adults via family caregivers.</a> J Vis Exp. , e50815 (2013).</li><li>Luo, A. H., Yang, D. Q., Xin, B. C., Paster , B. J., Qin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+profiles+in+saliva+from+children+with+and+without+caries+in+mixed+dentition.">Microbial profiles in saliva from children with and without caries in mixed dentition.</a> Oral Dis. 18 (6), 595-601 (2012).</li><li>Nasidze, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+human+saliva+microbiome+diversity+by+barcoded+pyrosequencing+and+cloning+approaches.">Comparative analysis of human saliva microbiome diversity by barcoded pyrosequencing and cloning approaches.</a> Anal Biochem. 391 (1), 64-68 (2009).</li><li>Pfaffe, T., Cooper-White, J., Beyerlein, P., Kostner, K., Punyadeera, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+Potential+of+Saliva:+Current+State+and+Future+Applications.">Diagnostic Potential of Saliva: Current State and Future Applications.</a> Clin Chem. 57 (5), 675-687 (2011).</li><li>Zhu, W., Gallo, R., Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sampling+human+indigenous+saliva+peptidome+using+a+lollipop-like+ultrafiltration+probe:+simplify+and+enhance+peptide+detection+for+clinical+mass+spectrometry.">Sampling human indigenous saliva peptidome using a lollipop-like ultrafiltration probe: simplify and enhance peptide detection for clinical mass spectrometry.</a> J Vis Exp. , e4108 (2012).</li><li>Belibasakis, G., Schmidlin, P., Sahrmann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+microbiological+evaluation+of+subgingival+biofilm+sampling+by+paper+point+and+curette.">Molecular microbiological evaluation of subgingival biofilm sampling by paper point and curette.</a> Apmis. 122 (4), 347-352 (2014).</li><li>Hayashi, F., Okada, M., Soda, Y., Miura, K., Kozai, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subgingival+distribution+of+Campylobacter+rectus+and+Tannerella+forsythensis+in+healthy+children+with+primary+dentition.">Subgingival distribution of Campylobacter rectus and Tannerella forsythensis in healthy children with primary dentition.</a> Arch Oral Biol. 51 (1), 10-14 (2006).</li><li>Papaioannou, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microbiota+on+different+oral+surfaces+in+healthy+children.">The microbiota on different oral surfaces in healthy children.</a> Oral Microbiol Immunol. 24 (3), 183-189 (2009).</li><li>Abusleme, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+subgingival+microbiome+in+health+and+periodontitis+and+its+relationship+with+community+biomass+and+inflammation.">The subgingival microbiome in health and periodontitis and its relationship with community biomass and inflammation.</a> ISME J. 7 (5), 1016-1025 (2013).</li><li>Griffen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+and+complex+bacterial+profiles+in+human+periodontitis+and+health+revealed+by+16S+pyrosequencing.">Distinct and complex bacterial profiles in human periodontitis and health revealed by 16S pyrosequencing.</a> ISME J. 6 (6), 1176-1185 (2011).</li><li>J&#252;nemann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Community+Shift+in+Treated+Periodontitis+Patients+Revealed+by+Ion+Torrent+16S+rRNA+Gene+Amplicon+Sequencing.">Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing.</a> PLoS ONE. 7 (8), e41606 (2012).</li><li>Cortelli, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+periodontal+pathogens+in+newborns+and+children+with+mixed+dentition.">Detection of periodontal pathogens in newborns and children with mixed dentition.</a> European J Clin Microbiol Infect Dis. 31, 1041-1050 (2012).</li><li>Trajanoski, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+in+microbiome+analysis:+factors+affecting+reproducibility+of+repeated+biofilm+sampling+of+the+gingival+sulcus+of+children.">Next-generation sequencing in microbiome analysis: factors affecting reproducibility of repeated biofilm sampling of the gingival sulcus of children.</a> JDOCE. 1 (3), 34-46 (2013).</li><li>Jongsma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biofilm+formation+on+stainless+steel+and+gold+wires+for+bonded+retainers+in+vitro+and+in+vivo+and+their+susceptibility+to+oral+antimicrobials.">Biofilm formation on stainless steel and gold wires for bonded retainers in vitro and in vivo and their susceptibility to oral antimicrobials.</a> Clin Oral Invest. 17 (4), 1209-1218 (2013).</li></ol>

Yazarlar bu bilimsel video üretimi için ilgili hiçbir Çatışmaları rapor.

