Yazarlar Bay Michael Connolly ve Dr. Ronald Zuckermann (moleküler dökümhane, Lawrence Berkeley National Laboratory) peptoid sentez teknik desteği için teşekkür etmek istiyorum. Ulusal Bilim Vakfı (CHE-1301505) desteğinden anıyoruz. Tüm kütle spektrometresi deneyler Pasifik Üniversitesi'nde kimya kütle spektrometresi tesisinde yapılmıştır.

1. Peptoid sentezi
Not: Bir sentez reçine şişme ve koruma grubunu kaldırarak reçine etkinleştirme ile başlar. Bu yinelenen monomer ek döngüler aracılığıyla reçine üzerine peptoid zinciri büyüyen tarafından takip ediyor. Reçine birleştiğinde ilk monomer C-terminal kalıntı olduğunu. Peptoid C-terminus N-terminus için uzamış. İstenen peptoid sıra elde sonra reçine kapalı i ciddi ve peptoid ürün arıtılmış.
<ol><li>Reaktifler hazırlanması Not: Bir micropipette kullanarak sıvı reaktifler ölçülür ve katı reaktifler bir analitik denge kullanılarak ölçülür.<ol>
<li>N, N 6.2 mL karışımı '-diisopropylcarbodiimide (DIC) ve 43.8 mL n, N-dimethylformamide (DMF) 0, 8 M DIC/DMF çözüm hazırlamak için.</li>
		<li>BMA 5.56 g 0.8 M BMA/DMF çözüm hazırlamak için DMF 50.0 mL içine geçiyoruz.</li>
		<li>2 mL Piperodin (PIP) ve % 20 Pip/DMF çözümü elde etmek DMF 8 mL karıştırın.</li>
		<li>Npe 1,9 mL 1.0 ulaşmak için DMF 13.1 mL içine dissolve M Npe/DMF.</li>
		<li>Nme 1.3 mL 13,7 mL DMF 1.0 ulaşmak için içine dissolve M Nme/DMF.</li>
		<li>Nae 0,32 mL DMF 1.0 ulaşmak için 2 mL içine dissolve M Nae/DMF. Dikkat: Sentezinde kullanılan kimyasalların tehlikeli çoğu. Trifluoroacetic asit (TFA), DIC, Pip ve BMA cilt, gözleri ve solunum yolu tehlikeli. DMF ve diklorometan (DCM) kanserojen şüphelisiniz. Bütün tepkiler-meli var olmak kılınmak duman kukuIeta ve uygun kişisel koruyucu ekipman kullanılmalıdır. Malzeme güvenlik veri sayfaları (MSDS) sentezinde kullanılan tüm kimyasalların kontrol edin.</li>
	</ol></li>
	<li>Reçine etkinleştirme
	<ol>
<li>Rink Amid reçine (reçine, 0,56 mmol/g yükleme 0,047 mmol) 84 mg ölçmek ve 10 mL polipropilen katı faz yanıtı gemi ekleyin. Pistonu geminin yerleştirin.</li>
		<li>DMF 2 mL tepki taşıyıcıyı ekleyin ve gemi ile bir basınçlı kap kap. Bir shaker taşıyıcıyı yerleştirin ve kapağı kaldırma ve reaksiyon teknesinin pistonu iterek gemi atık bir kapsayıcı hareket yaklaşık 12 derece ve 385 salınımlarını/dk 30 dk. drenaj çözüm için bir açıyla oda sıcaklığında kışkırtmak.</li>
		<li>Gemi 2 mL % 20 Pip/DMF çözeltisi ekleyin ve gemi kap. Shaker 2 min için üzerinde tahrik ve drenaj atık konteyner çözüm.</li>
		<li>Gemi 2 mL % 20 Pip/DMF çözeltisi ekleyin, gemi, kap ve kap, oda sıcaklığında 12 dk. Kaldır için kışkırtmak ve drenaj atık konteyner çözüm.</li>
		<li>DMF gemi, kapatma, 1 mL ekleyerek reçine yıkama ve gemi Tantanacı 1 dk. kapağını çıkarın ve pistonu iterek çözüm drenaj. Reçine ile DMF için 4 ek kez yıkayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Monomer toplama ve N-terminal asetilasyon Not: Her monomer ek döngüsü iki reaksiyon adımları, bromoacetylation ve yer değiştirme içerir.<ol>
<li>Form Nme-reçine ilk monomer ek döngüsüne yerine getirir.</li>
		<li>Bromoacetylation reaksiyon gerçekleştirin. 1 mL 0.8 M BMA/DMF çözüm ve 0.8 M DIC/DMF çözüm bir ölçek 1 mL karıştırın. Karışım reçine içeren bir reaksiyon gemi aktarmak ve gemi kap. Taşıyıcıyı shaker yerleştirin ve kapağı, oda sıcaklığında 20 dk. Kaldır için kışkırtmak ve atık konteyner çözüm drenaj.</li>
		<li>DMF 1 mL ekleyerek, gemi kapatma, 1 dk. için Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine DCM 1 mL ekleme, 1 dk. için gemi Tantanacı ve çözüm boşaltma yıkayın. Bir kez daha reçine DCM ile yıkama ve sonra iki kez DMF ile yıkayın.</li>
		<li>Bir yer değiştirme reaksiyonu gerçekleştirmek. 1 mL 1.0 M Nme/DMF çözeltisi ekleyin, gemi kap, gemi 60 dk. Kaldır için oda sıcaklığında kap kışkırtmak ve pistonu iterek çözüm drenaj.</li>
		<li>1 mL DMF ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine 1 ml DCM, 1 dk. için ajitasyon çizim ve çözüm boşaltılmasına yıkayın. DMF ile iki kez yıkayarak takip DCM bir kez daha, yıkayın.</li>
		<li>Monomer ek döngüsü 1.3.2-1.3.5 Nae-(Npe-Nme)4oluşturmak için adımları yineleyin-reçine. Yer değiştirme reaksiyonu (1.3.4) adım yinelenen peptoid sırasına göre belirli Amin çözüm kullanın. Not: Peptoid zinciri için reçine bağlı C-terminal kalıntı ile N-terminus için C-terminus elongated.</li>
		<li>Ac-Nae-(Npe-Nme)4oluşturmak için N-terminal asetilasyon gerçekleştirmek-reçine.</li>
		<li>Mix 92 µL of asetik anhidrit, N, N-diisopropylethylamine (DIPEA) ve 2 mL DMF bir ölçek yaklaşık 2 mL asetilasyon kokteyl yapmak için 43,5 µL.</li>
		<li>Asetilasyon kokteyl 2 mL reçine içeren kap ekleyin, gemi kap ve 60 dk. kapağını çıkarın ve pistonu iterek çözüm drenaj için oda sıcaklığında kışkırtmak.</li>
		<li>DMF 1 mL ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine DCM 1 mL ekleme, 1 dk. için gemi Tantanacı ve çözüm boşaltma yıkayın. Tekrar yıkama reçine DCM ile bir kez daha, sonra yıkayın DMF ile iki kez daha.</li>
		<li>DCM 1 mL ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Yıkama DCM ile iki kez tekrarlayın. Kapağını çıkarın ve izin reçine kuruması tepki gemi 10 dk içinde.</li>
	</ol></li>
	<li>Bölünme ve arıtma
	<ol>
<li>3.8 mL, TFA, triisopropylsilane (ipuçları) 100 µL ve HPLC sınıf H2O bir ölçek 100 µL 4 mL dekolte kokteyl yapmak için karıştırın.</li>
		<li>4 mL taze bölünme reçine içeren gemi kokteyl yapılmış eklemek, gemi kap ve 2 h için oda sıcaklığında kışkırtmak.</li>
