저자는 요 아 킴 Theussl (의료 연구 센터, 의료 그라츠 대학)에 우수한 기술 지원에 대해 모니카 파렐 (연구 관리, 그라츠의 의학 대학)와 비디오 제작에 음성 재능으로 감사.

프로토콜 및 비디오 촬영은 그라츠의 의학 대학 (Votum 27-126ex14/15)의 기관 검토 위원회에 의해 승인 되었다. 이 비디오 게시에 대 한 서 면된 동의 자녀와 그녀의 부모에서 얻은 했다.
1. 기기 및 재료
<ol>
	<li>컷 보정 (ISO 015/02) 고 메 마른 종이 포인트, 그들의 길이 (그림 1)을 표준화 하기 위해 첫 번째 링 마크에 endodontic 치료에 주로 사용 됩니다.</li>
	<li>260에 자외선 빛 방사선 적용 종이 포인트 (그림 2)의 DNA와 RNA 오염을 방지 하기 위하여 30 분 nm.</li>
	<li>고압 튜브 120 ° C와 1.2 저장용 바 20 분 및 UV 비추는 그들 뿐만 또는 고용 준비-사용 감마 방사선 튜브.</li>
</ol>
2입니다. 과목의 준비
참고: 서 면된 동의 자녀와 등록 전에 그녀의 부모에서 얻은 했다.
<ol>
	<li>입술에 코코아 버터를 적용 됩니다.</li>
	<li>뺨을 탑재 하 고 혀를 두 치과 아치에 대 한 전체 액세스에 대 한 견인.</li>
	<li>플 라크 공개와 함께 치과 플 라크를 착 색.</li>
	<li>건조 필드 장치를 제거 합니다.</li>
	<li>물 무색이 될 때까지 물으로 입을 헹 구 십시오.</li>
	<li>브러쉬 철저 하 게 45 ° angulation에서 전기 칫 솔과 치아. 이 구두 biofilm를 변경할 것 이다 아무 치약, 하지만 물을 적용 합니다.</li>
	<li>혀 가드 입 오픈 하 고 건조 유지를 포함 하 여 다시 건조 필드 장치를 탑재 합니다.</li>
	<li>깨끗 하 고 마른 종이 동안 supragingival 액체의 흡수를 피하기 위해 멸 균 면봉으로 인덱스 치아 샘플링 포인트.</li>
</ol>
3. Biofilm 샘플링
<ol>
	<li>Subgingival 고 랑의 포인트 샘플링 종이
	<ol>
		<li>살 균 치과 핀셋으로 종이 포인트를 파악.</li>
		<li>접선 최대 4mm의 정의 된 길이에 종이 포인트를 삽입 합니다. 접합 상피 (그림 3)에 게 충격을 하지 특별 한 주의 분리 했습니다.</li>
		<li>20 후 제거 하는 종이 포인트 s.</li>
		<li>준비 된 튜브에 직접 종이 포인트를 수집: 종이 포인트 팁 직접 살 균 하 고 DNA 유리병에 놓고 4 mm (그림 4)의 표준된 길이를 3 마크에 잘라.</li>
		<li>연구 프로토콜에 지정 된 경우 두 종이 포인트 병렬 및 동시에 같은 사이트 (그림 5A)에 삽입 합니다.</li>
		<li>연구 프로토콜 "풀링된 샘플"에서 요구 하는 경우 또는 여러 사이트에서 종이 포인트 수집 (그림 5B).</li>
		<li>건조 필드 장치 제거 점 막과 침 샘플링.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>점 막 종이 포인트 샘플링
	<ol>
		<li>(그림 6) 위 뺨의 vestibular 배 종이 포인트 적용.</li>
		<li>뺨을 닫고 짧게 마사지 합니다.</li>
		<li>뺨을 열고 20 후 제거 하는 종이 포인트 s.</li>
		<li>3 마크에 종이 포인트를 잘라내어 subgingival 샘플링 된 무 균 튜브에 넣어.</li>
	</ol>
	</li>
	<li>침 샘플링
	<ol>
		<li>자녀가 소독된 컬렉션 그릇 (그림 7)에 unstimulated 타 액을 뱉 어 봅시다.</li>
	</ol>
	</li>
</ol>
4. 전송 및 저장
<ol>
	<li>연구 설계 (그림 8)에 따라 단일, 풀, 또는 병렬 샘플으로 종이 포인트를 수집 합니다.</li>
	<li>샘플 관리 (그림 9)를 더 촉진 하기 위해 색으로 구분 된 스토리지 시스템을 적용 합니다.</li>
	<li>마지막으로, 미생물 분석 중인 −80 ° C에서 샘플을 저장 합니다.</li>
</ol>

<ol>
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저자가 과학 비디오 제작에 관련 된 충돌의 관심을 보고.

