Name: plant-microbe interaction: transcriptional response of bacillus mycoides to potato root exudates
Uploaded: 2018-07-02T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 59 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates at JoVE.com

Jakob Viel onun yararlı yorumlar ve öneriler için teşekkür ederiz. Biz de Anne de Jong Biyoinformatik Analizi onun yardım için teşekkür ederim. Yanglei Yi ve Zhibo Li Çin burs Konseyi (CSC) tarafından desteklenir. NWO-TTW Perspectief başına Programma Back2Roots teşekkür ediyoruz (TKI-AF-15510) OPK için finansal destek için.

1. patates steril koşullarda takımıdır
<ol><li>Patates yüzey steril su ile durulayın. % 70 etanol ve daha sonra 5 min için %3 Sodyum hipoklorit patates yıkayın. Tekrar kalan herhangi bir sodyum hipoklorit kaldırmak için steril su ile durulayın.</li>
	<li>Takımıdır ve patates yumrular büyüyen için gerekli malzemeleri hazırlamak; plastik kap, engraftment sepetleri, vermikülit, sterilize ve ısıyla tarafından 20 dk için 121 ° C'de su. Not: kullanılan tüm malzemelerin autoclavable olduğundan emin olun. Aksi takdirde, sterilizing diğer yöntemleri kullanın.</li>
	<li>Engraftment sepet içine yüzey sterilize patates bağlayıp bu ıslak vermikülit içeren autoclaved bir tencereye koyun.</li>
	<li>Pot bir iklim odasında 24 ° C'de üç hafta boyunca devam et. 16 h ışık (120 µmol m-2s-1) ve karanlığın 8 h döngüleri üzerinde ayarlayın. Mikrobiyal contaminations önlemek için bir büyük cam elyaf kutu kapak pot kullanın.</li>
</ol>2. toplama patates kök Exudates
<ol><li>Sürgünler filiz, transfer autoclaved deiyonize su ile 150 mL steril bir kabı içine bütün patates sepetle doldurdu ile patates yumrular su yüzeyi ve kökleri yer sular altında suda (bkz. Şekil 1). Fide iklim odasında tutmak ve aynı ayarları daha önce olduğu gibi [24 ° C; ışık (120 µmol m-2s-1), karanlığın 8 h 16 h döngüleri] kullanın.</li>
	<li>İkinci gün, gelen su exudates içeren toplamak ve kabı steril deiyonize su ile doldurma. Örnekleme gerçekleştirmek fide aktarma sonra yedinci güne kadar her gün.</li>
	<li>Her örnek ayrı olarak 4 ° C'de depolayın Her örnek için Luria Bertani üzerinde 100 µL yaymak (LB; % 1'tryptone, % 0.5 maya ekstresi, % 0.5 NaCl) agar plaka için mikrobiyal contaminations kontrol etmek için. Kirlenmiş örnekleri atmak.</li>
	<li>Bir fide toplanan örnekleri birleştirir ve onları onları-40 ° c ile 150 mL son hacmi dağılması konsantre.</li>
</ol>3. büyüyen bakteriler
<ol><li>B. mycoides zorlanma bir LB agar plaka üzerine bir-80 ° C gliserol stoktan çizgi ve 30 ° c plaka gecede kuluçkaya.</li>
	<li>Bir koloni plaka ile bir LB sıvı orta aşılamak ve 30 ° C'de gecede 200 devirde titreyen bir kuluçka kültür büyümek</li>
</ol>4. tedavi ve bakterilerin örnekleme
<ol><li>Bir negatif kontrol için kök exudates ile tedavi bakterilerin büyüme eğrisi karşılaştırmak için bir dizi içeren LB sıvı orta 50 mL şişe hazırlayın. Tüm şişeler için gecede bakteriyel kültürünün 0.5 mL ekleyin ve % 0, % 5, % 10 veya % 15 (v/v) kök çıktı ya da steril deiyonize suyla orta olarak sırasıyla ekleyin.</li>
	<li>Bir kültür deiyonize su kök exudates yerine bir denetim olarak kullanın. 600 optik yoğunluk ölçmek nm (OD600) her 1 saat sonra. OD600 değerleri zaman karşı komplo tarafından bir büyüme eğrisi oluşturur. Not: Biz kök exudates yüzde 10'u B. mycoides gelişimini etkilemez mi gördüm (bkz: Şekil 2); Bu oran RNA-seq deneyler için kullanıldı.</li>
	<li>Bir gecede B. mycoides kültürü ile önceden ısıtılmış LB orta ve ilk doz600 itibaren 90 mL seyreltik ~ 0,05 bir 300 mL şişe içinde. Kültür için kök exudates 10 mL ekleyin ve 1 h için 30 ° C'de kuluçkaya.</li>
	<li>10 mL steril deiyonize su arıtma bir denetim olarak kullanın. Santrifüjü 9000 x g 4 ° C'de 2 min için de tarafından kültür hücreleri toplamak Süpernatant, atmak ve hemen Pelet sıvı azot içinde dondurmak, sonra-80 ° C'de kullanmak kadar saklamak.</li>
</ol>5. RNA izolasyon
Not: yalıtım başlamadan önce tezgah, raflar ve pipetler RNase dekontaminasyon çözümünü ile temizleyerek hazırlayın ( Tablo malzemelerigörmek). Her zaman eldiven ve tüm tüpler, keyif ve çözümleri RNase ücretsiz olduğundan emin olun. Her zaman örnekleri buz mümkün olduğunda üzerinde tutun.
<ol><li>Ultrasaf Su (100 mL solüsyon başına DEPC, 100 µL) %0.1 dietil pyrocarbonate (DEPC) (v/v) eklemek, iyice karıştırın ve bir gecede oda sıcaklığında saklayın. Otoklav karışımı gece tedaviden sonra DEPC devre dışı bırakabilirsiniz. TE arabellek hazırlamak için bu DEPC tedavi ultrasaf su kullanın [10 mM Tris-HCl (pH = 8); 1 mM EDTA] ve % 10 SDS (w/v) çözüm.</li>
	<li>Hücre topakları buz çözme ve her biri 400 µL TE (DEPC) arabelleği askıya alma. Süspansiyonlar 2 mL vidalı kapak tüpler içine aktarın.</li>
	<li>Kloroform izoamil alkol (24:1 v/v) 300 µL ve fenol (asit fenol, RNA sınıf) 300 µL premix ve 5 min için durmak karışım izin verin. Resuspended hücrelere eklemek için organik üst aşaması 500 µL al. Daha sonra 50 µL % 10 SDS ve cam boncuk (0.5 µm) 0.5 g tüp içine ekleyin.</li>
