We would like to thank Dr. Nicholas J. Ashbolt and Dr. G. Shay Fout for their review of the manuscript.

1. إعداد زجاجيات والتصفية مساكن <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ما لم يذكر خلاف ذلك، وتعقيم جميع الأواني الزجاجية، والمشاريع السكنية والحلول مرشح في 121 درجة مئوية لمدة 15 دقيقة. لضمان العقم، وتغطية جميع الفتحات أو الأسطح المكشوفة مع أي من رقائق الألومنيوم أو الورق تأمين الشريط قبل التعقيم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تجميع جهاز الترشيح عن طريق ربط السكن فلتر (47 مم) إلى 1 L الذراع الجانب مخروطي قارورة. جمع الفلاتر المطلوبة: 47 مم كهربي / كهربية مرشحات القرص. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 1 L 1.5٪ مستخلص لحم البقر (المرسب، تنتج جزيئات الندف عندما يخفض الحموضة من الحل إلى 3.5، أو عدم المرسب؛ الذي لا الكلي في درجة الحموضة 3.5)، مع 0.05 M الجلايسين، عن طريق إذابة 15 غرام من لحم البقر في استخراج 1 لتر من الماء منزوع الأيونات وإضافة 3.75 ز الجلايسين. ملاحظة: سوف مقتطفات لحم البقر غير المرسب تتطلب إضافة celite قبل التركيز العالي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة شطف Polyph والصوديوم المضافةosphate لاستخراج لحوم البقر بتركيز 0.1٪. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1 M حل حمض الهيدروكلوريك، وانخفاض الحكمة، لخلط استخراج لحوم البقر، حل الرقم الهيدروجيني إلى درجة الحموضة المطلوبة. الأوتوكلاف استخراج لحوم البقر ل15-30 دقيقة في درجة حرارة 121 مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قياس 0.1 غرام من غرامة والمتوسطة، أو celite الجسيمات كبير (للاستخدام مع غير المرسب استخراج لحم البقر فقط). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد الفراغ / شفط عن طريق ربط الأنابيب متوافق لمخروطي الجانب الذراع القارورة وبمأخذ التيار فراغ. </li></ol> 2. إعداد حلول والفيروسات المالية <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 1 لتر من 1 M حمض الهيدروكلوريك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 1 لتر من 1 M هيدروكسيد الصوديوم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يعد حل PBS 1X (137 مم كلوريد الصوديوم، و 2.7 ملي بوكل، 1.47 ملي K 2 PO 4، و 4.3 ملي ناه 2 PO 4). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضبط درجة الحموضة من برنامج تلفزيوني 1X إلى 9.0 باستخدام 1 M هيدروكسيد الصوديوم. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد وتمييع الفيروس الأسهم إلى 10 -10 4 5 الرقم الأكثر احتمالا (MPN) مل -1 عن طريق خلط 1 مل من فيروس الأسهم مع 9 مل من برنامج تلفزيوني (الرقم الهيدروجيني7)، كما هو موضح سابقا 8،13. متجر في -80 ° C في 1 مل مأخوذة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تعقيم المخزون الفيروس عن طريق تصفية حقنة (0.22 ميكرون حجم المسام) لإزالة الملوثات المحتملة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الكلور مياه الحنفية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مقياس 1 لتر من ماء الصنبور معقمة باستخدام معقمة تخرج اسطوانة وتصب في كوب 2 L تحتوي على شريط مغناطيسي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 0.7 غرام من الصوديوم وحمض وتخلط حتى تذوب حبيبات. ضبط الرقم الهيدروجيني للمياه الصنبور ل7-7.5 إذا لزم الأمر باستخدام 1 M حمض الهيدروكلوريك أو 1 M هيدروكسيد الصوديوم الحل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ارتفاع فيروس ذوبان الجليد (1 مل)، وإضافة حجم كامل من ارتفاع إلى 1 L من إزالة الكلور ماء الصنبور العقيمة. مزيج لمدة 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد طريقة فارغة (إزالة الكلور ماء الصنبور دون اتش) مع كل تجربة وعملية في نفس الطريقة كما العينة ارتفعت. </li></ol></li></ol> 3. إعداد ميليبور تصفية (فلترة) جهاز <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة غطاء معقم على السكن التصفية. ضمانصالح سليم بين الإسكان مرشح عاء العلوي والسفلي شاشة التصفية لتجنب تسرب عينة خلال الترشيح. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة غطاء معقم من 1 L مخروطي قارورة. تأكد من أن الفلين وحدة تصفية يلائم بشكل مريح في افتتاح قمة مخروطي قارورة، وخلق ختم جيدة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة وعاء كبير من حدة مرشح من انخفاض شاشة التصفية، ووضع 47 ملم القرص فلتر كهربي مباشرة على الشاشة مع ملقط معقم. إرفاق مرشح عاء الإسكان إلى أسفل الشاشة والقفل في مكانه من قبل التواء عكس اتجاه عقارب الساعة. </li></ol> 4. مياه الحنفية الترشيح (تركيز الابتدائي) <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قياس 100 مل من فيروس ارتفعت مياه الصنبور باستخدام تخرج عقيمة الاسطوانة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> صب 100 مل من فيروس ارتفعت مياه الصنبور في السكن فلتر تحتوي على إما 47 ملم الزجاج مطوي / فلتر السليلوز أو نانو الألومينا / الزجاج مرشح القرص الألياف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تسمح للماء بالمرور ببطء من خلال التصفية. تطبيق فراغ لطيف لإزالة المخلفات المتبقية سماء الصنبور و من سطح المرشح. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان استخدام العلاج التربسين، إضافة 5 مل من 0.25٪ التربسين لتصفية السطح واحتضان لمدة 5 دقائق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل التربسين من سطح مرشح باستخدام 50 مل من الماء منزوع الأيونات معقمة. </li></ol> 5. الفيروسات شطف من تصفية (فلترة) <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة المساكن مرشح من 2 L مخروطي قارورة، ومكان على 250 مل الجانب الذراع القارورة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قياس 100 مل من مستخلص اللحم البقري باستخدام اسطوانة تخرج. صب ببطء 100 مل من مستخلص اللحم البقري إلى مساكن التصفية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> السماح استخراج لحوم البقر لتصب من خلال مرشح، واستولت على استخراج لحوم البقر في صغيرة (250 مل) مخروطي قارورة. تطبيق فراغ لسحب المتبقي من خلال استخراج لحوم البقر من التصفية. </li></ol> 6. Celite