박테리아는 구강24,,2526내의 모든 사이트에서 발견 된다. 많은 연구27,,2829,30,31, 침 통해 쉽게 샘플링할 수 수로 구두 식민지를 지도 하는 샘플링 매체로 타 액의 사용에 초점을 맞춘합니다 32. 그러나, 침 biofilm subgingival biofilm 구성을 반영 하지 않습니다. 따라서, 다른 샘플링 방법의 사용은 전체 그림을 만들기 위한 매우 중요 하 고 치과 연구에 새로운 토론을 연상 됩니다. 몇 가지 기사 periodontally 질병 과목8,,3334의 subgingival 샘플링에 대 한 curettes 및 종이의 사용을 비교합니다. 아직 아무 연구 그룹은 특히 어린이19에 대 한 서로 다른 연령 그룹에 대 한 표준화 된 샘플링 장치 응용 프로그램에 초점을 맞춘 것 알려져 있다.
이 비디오에서는, 건강 한 아이 들에 있는 3 개의 구두 서식 지의 구두 biofilm 샘플링 제공 됩니다.
수정 및 문제 해결:
원고의 목표는 건강 한 어린이의 subgingival biofilm 샘플링에 대 한 임상 프로토콜에 중점을 둡니다. 방법의 선택 소리 subgingival sulci를 제한 된 공간 만드는 특히 도전 샘플링을 말합니다. 이 비디오에서는 메서드가 영구 치열 초기에 적용 되었습니다. 그것은 또한 혼합 또는 성숙한 치열 하 고 아이 들 또는 성인을 적용할 수 있습니다. 우리의 샘플링 방법을 하나 또는 풀링된 샘플 등 수정 할 수 있습니다. 후자의 건강 한 subgingival 고 랑에서 수집 DNA의 작은 금액으로 인해 분자 분석에 대 한 중요 한 요인이 될 수 있습니다. 인덱스의 선택에; 수정할 수 있습니다. 특히, 다른 치아 상피 충격 때 대신 샘플 및 출혈, 따라서 종이 포인트를 사용할 수 없게 만드는 수 있습니다. 한 사이트에서 동시에 두 개의 종이 포인트를 사용 하 여 병렬 샘플링 샘플 복제 어린이 들을 위한의 자 시간을 단축 하는 것 외에도 한 번에 렌더링 합니다.
약간의 수정으로 병 치 주 주머니를 샘플링할 수 있다. 여기 종이 포인트 최대 10 m m를 도달할 수 있는 주머니의 전체 길이를 삽입 해야 합니다. 길이 삽입의 깊이 뿐만 아니라 종이 포인트 conus 관심의 intraoral 서식 지에 적응 해야 하지만 항상 재료와 크기에 의해 표준화 되어야 한다. 샘플은 또한 종이 포인트를 사용 하 여 점 막에서 반입할 수 있습니다. 동일한 프로토콜 다른 구두 서식 지와 다양 한 치과 재료의 비교를 허용 한다. 환자 준비 및 샘플 저장이이 비디오에 설명 된 대로 수행할 수 있습니다. Metatranscriptome 연구에 대 한 RNA 같은 방법으로 샘플링 될 수 있습니다. 따라서, 샘플링, 후 종이 포인트는 RNA 안정화 솔루션에 직접 삽입 해야 합니다.
기술의 한계:
수정에 설명 임상 샘플링 방법 사운드 subgingival 고 랑으로 제한 됩니다. 예 periodontally 병 주머니에 관해서는 다른 샘플링 사이트의 우리의 연구 설계 되지 않았습니다. 이러한 주머니의 전체 깊이를 샘플링을 필요에 따라 종이 포인트 충분히 샘플을 수집 하기에 충분 하지 않을 수 있습니다. 실험 목표 하는 경우 사운드 subgingival sulci 및 periodontally 병 주머니에서 샘플링 한 데이터를 비교, 그것은 다른 임상 샘플링 방법와 연결 된 고유한 바이어스에 자각 하는 것이 중요. 그것은 따라서 이러한 데이터를 비교 하는 것이 좋습니다입니다.
여기에 제시 된 방법의 한계는 propidium monoazide의 후속 사용 없이 샘플링 됩니다. 샘플링 후 직접이 에이전트를 추가 분석 하는 biofilm에서 살아있는 세포만의 특정 분석에 대 한 수 있습니다. 여기 설명 하는 샘플링 방법을 생활과 죽은 세포의 수를 반영 합니다. 심한 치 주 염의 연구, 종이 포인트 깊은 주머니에 biofilm 형성은 강력한 아마 curettes, 교체 필요 합니다. 종이 포인트 샘플링 그들의 표면으로 이러한 경우에, 전체 미생물 스펙트럼을 반영 하지 않을 수도 있습니다 너무 빨리 포화 될 수 있습니다.
기존의 방법에 관하여 의미:
제안 된 원고 종이 포인트와 함께 건강 한 고 랑에 subgingival 샘플링을 표준화 하는 그것의 종류의 첫번째 이다. 다른 보고서는 금속 curettes35,36 의 사용 또는 종이 37,,3839, 가리키지만 샘플링, 이전 수행 하는 프로세스를 설명 하지 않았다 등 플 라크 컨트롤로 치아 치아 격리, 청소 및 건조, 샘플링 기술과 시간 라인에 부적당 한 사양에서 발생 하는 프로세스 뿐만 아니라.
두 이전 기사에서 우리는 종이 포인트를 사용 하 여 어린이22,40subgingival biofilm 샘플링에 대 한 재현 방법입니다 보여줍니다. 때문에 그들의 디자인, curettes는 제한 된 공간 얕은 고 랑에 대 한 너무 크고 너무 부드러운 접합 상피에 대 한 날카로운. 그것은 subgingival 고 랑 상피 traumatizing 없이 액세스할 수 중요 합니다. 이 방법에서는, 바이어스 출혈에서 발생 하는 피 한다. 따라서, 슬림 하 고 부드러운 종이 포인트의 사용은이 지역에 대 한 선호. 종이 포인트 교정 치료21,41동안 biofilm 구성 변경 사항을 모니터링 하는 기능입니다. 그들은 슬림 하 고 고정 교정 기기 요소 사이 맞게 충분히 유연입니다. 이것은 curettes 같은 다른 샘플링 방법에 중요 한 이점은 이다. Atraumatic 샘플링 간소화 하 고 DNA의 적은 양의 샘플링 가능 하다.
미래의 응용 프로그램:
이 비디오에서 우리는 비 병에 걸리는, 초기, 영구 치열에 메서드 시연. 그것은 또한 혼합 또는 성숙한 치열에 적용할 수 있습니다. 일부 각 색 같은 프로토콜에 따라 치아 나 임 플 란 트 및 치과 재료 때문 다른 틈새 같은 periodontally 질병 사이트 샘플 가능 하다. 카 리에 스 연구는 뿌리 카 리에 스에 대 한 특정 연구에이 표준화 된 프로토콜에서 유익할 수 있었다. 데이터 비교, 아무리 무엇을 하 고 샘플을 측정 하는 방법을 수 있도록 프로토콜의 표준화는 우리의 샘플링 비디오에서 가장 중요 한 강의입니다.미래의 비디오 데모의 일반적 임상 샘플링 필드 향상 시킬 수 있습니다.
비디오와 같이 얻은 구두 biofilm 과학적 조사에 대 한 클리닉에 사용 됩니다. Vivo에서 이렇게 형광 제자리에서 교 잡, confocal 레이저 스캐닝 현미경 검사 법15등 생체 외에서 분자 기법에 대 한 좋은 추가 나타냅니다. NGS 방법, 그림과, pyrosequencing로 전체 microbiota의 분석 수 수집된 biofilm에 적용. 또는 치료를 지 원하는 다른 환자 또는 다른 처리를 비교 하 여 특정 세균성 종 상대 나타났는데 계산을 사용할 수 있습니다. 표준화 된 시퀀싱 프로토콜 및 시퀀스 분석 워크플로 함께 우리는 이전40설명,이 샘플링 방법 속 수준 시퀀스 분석을 수 있습니다. "메타" 추가-연구가이 비디오에 제시 샘플링 프로토콜에 기반 하는 metatranscriptomic 또는 metabolomic 수 있습니다.
중요 한 단계:
중요 한 단계는 오염 방지: 무 균 악기 비 살 균 비보에 환경에 적용할 수 있다. 벤치에는 입에서 전송 가능한 연구 참여자에 대 한의 자 시간을 유지 하는 경험 있는 심사 관에 의해 신속 하 고 안전 하 게 수행할 수 있다. 프로토콜의 가장 중요 한 단계는 subgingival 고 랑에 종이 포인트의 atraumatic 삽입입니다. 접합 상피 및 절대적으로 출혈의 방해를 피할 수 있다. 추가 관리 종이 포인트 및 스토리지 튜브 외 인 DNA 또는 RNA를 오염 하지 위해서는 주의가 있다. 스토리지 자체 다음 또한 중요 한 단계 이다. 샘플은 −80 ° c.에서 직접, 기껏해야 얼 필요가 이 시퀀싱 결과 위조 것 세균성 구성 게시물 샘플링에 변화를 방지 합니다.