	<li>Kapağı sıkıca kapatın ve bir boncuk-değirmen homogenizer tüpü yerleştirin (bkz. Tablo malzeme). 3 × 45 s darbe homojenizasyon 1dk aralığı ile buz üzerinde gerçekleştirin.</li>
	<li>Örnekleri için 11.000 x g (4 ° C) de 10 dk santrifüj kapasitesi ve üst aşaması için yeni bir tüp aktarın.</li>
	<li>Kloroform izoamil alkol (24:1) 500 µL üst aşamaya adım 5.5 ekleyin ve karışımı 11.000 x g (4 ° C) de 5 dk santrifüj kapasitesi. Not: Aşağıdaki adımları bir ticari cam elyaf filtre tabanlı RNA izolasyon üreticinin yönergesinden modifiye edildi ( Tablo malzemelerigörmek) kit.</li>
	<li>500 µL üst aşaması için taze bir tüp transferi, 2 cilt (1 mL) bir lizis/bağlama arabellek ve yukarı ve aşağı pipetting tarafından karıştırın.</li>
	<li>Filtre ve toplama tüpler (gelen RNA izolasyon kit) birleştirin ve filtre boru 5.7. adımdaki karışıma pipette. 15 tüpler santrifüj kapasitesi 8000 x g ve atma akışı aracılığıyla s.</li>
	<li>DNaz arabelleği, DNaz 10 µL 100 µL tüplerini microcentrifuge 1,5 mL hazırlamak ben ve 5 µL bir RNase inhibitörü ( Tablo malzemelerigörmek). Filtre tüp filtre üzerinde hazır çözüm mix ekleyin ve 20-30 dk 15-25 ° C'de için kuluçkaya</li>
	<li>Üreticinin yönerge göre çamaşır adımları gerçekleştirin. 50 µL elüsyon arabelleği RNA elute için kullanın.</li>
	<li>-80 ° C'de eluted RNA kaydedin ve çevresinde bir plastik parafin film koymak. Aynı zamanda, bir kaç microliters örnek bir kalite denetimi gerçekleştirmek için 1.5 mL microcentrifuge tüp aktarın.</li>
</ol>6. RNA kalite kontrol ve sıralama
<ol><li>RNA microvolume Spektrofotometre ile kontrol edin. Not: 260/280 oranlarıyla absorbans 1.8 olmalıdır ve 260/230 oranlarıyla en az 1,8, tercihen 2.0 yukarıda yukarıda olmalıdır.</li>
	<li>Çalıştır tavsiye RNA analizi kullanarak bir otomatik Elektroforez alet arıtılmış RNA kiti ( Tablo malzemelerigörmek); RNA bütünlüğü (RIN) en az 7 devam etmek için olmalıdır.</li>
	<li>RNA 3 µg örnek başına toplam miktarı bir RNA-Seq Kütüphane hazırlık kitaplıklarıyla oluşturmak için kullanın (bkz. Tablo reçetesi) kit üreticinin önerilerini takip. Not: Yüksek işlem hacmi sıralama platformda Kütüphane hazırlıklar sıralı ve eşleştirilmiş uç okuma oluşturuldu.</li>
</ol>7. veri analizi Web tabanlı boru hattı T-REx
<ol><li>Bir kalite FASTX-Toolkit sürüm 0.0.13 kullanarak filtreleme gerçekleştirmek (> 20 Kalite Puanlarını Phred). Trimmomatic aracı ile bağdaştırıcısı dizilerinden ham RNA-Seq okuma kırpın. Not: Yüksek kalite ile temiz veri aşağı akım analizleri dayalı idi.</li>
	<li>B. mycoides ATCC 6462 NCBI genom veritabanı indir (NCBI katılım No: CP009692.1) ve Bowtie2/2.2.3 kullanarak temiz okuma eşlemek için bir başvuru genom kullanabilirsiniz.</li>
	<li>Kullanım HTSeq v0.6.1 okunma sayıları saymak için her gen için eşlenen ve okuma transkript milyon eşlenen okuma (RPKM) her gen başına kilobaz başına bu gen için eşlenen gen ve Okunma sayısı uzunluğu temel.</li>
	<li>T-REx boru hattı tarafından veri analizi için RPKM tablo giriş yanı sıra üç açıklayıcı dosya kullanın: faktörler, deneyde hangi faktörler farklı gen ekspresyonu için Karşılaştırılacak tanımlamak için (II) bir tezat dosya tanımlamak için (i) bir faktörler dosya ve (iii) genleri ilgi grupları tanımlamak için bir sınıf dosyası. Not: İn.txt biçimde açıklayıcı dosyalarıdır. Örnekler T-REx (http://genome2d.molgenrug.nl/) Web sayfasında bulunabilir. T-REx kullanarak veri analizi için ayrıntılı bir talimat önceki yayında de Jong vd tarafından bulunabilir 14.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Haichar, F. e. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+host+habitat+and+root+exudates+shape+soil+bacterial+community+structure.">Plant host habitat and root exudates shape soil bacterial community structure.</a> The ISME Journal: Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology. 2 (12), 1221-1230 (2008).</li><li>Badri, D. V., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+root+exudates.">Regulation and function of root exudates.</a> Plant, Cell &amp; Environment. 32 (6), 666-681 (2009).</li><li>Rohrbacher, F., St-Arnaud, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+exudation:+the+ecological+driver+of+hydrocarbon+rhizoremediation.">Root exudation: the ecological driver of hydrocarbon rhizoremediation.</a> Agronomy Journal. 6 (1), 19 (2016).</li><li>Mark, G. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome+profiling+of+bacterial+responses+to+root+exudates+identifies+genes+involved+in+microbe-plant+interactions.">Transcriptome profiling of bacterial responses to root exudates identifies genes involved in microbe-plant interactions.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (48), 17454-17459 (2005).</li><li>Fan, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptomic+profiling+of+Bacillus+amyloliquefaciens+FZB42+in+response+to+maize+root+exudates.">Transcriptomic profiling of Bacillus amyloliquefaciens FZB42 in response to maize root exudates.</a> BMC Microbiology. 