Gli autori vorrei ringraziare il signor Michael Connolly e Dr. Ronald Zuckermann (The Molecular Foundry, Lawrence Berkeley National Laboratory) per l'assistenza tecnica in sintesi peptoid. Riconosciamo il sostegno della National Science Foundation (-1301505). Tutti gli esperimenti di spettrometria di massa sono stati condotti presso l'impianto di spettrometria di massa di chimica presso l'Università del Pacifico.

1. sintesi di Peptoid
Nota: La sintesi inizia con la resina di attivazione gonfiore la resina e rimuovendo il gruppo di protezione. Questa è seguita da una crescente della catena di peptoid sulla resina attraverso ripetuti cicli di aggiunta del monomero. Il primo monomero accoppiato alla resina è il residuo del C-terminale. Il peptoid è allungata da C-terminale a N-terminale. Una volta ottenuta la sequenza desiderata peptoid, la resina viene clivata off e il prodotto peptoid è purificato.
<ol><li>Preparazione dei reagenti Nota: I reagenti liquidi sono misurati utilizzando una micropipetta e i reagenti solidi vengono misurati utilizzando una bilancia analitica.<ol>
<li>Mescolare 6,2 mL di N, n' '-diisopropylcarbodiimide (DIC) e 43,8 mL di N, N-dimetilformammide (DMF) per preparare un 0,8 M della soluzione DIC/DMF.</li>
		<li>Sciogliere g 5,56 di BMA in 50,0 mL di DMF per preparare una soluzione di 0,8 M BMA/DMF.</li>
		<li>Mescolare 2 mL di piperidina (Pip) e 8 mL di DMF per ottenere 20% soluzione di Pip/DMF.</li>
		<li>Sciogliere 1,9 mL di Npe in 13,1 mL di DMF per raggiungere 1.0 M Npe/DMF.</li>
		<li>Sciogliere 1,3 mL di Nme in 13,7 mL DMF per raggiungere 1.0 M Nme/DMF.</li>
		<li>Sciogliere 0,32 mL di Nae in 2 mL di DMF per raggiungere 1.0 M Nae/DMF. Attenzione: la maggior parte delle sostanze chimiche utilizzate nella sintesi sono pericolosa. Acido trifluoroacetico (TFA), DIC, Pip e BMA sono pericolosi per la pelle, occhi e vie respiratorie. DMF e diclorometano (DCM) sono sospetti cancerogeni. Tutte le reazioni devono essere eseguite in una cappa aspirante e appropriati dispositivi di protezione individuale devono essere utilizzato. Si prega di controllare il foglio di dati materiale di sicurezza (MSDS) di tutte le sostanze chimiche utilizzate nella sintesi.</li>
	</ol></li>
	<li>Attivazione di resina
	<ol>
<li>Misurare 84 mg di resina di ammide Rink (resina, 0.047 mmol, caricamento 0,56 mmol/g) e aggiungerlo ad un vaso di reazione di fase solida in polipropilene da 10 mL. Inserire lo stantuffo nel recipiente.</li>
		<li>Aggiungere 2 mL di DMF per il recipiente di reazione e tappo il recipiente con un tappo a pressione. Posizionare il vaso su uno shaker e agitare il recipiente a temperatura ambiente con un angolo di movimento di circa 12 gradi e 385 oscillazioni/min per 30 min. scarico la soluzione a un contenitore per rifiuti rimuovendo il tappo e lo stantuffo del recipiente di reazione.</li>
		<li>Aggiungere 2 mL di soluzione di Pip/DMF 20% alla nave e la nave di cap. Agitare su agitatore per 2 min e svuotare la soluzione nel contenitore dei rifiuti.</li>
		<li>Aggiungere 2 mL di soluzione di Pip/DMF 20% alla nave, tappo serbatoio e agitare a temperatura ambiente per 12 min. Rimuovi il tappo e svuotare la soluzione nel contenitore dei rifiuti.</li>
		<li>Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DMF, tappatura della nave e agitando il vaso per un minimo di 1 Togliere il tappo e svuotare la soluzione premendo lo stantuffo. Lavare la resina con DMF per altre 4 volte.</li>
	</ol></li>
	<li>Aggiunta del monomero e acetilazione del N-terminale Nota: Ogni ciclo di aggiunta del monomero comporta lo spostamento, bromoacetylation e reazione a due passi.<ol>
<li>Eseguire il primo ciclo di aggiunta del monomero a forma Nme-resina.</li>
		<li>Eseguire una reazione di bromoacetylation. Mescolare 1 mL di soluzione di 0,8 M BMA/DMF e 1 mL di soluzione di 0,8 M DIC/DMF in un becher. Trasferire il composto in un recipiente di reazione contenente la resina e la nave di cap. Posizionare il vaso su shaker e agitare a temperatura ambiente per 20 min. Rimuovi il tappo e svuotare la soluzione nel contenitore dei rifiuti.</li>
		<li>Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DMF, tappatura della nave, d'agitazione per 1 min e drenante la soluzione premendo lo stantuffo. Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DCM, agitando il vaso per 1 min, e la soluzione di drenaggio. Lavare la resina con DCM ancora una volta e poi lavare con DMF due volte.</li>
		<li>Eseguire una reazione di spostamento. Aggiungere 1 mL di soluzione di 1,0 M Nme/DMF, la nave di cap, agitare il recipiente a temperatura ambiente per 60 min. Rimuovi il tappo e drenare la soluzione premendo lo stantuffo.</li>
		<li>Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DMF, agitando il vaso per 1 min e drenante la soluzione premendo lo stantuffo. Lavare la resina disegnando in 1 mL di Diclorometano, agitare per 1 min, e la soluzione di drenaggio. Lavare DCM una volta di più, seguita da lavaggio con DMF due volte.</li>
		<li>Ripetere i cicli di aggiunta del monomero da passaggi 1.3.2 a 1.3.5 per formare Nae-(Npe-Nme)4-resina. Quando si ripete il passaggio della reazione di spostamento (1.3.4), utilizzare una soluzione di ammina specifico in base alla sequenza di peptoid. Nota: La catena peptoid è allungata da C-terminale a N-terminale con il residuo del C-terminale associato alla resina.</li>
		<li>Eseguire acetilazione del N-terminale per formare Ac-Nae-(Npe-Nme)4-resina.</li>
		<li>Anidride acetica mix 92 µ l della, 43,5 µ l di N, N-diisopropylethylamine (DIPEA) e 2 mL di DMF in un becher per fare cocktail circa 2 mL di acetilazione.</li>
		<li>Aggiungere 2 mL di acetilazione cocktail al recipiente contenente la resina, la nave di cap e agitare a temperatura ambiente per 60 min. Togliere il tappo e svuotare la soluzione premendo lo stantuffo.</li>
		<li>Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DMF, agitando il vaso per 1 min e drenante la soluzione premendo lo stantuffo. Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DCM, agitando il vaso per 1 min, e la soluzione di drenaggio. Ripetere il lavaggio della resina con DCM ancora una volta, quindi lavare con DMF altre due volte.</li>
		<li>Lavare la resina aggiungendo 1 mL di DCM, agitando il vaso per 1 min e drenante la soluzione premendo lo stantuffo. Ripetere il lavaggio due volte con DCM. Rimuovere il tappo e lasciare che la resina asciugare all'aria nel vaso di reazione per 10 min.</li>
	</ol></li>
	<li>Clivaggio e purificazione
	<ol>
<li>Mescolare 3,8 mL di TFA, 100 µ l di triisopropylsilane (suggerimenti) e 100 µ l di grado HPLC H2O in un becher per fare cocktail 4 mL di clivaggio.</li>
		<li>Aggiungere 4 mL di preparata clivaggio cocktail al recipiente contenente la resina, la nave di cap e agitare a temperatura ambiente per 2 h.</li>
		<li>Rimuovere il tappo e raccogliere la soluzione filtrato in una provetta da centrifuga polipropilene 50 mL. Aggiungere 1 mL di TFA al vaso, tappo e agitare per 1 minuto raccogliere la soluzione filtrato nella stessa provetta da centrifuga.</li>
		<li>Evaporare TFA soffiando delicatamente in un flusso di gas di azoto fino a circa 1 mL soluzione viscosa è a sinistra.</li>
		<li>Aggiungere 15 mL di etere etilico per la soluzione rimanente, tappo della provetta da centrifuga e viene quindi incubato in un congelatore a-20 ° C per 2 h per una notte. Il greggio peptoid precipita come solido bianco.</li>
		<li>A pellet il solido utilizzando una centrifuga a 4.427 x g per 10 min. Rimuovi il tappo della provetta centrifugo e decantare etere etilico in un becher con attenzione senza perdere il solido. Attenzione: l'etere dietilico è un solvente organico infiammabile. Si prega di utilizzare una centrifuga di sicuro di etere etilico.</li>
		<li>Lavare il solido con l'aggiunta di 10 mL di etere etilico ghiacciata nella centrifuga tubo contenente il solido, tappatura del tubo e l'immissione nella centrifuga. Eseguire centrifugazione a 4.427 x g per 10 min. Rimuovi la centrifuga tubo da centrifuga e decantare etere etilico in un becher con attenzione senza perdere il solido.</li>
		<li>Asciugare il solido soffiando delicatamente in un flusso di gas azoto.</li>
		<li>Aggiungere 10 mL di grado HPLC H2O per sciogliere il solido essiccato. Filtrare la soluzione attraverso un filtro di siringa in nylon con dimensione dei pori di 0.45 µm e raccogliere il filtrato in una provetta da centrifuga polipropilene pre-pesata 50 mL.</li>
		<li>Shell congelare la soluzione immissione e ruotando la centrifuga provetta contenente la soluzione di peptoid in un 12-ounce, a doppio strato tazza polistirolo espanso 1/3 riempita con azoto liquido. Lyophilize la soluzione congelata durante la notte per produrre peptoid solido.</li>
		<li>Ripetere ancora una volta di liofilizzazione dissolvendo il solido peptoid in 10 mL di grado HPLC H2O, shell congelamento in azoto liquido e liofilizzazione durante la notte. Il peptoid risultante è sufficientemente puro per analisi di sequenza mediante spettrometria di massa.</li>
	</ol></li>
</ol>2. Sig. ra misure e analisi di sequenza
Nota: L'esperimento di MS/MS viene effettuata in uno spettrometro di massa quadrupole triplice accoppiato ad una sorgente di ionizzazione (ESI) di electrospray. Raccolta dei dati viene controllata tramite il software di acquisizione dati accompagnato con lo strumento. La procedura generale include 1) effettua l'esperimento di spettrometria di massa di scansione completa e registrare lo spettro di massa, 2) eseguire il CID MS/MS sperimentare e registrazione dello spettro MS/MS e 3) confrontando i dati spettrali di MS/MS con teorica schema di frammentazione predetto in base alla funzionalità strutturale della peptoid.
<ol><li>Preparazione della soluzione campione
	<ol>
<li>Pesare 1,0-2,0 mg peptoid solido in un flaconcino di vetro di 3-5 mL. Aggiungere 1 mL miscelati di solvente di acetonitrile e acqua (ACN/H2O, 1:1, v/v) per sciogliere il peptoid. Questo dà la soluzione di riserva campione con una concentrazione di circa 10-3 M.</li>
		<li>Trasferimento di 20 µ l di soluzione madre in una provetta da centrifuga da 1,5 mL e aggiungere 1 mL miscelati di solvente di ACN/H2O per produrre una soluzione di campione diluito di circa 10-5 M.</li>
		<li>Rimuovi qualsiasi eventuali particelle insolubili nella soluzione campione diluito eseguendo centrifugazione a 4.427 x g per 3 min circa 700 µ l della parte superiore della soluzione di trasferimento in un'altra centrifuga di 1,5 mL tubo per rendere il peptoid MS soluzione di lavoro con concentrazione di circa 10-5 M.</li>
		<li>Regolare la concentrazione della soluzione di lavoro di MS basata sull'intensità di segnale osservato durante le misurazioni di spettrometria di massa.</li>
		<li>Un modo alternativo per rimuovere eventuali particelle insolubili possibili nella soluzione del campione diluito è passare la soluzione di campione attraverso una siringa filtro 0,20 µm e raccogliere il filtrato in una provetta da centrifuga da 1,5 mL per rendere il peptoid MS soluzione di lavoro di circa 10-5 M.</li>
	</ol></li>
	<li>Registrazione di spettri di massa
	<ol>
<li>Eseguire miscela di solventi di ACN/H2O (1:1, v/v) con la fonte electrospray di ionizzazione (ESI) e impostare lo strumento in uno standard agli ioni positivi, scansione completa modalità di spettrometria di massa con una gamma di rapporto massa / carica (m/z) di 100-1500. Nota: Parametri di funzionamento tipici: Tensione dell'ago di ESI, 5 kV Tensione capillare, 40 V Essiccazione di temperatura del gas (azoto), 200 ° C.</li>
		<li>Aggiungere circa 300 µ l di soluzione di lavoro di peptoid MS (circa 10-5 M) in una 500 µ l o una siringa da 1 mL e collegare la siringa all'entrata del ESI utilizzando della tubazione capillare polietere etere chetone (PEEK). Posizionare la siringa nella pompa a siringa e impostare la portata a 10 µ l/min per infondere la soluzione di esempio nell'ingresso dell'ESI.</li>
		<li>Accendere la tensione dell'ago ESI per attivare il processo ESI e poi accendere il rivelatore. Impostare la visualizzazione in modalità profilo e la gamma di m/z di 100-1.500. Mostra un profilo di spettro di massa mostrato nella finestra del profilo. Il picco a m/z 1.265 (visualizzato come m/z di 1,264.6) corrisponde alla peptoid peptoid ione o protonata.</li>
		<li>Registrare lo spettro di MS per 2 min. Nella finestra"metodo", utilizzare 2 min come la "fase di esecuzione." Aprire la finestra di registrazione e inserire un nome di file corretto e iniziare a registrare lo spettro. Nota: Lo spettro di massa risultante è illustrato nella Figura 3.</li>
		<li>Ottimizzare l'intensità del picco a m/z di 1.265. Impostare l'intervallo di m/z di 1.150-1.350 e regolare la tensione capillare durante la visualizzazione dell'intensità di picco in mV mostrato nella finestra del profilo. Ad esempio, aumentare la tensione capillare a 50 V o superiore e Mostra la variazione dell'intensità di picco. L'intensità di picco ottimale è intorno a 150-200 mV. Nota: Regolazione della tensione capillare può cambiare significativamente l'abbondanza di determinati ioni. Aumentando la tensione capillare può migliorare l'intensità dello ione peptoid. Tuttavia, un'alta tensione capillare può anche indurre la dissociazione dello ione peptoid alla sorgente di ioni e diminuire l'intensità osservata. Regolazione della temperatura del gas di essiccazione può migliorare l'intensità del picco a m/z 1.265, ma è meno efficace di regolazione della tensione capillare. Se il picco a m/z 1.265 non raggiunge l'intensità ottima, regolare la concentrazione di campione (o esempio, doppia la concentrazione della soluzione di lavoro di MS).</li>
		<li>Accendere lo strumento nella modalità di MS/MS. Impostare lo ione precursore a 1.265 m/z e il MS/MS range a m/z di 100-1.400 di massa. Nella finestra"metodo" utilizzare 1.265 m/z come la "prima messa Q1" e lasciare vuoto il "Ultima messa Q1". Utilizzare m/z 100 come "Q3 prima messa" e m/z 1.400 Mass "Q3 ultimo." Nota: In modalità MS/MS, le prime funzioni di quadrupolo unità (Q1) come un filtro di massa per isolare lo ione peptoid come lo ione precursore, la seconda unità di quadrupolo (Q2) è una cella di collisione e il terzo quadrupolo unità (Q3) funzioni come un analizzatore di massa.</li>
		<li>Insieme l'energia di collisione a 40 eV e il gas di collisione (argon, in questo caso) della pressione a 1,5 mTorr.</li>
		<li>Mostra un profilo di spettro totale visualizzato nella finestra del profilo. Il picco a m/z di 1.265 corrisponde allo ione peptoid, e i picchi con valori inferiori a m/z rappresentano i frammenti dallo ione peptoid.</li>
		<li>Regolare l'energia di collisione per ottimizzare la visualizzazione dello spettro di frammentazione. Ad esempio, aumentare l'energia di collisione a 45 eV e Mostra il cambiamento del profilo dello spettro. Nota: In generale, aumentando l'energia di collisione migliorerà l'abbondanza degli ioni frammento e ridurre l'abbondanza dello ione peptoid. Aumentando la pressione del gas di collisione consentirà inoltre di migliorare l'abbondanza degli ioni frammento. Attenzione: Non aumentare la pressione del gas di collisione oltre 2 mTorr.</li>
		<li>Registrare lo spettro MS/MS per 2 min. Nella finestra"metodo" utilizzare 2 min come la "fase di esecuzione." Aprire la finestra di registrazione e inserire un nome di file corretto e iniziare a registrare lo spettro.</li>
		<li>Ripetere 1 - 2 tempi di registrazione.</li>
	</ol></li>
	<li>Analisi di sequenza di peptoid Nota: Nella circostanza di CID, lo ione di peptoid sarebbe frammento presso i legami ammidici lungo la spina dorsale di peptoid per produrre una serie di frammenti N-terminali chiamati B-ioni e una serie di frammenti C-terminale chiamato Y-ioni<ol>
<li>Disegnare la struttura chimica della peptoid acetilato inserendo l'estremità N-terminale sul lato sinistro e C-terminale sul lato destro e una linea tratteggiata a ogni legame dell'ammide per generare uno schema di frammentazione, come mostrato nella Figura 2a. Disegnare un protone con un cerchio tratteggiato per indicare l'elemento portante della carica. A partire dal lato sinistro della struttura, posizionare le etichette sulle linee tratteggiate per indicare i frammenti N-terminali come B1, B2, B8. A partire dal lato destro, posizionare le etichette sulle linee tratteggiate per indicare i frammenti C-terminale come Y1, Y2, a Y8. Nota: Un software di disegno chimico può essere utilizzato per disegnare la struttura di peptoid.</li>
		<li>Immaginate di frammentazione presso il legame di ammideth 4 dal lato sinistro e disegnare le strutture del frammento N-terminale e il frammento C-terminale con accuse formali corretto, come mostrato nella Figura 2b. Inserire l'etichetta di B4 sul frammento N-terminale e inserire l'etichetta di Y5 sul frammento C-terminale. Calcolare il valore m/z B4 sommando le masse nominale degli elementi nella struttura per produrre un valore di 580 e posto m/z 580 sul frammento N-terminale. Calcolare il valore m/z Y5 e posto m/z 685 sul frammento C-terminale.</li>
		<li>Calcolare i valori di m/z per tutti e otto gli ioni B e tutti e otto gli ioni Y e assemblarli in una tabella, come mostrato nella tabella 1. Nota: I valori m/z dei frammenti possono essere calcolati utilizzando un prodotto chimico software di disegno.</li>
		<li>Aprire lo spettro MS/MS registrato di peptoid utilizzando il software di modifica di dati accompagnato con lo strumento. Impostare le preferenze di etichettatura "Visualizza etichette di ioni" ed etichetta soglia al 3%. Questo genera uno spettro MS/MS con valori m/z etichettati sulle cime.</li>
		<li>Esportare il MS/MS dati spettrali come file di testo nel file CSV formattare e ricostruire lo spettro utilizzando software di elaborazione dati. Inserire i valori m/z sulle cime. Lo spettro di MS/MS risultante è mostrato in Figura 4. Nota: Alcuni spettrometri di massa sono dotati di software di elaborazione dati in grado di generare lo spettro MS/MS. In questo caso, non è necessario esportare i dati spettrali di MS/MS.</li>
		<li>Assegnare i valori m/z mostrati sullo spettro MS/MS a quelli mostrati nella tabella 1 per identificare il corrispondenti B - e Y-ioni. Ad esempio, il picco a m/z 580 è identificato come la B4-ione e m/z 685 viene identificato come il Y5-ioni. Etichettare le cime con i corrispondenti simboli B e Y sullo spettro, come mostrato nella Figura 4.</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol>
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N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+of+N-substituted+glycine+peptoid+libraries.">Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries.</a> Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).</li><li>Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+method+for+the+preparation+of+peptoids+[oligo(N-substituted+glycines)]+by+submonomer+solid-phase+synthesis.">Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis.</a> J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).</li><li>Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+Multistep+Synthesis+of+a+Bioactive+Peptidomimetic+Oligomer+for+the+Undergraduate+Laboratory.">Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory.</a> J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).</li><li>Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solid-phase+submonomer+synthesis+of+peptoid+Polymers+and+their+self-assembly+into+highly-ordered+nanosheets.">Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets.</a> J. Visualized Exp. (57), e3373 (2011).</li><li>Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Efficient+Method+for+the+Synthesis+of+Peptoids+with+Mixed+Lysine-type/Arginine-type+Monomers+and+Evaluation+of+Their+Anti-leishmanial+Activity.">An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity.</a> J Vis Exp. (117), (2016).</li><li>Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tandem+mass+spectrometry+studies+of+protonated+and+alkali+metalated+peptoids:+Enhanced+sequence+coverage+by+metal+cation+addition.">Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition.</a> Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).</li><li>Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electron+Capture+Dissociation+Studies+of+the+Fragmentation+Patterns+of+Doubly+Protonated+and+Mixed+Protonated-Sodiated+Peptoids.">Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).</li><li>Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragmentation+Patterns+and+Mechanisms+of+Singly+and+Doubly+Protonated+Peptoids+Studied+by+Collision+Induced+Dissociation.">Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).</li></ol>

Gli autori non hanno nulla a rivelare.

Un peptoid nonamer, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, è stato sintetizzato utilizzando il protocollo presentato. L'apparecchio per la sintesi coinvolge un vaso di siringa-come reazione di fase solida in polipropilene e un agitatore meccanico. I vasi di reazione sono commercialmente disponibili e a basso costo. Agitatore meccanico è un apparato comune nei laboratori di chimica. Con l'uso di un recipiente di reazione simil-siringa, soluzioni possono essere trascinati e spinto fuori la nave spostando manualment...

Peptoids sono una classe di polimeri sequenza controllata con strutture di spina dorsale che imita la struttura dei peptidi. Peptoids possono essere sintetizzati da diverse ammine, che permette di peptoids ad esporre proprietà altamente sintonizzabile1,2. Peptoids sono stati utilizzati come modelli molecolari per la ricerca biofisica, considerati come agenti terapeutici e progettato come leganti per proteine3,4,5,6. Peptoids sono stati sviluppati in una varietà di composti biologicamente attivi, quali materiali anti-incrostazione e anticorpo-mimetici, agenti antimicrobici e degli enzimi inibitori7,8,9. Con una natura altamente ordinata e sintonizzabile, peptoids hanno anche stato pensato come un tipo di informazioni molecolari deposito10. La scoperta di queste chiamate di diverse applicazioni per lo sviluppo di efficienti metodi analitici per caratterizzare la sequenza e la struttura di peptoids. Tecniche basate sulla spettrometria di massa tandem hanno indicato la promessa come il metodo di scelta per analizzare le proprietà di sequenza di sequenza controllata polimeri, tra cui peptoids11,12,13, 14,15. Tuttavia, gli studi sistematici correlando i pattern di frammentazione di ioni peptoid derivanti da studi di spettrometria di massa e le informazioni strutturali di peptoids sono molto limitati.
Peptoids possono essere facilmente sintetizzati utilizzando un metodo di fase solida. Il metodo ben sviluppato coinvolge un'iterazione di un ciclo di16,di due fasi monomero aggiunta17. In ogni ciclo di aggiunta, un'ammina associato a resina è acetilata da un acido di aloacetici (in genere acido bromoacetico, BMA), e questa è seguita da una reazione di spostamento con un'ammina primaria. Anche se i protocolli di sintesi automatizzata sono stati applicati ordinariamente per la sintesi di peptoid, peptoids possono essere sintetizzati manualmente con ottimi rendimenti in un standard chimica laboratorio16,18,19, 20.
Il nostro laboratorio ha adottato il metodo della sintesi di peptoid manuale e semplificato la strumentazione utilizzata per i metodi esistenti. In precedenza abbiamo studiato i modelli di frammentazione di una serie di peptoids utilizzando tecniche di MS/MS21,22,23. I nostri risultati indicano che peptoids producono caratteristici frammentazioni quando essi sono sottoposti alla dissociazione indotta da collisione (CID)21,23 o cattura elettronica esperimenti22 dissociazione (ECD). In questo articolo, dimostriamo come oligo-peptoids può essere sintetizzato in un laboratorio di chimica standard, come eseguire gli esperimenti di CID utilizzando uno spettrometro di massa triplo quadrupolo e come analizzare i dati spettrali. Il peptoid essere sintetizzato e caratterizzato è un nonamer con acetilazione del N-terminale e C-terminale amidazione, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2. La struttura del peptoid è illustrata nella Figura 1.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>ESI-triple quadrupole mass spectrometer, Varian 320L</td>
			<td>Agilent Technologies Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The mass spectrometer was acquired from Varian, Inc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varian MS workstation, Version 6.9.2, a data acquisition and data review software</td>
			<td>Varian Inc.</td>
			<td></td>
			<td>The software is a part of the Varian 320L package</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Burrell Scientific Wrist-action shaker, Model 75 DD</td>
			<td>Fisher Scientific International Inc.</td>
			<td>14-400-126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hermle Centrifuge, Model Z 206 A</td>
			<td>Hermle Labortechnik GmbH</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Solid phase reaction vessel, 10 mL</td>
			<td>Torviq</td>
			<td>SF-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pressure caps for reaction vessels</td>
			<td>Torviq</td>
			<td>PC-SF</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filters, pore size 0.2 &#956;m</td>
			<td>Fisher Scientific Inc.</td>
			<td>03-391-3B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe filters, pore size 0.45 &#956;m</td>
			<td>Fisher Scientific Inc.</td>
			<td>03-391-3A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene centrifuge tuges, 50 mL</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>490001-626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene centrifuge tuges, 15 mL</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>490001-620</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ChemBioDraw, Ultra, Version 12.0</td>
			<td>CambridgeSoft Corporation</td>
			<td></td>
			<td>CambridgeSoft is now part of PerkinElmer Inc.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Styrofoam cup, 12 Oz</td>
			<td>Common Supermarket</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rink amide resin</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>10619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Piperidine</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>02351</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N&#8217;-diisopropylcarbodiimide</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>00110</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromoacetic acid</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>26843</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Phenylethylamine</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>EM8.07334.0250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-Methyoxyethylamine</td>
			<td>Sigma-Aldrich Co. LLC.</td>
			<td>241067</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-Boc-ethylenediamine</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>AAAL19947-06</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetic anhydride</td>
			<td>Sigma-Aldrich Co. LLC.</td>
			<td>252845</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N-dimethylformamide</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>BDH1117-4LG</td>
			<td>Further distillation before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N-diisopropylethylamine</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>00141</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triisopropylsilane</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>01966</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Chem-Impex International, Inc.</td>
			<td>00289</td>
			<td>Highly toxic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Millipore MILLI-Q Academic Water Purification System</td>
			<td>Millipore Corporation</td>
			<td>ZMQP60001</td>
			<td>For generating HPLC grade water</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HPLC-grade Water</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Produced from Millipore MILLI-Q&#174; Academic Water Purification System</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Pharmco-Aaper</td>
			<td>339USP/NF</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific International, Inc.</td>
			<td>A998-4</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Diethyl ether</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>BDH1121-19L</td>
			<td>Further distillation before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dichloromethane</td>
			<td>VWR International, LLC.</td>
			<td>BDH1113-19L</td>
			<td>Further distillation before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nitrogen gas</td>
			<td>Fresno Oxygen/Barnes Supply</td>
			<td>NIT 50-C-F</td>
			<td>Ultra high purity, 99.9995%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Argon gas</td>
			<td>Fresno Oxygen/Barnes Supply</td>
			<td>ARG 50-C-F</td>
			<td>Ultra high purity, 99.9995%</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

synthesis and mass spectrometry analysis of oligo-peptoids

Peptoids sono sequenza controllata oligomeri che imita il peptide che consiste in unità di glicina N-alchilati. Tra le molte applicazioni potenziali, peptoids sono stato pensato come un tipo di archiviazione di informazioni molecolari. Analisi di spettrometria di massa sono stato considerato il metodo di scelta per peptoids di sequenziamento. Peptoids possono essere sintetizzati tramite chimica in fase solida utilizzando un ciclo di reazione ripetuta in due fasi. Qui presentiamo un metodo per sintetizzare manualmente oligo-peptoids e per analizzare la sequenza della peptoids utilizzando tecniche di spettrometria di massa (MS/MS) tandem. L'esempio peptoid è un nonamer composto alternando glicina di N (2-methyloxyethyl) (Nme) e glicina di N (2-phenylethyl) (Npe), come pure una N-(2-amminoetil) glicina (Nae) al N-terminale. La formula di sequenza del peptoid è Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, dove Ac è il gruppo acetile. La sintesi avviene in un recipiente di reazione di fase solida disponibile in commercio. La resina di ammide pista è utilizzato come supporto solido per produrre il peptoid con un gruppo di ammide al C-terminale. Il prodotto peptoid risultante è sottoposto ad analisi di sequenza utilizzando uno spettrometro di massa quadrupole triplice accoppiato ad una sorgente di ionizzazione electrospray. La misurazione di MS/MS produce uno spettro di ioni frammento derivanti dalla dissociazione della carica peptoid. Gli ioni frammento vengono ordinati in base ai valori del loro rapporto massa / carica (m/z). I valori m/z degli ioni frammento vengono confrontati con le masse nominali degli ioni frammento teoricamente prevista, secondo lo schema di peptoid frammentazione. L'analisi genera un pattern di frammentazione della carica peptoid. Il modello di frammentazione è correlato alla sequenza di monomero della peptoid neutro. A questo proposito, analisi MS legge le informazioni di sequenza della peptoids.

La struttura di un peptoid 9-mer con acetilazione del N-terminale, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, è mostrata nella Figura 1. Il peptoid è stato sintetizzato manualmente in un recipiente di reazione in polipropilene sinterizzato tramite approccio in fase solida. Pista di pattinaggio ammide resina (0,047 mmol, 84 mg con caricamento 0,56 mmol/g) è usata come supporto solido per produrre il peptoid con un poi amidato C-terminus. La catena peptoid...

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Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Sintesi e analisi di spettrometria di massa di Oligo-peptoids

Un protocollo è descritto per la sintesi manuale di oligo-peptoids seguita da analisi di sequenza mediante spettrometria di massa.

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

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Research

JoVE Journal

Chemistry

10.6K Views.  University of the Pacific. Un protocollo è descritto per la sintesi manuale di oligo-peptoids seguita da analisi di sequenza mediante spettrometria di massa.

Video: Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique amino acid sequence, it is only realized by the folding of the polypeptide chain into a single defined three-dimensional arrangement or more commonly into an ensemble of interconverting conformations. Investigating the connection between protein conformation and its function is therefore essential for a complete understanding of how proteins are able to fulfill their great variety of tasks. One possibility to study conformational changes a protein undergoes while progressing through its functional cycle is hydrogen-1H/2H-exchange in combination with high-resolution mass spectrometry (HX-MS). HX-MS is a versatile and robust method that adds a new dimension to structural information obtained by e.g. crystallography. It is used to study protein folding and unfolding, binding of small molecule ligands, protein-protein interactions, conformational changes linked to enzyme catalysis, and allostery. In addition, HX-MS is often used when the amount of protein is very limited or crystallization of the protein is not feasible. Here we provide a general protocol for studying protein dynamics with HX-MS and describe as an example how to reveal the interaction interface of two proteins in a complex. &#160;&#160;

Protein conformation and dynamics are key to understanding the relationship between protein structure and function. Hydrogen exchange coupled with high-resolution mass spectrometry is a versatile method to study the conformational dynamics of proteins as well as characterizing protein-ligand and protein-protein interactions, including contact interfaces and allosteric effects.

Analizzando la dinamica delle proteine ​​che utilizzano l&#39;idrogeno Scambio Spettrometria di Massa

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

Ricerca

Chimica

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The analysis of volatile and oxidation sensitive compounds by mass spectrometry is not easily achieved, as all state-of-the-art mass spectrometric methods require at least one sample preparation step, e.g., dissolution and dilution of the analyte (electrospray ionization), co-crystallization of the analyte with a matrix compound (matrix-assisted laser desorption/ionization), or transfer of the prepared samples into the ionization source of the mass spectrometer, to be conducted under atmospheric conditions. Here, the use of a sample inlet system is described which enables the analysis of volatile metal organyls, silanes, and phosphanes using a sector field mass spectrometer equipped with an electron impact ionization source. All sample preparation steps and the sample introduction into the ion source of the mass spectrometer take place either under air-free conditions or under vacuum, enabling the analysis of compounds highly susceptible to oxidation. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes, which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique. The principle of operation is presented in this video.

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique.

Analisi di composti volatili sensibili e ossidazione utilizzando un sistema di aspirazione a freddo e impatto elettronico Spettrometria di Massa

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Visualization of Ambient Mass Spectrometry with the Use of Schlieren Photography

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This paper presents a protocol for the visualization of gaseous streams of an ambient ionization source using schlieren photography and mass spectrometry.

Visualizzazione di ambiente spettrometria di massa con l&#39;uso della fotografia Schlieren

This manuscript outlines how to visualize mass spectrometry ambient ionization sources using schlieren photography. In order to properly optimize the mass ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

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A protocol for characterizing chemical composition of exhaled breath in real time by using secondary nanoelectrospray ionization coupled to high resolution mass spectrometry is demonstrated.

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Analyzing Protein Architectures and Protein-Ligand Complexes by Integrative Structural Mass Spectrometry

Proteins are an important class of biological macromolecules that play many key roles in cellular functions including gene expression, catalyzing metabolic reactions, DNA repair and replication. Therefore, a detailed understanding of these processes provides critical information on how cells function. Integrative structural MS methods offer structural and dynamical information on protein complex assembly, complex connectivity, subunit stoichiometry, protein oligomerization and ligand binding. Recent advances in integrative structural MS have allowed for the characterization of challenging biological systems including large DNA binding proteins and membrane proteins. This protocol describes how to integrate diverse MS data such as native MS and ion mobility-mass spectrometry (IM-MS) with molecular dynamics simulations to gain insights into a helicase-nuclease DNA repair protein complex. The resulting approach provides a framework for detailed studies of ligand binding to other protein complexes involved in important biological processes.

Mass spectrometry (MS) has emerged as an important tool for the investigation of structure and dynamics of macromolecular assemblies. Here, we integrate MS-based approaches to interrogate protein complex formation and ligand binding.

Analisi di architetture di proteine e complessi proteina-ligando mediante spettrometria di massa strutturale integrativa

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Integrated Cell Manipulation Platform Coupled with the Single-probe for Mass Spectrometry Analysis of Drugs and Metabolites in Single Suspension Cells

Single cell mass spectrometry (SCMS) enables sensitive detection and accurate analysis of broad ranges of cellular species on the individual-cell level. The single-probe, a microscale sampling and ionization device, can be coupled with a mass spectrometer for on-line, rapid SCMS analysis of cellular constituents under ambient conditions. Previously, the single-probe SCMS technique was primarily used to measure cells immobilized onto a substrate, limiting the types of cells for studies. In the current study, the single-probe SCMS technology has been integrated with a cell manipulation system, typically used for in vitro fertilization. This integrated cell manipulation and analysis platform uses a cell-selection probe to capture identified individual floating cells and transfer the cells to the single-probe tip for microscale lysis, followed by immediate mass spectrometry analysis. This capture and transfer process removes the cells from the surrounding solution prior to analysis, minimizing the introduction of matrix molecules in the mass spectrometry analysis. This integrated setup is capable of SCMS analysis of targeted patient-isolated cells present in body fluids samples (e.g., urine, blood, saliva, etc.), allowing for potential applications of SCMS analysis to human medicine and disease biology.

An integrated cell manipulation platform is developed for use in conjunction with a single-probe mass spectrometry setup for the on-line analysis of individual suspension cells under ambient conditions.

Piattaforma di manipolazione cellulare integrata accoppiata con la sonda singola per l'analisi della spettrometria di massa di farmaci e metaboliti in singole cellule di sospensione

Single cell mass spectrometry (SCMS) enables sensitive detection and accurate analysis of broad ranges of cellular species on the individual-cell level. ...

Analysis of Complex Molecules and Their Reactions on Surfaces by Means of Cluster-Induced Desorption/Ionization Mass Spectrometry

Desorption/Ionization Induced by Neutral SO2 Clusters (DINeC) is employed as a very soft and efficient desorption/ionization technique for mass spectrometry (MS) of complex molecules and their reactions on surfaces. DINeC is based on a beam of SO2 clusters impacting on the sample surface at low cluster energy. During cluster-surface impact, some of the surface molecules are desorbed and ionized via dissolvation in the impacting cluster; as a result of this dissolvation-mediated desorption mechanism, low cluster energy is sufficient and the desorption process is extremely soft. Both surface adsorbates and molecules of which the surface is composed of can be analyzed. Clear and fragmentation-free spectra from complex molecules such as peptides and proteins are obtained. DINeC does not require any special sample preparation, in particular no matrix has to be applied. The method yields quantitative information on the composition of the samples; molecules at a surface coverage as low as 0.1 % of a monolayer can be detected. Surface reactions such as H/D exchange or thermal decomposition can be observed in real-time and the kinetics of the reactions can be deduced. Using a pulsed nozzle for cluster beam generation, DINeC can be efficiently combined with ion trap mass spectrometry. The matrix-free and soft nature of the DINeC process in combination with the MSn capabilities of the ion trap allows for very detailed and unambiguous analysis of the chemical composition of complex organic samples and organic adsorbates on surfaces.

Neutral SO2 clusters of low kinetic energy (&#60; 0.8 eV/constituent) are used to desorb complex surface molecules such as peptides or lipids for further analysis by means of mass spectrometry using an ion trap mass spectrometer. No special sample preparation is required, and real-time observation of reactions is possible.

Analisi delle molecole complesse e delle loro reazioni sulle superfici mediante mezzi di desorpazione/spettrometria di massa indotta da cluster

Desorption/Ionization Induced by Neutral SO2 Clusters (DINeC) is employed as a very soft and efficient desorption/ionization technique for mass ...

Capillary Electrophoresis-based Hydrogen/Deuterium Exchange for Conformational Characterization of Proteins with Top-down Mass Spectrometry

Resolving conformational heterogeneity of multiple protein states that coexist in solution remains one of the main obstacles in the characterization of protein therapeutics and the determination of the conformational transition pathways critical for biological functions, ranging from molecular recognition to enzymatic catalysis. Hydrogen/deuterium exchange (HDX) reaction coupled with top-down mass spectrometric (MS) analysis provides a means to characterize protein higher-order structures and dynamics in a conformer-specific manner. The conformational resolving power of this technique is highly dependent on the efficiencies of separating protein states at the intact protein level and minimizing the residual non-deuterated protic content during the HDX reactions. 
Here we describe a capillary electrophoresis (CE)-based variant of the HDX MS approach that aims to improve the conformational resolution. In this approach, proteins undergo HDX reactions while migrating through a deuterated background electrolyte solution (BGE) during the capillary electrophoretic separation. Different protein states or proteoforms that coexist in solution can be efficiently separated based on their differing charge-to-size ratios. The difference in electrophoretic mobility between proteins and protic solvent molecules minimizes the residual non-deuterated solvent, resulting in a nearly complete deuterating environment during the HDX process. The flow-through microvial CE-MS interface allows efficient electrospray ionization of the eluted protein species following a rapid mixing with the quenching and denaturing modifier solution at the outlet of the sprayer. The online top-down MS analysis measures the global deuteration level of the eluted intact protein species, and subsequently, the deuteration of their gas-phase fragments. This paper demonstrates this approach in differential HDX for systems, including the natural protein variants coexisting in milk.

Presented here is a protocol for a capillary electrophoresis-based hydrogen/deuterium exchange (HDX) approach coupled with top-down mass spectrometry. This approach characterizes the difference in higher-order structures between different protein species, including proteins in different states and different proteoforms, by conducting concurrent differential HDX and electrophoretic separation.

Scambio idrogeno/deuterio basato sull'elettroforesi capillare per la caratterizzazione conformazionale di proteine con spettrometria di massa top-down

Resolving conformational heterogeneity of multiple protein states that coexist in solution remains one of the main obstacles in the characterization of ...

Characterizing RNA Modifications in Single Neurons Using Mass Spectrometry

Post-transcriptional modifications (PTMs) of RNA represent an understudied mechanism involved in the regulation of translation in the central nervous system (CNS). Recent evidence has linked specific neuronal RNA modifications to learning and memory paradigms. Unfortunately, conventional methods for the detection of these epitranscriptomic features are only capable of characterizing highly abundant RNA modifications in bulk tissues, precluding the assessment of unique PTM profiles that may exist for individual neurons within the activated behavioral circuits. In this protocol, an approach is described&#8212;single-neuron RNA modification analysis by mass spectrometry (SNRMA-MS)&#8212;to simultaneously detect and quantify numerous modified ribonucleosides in single neurons. The approach is validated using individual neurons of the marine mollusk, Aplysia californica, beginning with surgical isolation and enzymatic treatment of major CNS ganglia to expose neuron cell bodies, followed by manual single-neuron isolation using sharp needles and a micropipette. Next, mechanical and thermal treatment of the sample in a small volume of buffer is done to liberate RNA from an individual cell for subsequent RNA digestion. Modified nucleosides are then identified and quantified using an optimized liquid chromatography-mass spectrometry method. SNRMA-MS is employed to establish RNA modification patterns for single, identified neurons from A. californica that have known morphologies and functions. Examples of qualitative and quantitative SNRMA-MS are presented that highlight the heterogeneous distribution of RNA modifications across individual neurons in neuronal networks.

Post-transcriptional modifications of RNA represent an understudied layer of translation regulation that has recently been linked to central nervous system plasticity. Here, sample preparation and liquid chromatography-tandem mass spectrometry approach is described for simultaneous characterization of numerous RNA modifications in single neurons.

Caratterizzazione delle modifiche dell'RNA in singoli neuroni utilizzando la spettrometria di massa

Post-transcriptional modifications (PTMs) of RNA represent an understudied mechanism involved in the regulation of translation in the central nervous ...