Whitehead Institute Fellows Funds

Teil 1: Einrichten der Infektion <ol><li> Wachsen HeLa-Zellen in Flaschen und warten, bis die Zellen ca. 80% konfluent sind. </li><li> Bereiten Sie genug virale Nährboden für das Experiment: regelmäßige DMEM mit 2% FBS und ohne Zusatz von Antibiotika. </li><li> Die Infektion kann entweder mit einer groben Bestand von Vaccinia-Virus mit einem bekannten Titer, oder Saccharose gereinigten Virus mit einem bekannten Titer, wenn Sie über Host-Genexpression sind besorgt durchgeführt werden. </li><li> Wenn Sie mit Saccharose gereinigte Virus sind, gehen Sie direkt zu Teil 2. </li><li> Wenn Sie eine grobe Vaccinia-Virus Lager sind, unmittelbar vor der Infektion, beschallen ein Aliquot des Virus in eine Tasse Sonicator mit einem Bad aus hauptsächlich aus Eis und wenig Wasser. <ul style="list-style-type:lower-alpha;"><li> Ultraschallbad bei ca. 30W für 20 Sekunden. </li><li> Vortex die Röhre, und wiederholen Sie die Beschallung 3 mal, indem mehr Eis, wenn nötig, den Kelch mit Eis gekühlt und verpackt zu halten. </li><li> Vortex zwischen den einzelnen Beschallung Schritt. </li><li> Fahren Sie mit Teil 2. </li></ul></li><li> Alternativ, wenn Sie nicht über eine Tasse Sonicator, mischen das gleiche Volumen des rohen Virus Lager und 0.25mg/mL Trypsin. <ul style="list-style-type:lower-alpha;"><li> Vortex kräftig. </li><li> Inkubieren des Virus Lager / Trypsin-Mix in einem 37 ° C im Wasserbad für 30 Minuten. </li><li> Vortex bei 5-10 Minuten-Takt. </li><li> Fahren Sie mit Teil 2. </li></ul></li></ol> Teil 2: Infektion der Zellen <ol><li> Berechnen Sie die Menge von Viruspartikeln benötigt, um die Monoschicht an der gewünschten Multiplizität der Infektion (MOI) zu infizieren. Typischerweise wird ein hohes Trägheitsmoment (zwischen 5 und 10) für eine Infektion timecourses verwendet. </li><li> Fügen Sie die gewünschte Menge an Saccharose gereinigten Virus oder trypsiniert Rohöl-Virus auf 37 ° C virale Wachstum Medien und gut mischen. Sie sollten genügend Medien gerade bedeckt den Boden des Kolbens. Zum Beispiel, 10 ml Medium für eine T-175 Kolben. </li><li> Entfernen Sie das Medium von den Zellen und gründlich mit Raumtemperatur PBS. </li><li> Fügen Sie die Virus / virale Wachstum Medien in jeden Kolben. <ul style="list-style-type:lower-alpha;"><li> Vorsichtig schwenken, neigen Platten und Inkubation bei 37 ° C in einer 5% igen CO2-Inkubator für 1 Stunde. </li><li> Tilt und wirbeln Platten alle 15 Minuten, um Viren gleichmäßig verteilt und halten Zellen feucht. </li><li> Für eine 0hr/Mock Zeitpunkt, fügen Sie das virale Wachstum Medien nur mit kein Virus hinzugefügt. </li></ul></li><li> Nach dem 1 Stunde Inkubation, entfernen Sie die Medien mit dem Virus, und spülen Sie dreimal mit PBS Raumtemperatur. </li><li> Fügen Sie die maximale Menge des viralen Wachstums-Medium pro Flasche. Zum Beispiel, 30 mL der Medien für eine T-175 Kolben. Starten Sie das Zählen diese als 0 Std. Zeitpunkt. </li></ol> Teil 3: Ernten von Zellen <ol><li> Überprüfen Sie die Zellen unter dem Mikroskop und achten Sie auf zytopathischen Effekt (CPE). </li><li> Entfernen Sie die Medien und spülen Zellen mit 30 ml Raumtemperatur PBS. </li><li> 15 ml Trypsin zu den Zellen und inkubieren für 2-5min bei 37 ° C. </li><li> Überprüfen Sie unter Mikroskop für Zellablösung und tippen Kolben vorsichtig, um Zellen zu entfernen. </li><li> Transfer-Zellen mit einer sterilen serologischen Pipette in ein konisches 50 ml-Tube. </li><li> Waschen Sie die Flasche mit dem gleichen Volumen des Zellwachstums Medien, und fügen Sie die Medien auf die Trypsin-Zellen in den konischen Rohr. </li><li> Zentrifugieren Sie die Zellen bei 300 x g für 5 Minuten bei Raumtemperatur. </li><li> Entfernen Sie die Trypsin / Medien aus dem Zellpellet. </li><li> Zellpellet entweder in Trizolreagenz oder der Lysepuffer aus Ihrer