인간의 구강 biofilm 공생의 유익한 미생물1,,23주로 구성 된 광범위 한 지역 사회를 함유 한다. 여기 종 식민지 모든 틈새는 구강4,,56을 제공 하는 것. 이러한 틈새에서 Biofilm 구성으로 서식 지로 널리 다릅니다. 타 액은 예 패 샘플 보다 다른 세균 프로필을 표시합니다. 건강 한 성인의 패 샘플, Actinobacteria 의 상대 풍부한에서는 이상 20%, 7% 미만 타 액에서 발견 되는 동안입니다. Bacteroidetes 및 Firmicutes 반면 타 액7에 훨씬 더 높은 숫자에 표시 됩니다. 따라서, 전체 그림을 얻기 위하여 입에서 서로 다른 위치에 샘플을 중요 하다. 또한, 지리적, 민족적인 차이, 나이, 성별, 그리고 다른 많은 요인 등 다양 한 요인을 확인 biofilm 개발 및 질병 발병8,9에 대 한 일반적인 규칙을 식별 하기가 어렵습니다. 몇 년 동안 periopathogenic 및 cariogenic biofilm의 조사는 중앙 우려8,10,11,,1213되었습니다.
최근 몇 년 동안, 건강 한 과목에 대 한 연구 뿐만 아니라 질병의 광범위 한 이해 뿐만 아니라 예방 조치14의 구현에 대 한 중요성을 얻고 있다. 새로운 기술 및 분자 분석 또한 구두 biofilm 형성 및 기능15,16, 명료 하 고 미생물 다양성17,18의 완전 한 프로 파일링을 활성화 합니다. 이 또한 교정 치료19동안 미생물 변화의 새로운 이해로 이어질 예정 이다. 교정 생체 재료의 개발에 영향 예측 이다. 향상 된 관점 biofilm에 나 멜 demineralization 등 치 주 질환12,,2021와 관련 된 교정 치료의 합병증에 새로운 빛 창 고 것입니다. 전세계 데이터 비교를 허용 하려면 데이터 생성에서 모든 단계를 표준화 하기 결정적 이다. 실험실 절차에 사소한 변화 강력 하 게 결과 좌우할 수 있다. 또한, 다양 한 데이터 처리에 컴퓨터 플랫폼의 사용 비 비교 데이터 집합 발생할 수 있습니다. 마지막으로, 통계적 테스트 및 교정의 결과에 영향이 있다. 그러나, 이미 오래 전에 어떤 실험실 작업 발생 수 샘플링 바이어스 또는 개시 바이오 컴퓨팅. 비 표준화 된 샘플링 메서드는 본질적으로 편 파 연구 이어질. 표준화 관련 연구에서의 적당 한 수준 낮은, 보기 작은 증거 교정 및 microbiomes19사이의 관계에 존재합니다. 따라서, 표준화 된 방법의 개발 용이 하 게 하는 필드에 데이터의 자격된 비교 것입니다.
이 문서는 표준화 된 구강 biofilm 샘플링 절차를 선물 한다. 프로토콜은 세계적으로 대 등 한 미생물 시퀀스 데이터 컬렉션을 생성 하는 쪽으로 기여 하는 위한 것입니다. 건강 한 아이 들에 있는 구두 biofilm 샘플링에 대 한 단계별 프로토콜 제공 됩니다. 선택 하는 방법으로 종이 포인트 삽입된 들은 사운드 subgingival 고 랑에는. 서식 지 비교를 촉진 하기 위하여 뺨 점 막 같은 프로토콜에 따라 샘플링 됩니다. 이 문서는 또한 병렬 및 풀링된 샘플링을 보여 줍니다. 또한, 침 샘플링 표시 됩니다. 간단한 색 전송 및 스토리지 시스템도 추가 처리를 위해 표본 관리를 용이 하 게 제공 됩니다. 저장 매체, metagenomic 분석과 생물 정보학에 관한 다운스트림 작업의 임상 질문 구두 연구에 다른 분야에 의해 제기에 따라 달라 집니다. 이 원고에서 NGS의 DNA 샘플링 교정 연구 가능한 응용 프로그램의 예제로 선정 되었습니다.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1545">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">Paper Points Taper .02, sterilised</td>
			<td style="width:247px;">VDW Dental</td>
			<td style="width:119px;">550 029 015</td>
			<td style="width:947px;">http://www.vdw-dental.com/en/products/root-canal-drying/paper-points.html?seminarNo=24&#38;cHash= 
			1107d79ab05653b454fd90a954dc92e2</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">GC Cocoa Butter, Tube of 10 g</td>
			<td style="width:247px;">GC EUROPE N.V.</td>
			<td style="width:119px;">000387</td>
			<td>http://www.gceurope.com/products/detail.php?id=22</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">Rondells blue</td>
			<td style="width:247px;">DIRECTA AB</td>
			<td>Rondell Tablets</td>
			<td>http://www.directadental.com/exego.aspx?p_id=767</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">Great Lakes Nola Dry Field System</td>
			<td style="width:247px;">Great Lakes Ortho</td>
			<td>300-401</td>
			<td>http://www.greatlakesortho.com/commerce/detail/?nPID=1626</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">tooth brush</td>
			<td style="width:247px;">Oral-B</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.oralb-blendamed.de/de-DE/pro</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">micro-Ident plus11</td>
			<td style="width:247px;">Hain Lifescience GmbH</td>
			<td>23312</td>
			<td>http://www.hain-lifescience.de/en/products/microbiology/dental-diagnostics/micro-ident-und-micro-identplus.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">ParoCheck</td>
			<td style="width:247px;">Greiner Bio One International GmbH</td>
			<td>460020</td>
			<td>https://shop.gbo.com/en/row/articles/catalogue/article/0150_00020/12705/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Carpegen Perio Diagnostik</td>
			<td style="width:247px;">Carpegen GmbH</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.carpegen.de/en/products-and-services/carpegen-perio-diagnostics.html</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">tubes Reaktionsgef&#228;&#223;e 1,5 ml</td>
			<td>Lactan</td>
			<td>CH77.1&#160; to CH81.1</td>
			<td>www.lactan</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:233px;">cotton swabs</td>
			<td>Henry Schein</td>
			<td style="width:119px;">9003182</td>
			<td>www.henryschein.at</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

