We would like to thank Dr. Nicholas J. Ashbolt and Dr. G. Shay Fout for their review of the manuscript.

1. הכנת כלי הזכוכית ומרכבי סינון <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אלא אם צוין אחרת, לעקר את כל כלי הזכוכית, המארזים ופתרונות הסינון ב 121 מעלות צלזיוס במשך 15 דקות. כדי להבטיח סטריליות, לכסות את כל הפתחים או משטחים חשופים או עם רדיד אלומיניום או נייר מובטח קלטת לפני העיקור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להרכיב מנגנון סינון על ידי הצמדת בית מסנן (קוטר 47 מ&quot;מ) לארלנמייר זרוע צד L 1. לאסוף מסננים הנדרשים: מסנני דיסק electropositive / אלקטרו-47 מ&quot;מ קוטר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן תמצית 1 L של 1.5% בשר בקר (flocculating; מייצר חלקיקי floc כאשר pH של תמיסה הוא הוריד ל -3.5, או שאינו flocculating; שלא מצטבר ב- pH 3.5), עם 0.05 מ &#39;גליצין, על ידי המסת 15 גרם של תמצית בשר בקר ב 1 ליטר של מים deionized והוספת 3.75 גליצין g. הערה: תמציות בשר בקר ללא flocculating תדרוש תוספת של celite לפני ריכוז שלישוני. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף polyph נתרן תוסף elutionosphate לתמצית בשר בקר בריכוז 0.1%. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף פתרון חומצה הידרוכלורית M 1, טיפה חכמה, לערבוב תמצית בשר בקר, פתרון pH לpH הרצוי. תמצית בשר בקר החיטוי במשך 15-30 דקות ב 121 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למדוד 0.1 גרם של קנס, בינוני, או celite חלקיקים הגדול (לשימוש עם תמצית בשר בקר שאינו flocculating בלבד). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן ואקום / יניקה על ידי הצמדת צינור תואם לבקבוק בצד זרוע Erlenmeyer ולשקע ואקום. </li></ol> 2. הכנת הפתרונות ומניות וירוס <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן L 1 של 1 M HCl. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן L 1 של 1 M NaOH. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן פתרון PBS 1x (137 מ&quot;מ NaCl, 2.7 מ&quot;מ KCl, 1.47 מ&quot;מ K 2 PO 4, ו -4.3 מ&quot;מ לאא 2 PO 4). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התאם את ה- pH של 1x PBS ל 9.0 באמצעות 1 M NaOH. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן ולדלל מניות וירוס עד 10 4 5 -10 מספר הסביר ביותר (MPN) מיליליטר -1 ידי ערבוב 1 מיליליטר של מניית וירוס עם 9 מיליליטר של PBS (pH7), כפי שתואר לעיל 8,13. חנות ב -80 ° C בaliquots 1 מיליליטר. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לעקר מניות וירוס על ידי סינון מזרק (0.22 מיקרומטר גודל נקבובית) להסרת מזהמים פוטנציאליים. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Dechlorinated ברז <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדד 1 ליטר של מים ברז סטרילי באמצעות סטרילי סיים גליל ויוצקים לתוך מבחנה המכילה 2 ליטר בר מערבבים מגנטי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף 0.7 גרם של נתרן תיוסולפט ומערבבים עד שגרגרים לפזר. התאם את ה- pH של מים ברז ל7-7.5 במידת הצורך באמצעות 1 M HCl או 1 פתרון M NaOH. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספייק וירוס הפשרה (1 מיליליטר) ולהוסיף נפח שלם של ספייק לי 1 ליטר של מים ברז סטרילי dechlorinated. מערבבים במשך 10 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן ריק שיטה (מי ברז dechlorinated ללא אדנווירוס) עם כל ניסוי ותהליך באופן זהה למדגם ממוסמר. </li></ol></li></ol> 3. הכנת מכשירי סינון Millipore <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר כיסוי סטרילי מעל בית מסנן. ודאהתאמה נכונה בין בית המסנן קערה עליונה ומסך מסנן נמוך כדי למנוע דליפה מדגם במהלך סינון. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר כיסוי סטרילי מבקבוק 1 ליטר Erlenmeyer. ודא שהפקק של יחידת המסנן מתאים בנוחות בפתח העליון של ארלנמייר, יצירת חותם טוב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר קערה העליונה של יחידת מסנן מהמסך מסנן נמוך, ולמקם את מסנן electropositive דיסק 47 מ&quot;מ ישר מעל מסך עם מלקחיים סטרילית. צרף קערת בית מסנן למסך תחתון וננעלו במקומו על ידי סיבוב נגד כיוון השעון. </li></ol> 4. סינון מי ברז (ריכוז ראשי) <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדוד של וירוס 100 מיליליטר זינק ברז מים באמצעות סטרילי סיים גליל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים של וירוס 100 מיליליטר זינק ברז מים לבית מסנן המכיל גם 47 מ&quot;מ זכוכית קפלים / מסנן תאית או מסנן סיבי דיסק ננו-אלומינה / זכוכית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מאפשר למים לעבור באיטיות דרך מסנן. החל ואקום עדין להסרת שאריות שנותרו oמים ברז ו ממשטח מסנן. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם באמצעות טיפול טריפסין, להוסיף 5 מיליליטר של טריפסין 0.25% לסינון שטח ודגירה של 5 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשטוף טריפסין ממשטח מסנן באמצעות 50 מיליליטר של מים סטריליים deionized. </li></ol> 5. Elution וירוס ממסנן <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר בית מסנן מבקבוק 2 ליטר Erlenmeyer, והנח על בקבוק 250 מיליליטר בצד זרוע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדוד של תמצית בשר בקר 100 מיליליטר באמצעות סיים גליל. לאט לאט לשפוך של תמצית בשר בקר 100 מיליליטר לבית מסנן. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאפשר לתמצית בשר בקר לשפוך דרך מסנן, לכידת תמצית בשר בקר ב( 250 מיליליטר) בקבוק קטן Erlenmeyer. החל ואקום למשוך באמצעות תמצית בשר בקר שייר ממסנן. </li></ol> 6. ריכוז משני Celite <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צלוחיות העברה המכילות וירוסי eluted לצלחת ומערבבים. להוסיף בר סטרילי מגנטי מערבבים ומניחים על צלחת ומערבבים, ערבוב כדי ליצור מערבולת קלה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף 0.1 גרם של celiteאבקה לתמצית בשר בקר 100 מיליליטר ולאפשר celite להתפזר. הנח בדיקה pH סטרילי לתוך תמצית בשר בקר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף טיפה חכמה 1 M HCl לתמצית בשר בקר להשיג pH 4.0. לאפשר לערבב לאט במשך 10 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניחים 47 מ&quot;מ מראש מסנן על בית מסנן (כפי שתואר לעיל) באמצעות בקבוק 2 ליטר Erlenmeyer. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים 100 מיליליטר תמצית בשר בקר / תערובת celite מעל לפני מסנן. לאפשר לתמצית בשר בקר לשפוך דרך. החל ואקום קל למשוך דרך לחלץ בשר שייר ממסנן. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הנח קליפ צינור מתכת בסוף זרבובית בית המסנן. צרף צינור איסוף פוליפרופילן סטרילי 15 מיליליטר לקליפ צינור מתכת. הנח בית מסנן בחזרה לארלנמייר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 5 מיליליטר של חיץ 1x PBS, pH 9.0 מעל celite נאסף על קדם-מסנן. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאפשר PBS לטפטף דרך קדם-מסנן. החל ואקום קל למשוך דרך PBS שייר ל -15 מיליליטר צינור איסוף. </li></ol> ריכוז משני הפתתה אורגנית 7. <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl">העבר את הכוסות המכילות את נגיף eluted לצלחת ומערבבים. להוסיף בר ומערבב מגנטי סטרילי של תמצית בשר בקר 100 מיליליטר ומערבבים כדי ליצור מערבולת קלה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הנח בדיקה pH סטרילי לתוך תמצית בשר בקר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 1 טיפת M HCl חכמה תמצית בשר בקר ולהתאים את ה- pH 3.5. לערבב למשך 30 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים את eluate לתוך 250 מיליליטר צינורות חרוטי צנטריפוגה ו צנטריפוגות ב 2500 XG במשך 15 דקות ב 4 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יוצקים את טיפול לקיחת supernatant לא לא לשבש את גלולה. Resuspend גלולה ב 5 מיליליטר של 1x PBS, pH 9. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צנטריפוגה ההשעיה ב 4000 XG במשך 10 דקות ב 4 מעלות צלזיוס. יוצקים את supernatant וזורקים את הכדור. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> התאם את ה- pH ל7-7.5, מסנן לעקר באמצעות מסנן מזרק 0.22 מיקרומטר והקפאה ב -80 מעלות צלזיוס. </li></ol> 8. ויראלי חומצות גרעין Extraction <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחלץ חומצות גרעין נגיפיות באמצעות ערכה מסחרית מתאימה בהתאם להוראות יצרן. </li></ol> &lt;class = &quot;jove_title&quot; p&gt; 9. עו&quot;ד 40/41 qPCR <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בצבעי יסוד ובדיקות, כמו גם תערובת תגובה ופרופילי רכיבה תרמית כפי שפורסם 8,13. הערה: מגבלה משוערת של גילוי עבור assay היא כ 5 יחידות qPCR לכל תגובה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוספת מרכיבי תערובות ההגברה PCR בריכוזים כדלקמן: 10 מ&quot;מ טריס (pH 8.3), 50 מ&quot;מ KCl, 4.5 מ&quot;מ MgCl 2, 10 מ&quot;מ dNTPs, 10 מיקרומטר פריימרים ובדיקת 1 מיקרומטר ו 0.5 μl של פולימראז כך שכמויות סופיות של 45 ניתן להוסיף μl למספר מתאים של בארות בצלחת תגובת 96-גם PCR. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עומס 45 μl של תערובת ההגברה PCR היטב כל אחד המתאים של 96-היטב, תגובה מהירה צלחת PCR. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 5 μl של DNA שחולץ מדגם לבארות מתאימות של צלחת PCR. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כיסוי צלחת עם כיסוי עמיד חותם חום, לסובב את הצלחת לעבור כל טיפות לתחתית בארות צלחת PCR. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחזורי הגברה PCR קבעו כfollOWS: 95 מעלות צלזיוס למשך 10 דקות, ואחרי 40 מחזורים של 95 מעלות צלזיוס למשך 15 שניות ו 60 מעלות צלזיוס במשך 1 דקות. </li></ol> 10. ניתוח נתונים <ol style="margin-left: 40px;;text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניתוח מדידות בשלושה עותקים של דילולים פי 5 הסידוריים של הדגימות פורש 1: 5 ל -1: טווח 625 דילול כדי לקבוע את המספר הסביר ביותר (MPN) של החלקיקים הנגיפיים, כפי שתואר בעבר 8,13. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לנתח דילולים פי 5 סידוריים של קוצים ניסיוניים אדנווירוס פורש 1: 5 ל -1: מגוון 15625 דילול כדי לקבוע את המספר הסביר ביותר (MPN) של החלקיקים הנגיפיים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שימוש במחשבון EPA MPN (http://www.epa.gov/nerlcwww/online.html), להתאים את המחשבון לחשבון לסוג של דילול (1: 5 או 1:10), מספר דילולים ביצע, ומספר לשכפל דגימות סדרת דילול ב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בצע כניסה 10 טרנספורמציה של הנתונים, ואחריו נרמול ליחידת הנפח (מיליליטר לדוגמא, 1, 100 מיליליטר, וכו &#39; </em&gt;). לחשב החלמה לניסוי נתון על ידי חלוקת מספר החלקיקים נגיפיים נוכחים במדגם מתרכז עם מספר החלקיקים הנגיפיים נוכחים בקוצים ניסיוניים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להעריך את ההשפעה של המשתנים הניסיוניים השונים (למשל, סוגים שונים celite, טווחי pH, סוגים שונים של מסנן וטכניקות ריכוז משניים שונות) על החלמה עו&quot;ד על ידי ביצוע בדיקות סטטיסטיות פרמטרית או אי-פרמטרית (למשל, מבחן t מזווג, אחד או שתיים -way ANOVA) בהתאם להתפלגות של הנתונים ועיצוב ניסיוני. </li></ol>