Bakteri ağız boşluğu24,25,26içinde tüm sitelerdeki bulunur. Birçok çalışma olarak kolayca27,28,29,30,31tükürme ile tatmak mümkündür gibi sözlü kolonizasyon eşlemek için bir örnekleme orta tükürük kullanımı odaklı olması, 32. Ancak, tükürük biyofilm subgingival biyofilm kompozisyon yansıtmaz. Böylece, diğer örnekleme yöntemleri bütün resmi oluşturmak için çok önemlidir ve diş araştırma yeni tartışmalara uyandırmak. Çeşitli makaleleri, Curettes| ve kağıt Puan kullanılması periodontally hastalıklı konular8,33,34subgingival örnekleme için karşılaştırın. Henüz hiçbir araştırma grubu farklı yaş gruplarına, özellikle çocuk19için Standart örnekleme aygıt uygulama odaklı olması bilinmektedir.
Bu videoda, sözlü biyofilm örnekleme sağlıklı çocuk üç sözlü alanları sunulur.
Değişiklikler ve sorun giderme:
Yazının amacı subgingival biyofilm örnekleme sağlıklı çocukların klinik protokol üzerinde duruluyor. Yönteminin seçimi nerede sınırlı alanlarda özellikle zorlu örnekleme yapar ses subgingival sulci ifade eder. Bu videoda yöntemi için erken kalıcı diş uygulandı. Ayrıca karışık veya olgun diş ve çocuk ve/veya yetişkin uygulanabilir. Bizim örnekleme yöntemi gibi tek veya havuza alınmış örnekleri değişiklikleri olanak sağlar. İkinci DNA sağlıklı subgingival sulkus collectable az miktarda nedeniyle moleküler analizleri için önemli bir faktör haline gelebilir. Seçtiğiniz dizin diş bir isteğe bağlı olarak değiştirilebilir; Özellikle, başka bir diş epitel travmaya bir alternatif olarak örneklenen ve kanama, böylece kağıt noktası kullanılamaz hale olabilir. Paralel örnekleme iki kağıt nokta aynı anda bir sitede kullanarak örnek çoğaltır sandalye zaman çocuklar için kısaltma ek olarak tek bir adımda işler.
Hafif değişikliklerle hastalıklı periodontal cepler tatmak mümkündür. Burada kağıt Puan 10 mm'ye kadar ulaşabilirsiniz cep boy eklenmesi gerekir. Konus kağıt noktalarının yanı sıra ekleme derinliği ve uzunluğu faiz intraoral habitat için adapte olmalıdır, ama her zaman malzeme ve boyutları tarafından standart. Örnekleri de kağıt noktalarını kullanarak mukoza alınabilir. Aynı iletişim kurallarına izin ver farklı oral habitatları ve çeşitli diş malzemeleri karşılaştırmalar. Hastanın hazırlanması ve örnek depolama Bu videoda anlatıldığı gibi gerçekleştirilir. Metatranscriptome araştırma için RNA aynı yöntemle örnek. Böylece, örnekleme sonra kağıt Puan doğrudan RNA sabitleme çözümde takılmalıdır.
Teknik sınırlamaları:
Değişiklikleri ne olursa olsun, biz tarif klinik örnekleme yöntemi için ses subgingival sulkus sınırlıdır. Örnek periodontally hastalıklı cepler, gelince diğer örnekleme siteleri bizim çalışma tasarımının parçası değildi. Örnekleme böyle cepler tam derinliği için gerektiği gibi kağıt Puan örnekleri yeterince toplayacak kadar büyük olmayabilir. Deneysel hedef ses subgingival sulci ve periodontally hastalıklı cepler örnek verileri karşılaştırmak için ise, farklı klinik örnekleme yöntemleri ile ilişkili doğasında önyargı haberdar olmak önemlidir. Bu nedenle bu tür verileri karşılaştırmak için tavsiye edilmez.
Burada sunulan yöntem bir sınırlama propidium monoazide sonraki kullanımı olmadan örnekleme. Bu aracı doğrudan örnekleme sonra ekleme analiz biyofilm yaşayan hücrelerde belirli analiz sağlar. Burada açıklanan örnekleme yöntemi numaraları canlı ve ölü hücrelerin yansıtır. Derin cepleri biyofilm oluşumu güçlü olduğu gibi ciddi periodontitis araştırma için kağıt Puan muhtemelen Curettes| tarafından değiştirilmesi gerekir. Örnekleme bu gibi durumlarda, mikrobiyal tüm spektrumu onların yüzey olarak yansıtmıyor kağıt noktası çok hızlı bir şekilde doymuş.
Önemi ile ilgili mevcut yöntemler:
Önerilen el yazması kağıt puan ile sağlıklı sulkus subgingival örnekleme standartlaştırmak için türünün ilk örneğidir. Diğer raporlar metal Curettes|35,36 kullanmak için sevk veya kağıt 37,38,39puan, ama örnekleme önce gerçekleşecek işlemler tarif değil böyle plak kontrolü, diş temizliği, diş yalıtım ve kurutma, işlemleri yanı sıra bu örnekleme tekniği ve zaman satırlarındaki yetersiz özellikleri neden.
İki önceki makaleler, kağıt noktaları kullanımı subgingival biyofilm örnekleme çocuk22,40yılında için tekrarlanabilir bir yöntem olduğunu göstereceğiz. Onların tasarımı sayesinde, Curettes| sınırlı alanı ile sığ sulkus için çok büyük ve çok keskin ihale bileske epitel için. Epitel travmatik olmadan subgingival sulkus erişmek çok önemlidir. Bu şekilde, kanama üzerinden doğan önyargı önlenmiş olur. Böylece, ince ve yumuşak kağıt noktaları kullanımı bu alan için tercih edilir. Kağıt biyofilm kompozisyon ortodontik tedavi21,41sırasında değişiklikleri izlemek için fonksiyonel noktalarıdır. Bunlar ince ve sabit ortodontik aletleri unsurları arasında uyacak kadar esnek. Bu Curettes| gibi diğer örnekleme yöntemleri için büyük bir avantajdır. Atravmatik örnekleme Basitleştirilmiş ve küçük miktarlarda DNA'ın olası örnektir.
Gelecekteki uygulamalar:
Bu videoda yöntemi hastalıklı olmayan, erken, kalıcı diş üzerinde gösterdi. Ayrıca karışık veya olgun diş için uygulanabilir. Bazı uyarlamalar ile aynı iletişim kuralını takip ederek diş veya implantlar ve diş malzemeleri nedeniyle diğer niş gibi periodontally hastalıklı siteler örnek mümkündür. Çürük araştırma kök çürük üzerinde belirli çalışmalarda bu standart iletişim kuralı yarar. Bizim örnekleme video üzerinden en önemli ders standardizasyon kurallarının verileri karşılaştırılabilir, ne ve nasıl örnekleri ölçülür olursa olsun yapmak olduğunu.Gelecekteki video gösteriler klinik genel örnekleme alanında geliştirmek.
Sözlü biyofilm videoda gösterildiği gibi elde edilen klinik ve bilimsel araştırmalar için kullanılır. Bu vivo içinde yaklaşım vitro moleküler teknikleri Floresans in situ hibridizasyon ve confocal lazer mikroskobu15tarama gibi iyi bir ek temsil eder. NGS yöntemler, burada gösterildiği pyrosequencing tam microbiota analizini toplanan biyofilm için uygulanan olanak sağlar. Bazı bakteri türleri göreli zenginliği hesaplama tedaviler veya farklı hasta veya farklı tedaviler karşılaştırmak için kullanılabilir. Bir standart sıralama iletişim kuralı ve sıralaması analiz iş akışı ile birlikte daha önce elimizde40açıklanan, bu örnekleme yöntemi bir cins düzeye dizi analizi sağlar. Daha fazla "meta"-Bu videoda sunulan örnekleme protokol üzerinde tabanlı çalışmaları gibi metatranscriptomic veya metabolomic çalışmaları mümkündür.
Kritik adımlar:
Kirlenme kaçınarak kritik bir adımdır: steril aletlerin steril olmayan in vivo ortamda uygulanması gerekiyor. Tezgah ağzından aktarmak hızlı ve güvenli sandalye zaman çalışmaya katılanların olabildiğince kısa tutmak için deneyimli bir sınav tarafından yapılması gerekiyor. En kritik protokolündeki subgingival sulkus kağıt noktasına Atravmatik ekleme adımdır. Kaçınılması gereken bozulma bileske epitel ve kesinlikle kanama var. Kağıt noktaları ve depolama tüpleri eksojen DNA veya RNA ile kontamine değil için alınması gereken daha fazla bakım vardır. Depolama kendisi sonra da kritik bir adımdır. Örnekleri donmuş doğrudan, en iyi −80 ° C. gerekir Bu sıralama sonuçları tahrifat bakteriyel kompozisyon yazı örnekleme değişimler önler.