		<li>Kapağını çıkarın ve filtrate çözüm bir 50 mL polipropilen santrifüj tüpüne toplamak. TFA 1 mL gemi ekleyin, o kap ve 1 dk. toplamak filtrate çözüm aynı santrifüj tüpü içine kışkırtmak.</li>
		<li>TFA yaklaşık 1 mL viskoz çözüm terk edene kadar azot gazı akışında hafifçe esen buharlaşır.</li>
		<li>15 mL Dietil eter kalan ekleyin, santrifüj tüpü kap ve bir gecede 2 h için-20 ° C dondurucuda kuluçkaya. Ham peptoid gibi beyaz katı precipitates.</li>
		<li>Bir santrifüj 4,427 x g 10 dk. Kaldır kullanarak katı santrifüj tüpü kap cips ve Dietil eter bir ölçek dikkatle katı kaybetmeden dikkatle boşaltmak. Dikkat: yanıcı organik çözücü Dietil eter var. Dietil eter güvenli santrifüj kullanınız.</li>
		<li>Tüp kapatma ve santrifüje yerleştirerek buz gibi Dietil eter 10 mL santrifüj ekleyerek katı tüp katı içeren yıkama. Santrifüjü 4,427 x g, 10 dk santrifüj santrifüj tüp ve Dietil eter bir ölçek dikkatle katı kaybetmeden dikkatle boşaltmak Kaldır gerçekleştirir.</li>
		<li>Katı azot gazı akışında hafifçe esen kuru.</li>
		<li>Kurutulmuş katı çözülmeye HPLC sınıf H2O 10 mL ekleyin. Naylon şırınga filtrenin gözenek boyutu 0,45 µm ile çözüm geçmesine ve filtrate önceden ağırlıklı 50 mL polipropilen santrifüj tüpüne toplamak.</li>
		<li>Kabuk yerleştirip santrifüj tüpü içeren bir 12-ons, Çift yığılmış genişletilmiş polistiren bardak 1/3 peptoid çözüm sıvı azot ile dolu döner çözüm dondur. Donmuş çözüm gecede katı peptoid vermeye lyophilize.</li>
		<li>Katı peptoid HPLC sınıf H2O 10 mL çözülerek lyophilization bir kez daha tekrarlıyorum, kabuk sıvı azot içinde buz gibi ve bir gecede lyophilizing. Elde edilen peptoid kütle spektrometresi tarafından dizi analizi için yeterince saf.</li>
	</ol></li>
</ol>2. MS ölçümleri ve dizi analizi
Not: MS/MS deney bir electrospray iyonlaşma (ESI) kaynağına birleştiğinde bir triple quadrupole Kütle Spektrometre içinde gerçekleştirilir. Veri toplama araç ile birlikte veri toplama yazılımı kullanılarak denetlenir. 1) tam tarama kütle spektrometresi deneme gerçekleştirme genel yordamı içerir ve kütle spektrumu kayıt, deneme 2) gerçekleştirme CID MS/MS MS/MS spektrum kayıt ve 3) MS/MS spektral verileri teorik ile karşılaştırma parçalanma düzeni tahmin dayalı peptoid yapısal özelliği.
<ol><li>Örnek çözüm hazırlanması
	<ol>
<li>1.0-2.0 mg katı peptoid 3-5 mL cam şişe içinde dışarı tartın. Peptoid çözülmeye karışık 1 mL çözücü Asetonitril ve su (ACN/H2O, 1:1, v/v) ekleyin. Bu yaklaşık 10-3 M bir konsantrasyon ile hisse senedi örnek çözümü sağlar.</li>
		<li>Hisse senedi çözüm 20 µL 1,5 mL santrifüj tüpüne nakletmek ve yaklaşık 10-5 M seyreltilmiş örnek çözeltisi vermeye ACN/H2O karışık 1 mL çözücü eklemek.</li>
		<li>Başka bir 1,5 mL santrifüj çözüm üst kısmı yaklaşık 700 µL 3 dk. aktarmak için aralıklarla 4,427 x g de gerçekleştirerek seyreltilmiş örnek çözüm herhangi bir olası erimeyen parçacıklar tüp peptoid MS çalışma çözümü ile yapmak için Kaldır yaklaşık 10-5 M konsantrasyon.</li>
		<li>Kütle spektrometresi ölçümler sırasında gözlenen sinyal yoğunluğu dayalı MS çalışma çözüm konsantrasyonu ayarlayın.</li>
		<li>Örnek çözüm 0.20 µm şırınga filtreden geçmek ve filtrate çalışan çözüm yaklaşık 10-5 MS peptoid yapmak bir 1,5 mL santrifüj tüpüne toplamak mümkün herhangi bir erimeyen parçacıklar seyreltilmiş örnek çözümü kaldırmak için alternatif bir yol olduğunu M.</li>
	</ol></li>
	<li>Kitle spectra kayıt
	<ol>
<li>ACN/H2O (1:1, v/v) karışık solvent electrospray iyonlaşma (ESI) kaynak aracılığıyla çalıştırın ve standart bir pozitif iyon araç, tam tarama kütle spektrometresi modu bir kitle ücret oranı (m/z) aralığı 100-1500 ayarlayın. Not: Tipik işletim parametreleri: ESI iğne gerilim, 5 kV Kapiller gerilim, 40 V Gaz (azot gazı) sıcaklık, 200 ° c kurutma</li>
		<li>Peptoid MS çalışma çözüm (yaklaşık 10-5 M) yaklaşık 300 µL 500 µL veya 1 mL şırınga eklemek ve şırınga ESI koya kapiller polieter eter keton (göz) boru kullanarak bağlanın. Şırınga şırınga pompa üzerine yerleştirin ve örnek çözümü ESI giriş demleyin 10 µL/dk akış oranını ayarlamak.</li>
		<li>ESI işlemi etkinleştirmek için ESI iğne gerilim ve belgili tanımlık bulmak açın. Ekran tercihi modundan ve 100-1500 m/z aralığını ayarlayın. Profil penceresinde gösterilen bir kütle spektrumu profili görüntüleyin. M/z (m/z 1,264.6 görüntülenir) 1,265 zirve peptoid iyon veya protonated peptoid karşılık gelir.</li>
		<li>MS spektrum 2 min için kaydedin. İçinde "penceresi" yöntemi 2 dk "çalışma zamanı" kullanılır. Kayıt penceresini açın ve uygun dosya adı alanına doldurun ve spektrum kaydetmeye başlayın. Not: Elde edilen kitle spektrum şekil 3' te gösterilmiştir.</li>
		<li>M/z 1,265 zirvesinde yoğunluğunu en iyi duruma getirme. 1150-1350 için m/z aralığı ayarlayın ve kapiller gerilim mV profil penceresinde gösterilen en yüksek yoğunluk görüntülerken ayarlayın. Örneğin, 50 V kapiller voltajı yükseltin veya daha yüksek ve en yüksek yoğunluk değişikliği görüntülemek. En iyi en yüksek yoğunluk civarındadır 150-200 mV. Not: kılcal gerilim ayarlama önemli ölçüde bazı iyonların bereket değiştirebilirsiniz. Kapiller gerilim artan peptoid iyon yoğunluğu artırabilir. Ancak, yüksek kapiller gerilim da ayrılma peptoid ION İyon kaynağı, ikna etmek ve gözlenen yoğunluğu azaltmak. Gaz kurutma sıcaklığı ayarlama m/z 1,265 zirvesinde yoğunluğu artırabilir ama kapiller gerilim ayarlama daha az etkilidir. M/z 1,265 zirvesinde en uygun yoğunluk ulaşmazsa, numune konsantrasyon (veya örnek, çift MS çalışma çözüm konsantrasyonu) ayarlayın.</li>
