Name: oral biofilm sampling for microbiome analysis in healthy children
Uploaded: 2017-12-31T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 42 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children at JoVE.com

Yazarlar Joachim Theussl (merkezi tıbbi araştırma, tıbbi Graz Üniversitesi) ses yetenek olarak mükemmel teknik destek video prodüksiyon ve Monica Farrell (Araştırma yönetimi, tıbbi Graz Üniversitesi) için minnettarız.

Protokol ve video çekim tıbbi Graz Üniversitesi (Votum 27-126ex14/15) Kurumsal değerlendirme Komitesi tarafından kabul edildi. Bu video yayın için yazılı izni çocuk ve onun üst elde edildi.
1. aletleri ve malzemeler
<ol>
	<li>Kalibre edilmiş kesim (ISO 015/02) ve genellikle kendi uzunluğu (şekil 1) standart hale getirmek için ilk halka işareti endodontik tedavide kullanılan steril kağıt puan.</li>
	<li>UV ışık ışınlama 260 uygulamak nm kağıt puan (Şekil 2) DNA ve RNA kirlenmesini önlemek için 30 dk için.</li>
	<li>Otoklav 120 ° C ve 1.2 depolama tüpler 20 dk ve UV ışınlatayım için onları de ya da istihdam kullanıma hazır gama tüpler ışınlanmış.</li>
</ol>
2. konular hazırlanması
Not: Çocuk ve onun üst kayıt önce yazılı Onam alındı.
<ol>
	<li>Kakao yağı dudaklar için geçerlidir.</li>
	<li>Retraktörü her iki diş kemer için tam erişim için dil ve yanak monte.</li>
	<li>Dental plak plak açığa çıkması ile leke.</li>
	<li>Kuru alan cihazları çıkarın.</li>
	<li>Su renksiz olana ağız suyla durulayın.</li>
	<li>Fırça diş 45 ° bükülme bir elektrikli diş fırçasıyla iyice. Bu sözlü biyofilm değiştirecek su diş macunu, ama sadece geçerlidir.</li>
	<li>Yine, ağız açık ve kuru tutmak için dil guard dahil olmak üzere kuru alan aparatı monte.</li>
	<li>Temiz ve kuru steril pamuk temizleme bezi supragingival sıvı emme sırasında kağıt önlemek için dizin dişleriyle örnekleme noktası.</li>
</ol>
3. biyofilm örnekleme
<ol>
	<li>Subgingival sulkus örnekleme noktası kağıt
	<ol>
		<li>Kağıt Puan steril diş cımbız ile kavramak.</li>
		<li>Kağıt Puan yüzeysel kadar 4 mm tanımlanmış bir uzunluğu yerleştirin. Bileske epitel (şekil 3) travmatize değil özel dikkat.</li>
		<li>Sonra 20 kağıt noktalarını kaldırma s.</li>
		<li>Doğrudan hazır tüpler içine kağıt puan toplamak: kağıt noktası uç doğrudan bir steril ve DNA ücretsiz şişe yerleştirin ve üçüncü işareti olarak 4 mm (şekil 4) standart uzunluğa kesti.</li>
		<li>Çalışma iletişim kuralları tarafından belirtilen iki kağıt nokta paralel ve aynı anda aynı sitede (şekil 5A) yerleştirin.</li>
		<li>Alternatif olarak, toplamak kağıt makas çeşitli sitelerden çalışma Protokolü "havuza alınan örnekleri" gerektiriyorsa (şekil 5B).</li>
		<li>Kuru alan cihazları için kaldırmak Mukozal ve tükürük örnekleme.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Mukozal kağıt üzerine gelin örnekleme
	<ol>
		<li>Kağıt Puan üst yanak (şekil 6) Vestibüler kat uygulanır.</li>
		<li>Yanak kapatın ve kısa bir süre masaj.</li>
		<li>Yanak açın ve sonra 20 kağıt noktalarını kaldırma s.</li>
		<li>Kağıt puan üçüncü işareti olarak kesin ve onları steril bir tüp içinde subgingival örnekleme için gösterilen şekilde yerleştirin.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>Tükürük örnekleme
	<ol>
		<li>Unstimulated tükürük sterilize koleksiyonu gemi (Şekil 7) tükürmek çocuk izin.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
4. transfer ve depolama
<ol>
	<li>Bağlı olarak çalışma tasarımı (şekil 8) tek, havuza alınan veya paralel örnekleri olarak kağıt puan toplamak.</li>
	<li>Daha fazla örnek Yönetimi (Şekil 9) kolaylaştırmak için renk kodlu depolama sisteminin uygulayın.</li>
	<li>Son olarak, −80 ° C microbiome analiz bekleyen örnekleri saklayın.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Paster, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Diversity+in+Human+Subgingival+Plaque.">Bacterial Diversity in Human Subgingival Plaque.</a> J Bacteriol. 183 (12), 3770-3783 (2001).</li><li>Aas, J., Paster, B., Stokes, L., Olsen, I., Dewhirst, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+Normal+Bacterial+Flora+of+the+Oral+Cavity.">Defining the Normal Bacterial Flora of the Oral Cavity.</a> J Clin Microbiol. 43 (11), 5721-5732 (2005).</li><li>Ledder, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Analysis+of+the+Subgingival+Microbiota+in+Health+and+Disease.">Molecular Analysis of the Subgingival Microbiota in Health and Disease.</a> Appl Environ Microb. 73 (2), 516-523 (2007).</li><li>Zaura, E., Keijser, B., Huse, S., Crielaard, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Defining+the+healthy+'core+microbiome'+of+oral+microbial+communities.">Defining the healthy 'core microbiome' of oral microbial communities.</a> BMC Microbiol. 9 (259), 1-12 (2009).</li><li>Alcaraz, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+a+healthy+oral+microbiome+through+metagenomics.">Identifying a healthy oral microbiome through metagenomics.</a> Clin Microbiol Infec. 18 (11), 54-57 (2012).</li><li>Dewhirst, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+Oral+Microbiome.">The Human Oral Microbiome.</a> J Bacteriol. 192, 5002-5017 (2010).</li><li>Keijser, B. J. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+analysis+of+the+Oral+Microflora+of+healthy+adults.">Pyrosequencing analysis of the Oral Microflora of healthy adults.</a> Journal of Dental Research. 87, 1016-1020 (2008).</li><li>K&#246;n&#246;nen, E., M&#252;ller, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiology+of+aggressive+periodontitis.">Microbiology of aggressive periodontitis.</a> Periodontol 2000. 65 (1), 46-78 (2014).</li><li>Nasidze, I., Li, J., Quinque, D., Tang, K., Stoneking, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+diversity+in+the+human+salivary+microbiome.">Global diversity in the human salivary microbiome.</a> Biotechfor. 19 (4), 636-643 (2009).</li><li>Jerv&#248;e-Storm, P. M., Koltzscher, M., Falk, W., D&#246;rfler, A., Jepsen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+culture+and+real-time+PCR+for+detection+and+quantification+of+five+putative+periopathogenic+bacteria+in+subgingival+plaque+samples.">Comparison of culture and real-time PCR for detection and quantification of five putative periopathogenic bacteria in subgingival plaque samples.</a> J Clin Periodontol. 32 (7), 778-783 (2005).</li><li>Ouhara, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Susceptibilities+of+periopathogenic+and+cariogenic+bacteria+to+antibacterial+peptides,+&#946;-defensins+and+LL37,+produced+by+human+epithelial+cells.">Susceptibilities of periopathogenic and cariogenic bacteria to antibacterial peptides, &#946;-defensins and LL37, produced by human epithelial cells.</a> J Antimicrob Chemoth. 55, 888-896 (2005).</li><li>Belda-Ferre, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+oral+metagenome+in+health+and+disease.">The oral metagenome in health and disease.</a> ISME J. 6 (1), 46-56 (2011).</li><li>Holt, S., Ebersole, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Porphyromonas+gingivalis,+Treponema+denticola,+and+Tannerella+forsythia:+the+'red+complex',+a+prototype+polybacterial+pathogenic+consortium+in+periodontitis.">Porphyromonas gingivalis, Treponema denticola, and Tannerella forsythia: the 'red complex', a prototype polybacterial pathogenic consortium in periodontitis.</a> Periodontol 2000. 38, 72-122 (2005).</li><li>Gomez, A., Nelson, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Oral+Microbiome+of+Children:+Development,+Disease,+and+Implications+Beyond+Oral+Health.">The Oral Microbiome of Children: Development, Disease, and Implications Beyond Oral Health.</a> Microb Ecol. 73 (2), 492-503 (2017).</li><li>Klug, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+Biofilm+Analysis+of+Palatal+Expanders+by+Fluorescence+In-Situ+Hybridization+and+Confocal+Laser+Scanning+Microscopy.">Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy.</a> J Vis Exp. , e2967 (2011).</li><li>Schlafer, S., Dige, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ratiometric+Imaging+of+Extracellular+pH+in+Dental+Biofilms.">Ratiometric Imaging of Extracellular pH in Dental Biofilms.</a> J Vis Exp. , (2016).