İnsan sözlü biyofilm çoğunlukla commensals ve yararlı mikroorganizmaların1,2,3oluşan geniş bir topluluk oluşmaktadır. Burada bulunan türler ağız boşluğu4,5,6sunmaktadır nişler kolonize. Bu nişler bileşiminde biyofilm habitatları olarak yaygın olarak değişir. Tükürük örneğin plaket örnekleri daha farklı bakteriyel profillerini görüntüler. % 7'den az tükürük içinde bulunur iken sağlıklı yetişkin plak örneklerinde evvel göreli bolluk % 20, sona erdi. Bacteroidetes ve Firmicutes tükürük7çok daha yüksek rakamlarla buna ek olarak görünür. Böylece, bütün resmi almak için örnek, ağız farklı yerlerdeki önemlidir. Ayrıca, coğrafi ve etnik farklılıkları, yaş, cinsiyet ve diğer birçok faktöre gibi çeşitli faktörler biyofilm geliştirme ve hastalık başlangıçlı8,9için genel kuralları tespit etmek zordur olun. Uzun yıllar boyunca periopathogenic ve cariogenic biyofilm Araştırma Merkezi endişe8,10,11,12,13oldu.
Son yıllarda, sağlıklı konularda araştırma sadece hastalık daha geniş bir anlayış için aynı zamanda önleyici tedbirler14uygulanması için önem kazanmıştır. Yeni teknolojiler ve moleküler analizleri daha fazla sözlü biyofilm oluşumu ve işlev15,16aydınlatmak ve mikrobiyal çeşitlilik17,18tam profil oluşturmayı etkinleştirmek. Bu da mikrobiyal değişiklikleri yeni bir anlayış ortodontik tedavi19sırasında yol bekleniyor. Ortodontik Biyomalzeme gelişimi üzerinde etkili öngörülebilir. Gelişmiş perspektif ortodontik tedavinin biyofilm, emaye Demineralizasyon ve periodontal hastalıklar12,20,21gibi ilişkili komplikasyonlar yeni ışık tutacak. Dünya çapında veri karşılaştırmaları izin vermek için tüm adımları veri üretimi standartlaştırmak önemlidir. Laboratuvar yordamlar küçük değişiklikler güçlü sonuçları etkileyebilir. Buna ek olarak, veri işleme Hesaplamalı platformlar değişen kullanım için karşılaştırılabilir olmayan veri kümeleri açabilir. Son olarak, istatistiksel testler ve düzeltmeler seçim sonuçları üzerinde büyük etkisi vardır. Ancak, önyargı örnekleme zaten uzun zaman önce herhangi bir laboratuar oluşabilir veya biyo-bilgi işlem başlar. Olmayan Standart örnekleme yöntemleri için doğal olarak önyargılı bir çalışma kurşun. İlgili çalışmalarda standardizasyon orta düzeyde düşük içinde görüş-in Ortodonti ve microbiomes19arasındaki ilişki çok az kanıt var. Bu nedenle, standart yöntem geliştirme nitelikli alandaki verilerin karşılaştırılması kolaylaştırmak.
Bu makale standart sözlü biyofilm örnekleme yordamları sunar. Protokol genel olarak karşılaştırılabilir koleksiyonları mikrobiyal sıralı veri üreten doğru katkıda bulunmak için tasarlanmıştır. Sağlıklı çocuklarda ağız biyofilm örnekleme için adım adım bir protokol sunulmuştur. Seçim yöntemi olarak kağıt ses subgingival sulkus içine eklenen atraumatically noktalarıdır. Habitat karşılaştırmaları kolaylaştıracak, yanak mukozasında göre aynı iletişim kuralını örneklenir. Bu makalede ayrıca paralel ve havuza alınan örnekleme gösterilmektedir. Ayrıca, tükürük örnekleme gösterilir. Basit bir renk kodlu taşıma ve depolama sistemi de diğer işlemler numune Yönetimi kolaylaştırmak sundu. Sözlü araştırma farklı alanları tarafından geçirilen klinik sorulara aşağı akım işlemleri ile ilgili depolama ortamı, metagenomic analizleri ve Biyoinformatik seçimi bağlıdır. Bu makale, DNA örnekleme NGS için ortodontik araştırma için olası bir uygulama örneği olarak seçildi.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1545">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">Paper Points Taper .02, sterilised</td>
			<td style="width:247px;">VDW Dental</td>
			<td style="width:119px;">550 029 015</td>
			<td style="width:947px;">http://www.vdw-dental.com/en/products/root-canal-drying/paper-points.html?seminarNo=24&#38;cHash= 
			1107d79ab05653b454fd90a954dc92e2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GC Cocoa Butter, Tube of 10 g</td>
			<td style="width:247px;">GC EUROPE N.V.</td>
			<td style="width:119px;">000387</td>
			<td>http://www.gceurope.com/products/detail.php?id=22</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">Rondells blue</td>
			<td style="width:247px;">DIRECTA AB</td>
			<td>Rondell Tablets</td>
			<td>http://www.directadental.com/exego.aspx?p_id=767</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">Great Lakes Nola Dry Field System</td>
			<td style="width:247px;">Great Lakes Ortho</td>
			<td>300-401</td>
			<td>http://www.greatlakesortho.com/commerce/detail/?nPID=1626</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">tooth brush</td>
			<td style="width:247px;">Oral-B</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.oralb-blendamed.de/de-DE/pro</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">micro-Ident plus11</td>
			<td style="width:247px;">Hain Lifescience GmbH</td>
			<td>23312</td>
			<td>http://www.hain-lifescience.de/en/products/microbiology/dental-diagnostics/micro-ident-und-micro-identplus.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">ParoCheck</td>
			<td style="width:247px;">Greiner Bio One International GmbH</td>
			<td>460020</td>
			<td>https://shop.gbo.com/en/row/articles/catalogue/article/0150_00020/12705/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Carpegen Perio Diagnostik</td>
			<td style="width:247px;">Carpegen GmbH</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.carpegen.de/en/products-and-services/carpegen-perio-diagnostics.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">tubes Reaktionsgef&#228;&#223;e 1,5 ml</td>
			<td>Lactan</td>
			<td>CH77.1&#160; to CH81.1</td>
			<td>www.lactan</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">cotton swabs</td>
			<td>Henry Schein</td>
			<td style="width:119px;">9003182</td>
			<td>www.henryschein.at</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