		<li>Araç MS/MS moduna geçin. MS/MS aralığı 100-1400 m/z, kütle ve öncü iyon m/z 1,265 ayarlayın. Penceredeki"yöntemi," m/z 1,265 "Q1 ilk Mass" kullanmak ve "Q1 Son kitle" boş bırakın. M/z 100 m/z 1400 ve "Q3 ilk Mass" "Q3 son Mass" kullanın Not: MS/MS modunda, ilk quadrupole birimi (Q1) işlevleri peptoid iyon habercisi iyon olarak izole etmek için toplu bir filtre olarak ikinci quadrupole (S2) bir çarpışma hücre ve üçüncü quadrupole birimi (Q3) işlevleri toplu bir Çözümleyicisi birimidir.</li>
		<li>1,5 mTorr basınç çarpışma enerji, 40 eV ve çarpışma gaz (argon, bu durumda) küme.</li>
		<li>Profil penceresinde görüntülenen bir kütle spektrumu profili görüntüleyin. M/z 1,265 zirve peptoid iyon için karşılık gelen ve daha düşük m/z değerleri ile doruklarına peptoid iyon parçaları temsil eder.</li>
		<li>Parçalanma spektrum görüntüsünü optimize etmek için çarpışma enerji ayarlayın. Örneğin, 45 eV için çarpışma enerji artırmak ve spektrum profil değişikliği görüntüleyin. Not: genel olarak, çarpışma enerji artan parçası iyonları bolluğu arttırmak ve peptoid iyon bolluğu azaltmak. Çarpışma gaz basıncı artırarak parçası iyonları bolluğu da artıracaktır. Dikkat: çarpışma gaz basıncı 2 mTorr ötesinde artırmayın.</li>
		<li>MS/MS spektrum 2 min için kaydedin. "Yöntemi penceresi içinde" 2 dk "çalışma zamanı" kullanılır. Kayıt penceresini açın ve uygun dosya adı alanına doldurun ve spektrum kaydetmeye başlayın.</li>
		<li>1 - 2 kez kayıt yineleyin.</li>
	</ol></li>
	<li>Peptoid dizi analizi Not: CID koşul altında peptoid iyon Amid Tahvil B-iyonları denilen N-terminal parçaları bir dizi ve Y-iyonları denilen C-terminal parçaları bir dizi üretmek için peptoid omurga boyunca, parçalara ayırması<ol>
<li>Acetylated peptoid kimyasal yapısı sol tarafında ve C-terminus sağ tarafında N-terminus yerleştirerek çizmek ve şekil 2agösterildiği gibi bir parçalanma düzeni oluşturmak için her Amid bağı, kesikli çizgi çizin. Bir proton şarj taşıyıcı belirtmek için kesik bir daire çizin. Yapısı sol taraftan başlayarak, B1, B2, B8olarak N-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler etiketleri yerleştirin. Sağ taraftan başlayarak, etiketleri Y olarak1Y2, Y8C-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler üzerine yerleştirin. Not: Kimyasal bir çizim yazılımı peptoid yapısı çizmek için yararlı olabilir.</li>
		<li>Parçalanma 4th Amid bağı sol tarafta, hayal ve N-terminal parçası ve C-terminal parçası şekil 2bgösterildiği gibi uygun resmi suçlama yapılar çizin. Etiket B4 N-terminal parçası üzerinde yerleştirin ve etiketin Y5 C-terminal parçasını yerleştirin. 580 değeri vermeye yapı elemanlarında nominal kitlelerin özetliyor tarafından B4 m/z değeri hesaplamak ve m/z 580 N-terminal parçasını yerleştirin. Y5 m/z değerini hesaplamak ve m/z 685 C-terminal parçasını yerleştirin.</li>
		<li>Bütün sekiz B iyonları ve tüm sekiz Y iyonları m/z değerlerini hesaplamak ve bunları bir tabloda, Tablo 1' de gösterildiği gibi monte. Not: M/z değerleri parçalar yazılım çizim bir kimyasal kullanılarak hesaplanabilir.</li>
		<li>Araç ile birlikte veri inceleme yazılımı kullanarak peptoid kayıtlı MS/MS spektrumu açın. "İyon etiketlerini göster" için etiketleme tercihleri ve etiket eşik % 3'e ayarlayın. Bu tepeler üzerinde etiketli m/z değerleri ile MS/MS spektrum oluşturur.</li>
		<li>MS/MS spektral verileri CSV metin dosyasında olarak biçimlendirmek ve veri işleme yazılımı kullanarak spektrum yeniden dışa aktarın. M/z değerlerini tepeler üzerinde yerleştirin. Elde edilen MS/MS spektrum şekil 4' te gösterilmiştir. Not: Bazı Kütle Spektrometreleri MS/MS spektrum oluşturmak için veri işleme yazılımı kapasitesine sahiptir ile donatılmıştır. Bu durumda, MS/MS spektral verileri verme gerekli değildir.</li>
		<li>MS/MS spektrum bu karşılık gelen B - ve Y-iyonları tanımlamak için Tablo 1 ' de gösterilen gösterilen m/z değerleri atayın. Örneğin, m/z 580 zirvesinde B4olarak tanımlanır-iyon ve m/z 685 Y5olarak tanımlanan-iyon. Tepeler spektrum üzerinde karşılık gelen B ile Y simgeleri ile şekil 4' te gösterildiği gibi etiketleyin.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
	<li>Sun, J., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoid+Polymers:+A+Highly+Designable+Bioinspired+Material.">Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material.</a> ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).</li><li>Fowler, S. A., Blackwell, H. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure-function+relationships+in+peptoids:+Recent+advances+toward+deciphering+the+structural+requirements+for+biological+function.">Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function.</a> Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).</li><li>Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoids+that+mimic+the+structure,+function,+and+mechanism+of+helical+antimicrobial+peptides.">Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).</li><li>Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peptoid-Peptide+Hybrids+as+Potent+Novel+Melanocortin+Receptor.">Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor.</a> J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).