<ol>
	<li>Sinclair, R. G., Jones, E. L., Gerba, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viruses+in+recreational+water-borne+disease+outbreaks:+a+review.">Viruses in recreational water-borne disease outbreaks: a review.</a> Journal of Applied Microbiology. 107, 1769-1780 (2009).</li><li>WHO. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Guidelines for Safe Recreational Water Environments. , (2003).</li><li>Westrell, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Norovirus+outbreaks+linked+to+oyster+consumption+in+the+United+Kingdom.">Norovirus outbreaks linked to oyster consumption in the United Kingdom.</a> Euro Surveillance : Bulletin Europeen Sur les Maladies Transmissibles = European Communicable Disease Bulletin. 15, (2010).</li><li>Wong, K., Fong, T. T., Bibby, K., Molina, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+enteric+viruses+for+fecal+pollution+source+tracking+in+environmental+waters.">Application of enteric viruses for fecal pollution source tracking in environmental waters.</a> Environment International. 45, 151-164 (2012).</li><li>Cashdollar, J. L., Wymer, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+primary+concentration+of+viruses+from+water+samples:+a+review+and+meta-analysis+of+recent+studies.">Methods for primary concentration of viruses from water samples: a review and meta-analysis of recent studies.</a> Journal of Applied Microbiology. 115, 1-11 (2013).</li><li>Ikner, L. A., Soto-Beltran, M., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+method+using+a+positively+charged+microporous+filter+and+ultrafiltration+for+concentration+of+viruses+from+tap+water.">New method using a positively charged microporous filter and ultrafiltration for concentration of viruses from tap water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 77, 3500-3506 (2011).</li><li>Karim, M. R., Rhodes, E. R., Brinkman, N., Wymer, L., Fout, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+electropositive+filter+for+concentrating+enteroviruses+and+noroviruses+from+large+volumes+of+water.">New electropositive filter for concentrating enteroviruses and noroviruses from large volumes of water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75, 2393-2399 (2009).</li><li>McMinn, B. R., Cashdollar, J. L., Grimm, A. C., Fout, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+celite+secondary+concentration+procedure+and+an+alternate+elution+buffer+for+the+recovery+of+enteric+adenoviruses+40+and+41.">Evaluation of the celite secondary concentration procedure and an alternate elution buffer for the recovery of enteric adenoviruses 40 and 41.</a> Journal of Virological Methods. 179, 423-428 (2012).</li><li>Katzenelson, E., Fattal, B., Hostovesky, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organic+flocculation:+an+efficient+second-step+concentration+method+for+the+detection+of+viruses+in+tap+water.">Organic flocculation: an efficient second-step concentration method for the detection of viruses in tap water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 32, 638-639 (1976).</li><li>Fout, G. S., Schaefer, F. W., Messer, J. W., Dahling, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> ICR microbial laboratory manual. 178, (1996).</li><li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> Journal of Virological Methods. 153, 79-83 (2008).</li><li>Calgua, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+quantification+of+classic+and+emerging+viruses+by+skimmed-milk+flocculation+and+PCR+in+river+water+from+two+geographical+areas.">Detection and quantification of classic and emerging viruses by skimmed-milk flocculation and PCR in river water from two geographical areas.</a> Water Research. 47, 2797-2810 (2013).</li><li>McMinn, B. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+adenovirus+40+and+41+recovery+from+tap+water+using+small+disk+filters.">Optimization of adenovirus 40 and 41 recovery from tap water using small disk filters.</a> Journal of Virological Methods. 193 (2), 284-290 (2013).</li><li>Brinkman, N. E., Haffler, T. D., Cashdollar, J. L., Rhodes, E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+methods+using+celite+to+concentrate+norovirus,+adenovirus+and+enterovirus+from+wastewater.">Evaluation of methods using celite to concentrate norovirus, adenovirus and enterovirus from wastewater.</a> Journal of Virological Methods. 193, 140-146 (2013).</li><li>Albinsson, B., Kidd, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adenovirus+type+41+lacks+an+RGD+alpha(v)-integrin+binding+motif+on+the+penton+base+and+undergoes+delayed+uptake+in+A549+cells.">Adenovirus type 41 lacks an RGD alpha(v)-integrin binding motif on the penton base and undergoes delayed uptake in A549 cells.