oral biofilm sampling for microbiome analysis in healthy children

Sözlü biyofilm ve moleküler analizi onun çeşitli diş araştırma ve klinik sorular inceleyen için bir temel oluşturur. Biyofilm kompozisyon bilmek daha iyi cariogenic ve periopathogenic mekanizmaları için anlamak için getirir. Mikrobiyal değişiklikleri çocukluk döneminde ağız boşluğunda yer alan ilgi için çeşitli nedenleri vardır. Çocuk sözlü microbiota ve vardiya onun bileşiminde evrimi anlamak ve muhtemelen hastalığın başlangıcı önlemek için daha fazla çözümlenmesi gerekiyor. Aynı zamanda, sözlü biyofilm doğal kompozisyon gelişmiş bilgi gereklidir. Sağlıklı diş etleri ile çürük ücretsiz kalıcı diş erken dönemlerinde şekil-in ağız sağlığı ve hastalığı eğitim için bir situ içinde temel olarak hizmet verebilir bir yaygın etkilenmemiş subgingival yaşam alanı sağlar. Çocuk ağız biyofilm hayatında farklı aşamalarında böylece alanında önemli bir tema analizidir. Modern moleküler analiz yöntemleri böyle biyofilmler bakteri çeşitliliği hakkında kapsamlı bilgi sağlar. Microbiota veri karşılaştırma etkinleştirmek için bu yordamı her adımda moleküler veri üretimi için standartlaştırmak önemlidir. Bu yordamı taksonomik yoruma klinik örnekleme, sonraki nesil sıralama (NGS), bioinformatic veri işleme'den yayılan. Burada en önemli faktörlerden biridir biyofilm örnekleme. Örnekleme çocuklarda daha fazla özellikle subgingival alanlarda sınırlı yer nedeniyle zordur. Biz böylece subgingival örnekleme kağıt Puan kullanımına odaklanmaktadır. Bu makalede subgingival sulkus, mukoza ve çocuklarda tükürük ağız biyofilm örnekleme için detaylı bir protokol sağlar.