</li><li>Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Potent+Transactivation+Domain+Mimic+with+Activity+in+Living+Cells.">A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells.</a> J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).</li><li>Patch, J. A., Barron, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Helical+Peptoid+Mimics+of+Magainin-2+Amide.">Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide.</a> J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).</li><li>Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antifouling+Glycocalyx-Mimetic+Peptoids.">Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids.</a> J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).</li><li>Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibody-Mimetic+Peptoid+Nanosheets+for+Molecular+Recognition.">Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition.</a> ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).</li><li>Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial,+Hemolytic,+and+Cytotoxic+Activities+of+&#946;-Peptoid-Peptide+Hybrid+Oligomers:+Improved+Properties+Compared+to+Natural+AMPs.">Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of &#946;-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs.</a> ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).</li><li>Lutz, J. -. F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-Controlled+Polymers.">Sequence-Controlled Polymers.</a> Science. 341 (6146), 628 (2013).</li><li>Altuntas, E., Schubert, U. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term="Polymeromics":+Mass+spectrometry+based+strategies+in+polymer+science+toward+complete+sequencing+approaches:+A+review.">"Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review.</a> Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).</li><li>Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cleavable+Hydrophilic+Linker+for+One-Bead-One-Compound+Sequencing+of+Oligomer+Libraries+by+Tandem+Mass+Spectrometry.">Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry.</a> J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).</li><li>Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Throughput+Sequencing+of+Peptoids+and+Peptide-Peptoid+Hybrids+by+Partial+Edman+Degradation+and+Mass+Spectrometry.">High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry.</a> J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).</li><li>Sarma, B. K., Kodadek, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Submonomer+Synthesis+of+A+Hybrid+Peptoid-Azapeptoid+Library.">Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library.</a> ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).</li><li>Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Top-Down+Multidimensional+Mass+Spectrometry+Methods+for+Synthetic+Polymer+Analysis.">Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis.</a> Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).</li><li>Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries.">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).</li><li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+[oligo(N-substituted+glycines)]+by+submonomer+solid-phase+synthesis.">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).</li><li>Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Multistep+Synthesis+of+a+Bioactive+Peptidomimetic+Oligomer+for+the+Undergraduate+Laboratory.">Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory.</a> J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).</li><li>Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solid-phase+submonomer+synthesis+of+peptoid+Polymers+and+their+self-assembly+into+highly-ordered+nanosheets.">Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets.</a> J. Visualized Exp. (57), e3373 (2011).</li><li>Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Efficient+Method+for+the+Synthesis+of+Peptoids+with+Mixed+Lysine-type/Arginine-type+Monomers+and+Evaluation+of+Their+Anti-leishmanial+Activity.">An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity.</a> J Vis Exp. (117), (2016).</li><li>Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tandem+mass+spectrometry+studies+of+protonated+and+alkali+metalated+peptoids:+Enhanced+sequence+coverage+by+metal+cation+addition.">Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition.</a> Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).</li><li>Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electron+Capture+Dissociation+Studies+of+the+Fragmentation+Patterns+of+Doubly+Protonated+and+Mixed+Protonated-Sodiated+Peptoids.">Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).</li><li>Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragmentation+Patterns+and+Mechanisms+of+Singly+and+Doubly+Protonated+Peptoids+Studied+by+Collision+Induced+Dissociation.">Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Bir nonamer peptoid, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, sunulan protokolü kullanılarak sentez. Sentez aparatı bir şırınga benzeri polipropilen katı faz yanıtı gemi ve mekanik bir shaker içerir. Reaksiyon damarları ticari olarak kullanılabilir ve düşük maliyetli. Mekanik bir shaker kimya laboratuvarları ortak bir cihaz var. Bir şırınga benzeri reaksiyon gemi kullanımıyla, çözüm içine çizilmiş ve pistonu el ile hareket ettirerek geminin dışına itti. Bu teknik bir tek tepki gemi için...