oral biofilm sampling for microbiome analysis in healthy children

구두 biofilm 및 분자 분석 조사 하는 다양 한 치과 연구와 임상 질문에 대 한 기초를 제공 합니다. Biofilm 구성의 기술 cariogenic와 periopathogenic 메커니즘의 더 나은 이해에 지도 한다. 미생물 변화는 구강에서 어린 시절 동안 관심의 여러 가지 이유로 있습니다. 아동 구두 microbiota와 그것의 구성의 변화에의 진화 이해 하 고 질병의 발병을 예방할 가능성이 더 분석할 필요가 있다. 같은 시간에 구두 biofilm의 천연 성분의 고급 지식이 필요 합니다. 건강 한 잇 몸 가진 카 리에 스 프리 영구 치열의 초기 단계는 널리 영향을 받지 않는 subgingival 구강 건강 및 질병의 특징을 공부에 대 한 현장에서 기준으로 사용할 수 있는 서식 지를 제공 합니다. 인생에서 다른 단계 동안 어린이 구강 biofilm의 분석은 따라서 분야에서 중요 한 테마 이다. 현대 분자 분석 방법 같은 biofilms의 세균성 다양성에 대 한 포괄적인 정보를 제공할 수 있습니다. Microbiota 데이터 비교를 사용 하려면 그것은 분자 데이터 생성 과정의 각 단계를 표준화 하는 것이 중요입니다. 이 절차는 분류학 해석에 임상 샘플링, 다음 세대 시퀀싱 (NGS), bioinformatic 데이터 처리에서 걸쳐. 여기에 가장 중요 한 요소 중 하나는 biofilm 샘플링입니다. 아이 들에 있는 샘플링은 subgingival 지역에서 제한 된 공간 때문에 특히 더 많은 도전. 우리는 따라서 subgingival 샘플링에 대 한 종이 포인트의 사용에 집중 한다. 이 문서는 subgingival 고 랑, 점 막, 그리고 아이 들에 있는 타 액의 구강 biofilm 샘플링에 대 한 상세한 프로토콜을 제공합니다.