تركيز الثانوي <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قوارير نقل تحتوي على فيروسات مزال إلى لوحة ضجة. إضافة معقم شريط مغناطيسي ومكان على لوحة ضجة، وخلط لخلق دوامة طفيفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 0.1 غرام من celiteمسحوق إلى 100 مل من مستخلص لحم البقر والسماح celite لتفريق. وضع معقم التحقيق درجة الحموضة في استخراج لحوم البقر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة قطرة من الحكمة 1 M حمض الهيدروكلوريك لاستخراج لحوم البقر لتحقيق درجة الحموضة 4.0. السماح لخلط ببطء لمدة 10 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع 47 ملم ما قبل التصفية على السكن فلتر (كما هو موضح سابقا) باستخدام قارورة 2 L مخروطي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> صب 100 مل لحم البقر استخراج / خليط celite على ما قبل التصفية. السماح استخراج لحوم البقر لتصب من خلال. تطبيق فراغ طفيف لسحب المتبقي من خلال استخراج لحوم البقر من التصفية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع أنبوب معدني مشبك على نهاية صنبور الإسكان التصفية. نعلق معقمة 15 مل جمع البولي بروبلين أنبوب إلى أنبوب معدني كليب. وضع الإسكان مرشح مرة أخرى إلى دورق مخروطي سعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 5 مل من العازلة 1X PBS، ودرجة الحموضة 9.0 على celite جمعها على ما قبل التصفية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> السماح PBS بالتنقيط من خلال ما قبل التصفية. تطبيق فراغ طفيف لسحب من خلال برنامج تلفزيوني المتبقية إلى 15 مل أنبوب جمع. </li></ol> 7. العضوية التلبد تركيز الثانوي <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl">نقل الأكواب التي تحتوي على الفيروس مزال إلى لوحة ضجة. إضافة معقم شريط مغناطيسي إلى 100 مل من مستخلص لحم البقر وخلط لخلق دوامة طفيفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع معقم التحقيق درجة الحموضة في استخراج لحوم البقر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1 قطرة M حمض الهيدروكلوريك الحكمة لاستخراج لحوم البقر وضبط درجة الحموضة إلى 3.5. مزيج لمدة 30 دقيقة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> صب شطافة إلى 250 مل أنابيب الطرد المركزي المخروطية والطرد المركزي في 2،500 x ج لمدة 15 دقيقة على 4 درجات مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تخلصي طاف مع الحرص على عدم عدم تعطيل بيليه. Resuspend وبيليه في 5 مل من برنامج تلفزيوني 1X، ودرجة الحموضة 9. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الطرد المركزي تعليق على 4،000 x ج لمدة 10 دقيقة على 4 درجات مئوية. تخلصي من طاف وتجاهل بيليه. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضبط درجة الحموضة إلى 7-7.5، فلتر تعقيم من خلال 0.22 ميكرون تصفية المحاقن وتجميد في -80 ° C. </li></ol> 8. الفيروسية نوكليك حمض استخراج <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخراج الأحماض النووية الفيروسية باستخدام طقم التجارية المناسبة وفقا لتعليمات الشركة الصانعة. </li></ol> &lt;ص الطبقة = &quot;jove_title&quot;&gt; 9. ADV 40/41 QPCR <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام الاشعال وتحقيقات، وكذلك مزيج رد فعل وملامح ركوب الدراجات الحرارية كما نشرت 8،13. ملاحظة: الحد الأقصى المقدر للكشف عن فحص ما يقرب من 5 وحدات QPCR في رد الفعل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة مكونات مخاليط PCR التضخيم في تركيزات على النحو التالي: 10 ملي تريس (الرقم الهيدروجيني 8.3)، 50 ملي بوكل، 4.5 ملي MgCl 2، 10 ملم dNTPs، 10 ميكرومتر الاشعال و 1 ميكرومتر التحقيق و 0.5 ميكرولتر من البلمرة بحيث أحجام النهائية من 45 ميكرولتر يمكن أن تضاف إلى العدد المناسب من الآبار ضمن 96-جيدا PCR لوحة رد فعل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل 45 ميكرولتر من PCR خليط التضخيم إلى كل بئر المناسب ل96-جيدا، رد فعل سريع PCR لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 5 ميكرولتر من عينة الحمض النووي المستخرج من الآبار المناسبة من لوحة PCR. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغطية لوحة مع حرارة ختم غطاء مقاومة، وتدور لوحة لنقل أي قطرات في قاع الآبار PCR لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تعيين دورات التضخيم PCR كما الفلالدودة الحلزونية: 95 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة، تليها 40 دورة من 95 درجة مئوية لمدة 15 ثانية و 60 درجة مئوية لمدة 1 دقيقة. </li></ol> 10. تحليل البيانات <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحليل القياسات ثلاث نسخ من مسلسل التخفيفات 5 أضعاف من العينات التي تغطي 1: 5-1: مجموعة 625 التخفيف من أجل تحديد عدد الأكثر احتمالا (MPN) من الجسيمات الفيروسية، كما هو موضح سابقا 8،13. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحليل مسلسل التخفيفات 5 أضعاف من المسامير التجريبية اتش تمتد 1: 5-1: النطاق 15625 التخفيف من أجل تحديد عدد الأكثر احتمالا (MPN) من الجسيمات الفيروسية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام آلة حاسبة وكالة حماية البيئة MPN (http://www.epa.gov/nerlcwww/online.html)، وضبط آلة حاسبة لحساب نوع من التخفيف (1: 5 أو 1:10)، وعدد من التخفيفات القيام بها، وعدد من تكرار العينات في سلسلة التخفيف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أداء تسجيل 10 تحويل البيانات، تليها تطبيع إلى وحدة الحجم (على سبيل المثال، 1 مل، 100 مل، الخ </م&gt;). حساب المبالغ المستردة عن تجربة معينة بقسمة عدد الجسيمات الفيروسية الموجودة في عينة يركز مع عدد من الجسيمات الفيروسية الحالية في المسامير التجريبية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تقييم تأثير المتغيرات التجريبية المختلفة (على سبيل المثال، أنواع مختلفة celite، ويتراوح الرقم الهيدروجيني، وأنواع مختلفة مرشح وتقنيات تركيز الثانوية مختلفة) على المبالغ المستردة ADV عن طريق إجراء الاختبارات الإحصائية المعلمية أو غير المعلمية (على سبيل المثال، تقرن اختبار t، واحد أو اثنين -way ANOVA) تبعا لتوزيع البيانات والتصميم التجريبي. </li></ol>