gewünschten RNA Isolation Kit. </li><li> Wenn Sie TRIzol sind, teilen Sie die Probe in 1 ml Aliquots in 1,5 ml Eppendorf-Röhrchen beschriftet und frieren bei -80 ° C. </li><li> Wiederholen Sie dies für alle Zeitpunkte, die Ernte ein Kolben pro Zeitpunkt. </li></ol> Teil 4: RNA-Extraktion der Proben in TRIzol <ol><li> An diesem Punkt sollten Sie Ihre Proben in Trizolreagenz resuspendiert werden und bereit, verarbeitet werden. </li><li> Add 200 ul der BCP Phasentrennung Reagenz für alle 1 ml Trizol in jeder Röhre. Möglicherweise müssen Sie die Probe auf ein größeres Rohr übertragen, wenn Sie beginnen mit einer großen Menge von TRIzol. </li><li> Vortex oder kräftig schütteln und Inkubieren bei Raumtemperatur für 2-3 Minuten. </li><li> Zentrifugieren Sie die Probe bei 12.000 xg für 15 Minuten. </li><li> Übertragen Sie die wässrige Phase in ein frisches Röhrchen. Die wässrige Phase wird die klare Schicht auf der Oberseite. Sie sollten sich erholen rund 600μL für jeden 1ml von TRIzol Sie begann mit. </li><li> Haben ein zweites Phenol / Chloroform-Extraktion, diesmal mit 500μL Chloroform pro 1 ml TRIzol, anstelle von BCP. </li><li> Vortex oder kräftig schütteln und Inkubieren bei Raumtemperatur für 2-3 Minuten. </li><li> Zentrifugieren Sie die Probe bei 12.000 xg für 15 Minuten. </li><li> Übertragen Sie die wässrige Phase in ein frisches Röhrchen. Die wässrige Phase wird die klare Schicht auf der Oberseite. </li><li> Add 20mg von linearen Acrylamid zu jeder Probe. Die lineare Acrylamid wirkt als Träger und hilft bei der Fällung der RNA. </li><li> Add 500 &amp; micro; L Isopropanol pro 1 ml TRIzol Sie begann mit jeder Probe und gut mischen. </li><li> Inkubieren Proben bei Raumtemperatur für 10 Minuten. </li><li> Zentrifuge in einer Mikrozentrifuge bei maximaler Geschwindigkeit für 10-15 Minuten. </li><li> Das RNA-Pellet wird sichtbar am Boden des Röhrchens. Ganz vorsichtig den Überstand aus der Tube, entweder mit einem Staubsauger Sauger, oder manuell durch Pipette. Bitte nicht stören das Pellet. </li><li> Waschen des Pellets mit 1 ml 70% Ethanol. <ul style="list-style-type:lower-alpha;"><li> 1 ml 70% Ethanol zum Pellet. </li><li> Zentrifuge mit hoher Geschwindigkeit 14.000 g für 5-7 Minuten. </li><li> Sehr vorsichtig, nehmen Sie die Ethanol aus der Tube, entweder mit einem Staubsauger Sauger, oder manuell durch Pipette. Prüfen Sie, ob das Pellet sichtbar am Boden des Röhrchens wird. </li><li> Überstand verwerfen. </li></ul></li><li> Wiederholen Sie den Waschvorgang. Nachdem der Überstand wird verworfen, markieren, wo Pellet wird auf das Rohr. </li><li> Der Luft trocknen lassen Pellet nicht länger als 5 Minuten. Nicht übertrocknen oder der RNA wird schwierig sein, zu rekonstruieren! </li><li> Wenn Sie den optionalen DNase-Behandlung folgen, um alle verbleibenden DNA aus der Probe entfernt werden soll, das Pellet in 17μL von Nuklease-freies Wasser. Ansonsten das Pellet in 20 &amp;mgr; l von Nuklease-freies Wasser und weiterhin Schritt 22 fort. </li><li> (Optional DNase-Behandlung) mit dem Qiagen RNase-freie DNase Set, fügen 2μL Buffer RDD und 1μL rekonstituierte RNase-freie DNase I auf der resuspendierten RNA. Vorsichtig mischen. </li><li> (Optional DNase-Behandlung) bei 37 ° C für 30 Minuten. </li><li> (Optional DNase-Behandlung) hinzufügen 2μL von 2,5 mM EDTA und Inkubation bei 65 ° C für 5 Minuten, um die DNase zu inaktivieren. Überschreiten Sie nicht die Inaktivierung der Zeit oder Temperatur längere Zeit / höhere Temperaturen Abbau der RNA führen kann. </li><li> Überprüfen Sie die RNA-Konzentration von Spektralphotometer. </li><li> Bewahren Sie die RNA-Probe bei -80 ° C. </li><li> (Optional QC) Überprüfen Sie die RNA-Qualität mittels eines Agilent BioAnalyzer, oder indem Sie die Probe auf einem denaturierenden Gel und die Kontrolle der OD. (260nm und 260/280 Ratio) </li></ol>

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	<li>KH, R. u. b. i. n. s., LE, H. e. n. s. l. e. y., GW, B. e. l. l., Wang, C., EJ, L. e. f. k. o. w. i. t. z., PO, B. r. o. w. n., DA, R. e. l. m. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+viral+gene+expression+programs+during+poxvirus+infection:+a+transcriptional+map+of+the+vaccinia+and+monkeypox+genomes.">Comparative analysis of viral gene expression programs during poxvirus infection: a transcriptional map of the vaccinia and monkeypox genomes.</a> PLoS ONE. 3 (7), e2628-e2628 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kinetic+analysis+of+a+complete+poxvirus+transcriptome+reveals+an+immediate-early+class+of+genes.">Kinetic analysis of a complete poxvirus transcriptome reveals an immediate-early class of genes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. 105 (6), 2140-2145 (2008).</li><li>Satheshkumar, P. S., Moss, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Poxvirus+transcriptome+analysis.">Poxvirus transcriptome analysis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, E62-E62 (2008).</li><li>Assarsson, E., Greenbaum, J. A., Sundstr&#246;m, M., Schaffer, L., Hammond, J. A., Pasquetto, V., Oseroff, C., Hendrickson, R. C., Lefkowitz, E. J., Tscharke, D. C., Sidney, J., Grey, H. M., Head, S. R., Peters, B., Sette, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A.+Reply+to+Satheshkumar+and+Moss:+Poxvirus+transcriptome+analysis.">A. Reply to Satheshkumar and Moss: Poxvirus transcriptome analysis.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, E63-E64 (2008).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., Mu&#241;oz, M., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cellular+gene+expression+survey+of+vaccinia+virus+infection+of+human+HeLa+cells.">Cellular gene expression survey of vaccinia virus infection of human HeLa cells.</a> J Virol. 77 (11), 6493-6506 (2003).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Conde, R., Pascual-Montano, A., Harshman, K., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+analysis+reveals+characteristic+changes+of+host+cell+gene+expression+in+response+to+attenuated+modified+vaccinia+virus+Ankara+infection+of+human+HeLa+cells.">Microarray analysis reveals characteristic changes of host cell gene expression in response to attenuated modified vaccinia virus Ankara infection of human HeLa cells.</a> J Virol. 78 (11), 5820-5824 (2004).</li><li>Guerra, S., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Pascual-Montano, A., N&#225;jera, J. L., Zaballos, A., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+response+to+the+attenuated+poxvirus+vector+NYVAC:+upregulation+of+apoptotic+genes+and+NF-kappaB-responsive+genes+in+infected+HeLa+cells.">Host response to the attenuated poxvirus vector NYVAC: upregulation of apoptotic genes and NF-kappaB-responsive genes in infected HeLa cells.</a> J Virol. 80 (2), 985-998 (2006).</li><li>Guerra, S., N&#225;jera, J. L., Gonz&#225;lez, J. M., L&#243;pez-Fern&#225;ndez, L. A., Climent, N., JM, G. a. t. e. l. l., Gallart, T., Esteban, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+gene+expression+profiling+after+infection+of+immature+human+monocyte-derived+dendritic+cells+by+the+attenuated+poxvirus+vectors+MVA+and+NYVAC.">Distinct gene expression profiling after infection of immature human monocyte-derived dendritic cells by the attenuated poxvirus vectors MVA and NYVAC.</a> 81 (16), 8707-8721 (2007).</li></ol>

Kritische Schritte Part 1 &amp; 2 Es gibt mehrere wichtige Schritte zum Aufbau einer synchronen Vaccinia-Infektion, wobei die erste sorgfältige Ultraschall (oder trypzinizing) des Virus, um Viruspartikel aufzuschlüsseln. Vaccinia ist sehr anfällig für Aggregation, und die Störung der Viruspartikel ist dafür auch die Infektion der Zellen wichtig. Um eine synchrone Infektion zu erreichen, sollte ein hohes MOI (größer als 2) verwendet werden, um sicherzustellen, ...

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>TRIzol Reagent</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15596-026</td>
<td>Similar reagents, such as TriPure from Roche, will also work.</td>
</tr>
<tr>
<td>BCP Phase Separation Reagent</td>
<td>Reagent</td>
<td>Molecular Research Center</td>
<td>BP151</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNase-Free DNase Set</td>
<td>Reagent</td>
<td>Qiagen</td>
<td>79254</td>
<td>DNase treatment is an optional step.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

vaccinia virus infection &amp; temporal analysis of virus gene expression: part 1

Die Familie<em&gt; Poxviridae</em&gt; Besteht aus großen doppelsträngigen DNA-Viren enthalten, die ausschließlich im Zytoplasma der infizierten Zellen replizieren. Die Mitglieder des<em&gt; Orthopox</em&gt; Gattung gehören Variola, dem Erreger der menschlichen Pocken, Affenpocken und Vaccinia (VAC), der prototypische Mitglied der Virus-Familie. Innerhalb der relativ groß (~ 200 kb) Vaccinia-Genom gibt drei Klassen von Genen kodiert: frühe, mittlere und spät. Während alle drei Klassen von viral-kodierten RNA-Polymerasen transkribiert werden, dient jede Klasse eine andere Funktion im Lebenszyklus des Virus. Pockenviren nutzen mehrere Strategien zur Modulation der zellulären Umgebung Host während der Infektion. Um Regulierung der Wirt und Virus Genexpression verstehen, müssen wir genomweite Ansätze genutzt werden, um Transkript Fülle von beiden Viren und Wirtszellen zu analysieren. Hier zeigen wir, zeitlicher Verlauf Infektionen von HeLa-Zellen mit Vaccinia-Virus und Sampling-RNA zu verschiedenen Zeitpunkten nach der Infektion. Beide Gastgeber und virale RNA isoliert und verstärkt für die Hybridisierung an Microarrays zur Analyse der Genexpression.

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Vaccinia Virus Infection &amp; Temporal Analysis of Virus Gene Expression: Part 1

Protokoll zur Vaccinia-Infektion von HeLa-Zellen und die Analyse von Host-und virale Genexpression.

Vaccinia Virus Infection &amp; Temporal Analysis des Virus Gene Expression: Teil 1

The family Poxviridae consists of large double-stranded DNA containing viruses that replicate exclusively in the cytoplasm of infected cells.  Members of ...

vaccinia-virus-infection-temporal-analysis-virus-gene-expression-part

Research

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Biology

10.2K Aufrufe.  MIT - Massachusetts Institute of Technology. Protokoll zur Vaccinia-Infektion von HeLa-Zellen und die Analyse von Host-und virale Genexpression.