12 (1), 116 (2012).</li><li>Yoshitomi, K. J., Shann, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Corn+(Zea+mays+L.)+root+exudates+and+their+impact+on+14C-pyrene+mineralization.">Corn (Zea mays L.) root exudates and their impact on 14C-pyrene mineralization.</a> Soil Biology and Biochemistry. 33 (12), 1769-1776 (2001).</li><li>Lambert, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clover+root+exudate+produces+male-biased+sex+ratios+and+accelerates+male+metamorphic+timing+in+wood+frogs.">Clover root exudate produces male-biased sex ratios and accelerates male metamorphic timing in wood frogs.</a> Royal Society Open Science. 2 (12), (2015).</li><li>Tuason, M. M. S., Arocena, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+organic+acid+exudates+and+properties+of+rhizosphere+soils+of+white+spruce+(Picea+glauca)+and+subalpine+fir+(Abies+lasiocarpa).">Root organic acid exudates and properties of rhizosphere soils of white spruce (Picea glauca) and subalpine fir (Abies lasiocarpa).</a> Canadian Journal of Soil Science. 89 (3), 287-300 (2009).</li><li>Grayston, S. J., Vaughan, D., Jones, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizosphere+carbon+flow+in+trees,+in+comparison+with+annual+plants:+the+importance+of+root+exudation+and+its+impact+on+microbial+activity+and+nutrient+availability.">Rhizosphere carbon flow in trees, in comparison with annual plants: the importance of root exudation and its impact on microbial activity and nutrient availability.</a> Applied Soil Ecology. 5 (1), 29-56 (1997).</li><li>Rovira, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+root+exudates.">Plant root exudates.</a> Botanical Review. 35 (1), 35-57 (1969).</li><li>Bargabus, R. L., Zidack, N. K., Sherwood, J. E., Jacobsen, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+systemic+resistance+in+sugar+beet+elicited+by+a+non-pathogenic,+phyllosphere-colonizing+Bacillus+mycoides,+biological+control+agent.">Characterisation of systemic resistance in sugar beet elicited by a non-pathogenic, phyllosphere-colonizing Bacillus mycoides, biological control agent.</a> Physiological and Molecular Plant Pathology. 61 (5), 289-298 (2002).</li><li>Peng, Y. -. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inhibition+of+cucumber+Pythium+damping-off+pathogen+with+zoosporicidal+biosurfactants+produced+by+Bacillus+mycoides.">Inhibition of cucumber Pythium damping-off pathogen with zoosporicidal biosurfactants produced by Bacillus mycoides.</a> Journal of Plant Diseases and Protection. 124 (5), 481-491 (2017).</li><li>Ambrosini, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diazotrophic+bacilli+isolated+from+the+sunflower+rhizosphere+and+the+potential+of+Bacillus+mycoides+B38V+as+biofertiliser.">Diazotrophic bacilli isolated from the sunflower rhizosphere and the potential of Bacillus mycoides B38V as biofertiliser.</a> Annals of Applied Biology. 168 (1), 93-110 (2016).</li><li>de Jong, A., van der Meulen, S., Kuipers, O. P., Kok, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-REx:+transcriptome+analysis+webserver+for+RNA-seq+expression+data.">T-REx: transcriptome analysis webserver for RNA-seq expression data.</a> BMC Genomics. 16 (1), 663 (2015).</li><li>Yi, Y., de Jong, A., Frenzel, E., Kuipers, O. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+transcriptomics+of+Bacillus+mycoides+strains+in+response+to+potato-root+exudates+reveals+different+genetic+adaptation+of+endophytic+and+soil+isolates.">Comparative transcriptomics of Bacillus mycoides strains in response to potato-root exudates reveals different genetic adaptation of endophytic and soil isolates.</a> Frontiers in Microbiology. 8, 1487 (2017).</li><li>Nwokeoji, A. O., Kilby, P. M., Portwood, D. E., Dickman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNASwift:+a+rapid,+versatile+RNA+extraction+method+free+from+phenol+and+chloroform.">RNASwift: a rapid, versatile RNA extraction method free from phenol and chloroform.</a> Analytical Biochemistry. 512, 36-46 (2016).</li><li>Ramirez-Gonzalez, R. H., Bonnal, R., Caccamo, M., MacLean, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bio-samtools:+Ruby+bindings+for+SAMtools,+a+library+for+accessing+BAM+files+containing+high-throughput+sequence+alignments.">Bio-samtools: Ruby bindings for SAMtools, a library for accessing BAM files containing high-throughput sequence alignments.</a> Source Code for Biology and Medicine. 7 (1), 6 (2012).</li><li>Quinlan, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BEDTools:+the+Swiss-army+tool+for+genome+feature+analysis.">BEDTools: the Swiss-army tool for genome feature analysis.</a> Current Protocols in Bioinformatics. , (2014).</li><li>Boria, I., Boatti, L., Pesole, G., Mignone, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NGS-trex:+next+generation+sequencing+transcriptome+profile+explorer.">NGS-trex: next generation sequencing transcriptome profile explorer.</a> BMC Bioinformatics. 14 (7), S10 (2013).</li></ol>

Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.

Bitki-mikrop etkileşimleri bakteri ve bitkiler arasındaki ince ayarlı bir denge tarafından belirlenecek olan. Bu tür etkileşimler son derece karmaşık ve zor çalışma için doğal bir sistemde, hangi oluşur çeşitli mikrobiyal türler, potansiyel olarak konsorsiyum hareket. Bu kağıt bakteriyel yanıt-e doğru kök exudates iyi kontrollü şartlar altında çalışmak için basitleştirilmiş bir protokolünü açıklar. Rhizobacteria, kök exudates, maruz kalma üzerine transcriptome profil bakteriyel uyum r...

Bitkiler fotosentez kökleri aracılığıyla sırasında sabit rizosferde1, yani, toprak kökleri yakınındaki dar bölge içine karbon % 20'e kadar çıktı olabilir. Daha yüksek besin durumu nedeniyle, rizosferde bitki büyüme teşvik bakteriler de dahil olmak üzere çeşitli mikroorganizmalar için uygun bir yaşam alanı olduğunu. Kök exudates inorganik bileşikler iyonları, İnorganik asitler, oksijen ve su gibi bir dizi içerir. Ancak, kök exudates çoğunluğu düşük moleküler ağırlıklı bileşikler ve yüksek moleküler ağırlıklı bileşikler ayrılabilir organik maddeler tarafından oluşturulur. Düşük moleküler ağırlıklı bileşikler amino asitleri, organik asitler, şekerler, fenolik bileşikler, yağ asitleri ve sekonder metabolitler bir dizi içerir. Yüksek molekül ağırlıklı bileşikler zamk ve proteinler2,3/ oluşur. Rizosferde mikroorganizmaların bu bileşiklerin bazıları büyüme ve gelişme için bir enerji kaynağı olarak kullanabilirsiniz. Kök exudates exudates bitki üretilen bileşikler belirli genlerin ifade etkileyen bakteriler rizosferde ilişkili davranışını etkileyebilir beri rhizobacterial topluluk şekillenmesinde önemli bir rol oynamaktadır.
Bakteriyel yanıt-e doğru kök exudates anlama bitki-mikrop etkileşim mekanizmaları deşifre önemli bir adımdır. Bakteriyel yanıt-e doğru bitki-mikrop etkileşimleri farklı gen ekspresyonu ürün olduğu için transcriptome analizi ile okudu olabilir. Bu yöntemi kullanarak, önceki çalışmalarda birkaç önemli genler bitki-mikrop etkileşimlerde yer tespit edilmiştir. Pseudomonas aeruginosaiçinde genlerin metabolizma, kemotaksis ve tip II salgı şeker pancarı kök exudates4' e cevap gösterilmiştir. Fan ve ark. 5 yanıt olarak Mısır kök exudates B. amyloliquefaciens FZB42 transcriptomic profilleme okudu. Güçlü kök exudates tarafından indüklenen genler, çeşitli gruplar metabolik yollar besin kullanımı, kemotaksis, hareketliliği ve ribozomal sigara Sentezi antimikrobiyal peptidler ve polyketides ilgili söz konusu olduğunu, bunların sonuçları göster.
Bu çalışmalar doğruluğunu kök exudates koleksiyon üzerinde dayanır. Her ne kadar çeşitli yöntemler farklı amaçlar için kök exudates topluluğu tarif var, sofistike aletleri talep ya da iyi denetlenen koşullar6,7,8' gerçekleştirilmez. Ayrıca, rizosferde inhibe mikroorganizmalar bitki hücre membran geçirgenliği etkileyen kök çıktı kompozisyon etkileyebilir ve konsorsiyumlar mikroorganizmaların9durumunda özellikle kök dokulara zarar. Kök exudates mikrobiyal cevaben araştırıyor tarafından diğer mikroorganizmalar10bileşikleri değiştirilmesini önlemek için iyi tanımlanmış koşulları kullanmak önemlidir. Ayrıca, RNA-seq tabanlı transcriptome çalışmaları için yüksek kaliteli RNA gereklidir. Ancak, modeli bakteri suşları ile uğraşırken, standart protokolleri veya ticari kitleri genellikle düşük verimlilik bilinmeyen faktörler veya özel büyüme özellikleri nedeniyle var.
Burada açıklanan protokol Firmicute şube bir gram-pozitif, spor oluşturan bakteri olan B. mycoides,'ı kullanarak doğrulandı. Çeşitli bitki türlerinin rizosferde içinde her yerde. Şeker pancarı11, sönümleme-off patojen Pythium salatalık12yanı sıra azot inhibisyonu indüksiyon sistematik direnç (ISR) dahil olmak üzere bu tür için birkaç bitki büyüme teşvik özellikleri bildirilmiştir Ayçiçeği rizosferde13fiksasyonu. Ancak, bir ana bitki ile etkileşimi moleküler mekanizmaları iyi okudu değil.
Burada sunulan deneyler amacı endosphere izole B. mycoides transcriptomic yanıt patates kök exudates için incelemektir. Kısacası, protokol aşağıdaki adımlardan oluşur: Birincisi, patates kök exudates Steril koşullar altında toplamak. Sonra yüksek kaliteli RNA bakteri hücreleri kök exudates ile tedavi ayıklamak. Son adım, web tabanlı T-REx boru hattı14kullanarak veri analizidir. Bu iletişim kuralı ifade düzeylerinde kök-exudates ile temas üzerine bir kayma göstermek ve böylece bitki-mikrop etkileşimlerde önemli bir rol oynayabileceği B. mycoides genlerin tanımlamak için kullanıldı.