<ol>
	<li>Sinclair, R. G., Jones, E. L., Gerba, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viruses+in+recreational+water-borne+disease+outbreaks:+a+review.">Viruses in recreational water-borne disease outbreaks: a review.</a> Journal of Applied Microbiology. 107, 1769-1780 (2009).</li><li>WHO. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Guidelines for Safe Recreational Water Environments. , (2003).</li><li>Westrell, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Norovirus+outbreaks+linked+to+oyster+consumption+in+the+United+Kingdom.">Norovirus outbreaks linked to oyster consumption in the United Kingdom.</a> Euro Surveillance : Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin. 15, (2010).</li><li>Wong, K., Fong, T. T., Bibby, K., Molina, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+enteric+viruses+for+fecal+pollution+source+tracking+in+environmental+waters.">Application of enteric viruses for fecal pollution source tracking in environmental waters.</a> Environment International. 45, 151-164 (2012).</li><li>Cashdollar, J. L., Wymer, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+primary+concentration+of+viruses+from+water+samples:+a+review+and+meta-analysis+of+recent+studies.">Methods for primary concentration of viruses from water samples: a review and meta-analysis of recent studies.</a> Journal of Applied Microbiology. 115, 1-11 (2013).</li><li>Ikner, L. A., Soto-Beltran, M., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+method+using+a+positively+charged+microporous+filter+and+ultrafiltration+for+concentration+of+viruses+from+tap+water.">New method using a positively charged microporous filter and ultrafiltration for concentration of viruses from tap water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 77, 3500-3506 (2011).</li><li>Karim, M. R., Rhodes, E. R., Brinkman, N., Wymer, L., Fout, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+electropositive+filter+for+concentrating+enteroviruses+and+noroviruses+from+large+volumes+of+water.">New electropositive filter for concentrating enteroviruses and noroviruses from large volumes of water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 2393-2399 (2009).</li><li>McMinn, B. R., Cashdollar, J. L., Grimm, A. C., Fout, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+celite+secondary+concentration+procedure+and+an+alternate+elution+buffer+for+the+recovery+of+enteric+adenoviruses+40+and+41.">Evaluation of the celite secondary concentration procedure and an alternate elution buffer for the recovery of enteric adenoviruses 40 and 41.</a> Journal of Virological Methods. 179, 423-428 (2012).</li><li>Katzenelson, E., Fattal, B., Hostovesky, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organic+flocculation:+an+efficient+second-step+concentration+method+for+the+detection+of+viruses+in+tap+water.">Organic flocculation: an efficient second-step concentration method for the detection of viruses in tap water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 32, 638-639 (1976).</li><li>Fout, G. S., Schaefer, F. W., Messer, J. W., Dahling, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> ICR microbial laboratory manual. 178, (1996).</li><li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> Journal of Virological Methods. 153, 79-83 (2008).</li><li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+quantification+of+classic+and+emerging+viruses+by+skimmed-milk+flocculation+and+PCR+in+river+water+from+two+geographical+areas.">Detection and quantification of classic and emerging viruses by skimmed-milk flocculation and PCR in river water from two geographical areas.</a> Water Research. 47, 2797-2810 (2013).</li><li>McMinn, B. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+adenovirus+40+and+41+recovery+from+tap+water+using+small+disk+filters.">Optimization of adenovirus 40 and 41 recovery from tap water using small disk filters.</a> Journal of Virological Methods. 193 (2), 284-290 (2013).</li><li>Brinkman, N. E., Haffler, T. D., Cashdollar, J. L., Rhodes, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+methods+using+celite+to+concentrate+norovirus,+adenovirus+and+enterovirus+from+wastewater.">Evaluation of methods using celite to concentrate norovirus, adenovirus and enterovirus from wastewater.</a> Journal of Virological Methods. 193, 140-146 (2013).</li><li>Albinsson, B., Kidd, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adenovirus+type+41+lacks+an+RGD+alpha(v)-integrin+binding+motif+on+the+penton+base+and+undergoes+delayed+uptake+in+A549+cells.">Adenovirus type 41 lacks an RGD alpha(v)-integrin binding motif on the penton base and undergoes delayed uptake in A549 cells.</a> Virus Research. 64, 125-136 (1999).</li><li>He, C., Lian, J. S., Jiang, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electronic+structures+and+hydrogen+bond+network+of+high-density+and+very+high-density+amorphous+ices.">Electronic structures and hydrogen bond network of high-density and very high-density amorphous ices.</a> The Journal of Physical Chemistry. B. 109, 19893-19896 (2005).</li><li>Sedmak, G., Bina, D., Macdonald, J., Couillard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nine-year+study+of+the+occurrence+of+culturable+viruses+in+source+water+for+two+drinking+water+treatment+plants+and+the+influent+and+effluent+of+a+Wastewater+Treatment+Plant+in+Milwaukee,+Wisconsin.">Nine-year study of the occurrence of culturable viruses in source water for two drinking water treatment plants and the influent and effluent of a Wastewater Treatment Plant in Milwaukee, Wisconsin.</a> 71, 1042-1050 (2005).</li><li>Soto-Beltran, M., Ikner, L. A., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effectiveness+of+poliovirus+concentration+and+recovery+from+treated+wastewater+by+two+electropositive+filter+methods.">Effectiveness of poliovirus concentration and recovery from treated wastewater by two electropositive filter methods.</a> Food and Environmental Virology. 5, 91-96 (2013).</li><li>Haramoto, E., Katayama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+acidic+elution+to+virus+concentration+using+electropositive+filters.">Application of acidic elution to virus concentration using electropositive filters.</a> Food and Environmental Virology. 5, 77-80 (2013).</li><li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+electropositive+filtration+for+recovering+norovirus+in+water.">Evaluation of electropositive filtration for recovering norovirus in water.</a> Journal of Water and Health. 9, 27-36 (2011).</li><li>Gibbons, C. D., Rodriguez, R. A., Tallon, L., Sobsey, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+positively+charged+alumina+nanofibre+cartridge+filters+for+the+primary+concentration+of+noroviruses,+adenoviruses+and+male-specific+coliphages+from+seawater.">Evaluation of positively charged alumina nanofibre cartridge filters for the primary concentration of noroviruses, adenoviruses and male-specific coliphages from seawater.</a> Journal of Applied Microbiology. 109, 635-641 (2010).</li><li>Hill, V. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+rapid+method+for+simultaneous+recovery+of+diverse+microbes+in+drinking+water+by+ultrafiltration+with+sodium+polyphosphate+and+surfactants.">Development of a rapid method for simultaneous recovery of diverse microbes in drinking water by ultrafiltration with sodium polyphosphate and surfactants.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71, 6878-6884 (2005).</li><li>Polaczyk, A. L., Roberts, J. M., Hill, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+1MDS+electropositive+microfilters+for+simultaneous+recovery+of+multiple+microbe+classes+from+tap+water.">Evaluation of 1MDS electropositive microfilters for simultaneous recovery of multiple microbe classes from tap water.</a> Journal of Microbiological Methods. 68, 260-266 (2007).</li><li>Rhodes, E. R., Hamilton, D. W., See, M. J., Wymer, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+hollow-fiber+ultrafiltration+primary+concentration+of+pathogens+and+secondary+concentration+of+viruses+from+water.">Evaluation of hollow-fiber ultrafiltration primary concentration of pathogens and secondary concentration of viruses from water.</a> Journal of Virological Methods. 176, 38-45 (2011).</li><li>Melnick, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Round+robin+investigation+of+methods+for+the+recovery+of+poliovirus+from+drinking+water.">Round robin investigation of methods for the recovery of poliovirus from drinking water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 47, 144-150 (1984).</li><li>Schwab, K. J., De Leon, R., Sobsey, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Concentration+and+purification+of+beef+extract+mock+eluates+from+water+samples+for+the+detection+of+enteroviruses,+hepatitis+A+virus,+and+Norwalk+virus+by+reverse+transcription-PCR.">Concentration and purification of beef extract mock eluates from water samples for the detection of enteroviruses, hepatitis A virus, and Norwalk virus by reverse transcription-PCR.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 531-537 (1995).</li></ol>

