肠道器官培养系统结合了体外和体内测定的优势，在简单的体外测定与复杂的体内实验之间作为中间实验步骤。该技术的主要优点是将严密的实验控制与肠道生理学的保存相结合。该方法为分析肠道对特定刺激的反应提供了见解，对宿主、微生物和环境成分具有高度的控制力。
演示这个程序的将是来自我实验室的硕士生阿隆·谢梅什和我们的实验室经理西万·阿米德罗博士。首先，将钝端针插入设备模具内的适当位置，为一组设备和盖子铸造约 20 克聚二甲基硅氧烷或 PDMS 混合物。将模具放在真空室中 30 分钟，从 PDMS 混合物中去除气泡，然后在 55 摄氏度的夜间孵育模具，以完成 PDMS 聚合。
设置 PDMS 时，从模具中取出针头，小心地从塑料模具中释放培养装置和盖子。使用手术刀片从井轮廓中取出 PDMS 残留物。使用无毒硅胶粘剂将PDMS设备和设备盖板连接到75至50毫米微滑动的盖玻璃上，让部件过夜。
将粘合胶粘在设备的光滑侧。为流明插入 12、22 个量表针和为井插入 12、18 个量表针。使用硅胶固定所有针头，让它在一夜之间固定。
清除输入注射器，确保井介质从所有管子流出到废玻璃中，然后清除输入注射器，并确保所有管子中的刺激流出到废玻璃中，注意不污染不同的刺激。牺牲小鼠后，用锋利的剪刀和钳子解剖它，通过切割所有的脂肪和结缔组织，从胃到肛门取出消化道。切开结肠，放在一个新的盘子里。
在轻轻地握住组织并仅在边缘时尽量减少接触。在解剖显微镜下执行结肠冲洗。用文本中描述的准备的 10 毫升注射器用无菌 IMDM 轻轻冲洗结肠含量。
从肠道组织中取出粪便后，将结肠放入一个新的六井盘中，里面装满了0.5毫升的无菌IMDM。接下来，取结肠组织，并小心地将其连接到22仪表针，与两根线紧密相连。保持结肠对流明流的正确方向，使近端和基数分别等于输入和输出。
重复结肠冲洗和针绑在所有组织。将输入和输出管连接到设备，然后以所需的速率启动泵开始实验。如KI67染色所示，在结肠上皮和流明内粘液分泌物中检测到充满粘液的血小板细胞，并在结肠墓穴中增殖IEC。
结果表明，肠道培养系统维持肠道功能和结构前体内。经过两个小时的细分丝菌，或SFB，介绍，典型的SFB丝被发现与小肠病毒密切结合，使用荧光就地杂交。此外，传输电子显微镜在小肠上皮刷边的微米内呈现SFB。
整个组织样本的基因表达特征是在与SFB输注两小时后以三足鼎鼎的三足鼎鼎的方式产生的。控制培养物被注入无细菌或细菌法吉利斯单色小鼠的粪便悬浮。与无细菌控制相比，SFB 所说服的这些变化幅度较小。
结肠的方向非常重要。将结肠绑在针上时要格外小心。适当的领带将防止与流明含量的油井污染。
广泛的读出技术可以遵循此协议，如下一代测序、成像、细胞排序等。此读物提供了对宿主微生物群在健康和疾病中的相互作用的新见解。