<table><tbody><tr><td>sodium hypochlorite</td><td>Sigma</td><td>&amp;nbsp;CAS: 7681-52-9&amp;nbsp;</td><td>10-15%&amp;nbsp; active chlorine</td></tr><tr><td>Luria-Bertani (LB) broth</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>incubater</td><td>New Brunswick Scientific</td><td>Innova 4000</td><td></td></tr><tr><td>spectrophotometer</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Genesys 20</td><td></td></tr><tr><td>liquid nitrogen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>glass beads</td><td>Sigma</td><td>G8893</td><td>0.5 &amp;micro;m</td></tr><tr><td>2.0 ml tube with screw cap</td><td></td><td></td><td>RNase free</td></tr><tr><td>1.5 ml and 2.0 ml eppendorf tube</td><td></td><td></td><td>RNase free</td></tr><tr><td>Bead mill homogenizer</td><td>BioSpec</td><td>607</td><td>Mini_beadbeater</td></tr><tr><td>centrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5430</td><td></td></tr><tr><td>Diethyl pyrocarbonate (DEPC)</td><td>sigma</td><td>CAS: 1609-47-8</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td><td>sigma</td><td>CAS: 151-21-3&amp;nbsp;</td><td>10% solution prepared with DEPC treated MQ water</td></tr><tr><td>TE buffer</td><td></td><td></td><td>10 mM Tris-HCl; 1 mM EDTA, pH=8</td></tr><tr><td>phenol</td><td>Sigma</td><td></td><td>RNA grade</td></tr><tr><td>chloroform-isoamyl alcohol&amp;nbsp;</td><td></td><td></td><td>prepare 24:1 of chloroform:isoamyl alcohol, store at room temperature</td></tr><tr><td>High pure RNA isolation kit</td><td>Roche</td><td>11828665001</td><td></td></tr><tr><td>RNase Decontamination Solution</td><td>Invitrogen</td><td>AM9780</td><td>RNase-Zap</td></tr><tr><td>Automated electrophoresis instrument</td><td>Agilent</td><td>2100</td><td>Bioanalyzer</td></tr><tr><td>Microvolume spectrophotometer</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Nanodrop ND-1000</td><td></td></tr><tr><td>RNA quality analysis kit</td><td>Agilent</td><td>RNA 6000 Nano kit&amp;nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>RNase inhibitor</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>RiboLock</td><td></td></tr><tr><td>Directional RNA library Prep kit</td><td>NEB</td><td>Ultra</td><td>For Illumina</td></tr></tbody></table>

plant-microbe interaction: transcriptional response of bacillus mycoides to potato root exudates

Yararlı bitki ilişkili bakterilerin büyüme teşvik ve bitkilerde hastalık önleme önemli bir rol oynamaktadır. Bitki büyüme teşvik rhizobacteria (PGPR) uygulama biofertilizers veya biyolojik ajanlar olarak geleneksel gübre kullanımı için etkili bir alternatif haline gelmiştir ve düşük maliyetle ürün verimliliği artırabilir. Bitki-mikrop etkileşimler ana bitki salgılanan sinyalleri ve onların ilişkili bakteriler tarafından bu andan bir tepki bağlıdır. Ancak, nasıl yararlı bakteriler moleküler mekanizmaları için bunların ilişkili bitki kaynaklı sinyalleri tam olarak anlaşılamamıştır yanıt. Kök exudates bakteri transcriptomic yanıtı değerlendirirken bakteri gen ekspresyonu ve yönetmelik rhizospheric koşullar altında belirlemek için güçlü bir yaklaşımdır. Böyle bir bilgiye temel mekanizmaları bitki-mikrop etkileşimleri dahil anlamak gereklidir. Bu kağıt B. mycoides EC18, patates endosphere patates kök exudates için izole bir yük transcriptomic yanıt çalışmaya detaylı bir protokolünü açıklar. Son yüksek üretilen iş sıralama teknolojisi sayesinde, bu iletişim kuralı birkaç hafta ve üretmek büyük veri kümeleri olarak gerçekleştirilebilir. İlk olarak, kök exudates sonra bunlar B. mycoides kültürler için eklenir steril koşullarda topluyoruz. Bu kültürlerden RNA ticari bir kit ile kombine ve kalite kontrol için otomatik Elektroforez enstrüman tarafından tabi fenol/kloroform yöntemini kullanarak ayrı tutulur. Sonra sıralama, veri analizi T-REx örümcek ağı-esaslı boru hattı ile gerçekleştirilir ve bir grup differentially ifade genlerin tanımlanır. Bu yöntem bakteriyel genler bitki-mikrop etkileşimlerde yer üzerinde yeni keşifler kolaylaştırmak için yararlı bir araçtır.

Bitki ilişkili mikroorganizmalar bitki büyüme ve Sağlık olumlu etkileyebilir. Ancak, bitkiler ve onların mikrobiyal simbiont arasındaki karmaşık etkileşimler mekanizmaları tam olarak anlaşılmış değildir. Kök exudates rhizobacterial etkinliği ve davranış düzenlenmesinde önemli bir rol oynamaktadır ve genellikle kökleri mikrobiyal kolonizasyon mikroplar kök exudates için cazibe olan başlatır öne ise. Bu çalışmanın amacı, rhizobacterial B. mycoides ...

Watch this Scientific Journal Video about Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates at JoVE.com

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

Burada sunulan Protokolü amacı endosphere izole Bacillus mycoides transcriptomic yanıt patates kök exudates için incelemektir. Bu yöntem önemli bakteriyel genler bitki-mikrop etkileşimlerde yer tanımlamasını kolaylaştırır ve prensip olarak diğer endophytes ve bitkilerle küçük ayarlamalar için geçerli olduğunu.

Bitki-mikrop etkileşim: Transkripsiyon yanıt Bacillus Mycoides patates kök Exudates için

Beneficial plant-associated bacteria play an important role in promoting growth and preventing disease in plants. The application of plant ...

plant-microbe-interaction-transcriptional-response-bacillus-mycoides

Research

JoVE Journal

Biology

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

12.5K Görüntüleme.  University of Groningen. Burada sunulan Protokolü amacı endosphere izole Bacillus mycoides transcriptomic yanıt patates kök exudates için incelemektir. Bu yöntem önemli bakteriyel genler bitki-mikrop etkileşimlerde yer tanımlamasını kolaylaştırır ve prensip olarak diğer endophytes ve bitkilerle küçük ayarlamalar için geçerli olduğunu.