</a> Virus Research. 64, 125-136 (1999).</li><li>He, C., Lian, J. S., Jiang, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electronic+structures+and+hydrogen+bond+network+of+high-density+and+very+high-density+amorphous+ices.">Electronic structures and hydrogen bond network of high-density and very high-density amorphous ices.</a> The Journal of Physical Chemistry. B. 109, 19893-19896 (2005).</li><li>Sedmak, G., Bina, D., Macdonald, J., Couillard, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nine-year+study+of+the+occurrence+of+culturable+viruses+in+source+water+for+two+drinking+water+treatment+plants+and+the+influent+and+effluent+of+a+Wastewater+Treatment+Plant+in+Milwaukee,+Wisconsin.">Nine-year study of the occurrence of culturable viruses in source water for two drinking water treatment plants and the influent and effluent of a Wastewater Treatment Plant in Milwaukee, Wisconsin.</a> 71, 1042-1050 (2005).</li><li>Soto-Beltran, M., Ikner, L. A., Bright, K. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effectiveness+of+poliovirus+concentration+and+recovery+from+treated+wastewater+by+two+electropositive+filter+methods.">Effectiveness of poliovirus concentration and recovery from treated wastewater by two electropositive filter methods.</a> Food and Environmental Virology. 5, 91-96 (2013).</li><li>Haramoto, E., Katayama, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+acidic+elution+to+virus+concentration+using+electropositive+filters.">Application of acidic elution to virus concentration using electropositive filters.</a> Food and Environmental Virology. 5, 77-80 (2013).</li><li>Lee, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+electropositive+filtration+for+recovering+norovirus+in+water.">Evaluation of electropositive filtration for recovering norovirus in water.</a> Journal of Water and Health. 9, 27-36 (2011).</li><li>Gibbons, C. D., Rodriguez, R. A., Tallon, L., Sobsey, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+positively+charged+alumina+nanofibre+cartridge+filters+for+the+primary+concentration+of+noroviruses,+adenoviruses+and+male-specific+coliphages+from+seawater.">Evaluation of positively charged alumina nanofibre cartridge filters for the primary concentration of noroviruses, adenoviruses and male-specific coliphages from seawater.</a> Journal of Applied Microbiology. 109, 635-641 (2010).</li><li>Hill, V. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+rapid+method+for+simultaneous+recovery+of+diverse+microbes+in+drinking+water+by+ultrafiltration+with+sodium+polyphosphate+and+surfactants.">Development of a rapid method for simultaneous recovery of diverse microbes in drinking water by ultrafiltration with sodium polyphosphate and surfactants.</a> Applied and Environmental Microbiology. 71, 6878-6884 (2005).</li><li>Polaczyk, A. L., Roberts, J. M., Hill, V. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+1MDS+electropositive+microfilters+for+simultaneous+recovery+of+multiple+microbe+classes+from+tap+water.">Evaluation of 1MDS electropositive microfilters for simultaneous recovery of multiple microbe classes from tap water.</a> Journal of Microbiological Methods. 68, 260-266 (2007).</li><li>Rhodes, E. R., Hamilton, D. W., See, M. J., Wymer, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+hollow-fiber+ultrafiltration+primary+concentration+of+pathogens+and+secondary+concentration+of+viruses+from+water.">Evaluation of hollow-fiber ultrafiltration primary concentration of pathogens and secondary concentration of viruses from water.</a> Journal of Virological Methods. 176, 38-45 (2011).</li><li>Melnick, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Round+robin+investigation+of+methods+for+the+recovery+of+poliovirus+from+drinking+water.">Round robin investigation of methods for the recovery of poliovirus from drinking water.</a> Applied and Environmental Microbiology. 47, 144-150 (1984).</li><li>Schwab, K. J., De Leon, R., Sobsey, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Concentration+and+purification+of+beef+extract+mock+eluates+from+water+samples+for+the+detection+of+enteroviruses,+hepatitis+A+virus,+and+Norwalk+virus+by+reverse+transcription-PCR.">Concentration and purification of beef extract mock eluates from water samples for the detection of enteroviruses, hepatitis A virus, and Norwalk virus by reverse transcription-PCR.</a> Applied and Environmental Microbiology. 61, 531-537 (1995).</li></ol>

No competing financial interests. 
The views expressed in this article are those of the authors and do not necessarily reflect the views or policies of the U.S. Environmental Protection Agency. Mention of trade names or commercial products does not constitute endorsement or recommendation for use.

מסנני electropositive שימושיים בריכוז וירוסים ממים; עם זאת מסננים אלה יכולים להיות שונים במבנה שלהם ובהרכב אשר בתורו יכול לשנות את האפקטיביות שלהם. ההרכבה בעיה זו, מבני קפסיד וחיובים משתנים בין זני וירוס הדורשים טכניקות ריכוז להיות מותאמות כדי להבטיח התאוששות אופטימלית ...

וירוסי enteric אדם הם סוכני סיבה חשובים של מחלות המועברות במי 1-3, אבל הם בדרך כלל נוכחים במספרים נמוכים במים המזוהמים סביבתיים, מה שהופך את איתורם קשה בלי ריכוז. נהלים המשמשים להתרכז וירוסים כוללים בדרך כלל שלב סינון, ואחריו elution מסנן, וריכוז המשני של eluate המסנן. הליך סינון נפוץ מסתמך על שימוש בממברנות טעונות כגון מסנני electropositive (נבדקו לאחרונה 4,5). מסננים אלה מסתמכים על לכידת וירוסים תלויים במים באמצעות אינטראקציות אלקטרוסטטיות בין משטח המסנן (מטען חשמלי חיובי) וחלקיקי נגיף ממוקדים (מטען שלילי). שני מסננים electropositive כי הם זמינים באופן מסחרי להסתמך על טכנולוגיה זו, מסנני זכוכית / תאית וננו-אלומינה / סיבי זכוכית. עלויות פילטר זכוכית / תאית הן עד 10 פעמים כי ננו-אלומינה / סיבי הזכוכית, המגבילות את השימוש בזכוכית / ceמסנני llulose לניטור וירוס שיגרתי. מחקרים שנעשו לאחרונה הגיעו למסקנה הבדלים הם נומינליים בין שני מסננים אלה בהתאוששות של enteroviruses מ6,7 מים הסביבה, המצדיקים את השימוש בחלופה זולה יותר מסנן. אפשרויות סינון נוספות כגון מסנני אלקטרו וזכוכית צמר נחקרו, לעומת זאת, הם גם דורשים הטיפול המקדים של מים מקור (מסנני אלקטרו) או אינם זמינים באופן מסחרי (מסנני זכוכית צמר). הפיתוח של נהלי ריכוז וירוס בעיקר התמקד אופטימיזציה טכניקות ריכוז עיקריות (מסננים) על מנת לשפר את ההחלמה וירוס ממים. עם זאת, הליכי ריכוז משניים, המקטין את הנפח של eluant בדרך כלל מL 1 למיליליטר כרכים, יכולים גם להיות השפעה משמעותית על החלמה וירוס 8. ריכוז המשני של וירוסי enteric בדרך כלל מסתמך על סוכן flocculating כגון סוגים מסוימים של תמצית בשר בקר (floccu האורגניlation) או הפתתה חלב דל שומן 9-12 להסיר חלקיקי נגיף ממשטחי מסנן. לאחרונה, עוד הליך ריכוז המשני באמצעות תמצית בשר יחד עם התוספת של celite (חלקיקים קטנים) הראה הבטחה לשחזור אדנווירוס, enterovirus, וnorovirus 8,13,14. עבודות ריכוז Celite תחת עקרונות דומים לזה של שיטת הפתתה האורגנית שבחלקיקי הווירוס לצרף ולמשתחררות מחלקיקים (floc או celite) על ידי שינוי pH של תמיסת ההשעיה. השוואות בין שתי טכניקות ריכוז המשניות אלה הוערכו בהתאוששות של אדנווירוס ממוסמר סוגים (עו&quot;ד) 40 ו -41 8. מחקר זה הגיע למסקנה כי שתי טכניקות הריכוז המשניות היו סטטיסטיים דומות בהתאוששות של אדנו-וירוסים. עם זאת, שיטת הפתתה האורגנית דורשת 30 דקות. דגירה ב- pH 3.5, ואילו טכניקת celite דורשת דגירה קצרה יותר (10 דקות) ב- pH 4.0. Flocculat האורגנייון מחייב גם שימוש בציוד יקר מעבדה (צנטריפוגות) כדי לאסוף חלקיקי floc במהלך ריכוז שלישוני, טכניקת celite בניגוד משתמשת בציוד בסיסי בלבד מעבדה (סינון ואקום) כדי להפריד בין חלקיקי celite מהשעיה. שילובים מסוימים של מסננים וטכניקות elution המשניות יכולים להשפיע גם על החלמה וירוס. מחקר אחד למסקנה כי שילובים מסוימים של (מסנני electropositive) ראשוניים ומשניות טכניקות ריכוז (celite או הפתתה אורגנית) היו השפעה משמעותית של התאוששות של אדנו-וירוס 13. ממצאים אלה מראים כי אופטימיזציה נדרשת על מנת להתאושש בצורה אופטימלית וירוס יעד ממטריצת מים שניתנו בעת השימוש בטכניקות אלה. אופטימיזציה היא זמן רב, חוקרים רבים תהליך מפרך באופן פעיל להימנע מאז משתנים רבים יוערכו (סוג המסנן / מותג, פתרון elution pH, celite / הפתתה אורגנית). לשם כך זהTudy, הליך פותח כדי לזהות תנאים אופטימליים לריכוז וירוס ממים באמצעות אדנווירוס אדם ממוסמר זני 40 ו 41. יש להניח, שכן כל סוג וירוס מציג מורפולוגיה קפסיד ייחודית ותשלום קפסיד ספציפי, פרוטוקולי ריכוז עשויים צריכים להיות מותאמים לכל וירוס היעד כדי להשיג התאוששות ויראלי אופטימלית. מחקר זה מספק גישה לעו&quot;ד 40 ו -41 על ידי ריכוז: 1) הערכת החלמה וירוס במים ברז באמצעות תקליטורי electropositive מסנן ואחריו 2) הערכה של שיטת הפתתה אורגנית הוקמה לעומת טכניקת celite כריכוז משנית, ו 3) הערכה מאגרי elution לריכוז שלישוני.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="786">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Name of Reagent/ Equipment</td>
			<td style="width:143px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:295px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Adenovirus 40 stock</td>
			<td style="width:143px;">ATCC</td>
			<td style="width:119px;">VR-931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Adenovirus 41 stock</td>
			<td style="width:143px;">ATCC</td>
			<td style="width:119px;">VR-930</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Sodium Thiosulfate</td>
			<td style="width:143px;">Fluka Chemical Co.</td>
			<td style="width:119px;">72051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Celites #577</td>
			<td style="width:143px;">Fluka Chemical Co.</td>
			<td style="width:119px;">22142</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">NanoCeram 47mm</td>
			<td style="width:143px;">Argonide</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">1MDS 47mm</td>
			<td style="width:143px;">3M</td>
			<td style="width:119px;">6408502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">AP-20 Prefilter 47mm</td>
			<td style="width:143px;">Millipore Corp.</td>
			<td style="width:119px;">AP2004700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Glycine&#160;</td>
			<td style="width:143px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">50046-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Sodium Polyphosphate</td>
			<td style="width:143px;">Acros Organics</td>
			<td style="width:119px;">390930010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Trypsin</td>
			<td style="width:143px;">Gibco</td>
			<td style="width:119px;">25200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">PBS</td>
			<td style="width:143px;">Sigma</td>
			<td style="width:119px;">P5368</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Hydrochloric Acid</td>
			<td style="width:143px;">Fisher</td>
			<td style="width:119px;">A481-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">BBL Beef Extract</td>
			<td style="width:143px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">212303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Difco Beef Extract</td>
			<td style="width:143px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">211520</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:231px;">ABI 7900 Real-time PCR system</td>
			<td style="width:143px;">ABI</td>
			<td style="width:119px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Stainless Steel Filter Housing</td>
			<td style="width:143px;">Millipore Corp.</td>
			<td>XX2004720</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">Blood DNA Extraction Kit</td>
			<td style="width:143px;">Qiagen&#160;</td>
			<td style="width:119px;">51104</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:231px;">EPA MPN Calculator</td>
			<td style="width:143px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>http://www.epa.gov/nerlcwww/online.html</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a small volume procedure for viral concentration from water

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to identify optimal parameters for virus concentration. Viruses can be concentrated from water using filtration (electropositive, electronegative, glass wool or size exclusion), followed by secondary concentration with beef extract to release viruses from filter surfaces, and finally tertiary concentration resulting in a 5-30 ml volume virus concentrate. In order to identify optimal concentration procedures, two different electropositive filters were evaluated (a glass/cellulose filter [1MDS] and a nano-alumina/glass filter [NanoCeram]), as well as different secondary concentration techniques; the celite technique where three different celite particle sizes were evaluated (fine, medium and large) followed by comparing this technique with that of the established organic flocculation method. Various elution additives were also evaluated for their ability to enhance the release of adenovirus (AdV) particles from filter surfaces. Fine particle celite recovered similar levels of AdV40 and 41 to that of the established organic flocculation method when viral spikes were added during secondary concentration. The glass/cellulose filter recovered higher levels of both, AdV40 and 41, compared to that of a nano-alumina/glass fiber filter. Although not statistically significant, the addition of 0.1% sodium polyphosphate amended beef extract eluant recovered 10% more AdV particles compared to unamended beef extract.

<html> בחירת Celite שלושה סוגים שונים של celite נבדקו לפני הבחירה של גרסת הביצועים הטובה ביותר. Celites עם קנס לחלקיקים בגודל בינוני המיוצר על ההחלמה אדנווירוס הגבוהה ביותר. השימוש בcelites הגדול הביא להחלמה נמוכה יותר עבור שניהם AdV40 ו -41 (טווח של ...

Watch this Scientific Journal Video about A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water at JoVE.com

A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water

An approach was developed for identifying optimal viral concentration conditions for small volume water samples using spikes of human adenovirus. The techniques described here are used to identify concentration parameters for other viral targets, and applied to large-scale viral concentration experimentation.

נוהל נפח קטן לריכוז נגיפי ממים

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to ...

a-small-volume-procedure-for-viral-concentration-from-water

Universidad San Sebastian

Research

JoVE Journal

Environment

10.0K Views.  U.S. EPA. An approach was developed for identifying optimal viral concentration conditions for small volume water samples using spikes of human adenovirus. The techniques described here are used to identify concentration parameters for other viral targets, and applied to large-scale viral concentration experimentation. 

Video: A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water

Laboratory-determined Phosphorus Flux from Lake Sediments as a Measure of Internal Phosphorus Loading

Eutrophication is a water quality issue in lakes worldwide, and there is a critical need to identify and control nutrient sources. Internal phosphorus (P) loading from lake sediments can account for a substantial portion of the total P load in eutrophic, and some mesotrophic, lakes. Laboratory determination of P release rates from sediment cores is one approach for determining the role of internal P loading and guiding management decisions. Two principal alternatives to experimental determination of sediment P release exist for estimating internal load: in situ measurements of changes in hypolimnetic P over time and P mass balance. The experimental approach using laboratory-based sediment incubations to quantify internal P load is a direct method, making it a valuable tool for lake management and restoration.
Laboratory incubations of sediment cores can help determine the relative importance of internal vs. external P loads, as well as be used to answer a variety of lake management and research questions. We illustrate the use of sediment core incubations to assess the effectiveness of an aluminum sulfate (alum) treatment for reducing sediment P release. Other research questions that can be investigated using this approach include the effects of sediment resuspension and bioturbation on P release.
The approach also has limitations. Assumptions must be made with respect to: extrapolating results from sediment cores to the entire lake; deciding over what time periods to measure nutrient release; and addressing possible core tube artifacts. A comprehensive dissolved oxygen monitoring strategy to assess temporal and spatial redox status in the lake provides greater confidence in annual P loads estimated from sediment core incubations.

Lake eutrophication is a water quality issue worldwide, making the need to identify and control nutrient sources critical. Laboratory determination of phosphorus release rates from sediment cores is a valuable approach for determining the role of internal phosphorus loading and guiding management decisions.

נקבע מעבדה זרחן שטף מאגם המשקעים כמדד לטעינה הפנימית זרחן

Eutrophication is a water quality issue in lakes worldwide, and there is a critical need to identify and control nutrient sources. Internal phosphorus (P) ...

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometry

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be subsampled throughout the experiment1&#8211;7. Subsampling of large volumes can be problematic for several reasons: 1) it causes variation in the total volume and the surface area:volume ratio of the culture during the experiment; 2) pseudo-replication (i.e., replicate samples from the same treatment flask8) is often employed rather than true replicates (i.e., sampling from replicate treatments); 3) the duration of the experiment is limited by the total volume; and 4) axenic cultures or the usual bacterial microbiota are difficult to maintain during long-term experiments as contamination commonly occurs during subsampling.
The use of microtiter plates enables 1 ml culture volumes to be used for each replicate, with up to 48 separate treatments within a 12.65 x 8.5 x 2.2 cm plate, thereby decreasing the experimental volume and allowing for extensive replication without subsampling any treatment. Additionally, this technique can be modified to fit a variety of experimental formats including: bacterial-algal co-cultures, algal physiology tests, and toxin screening9&#8211;11. Individual wells with an alga, bacterium and/or co-cultures can be sampled for numerous laboratory procedures including, but not limited to: WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometry, microscopy, bacterial colony forming unit (cfu) counts and flow cytometry. The combination of the microtiter plate format and WATER-PAM fluorometry allows for multiple rapid measurements of photochemical yield and other photochemical parameters with low variability between samples, high reproducibility and avoids the many pitfalls of subsampling a carboy or conical flask over the course of an experiment.

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated WATER-PAM Fluorometry

The goal of this procedure is to demonstrate the reproducibility and adaptability of using a microtiter plate format for microalgal screening. This rapid screen combines WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometry to measure photosynthetic yield as an indicator of Photosystem II (PSII) health with small volume bacterial-algal co-cultures.

מבדק נפח קטן להערכה בקטריאלי / הפיטופלנקטון Co-תרבות שימוש במים-Pulse-Amplitude-אופנן (WATER-PAM) Fluorometry

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be ...

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most experiments examine only two or a few levels of CA concentration and a single soil type, but if CA can be varied as a gradient from subambient to superambient concentrations on multiple soils, we can discern whether past ecosystem responses may continue linearly in the future and whether responses may vary across the landscape. The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility applies a 250 to 500 &#181;l L-1 CA gradient to Blackland prairie plant communities established on lysimeters containing clay, silty clay, and sandy soils. The gradient is created as photosynthesis by vegetation enclosed in in temperature-controlled chambers progressively depletes carbon dioxide from air flowing directionally through the chambers. Maintaining proper air flow rate, adequate photosynthetic capacity, and temperature control are critical to overcome the main limitations of the system, which are declining photosynthetic rates and increased water stress during summer. The facility is an economical alternative to other techniques of CA enrichment, successfully discerns the shape of ecosystem responses to subambient to superambient CA enrichment, and can be adapted to test for interactions of carbon dioxide with other greenhouse gases such as methane or ozone.

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility creates a 250 to 500 &#181;l L-1 linear carbon dioxide gradient in temperature-controlled chambers housing grassland plant communities on clay, silty clay, and sandy soil monoliths. The facility is used to determine how past and future carbon dioxide levels affect grassland carbon cycling.

CO<sub&gt; 2</sub&gt; מתקן מפל ריכוזים לבדיקה CO<sub&gt; 2</sub&gt; העשרה וקרקע השפעות על תפקוד המערכת האקולוגית גראסלאנד

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and enables to perform rapid, automated and simple SPE. The pre-concentrated solution is compatible with analysis by immunoassay, with a low organic solvent content. A method is described for the extraction and pre-concentration of natural hormone 17&#946;-estradiol in 100 ml water samples. Reverse phase SPE is performed with octadecyl-silica sorbent and elution is done with 200 &#181;l of methanol 50% v/v. Eluent is diluted by adding di-water to lower the amount of methanol. After preparing manually the SPE column, the overall procedure is performed automatically within 1 hr. At the end of the process, estradiol concentration is measured by using a commercial enzyme-linked immune-sorbent assay (ELISA). 100-fold pre-concentration is achieved and the methanol content in only 10% v/v. Full recoveries of the molecule are achieved with 1 ng/L spiked de-ionized and synthetic sea water samples.

A protocol for the extraction and pre-concentration of estradiol from water samples by using an automated and miniaturized system is presented.

שיטה פשוטה למיצוי שלב המוצק האוטומטי של דגימות מים לניתוח החיסוני של מזהמים קטנים

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Extracting Metrics for Three-dimensional Root Systems: Volume and Surface Analysis from In-soil X-ray Computed Tomography Data

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to climate change and crop management. Quantitative size information on roots in their native environment is invaluable for studying root growth and environmental processes involving plants. X-ray computed tomography (XCT) has been demonstrated to be an effective tool for in situ root scanning and analysis. We aimed to develop a costless and efficient tool that approximates the surface and volume of the root regardless of its shape from three-dimensional (3D) tomography data. The root structure of a Prairie dropseed (Sporobolus heterolepis) specimen was imaged using XCT. The root was reconstructed, and the primary root structure was extracted from the data using a combination of licensed and open-source software. An isosurface polygonal mesh was then created for ease of analysis. We have developed the standalone application imeshJ, generated in MATLAB1, to calculate root volume and surface area from the mesh. The outputs of imeshJ are surface area (in mm2) and the volume (in mm3). The process, utilizing a unique combination of tools from imaging to quantitative root analysis, is described. A combination of XCT and open-source software proved to be a powerful combination to noninvasively image plant root samples, segment root data, and extract quantitative information from the 3D data. This methodology of processing 3D data should be applicable to other material/sample systems where there is connectivity between components of similar X-ray attenuation and difficulties arise with segmentation.

A methodology for obtaining visual and quantitative root structure information from X-ray computed tomography data acquired in-soil is presented.

חילוץ מדדים עבור מערכות רוט תלת ממדי: ניתוח עוצם Surface מן הנתונים-אדמת רנטגן טומוגרפיה הממוחשבת

Plant roots play a critical role in plant-soil-microbe interactions that occur in the rhizosphere, as well as processes with important implications to ...

Soil Lysimeter Excavation for Coupled Hydrological, Geochemical, and Microbiological Investigations

Studying co-evolution of hydrological and biogeochemical processes in the subsurface of natural landscapes can enhance the understanding of coupled Earth-system processes. Such knowledge is imperative in improving predictions of hydro-biogeochemical cycles, especially under climate change scenarios. We present an experimental method, designed to capture sub-surface heterogeneity of an initially homogeneous soil system. This method is based on destructive sampling of a soil lysimeter designed to simulate a small-scale hillslope. A weighing lysimeter of one cubic meter capacity was divided into sections (voxels) and was excavated layer-by-layer, with sub samples being collected from each voxel. The excavation procedure was aimed at detecting the incipient heterogeneity of the system by focusing on the spatial assessment of hydrological, geochemical, and microbiological properties of the soil. Representative results of a few physicochemical variables tested show the development of heterogeneity. Additional work to test interactions between hydrological, geochemical, and microbiological signatures is planned to interpret the observed patterns. Our study also demonstrates the possibility of carrying out similar excavations in order to observe and quantify different aspects of soil-development under varying environmental conditions and scale.

This study presents an excavation method for investigating subsurface hydrological, geochemical, and microbiological heterogeneity of a soil lysimeter. The lysimeter simulates an artificial hillslope which was initially under homogeneous condition and had been subjected to approximately 5,000 mm of water over eight cycles of irrigation in an 18-month period.

חפירה באדמה Lysimeter עבור ההידרולוגי מצמידים, גיאוכימיות, וחקירות מיקרוביולוגיות

Studying co-evolution of hydrological and biogeochemical processes in the subsurface of natural landscapes can enhance the understanding of coupled ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment during manufacturing and transport. Because of their environmental persistence, they are widely distributed in the oceans and on beaches all over the world. They can act as a vector of potentially toxic organic compounds (e.g., polychlorinated biphenyls) and might consequently negatively affect marine organisms. Their possible impacts along the food chain are not yet well understood. In order to assess the hazards associated with the occurrence of plastic pellets in the marine environment, it is necessary to develop methodologies that allow for rapid determination of associated organic contaminant levels. The present protocol describes the different steps required for sampling resin pellets, analyzing adsorbed organochlorine pesticides (OCPs) and identifying the plastic type. The focus is on the extraction of OCPs from plastic pellets by means of a pressurized fluid extractor (PFE) and on the polymer chemical analysis applying Fourier Transform-InfraRed (FT-IR) spectroscopy. The developed methodology focuses on 11 OCPs and related compounds, including dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) and its two main metabolites, lindane and two production isomers, as well as the two biologically active isomers of technical endosulfan. This protocol constitutes a simple and rapid alternative to existing methodology for evaluating the concentration of organic contaminants adsorbed on plastic pieces.

Microplastics act as vector of potentially toxic organic contaminants with unpredictable effects. This protocol describes an alternative methodology for assessing the levels of organochlorine pesticides adsorbed on plastic pellets and identifying the polymer chemical structure. The focus is on pressurized fluid extraction and attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy.

הפקת חומרי הדברה אורגנוכלורינים מפלסטיק וגלגול סוג פלסטיק

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...

Capturing Flow-weighted Water and Suspended Particulates from Agricultural Canals During Drainage Events

The purpose of this study is to describe the methods used to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canals during drainage discharge events. Farm canals can be enriched by nutrients such as phosphorus (P) that are susceptible to transport. Phosphorus in the form of suspended particulates can significantly contribute to the overall P loads in drainage water. A settling tank experiment was conducted to capture suspended particulates during discrete drainage events. Farm canal discharge water was collected in a series of two 200 L settling tanks over the entire duration of the drainage event, so as to represent a composite subsample of the water being discharged. Imhoff settling cones are ultimately used to settle out the suspended particulates. This is achieved by siphoning water from the settling tanks via the cones. The particulates are then collected for physico-chemical analyses.

Nutrients present in particulate form can contribute significantly to the overall loads in agricultural drainage waters. This study describes a novel method to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canal drainage over the entire duration of the drainage event.

לכידת משוקלל זרימת מים, חלקיקים מן התעלות חקלאית במהלך אירועים ניקוז

The purpose of this study is to describe the methods used to capture flow-weighted water and suspended particulates from farm canals during drainage ...

A Simple Planting Technique for Re-establishing Trees Where Frequent Inundation Occurs

Many of the Everglades tree islands have lost elevation over the past century and most of their trees have died such that they are now covered with herbaceous plants. This protocol describes a simple, cost-effective tree planting technique needed for restoring degraded Everglade tree islands. The design is patterned after a natural Everglades process that creates floating peat islands, which allows tree survival and growth in flooded conditions and often leads to the development of tree islands. Commercially available peat bags were used as the medium for the growth and establishment of potted native tree saplings. The pop-up configuration floated initially and provided additional elevation to minimize inundation, with a single native tree species sapling and a single tree fertilizer spike. During a 3 year study involving 105 pop-ups, most plants survived (80%) and many thrived. Determining whether this technique can establish trees on a degraded tree island will require longer studies and extensive field tests.

This protocol describes a simple, cost-effective tree planting technique for restoring degraded Everglades tree islands that experience inundation. The design creates an island (pop-up) which floats initially and adds elevation to promote tree survival and growth under flooded conditions.

פשוט לשתול טכניקה מחדש הקמת עצי שבו מתרחשת בתדירות מושאן

Many of the Everglades tree islands have lost elevation over the past century and most of their trees have died such that they are now covered with ...

Optimized Procedure for Determining the Adsorption of Phosphonates onto Granular Ferric Hydroxide using a Miniaturized Phosphorus Determination Method

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric hydroxide (GFH), with little effort and high reliability. The phosphonate, e.g., nitrilotrimethylphosphonic acid (NTMP), is brought into contact with the GFH in a rotator in a solution buffered by an organic acid (e.g., acetic acid) or Good buffer (e.g., 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid) [MES] and N-cyclohexyl-2-hydroxyl-3-aminopropanesulfonic acid [CAPSO]) in a concentration of 10 mM for a specific time in 50 mL centrifuge tubes. Subsequently, after membrane filtration (0.45 &#181;m pore size), the total phosphorus (total P) concentration is measured using a specifically developed determination method (ISOmini). This method is a modification and simplification of the ISO 6878 method: a 4 mL sample is mixed with H2SO4 and K2S2O8 in a screw cap vial, heated to 148-150 &#176;C for 1 h and then mixed with NaOH, ascorbic acid and acidified molybdate with antimony(III) (final volume of 10 mL) to produce a blue complex. The color intensity, which is linearly proportional to the phosphorus concentration, is measured spectrophotometrically (880 nm). It is demonstrated that the buffer concentration used has no significant effect on the adsorption of phosphonate between pH 4 and 12. The buffers, therefore, do not compete with the phosphonate for adsorption sites. Furthermore, the relatively high concentration of the buffer requires a higher dosage concentration of oxidizing agent (K2S2O8) for digestion than that specified in ISO 6878, which, together with the NaOH dosage, is matched to each buffer. Despite the simplification, the ISOmini method does not lose any of its accuracy compared to the standardized method.

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric hydroxide, with little effort and high reliability. In a buffered solution, the phosphonate is brought into contact with the adsorbent using a rotator and then analyzed via a miniaturized phosphorus determination method.

אופטימיזציה הליך לקביעת ספיחה של Phosphonates על גבי הידרוקסיד Ferric פרטנית באמצעות שיטה נחישות זרחן מיניאטורי

This paper introduces a procedure to investigate the adsorption of phosphonates onto iron-containing filter materials, particularly granular ferric ...