Peptoids bir sıra kontrollü polimerler peptidler yapısını taklit omurga yapıları ile sınıfıdır. Peptoids çeşitli aminler, peptoids son derece ayarlanabilir özellikleri1,2sergilemek sağlayan sentez. Peptoids moleküler modelleri olarak terapötik ajanlar kabul ve ligandlar proteinler3,4,5,6olarak tasarlanmış biyofiziksel araştırma için kullanılmaktadır. Peptoids anti-fouling ve antikor mimetic malzemeleri, antimikrobiyal ajanlar ve enzim inhibitörleri7,8,9gibi biyolojik olarak aktif bileşikler çeşitli içine geliştirilmiştir. Son derece düzenli ve akort doğa ile peptoids Ayrıca, moleküler bilgi depolama10bir türü olarak düşünülmüştür. Bu farklı uygulamaların keşfi sırası karakterize etmek için verimli analitik yöntem geliştirme ve peptoids yapısı için çağırır. Tandem kütle spektrometresi tabanlı teknikleri söz peptoids11,12,13de dahil olmak üzere polimerler, sıra kontrollü sıra özelliklerini analiz etmek için seçtiğiniz yöntemi olarak göstermiştir, 14,15. Ancak, sistematik çalışmalar kaynaklanan peptoid iyon parçalanma desenleri birleştiriliyor kütle spektrometresi çalışmaları ve peptoids yapısal bilgi çok sınırlıdır.
Peptoids kolayca bir katı faz yöntemiyle sentez. İyi gelişmiş yöntem bir yineleme bir iki adım monomer ek döngüsü16,17içerir. Her ek döngüsünde bir reçine bağlı Amin haloacetic asit (genellikle Bromoasetik asit, BMA) tarafından acetylated ve bu birincil Amin ile yer değiştirme reaksiyonu tarafından takip ediyor. Her ne kadar otomatik sentez protokolleri peptoid sentezi için rutin olarak uygulanan, peptoids el ile mükemmel verimleri bir standart Kimya Laboratuvarı16,18,19, ile sentezlenmiş 20.
Laboratuarımızın manuel peptoid sentez yöntemi kabul ve varolan yöntemleri kullanılan aparat Basitleştirilmiş. Daha önce bir dizi kullanarak MS/MS teknikleri21,22,23peptoids parçalanma şekillerinin inceledik. Onlar çarpışma kaynaklı ayrılma (CID)21,23 için tabi olan veya elektron-ayrılma (ECD)22 deneyler yakalama peptoids karakteristik fragmentations üretmek bizim sonuçlar gösterir. Bu makalede, biz nasıl oligo-peptoids standart kimya laboratuarında sentez, nasıl bir triple quadrupole Kütle Spektrometre kullanılarak CID deneyler ve spektral verileri çözümlemek nasıl göstermek. Sentez ve karakterize için peptoid N-terminal asetilasyon ve C-terminal amidation, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2ile bir nonamer var. Peptoid yapısı şekil 1' de gösterilen.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>ESI-triple quadrupole mass spectrometer, Varian 320L</td>
			<td>Agilent Technologies Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The mass spectrometer was acquired from Varian, Inc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varian MS workstation, Version 6.9.2, a data acquisition and data review software</td>
			<td>Varian Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The software is a part of the Varian 320L package</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Burrell Scientific Wrist-action shaker, Model 75 DD</td>
			<td>Fisher Scientific International Inc.</td>
			<td>14-400-126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hermle Centrifuge, Model Z 206 A</td>
			<td>Hermle Labortechnik GmbH</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Solid phase reaction vessel, 10 mL</td>
			<td>Torviq</td>
			<td>SF-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pressure caps for reaction vessels</td>
			<td>Torviq</td>
			<td>PC-SF</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filters, pore size 0.2 &#956;m</td>
			<td>Fisher Scientific Inc.</td>
			<td>03-391-3B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filters, pore size 0.45 &#956;m</td>
			<td>Fisher Scientific Inc.</td>
			<td>03-391-3A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene centrifuge tuges, 50 mL</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>490001-626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene centrifuge tuges, 15 mL</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>490001-620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ChemBioDraw, Ultra, Version 12.0</td>
			<td>CambridgeSoft Corporation</td>
			<td></td>
			<td>CambridgeSoft is now part of PerkinElmer Inc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Styrofoam cup, 12 Oz</td>
			<td>Common Supermarket</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rink amide resin</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>10619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Piperidine</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>02351</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N&#8217;-diisopropylcarbodiimide</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>00110</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromoacetic acid</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>26843</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Phenylethylamine</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>EM8.07334.0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Methyoxyethylamine</td>
			<td>Sigma-Aldrich Co. LLC.</td>
			<td>241067</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-Boc-ethylenediamine</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>AAAL19947-06</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic anhydride</td>
			<td>Sigma-Aldrich Co. LLC.</td>
			<td>252845</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N-dimethylformamide</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>BDH1117-4LG</td>
			<td>Further distillation before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N-diisopropylethylamine</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>00141</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triisopropylsilane</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>01966</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>00289</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Millipore MILLI-Q Academic Water Purification System</td>
			<td>Millipore Corporation</td>
			<td>ZMQP60001</td>
			<td>For generating HPLC grade water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HPLC-grade Water</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Produced from Millipore MILLI-Q&#174; Academic Water Purification System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Pharmco-Aaper</td>
			<td>339USP/NF</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific International, Inc.</td>
			<td>A998-4</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Diethyl ether</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>BDH1121-19L</td>
			<td>Further distillation before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>BDH1113-19L</td>
			<td>Further distillation before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nitrogen gas</td>
			<td>Fresno Oxygen/Barnes Supply</td>
			<td>NIT 50-C-F</td>
			<td>Ultra high purity, 99.9995%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Argon gas</td>
			<td>Fresno Oxygen/Barnes Supply</td>
			<td>ARG 50-C-F</td>
			<td>Ultra high purity, 99.9995%</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