No competing financial interests. 
The views expressed in this article are those of the authors and do not necessarily reflect the views or policies of the U.S. Environmental Protection Agency. Mention of trade names or commercial products does not constitute endorsement or recommendation for use.

مرشحات كهربي مفيدة في التركيز الفيروسات من الماء. ولكن هذه الفلاتر يمكن أن تختلف في بنيتها وتكوينها والتي يمكن بدورها تغير فعاليتها. ومما يزيد هذه المشكلة، والهياكل قفيصة والرسوم تختلف بين سلالات الفيروس التي تتطلب تقنيات تركيز تكون مصممة لضمان استرداد الأمثل 15.<...

الفيروسات المعوية الإنسان هي العوامل المسببة هاما من الأمراض التي تنقلها المياه 1-3، ولكن عادة ما تكون موجودة بأعداد قليلة في المياه الملوثة البيئية، مما يجعل من الصعب الكشف عنها دون تركيز. الإجراءات المستخدمة للتركيز الفيروسات وعادة ما تشمل خطوة الترشيح، وتليها مرشح شطف، والتركيز الثانوي للشطافة التصفية. يعتمد إجراء الترشيح مشترك بشأن استخدام الأغشية المشحونة مثل مرشحات كهربي (استعرضت مؤخرا في 4،5). هذه الفلاتر تعتمد على التقاط الفيروسات العالقة في الماء باستخدام التفاعلات كهرباء بين سطح فلتر (موجبة) وجزيئات الفيروس المستهدفة (سالبة الشحنة). اثنين من المرشحات موجب الشحنة الكهربائية المتوفرة تجاريا تعتمد على هذه التكنولوجيا، والمرشحات الزجاج / السليلوز والنانو الألومينا / الألياف الزجاجية. تكاليف مرشح الزجاج / السليلوز ما يصل إلى 10 مرة من النانو الألومينا / الألياف الزجاجية، التي تحد من استخدام الزجاج / ممرشحات llulose لرصد فيروس الروتيني. وخلصت الدراسات التي أجريت مؤخرا الاختلافات الاسمية بين هذه الفلاتر اثنين في التعافي من الفيروسات المعوية من 6،7 المياه المحيطة، والتي تبرر استخدام مرشح بديل أرخص. وقد تم دراسة خيارات التصفية أخرى مثل مرشحات كهربية والزجاج والصوف، إلا أنها إما تتطلب المعالجة المسبقة لمصدر المياه (الفلاتر كهربية) أو ليست متاحة تجاريا (الفلاتر الزجاج الصوف). وضع إجراءات تركيز الفيروس قد ركزت في معظمها على تحسين تقنيات تركيز الابتدائية (الفلاتر) من أجل تحسين المستردة الفيروس من المياه. ومع ذلك، إجراءات تركيز الثانوية، والتي تقلل من حجم eluant عادة من 1 L لملليلتر مجلدات، ويمكن أيضا أن يكون لها تأثير كبير على المبالغ المستردة فيروس 8. تركيز الثانوية من الفيروسات المعوية يعتمد عادة على وكيل المرسب مثل بعض أنواع من استخراج لحوم البقر (floccu العضويةlation) أو الحليب منزوع الدسم التلبد 9-12 لإزالة جزيئات الفيروس من الأسطح التصفية. مؤخرا، والإجراءات تركيز ثانوي آخر باستخدام مستخلص اللحم البقري إلى جانب إضافة celite (الجسيمات الدقيقة) وقد أظهرت الوعد لاستعادة اتش، المعوى، ونوروفيروس 8،13،14. Celite أعمال الاعتقال وفقا لمبادئ مماثلة لتلك التي من طريقة التلبد العضوي في أن جزيئات الفيروس نعلق على ويفرج من الجسيمات (الندف أو celite) عن طريق تغيير الرقم الهيدروجيني للمحلول تعليق. تم تقييم مقارنات بين هذه التقنيات تركيز الثانوية اثنين في استرداد اتش مسنبل (ADV) أنواع 40 و 41 8. وخلصت هذه الدراسة إلى أن اثنين من تقنيات تركيز الثانوية كانت مشابهة إحصائيا في التعافي من الفيروسات الغدية. ومع ذلك، يتطلب طريقة التلبد العضوية لمدة 30 دقيقة. حضانة في درجة الحموضة 3.5، في حين أن تقنية celite تتطلب الحضانة أقصر (10 دقيقة) في درجة الحموضة 4.0. وflocculat العضويةكما يتطلب أيون استخدام المعدات المختبرية المكلفة (أجهزة الطرد المركزي) لجمع الجسيمات الندف خلال التركيز العالي، والتقنية celite في المقابل تستخدم المعدات الأساسية فقط المختبر (الترشيح فراغ) لفصل الجسيمات celite من الايقاف. تركيبات معينة من المرشحات وتقنيات شطف الثانوية يمكن أن يؤثر أيضا المستردة الفيروس. وخلصت إحدى الدراسات أن تركيبات معينة من الابتدائية (الفلاتر كهربي) وتقنيات تركيز الثانوية (celite أو التلبد العضوي) كان لها تأثير كبير على الانتعاش من اتش 13. وتشير هذه النتائج هو مطلوب أن الأمثل من أجل استرداد النحو الأمثل فيروس الهدف من مصفوفة المياه نظرا عند استخدام هذه التقنيات. الأمثل هو مضيعة للوقت، وتجنب عملية شاقة العديد من الباحثين بنشاط منذ سيتم تقييم العديد من المتغيرات (نوع