</li><li>Kilian, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+oral+microbiome+-+an+update+for+oral+healthcare+professionals.">The oral microbiome - an update for oral healthcare professionals.</a> British Dental Journal. 221 (10), 657-666 (2016).</li><li>Razzouk, S., Termechi, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+genome,+epigenome,+and+oral+microbiome+interactions:+toward+personalized+periodontal+therapy.">Host genome, epigenome, and oral microbiome interactions: toward personalized periodontal therapy.</a> J Periodontol. 84 (9), 1266-1271 (2012).</li><li>De Freitas, A., Marquezan, M., da Nojima, M., Alviano, D., Maia, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+influence+of+orthodontic+fixed+appliances+on+the+oral+microbiota:+A+systematic+review.">The influence of orthodontic fixed appliances on the oral microbiota: A systematic review.</a> Dent Press J Orthod. 19 (2), 46-55 (2014).</li><li>Akin, M., Tezcan, M., Ileri, Z., Ayhan, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Incidence+of+white+spot+lesions+among+patients+treated+with+self-+and+conventional+ligation+systems.">Incidence of white spot lesions among patients treated with self- and conventional ligation systems.</a> Clin Oral Invest. 19 (6), 1501-1506 (2015).</li><li>Ren, Y., Jongsma, M., Mei, L., van der Mei, H., Busscher, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Orthodontic+treatment+with+fixed+appliances+and+biofilm+formation-a+potential+public+health+threat?.">Orthodontic treatment with fixed appliances and biofilm formation-a potential public health threat?.</a> Clin Oral Invest. 18 (7), 1711-1718 (2014).</li><li>Santigli, E., Trajanoski, S., Eberhard, K., Klug, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sampling+Modification+Effects+in+the+Subgingival+Microbiome+Profile+of+Healthy+Children.">Sampling Modification Effects in the Subgingival Microbiome Profile of Healthy Children.</a> Frontiers Microbiol. 7, 2142 (2017).</li><li>Klug, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+Mouth+to+Model:+Combining+in+vivo+and+in+vitro+Oral+Biofilm+Growth.">From Mouth to Model: Combining in vivo and in vitro Oral Biofilm Growth.</a> Frontiers Microbiol. 7, 1448 (2016).</li><li>Xim&#233;nez-Fyvie, L., Haffajee, A., Socransky, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+composition+of+supra-+and+subgingival+plaque+in+subjects+with+adult+periodontitis.">Microbial composition of supra- and subgingival plaque in subjects with adult periodontitis.</a> J Clin Periodontol. 27 (10), 722-732 (2000).</li><li>Zijnge, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+Biofilm+Architecture+on+Natural+Teeth.">Oral Biofilm Architecture on Natural Teeth.</a> PLoS ONE. 5 (2), e9321 (2010).</li><li>Diaz, P. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+high+throughput+sequencing+to+explore+the+biodiversity+in+oral+bacterial+communities.">Using high throughput sequencing to explore the biodiversity in oral bacterial communities.</a> Mol Oral Microbiol. 27 (3), 182-201 (2012).</li><li>Goode, M., Cheong, S., Li, N., Ray, W., Bartlett, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collection+and+extraction+of+saliva+DNA+for+next+generation+sequencing.">Collection and extraction of saliva DNA for next generation sequencing.</a> J Vis Exp. , (2014).</li><li>Hodgson, N., Granger, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collecting+saliva+and+measuring+salivary+cortisol+and+alpha-amylase+in+frail+community+residing+older+adults+via+family+caregivers.">Collecting saliva and measuring salivary cortisol and alpha-amylase in frail community residing older adults via family caregivers.</a> J Vis Exp. , e50815 (2013).</li><li>Luo, A. H., Yang, D. Q., Xin, B. C., Paster , B. J., Qin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+profiles+in+saliva+from+children+with+and+without+caries+in+mixed+dentition.">Microbial profiles in saliva from children with and without caries in mixed dentition.</a> Oral Dis. 18 (6), 595-601 (2012).</li><li>Nasidze, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+human+saliva+microbiome+diversity+by+barcoded+pyrosequencing+and+cloning+approaches.">Comparative analysis of human saliva microbiome diversity by barcoded pyrosequencing and cloning approaches.</a> Anal Biochem. 391 (1), 64-68 (2009).</li><li>Pfaffe, T., Cooper-White, J., Beyerlein, P., Kostner, K., Punyadeera, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnostic+Potential+of+Saliva:+Current+State+and+Future+Applications.">Diagnostic Potential of Saliva: Current State and Future Applications.</a> Clin Chem. 57 (5), 675-687 (2011).</li><li>Zhu, W., Gallo, R., Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sampling+human+indigenous+saliva+peptidome+using+a+lollipop-like+ultrafiltration+probe:+simplify+and+enhance+peptide+detection+for+clinical+mass+spectrometry.">Sampling human indigenous saliva peptidome using a lollipop-like ultrafiltration probe: simplify and enhance peptide detection for clinical mass spectrometry.</a> J Vis Exp. , e4108 (2012).</li><li>Belibasakis, G., Schmidlin, P., Sahrmann, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+microbiological+evaluation+of+subgingival+biofilm+sampling+by+paper+point+and+curette.">Molecular microbiological evaluation of subgingival biofilm sampling by paper point and curette.</a> Apmis. 122 (4), 347-352 (2014).</li><li>Hayashi, F., Okada, M., Soda, Y., Miura, K., Kozai, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subgingival+distribution+of+Campylobacter+rectus+and+Tannerella+forsythensis+in+healthy+children+with+primary+dentition.">Subgingival distribution of Campylobacter rectus and Tannerella forsythensis in healthy children with primary dentition.</a> Arch Oral Biol. 51 (1), 10-14 (2006).</li><li>Papaioannou, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microbiota+on+different+oral+surfaces+in+healthy+children.">The microbiota on different oral surfaces in healthy children.</a> Oral Microbiol Immunol. 24 (3), 183-189 (2009).</li><li>Abusleme, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+subgingival+microbiome+in+health+and+periodontitis+and+its+relationship+with+community+biomass+and+inflammation.">The subgingival microbiome in health and periodontitis and its relationship with community biomass and inflammation.</a> ISME J. 7 (5), 1016-1025 (2013).</li><li>Griffen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+and+complex+bacterial+profiles+in+human+periodontitis+and+health+revealed+by+16S+pyrosequencing.">Distinct and complex bacterial profiles in human periodontitis and health revealed by 16S pyrosequencing.</a> ISME J. 6 (6), 1176-1185 (2011).</li><li>J&#252;nemann, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Community+Shift+in+Treated+Periodontitis+Patients+Revealed+by+Ion+Torrent+16S+rRNA+Gene+Amplicon+Sequencing.">Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing.</a> PLoS ONE. 7 (8), e41606 (2012).</li><li>Cortelli, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+periodontal+pathogens+in+newborns+and+children+with+mixed+dentition.">Detection of periodontal pathogens in newborns and children with mixed dentition.</a> European J Clin Microbiol Infect Dis. 31, 1041-1050 (2012).</li><li>Trajanoski, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+in+microbiome+analysis:+factors+affecting+reproducibility+of+repeated+biofilm+sampling+of+the+gingival+sulcus+of+children.">Next-generation sequencing in microbiome analysis: factors affecting reproducibility of repeated biofilm sampling of the gingival sulcus of children.</a> JDOCE. 1 (3), 34-46 (2013).</li><li>Jongsma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biofilm+formation+on+stainless+steel+and+gold+wires+for+bonded+retainers+in+vitro+and+in+vivo+and+their+susceptibility+to+oral+antimicrobials.">Biofilm formation on stainless steel and gold wires for bonded retainers in vitro and in vivo and their susceptibility to oral antimicrobials.</a> Clin Oral Invest. 17 (4), 1209-1218 (2013).</li></ol>

Yazarlar bu bilimsel video üretimi için ilgili hiçbir Çatışmaları rapor.