synthesis and mass spectrometry analysis of oligo-peptoids

Peptoids sıra tarafından denetlenen peptit taklit eden reaksiyonlar N alkylated glisin birimlerinin oluşan vardır. Birçok potansiyel uygulamalar arasında peptoids, moleküler bilgi depolama türü düşünülmüştür. Kütle spektrometresi analiz yönteminin seçimi için sıralama peptoids olarak kabul edilmiştir. Peptoids yolu ile yinelenen bir iki aşamalı reaksiyon döngüsü kullanılarak katı faz kimya sentez. Burada el ile oligo-peptoids sentez ve tandem kütle spektrometresi (MS/MS) yöntemlerle peptoids dizisini analiz etmek için bir yöntem mevcut. Örnek peptoid N-(2-methyloxyethyl) glisin (Nme) ve N-(2-Feniletil) glisin (Npe) yanı sıra bir N-(2-aminoethyl) glisin (Nae) N-terminus adlı alternatif oluşan bir nonamer var. Peptoid dizi formülü Ac asetil grup nerede Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2' dir. Sentez bir piyasada bulunan katı faz yanıtı gemi içinde yer alır. Pisti Amid reçine sağlam destek C-terminus adlı bir Amid grubu ile peptoid verim için kullanılır. Peptoid çarpım dizi analizi bir electrospray iyonlaşma kaynağına birleştiğinde bir triple quadrupole Kütle Spektrometre kullanılarak tabi tutulur. MS/MS ölçüm parçası iyonları şarj edilmiş peptoid ayrılma kaynaklanan bir spektrum üretir. Parça iyonları onların kitle ücret oranı (m/z) değerlere göre sıralanır. M/z değerleri parçası iyonlar karşı teorik olarak tahmin edilen parça iyonlar, kitleler nominal peptoid parçalanma şemasına göre karşılaştırılır. Analiz şarj edilmiş peptoid bir parçalanma desen oluşturur. Parçalanma desen tarafsız peptoid monomer dizi ilişkilidir. Bu bağlamda, MS analizi peptoids sırası bilgi okur.

9-mer peptoid ile N-terminal asetilasyon, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, yapısı şekil 1' de gösterilen. Peptoid el ile fritted polipropilen tepki damar yolu ile katı faz yaklaşım sentez. Pisti Amid reçine (0,047 mmol, 0,56 mmol/g yükleme ile 84 mg) bir amidated C-terminus ile peptoid verim için sağlam destek kullanılır. Peptoid zinciri monomer yanı sıra birden çok döngüsü tarafından inşa edilmiştir. Her monomer ek döngüs?...

Watch this Scientific Journal Video about Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids at JoVE.com

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

synthesis-and-mass-spectrometry-analysis-of-oligo-peptoids

Research

JoVE Journal

Chemistry

10.6K Görüntüleme.  University of the Pacific. Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.

Video: Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique amino acid sequence, it is only realized by the folding of the polypeptide chain into a single defined three-dimensional arrangement or more commonly into an ensemble of interconverting conformations. Investigating the connection between protein conformation and its function is therefore essential for a complete understanding of how proteins are able to fulfill their great variety of tasks. One possibility to study conformational changes a protein undergoes while progressing through its functional cycle is hydrogen-1H/2H-exchange in combination with high-resolution mass spectrometry (HX-MS). HX-MS is a versatile and robust method that adds a new dimension to structural information obtained by e.g. crystallography. It is used to study protein folding and unfolding, binding of small molecule ligands, protein-protein interactions, conformational changes linked to enzyme catalysis, and allostery. In addition, HX-MS is often used when the amount of protein is very limited or crystallization of the protein is not feasible. Here we provide a general protocol for studying protein dynamics with HX-MS and describe as an example how to reveal the interaction interface of two proteins in a complex. &#160;&#160;

Protein conformation and dynamics are key to understanding the relationship between protein structure and function. Hydrogen exchange coupled with high-resolution mass spectrometry is a versatile method to study the conformational dynamics of proteins as well as characterizing protein-ligand and protein-protein interactions, including contact interfaces and allosteric effects.

Hidrojen Değişim Kütle Spektrometre Kullanarak Protein Dinamiği Analizi

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

Kimya

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The analysis of volatile and oxidation sensitive compounds by mass spectrometry is not easily achieved, as all state-of-the-art mass spectrometric methods require at least one sample preparation step, e.g., dissolution and dilution of the analyte (electrospray ionization), co-crystallization of the analyte with a matrix compound (matrix-assisted laser desorption/ionization), or transfer of the prepared samples into the ionization source of the mass spectrometer, to be conducted under atmospheric conditions. Here, the use of a sample inlet system is described which enables the analysis of volatile metal organyls, silanes, and phosphanes using a sector field mass spectrometer equipped with an electron impact ionization source. All sample preparation steps and the sample introduction into the ion source of the mass spectrometer take place either under air-free conditions or under vacuum, enabling the analysis of compounds highly susceptible to oxidation. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes, which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique. The principle of operation is presented in this video.

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique.

Soğuk Giriş Sistemi ve Electron Impact Kütle Spektrometresi kullanarak Uçucu ve Oksidasyon Hassas Bileşiklerin Analizi

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The ...