현재 발행물에서 NGS의 DNA 샘플링은 교정 연구 가능한 응용 프로그램의 예를 들어 설명 했다. 세균성 DNA는 종이 포인트 샘플에서 직접 추출 됩니다. 이 DNA에 대 한 미생물 구성의 연구에 사용할 수 있습니다 임상 질문 ( 그림10에서) 요약를 연구 또는.
NGS 방법 454-pyrosequencing 같은 현대 분자 분석 방법 샘플의 완전 한 microbiota에 대 한 개요를 제공합니다. 박테리아의 수천의 DNA 식별 동시에 서로 다른 계통 발생 수준에서는 16 이상 rRNA 순서 차이. Bioinformatic 플랫폼 정보 큰 데이터 집합에서 검색 된 클러스터로 구축 하는 수단으로 생성 될 필요가 있다. 통계 분석은 다음 microbiota 데이터 집합에 적용할 수 있습니다.
서식 지 조건 변경 인해 microbiota에 교대를 할 수 있는 특정 세균 종의 전반적으로 관계 되는 풍부를 분석할 수 있습니다. 가로 막대형 차트 (그림 11) 및 heatmaps (그림 12) 주문 수준 또는 문 수준에서 subgingival 세균성 구성을 표시 됩니다. 다양 한 개인 및 치료 설명 및 날개 식 통계에 의해 비교할 수 있습니다. 그림 13 subgingival 종이 포인트 서로 다른 분류학 수준에서 샘플링의 두 가지 모드의 히스토그램 비교를 제공 합니다. 표 1 은 생체 외에서 연구를 비교 하는 두 시간 포인트 (T1 및 T3) 동안 biofilm 구성에 변화를 보여준다. 통계적으로 유의 한 변화는 Wilcoxon 서명 순위 테스트와 454-pyrosequencing 데이터에서 다음 Bonferroni 보정 계산 했다.
마지막으로, 주 좌표 분석 (PCoA)로 다른 샘플에서 확인 된 조작 상 분류학 단위 (OTU) 수준에서 직접 3D 비교 수 있습니다. 그림 14에서 PCoA 플롯 5 어린이의 케이스 시리즈에서 subgingival 미생물의 내부와 통해 개인 차이 표시합니다. 그림 15 는 교정 사례 제어 연구의 결과 보여줍니다: 분홍색 빨간 점 경우, 빛이 어두운 파란색 점들은 컨트롤, 4 개월의 기간 동안 반복 해 서 모든 샘플된. (빨간 점) 교정 개입 후의 경우 분명 클러스터링은 미생물에 변화가 나타냅니다. 컨트롤 그룹을 나타내는 파란색 점 균등 하 게 배포 됩니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig1.jpg"> 
그림 1 : 표준된 길이의 종이 포인트 준비. 살 균 된 종이 포인트 그들의 길이 표준화 하기 위한 첫 번째 링 마크에서 잘립니다. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig2.jpg"> 
그림 2 : Sterilize 및 DNA에서 무료 포인트. 표준화 된 종이 포인트는 소독 하 고 깨끗 한 벤치에 UV 방사선. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig3.jpg"> 
그림 3 : Subgingival 종이 포인트 삽입. 살 균 된 종이 포인트 20 4 m m 링 마크까지 subgingival 고 랑에 접선 삽입 됩니다 s.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig4.jpg"> 
그림 4 : 종이 포인트 튜브로 절단. 직접 샘플링, 후 종이 포인트 3 링 마크 (4mm)에 살 균 및 DNA-무료 1.5 mL 유리병에 잘라. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig5.jpg"> 
그림 5 : 풀링된 및 병렬 샘플링. 두 종이 포인트는 하나의 치아 (A) 또는 여러 치아 (B)의 subgingival sulci로 여러 종이 포인트의 subgingival 고 랑에 동시에 삽입 됩니다. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig5large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig6.jpg"> 
그림 6 : 점 막 샘플링. 살 균 된 종이 포인트는 vestibular의 점 막에 누워 있습니다. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig6large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig7.jpg"> 
그림 7 : 타 액 컬렉션. Unstimulated 타 액 살 균 비 커에 침을 이다. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig7large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig8.jpg"> 
그림 8 : 샘플링 계획. 단일 (왼쪽, 1 개의 치아), 풀링 (여러 한 유리병에 모든 줄무늬), 또는 병렬 (블루 줄무늬, 하나의 치아에 두 종이 포인트) 샘플 샘플을 수집할 수 있습니다. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig8large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig9.jpg"> 
그림 9 : 스토리지 색. 추천 색상 코드 시트와 튜브를 용이 하 게 위한 추가 처리 샘플.<a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig9large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig10.jpg"> 
그림 10 : Subgingival biofilm 분석. 임상 biofilm 샘플링 (A), DNA 추출 (B), 및 다른 NGS 기술 (C)의 도식 프리젠테이션. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig10large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig11.jpg"> 
그림 11 : 바 차트. 보기 454-pyrosequencing를 사용 하 여 분석 하는 문 수준에서 박테리아의 관계 되는 풍부. Santigli 그 외 여러분 에서 수정 이미지 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig11large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 12" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig12.jpg"> 
그림 12 : Heatmap. 보기 세균성 명령 사용 하 여 분석의 상대적 나타났는데 454-pyrosequencing. 진한 빨간색 높은 관계 되는 풍부를 나타냅니다 (&#62; 10%). 진한 파란색 각각 세균 순서의 아무 상대적 풍요에는 매우 낮은 나타냅니다. Santigli 그 외 여러분 에서 수정 이미지 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig12large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 13" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig13.jpg"> 
그림 13 : 히스토그램. 종이의 두 가지 모드의 비교 포인트 샘플링 (A와 B 모드) 다른 분류학 수준에. 454 pyrosequencing로 생성 된 데이터입니다. Santigli 그 외 여러분 에서 수정 이미지 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig13large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 14" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig14.jpg"> 
그림 14 : 2D PCoA 음모. 케이스 시리즈 (n = 5) (1 개의 색깔은 1 주제) 두 subgingival 샘플링 방법 결과로 내 개인과 개인 간 차이 보여주는. 454 pyrosequencing로 생성 된 데이터입니다. Santigli 그 외 여러분 에서 수정 이미지 22 <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig14large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<img alt="Figure 15" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56320/56320fig15.jpg"> 
그림 15 : 3D PCoA 작 애니메이션의 스냅숏. 표시 subgingival 미생물 이동 교정 케이스 컨트롤 연구에서 (n = 16, 각 그룹, 시간;에 3 포인트 경우: 분홍색 빨간색, 컨트롤: 진한 파란색 빛). 454 pyrosequencing로 생성 된 데이터입니다.작업 그룹 Santigli에서에서 게시 되지 않은 데이터입니다. <a href="//ecsource.jove.com/files/ftp_upload/56320/56320fig15large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Taxon: Bacteriae</td>
			<td colspan="3">시간 포인트 1 [%]</td>
			<td colspan="3">시간 포인트 3 [%]</td>
			<td colspan="2">Wilcoxon 서명 순위 테스트</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">문/속</td>
			<td>25</td>
			<td>중간</td>
			<td>75</td>
			<td>25</td>
			<td>중간</td>
			<td>75</td>
			<td>p-값</td>
			<td>p-값 조정 #</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">다른</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">다른</td>
			<td>0.70</td>
			<td>1.07</td>
			<td>1.28</td>
			<td>1.32</td>
			<td>1.63</td>
			<td>1.93</td>
			<td>.000</td>
			<td>.005</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Actinobacteria</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">放</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>0.13</td>
			<td>0.06</td>
			<td>0.30</td>
			<td>0.97</td>
			<td>.001</td>
			<td>.021</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Rothia</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.05</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.13</td>
			<td>0.32</td>
			<td>.001</td>
			<td>.009</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Bacteroidetes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Prevotella</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.01</td>
			<td>0.22</td>
			<td>0.15</td>
			<td>1.02</td>
			<td>2.44</td>
			<td>.000</td>
			<td>.006</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Firmicutes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">다른 (이십시오)</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.01</td>
			<td>0.06</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>0.10</td>
			<td>.706</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">포도 상 구</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.01</td>
			<td>0.12</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.07</td>
			<td>0.17</td>
			<td>.548</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Gemellaceae)</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.07</td>
			<td>0.12</td>
			<td>0.77</td>
			<td>1.24</td>
			<td>.005</td>
			<td>.091</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Lactobacillales)</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.12</td>
			<td>1.50</td>
			<td>.004</td>
			<td>.073</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Granulicatella</td>
			<td>0.09</td>
			<td>0.23</td>
			<td>0.37</td>
			<td>0.64</td>
			<td>1.59</td>
			<td>2.28</td>
			<td>.000</td>
			<td>.003</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">유산 균</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.18</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>.700</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">기타 (Streptococcaceae)</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>0.13</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.10</td>
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			<td>.768</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">(Streptococcaceae)</td>
			<td>0.04</td>
			<td>0.10</td>
			<td>0.23</td>
			<td>0.12</td>
			<td>0.37</td>
			<td>0.69</td>
			<td>.005</td>
			<td>.083</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">연쇄 상 구 균</td>
			<td>53.42</td>
			<td>61.96</td>
			<td>88.38</td>
			<td>48.44</td>
			<td>60.83</td>
			<td>73.97</td>
			<td>.055</td>
			<td>.930</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">기타 (Lachnospiraceae)</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.01</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.11</td>
			<td>.003</td>
			<td>.058</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Dialister</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.04</td>
			<td>.240</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Veillonella</td>
			<td>3.43</td>
			<td>27.15</td>
			<td>42.78</td>
			<td>6.69</td>
			<td>13.38</td>
			<td>27.05</td>
			<td>.157</td>
			<td>1.000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Proteobacteria</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Haemophilus</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.00</td>
			<td>0.03</td>
			<td>0.31</td>
			<td>0.84</td>
			<td>2.38</td>
			<td>.000</td>
			<td>.008</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="10">#p-값 Wilcoxon 서명 순위 테스트 조정 따라 Bonferroni 보정</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="10">P &#60; 0.0026 중요 하 게 고려 되었다</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
표 1: 통계 분석. 시간에 두 지점에서 건강 한 어린이의 구강 미생물에 차이. 454 pyrosequencing로 생성 된 데이터입니다. Klug 외 에서 수정 이미지 23