مرشح / العلامة التجارية، ودرجة الحموضة حل شطف، celite / التلبد العضوي). لهذا لياليtudy، تم وضع إجراءات لتحديد الظروف المثلى لتركيز الفيروس من المياه باستخدام اتش البشري مسنبل سلالات 40 و 41. ومن المفترض، لأن كل نوع الفيروس يعرض مورفولوجية قفيصة فريدة من نوعها ورسوم قفيصة معين، قد تحتاج بروتوكولات تركيز ليكون الأمثل لكل فيروس استهداف من أجل تحقيق الانتعاش الفيروسي الأمثل. وتقدم هذه الدراسة نهجا لADV 40 و 41 تركيز من قبل: 1) تقييم المبالغ المستردة الفيروس في ماء الصنبور باستخدام أقراص فلتر كهربي تليها 2) تقييم طريقة التلبد العضوي أنشئت مقابل تقنية celite بمثابة تركيز الثانوي، و 3) تقييم مخازن شطف للتركيز العالي.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="786">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:143px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:295px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Adenovirus 40 stock</td>
			<td style="width:143px;">ATCC</td>
			<td style="width:119px;">VR-931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Adenovirus 41 stock</td>
			<td style="width:143px;">ATCC</td>
			<td style="width:119px;">VR-930</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Sodium Thiosulfate</td>
			<td style="width:143px;">Fluka Chemical Co.</td>
			<td style="width:119px;">72051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Celites #577</td>
			<td style="width:143px;">Fluka Chemical Co.</td>
			<td style="width:119px;">22142</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">NanoCeram 47mm</td>
			<td style="width:143px;">Argonide</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">1MDS 47mm</td>
			<td style="width:143px;">3M</td>
			<td style="width:119px;">6408502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">AP-20 Prefilter 47mm</td>
			<td style="width:143px;">Millipore Corp.</td>
			<td style="width:119px;">AP2004700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Glycine&#160;</td>
			<td style="width:143px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">50046-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Sodium Polyphosphate</td>
			<td style="width:143px;">Acros Organics</td>
			<td style="width:119px;">390930010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Trypsin</td>
			<td style="width:143px;">Gibco</td>
			<td style="width:119px;">25200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">PBS</td>
			<td style="width:143px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">P5368</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Hydrochloric Acid</td>
			<td style="width:143px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">A481-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">BBL Beef Extract</td>
			<td style="width:143px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">212303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Difco Beef Extract</td>
			<td style="width:143px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">211520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:231px;">ABI 7900 Real-time PCR system</td>
			<td style="width:143px;">ABI</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Stainless Steel Filter Housing</td>
			<td style="width:143px;">Millipore Corp.</td>
			<td>XX2004720</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Blood DNA Extraction Kit</td>
			<td style="width:143px;">Qiagen&#160;</td>
			<td style="width:119px;">51104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">EPA MPN Calculator</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.epa.gov/nerlcwww/online.html</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a small volume procedure for viral concentration from water