Visualization of Ambient Mass Spectrometry with the Use of Schlieren Photography

This manuscript outlines how to visualize mass spectrometry ambient ionization sources using schlieren photography. In order to properly optimize the mass spectrometer, it is necessary to characterize and understand the physical principles of the source. Most commercial ambient ionization sources utilize jets of nitrogen, helium, or atmospheric air to facilitate the ionization of the analyte. As a consequence, schlieren photography can be used to visualize the gas streams by exploiting the differences in refractive index between the streams and ambient air for visualization in real time. The basic setup requires a camera, mirror, flashlight, and razor blade. When properly configured, a real time image of the source is observed by watching its reflection. This allows for insight into the mechanism of action in the source, and pathways to its optimization can be elucidated. Light is shed on an otherwise invisible situation.

This paper presents a protocol for the visualization of gaseous streams of an ambient ionization source using schlieren photography and mass spectrometry.

Schlieren Fotoğraf Kullanımına Ortam kütle spektrometresi görselleştirme

This manuscript outlines how to visualize mass spectrometry ambient ionization sources using schlieren photography. In order to properly optimize the mass ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, and that these chemical fingerprints can be used for plant species identification. The mass spectral data can be acquired rapidly and in a high throughput manner without the need for sample extraction, derivatization or pH adjustment steps. The use of this technique bypasses challenges presented by more conventional techniques including lengthy chromatography analysis times and resource intensive methods. The high throughput capabilities of the direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry protocol, coupled with multivariate statistical analysis processing of the data, provide not only class characterization of plants, but also yield species and varietal information. Here, the technique is demonstrated with two psychoactive plant products, Mitragyna speciosa (Kratom) and Datura (Jimsonweed), which were subjected to direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry followed by statistical analysis processing of the mass spectral data. The application of these tools in tandem enabled the plant materials to be rapidly identified at the level of variety and species.

A method for species identification of botanical material by direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry and multivariate statistical analysis is presented.

Gerçek Zamanlı Yüksek Çözünürlüklü Kütle Spektrometresi Doğrudan Analizi Kullanılarak Botanik Malzeme Hızlı Yüksek verim Türler Kimlik

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental exposure in a non-invasive manner. In this work, we present a protocol to characterize the exhaled VOCs in real time by using secondary nanoelectrospray ionization coupled to high resolution mass spectrometry (Sec-nanoESI-HRMS). The homemade Sec-nanoESI source was readily set up based on a commercial nanoESI source. Hundreds of peaks were observed in the background-subtracted mass spectra of exhaled breath, and the mass accuracy values are -4.0-13.5 ppm and -20.3-1.3 ppm in the positive and negative ion detection modes, respectively. The peaks were assigned with accurate elemental composition according to the accurate mass and isotopic pattern. Less than 30 s is used for one exhalation measurement, and it takes approximately 7 min for six replicated measurements.

A protocol for characterizing chemical composition of exhaled breath in real time by using secondary nanoelectrospray ionization coupled to high resolution mass spectrometry is demonstrated.

İkincil Nanoelectrospray iyonlaşma kullanarak gerçek zamanlı nefes analiz için yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi birleştiğinde

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Analyzing Protein Architectures and Protein-Ligand Complexes by Integrative Structural Mass Spectrometry

Proteins are an important class of biological macromolecules that play many key roles in cellular functions including gene expression, catalyzing metabolic reactions, DNA repair and replication. Therefore, a detailed understanding of these processes provides critical information on how cells function. Integrative structural MS methods offer structural and dynamical information on protein complex assembly, complex connectivity, subunit stoichiometry, protein oligomerization and ligand binding. Recent advances in integrative structural MS have allowed for the characterization of challenging biological systems including large DNA binding proteins and membrane proteins. This protocol describes how to integrate diverse MS data such as native MS and ion mobility-mass spectrometry (IM-MS) with molecular dynamics simulations to gain insights into a helicase-nuclease DNA repair protein complex. The resulting approach provides a framework for detailed studies of ligand binding to other protein complexes involved in important biological processes.

Mass spectrometry (MS) has emerged as an important tool for the investigation of structure and dynamics of macromolecular assemblies. Here, we integrate MS-based approaches to interrogate protein complex formation and ligand binding.

Protein mimarileri ve Protein-Ligand komplekslerinin bütünleştirici yapısal kütle spektrometresi tarafından analiz

Proteins are an important class of biological macromolecules that play many key roles in cellular functions including gene expression, catalyzing ...

Integrated Cell Manipulation Platform Coupled with the Single-probe for Mass Spectrometry Analysis of Drugs and Metabolites in Single Suspension Cells

Single cell mass spectrometry (SCMS) enables sensitive detection and accurate analysis of broad ranges of cellular species on the individual-cell level. The single-probe, a microscale sampling and ionization device, can be coupled with a mass spectrometer for on-line, rapid SCMS analysis of cellular constituents under ambient conditions. Previously, the single-probe SCMS technique was primarily used to measure cells immobilized onto a substrate, limiting the types of cells for studies. In the current study, the single-probe SCMS technology has been integrated with a cell manipulation system, typically used for in vitro fertilization. This integrated cell manipulation and analysis platform uses a cell-selection probe to capture identified individual floating cells and transfer the cells to the single-probe tip for microscale lysis, followed by immediate mass spectrometry analysis. This capture and transfer process removes the cells from the surrounding solution prior to analysis, minimizing the introduction of matrix molecules in the mass spectrometry analysis. This integrated setup is capable of SCMS analysis of targeted patient-isolated cells present in body fluids samples (e.g., urine, blood, saliva, etc.), allowing for potential applications of SCMS analysis to human medicine and disease biology.

An integrated cell manipulation platform is developed for use in conjunction with a single-probe mass spectrometry setup for the on-line analysis of individual suspension cells under ambient conditions.

Entegre hücre manipülasyon platformu tek süspansiyon hücrelerinde Ilaçların ve metabolitlerin Kütle Spektrometrisi analizi için tek prob ile birleştiğinde

Single cell mass spectrometry (SCMS) enables sensitive detection and accurate analysis of broad ranges of cellular species on the individual-cell level. ...