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Oral Biofilm Sampling for Microbiome Analysis in Healthy Children

어린 시절 내내 구강 미생물에 변화는 성장 하는 관심사의 이다. 다른 미생물 연구의 비교는 표준화 된 샘플링 프로토콜의 부족을 보여준다. 제한 된 공간 샘플링 어려운 이들의 사운드 subgingival 고 랑을 만든다. 종이 포인트 샘플링은이 지역에 대 한 선택의 방법으로 자세히 여기 표시 됩니다.

건강 한 아이에서 미생물 분석을 위한 구두 Biofilm 샘플링

Oral biofilm and its molecular analysis provide a basis for investigating various dental research and clinical questions. Knowledge of biofilm composition ...

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Research

JoVE Journal

Medicine

16.9K 조회수.  Medical University of Graz. 어린 시절 내내 구강 미생물에 변화는 성장 하는 관심사의 이다. 다른 미생물 연구의 비교는 표준화 된 샘플링 프로토콜의 부족을 보여준다. 제한 된 공간 샘플링 어려운 이들의 사운드 subgingival 고 랑을 만든다. 종이 포인트 샘플링은이 지역에 대 한 선택의 방법으로 자세히 여기 표시 됩니다.

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Oral Biofilm Analysis of Palatal Expanders by Fluorescence In-Situ Hybridization and Confocal Laser Scanning Microscopy

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of them being fluorescence in situ hybridization (FISH).1,2 We performed a pilot study in which oral biofilm samples collected from fixed orthodontic appliances (palatal expanders) were stained by FISH, the objective being to assess the three-dimensional organization of natural biofilm and plaque accumulation.3,4 FISH creates an opportunity to stain cells in their native biofilm environment by the use of fluorescently labeled 16S rRNA-targeting probes.4-7,19 Compared to alternative techniques like immunofluorescent labeling, this is an inexpensive, precise and straightforward labeling technique to investigate different bacterial groups in mixed biofilm consortia.18,20 General probes were used that bind to Eubacteria (EUB338 + EUB338II + EUB338III; hereafter EUBmix),8-10 Firmicutes (LGC354 A-C; hereafter LGCmix),9,10 and Bacteroidetes (Bac303).11 In addition, specific probes binding to Streptococcus mutans (MUT590)12,13 and Porphyromonas gingivalis (POGI)13,14 were used. The extreme hardness of the surface materials involved (stainless steel and acrylic resin) compelled us to find new ways of preparing the biofilm. As these surface materials could not be readily cut with a cryotome, various sampling methods were explored to obtain intact oral biofilm. The most workable of these approaches is presented in this communication. Small flakes of the biofilm-carrying acrylic resin were scraped off with a sterile scalpel, taking care not to damage the biofilm structure. Forceps were used to collect biofilm from the steel surfaces. Once collected, the samples were fixed and placed directly on polysine coated glass slides. FISH was performed directly on these slides with the probes mentioned above. Various FISH protocols were combined and modified to create a new protocol that was easy to handle.5,10,14,15 Subsequently the samples were analyzed by confocal laser scanning microscopy. Well-known configurations3,4,16,17 could be visualized, including mushroom-style formations and clusters of coccoid bacteria pervaded by channels. In addition, the bacterial composition of these typical biofilm structures were analyzed and 2D and 3D images created.

We present a protocol for structural and compositional analysis of natural oral biofilm from orthodontic appliances with in situ hybridization (FISH) and confocal laser scanning microscopy (CLSM). Oral biofilm samples were collected from palatal expanders, scraping acrylic-resin flakes off their surface and referring them for molecular processing.

형광에 원위치 하이브리드화 및 공촛점 레이저 스캐닝 현미경에 의해 맛이 좋은 확장기의 사정 Biofilm 분석

Confocal laser scanning microscopy (CLSM) of natural heterogeneous biofilm is today facilitated by a comprehensive range of staining techniques, one of ...

연구

의학

TRUE Gene Silencing: Screening of a Heptamer-type Small Guide RNA Library for Potential Cancer Therapeutic Agents

TRUE gene silencing (termed after tRNase ZL-utilizing efficacious gene silencing) is one of the RNA-directed gene silencing technologies, which utilizes an artificial small guide RNA (sgRNA) to guide tRNA 3&#8242; processing endoribonuclease, tRNase ZL, to recognize a target RNA. sgRNAs can be taken up by cells without any transfection reagents and can downregulate their target RNA levels and/or induce apoptosis in human cancer cells. We have screened an sgRNA library containing 156 heptamer-type sgRNAs for the effect on viability of human myeloma and leukemia cells, and found that 20 of them can efficiently induce apoptosis in at least one of the cancer cell lines. Here we present a protocol for screening of a heptamer-type sgRNA library for potential therapeutic drugs against blood cancers. The protocol includes how to construct the sgRNA library, how to assess the effect of each sgRNA on cell viability, and how to further evaluate the effective sgRNAs by flow cytometry. Around 2,000 hits would be expected to be obtained by screening the full-scale sgRNA library composed of 16,384 heptamers.

Here we present a protocol for screening of a heptamer-type sgRNA library for potential therapeutic drugs against blood cancers.

TRUE 유전자 음소거 : 잠재적 인 암 치료제에 대한 헵 타머 형 소형 가이드 RNA 라이브러리의 심사

TRUE gene silencing (termed after tRNase ZL-utilizing efficacious gene silencing) is one of the RNA-directed gene silencing technologies, which utilizes ...