Mevcut yayında DNA örnekleme NGS için ortodontik araştırma için olası bir uygulama örneği olarak gösterilmiştir. Bakteriyel DNA doğrudan kağıt noktası örneklerinden elde edilir. Bu DNA'yı sonra mikrobiyal kompozisyon için çalışmalarda kullanılan klinik veya araştırma soruları ( şekil 10' özetlendiği gibi).
NGS yöntemi 454-pyrosequencing gibi modern moleküler analiz yöntemleri örneği tam microbiota genel bir bakış verir. Binlerce bakteri DNA aynı anda farklı filogenetik düzeylerde 16s üzerinde tanımlanmış rRNA sıra farklılıklar. Bioinformatic platformlar büyük veri kümeleri bilgileri alındı kümeler halinde yapılandırma aracı olarak oluşturulması gerekir. İstatistiksel analiz sonra microbiota veri kümeleri için uygulanabilir.
Değişen yaşam koşulları nedeniyle microbiota nöbetleşe mümkün olduğunca bazı bakteri türleri genel olarak göreli bolluk analiz edilebilir. Çubuk grafikler (Şekil 11) ve heatmaps (şekil 12) subgingival bakteriyel kompozisyon şube düzeyinde veya sipariş düzeyinde görüntüleyin. Açıklayıcı ve Çıkarımsal istatistik tarafından çeşitli bireyler ve tedavileri karşılaştırılabilir. Şekil 13 bir çubuk grafik karşılaştırma farklı taksonomik düzeylerde örnekleme subgingival kağıt noktasının iki mod sunuyor. Tablo 1 vardiya iki zaman puan (T1 ve T3) karşılaştırarak bir vitro çalışma sırasında biyofilm bileşiminde gösterir. İstatistiksel olarak anlamlı değişiklikler Wilcoxon imzaladı-rank testi ve aşağıdaki Bonferroni düzeltmesi 454-pyrosequencing verilerden hesaplanmıştır.
Son olarak, asıl Coordinate çözümleme (PCoA) farklı örneklerinde tanımlandığı gibi operasyonel taksonomik birimi (OTU) düzeyinde doğrudan 3D karşılaştırma sağlar. Şekil 14 PCoA araziler içi ve arası individual farklılıkları subgingival microbiome beş çocuk büyük bir dizi görüntüler. Şekil 15 ortodontik bir vaka-kontrol çalışması sonuçlarını gösterir: durumlar için kırmızı noktalar pembe vardır, hafif koyu mavi noktalar denetimi, art arda dört aylık bir süre içinde tüm örneklenen vardır. Açık kasa ortodontik müdahale (kırmızı nokta) sonra kümeleme microbiome bir kayma temsil eder. Kontrol grubu temsil eden mavi noktalar eşit şekilde dağıtılır.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig1.jpg"> 
Resim 1 : Kağıt Puan standart uzunlukta hazırlayın. Steril kalibre edilmiş kağıt Puan uzunlukları standart hale getirmek için ilk halka işareti olarak kesilir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig2.jpg"> 
Resim 2 : Sterilize ve DNA ücretsiz Kağıt noktaları. Standart kağıt Puan steril ve temiz bir tezgah UV ışınlanmış. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig3.jpg"> 
Şekil 3 : Subgingival kağıt noktası ekleme. Steril kalibre edilmiş kağıt Puan eklendiği yüzeysel subgingival sulkus kadar 4 mm halka mark 20 s.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig4.jpg"> 
Şekil 4 : Kağıt nokta tüp içine kesme. Doğrudan örnekleme sonra üçüncü halka işareti (4 mm) içine bir steril ve DNA-Alerjik 1,5 mL flakon kağıt Puan kesilir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig5.jpg"> 
Şekil 5 : Havuza alınmış ve paralel örnekleme. İki kağıt nokta aynı anda bir diş(a)veya birkaç kağıt noktaları subgingival sulci içine birkaç diş (B) sulkus subgingival eklenir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig6.jpg"> 
Şekil 6 : Mukozal örnekleme. Steril kalibre edilmiş kağıt puanları Vestibüler kat mukoza koyulur vardır. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig7.jpg"> 
Şekil 7 : Tükürük toplama. Unstimulated tükürük steril bir kabı tükürmek. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig7large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig8.jpg"> 
Şekil 8 : Örnekleme planı. Örnekleri havuza alınmış (sol tarafta, bir diş) tek, (çeşitli bir şişe içinde bütün çizgileri için) veya paralel (mavi çizgili, bir diş iki kağıt noktada) örnekleri olarak toplanabilir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig8large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig9.jpg"> 
Şekil 9 : Renk kodlu Muhafazası. Başvuran bir renk kod sayfaları ve şişeleri kolaylaştırır için daha fazla işleme örnek.<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig9large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig10.jpg"> 
Şekil 10 : Subgingival biyofilm analiz. Şematik sunumu klinik biyofilm örnekleme(a), (B) DNA ekstraksiyon ve farklı NGS teknolojileri (C). <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig10large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig11.jpg"> 
Şekil 11 : Çubuk grafik. 454-pyrosequencing kullanılarak analiz şube düzeyinde bakterilerin göreli bereket gösterilen. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig11large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 12" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig12.jpg"> 
Şekil 12 : Heatmap. Bakteriyel siparişlerin kullanılarak analiz göreli zenginliği 454-pyrosequencing gösterilen. Koyu kırmızı temsil eden bir yüksek göreli bereket (&#62; % 10). Koyu mavi ilgili bakteriyel sipariş göreli yok bereket için çok düşük temsil eder. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig12large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 13" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig13.jpg"> 
Şekil 13 : Histogram. Karşılaştırma, iki işletim modundan birinde kağıt örnekleme (modları A ve B) farklı taksonomik düzeylerde üzerine gelin. 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig13large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 14" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig14.jpg"> 
Şekil 14 : 2D PCoA arsa. Bir durum serisi (n = 5) intra bireysel ve inter bireysel farklılıklar (1 rengidir 1 konu) iki subgingival örnekleme yöntem sonucu olarak gösteriliyor. 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig14large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 15" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig15.jpg"> 
Şekil 15 : Anlık görüntü 3D PCoA arsa animasyonun. Gösteren subgingival microbiome vardiya bir ortodontik vaka kontrol çalışmada (n = 16; her grup, 3 puan zamanında; durumlar: pembe kırmızı, denetimlere: koyu mavi ışık). 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri.Yayınlanmamış veriler çalışma grubu Santigli. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig15large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Takson: Bacteriae</td>
			<td colspan="3">Zaman noktası 1 [%]</td>
			<td colspan="3">Zaman noktası 3 [%]</td>
			<td colspan="2">Wilcoxon imzaladı-rank testi</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Şube/cins</td>
			<td>25</td>
			<td>Medyan</td>
			<td>75</td>
			<td>25</td>
			<td>Medyan</td>
			<td>75</td>
			<td>p-değeri</td>
			<td>p-değeri düzeltilir #</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer</td>
			<td>0.70</td>
			<td>1,07</td>
			<td>1.28</td>
			<td>1,32</td>
			<td>1,63</td>
			<td>1.93</td>
			<td>.000</td>
			<td>.005</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bunlar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Özellikle</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,13</td>
			<td>0,06</td>
			<td>0,30</td>
			<td>0,97</td>
			<td>*.001</td>
			<td>.021</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Rothia</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,05</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,13</td>
			<td>0,32</td>
			<td>*.001</td>
			<td>.009</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bacteroidetes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Prevotella</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,22</td>
			<td>0,15</td>
			<td>1,02</td>
			<td>2.44</td>
			<td>.000</td>
			<td>.006</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Firmicutes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer (basili)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,06</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,10</td>
			<td>.706</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Stafilokok</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,12</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,07</td>
			<td>0.17</td>
			<td>.548</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Gemellaceae)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,07</td>
			<td>0,12</td>
			<td>0.77</td>
			<td>1,24</td>
			<td>.005</td>
			<td>.091</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Lactobacillales)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,12</td>
			<td>1,50</td>
			<td>.004</td>
			<td>.073</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Granulicatella</td>
			<td>0,09</td>
			<td>0,23</td>
			<td>0,37</td>
			<td>0.64</td>
			<td>1.59</td>
			<td>2.28</td>
			<td>.000</td>
			<td>.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Lactobacillus</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0.18</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>.700</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer (Streptococcaceae)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,13</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,10</td>
			<td>0,19</td>
			<td>.768</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Streptococcaceae)</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,10</td>
			<td>0,23</td>
			<td>0,12</td>
			<td>0,37</td>
			<td>0,69</td>
			<td>.005</td>
			<td>.083</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Streptokok</td>
			<td>53,42</td>
			<td>61.96</td>
			<td>88.38</td>
			<td>48.44</td>
			<td>60.83</td>
			<td>73.97</td>
			<td>.055</td>
			<td>.930</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer (Lachnospiraceae)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,11</td>
			<td>.003</td>
			<td>.058</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Dialister</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>.240</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Veillonella</td>
			<td>3.43</td>
			<td>27.15</td>
			<td>42.78</td>
			<td>6,69</td>
			<td>13,38</td>
			<td>27.05</td>
			<td>.157</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bakteri</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Haemophilus</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0.03</td>
			<td>0.31</td>
			<td>0,84</td>
			<td>2.38</td>
			<td>.000</td>
			<td>.008</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="10">#p-değeri Wilcoxon imzaladı-rank testi göre Bonferroni düzeltmesi ayarlanabilir</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="10">Bir p &#60; 0.0026 olarak önemli kabul</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tablo 1: İstatistiksel analiz. İki nokta sağlıklı çocuklara oral microbiome farklılıkları zamanında. 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri. Görüntü Klug vd. modifiye 23

Watch this Scientific Journal Video about Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children at JoVE.com

Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children

Çocukluk boyunca oral microbiome ilgi büyüyen değişikliklerdir. Farklı microbiome çalışmalar karşılaştırılması Standart örnekleme iletişim kurallarının eksikliği ortaya koymaktadır. Sınırlı alanlarda çocukların zorlu ses subgingival sulkus örnekleme yapar. Kağıt noktası örnekleme yönteminin seçimi için bu alanı olarak ayrıntılı olarak burada sunulur.

Sağlıklı çocuklarda Microbiome analiz için sözlü biyofilm örnekleme

Oral biofilm and its molecular analysis provide a basis for investigating various dental research and clinical questions. Knowledge of biofilm composition ...

oral-biofilm-sampling-for-microbiome-analysis-in-healthy-children

Research

JoVE Journal

Medicine

17.0K Görüntüleme.  Medical University of Graz. Çocukluk boyunca oral microbiome ilgi büyüyen değişikliklerdir. Farklı microbiome çalışmalar karşılaştırılması Standart örnekleme iletişim kurallarının eksikliği ortaya koymaktadır. Sınırlı alanlarda çocukların zorlu ses subgingival sulkus örnekleme yapar. Kağıt noktası örnekleme yönteminin seçimi için bu alanı olarak ayrıntılı olarak burada sunulur.

Video: Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children

Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of them being fluorescence in situ hybridization (FISH).1,2 We performed a pilot study in which oral biofilm samples collected from fixed orthodontic appliances (palatal expanders) were stained by FISH, the objective being to assess the three-dimensional organization of natural biofilm and plaque accumulation.3,4 FISH creates an opportunity to stain cells in their native biofilm environment by the use of fluorescently labeled 16S rRNA-targeting probes.4-7,19 Compared to alternative techniques like immunofluorescent labeling, this is an inexpensive, precise and straightforward labeling technique to investigate different bacterial groups in mixed biofilm consortia.18,20 General probes were used that bind to Eubacteria (EUB338 + EUB338II + EUB338III; hereafter EUBmix),8-10 Firmicutes (LGC354 A-C; hereafter LGCmix),9,10 and Bacteroidetes (Bac303).11 In addition, specific probes binding to Streptococcus mutans (MUT590)12,13 and Porphyromonas gingivalis (POGI)13,14 were used. The extreme hardness of the surface materials involved (stainless steel and acrylic resin) compelled us to find new ways of preparing the biofilm. As these surface materials could not be readily cut with a cryotome, various sampling methods were explored to obtain intact oral biofilm. The most workable of these approaches is presented in this communication. Small flakes of the biofilm-carrying acrylic resin were scraped off with a sterile scalpel, taking care not to damage the biofilm structure. Forceps were used to collect biofilm from the steel surfaces. Once collected, the samples were fixed and placed directly on polysine coated glass slides. FISH was performed directly on these slides with the probes mentioned above. Various FISH protocols were combined and modified to create a new protocol that was easy to handle.5,10,14,15 Subsequently the samples were analyzed by confocal laser scanning microscopy. Well-known configurations3,4,16,17 could be visualized, including mushroom-style formations and clusters of coccoid bacteria pervaded by channels. In addition, the bacterial composition of these typical biofilm structures were analyzed and 2D and 3D images created.

We present a protocol for structural and compositional analysis of natural oral biofilm from orthodontic appliances with in situ hybridization (FISH) and confocal laser scanning microscopy (CLSM). Oral biofilm samples were collected from palatal expanders, scraping acrylic-resin flakes off their surface and referring them for molecular processing.

Floresan In-Situ Hibridizasyon ve Konfokal Lazer Tarama Mikroskopi Palatal Genişleticilerden Oral Biyofilm Analizi

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of ...

Tıp

TRUE Gene Silencing: Screening of a Heptamer-type Small Guide RNA Library for Potential Cancer Therapeutic Agents

TRUE gene silencing (termed after tRNase ZL-utilizing efficacious gene silencing) is one of the RNA-directed gene silencing technologies, which utilizes an artificial small guide RNA (sgRNA) to guide tRNA 3&#8242; processing endoribonuclease, tRNase ZL, to recognize a target RNA. sgRNAs can be taken up by cells without any transfection reagents and can downregulate their target RNA levels and/or induce apoptosis in human cancer cells. We have screened an sgRNA library containing 156 heptamer-type sgRNAs for the effect on viability of human myeloma and leukemia cells, and found that 20 of them can efficiently induce apoptosis in at least one of the cancer cell lines. Here we present a protocol for screening of a heptamer-type sgRNA library for potential therapeutic drugs against blood cancers. The protocol includes how to construct the sgRNA library, how to assess the effect of each sgRNA on cell viability, and how to further evaluate the effective sgRNAs by flow cytometry. Around 2,000 hits would be expected to be obtained by screening the full-scale sgRNA library composed of 16,384 heptamers.

Here we present a protocol for screening of a heptamer-type sgRNA library for potential therapeutic drugs against blood cancers.

DOĞRU gen susturma: Potansiyel Kanser Tedavi Ajanlar için heptamer tipi Küçük Rehberi RNA Kütüphanesi Taranması

TRUE gene silencing (termed after tRNase ZL-utilizing efficacious gene silencing) is one of the RNA-directed gene silencing technologies, which utilizes ...

Nerve-sparing Mid-urethral Obstruction (NeMO) in Female Small Rodents

Partial bladder outlet obstruction (pBOO) has a high prevalence, causes significant patient burden, and immense health care costs. The most common animal model to investigate bladder remodeling in pBOO are female rodents undergoing partial obstruction at the proximal urethra. Variability in the degree of obstruction and animal mortality are major concerns with proximal obstruction. Furthermore, dissecting around the proximal urethra and bladder neck jeopardizes bladder innervation.
We developed a nerve-sparing mid-urethral obstruction (NeMO) model for pBOO avoiding the disadvantages of the traditional model. We approached the urethra just inferior to the pubic symphysis, which obviated the need for laparotomy as well as for dissection in this area; also, the striated urethral sphincter remained untouched. We performed NeMO in female Sprague-Dawley rats (12 obstructions, 6 sham animals) as well as in female C57/bl6 mice (20 obstructions, 18 sham animals). After two weeks, we evaluated bladder function, bladder mass, and body mass.
We had no mortalities among obstructed- or sham-operated female rats; as described for the traditional proximal pBOO-method, we tied the suture around the proximal urethra and a temporarily placed 0.9 mm metal rod. NeMO induced an 85% increase in bladder mass after two weeks, average residual urine volume was 0.4 mL in partially obstructed rats while only 0.03 mL in sham animals. In mice, we tested 3 sizes of cannulas that we placed along the urethra when tying the suture. We found that using a 27-gauge cannula resulted in over 50% animal mortality; placing the 25-gauge cannula did not yield the desired response in increasing bladder mass; utilizing a 26-gauge cannula yielded favorable results with minimal animal mortality (1/8) yet a significant 2-fold increase in bladder mass.

Nerve-sparing Mid-urethral Obstruction NeMO in Female Small Rodents

Traditional modeling of partial bladder outlet obstruction in rodents is fraught with animal mortality. A denervation injury from dissection around the proximal urethra and bladder neck is also of major concern. We developed and evaluated a safe and reliable mid-urethral obstruction model, avoiding the shortcomings of the traditional model.

Kadın Küçük Kemirgenler Sinir koruyucu Orta üretral Tıkanıklığı (Nemo)

Partial bladder outlet obstruction (pBOO) has a high prevalence, causes significant patient burden, and immense health care costs. The most common animal ...

Oral Biofilm Formation on Different Materials for Dental Implants

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low microbial adhesion may reduce the prevalence and progression of peri-implant diseases. In view of the oral environment complexity and oral biofilm heterogeneity, microscopy techniques are needed that can enable a biofilm analysis of the surfaces of teeth and dental materials. This article describes a series of protocols implemented for comparing oral biofilm formation on titanium and ceramic materials for prosthetic abutments, as well as the methods involved in oral biofilms analyses at the morphological and cellular levels. The in situ model to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments as described in this study provides a satisfactory preservation of the 48 h biofilm, thereby demonstrating methodological adequacy. Multiphoton microscopy allows the analysis of an area representative of the biofilm formed on the test materials. In addition, the use of fluorophores and the processing of the images using multiphoton microscopy allows the analysis of the bacterial viability in a very heterogeneous population of microorganisms. The preparation of biological specimens for electron microscopy promotes the structural preservation of biofilm, images with good resolution, and no artifacts.

Here, we present a protocol to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments, including the analysis of bacterial cells viability and morphological characteristics. An in situ model associated with powerful microscopy techniques is used for the oral biofilm analysis.

Diş implantları için farklı malzemeler üzerinde sözlü biyofilm oluşumu

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low ...

Handheld Metal Detector Screening for Metallic Foreign Body Ingestion in Children

Coins are the most common ingested metallic foreign bodies among children. The goal of this protocol is to assess the accuracy and feasibility of using a handheld metal detector to detect ingested metallic foreign bodies in children. We propose that by introducing handheld metal detector screening early in the triage process of children with high suspicion of metallic foreign body ingestion, the number of radiographs being ordered to localize the metallic foreign body can be reduced in this radio-sensitive population. The study protocol requires the screening of the participants for history of foreign body ingestion and exclusion of patients with respiratory distress or metallic implants. The patient changes to hospital gown and items that could contain metal like eyeglasses, earrings, pendants, and ornaments are removed. The patient is positioned in the center of the room away from other metallic interferences. The working status of the handheld metal detector is first confirmed by eliciting a positive audio-visual signal. Then the screening is done in an erect position with head in extension to expose the neck, from the level of the chin to the level of the hip joint, to cover the anatomical areas from neck to pelvis in a zig-zag manner both anteriorly and posteriorly. A positive audio-visual signal is carefully noted during the scanning for the presence of metallic foreign body. Relevant radiographs are ordered as per the area detected on the metal detector screening. The handheld metal detector was able to precisely identify all the coins among the ingested metallic foreign bodies in our study. The handheld metal detector could not consistently detect non-coin metallic foreign bodies. This protocol demonstrates the accuracy of handheld metal detector in the identification and localization of coins and coin like metallic foreign bodies.

Here, we present a protocol to use the handheld metal detector, to screen for the presence of ingested metallic foreign bodies in children who present to the pediatric emergency medicine department with a history of foreign body ingestion.

Metalik yabancı cisim yeme çocuklar için el Metal detektörü tarama

Coins are the most common ingested metallic foreign bodies among children. The goal of this protocol is to assess the accuracy and feasibility of using a ...

Absorbent Microbiopsy Sampling and RNA Extraction for Minimally Invasive, Simultaneous Blood and Skin Analysis

Conventional skin biopsy limits the clinical research that involves cosmetically sensitive areas or pediatric applications due to its invasiveness. Here, we describe the protocol for using&#160;an absorbent microneedle-based device, absorbent microbiopsy, for minimally invasive sampling of skin and blood mixture. Our goal is to help facilitate rapid progress in clinical research, the establishment of biomarkers for skin disease and reducing the risk for clinical research participants. In contrast to conventional skin biopsy techniques, the absorbent microbiopsy can be performed within seconds and does not require intensive training due to its simple design. In this report, we describe the use of absorbent microbiopsy, including loading and application, on a&#160;volunteer. Then, we show how to isolate RNA from the absorbed sample. Finally, we demonstrate the use of quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) to quantify mRNA expression levels of both blood (CD3E and CD19) and skin (KRT14 and TYR). The methods that we describe utilize off the shelf kits and reagents. This protocol offers a minimally invasive approach for simultaneous sampling of skin and blood within the same absorbent microbiopsy matrix. We have found human ethics committees, clinicians and volunteers to be supportive of this approach to dermatological research.

In this article, we demonstrate how the absorbent microbiopsy technique is performed and how the sample can be used for RNA extraction for simple and simultaneous sampling of skin and blood in a minimally invasive manner.

Emici Microbiopsy örnekleme ve RNA çıkarma minimal invaziv, eşzamanlı kan ve cilt analizi için

Conventional skin biopsy limits the clinical research that involves cosmetically sensitive areas or pediatric applications due to its invasiveness. Here, ...

Virtual Prism Adaptation Therapy: Protocol for Validation in Healthy Adults

Hemispatial neglect is a common impairment after stroke. It is associated with poor functional and social outcomes. Therefore, an adequate intervention is imperative for the successful management of hemispatial neglect. However, the clinical use of various interventions is limited in real clinical practice. Prism adaptation therapy is one of the most evidence-based rehabilitation modalities to treat hemispatial neglect. To overcome any possible shortcoming that may occur with prism therapy, we developed a new system using immersive virtual reality and depth-sensing camera to create a virtual prism adaptation therapy (VPAT). To validate the VPAT system, we designed an experimental protocol investigating the behavioral errors and changes in cortical activation via the VPAT system. Cortical activation was measured by functional near infrared spectroscopy (fNIRS). The experiment consisted of four phases. All four included clicking, pointing or rest applied to right-handed healthy people. Clicking versus pointing was used for investigating the cortical region related with the gross motor task, and pointing with VPAT versus pointing without VPAT was used for investigating the cortical region associated with visuospatial perception. The preliminary results from four healthy participants showed that pointing errors by the VPAT system was similar to the conventional prism adaptation therapy. Further analysis with more participants and fNIRS data, as well as a study in patients with stroke may be required.

This experimental protocol demonstrates the use of virtual prism adaptation therapy (VPAT) in healthy adults and the association between VPAT and functional near infrared spectroscopy to determine the effect of VPAT on cortical activation. Results suggest that VPAT may be feasible and could induce similar behavioral adaptation as conventional prism adaptation therapy.

Sanal Prizma Adaptasyon Terapisi: Sağlıklı Yetişkinlerde Doğrulama Protokolü

Hemispatial neglect is a common impairment after stroke. It is associated with poor functional and social outcomes. Therefore, an adequate intervention is ...

Lower Limb Biomechanical Analysis of Healthy Participants

Biomechanical analysis techniques are useful in the study of human movement. The aim of this study was to introduce a technique for the lower limb biomechanical assessment in healthy participants using commercially available systems. Separate protocols were introduced for the gait analysis and muscle strength testing systems. To ensure maximum accuracy for gait assessment, attention should be given to the marker placements and self-paced treadmill acclimatization time. Similarly, participant positioning, a practice trial, and verbal encouragement are three critical stages in muscle strength testing. The current evidence suggests that the methodology outlined in this article may be effective for the assessment of lower limb biomechanics.

This article introduces a comprehensive experimental methodology on two of the latest technologies available to measure the lower limb biomechanics of individuals.

Sağlıklı Katılımcıların Alt Ekstremite Biyomekanik Analizi

Biomechanical analysis techniques are useful in the study of human movement. The aim of this study was to introduce a technique for the lower limb ...

On-Site Sampling and Extraction of Brain Tumors for Metabolomics and Lipidomics Analysis

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still in need. In recent years, mass spectrometry has become a method of choice for untargeted profiling of discriminatory compound as potential biomarkers of a disease. Biofluids are generally considered as preferable matrices given their accessibility and easier sample processing while direct tissue profiling provides more selective information about a given cancer. Preparation of tissues for the analysis via traditional methods is much more complex and time-consuming, and, therefore, not suitable for fast on-site analysis. The current work presents a protocol combining sample preparation and extraction of small molecules on-site, immediately after tumor resection. The sampling device, which is of the size of an acupuncture needle, can be inserted directly into the tissue and then transported to the nearby laboratory for instrumental analysis. The results of metabolomics and lipidomics analyses demonstrate the capability of the approach for the establishment of phenotypes of tumors related to the histological origin of the tumor, malignancy, and genetic mutations, as well as for the selection of discriminating compounds or potential biomarkers. The non-destructive nature of the technique permits subsequent performance of routinely used tests e.g., histological tests, on the same samples used for SPME analysis, thus enabling attainment of more comprehensive information to support personalized diagnostics.

The manuscript presents on-site sampling of human brain tumors with solid phase microextraction followed by their biochemical profiling towards the discovery of biomarkers.

Metabolomik ve Lipidomik Analizler için Beyin Tümörlerinin Yerinde Örnekleme sivesi ve ekstraksiyonu

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still ...

Human Fetal Blood Flow Quantification with Magnetic Resonance Imaging and Motion Compensation

Magnetic resonance imaging (MRI) is an important tool for the clinical assessment of cardiovascular morphology and heart function. It is also the recognized standard-of-care for blood flow quantification based on phase contrast MRI. While such measurement of blood flow has been possible in adults for decades, methods to extend this capability to fetal blood flow have only recently been developed.
Fetal blood flow quantification in major vessels is important for monitoring fetal pathologies such as congenital heart disease (CHD) and fetal growth restriction (FGR). CHD causes alterations in the cardiac structure and vasculature that change the course of blood in the fetus. In FGR, the path of blood flow is altered through the dilation of shunts such that the oxygenated blood supply to the brain is increased. Blood flow quantification enables assessment of the severity of the fetal pathology, which in turn allows for suitable&#160;in utero&#160;patient management and planning for postnatal care.
The primary challenges of applying phase contrast MRI to the human fetus include small blood vessel size, high fetal heart rate, potential MRI data corruption due to maternal respiration, unpredictable fetal movements, and lack of conventional cardiac gating methods to synchronize data acquisition. Here, we describe recent technical developments from our lab that have enabled the quantification of fetal blood flow using phase contrast MRI, including advances in accelerated imaging, motion compensation, and cardiac gating.

Here we present a protocol for measuring fetal blood flow rapidly with MRI and retrospectively performing motion correction and cardiac gating.