Analysis of Complex Molecules and Their Reactions on Surfaces by Means of Cluster-Induced Desorption/Ionization Mass Spectrometry

Desorption/Ionization Induced by Neutral SO2 Clusters (DINeC) is employed as a very soft and efficient desorption/ionization technique for mass spectrometry (MS) of complex molecules and their reactions on surfaces. DINeC is based on a beam of SO2 clusters impacting on the sample surface at low cluster energy. During cluster-surface impact, some of the surface molecules are desorbed and ionized via dissolvation in the impacting cluster; as a result of this dissolvation-mediated desorption mechanism, low cluster energy is sufficient and the desorption process is extremely soft. Both surface adsorbates and molecules of which the surface is composed of can be analyzed. Clear and fragmentation-free spectra from complex molecules such as peptides and proteins are obtained. DINeC does not require any special sample preparation, in particular no matrix has to be applied. The method yields quantitative information on the composition of the samples; molecules at a surface coverage as low as 0.1 % of a monolayer can be detected. Surface reactions such as H/D exchange or thermal decomposition can be observed in real-time and the kinetics of the reactions can be deduced. Using a pulsed nozzle for cluster beam generation, DINeC can be efficiently combined with ion trap mass spectrometry. The matrix-free and soft nature of the DINeC process in combination with the MSn capabilities of the ion trap allows for very detailed and unambiguous analysis of the chemical composition of complex organic samples and organic adsorbates on surfaces.

Neutral SO2 clusters of low kinetic energy (&#60; 0.8 eV/constituent) are used to desorb complex surface molecules such as peptides or lipids for further analysis by means of mass spectrometry using an ion trap mass spectrometer. No special sample preparation is required, and real-time observation of reactions is possible.

Kümelenme Sonucu Desorpsiyon/İyonlaşma Kütle Spektrometresi Yoluyla Karmaşık Moleküllerin ve Yüzeylerdeki Reaksiyonlarının Analizi

Desorption/Ionization Induced by Neutral SO2 Clusters (DINeC) is employed as a very soft and efficient desorption/ionization technique for mass ...

Capillary Electrophoresis-based Hydrogen/Deuterium Exchange for Conformational Characterization of Proteins with Top-down Mass Spectrometry

Resolving conformational heterogeneity of multiple protein states that coexist in solution remains one of the main obstacles in the characterization of protein therapeutics and the determination of the conformational transition pathways critical for biological functions, ranging from molecular recognition to enzymatic catalysis. Hydrogen/deuterium exchange (HDX) reaction coupled with top-down mass spectrometric (MS) analysis provides a means to characterize protein higher-order structures and dynamics in a conformer-specific manner. The conformational resolving power of this technique is highly dependent on the efficiencies of separating protein states at the intact protein level and minimizing the residual non-deuterated protic content during the HDX reactions. 
Here we describe a capillary electrophoresis (CE)-based variant of the HDX MS approach that aims to improve the conformational resolution. In this approach, proteins undergo HDX reactions while migrating through a deuterated background electrolyte solution (BGE) during the capillary electrophoretic separation. Different protein states or proteoforms that coexist in solution can be efficiently separated based on their differing charge-to-size ratios. The difference in electrophoretic mobility between proteins and protic solvent molecules minimizes the residual non-deuterated solvent, resulting in a nearly complete deuterating environment during the HDX process. The flow-through microvial CE-MS interface allows efficient electrospray ionization of the eluted protein species following a rapid mixing with the quenching and denaturing modifier solution at the outlet of the sprayer. The online top-down MS analysis measures the global deuteration level of the eluted intact protein species, and subsequently, the deuteration of their gas-phase fragments. This paper demonstrates this approach in differential HDX for systems, including the natural protein variants coexisting in milk.

Presented here is a protocol for a capillary electrophoresis-based hydrogen/deuterium exchange (HDX) approach coupled with top-down mass spectrometry. This approach characterizes the difference in higher-order structures between different protein species, including proteins in different states and different proteoforms, by conducting concurrent differential HDX and electrophoretic separation.

Yukarıdan Aşağıya Kütle Spektrometrisi ile Proteinlerin Konformasyonel Karakterizasyonu için Kapiler Elektroforez Bazlı Hidrojen/Döteryum Değişimi

Resolving conformational heterogeneity of multiple protein states that coexist in solution remains one of the main obstacles in the characterization of ...

Characterizing RNA Modifications in Single Neurons Using Mass Spectrometry

Post-transcriptional modifications (PTMs) of RNA represent an understudied mechanism involved in the regulation of translation in the central nervous system (CNS). Recent evidence has linked specific neuronal RNA modifications to learning and memory paradigms. Unfortunately, conventional methods for the detection of these epitranscriptomic features are only capable of characterizing highly abundant RNA modifications in bulk tissues, precluding the assessment of unique PTM profiles that may exist for individual neurons within the activated behavioral circuits. In this protocol, an approach is described&#8212;single-neuron RNA modification analysis by mass spectrometry (SNRMA-MS)&#8212;to simultaneously detect and quantify numerous modified ribonucleosides in single neurons. The approach is validated using individual neurons of the marine mollusk, Aplysia californica, beginning with surgical isolation and enzymatic treatment of major CNS ganglia to expose neuron cell bodies, followed by manual single-neuron isolation using sharp needles and a micropipette. Next, mechanical and thermal treatment of the sample in a small volume of buffer is done to liberate RNA from an individual cell for subsequent RNA digestion. Modified nucleosides are then identified and quantified using an optimized liquid chromatography-mass spectrometry method. SNRMA-MS is employed to establish RNA modification patterns for single, identified neurons from A. californica that have known morphologies and functions. Examples of qualitative and quantitative SNRMA-MS are presented that highlight the heterogeneous distribution of RNA modifications across individual neurons in neuronal networks.

Post-transcriptional modifications of RNA represent an understudied layer of translation regulation that has recently been linked to central nervous system plasticity. Here, sample preparation and liquid chromatography-tandem mass spectrometry approach is described for simultaneous characterization of numerous RNA modifications in single neurons.

Kütle Spektrometrisi Kullanarak Tek Nöronlardaki RNA Modifikasyonlarını Karakterize Etme

Post-transcriptional modifications (PTMs) of RNA represent an understudied mechanism involved in the regulation of translation in the central nervous ...