Nerve-sparing Mid-urethral Obstruction (NeMO) in Female Small Rodents

Partial bladder outlet obstruction (pBOO) has a high prevalence, causes significant patient burden, and immense health care costs. The most common animal model to investigate bladder remodeling in pBOO are female rodents undergoing partial obstruction at the proximal urethra. Variability in the degree of obstruction and animal mortality are major concerns with proximal obstruction. Furthermore, dissecting around the proximal urethra and bladder neck jeopardizes bladder innervation.
We developed a nerve-sparing mid-urethral obstruction (NeMO) model for pBOO avoiding the disadvantages of the traditional model. We approached the urethra just inferior to the pubic symphysis, which obviated the need for laparotomy as well as for dissection in this area; also, the striated urethral sphincter remained untouched. We performed NeMO in female Sprague-Dawley rats (12 obstructions, 6 sham animals) as well as in female C57/bl6 mice (20 obstructions, 18 sham animals). After two weeks, we evaluated bladder function, bladder mass, and body mass.
We had no mortalities among obstructed- or sham-operated female rats; as described for the traditional proximal pBOO-method, we tied the suture around the proximal urethra and a temporarily placed 0.9 mm metal rod. NeMO induced an 85% increase in bladder mass after two weeks, average residual urine volume was 0.4 mL in partially obstructed rats while only 0.03 mL in sham animals. In mice, we tested 3 sizes of cannulas that we placed along the urethra when tying the suture. We found that using a 27-gauge cannula resulted in over 50% animal mortality; placing the 25-gauge cannula did not yield the desired response in increasing bladder mass; utilizing a 26-gauge cannula yielded favorable results with minimal animal mortality (1/8) yet a significant 2-fold increase in bladder mass.

Nerve-sparing Mid-urethral Obstruction NeMO in Female Small Rodents

Traditional modeling of partial bladder outlet obstruction in rodents is fraught with animal mortality. A denervation injury from dissection around the proximal urethra and bladder neck is also of major concern. We developed and evaluated a safe and reliable mid-urethral obstruction model, avoiding the shortcomings of the traditional model.

여성 작은 설치류에 신경을 살려주는 중간 요도 폐색 (네모)

Partial bladder outlet obstruction (pBOO) has a high prevalence, causes significant patient burden, and immense health care costs. The most common animal ...

Oral Biofilm Formation on Different Materials for Dental Implants

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low microbial adhesion may reduce the prevalence and progression of peri-implant diseases. In view of the oral environment complexity and oral biofilm heterogeneity, microscopy techniques are needed that can enable a biofilm analysis of the surfaces of teeth and dental materials. This article describes a series of protocols implemented for comparing oral biofilm formation on titanium and ceramic materials for prosthetic abutments, as well as the methods involved in oral biofilms analyses at the morphological and cellular levels. The in situ model to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments as described in this study provides a satisfactory preservation of the 48 h biofilm, thereby demonstrating methodological adequacy. Multiphoton microscopy allows the analysis of an area representative of the biofilm formed on the test materials. In addition, the use of fluorophores and the processing of the images using multiphoton microscopy allows the analysis of the bacterial viability in a very heterogeneous population of microorganisms. The preparation of biological specimens for electron microscopy promotes the structural preservation of biofilm, images with good resolution, and no artifacts.

Here, we present a protocol to evaluate oral biofilm formation on titanium and zirconia materials for dental prosthesis abutments, including the analysis of bacterial cells viability and morphological characteristics. An in situ model associated with powerful microscopy techniques is used for the oral biofilm analysis.

치과 임 플 란 트에 대 한 다른 자료에 구두 Biofilm 형성

Dental implants and their prosthetic components are prone to bacterial colonization and biofilm formation. The use of materials that provides low ...

Handheld Metal Detector Screening for Metallic Foreign Body Ingestion in Children

Coins are the most common ingested metallic foreign bodies among children. The goal of this protocol is to assess the accuracy and feasibility of using a handheld metal detector to detect ingested metallic foreign bodies in children. We propose that by introducing handheld metal detector screening early in the triage process of children with high suspicion of metallic foreign body ingestion, the number of radiographs being ordered to localize the metallic foreign body can be reduced in this radio-sensitive population. The study protocol requires the screening of the participants for history of foreign body ingestion and exclusion of patients with respiratory distress or metallic implants. The patient changes to hospital gown and items that could contain metal like eyeglasses, earrings, pendants, and ornaments are removed. The patient is positioned in the center of the room away from other metallic interferences. The working status of the handheld metal detector is first confirmed by eliciting a positive audio-visual signal. Then the screening is done in an erect position with head in extension to expose the neck, from the level of the chin to the level of the hip joint, to cover the anatomical areas from neck to pelvis in a zig-zag manner both anteriorly and posteriorly. A positive audio-visual signal is carefully noted during the scanning for the presence of metallic foreign body. Relevant radiographs are ordered as per the area detected on the metal detector screening. The handheld metal detector was able to precisely identify all the coins among the ingested metallic foreign bodies in our study. The handheld metal detector could not consistently detect non-coin metallic foreign bodies. This protocol demonstrates the accuracy of handheld metal detector in the identification and localization of coins and coin like metallic foreign bodies.

Here, we present a protocol to use the handheld metal detector, to screen for the presence of ingested metallic foreign bodies in children who present to the pediatric emergency medicine department with a history of foreign body ingestion.

아이 들에서 금속 이물질 섭취에 대 한 휴대용 금속 탐지기 검사

Coins are the most common ingested metallic foreign bodies among children. The goal of this protocol is to assess the accuracy and feasibility of using a ...

Absorbent Microbiopsy Sampling and RNA Extraction for Minimally Invasive, Simultaneous Blood and Skin Analysis

Conventional skin biopsy limits the clinical research that involves cosmetically sensitive areas or pediatric applications due to its invasiveness. Here, we describe the protocol for using&#160;an absorbent microneedle-based device, absorbent microbiopsy, for minimally invasive sampling of skin and blood mixture. Our goal is to help facilitate rapid progress in clinical research, the establishment of biomarkers for skin disease and reducing the risk for clinical research participants. In contrast to conventional skin biopsy techniques, the absorbent microbiopsy can be performed within seconds and does not require intensive training due to its simple design. In this report, we describe the use of absorbent microbiopsy, including loading and application, on a&#160;volunteer. Then, we show how to isolate RNA from the absorbed sample. Finally, we demonstrate the use of quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) to quantify mRNA expression levels of both blood (CD3E and CD19) and skin (KRT14 and TYR). The methods that we describe utilize off the shelf kits and reagents. This protocol offers a minimally invasive approach for simultaneous sampling of skin and blood within the same absorbent microbiopsy matrix. We have found human ethics committees, clinicians and volunteers to be supportive of this approach to dermatological research.

