这种方法可以回答蛋白质化学和药物发现的问题,如哪些条件稳定蛋白质?哪些突变会影响酶的热稳定性?哪些配体与蛋白质靶点结合?
该技术的主要优点是,它速度快,易于在标准实验室中执行,非常适合中高通量应用。使用多通道移液器将蛋白质样品将稳定屏幕每种条件的10微升转移到96井板的相应井中,以节省时间。然后在适当的缓冲系统中准备每毫升约一毫克的一毫升蛋白质溶液。
如果进行热移检测,将 SYPRO 橙染料添加到蛋白质样品中,最终浓度为 20 倍。通过反转或短暂的漩涡混合。现在,将10微升的蛋白质溶液转移到96井板的每个井中。
在 600 次 G 下密封并离心 96 井板两分钟,以确保蛋白质样品和屏幕组件混合。重新密封稳定屏幕深井块和存储屏幕在四摄氏度长达四个月。要执行 TSA 实验,请通过用力按抽屉右侧的缩进打开样品抽屉。
将 96 井托盘放在 RTPCR 系统中,左侧有 A-1 井。单击新的实验按钮开始设置 TSA 实验。在"实验属性"选项卡中,当询问时单击"融化曲线"选项,您要设置什么类型的实验?
然后,当询问时单击其他选项,您希望使用哪些试剂来检测目标序列?在"板设置"中,定义目标和样本选项卡,输入目标名称,然后将处理程序设置为 ROX。和昆彻作为无。
在"板设置"中,"分配目标和样本"选项卡中,设置以"无"作为被动参考的染料。在同一选项卡中,将 96 井板的每个井分配给上一步中输入的目标名称。在"运行方法"选项卡中,删除步骤,直到总共有三个步骤。
将第一步设置为 25 摄氏度,斜坡速率为 100%,时间为 5 秒。将第二步设置为 95 摄氏度,斜坡速率为 1%,时间为 1 分钟。最后,将第三步设置为 95 摄氏度,斜坡速率为 100%,时间为 5 秒。
选择使用"收集数据"下拉菜单或单击数据收集图标收集数据。将每井的反应量设置为 20 微升。单击"开始运行"按钮开始 TSA 实验。
NanoDSF 可用于探测蛋白质的热稳定性,而无需使用外在染料。样品可以像协议前面所述的96个井板中准备,但无需添加任何SYPRO橙色染料。按"打开抽屉"按钮打开样品抽屉。
确保设备清洁,特别注意样品架附近的灰尘。如果系统有背面散射镜清洁它使用乙醇和无绒组织。通过接触毛细管的一端,从 96 井板的每个井中用大约 10 微升来加载毛细管。
然后将毛细管放入样品架的相应毛细管支架中。注意不要用指纹污染毛细血管的中间,因为这可能会干扰整个实验的荧光读数。用磁性密封带固定毛细管。
通过按"发现扫描"选项卡中的"开始扫描"按钮,启动初步扫描以检测每个毛细管的位置和强度。增加或减少事件激发强度,从初始功率10%,直到每个毛细管扫描的峰值在4000至12000单位之间。在"熔融扫描"选项卡中,通过将"温度坡度"选项设置为每分钟 7.0 度来进行熔融扫描。
开始温度到 25 摄氏度。结束温度达到95摄氏度。然后按"开始熔化"按钮启动 nanoDSF 实验。
重复这些步骤,为完整实验准备示例。设置完整实验后,导航到"熔化扫描"选项卡,然后通过将"温度坡度"选项设置为每分钟 1.0 摄氏度来编程熔融扫描。开始温度到 25 摄氏度。
结束温度达到95摄氏度。最后,按下"开始熔化"按钮,启动 nanoDSF 实验。T m 用作基准中蛋白质热稳定性的定量测量值,以比较不同条件的可偏向性。
此处显示的样品结果来自盐屏,体现了氯化铵对解酶的热稳定特性。将 Lysozyme 的 T m 值与 pH 屏幕进行比较后发现,TSA 和 nanoDSF 之间的一致通常是好的,但 nanoDSF 显示,在略大于 T m 的移位中,有一种识别稍高 T m 值的倾向。pH 值的降低使稳定性增加的趋势是一般趋势。
使用具有相同 pH 值的不同缓冲系统获得的 T m 值的范围可能很大。对于从每个稳定屏幕产生最高TSA T m值的条件的Lysozyme组合,测试以探寻协同组合效果。随着缓冲区系统更多组件的添加,T m 值普遍增加。
当缓冲区的单个组件经过优化并结合稳定性屏幕时,可能会产生明显的协同影响。遵循这项技术,其他方法,如结晶,可用于确定蛋白质的三维结构,并解开配体结合的分子基础。作为 Virus-X 项目的一部分,我们还提供蛋白质稳定性的洞察,该技术适用于广泛的药物发现和开发系统。