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to identify optimal parameters for virus concentration. Viruses can be concentrated from water using filtration (electropositive, electronegative, glass wool or size exclusion), followed by secondary concentration with beef extract to release viruses from filter surfaces, and finally tertiary concentration resulting in a 5-30 ml volume virus concentrate. In order to identify optimal concentration procedures, two different electropositive filters were evaluated (a glass/cellulose filter [1MDS] and a nano-alumina/glass filter [NanoCeram]), as well as different secondary concentration techniques; the celite technique where three different celite particle sizes were evaluated (fine, medium and large) followed by comparing this technique with that of the established organic flocculation method. Various elution additives were also evaluated for their ability to enhance the release of adenovirus (AdV) particles from filter surfaces. Fine particle celite recovered similar levels of AdV40 and 41 to that of the established organic flocculation method when viral spikes were added during secondary concentration. The glass/cellulose filter recovered higher levels of both, AdV40 and 41, compared to that of a nano-alumina/glass fiber filter. Although not statistically significant, the addition of 0.1% sodium polyphosphate amended beef extract eluant recovered 10% more AdV particles compared to unamended beef extract.

<html> Celite اختيار تم اختبار ثلاثة أنواع مختلفة من celite قبل اختيار الخيار الأفضل أداء. Celites مع غرامة لجسيمات متوسطة الحجم تنتج أعلى المبالغ المستردة اتش. أدى استخدام celites أكبر في انخفاض المبالغ المستردة لكلا AdV40 و 41 (المدى 32٪ -100٪) (ال...

Watch this Scientific Journal Video about A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water at JoVE.com

A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water

An approach was developed for identifying optimal viral concentration conditions for small volume water samples using spikes of human adenovirus. The techniques described here are used to identify concentration parameters for other viral targets, and applied to large-scale viral concentration experimentation.

إجراء بأحجام صغيرة للتركيز الفيروسي من المياه

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to ...

a-small-volume-procedure-for-viral-concentration-from-water

Research

JoVE Journal

Environment

10.0K Views.  U.S. EPA. An approach was developed for identifying optimal viral concentration conditions for small volume water samples using spikes of human adenovirus. The techniques described here are used to identify concentration parameters for other viral targets, and applied to large-scale viral concentration experimentation. 

Video: A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water

Laboratory-determined Phosphorus Flux from Lake Sediments as a Measure of Internal Phosphorus Loading

Eutrophication is a water quality issue in lakes worldwide, and there is a critical need to identify and control nutrient sources. Internal phosphorus (P) loading from lake sediments can account for a substantial portion of the total P load in eutrophic, and some mesotrophic, lakes. Laboratory determination of P release rates from sediment cores is one approach for determining the role of internal P loading and guiding management decisions. Two principal alternatives to experimental determination of sediment P release exist for estimating internal load: in situ measurements of changes in hypolimnetic P over time and P mass balance. The experimental approach using laboratory-based sediment incubations to quantify internal P load is a direct method, making it a valuable tool for lake management and restoration.
Laboratory incubations of sediment cores can help determine the relative importance of internal vs. external P loads, as well as be used to answer a variety of lake management and research questions. We illustrate the use of sediment core incubations to assess the effectiveness of an aluminum sulfate (alum) treatment for reducing sediment P release. Other research questions that can be investigated using this approach include the effects of sediment resuspension and bioturbation on P release.
The approach also has limitations. Assumptions must be made with respect to: extrapolating results from sediment cores to the entire lake; deciding over what time periods to measure nutrient release; and addressing possible core tube artifacts. A comprehensive dissolved oxygen monitoring strategy to assess temporal and spatial redox status in the lake provides greater confidence in annual P loads estimated from sediment core incubations.

Lake eutrophication is a water quality issue worldwide, making the need to identify and control nutrient sources critical. Laboratory determination of phosphorus release rates from sediment cores is a valuable approach for determining the role of internal phosphorus loading and guiding management decisions.

التي تحددها المختبر الفوسفور الجريان من بحيرة الرواسب كمقياس للتحميل الفوسفور الداخلية

Eutrophication is a water quality issue in lakes worldwide, and there is a critical need to identify and control nutrient sources. Internal phosphorus (P) ...

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometry

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be subsampled throughout the experiment1&#8211;7. Subsampling of large volumes can be problematic for several reasons: 1) it causes variation in the total volume and the surface area:volume ratio of the culture during the experiment; 2) pseudo-replication (i.e., replicate samples from the same treatment flask8) is often employed rather than true replicates (i.e., sampling from replicate treatments); 3) the duration of the experiment is limited by the total volume; and 4) axenic cultures or the usual bacterial microbiota are difficult to maintain during long-term experiments as contamination commonly occurs during subsampling.
The use of microtiter plates enables 1 ml culture volumes to be used for each replicate, with up to 48 separate treatments within a 12.65 x 8.5 x 2.2 cm plate, thereby decreasing the experimental volume and allowing for extensive replication without subsampling any treatment. Additionally, this technique can be modified to fit a variety of experimental formats including: bacterial-algal co-cultures, algal physiology tests, and toxin screening9&#8211;11. Individual wells with an alga, bacterium and/or co-cultures can be sampled for numerous laboratory procedures including, but not limited to: WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometry, microscopy, bacterial colony forming unit (cfu) counts and flow cytometry. The combination of the microtiter plate format and WATER-PAM fluorometry allows for multiple rapid measurements of photochemical yield and other photochemical parameters with low variability between samples, high reproducibility and avoids the many pitfalls of subsampling a carboy or conical flask over the course of an experiment.

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated WATER-PAM Fluorometry

The goal of this procedure is to demonstrate the reproducibility and adaptability of using a microtiter plate format for microalgal screening. This rapid screen combines WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometry to measure photosynthetic yield as an indicator of Photosystem II (PSII) health with small volume bacterial-algal co-cultures.