In this article, we demonstrate how the absorbent microbiopsy technique is performed and how the sample can be used for RNA extraction for simple and simultaneous sampling of skin and blood in a minimally invasive manner.

흡수 성 Microbiopsy 샘플링 및 최소 침 습, 동시 혈액 및 피부 분석을 위한 RNA 추출

Conventional skin biopsy limits the clinical research that involves cosmetically sensitive areas or pediatric applications due to its invasiveness. Here, ...

Virtual Prism Adaptation Therapy: Protocol for Validation in Healthy Adults

Hemispatial neglect is a common impairment after stroke. It is associated with poor functional and social outcomes. Therefore, an adequate intervention is imperative for the successful management of hemispatial neglect. However, the clinical use of various interventions is limited in real clinical practice. Prism adaptation therapy is one of the most evidence-based rehabilitation modalities to treat hemispatial neglect. To overcome any possible shortcoming that may occur with prism therapy, we developed a new system using immersive virtual reality and depth-sensing camera to create a virtual prism adaptation therapy (VPAT). To validate the VPAT system, we designed an experimental protocol investigating the behavioral errors and changes in cortical activation via the VPAT system. Cortical activation was measured by functional near infrared spectroscopy (fNIRS). The experiment consisted of four phases. All four included clicking, pointing or rest applied to right-handed healthy people. Clicking versus pointing was used for investigating the cortical region related with the gross motor task, and pointing with VPAT versus pointing without VPAT was used for investigating the cortical region associated with visuospatial perception. The preliminary results from four healthy participants showed that pointing errors by the VPAT system was similar to the conventional prism adaptation therapy. Further analysis with more participants and fNIRS data, as well as a study in patients with stroke may be required.

This experimental protocol demonstrates the use of virtual prism adaptation therapy (VPAT) in healthy adults and the association between VPAT and functional near infrared spectroscopy to determine the effect of VPAT on cortical activation. Results suggest that VPAT may be feasible and could induce similar behavioral adaptation as conventional prism adaptation therapy.

가상 프리즘 적응 치료: 건강한 성인의 유효성 검사를 위한 프로토콜

Hemispatial neglect is a common impairment after stroke. It is associated with poor functional and social outcomes. Therefore, an adequate intervention is ...

Lower Limb Biomechanical Analysis of Healthy Participants

Biomechanical analysis techniques are useful in the study of human movement. The aim of this study was to introduce a technique for the lower limb biomechanical assessment in healthy participants using commercially available systems. Separate protocols were introduced for the gait analysis and muscle strength testing systems. To ensure maximum accuracy for gait assessment, attention should be given to the marker placements and self-paced treadmill acclimatization time. Similarly, participant positioning, a practice trial, and verbal encouragement are three critical stages in muscle strength testing. The current evidence suggests that the methodology outlined in this article may be effective for the assessment of lower limb biomechanics.

This article introduces a comprehensive experimental methodology on two of the latest technologies available to measure the lower limb biomechanics of individuals.

건강한 참가자의 하부 사지 생체 역학 분석

Biomechanical analysis techniques are useful in the study of human movement. The aim of this study was to introduce a technique for the lower limb ...

On-Site Sampling and Extraction of Brain Tumors for Metabolomics and Lipidomics Analysis

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still in need. In recent years, mass spectrometry has become a method of choice for untargeted profiling of discriminatory compound as potential biomarkers of a disease. Biofluids are generally considered as preferable matrices given their accessibility and easier sample processing while direct tissue profiling provides more selective information about a given cancer. Preparation of tissues for the analysis via traditional methods is much more complex and time-consuming, and, therefore, not suitable for fast on-site analysis. The current work presents a protocol combining sample preparation and extraction of small molecules on-site, immediately after tumor resection. The sampling device, which is of the size of an acupuncture needle, can be inserted directly into the tissue and then transported to the nearby laboratory for instrumental analysis. The results of metabolomics and lipidomics analyses demonstrate the capability of the approach for the establishment of phenotypes of tumors related to the histological origin of the tumor, malignancy, and genetic mutations, as well as for the selection of discriminating compounds or potential biomarkers. The non-destructive nature of the technique permits subsequent performance of routinely used tests e.g., histological tests, on the same samples used for SPME analysis, thus enabling attainment of more comprehensive information to support personalized diagnostics.

The manuscript presents on-site sampling of human brain tumors with solid phase microextraction followed by their biochemical profiling towards the discovery of biomarkers.

메타볼로믹스 및 리피도믹스 분석을 위한 뇌종양의 현장 샘플링 및 추출

Despite the variety of tools available for cancer diagnosis and classification, methods that enable fast and simple characterization of tumors are still ...

Human Fetal Blood Flow Quantification with Magnetic Resonance Imaging and Motion Compensation

Magnetic resonance imaging (MRI) is an important tool for the clinical assessment of cardiovascular morphology and heart function. It is also the recognized standard-of-care for blood flow quantification based on phase contrast MRI. While such measurement of blood flow has been possible in adults for decades, methods to extend this capability to fetal blood flow have only recently been developed.
Fetal blood flow quantification in major vessels is important for monitoring fetal pathologies such as congenital heart disease (CHD) and fetal growth restriction (FGR). CHD causes alterations in the cardiac structure and vasculature that change the course of blood in the fetus. In FGR, the path of blood flow is altered through the dilation of shunts such that the oxygenated blood supply to the brain is increased. Blood flow quantification enables assessment of the severity of the fetal pathology, which in turn allows for suitable&#160;in utero&#160;patient management and planning for postnatal care.
The primary challenges of applying phase contrast MRI to the human fetus include small blood vessel size, high fetal heart rate, potential MRI data corruption due to maternal respiration, unpredictable fetal movements, and lack of conventional cardiac gating methods to synchronize data acquisition. Here, we describe recent technical developments from our lab that have enabled the quantification of fetal blood flow using phase contrast MRI, including advances in accelerated imaging, motion compensation, and cardiac gating.

Here we present a protocol for measuring fetal blood flow rapidly with MRI and retrospectively performing motion correction and cardiac gating.