Video: Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation of Potato and the Promoter Activity of a Suberin Gene by GUS Staining

Agrobacterium sp. is one of the most widely used methods to obtain transgenic plants as it has the ability to transfer and integrate its own T-DNA into the plant&#39;s genome. Here, we present two transformation systems to genetically modify potato (Solanum tuberosum) plants. In A. tumefaciens transformation, leaves are infected, the transformed cells are selected and a new complete transformed plant is regenerated using phytohormones in 18 weeks. In A. rhizogenes transformation, stems are infected by injecting the bacteria with a needle, the new emerged transformed hairy roots are detected using a red fluorescent marker and the non-transformed roots are removed. In 5-6 weeks, the resulting plant is a composite of a wild type shoot with fully developed transformed hairy roots. To increase the biomass, the transformed hairy roots can be excised and self-propagated. We applied both Agrobacterium-mediated transformation methods to obtain roots expressing the GUS reporter gene driven by a suberin biosynthetic gene promoter. The GUS staining procedure is provided and allows the cell localization of the promoter induction. In both methods, the transformed potato roots showed GUS staining in the suberized endodermis and exodermis, and additionally, in A. rhizogenes transformed roots the GUS activity was also detected in the emergence of lateral roots. These results suggest that A. rhizogenes can be a fast alternative tool to study the genes that are expressed&#160;in roots.

Agrobacterium tumefaciens and Agrobacterium rhizogenes-Mediated Transformation of Potato and the Promoter Activity of a Suberin Gene by GUS Staining

Here, we present two protocols to transform potato plants. The Agrobacterium tumefaciens transformation leads to a complete transgenic plant while the Agrobacterium rhizogenes produces transgenic hairy roots in a wild type shoot that can be self-propagated. We then detect promoter activity by GUS staining in the transformed roots.

Agrobacterium tumefaciens ve Agrobacterium rhizogenes-aracılı dönüştürme, patates ve GUS Staining tarafından Suberin gen organizatörü etkinliği

Agrobacterium sp. is one of the most widely used methods to obtain transgenic plants as it has the ability to transfer and integrate its own T-DNA into ...

Çevre

Detached Leaf Assays to Simplify Gene Expression Studies in Potato During Infestation by Chewing Insect Manduca sexta

The multitrophic nature of gene expression studies of insect herbivory demands large numbers of biological replicates, creating the need for simpler, more streamlined herbivory protocols. Perturbations of chewing insects are usually studied in whole plant systems. While this whole organism strategy is popular, it is not necessary if similar observations can be replicated in a single detached leaf. The assumption is that basic elements required for signal transduction are present within the leaf itself. In the case of early events in signal transduction, cells need only to receive the signal from the perturbation and transmit that signal to neighboring cells which are assayed for gene expression.
The proposed method simply changes the timing of the detachment. In whole plant experiments, larvae are confined to a single leaf which is eventually detached from the plant and assayed for gene expression. If the order of excision is reversed, from last in whole plant studies, to first in the detached study, the feeding experiment is simplified.
Solanum tuberosum var. Kennebec is propagated by nodal transfer in a simple tissue culture medium and transferred to soil for further growth if desired. Leaves are excised from the parent plant and relocated to Petri dishes where the feeding assay is conducted with the larval stages of M. sexta. Damaged leaf tissue is assayed for the expression of relatively early events in signal transduction. Gene expression analysis identified infestation-specific Cys2-His2 (C2H2) transcription factors, confirming the success of using detached leaves in early response studies. The method is easier to perform than whole plant infestations and uses less space.

The presented method creates natural herbivore damaged plant tissue through the application of Manduca sexta larvae to detached leaves of potato. The plant tissue is assayed for expression of six transcription factor homologs involved in early responses to insect herbivory.

Müstakil yaprak özendirme, Çiğneme böcek Manduca Sexta tarafından Infestation sırasında patates gen Ifade çalışmaları basitleştirmek için

The multitrophic nature of gene expression studies of insect herbivory demands large numbers of biological replicates, creating the need for simpler, more ...

Potato Virus X-Based microRNA Silencing (VbMS) In Potato.

Virus-based microRNA silencing (VbMS) is a rapid and efficient tool for functional characterization of microRNAs (miRNAs) in plants. The VbMS system has been developed and applied for various plant species including Nicotiana benthamiana, tomato, Arabidopsis, cotton, and monocot plants such as wheat and maize. Here, we describe a detailed protocol using PVX-based VbMS vectors to silence endogenous miRNAs in potato. To knock down the expression of a specific miRNA, target mimic (TM) molecules of miRNA of interest are designed, integrated into plant virus vectors, and expressed in potato by Agrobacterium infiltration to bind directly to the endogenous miRNA of interest and block its function.

Potato Virus X-Based microRNA Silencing VbMS In Potato.

We present a detailed protocol for potato virus X (PVX)-based microRNA silencing (VbMS) system to functionally characterize endogenous microRNAs (miRNAs) in potato. Target mimic (TM) molecules of miRNA of interest are integrated into the PVX vector and transiently expressed in potato to silence the target miRNA or miRNA family.

Patates virüsü X bazlı mikroRNA Susturma (VbMS) Patateste.

Virus-based microRNA silencing (VbMS) is a rapid and efficient tool for functional characterization of microRNAs (miRNAs) in plants. The VbMS system has ...

Inoculation Strategies to Infect Plant Roots with Soil-Borne Microorganisms

The rhizosphere harbors a highly complex microbial community in which plant roots are constantly challenged. Roots are in close contact with a wide variety of microorganisms, but studies on soil-borne interactions are still behind those performed on aboveground organs. Although some inoculation strategies for infecting model plants with model root pathogens are described in the literature, it remains difficult to get a comprehensive methodological overview. To address this problem, three different root inoculation systems are precisely described that can be applied to gain insights into the biology of root-microbe interactions. For illustration, Verticillium species (namely, V. longisporum and V. dahliae) were employed as root invading model pathogens. However, the methods can be easily adapted to other root colonizing microbes - both pathogenic and beneficial. By colonizing the plant xylem, vascular soil-borne fungi such as Verticillium spp. exhibit a unique lifestyle. After root invasion, they spread via the xylem vessels acropetally, reach the shoot, and elicit disease symptoms. Three representative plant species were chosen as model hosts: Arabidopsis thaliana, economically important oilseed rape (Brassica napus), and tomato (Solanum lycopersicum). Step-by-step protocols are given. Representative results of pathogenicity assays, transcriptional analyses of marker genes, and independent confirmations by reporter constructs are shown. Furthermore, the advantages and disadvantages of each inoculation system are thoroughly discussed. These proven protocols can assist in providing approaches for research questions on root-microbe interactions. Knowing how plants cope with microbes in the soil is crucial for developing new strategies to improve agriculture.

This protocol presents a detailed summary of strategies to inoculate plant roots with soil-borne microbes. Exemplified for the fungi Verticillium longisporum and Verticillium dahliae, three different root infection systems are described. Potential applications and possible downstream analyses are highlighted, and advantages or disadvantages are discussed for each system.

Bitki Köklerini Toprak Kaynaklı Mikroorganizmalarla Enfekte Etmek için Aşılama Stratejileri

The rhizosphere harbors a highly complex microbial community in which plant roots are constantly challenged. Roots are in close contact with a wide ...

Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem

In the absence of specialized mobile immune cells, plants utilize their localized programmed cell death and Systemic Acquired Resistance to defend themselves against pathogen attack. The contribution of a specific Arabidopsis gene to the overall plant immune response can be specifically and quantitatively assessed by assaying the pathogen growth within the infected tissue. For over three decades, the hemibiotrophic bacterium Pseudomonas syringae pv. maculicola ES4326 (Psm ES4326) has been widely applied as the model pathogen to investigate the molecular mechanisms underlying the Arabidopsis immune response. To deliver pathogens into the leaf tissue, multiple inoculation methods have been established, e.g., syringe infiltration, dip inoculation, spray, vacuum infiltration, and flood inoculation. The following protocol describes an optimized syringe infiltration method to deliver virulent Psm ES4326 into leaves of adult soil-grown Arabidopsis plants and accurately screen for enhanced disease susceptibility (EDS) towards this pathogen. In addition, this protocol can be supplemented with multiple pre-treatments to further dissect specific immune defects within different layers of plant defense, including Salicylic Acid (SA)-Triggered Immunity (STI) and MAMP-Triggered Immunity (MTI).

Bacterial Leaf Infiltration Assay for Fine Characterization of Plant Defense Responses using the Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae Pathosystem

Quantification of pathogen growth is a powerful tool to characterize various Arabidopsis thaliana (hereafter: Arabidopsis) immune responses. The method described here presents an optimized syringe infiltration assay to quantify the Pseudomonas syringae pv. maculicola ES4326 growth in adult Arabidopsis leaves.

Kullanarak Bitki Savunma Yanıtları ince Karakterizasyonu için Bakteriyel Yaprak Sızma Deneyi<em&gt; Arabidopsis thaliana-Pseudomonas syringae</em&gt; Pathosystem

In the absence of specialized mobile immune cells, plants utilize their localized programmed cell death and Systemic Acquired Resistance to defend ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Microfluidic Tools for Probing Fungal-Microbial Interactions at the Cellular Level

Filamentous fungi are successful inhabitants of soil and play a major role in soil ecosystems, such as in the decomposition of organic and inorganic matter, as well as regulation of nutrient levels. There they also find numerous opportunities to interact with a variety of other microbes such as bacteria or other fungi. Studying fungal interactions at the cellular level, however, can be challenging owing to the black box-like nature of soil. New microfluidic tools are being developed for the study of fungal interactions; two platforms designed to study bacterial-fungal and fungal-fungal interactions are highlighted. Within these microchannels, fungal-microbial interactions can be monitored in controlled physico-chemical environments at higher temporal and spatial resolution than previously possible. Application of these tools have yielded numerous novel biological insights, such as the observation of bacterial polar attachment to hyphae or revealing uncharacterised fungal-fungal antagonisms. A key feature of these methodologies regards the ease of use of this tool by non-experts, yielding highly translatable technologies for use in microbiology labs.

Owing to the opacity of soil, interactions between its constituent microbes cannot easily be visualised with cellular resolution. Here, two microfluidic tools are presented, which offer new opportunities for investigating fungal-microbial interactions. The devices are versatile and simple to use, enabling high spatiotemporal control and high-resolution imaging at the cellular level.

Hücresel Düzeyde Mantar-Mikrobiyal Etkileşimleri Probalamak için Mikroakışkan Araçlar

Filamentous fungi are successful inhabitants of soil and play a major role in soil ecosystems, such as in the decomposition of organic and inorganic ...

Biyomühendislik

Agroinfiltration and PVX Agroinfection in Potato and Nicotiana benthamiana

Agroinfiltration and PVX agroinfection are two efficient transient expression assays for functional analysis of candidate genes in plants. The most commonly used agent for agroinfiltration is Agrobacterium tumefaciens, a pathogen of many dicot plant species. This implies that agroinfiltration can be applied to many plant species. Here, we present our protocols and expected results when applying these methods to the potato (Solanum tuberosum), its related wild tuber-bearing Solanum species (Solanum section Petota) and the model plant Nicotiana benthamiana. In addition to functional analysis of single genes, such as resistance (R) or avirulence (Avr) genes, the agroinfiltration assay is very suitable for recapitulating the R-AVR interactions associated with specific host pathogen interactions by simply delivering R and Avr transgenes into the same cell. However, some plant genotypes can raise nonspecific defense responses to Agrobacterium, as we observed for example for several potato genotypes. Compared to agroinfiltration, detection of AVR activity with PVX agroinfection is more sensitive, more high-throughput in functional screens and less sensitive to nonspecific defense responses to Agrobacterium. However, nonspecific defense to PVX can occur and there is a risk to miss responses due to virus-induced extreme resistance. Despite such limitations, in our experience, agroinfiltration and PVX agroinfection are both suitable and complementary assays that can be used simultaneously to confirm each other&#39;s results.

Agroinfiltration and PVX Agroinfection in Potato and Nicotiana benthamiana

Agroinfiltration and PVX agroinfection are routine functional assays for transient ectopic expression of genes in plants. These methods are efficient assays in effectoromics strategies (rapid resistance and avirulence gene discovery) and crucial to modern research in molecular plant pathology. They meet the demand for robust high-throughput functional analysis in plants.

Patates ve Nicotiana benthamiana'da Agroinfiltrasyon ve PVX Agroinfection

Agroinfiltration and PVX agroinfection are two efficient transient expression assays for functional analysis of candidate genes in plants. The most ...

Biyoloji

A Hydroponic Co-cultivation System for Simultaneous and Systematic Analysis of Plant/Microbe Molecular Interactions and Signaling

An experimental design mimicking natural plant-microbe interactions is very important to delineate the complex plant-microbe signaling processes. Arabidopsis thaliana-Agrobacterium tumefaciens provides an excellent model system to study bacterial pathogenesis and plant interactions. Previous studies of plant-Agrobacterium interactions have largely relied on plant cell suspension cultures, the artificial wounding of plants, or the artificial induction of microbial virulence factors or plant defenses by synthetic chemicals. However, these methods are distinct from the natural signaling in planta, where plants and microbes recognize and respond in spatial and temporal manners. This work presents a hydroponic cocultivation system where intact plants are supported by metal mesh screens and cocultivated with Agrobacterium. In this cocultivation system, no synthetic phytohormone or chemical that induces microbial virulence or plant defense is supplemented. The hydroponic cocultivation system closely resembles natural plant-microbe interactions and signaling homeostasis in planta. Plant roots can be separated from the medium containing Agrobacterium, and the signaling and responses of both the plant hosts and the interacting microbes can be investigated simultaneously and systematically. At any given timepoint/interval, plant tissues or bacteria can be harvested separately for various &#34;omics&#34; analyses, demonstrating the power and efficacy of this system. The hydroponic cocultivation system can be easily adapted to study: 1) the reciprocal signaling of diverse plant-microbe systems, 2) signaling between a plant host and multiple microbial species (i.e.&#160;microbial consortia or microbiomes), 3) how nutrients and chemicals are implicated in plant-microbe signaling, and 4) how microbes interact with plant hosts and contribute to plant tolerance to biotic or abiotic stresses.

The described hydroponic cocultivation system supports intact plants with metal mesh screens and cocultivates them with bacteria. Plant tissue, bacteria, and secreted molecules can then be separately harvested for downstream analyses, simultaneously allowing for the molecular responses of both plant hosts and interacting microbes or microbiomes to be investigated.

Bitki / Mikrop Moleküler Etkileşimlerinin ve Sinyalizasyonunun Eşzamanlı ve Sistematik Analizi için Hidroponik Birlikte Yetiştirme Sistemi

An experimental design mimicking natural plant-microbe interactions is very important to delineate the complex plant-microbe signaling processes. ...

An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward method to quickly identify the chemoattractants that could induce the chemotactic movement of rhizosphere growth-promoting bacteria on sterile glass slides via simple steps. Bacteria solution (OD600 = 0.5) and sterile chemoattractant aqueous solution were added dropwise on the glass slide at an interval of 1 cm. An inoculating loop was used to connect the chemoattractant aqueous solution to the bacterial solution. The slide was kept at room temperature for 20 min on the clean bench. Finally, the chemoattractant aqueous solution was collected for bacterial counting and microscopic observation. In this study, through multiple comparisons of experimental results, the method overcame multiple shortcomings of traditional bacterial chemotaxis methods. The method reduced the error of plate counting and shortened the experimental cycle. For the identification of chemoattractant substances, this new method can save 2-3 days compared to the traditional method. Additionally, this method allows any researcher to systematically complete a bacterial chemotaxis experiment within 1-2 days. The protocol can be considered a valuable resource for understanding plant-microbe interactions.

Here, we present an improved chemotaxis assay protocol. The goal of this protocol is to reduce the steps and costs of traditional bacterial chemotaxis methods and to serve as a valuable resource for understanding plant-microbe interactions.

Kök Eksüdalarında Rhizobacterial Kemoattractants'ın Hızlı Tanımlanması için Geliştirilmiş Bir Kemotaksi Tahlili

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...

Birden Fazla Bitki Türünde Eksüda Analizi için Yarı Hidroponik Cam Kavanoz Sistemi

A Versatile Glass Jar System for Semihydroponic Root Exudate Profiling

Root exudates shape the plant-soil interface, are involved in nutrient cycling&#160;and modulate interactions with soil organisms. Root exudates are dynamic and shaped by biological, environmental, and experimental conditions. Due to their wide diversity and low concentrations, accurate exudate profiles are challenging to determine, even more so in natural environments where other organisms are present, turning over plant-derived compounds and producing additional compounds themselves. The semihydroponic glass jar experimental system introduced here allows control over biological, environmental, and experimental factors. It allows the growth of various phylogenetically distinct plant species for up to several months with or without microbes, in a variety of different growth media. The glass-based design offers a low metabolite background for high sensitivity and low environmental impact as it can be reused. Exudates can be sampled nondestructively, and conditions can be altered over the course of an experiment if desired. The setup is compatible with mass spectrometry analytics and other downstream analytical procedures. In summary, we present a versatile growth system suited for sensitive root exudate analysis in a variety of conditions.

Yazar Spotlight: Yeni Bir Büyüme Sisteminde Kök Eksüdaları Yoluyla Bitki-Mikrop Etkileşimlerini Keşfetmek 

We present a protocol for a glass-based, semihydroponic experimental system supporting the growth of a variety of phylogenetically distinct plants with or without microbes. The system is compatible with different growth media and permits nondestructive root exudate sampling for downstream analysis.

Yarı Hidroponik Kök Eksüda Profillemesi için Çok Yönlü Cam Kavanoz Sistemi

Root exudates shape the plant-soil interface, are involved in nutrient cycling&#160;and modulate interactions with soil organisms. Root exudates are ...