وحجم صغير الأحيائي لتقييم البكتيرية / العوالق النباتية المشارك الثقافة عن طريق WATER-نبض السعة التضمين (WATER-PAM) التألق

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be ...

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most experiments examine only two or a few levels of CA concentration and a single soil type, but if CA can be varied as a gradient from subambient to superambient concentrations on multiple soils, we can discern whether past ecosystem responses may continue linearly in the future and whether responses may vary across the landscape. The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility applies a 250 to 500 &#181;l L-1 CA gradient to Blackland prairie plant communities established on lysimeters containing clay, silty clay, and sandy soils. The gradient is created as photosynthesis by vegetation enclosed in in temperature-controlled chambers progressively depletes carbon dioxide from air flowing directionally through the chambers. Maintaining proper air flow rate, adequate photosynthetic capacity, and temperature control are critical to overcome the main limitations of the system, which are declining photosynthetic rates and increased water stress during summer. The facility is an economical alternative to other techniques of CA enrichment, successfully discerns the shape of ecosystem responses to subambient to superambient CA enrichment, and can be adapted to test for interactions of carbon dioxide with other greenhouse gases such as methane or ozone.

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility creates a 250 to 500 &#181;l L-1 linear carbon dioxide gradient in temperature-controlled chambers housing grassland plant communities on clay, silty clay, and sandy soil monoliths. The facility is used to determine how past and future carbon dioxide levels affect grassland carbon cycling.

A CO<sub&gt; 2</sub&gt; مرفق تركيز متدرجة لاختبار CO<sub&gt; 2</sub&gt; الإثراء والتربة تأثيرات على وظيفة الأراضي العشبية النظام الإيكولوجي

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and enables to perform rapid, automated and simple SPE. The pre-concentrated solution is compatible with analysis by immunoassay, with a low organic solvent content. A method is described for the extraction and pre-concentration of natural hormone 17&#946;-estradiol in 100 ml water samples. Reverse phase SPE is performed with octadecyl-silica sorbent and elution is done with 200 &#181;l of methanol 50% v/v. Eluent is diluted by adding di-water to lower the amount of methanol. After preparing manually the SPE column, the overall procedure is performed automatically within 1 hr. At the end of the process, estradiol concentration is measured by using a commercial enzyme-linked immune-sorbent assay (ELISA). 100-fold pre-concentration is achieved and the methanol content in only 10% v/v. Full recoveries of the molecule are achieved with 1 ng/L spiked de-ionized and synthetic sea water samples.

A protocol for the extraction and pre-concentration of estradiol from water samples by using an automated and miniaturized system is presented.

طريقة بسيطة لالآلي المرحلة الصلبة استخراج عينات المياه للتحليل المناعية من الملوثات الصغيرة

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Extracting Metrics for Three-dimensional Root Systems: Volume and Surface Analysis from In-soil X-ray Computed Tomography Data

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to climate change and crop management. Quantitative size information on roots in their native environment is invaluable for studying root growth and environmental processes involving plants. X-ray computed tomography (XCT) has been demonstrated to be an effective tool for in situ root scanning and analysis. We aimed to develop a costless and efficient tool that approximates the surface and volume of the root regardless of its shape from three-dimensional (3D) tomography data. The root structure of a Prairie dropseed (Sporobolus heterolepis) specimen was imaged using XCT. The root was reconstructed, and the primary root structure was extracted from the data using a combination of licensed and open-source software. An isosurface polygonal mesh was then created for ease of analysis. We have developed the standalone application imeshJ, generated in MATLAB1, to calculate root volume and surface area from the mesh. The outputs of imeshJ are surface area (in mm2) and the volume (in mm3). The process, utilizing a unique combination of tools from imaging to quantitative root analysis, is described. A combination of XCT and open-source software proved to be a powerful combination to noninvasively image plant root samples, segment root data, and extract quantitative information from the 3D data. This methodology of processing 3D data should be applicable to other material/sample systems where there is connectivity between components of similar X-ray attenuation and difficulties arise with segmentation.

A methodology for obtaining visual and quantitative root structure information from X-ray computed tomography data acquired in-soil is presented.

استخراج المقاييس لأنظمة جذر ثلاثي الأبعاد: حجم والسطحية تحليل من في التربة الأشعة السينية بالكمبيوتر بيانات التصوير المقطعي

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to ...

Soil Lysimeter Excavation for Coupled Hydrological, Geochemical, and Microbiological Investigations

Studying co-evolution of hydrological and biogeochemical processes in the subsurface of natural landscapes can enhance the understanding of coupled Earth-system processes. Such knowledge is imperative in improving predictions of hydro-biogeochemical cycles, especially under climate change scenarios. We present an experimental method, designed to capture sub-surface heterogeneity of an initially homogeneous soil system. This method is based on destructive sampling of a soil lysimeter designed to simulate a small-scale hillslope. A weighing lysimeter of one cubic meter capacity was divided into sections (voxels) and was excavated layer-by-layer, with sub samples being collected from each voxel. The excavation procedure was aimed at detecting the incipient heterogeneity of the system by focusing on the spatial assessment of hydrological, geochemical, and microbiological properties of the soil. Representative results of a few physicochemical variables tested show the development of heterogeneity. Additional work to test interactions between hydrological, geochemical, and microbiological signatures is planned to interpret the observed patterns. Our study also demonstrates the possibility of carrying out similar excavations in order to observe and quantify different aspects of soil-development under varying environmental conditions and scale.

This study presents an excavation method for investigating subsurface hydrological, geochemical, and microbiological heterogeneity of a soil lysimeter. The lysimeter simulates an artificial hillslope which was initially under homogeneous condition and had been subjected to approximately 5,000 mm of water over eight cycles of irrigation in an 18-month period.