Bakteri ağız boşluğu24,25,26içinde tüm sitelerdeki bulunur. Birçok çalışma olarak kolayca27,28,29,30,31tükürme ile tatmak mümkündür gibi sözlü kolonizasyon eşlemek için bir örnekleme orta tükürük kullanımı odaklı olması, 32. Ancak, tükürük biyofilm subgingival biyofilm kompozisyon yansıtmaz. Böylece, diğer örnekleme yöntemleri bütün resmi oluşturmak için çok önemlidir ve diş araştırma yeni tartışmalara uyandırmak. Çeşitli makaleleri, Curettes| ve kağıt Puan kullanılması periodontally hastalıklı konular8,33,34subgingival örnekleme için karşılaştırın. Henüz hiçbir araştırma grubu farklı yaş gruplarına, özellikle çocuk19için Standart örnekleme aygıt uygulama odaklı olması bilinmektedir.
Bu videoda, sözlü biyofilm örnekleme sağlıklı çocuk üç sözlü alanları sunulur.
Değişiklikler ve sorun giderme:
Yazının amacı subgingival biyofilm örnekleme sağlıklı çocukların klinik protokol üzerinde duruluyor. Yönteminin seçimi nerede sınırlı alanlarda özellikle zorlu örnekleme yapar ses subgingival sulci ifade eder. Bu videoda yöntemi için erken kalıcı diş uygulandı. Ayrıca karışık veya olgun diş ve çocuk ve/veya yetişkin uygulanabilir. Bizim örnekleme yöntemi gibi tek veya havuza alınmış örnekleri değişiklikleri olanak sağlar. İkinci DNA sağlıklı subgingival sulkus collectable az miktarda nedeniyle moleküler analizleri için önemli bir faktör haline gelebilir. Seçtiğiniz dizin diş bir isteğe bağlı olarak değiştirilebilir; Özellikle, başka bir diş epitel travmaya bir alternatif olarak örneklenen ve kanama, böylece kağıt noktası kullanılamaz hale olabilir. Paralel örnekleme iki kağıt nokta aynı anda bir sitede kullanarak örnek çoğaltır sandalye zaman çocuklar için kısaltma ek olarak tek bir adımda işler.
Hafif değişikliklerle hastalıklı periodontal cepler tatmak mümkündür. Burada kağıt Puan 10 mm'ye kadar ulaşabilirsiniz cep boy eklenmesi gerekir. Konus kağıt noktalarının yanı sıra ekleme derinliği ve uzunluğu faiz intraoral habitat için adapte olmalıdır, ama her zaman malzeme ve boyutları tarafından standart. Örnekleri de kağıt noktalarını kullanarak mukoza alınabilir. Aynı iletişim kurallarına izin ver farklı oral habitatları ve çeşitli diş malzemeleri karşılaştırmalar. Hastanın hazırlanması ve örnek depolama Bu videoda anlatıldığı gibi gerçekleştirilir. Metatranscriptome araştırma için RNA aynı yöntemle örnek. Böylece, örnekleme sonra kağıt Puan doğrudan RNA sabitleme çözümde takılmalıdır.
Teknik sınırlamaları:
Değişiklikleri ne olursa olsun, biz tarif klinik örnekleme yöntemi için ses subgingival sulkus sınırlıdır. Örnek periodontally hastalıklı cepler, gelince diğer örnekleme siteleri bizim çalışma tasarımının parçası değildi. Örnekleme böyle cepler tam derinliği için gerektiği gibi kağıt Puan örnekleri yeterince toplayacak kadar büyük olmayabilir. Deneysel hedef ses subgingival sulci ve periodontally hastalıklı cepler örnek verileri karşılaştırmak için ise, farklı klinik örnekleme yöntemleri ile ilişkili doğasında önyargı haberdar olmak önemlidir. Bu nedenle bu tür verileri karşılaştırmak için tavsiye edilmez.
Burada sunulan yöntem bir sınırlama propidium monoazide sonraki kullanımı olmadan örnekleme. Bu aracı doğrudan örnekleme sonra ekleme analiz biyofilm yaşayan hücrelerde belirli analiz sağlar. Burada açıklanan örnekleme yöntemi numaraları canlı ve ölü hücrelerin yansıtır. Derin cepleri biyofilm oluşumu güçlü olduğu gibi ciddi periodontitis araştırma için kağıt Puan muhtemelen Curettes| tarafından değiştirilmesi gerekir. Örnekleme bu gibi durumlarda, mikrobiyal tüm spektrumu onların yüzey olarak yansıtmıyor kağıt noktası çok hızlı bir şekilde doymuş.
Önemi ile ilgili mevcut yöntemler:
Önerilen el yazması kağıt puan ile sağlıklı sulkus subgingival örnekleme standartlaştırmak için türünün ilk örneğidir. Diğer raporlar metal Curettes|35,36 kullanmak için sevk veya kağıt 37,38,39puan, ama örnekleme önce gerçekleşecek işlemler tarif değil böyle plak kontrolü, diş temizliği, diş yalıtım ve kurutma, işlemleri yanı sıra bu örnekleme tekniği ve zaman satırlarındaki yetersiz özellikleri neden.
İki önceki makaleler, kağıt noktaları kullanımı subgingival biyofilm örnekleme çocuk22,40yılında için tekrarlanabilir bir yöntem olduğunu göstereceğiz. Onların tasarımı sayesinde, Curettes| sınırlı alanı ile sığ sulkus için çok büyük ve çok keskin ihale bileske epitel için. Epitel travmatik olmadan subgingival sulkus erişmek çok önemlidir. Bu şekilde, kanama üzerinden doğan önyargı önlenmiş olur. Böylece, ince ve yumuşak kağıt noktaları kullanımı bu alan için tercih edilir. Kağıt biyofilm kompozisyon ortodontik tedavi21,41sırasında değişiklikleri izlemek için fonksiyonel noktalarıdır. Bunlar ince ve sabit ortodontik aletleri unsurları arasında uyacak kadar esnek. Bu Curettes| gibi diğer örnekleme yöntemleri için büyük bir avantajdır. Atravmatik örnekleme Basitleştirilmiş ve küçük miktarlarda DNA'ın olası örnektir.
Gelecekteki uygulamalar:
Bu videoda yöntemi hastalıklı olmayan, erken, kalıcı diş üzerinde gösterdi. Ayrıca karışık veya olgun diş için uygulanabilir. Bazı uyarlamalar ile aynı iletişim kuralını takip ederek diş veya implantlar ve diş malzemeleri nedeniyle diğer niş gibi periodontally hastalıklı siteler örnek mümkündür. Çürük araştırma kök çürük üzerinde belirli çalışmalarda bu standart iletişim kuralı yarar. Bizim örnekleme video üzerinden en önemli ders standardizasyon kurallarının verileri karşılaştırılabilir, ne ve nasıl örnekleri ölçülür olursa olsun yapmak olduğunu.Gelecekteki video gösteriler klinik genel örnekleme alanında geliştirmek.
Sözlü biyofilm videoda gösterildiği gibi elde edilen klinik ve bilimsel araştırmalar için kullanılır. Bu vivo içinde yaklaşım vitro moleküler teknikleri Floresans in situ hibridizasyon ve confocal lazer mikroskobu15tarama gibi iyi bir ek temsil eder. NGS yöntemler, burada gösterildiği pyrosequencing tam microbiota analizini toplanan biyofilm için uygulanan olanak sağlar. Bazı bakteri türleri göreli zenginliği hesaplama tedaviler veya farklı hasta veya farklı tedaviler karşılaştırmak için kullanılabilir. Bir standart sıralama iletişim kuralı ve sıralaması analiz iş akışı ile birlikte daha önce elimizde40açıklanan, bu örnekleme yöntemi bir cins düzeye dizi analizi sağlar. Daha fazla "meta"-Bu videoda sunulan örnekleme protokol üzerinde tabanlı çalışmaları gibi metatranscriptomic veya metabolomic çalışmaları mümkündür.
Kritik adımlar:
Kirlenme kaçınarak kritik bir adımdır: steril aletlerin steril olmayan in vivo ortamda uygulanması gerekiyor. Tezgah ağzından aktarmak hızlı ve güvenli sandalye zaman çalışmaya katılanların olabildiğince kısa tutmak için deneyimli bir sınav tarafından yapılması gerekiyor. En kritik protokolündeki subgingival sulkus kağıt noktasına Atravmatik ekleme adımdır. Kaçınılması gereken bozulma bileske epitel ve kesinlikle kanama var. Kağıt noktaları ve depolama tüpleri eksojen DNA veya RNA ile kontamine değil için alınması gereken daha fazla bakım vardır. Depolama kendisi sonra da kritik bir adımdır. Örnekleri donmuş doğrudan, en iyi −80 ° C. gerekir Bu sıralama sonuçları tahrifat bakteriyel kompozisyon yazı örnekleme değişimler önler.

İnsan sözlü biyofilm çoğunlukla commensals ve yararlı mikroorganizmaların1,2,3oluşan geniş bir topluluk oluşmaktadır. Burada bulunan türler ağız boşluğu4,5,6sunmaktadır nişler kolonize. Bu nişler bileşiminde biyofilm habitatları olarak yaygın olarak değişir. Tükürük örneğin plaket örnekleri daha farklı bakteriyel profillerini görüntüler. % 7'den az tükürük içinde bulunur iken sağlıklı yetişkin plak örneklerinde evvel göreli bolluk % 20, sona erdi. Bacteroidetes ve Firmicutes tükürük7çok daha yüksek rakamlarla buna ek olarak görünür. Böylece, bütün resmi almak için örnek, ağız farklı yerlerdeki önemlidir. Ayrıca, coğrafi ve etnik farklılıkları, yaş, cinsiyet ve diğer birçok faktöre gibi çeşitli faktörler biyofilm geliştirme ve hastalık başlangıçlı8,9için genel kuralları tespit etmek zordur olun. Uzun yıllar boyunca periopathogenic ve cariogenic biyofilm Araştırma Merkezi endişe8,10,11,12,13oldu.
Son yıllarda, sağlıklı konularda araştırma sadece hastalık daha geniş bir anlayış için aynı zamanda önleyici tedbirler14uygulanması için önem kazanmıştır. Yeni teknolojiler ve moleküler analizleri daha fazla sözlü biyofilm oluşumu ve işlev15,16aydınlatmak ve mikrobiyal çeşitlilik17,18tam profil oluşturmayı etkinleştirmek. Bu da mikrobiyal değişiklikleri yeni bir anlayış ortodontik tedavi19sırasında yol bekleniyor. Ortodontik Biyomalzeme gelişimi üzerinde etkili öngörülebilir. Gelişmiş perspektif ortodontik tedavinin biyofilm, emaye Demineralizasyon ve periodontal hastalıklar12,20,21gibi ilişkili komplikasyonlar yeni ışık tutacak. Dünya çapında veri karşılaştırmaları izin vermek için tüm adımları veri üretimi standartlaştırmak önemlidir. Laboratuvar yordamlar küçük değişiklikler güçlü sonuçları etkileyebilir. Buna ek olarak, veri işleme Hesaplamalı platformlar değişen kullanım için karşılaştırılabilir olmayan veri kümeleri açabilir. Son olarak, istatistiksel testler ve düzeltmeler seçim sonuçları üzerinde büyük etkisi vardır. Ancak, önyargı örnekleme zaten uzun zaman önce herhangi bir laboratuar oluşabilir veya biyo-bilgi işlem başlar. Olmayan Standart örnekleme yöntemleri için doğal olarak önyargılı bir çalışma kurşun. İlgili çalışmalarda standardizasyon orta düzeyde düşük içinde görüş-in Ortodonti ve microbiomes19arasındaki ilişki çok az kanıt var. Bu nedenle, standart yöntem geliştirme nitelikli alandaki verilerin karşılaştırılması kolaylaştırmak.
Bu makale standart sözlü biyofilm örnekleme yordamları sunar. Protokol genel olarak karşılaştırılabilir koleksiyonları mikrobiyal sıralı veri üreten doğru katkıda bulunmak için tasarlanmıştır. Sağlıklı çocuklarda ağız biyofilm örnekleme için adım adım bir protokol sunulmuştur. Seçim yöntemi olarak kağıt ses subgingival sulkus içine eklenen atraumatically noktalarıdır. Habitat karşılaştırmaları kolaylaştıracak, yanak mukozasında göre aynı iletişim kuralını örneklenir. Bu makalede ayrıca paralel ve havuza alınan örnekleme gösterilmektedir. Ayrıca, tükürük örnekleme gösterilir. Basit bir renk kodlu taşıma ve depolama sistemi de diğer işlemler numune Yönetimi kolaylaştırmak sundu. Sözlü araştırma farklı alanları tarafından geçirilen klinik sorulara aşağı akım işlemleri ile ilgili depolama ortamı, metagenomic analizleri ve Biyoinformatik seçimi bağlıdır. Bu makale, DNA örnekleme NGS için ortodontik araştırma için olası bir uygulama örneği olarak seçildi.

<table><tbody><tr><td>Paper Points Taper .02, sterilised</td><td>VDW Dental</td><td>550 029 015</td><td>http://www.vdw-dental.com/en/products/root-canal-drying/paper-points.html?seminarNo=24&amp;amp;cHash=&lt;br/&gt; 1107d79ab05653b454fd90a954dc92e2</td></tr><tr><td>GC Cocoa Butter, Tube of 10 g</td><td>GC EUROPE N.V.</td><td>000387</td><td>http://www.gceurope.com/products/detail.php?id=22</td></tr><tr><td>Rondells blue</td><td>DIRECTA AB</td><td>Rondell Tablets</td><td>http://www.directadental.com/exego.aspx?p_id=767</td></tr><tr><td>Great Lakes Nola Dry Field System</td><td>Great Lakes Ortho</td><td>300-401</td><td>http://www.greatlakesortho.com/commerce/detail/?nPID=1626</td></tr><tr><td>tooth brush</td><td>Oral-B</td><td></td><td>http://www.oralb-blendamed.de/de-DE/pro</td></tr><tr><td>micro-Ident plus11</td><td>Hain Lifescience GmbH</td><td>23312</td><td>http://www.hain-lifescience.de/en/products/microbiology/dental-diagnostics/micro-ident-und-micro-identplus.html</td></tr><tr><td>ParoCheck</td><td>Greiner Bio One International GmbH</td><td>460020</td><td>https://shop.gbo.com/en/row/articles/catalogue/article/0150_00020/12705/</td></tr><tr><td>Carpegen Perio Diagnostik</td><td>Carpegen GmbH</td><td></td><td>http://www.carpegen.de/en/products-and-services/carpegen-perio-diagnostics.html</td></tr><tr><td>tubes Reaktionsgef&amp;auml;&amp;szlig;e 1,5 ml</td><td>Lactan</td><td>CH77.1&amp;nbsp; to CH81.1</td><td>www.lactan</td></tr><tr><td>cotton swabs</td><td>Henry Schein</td><td>9003182</td><td>www.henryschein.at</td></tr></tbody></table>

oral biofilm sampling for microbiome analysis in healthy children

Sözlü biyofilm ve moleküler analizi onun çeşitli diş araştırma ve klinik sorular inceleyen için bir temel oluşturur. Biyofilm kompozisyon bilmek daha iyi cariogenic ve periopathogenic mekanizmaları için anlamak için getirir. Mikrobiyal değişiklikleri çocukluk döneminde ağız boşluğunda yer alan ilgi için çeşitli nedenleri vardır. Çocuk sözlü microbiota ve vardiya onun bileşiminde evrimi anlamak ve muhtemelen hastalığın başlangıcı önlemek için daha fazla çözümlenmesi gerekiyor. Aynı zamanda, sözlü biyofilm doğal kompozisyon gelişmiş bilgi gereklidir. Sağlıklı diş etleri ile çürük ücretsiz kalıcı diş erken dönemlerinde şekil-in ağız sağlığı ve hastalığı eğitim için bir situ içinde temel olarak hizmet verebilir bir yaygın etkilenmemiş subgingival yaşam alanı sağlar. Çocuk ağız biyofilm hayatında farklı aşamalarında böylece alanında önemli bir tema analizidir. Modern moleküler analiz yöntemleri böyle biyofilmler bakteri çeşitliliği hakkında kapsamlı bilgi sağlar. Microbiota veri karşılaştırma etkinleştirmek için bu yordamı her adımda moleküler veri üretimi için standartlaştırmak önemlidir. Bu yordamı taksonomik yoruma klinik örnekleme, sonraki nesil sıralama (NGS), bioinformatic veri işleme'den yayılan. Burada en önemli faktörlerden biridir biyofilm örnekleme. Örnekleme çocuklarda daha fazla özellikle subgingival alanlarda sınırlı yer nedeniyle zordur. Biz böylece subgingival örnekleme kağıt Puan kullanımına odaklanmaktadır. Bu makalede subgingival sulkus, mukoza ve çocuklarda tükürük ağız biyofilm örnekleme için detaylı bir protokol sağlar.

Mevcut yayında DNA örnekleme NGS için ortodontik araştırma için olası bir uygulama örneği olarak gösterilmiştir. Bakteriyel DNA doğrudan kağıt noktası örneklerinden elde edilir. Bu DNA'yı sonra mikrobiyal kompozisyon için çalışmalarda kullanılan klinik veya araştırma soruları ( şekil 10' özetlendiği gibi).
NGS yöntemi 454-pyrosequencing gibi modern moleküler analiz yöntemleri örneği tam microbiota genel bir bakış verir. Binlerce bakteri DNA aynı anda farklı filogenetik düzeylerde 16s üzerinde tanımlanmış rRNA sıra farklılıklar. Bioinformatic platformlar büyük veri kümeleri bilgileri alındı kümeler halinde yapılandırma aracı olarak oluşturulması gerekir. İstatistiksel analiz sonra microbiota veri kümeleri için uygulanabilir.
Değişen yaşam koşulları nedeniyle microbiota nöbetleşe mümkün olduğunca bazı bakteri türleri genel olarak göreli bolluk analiz edilebilir. Çubuk grafikler (Şekil 11) ve heatmaps (şekil 12) subgingival bakteriyel kompozisyon şube düzeyinde veya sipariş düzeyinde görüntüleyin. Açıklayıcı ve Çıkarımsal istatistik tarafından çeşitli bireyler ve tedavileri karşılaştırılabilir. Şekil 13 bir çubuk grafik karşılaştırma farklı taksonomik düzeylerde örnekleme subgingival kağıt noktasının iki mod sunuyor. Tablo 1 vardiya iki zaman puan (T1 ve T3) karşılaştırarak bir vitro çalışma sırasında biyofilm bileşiminde gösterir. İstatistiksel olarak anlamlı değişiklikler Wilcoxon imzaladı-rank testi ve aşağıdaki Bonferroni düzeltmesi 454-pyrosequencing verilerden hesaplanmıştır.
Son olarak, asıl Coordinate çözümleme (PCoA) farklı örneklerinde tanımlandığı gibi operasyonel taksonomik birimi (OTU) düzeyinde doğrudan 3D karşılaştırma sağlar. Şekil 14 PCoA araziler içi ve arası individual farklılıkları subgingival microbiome beş çocuk büyük bir dizi görüntüler. Şekil 15 ortodontik bir vaka-kontrol çalışması sonuçlarını gösterir: durumlar için kırmızı noktalar pembe vardır, hafif koyu mavi noktalar denetimi, art arda dört aylık bir süre içinde tüm örneklenen vardır. Açık kasa ortodontik müdahale (kırmızı nokta) sonra kümeleme microbiome bir kayma temsil eder. Kontrol grubu temsil eden mavi noktalar eşit şekilde dağıtılır.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig1.jpg"> 
Resim 1 : Kağıt Puan standart uzunlukta hazırlayın. Steril kalibre edilmiş kağıt Puan uzunlukları standart hale getirmek için ilk halka işareti olarak kesilir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig2.jpg"> 
Resim 2 : Sterilize ve DNA ücretsiz Kağıt noktaları. Standart kağıt Puan steril ve temiz bir tezgah UV ışınlanmış. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig3.jpg"> 
Şekil 3 : Subgingival kağıt noktası ekleme. Steril kalibre edilmiş kağıt Puan eklendiği yüzeysel subgingival sulkus kadar 4 mm halka mark 20 s.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig4.jpg"> 
Şekil 4 : Kağıt nokta tüp içine kesme. Doğrudan örnekleme sonra üçüncü halka işareti (4 mm) içine bir steril ve DNA-Alerjik 1,5 mL flakon kağıt Puan kesilir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig5.jpg"> 
Şekil 5 : Havuza alınmış ve paralel örnekleme. İki kağıt nokta aynı anda bir diş(a)veya birkaç kağıt noktaları subgingival sulci içine birkaç diş (B) sulkus subgingival eklenir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig6.jpg"> 
Şekil 6 : Mukozal örnekleme. Steril kalibre edilmiş kağıt puanları Vestibüler kat mukoza koyulur vardır. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig6large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig7.jpg"> 
Şekil 7 : Tükürük toplama. Unstimulated tükürük steril bir kabı tükürmek. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig7large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig8.jpg"> 
Şekil 8 : Örnekleme planı. Örnekleri havuza alınmış (sol tarafta, bir diş) tek, (çeşitli bir şişe içinde bütün çizgileri için) veya paralel (mavi çizgili, bir diş iki kağıt noktada) örnekleri olarak toplanabilir. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig8large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig9.jpg"> 
Şekil 9 : Renk kodlu Muhafazası. Başvuran bir renk kod sayfaları ve şişeleri kolaylaştırır için daha fazla işleme örnek.<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig9large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig10.jpg"> 
Şekil 10 : Subgingival biyofilm analiz. Şematik sunumu klinik biyofilm örnekleme(a), (B) DNA ekstraksiyon ve farklı NGS teknolojileri (C). <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig10large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig11.jpg"> 
Şekil 11 : Çubuk grafik. 454-pyrosequencing kullanılarak analiz şube düzeyinde bakterilerin göreli bereket gösterilen. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig11large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 12" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig12.jpg"> 
Şekil 12 : Heatmap. Bakteriyel siparişlerin kullanılarak analiz göreli zenginliği 454-pyrosequencing gösterilen. Koyu kırmızı temsil eden bir yüksek göreli bereket (&#62; % 10). Koyu mavi ilgili bakteriyel sipariş göreli yok bereket için çok düşük temsil eder. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig12large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 13" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig13.jpg"> 
Şekil 13 : Histogram. Karşılaştırma, iki işletim modundan birinde kağıt örnekleme (modları A ve B) farklı taksonomik düzeylerde üzerine gelin. 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig13large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 14" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig14.jpg"> 
Şekil 14 : 2D PCoA arsa. Bir durum serisi (n = 5) intra bireysel ve inter bireysel farklılıklar (1 rengidir 1 konu) iki subgingival örnekleme yöntem sonucu olarak gösteriliyor. 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri. Santigli ve ark. modifiye resim 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig14large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 15" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig15.jpg"> 
Şekil 15 : Anlık görüntü 3D PCoA arsa animasyonun. Gösteren subgingival microbiome vardiya bir ortodontik vaka kontrol çalışmada (n = 16; her grup, 3 puan zamanında; durumlar: pembe kırmızı, denetimlere: koyu mavi ışık). 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri.Yayınlanmamış veriler çalışma grubu Santigli. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig15large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Takson: Bacteriae</td>
			<td colspan="3">Zaman noktası 1 [%]</td>
			<td colspan="3">Zaman noktası 3 [%]</td>
			<td colspan="2">Wilcoxon imzaladı-rank testi</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Şube/cins</td>
			<td>25</td>
			<td>Medyan</td>
			<td>75</td>
			<td>25</td>
			<td>Medyan</td>
			<td>75</td>
			<td>p-değeri</td>
			<td>p-değeri düzeltilir #</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer</td>
			<td>0.70</td>
			<td>1,07</td>
			<td>1.28</td>
			<td>1,32</td>
			<td>1,63</td>
			<td>1.93</td>
			<td>.000</td>
			<td>.005</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bunlar</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Özellikle</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,13</td>
			<td>0,06</td>
			<td>0,30</td>
			<td>0,97</td>
			<td>*.001</td>
			<td>.021</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Rothia</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,05</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,13</td>
			<td>0,32</td>
			<td>*.001</td>
			<td>.009</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bacteroidetes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Prevotella</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,22</td>
			<td>0,15</td>
			<td>1,02</td>
			<td>2.44</td>
			<td>.000</td>
			<td>.006</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Firmicutes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer (basili)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,06</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,10</td>
			<td>.706</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Stafilokok</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,12</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,07</td>
			<td>0.17</td>
			<td>.548</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Gemellaceae)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,07</td>
			<td>0,12</td>
			<td>0.77</td>
			<td>1,24</td>
			<td>.005</td>
			<td>.091</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Lactobacillales)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,12</td>
			<td>1,50</td>
			<td>.004</td>
			<td>.073</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Granulicatella</td>
			<td>0,09</td>
			<td>0,23</td>
			<td>0,37</td>
			<td>0.64</td>
			<td>1.59</td>
			<td>2.28</td>
			<td>.000</td>
			<td>.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Lactobacillus</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0.18</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>.700</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer (Streptococcaceae)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,13</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,10</td>
			<td>0,19</td>
			<td>.768</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Streptococcaceae)</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,10</td>
			<td>0,23</td>
			<td>0,12</td>
			<td>0,37</td>
			<td>0,69</td>
			<td>.005</td>
			<td>.083</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Streptokok</td>
			<td>53,42</td>
			<td>61.96</td>
			<td>88.38</td>
			<td>48.44</td>
			<td>60.83</td>
			<td>73.97</td>
			<td>.055</td>
			<td>.930</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Diğer (Lachnospiraceae)</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,01</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,11</td>
			<td>.003</td>
			<td>.058</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Dialister</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,04</td>
			<td>.240</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Veillonella</td>
			<td>3.43</td>
			<td>27.15</td>
			<td>42.78</td>
			<td>6,69</td>
			<td>13,38</td>
			<td>27.05</td>
			<td>.157</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bakteri</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Haemophilus</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0,00</td>
			<td>0.03</td>
			<td>0.31</td>
			<td>0,84</td>
			<td>2.38</td>
			<td>.000</td>
			<td>.008</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="10">#p-değeri Wilcoxon imzaladı-rank testi göre Bonferroni düzeltmesi ayarlanabilir</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="10">Bir p &#60; 0.0026 olarak önemli kabul</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tablo 1: İstatistiksel analiz. İki nokta sağlıklı çocuklara oral microbiome farklılıkları zamanında. 454-pyrosequencing ile oluşturulan veri. Görüntü Klug vd. modifiye 23

Watch this Scientific Journal Video about Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children at JoVE.com

Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children

Çocukluk boyunca oral microbiome ilgi büyüyen değişikliklerdir. Farklı microbiome çalışmalar karşılaştırılması Standart örnekleme iletişim kurallarının eksikliği ortaya koymaktadır. Sınırlı alanlarda çocukların zorlu ses subgingival sulkus örnekleme yapar. Kağıt noktası örnekleme yönteminin seçimi için bu alanı olarak ayrıntılı olarak burada sunulur.

Sağlıklı çocuklarda Microbiome analiz için sözlü biyofilm örnekleme

Oral biofilm and its molecular analysis provide a basis for investigating various dental research and clinical questions. Knowledge of biofilm composition ...

oral-biofilm-sampling-for-microbiome-analysis-in-healthy-children

Research

JoVE Journal

Medicine

17.0K Görüntüleme.  Medical University of Graz. Çocukluk boyunca oral microbiome ilgi büyüyen değişikliklerdir. Farklı microbiome çalışmalar karşılaştırılması Standart örnekleme iletişim kurallarının eksikliği ortaya koymaktadır. Sınırlı alanlarda çocukların zorlu ses subgingival sulkus örnekleme yapar. Kağıt noktası örnekleme yönteminin seçimi için bu alanı olarak ayrıntılı olarak burada sunulur.

Video: Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children

An Analytical Tool-box for Comprehensive Biochemical, Structural and Transcriptome Evaluation of Oral Biofilms Mediated by Mutans Streptococci

Biofilms are highly dynamic, organized and structured communities of microbial cells enmeshed in an extracellular matrix of variable density and composition 1, 2. In general, biofilms develop from initial microbial attachment on a surface followed by formation of cell clusters (or microcolonies) and further development and stabilization of the microcolonies, which occur in a complex extracellular matrix. The majority of biofilm matrices harbor exopolysaccharides (EPS), and dental biofilms are no exception; especially those associated with caries disease, which are mostly mediated by mutans streptococci 3. The EPS are synthesized by microorganisms (S. mutans, a key contributor) by means of extracellular enzymes, such as glucosyltransferases using sucrose primarily as substrate 3.
Studies of biofilms formed on tooth surfaces are particularly challenging owing to their constant exposure to environmental challenges associated with complex diet-host-microbial interactions occurring in the oral cavity. Better understanding of the dynamic changes of the structural organization and composition of the matrix, physiology and transcriptome/proteome profile of biofilm-cells in response to these complex interactions would further advance the current knowledge of how oral biofilms modulate pathogenicity. Therefore, we have developed an analytical tool-box to facilitate biofilm analysis at structural, biochemical and molecular levels by combining commonly available and novel techniques with custom-made software for data analysis. Standard analytical (colorimetric assays, RT-qPCR and microarrays) and novel fluorescence techniques (for simultaneous labeling of bacteria and EPS) were integrated with specific software for data analysis to address the complex nature of oral biofilm research.
The tool-box is comprised of 4 distinct but interconnected steps (Figure 1): 1) Bioassays, 2) Raw Data Input, 3) Data Processing, and 4) Data Analysis. We used our in vitro biofilm model and specific experimental conditions to demonstrate the usefulness and flexibility of the tool-box. The biofilm model is simple, reproducible and multiple replicates of a single experiment can be done simultaneously 4, 5. Moreover, it allows temporal evaluation, inclusion of various microbial species 5 and assessment of the effects of distinct experimental conditions (e.g. treatments 6; comparison of knockout mutants vs. parental strain 5; carbohydrates availability 7). Here, we describe two specific components of the tool-box, including (i) new software for microarray data mining/organization (MDV) and fluorescence imaging analysis (DUOSTAT), and (ii) in situ EPS-labeling. We also provide an experimental case showing how the tool-box can assist with biofilms analysis, data organization, integration and interpretation.

Biofilms formed on tooth surfaces are highly complex and exposed to constant innate and exogenous environmental challenges, which modulate their architecture, physiology and transcriptome. We developed a toolbox to examine the composition, structural organization and gene expression of oral biofilms, which can be adapted to other areas of biofilm research.

Analitik Oral Biyofilmler Kapsamlı biyokimyasal, yapısal ve Transcriptome Değerlendirme Aracı-box mutans Streptokok tarafından aracılığı ile

Biofilms are highly dynamic, organized and structured communities of microbial cells enmeshed in an extracellular matrix of variable density and ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of them being fluorescence in situ hybridization (FISH).1,2 We performed a pilot study in which oral biofilm samples collected from fixed orthodontic appliances (palatal expanders) were stained by FISH, the objective being to assess the three-dimensional organization of natural biofilm and plaque accumulation.3,4 FISH creates an opportunity to stain cells in their native biofilm environment by the use of fluorescently labeled 16S rRNA-targeting probes.4-7,19 Compared to alternative techniques like immunofluorescent labeling, this is an inexpensive, precise and straightforward labeling technique to investigate different bacterial groups in mixed biofilm consortia.18,20 General probes were used that bind to Eubacteria (EUB338 + EUB338II + EUB338III; hereafter EUBmix),8-10 Firmicutes (LGC354 A-C; hereafter LGCmix),9,10 and Bacteroidetes (Bac303).11 In addition, specific probes binding to Streptococcus mutans (MUT590)12,13 and Porphyromonas gingivalis (POGI)13,14 were used. The extreme hardness of the surface materials involved (stainless steel and acrylic resin) compelled us to find new ways of preparing the biofilm. As these surface materials could not be readily cut with a cryotome, various sampling methods were explored to obtain intact oral biofilm. The most workable of these approaches is presented in this communication. Small flakes of the biofilm-carrying acrylic resin were scraped off with a sterile scalpel, taking care not to damage the biofilm structure. Forceps were used to collect biofilm from the steel surfaces. Once collected, the samples were fixed and placed directly on polysine coated glass slides. FISH was performed directly on these slides with the probes mentioned above. Various FISH protocols were combined and modified to create a new protocol that was easy to handle.5,10,14,15 Subsequently the samples were analyzed by confocal laser scanning microscopy. Well-known configurations3,4,16,17 could be visualized, including mushroom-style formations and clusters of coccoid bacteria pervaded by channels. In addition, the bacterial composition of these typical biofilm structures were analyzed and 2D and 3D images created.

We present a protocol for structural and compositional analysis of natural oral biofilm from orthodontic appliances with in situ hybridization (FISH) and confocal laser scanning microscopy (CLSM). Oral biofilm samples were collected from palatal expanders, scraping acrylic-resin flakes off their surface and referring them for molecular processing.

Floresan In-Situ Hibridizasyon ve Konfokal Lazer Tarama Mikroskopi Palatal Genişleticilerden Oral Biyofilm Analizi

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of ...

Tıp

Concurrent Quantification of Cellular and Extracellular Components of Biofilms

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) is a powerful tool for investigation of biofilms. Very few investigations have successfully quantified concurrent distribution of more than two components within biofilms because: 1)&#160;selection of fluorescent dyes having minimal spectral overlap is complicated, and 2)&#160;quantification of multiple fluorochromes poses a multifactorial problem. Objectives: Report a methodology to quantify and compare concurrent 3-dimensional distributions of three cellular/extracellular components of biofilms grown on relevant substrates. Methods: The method consists of distinct, interconnected steps involving biofilm growth, staining, CLSM imaging, biofilm structural analysis and visualization, and statistical analysis of structural parameters. Biofilms of Streptococcus mutans (strain UA159) were grown for 48 hr on sterile specimens of Point 4 and TPH3 resin composites. Specimens were subsequently immersed for 60 sec in either Biot&#232;ne PBF (BIO) or Listerine Total Care (LTO) mouthwashes, or water (control group; n=5/group). Biofilms were stained with fluorochromes for extracellular polymeric substances, proteins and nucleic acids before imaging with CLSM. Biofilm structural parameters calculated using ISA3D image analysis software were biovolume and mean biofilm thickness. Mixed models statistical analyses compared structural parameters between mouthwash and control groups (SAS software; &#945;=0.05). Volocity software permitted visualization of 3D distributions of overlaid biofilm components (fluorochromes). Results: Mouthwash BIO produced biofilm structures that differed significantly from the control (p&#60;0.05) on both resin composites, whereas LTO did not produce differences (p&#62;0.05) on either product. Conclusions: This methodology efficiently and successfully quantified and compared concurrent 3D distributions of three major components within S. mutans biofilms on relevant substrates, thus overcoming two challenges to simultaneous assessment of biofilm components. This method can also be used to determine the efficacy of antibacterial/antifouling agents against multiple biofilm components, as shown using mouthwashes. Furthermore, this method has broad application because it facilitates comparison of 3D structures/architecture of biofilms in a variety of disciplines.

A protocol for the concurrent quantification and comparison of three cellular and extracellular components within biofilms is presented. The methodology involves the use of confocal laser scanning microscopy, biofilm structural analysis and visualization software, and statistical analysis software.

Hücresel ve Biyofilmler Ekstrasellüler Bileşenleri Eşzamanlı Kantitasyonu

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) is a powerful tool for investigation of biofilms. Very few investigations have successfully quantified ...

Use of a High-throughput In Vitro Microfluidic System to Develop Oral Multi-species Biofilms

There are few high-throughput in vitro systems which facilitate the development of multi-species biofilms that contain numerous species commonly detected within in vivo oral biofilms. Furthermore, a system that uses natural human saliva as the nutrient source, instead of artificial media, is particularly desirable in order to support the expression of cellular and biofilm-specific properties that mimic the in vivo communities. We describe a method for the development of multi-species oral biofilms that are comparable, with respect to species composition, to supragingival dental plaque, under conditions similar to the human oral cavity. Specifically, this methods article will describe how a commercially available microfluidic system can be adapted to facilitate the development of multi-species oral biofilms derived from and grown within pooled saliva. Furthermore, a description of how the system can be used in conjunction with a confocal laser scanning microscope to generate 3-D biofilm reconstructions for architectural and viability analyses will be presented. Given the broad diversity of microorganisms that grow within biofilms in the microfluidic system (including Streptococcus, Neisseria, Veillonella, Gemella, and Porphyromonas), a protocol will also be presented describing how to harvest the biofilm cells for further subculture&#160;or DNA extraction and analysis. The limits of both the microfluidic biofilm system and the current state-of-the-art data analyses will be addressed. Ultimately, it is envisioned that this article will provide a baseline technique that will improve the study of oral biofilms and aid in the development of additional technologies that can be integrated with the microfluidic platform.

Use of a High-throughput In Vitro Microfluidic System to Develop Oral Multi-species Biofilms

The goal of this methods paper is to describe the use of a microfluidic system for the development of multi-species biofilms that contain species typically identified in human supragingival dental plaque.&#160;Methods to describe biofilm architecture, biofilm viability, and an approach to harvest biofilm for culture-dependent or culture-independent analyses are highlighted.

Yüksek verimli bir kullanımı<em&gt; İn Vitro</em&gt; Mikroakışkan Sistemi Ağız Çok türler biyofilm Geliştirmek İçin

There are few high-throughput in vitro systems which facilitate the development of multi-species biofilms that contain numerous species commonly detected ...

Biyomühendislik

Breath Collection from Children for Disease Biomarker Discovery

Breath collection and analysis can be used to discover volatile biomarkers in a number of infectious and non-infectious diseases, such as malaria, tuberculosis, lung cancer, and liver disease. This protocol describes a reproducible method for sampling breath in children and then stabilizing breath samples for further analysis with gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS). The goal of this method is to establish a standardized protocol for the acquisition of breath samples for further chemical analysis, from children aged 4-15 years. First, breath is sampled using a cardboard mouthpiece attached to a 2-way valve, which is connected to a 3 L bag. Breath analytes are then transferred to a thermal desorption tube and stored at 4-5 &#176;C until analysis. This technique has been previously used to capture breath of children with malaria for successful breath biomarker identification. Subsequently, we have successfully applied this technique to additional pediatric cohorts. The advantage of this method is that it requires minimal cooperation on part of the patient (of particular value in pediatric populations), has a short collection period, does not require trained staff, and can be performed with portable equipment in resource-limited field settings.

This protocol describes a simple method for the acquisition of breath samples from children. Briefly, samples of mixed air are pre-concentrated in sorbent tubes prior to gas chromatography-mass spectrometry analysis. Breath biomarkers of infectious and non-infectious diseases can be identified using this breath collection method.

Çocuklar hastalık biyomarker keşif için derlemeden nefes

Breath collection and analysis can be used to discover volatile biomarkers in a number of infectious and non-infectious diseases, such as malaria, ...

Kimya

Noninvasive Sampling of Mucosal Lining Fluid for the Quantification of In Vivo Upper Airway Immune-mediator Levels

This protocol describes noninvasive sampling of undisturbed upper airway mucosal lining fluid. It also details the extraction procedure used prior to the analysis of immune mediators in fluid eluates for the study of the airway topical immune signature, without the need for stimulation procedures (often used by other techniques). The mucosal lining fluid is sampled on a strip of filter paper placed at the anterior part of the inferior turbinate and left for 2 min of absorption. Analytes are eluted from the filter papers, and the extracted protein-based eluates are analyzed by an electrochemiluminescence-based immunoassay, allowing for the high-sensitivity quantification of low- and high-level analytes in the same sample. We measured the in vivo levels of 20 preselected immune mediators related to specific immune signaling pathways in the upper airway mucosa, but the technique is not limited to that specific panel or sampling site. The technique was first implemented in 7-year-old children from the Copenhagen Prospective Studies on Asthma in Childhood2000 (COPSAC2000) cohort with allergic rhinitis. It was thereafter used in the longitudinal COPSAC2010 birth cohort, sampled at 1 month, 2 years, and 6 years of age and at instances of acute respiratory symptoms. We successfully obtained and analyzed samples from 620 (89%) of 700 1-month-old children; a few samples were below the assay detection limit (reported as the median (Inter-Quartile Range (IQR)). The number of samples below the detection limit (i.e.&#160;from 0 to the set point for the lower limit of detection) for each mediator was 29 (7.25 - 119.5). This technique enables the quantification of the in vivo airway mucosal immune profile from birth, can be applied longitudinally, and can be applied to studies on the effect of genetics and early-life environmental exposures, pathophysiology, endotyping, and monitoring of respiratory diseases, and development and evaluation of novel therapeutics.

Noninvasive Sampling of Mucosal Lining Fluid for the Quantification of In Vivo Upper Airway Immune-mediator Levels

This protocol describes a noninvasive technique for the sampling of undisturbed mucosal lining fluid from the upper airways. It can be used to perform the quantification of in vivo levels of protein mediators, such as cytokines and chemokines, in subjects of all ages.

Mukozal astar sıvı noninvaziv örnekleme için In Vivo üst solunum yolu bağışıklık arabulucu düzeyleri miktar

This protocol describes noninvasive sampling of undisturbed upper airway mucosal lining fluid. It also details the extraction procedure used prior to the ...

Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms using Confocal Microscopy

Cross-kingdom biofilms consisting of both fungal and bacterial cells are involved in a variety of oral diseases, such as endodontic infections, periodontitis, mucosal infections and, most notably, early childhood caries. In all of these conditions, the pH in the biofilm matrix impacts microbe-host interactions and thus the disease progression. The present protocol describes a confocal microscopy-based method to monitor pH dynamics inside cross-kingdom biofilms comprising Candida albicans and Streptococcus mutans. The pH-dependent dual-emission spectrum and the staining properties of the ratiometric probe C-SNARF-4 are exploited to determine drops in pH in extracellular areas of the biofilms. Use of pH ratiometry with the probe requires a meticulous choice of imaging parameters, a thorough calibration of the dye, and careful, threshold-based post-processing of the image data. When used correctly, the technique allows for the rapid assessment of extracellular pH in different areas of a biofilm and thus the monitoring of both horizontal and vertical pH gradients over time. While the use of confocal microscopy limits Z-profiling to thin biofilms of 75 &#181;m or less, the use of pH ratiometry is ideally suited for the noninvasive study of an important virulence factor in cross-kingdom biofilms.

The protocol describes the cultivation of cross-kingdom biofilms consisting of Candida albicans and Streptococcus mutans and presents a confocal microscopy-based method for the monitoring of extracellular pH inside these biofilms.

Konfokal Mikroskopi Ile Krallık Lararası Biyofilmlerde Hücre Dışı pH'ın izlenmesi

Cross-kingdom biofilms consisting of both fungal and bacterial cells are involved in a variety of oral diseases, such as endodontic infections, ...

Oral Biofilm Formation on Different Materials for Dental Implants

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low microbial adhesion may reduce the prevalence and progression of peri-implant diseases. In view of the oral environment complexity and oral biofilm heterogeneity, microscopy techniques are needed that can enable a biofilm analysis of the surfaces of teeth and dental materials. This article describes a series of protocols implemented for comparing oral biofilm formation on titanium and ceramic materials for prosthetic abutments, as well as the methods involved in oral biofilms analyses at the morphological and cellular levels. The in situ model to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments as described in this study provides a satisfactory preservation of the 48 h biofilm, thereby demonstrating methodological adequacy. Multiphoton microscopy allows the analysis of an area representative of the biofilm formed on the test materials. In addition, the use of fluorophores and the processing of the images using multiphoton microscopy allows the analysis of the bacterial viability in a very heterogeneous population of microorganisms. The preparation of biological specimens for electron microscopy promotes the structural preservation of biofilm, images with good resolution, and no artifacts.

Here, we present a protocol to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments, including the analysis of bacterial cells viability and morphological characteristics. An in situ model associated with powerful microscopy techniques is used for the oral biofilm analysis.

Diş implantları için farklı malzemeler üzerinde sözlü biyofilm oluşumu

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low ...

Systematic Approach to Identify Novel Antimicrobial and Antibiofilm Molecules from Plants' Extracts and Fractions to Prevent Dental Caries

Natural products provide structurally different substances, with a myriad of biological activities. However, the identification and isolation of active compounds from plants are challenging because of the complex plant matrix and time-consuming isolation and identification procedures. Therefore, a stepwise approach for screening natural compounds from plants, including the isolation and identification of potentially active molecules, is presented. It includes the collection of the plant material; preparation and fractionation of crude extracts; chromatography and spectrometry (UHPLC-DAD-HRMS and NMR) approaches for analysis and compounds identification; bioassays (antimicrobial and antibiofilm activities; bacterial &#34;adhesion strength&#34; to the salivary pellicle and initial glucan matrix treated with selected treatments); and data analysis. The model is simple, reproducible, and allows high-throughput screening of multiple compounds, concentrations, and treatment steps can be consistently controlled. The data obtained provide the foundation for future studies, including formulations with the most active extracts and/or fractions, isolation of molecules, modeling molecules to specific targets in microbial cells and biofilms. For example, one target to control cariogenic biofilm is to inhibit the activity of Streptococcus mutans glucosyltransferases that synthesize the extracellular matrix&#8217; glucans. The inhibition of those enzymes prevents the biofilm build-up, decreasing its virulence.

Natural products represent promising starting points for the development of new drugs and therapeutic agents. However, due to the high chemical diversity, finding new therapeutic compounds from plants is a challenging and time-consuming task. We describe a simplified approach to identify antimicrobial and antibiofilm molecules from plant extracts and fractions.

Diş Çürüklerini Önlemek İçin Bitkilerin Özlerinden ve Fraksiyonlarından Yeni Antimikrobiyal ve Antibiyofilm Moleküllerini Tanımlamak için Sistematik Yaklaşım

Natural products provide structurally different substances, with a myriad of biological activities. However, the identification and isolation of active ...

Biyoloji

Specimen Collection and Analysis of the Duodenal Microbiome

Shifts in the microbiome have been correlated with the physiology and pathophysiology of many organ systems both in humans and in mouse models. The gut microbiome has been typically studied through fecal specimen collections. The ease of obtaining fecal samples has resulted in many studies that have revealed information concerning the distal luminal gastrointestinal tract. However, few studies have addressed the importance of the microbiome in the proximal gut. Given that the duodenum is a major site for digestion and absorption, its microbiome is relevant to nutrition and liver disease and warrants further investigation. Here we detail a novel method for sampling the proximal luminal and mucosal gut microbiome in human subjects undergoing upper endoscopy by obtaining duodenal aspirate and biopsies. Specimen procurement is facile and unaffected by artifacts such as patient preparatory adherence, as might be the case in obtaining colonic samples during colonoscopy. The preliminary results show that the luminal and mucosal microbiomes differ significantly, which is likely related to environmental conditions and barrier functions. Therefore, a combination of duodenal aspirate and biopsies reveal a more comprehensive picture of the microbiome in the duodenum. Biopsies are obtained from the descending and horizontal segments of the duodenum, which are anatomically close to the liver and biliary tree. This is important in studying the role of bile acid biology and the gut-liver axis in liver disease. Biopsies and aspirate can be used for 16S ribosomal RNA sequencing, metabolomics, and other similar applications.

<meta charset="utf8"></head><body>Duodenal mikrobiyomun örnek toplanması ve analizi

In this manuscript, we discuss a novel method to sample and analyze the duodenal microbiome. This method provides an accurate depiction of microbial diversity and composition in the duodenum and could be useful for further investigation of the duodenal microbiome.

Duodenal mikrobiyomun örnek toplanması ve analizi

Shifts in the microbiome have been correlated with the physiology and pathophysiology of many organ systems both in humans and in mouse models. The gut ...