التربة مقياس الذوبان الحفر في جانب الهيدرولوجي، الجيوكيميائية، والتحقيقات الميكروبيولوجية

Studying co-evolution of hydrological and biogeochemical processes in the subsurface of natural landscapes can enhance the understanding of coupled ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment during manufacturing and transport. Because of their environmental persistence, they are widely distributed in the oceans and on beaches all over the world. They can act as a vector of potentially toxic organic compounds (e.g., polychlorinated biphenyls) and might consequently negatively affect marine organisms. Their possible impacts along the food chain are not yet well understood. In order to assess the hazards associated with the occurrence of plastic pellets in the marine environment, it is necessary to develop methodologies that allow for rapid determination of associated organic contaminant levels. The present protocol describes the different steps required for sampling resin pellets, analyzing adsorbed organochlorine pesticides (OCPs) and identifying the plastic type. The focus is on the extraction of OCPs from plastic pellets by means of a pressurized fluid extractor (PFE) and on the polymer chemical analysis applying Fourier Transform-InfraRed (FT-IR) spectroscopy. The developed methodology focuses on 11 OCPs and related compounds, including dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) and its two main metabolites, lindane and two production isomers, as well as the two biologically active isomers of technical endosulfan. This protocol constitutes a simple and rapid alternative to existing methodology for evaluating the concentration of organic contaminants adsorbed on plastic pieces.

Microplastics act as vector of potentially toxic organic contaminants with unpredictable effects. This protocol describes an alternative methodology for assessing the levels of organochlorine pesticides adsorbed on plastic pellets and identifying the polymer chemical structure. The focus is on pressurized fluid extraction and attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy.

استخراج المبيدات العضوية من البلاستيك الكريات والبلاستيك تحليل نوع

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...

Capturing Flow-weighted Water and Suspended Particulates from Agricultural Canals During Drainage Events

The purpose of this study is to describe the methods used to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canals during drainage discharge events. Farm canals can be enriched by nutrients such as phosphorus (P) that are susceptible to transport. Phosphorus in the form of suspended particulates can significantly contribute to the overall P loads in drainage water. A settling tank experiment was conducted to capture suspended particulates during discrete drainage events. Farm canal discharge water was collected in a series of two 200 L settling tanks over the entire duration of the drainage event, so as to represent a composite subsample of the water being discharged. Imhoff settling cones are ultimately used to settle out the suspended particulates. This is achieved by siphoning water from the settling tanks via the cones. The particulates are then collected for physico-chemical analyses.

Nutrients present in particulate form can contribute significantly to the overall loads in agricultural drainage waters. This study describes a novel method to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canal drainage over the entire duration of the drainage event.

الالتقاط مرجح تدفق الماء والجسيمات العالقة من القنوات الزراعية خلال أحداث الصرف

The purpose of this study is to describe the methods used to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canals during drainage ...

A Simple Planting Technique for Re-establishing Trees Where Frequent Inundation Occurs

Many of the Everglades tree islands have lost elevation over the past century and most of their trees have died such that they are now covered with herbaceous plants. This protocol describes a simple, cost-effective tree planting technique needed for restoring degraded Everglade tree islands. The design is patterned after a natural Everglades process that creates floating peat islands, which allows tree survival and growth in flooded conditions and often leads to the development of tree islands. Commercially available peat bags were used as the medium for the growth and establishment of potted native tree saplings. The pop-up configuration floated initially and provided additional elevation to minimize inundation, with a single native tree species sapling and a single tree fertilizer spike. During a 3 year study involving 105 pop-ups, most plants survived (80%) and many thrived. Determining whether this technique can establish trees on a degraded tree island will require longer studies and extensive field tests.

This protocol describes a simple, cost-effective tree planting technique for restoring degraded Everglades tree islands that experience inundation. The design creates an island (pop-up) which floats initially and adds elevation to promote tree survival and growth under flooded conditions.

بسيطة زراعة تقنية لإعادة إنشاء الأشجار التي يحدث فيها غمر متكررة

Many of the Everglades tree islands have lost elevation over the past century and most of their trees have died such that they are now covered with ...

Optimized Procedure for Determining the Adsorption of Phosphonates onto Granular Ferric Hydroxide using a Miniaturized Phosphorus Determination Method

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric hydroxide (GFH), with little effort and high reliability. The phosphonate, e.g., nitrilotrimethylphosphonic acid (NTMP), is brought into contact with the GFH in a rotator in a solution buffered by an organic acid (e.g., acetic acid) or Good buffer (e.g., 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid) [MES] and N-cyclohexyl-2-hydroxyl-3-aminopropanesulfonic acid [CAPSO]) in a concentration of 10 mM for a specific time in 50 mL centrifuge tubes. Subsequently, after membrane filtration (0.45 &#181;m pore size), the total phosphorus (total P) concentration is measured using a specifically developed determination method (ISOmini). This method is a modification and simplification of the ISO 6878 method: a 4 mL sample is mixed with H2SO4 and K2S2O8 in a screw cap vial, heated to 148-150 &#176;C for 1 h and then mixed with NaOH, ascorbic acid and acidified molybdate with antimony(III) (final volume of 10 mL) to produce a blue complex. The color intensity, which is linearly proportional to the phosphorus concentration, is measured spectrophotometrically (880 nm). It is demonstrated that the buffer concentration used has no significant effect on the adsorption of phosphonate between pH 4 and 12. The buffers, therefore, do not compete with the phosphonate for adsorption sites. Furthermore, the relatively high concentration of the buffer requires a higher dosage concentration of oxidizing agent (K2S2O8) for digestion than that specified in ISO 6878, which, together with the NaOH dosage, is matched to each buffer. Despite the simplification, the ISOmini method does not lose any of its accuracy compared to the standardized method.

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric hydroxide, with little effort and high reliability. In a buffered solution, the phosphonate is brought into contact with the adsorbent using a rotator and then analyzed via a miniaturized phosphorus determination method.

الإجراء الأمثل لتحديد "الامتزاز فوسفوناتيس" على "هيدروكسيد الحديديك الحبيبية" باستخدام "أسلوب تحديد الفوسفور المنمنمة"

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric ...