Nuestro trabajo en la localización del ARN es apoyado por una subvención del NIH (R01GM071049) de KLM.

Parte 1: La transcripción de ARNm marcado con fluorescencia. <ol><li> Linealizar el plásmido de ADN que contiene el elemento de localización del ARN o la secuencia pertinente y resuspender en 1 mg / l con DEPC tratados con H 2 O. La plantilla de ADN debe tener sitios aguas arriba promotor de la transcripción T7, SP6, T3 o ARN polimerasa. </li><li> Añadir los siguientes reactivos a un tubo de 1,5 ml estéril: <table><tbody><tr><td> a. 10X buffer Tx (ver M &amp; M) </td><td> 2 l </td></tr><tr><td> b. 20X tapa / mezcla de NTP (ver M &amp; M) </td><td> 1 l </td></tr><tr><td> c. 1 mM Alexa Fluor 546-14-UTP (Invitrogen) </td><td> 1 l </td></tr><tr><td> d. UTP, [α-32P] (1 Ci / l) (Perkin Elmer) </td><td> 1 l </td></tr><tr><td> e. DEPC-H 2 O </td><td> 11 l </td></tr><tr><td> f. 0,2 M TDT </td><td> 1 l </td></tr><tr><td> g. RNasin (Promega) </td><td> 1 l </td></tr><tr><td> h. la plantilla de ADN lineal </td><td> 1 l </td></tr><tr><td> i. ARN polimerasa (Promega) </td><td> 1 l </td></tr></tbody></table></li><li> Mezclar los reactivos con cuidado y centrifugar brevemente (10 seg. En una microcentrífuga). </li><li> Incubar durante 2-4 horas a 37 ° C, que cubre el tubo con papel de aluminio para evitar que photobleaching de fluoróforo. </li><li> Añadir 1 l de 1 mg / ml RNasa libre de DNasa (Promega) que degradan el ADN de la plantilla. </li><li> Incubar 15 minutos a 37 ° C. </li><li> Agregar 79 l 20 mM EDTA (pH 8,0) para detener la reacción. </li><li> Quitar un l a un tubo por separado, etiquetados como &quot;entrada&quot; y guardar. </li><li> Girar la reacción a través de una columna de 1 ml G50 (ver Materiales y Métodos), que incluye los nucleótidos no incorporados, excluyendo de ARNm de larga duración. </li><li> Concentrar el ARN mediante precipitación con etanol: <ol class="lalpha"><li> Añadir 250 l de etanol 100%, 10 l 7 millones de CH 3 COONH 4, 1 l transporte del ARN (tRNA de levadura, 10 g / l) o una de glucógeno l (20 mg / ml). </li><li> Mezclar bien y congelar hasta que esté sólido a -80 ° C durante&gt; 30 minutos o en hielo seco durante 15 minutos. </li><li> Vuelta a la máxima velocidad en microcentrífuga durante 15 minutos, el sobrenadante se decanta. </li><li> Lavar con 150 ml de etanol al 75%. </li><li> Girar durante 3 minutos a máxima velocidad en microcentrífuga, se decanta el sobrenadante. </li><li> Secar el pellet a 37 ° C durante 3 minutos, asegurándose de que todo el etanol se ha evaporado. </li></ol></li><li> Resuspender en 11 l DEPC-H 2 O y eliminar un l a un tubo por separado, etiquetados como &quot;incorporados&quot;. </li><li> Determinar la incorporación por ciento y se diluye el ARN de 50 nm (ver Materiales y Métodos para el cálculo). </li><li> El ARN se deben congelar en alícuotas de 5 l, para un solo uso para evitar la congelación / descongelación ciclos y se puede almacenar durante varias semanas a -80 ° C. </li></ol> Parte 2: Preparación para la microinyección. <ol><li> ARN de preparación: Descongelar una alícuota de ARN (50 nM), y desnaturalizar el ARN a 70 ° C durante 3-5 minutos. Girar durante 10 minutos en microcentrífuga a temperatura ambiente a la máxima velocidad para eliminar cualquier partícula, y mantener en hielo. </li><li> Ovocito de preparación: <ol class="lalpha"><li> Extraer quirúrgicamente del ovario de Xenopus laevis mujeres (Nasco). </li><li> Piezas especiales de Xenopus laevis ovario en un tubo cónico de 50 ml que contienen 25 ml de solución de colagenasa (ver Materiales y Métodos). </li><li> Agitar suavemente a 18 ° C durante 15 minutos, o hasta que los ovocitos son visiblemente separados del ovario. Debido a la variación entre lotes, el tiempo de la colagenasa tratamiento puede variar y deben ser vigilados cuidadosamente a través de inspección visual para defoliculation. </li><li> Permita que los ovocitos que se establecen en el tubo, retirar la solución y lavar los ovocitos con tampón MBSH (ver Materiales y Métodos). </li><li> Repetir el lavado dos veces más para un total de tres lavados. Este protocolo de aislamiento de los ovocitos es similar a la que se detalla en Cohen et al., 2009. </li><li> Manual tipo estadio III / IV ovocitos (Dumont, 1972) en tampón MBSH bajo un microscopio de disección estándar. Etapa III ovocitos son completamente opacos, pero de color blanco, mientras que la etapa IV ovocitos son ligeramente más grandes y pintados con un pigmento. Los ovocitos que son un poco transparentes son demasiado jóvenes y que los ovocitos completamente pigmentados o distribución presentan pigmento polarizados son demasiado viejos. </li></ol></li><li> Aguja de preparación: Pull and agujas de bisel a un diámetro exterior de ~ 0,05 mm. (Usamos Drummond Científico de 3,5 pulgadas capilares (para n º 3-000-203-G / X), un Sutter Instrument Co. micropipeta extractor y una biseladora WPI Inc.). </li></ol> Parte 3: Microinyección <ol><li> Calibrar la aguja con DEPC-H 2 O 2 para entregar nl por inyección. Estamos frente a la carga con una aguja de nuestra microinyector impulsadas por gas (ver Materiales y Métodos), y calibrar el tamaño de gota con un micrómetro. </li><li> La carga de ARN utilizando una aguja. </li><li> Lugar ordenados ovocitos en un plato de inyección que contiene tampón MBSH. Nos microinject en un plato con una capa de espuma de caucho negro. Los ovocitos pálido destacan también en un blanco background. </li><li> Con cuidado, se inyectan cada ovocito con 2 nl de ARN de 50 nm. </li><li> Expulsar a ARN, enjuague la aguja con DEPC-H 2 O, y carga de ARN para la inyección siguiente. </li></ol> Parte 4: Cultura de ovocitos <ol><li> Ovocitos a cabo en un pocillo de una placa estéril 24 y (Sigma Aldrich). Nos cultura hasta un millar de ovocitos por pocillo. </li><li> Quitar búfer y reemplazar con 400 l O ocyte C ultura edium M (OCM; ver Materiales y Métodos) por pocillo. Coloque la placa de la cultura dentro de un recipiente de plástico hermético con una toalla de papel húmeda para mantener el ambiente húmedo durante el cultivo. </li><li> Incubar los ovocitos a 18 ° C para los puntos de tiempo que oscila entre 8 y 48 horas. </li></ol> Parte 5: fijación, deshidratación y almacenamiento de ovocitos <ol><li> Resolver cualquier ovocitos muertos y el lugar ovocitos supervivientes en frascos de vidrio. En forma rutinaria observar la supervivencia&gt; 90%. </li><li> Ovocitos lugar en MEMFA fijación (véase Materiales y Métodos) y el rock durante 20 minutos. Proteger a los ovocitos de la luz cubriendo con papel de aluminio. </li><li> Lavado de los ovocitos mediante la eliminación de fijador y su sustitución con un volumen igual de tampón de MBSH. Repetir este lavado una vez más para un total de dos lavados. </li><li> Lavado de los ovocitos en metanol anhidro: <ol class="lalpha"><li> Eliminar la mitad del volumen, reemplazar con metanol. </li><li> Repita el paso &quot;a&quot; dos veces. </li><li> Eliminar toda la solución, reemplace con metanol. </li><li> Repetir el lavado de metanol. </li></ol></li><li> Los ovocitos se pueden almacenar a -20 ° C hasta el momento de la imagen. </li></ol> Parte 6: Imagen de localización del ARN por microscopía confocal <ol><li> Antes de imágenes, añadir media Murray s de Compensación (2:1 benzoato de bencilo, alcohol bencílico) a un FluoroDish con fondo de cristal (WPI Inc.) para cubrir la superficie de la imagen. </li><li> Con cuidado, la transferencia de los óvulos a partir de metanol para FluoroDish, minimizando el volumen de metanol transferidos. </li><li> La imagen en un microscopio confocal invertido (Hemos utilizado con éxito un LSM510 Zeiss y una Leica TCS SP2). </li></ol><img src="/files/ftp_upload/1704/1704fig1.jpg" alt="Figura 1" /> Figura 1:.. Visualización de la localización subcelular de ARN mediante la microinyección de transcripciones Fluorescente etiquetados microinyección A. A continuación, el ARN marcado con Alexa Fluor 546 es un principio restringido al núcleo B. Después de ocho horas de la cultura, una etiqueta fluorescente del ARN de control puede ser visto de manera uniforme distribuidos en el citoplasma del ovocito. C. Sin embargo, el ARN marcado con fluorescencia que contiene secuencias que reclutar a la maquinaria de transporte se puede ver en el proceso de localización subcelular al polo vegetal del oocito (hacia abajo). Barra de escala = 50 micras.

<ol>
	<li>Cohen, S., Au, S., Pant, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microinjection+of+Xenopus+laevis+oocytes.">Microinjection of Xenopus laevis oocytes.</a> JoVE. 24, (2009).</li><li>Dumont, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oogenesis+in+Xenopus+laevis+(Daudin).+I.+Stages+of+oocyte+development+in+laboratory+maintained+animals.">Oogenesis in Xenopus laevis (Daudin). I. Stages of oocyte development in laboratory maintained animals.</a> J. Morphol. 136, 153-179 (1972).</li><li>Gagnon, J. A., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+transport+in+ovo:+Simultaneous+visualization+of+two+RNAs.">RNA transport in ovo: Simultaneous visualization of two RNAs.</a> Mol Reprod Dev. 76, 1115-1115 (2009).</li><li>Gautreau, D., Cote, C. A., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+copies+of+a+subelement+from+the+Vg1+RNA+localization+sequence+are+sufficient+to+direct+vegetal+localization+in+Xenopus+oocytes.">Two copies of a subelement from the Vg1 RNA localization sequence are sufficient to direct vegetal localization in Xenopus oocytes.</a> Development. 124, 5013-5020 (1997).</li><li>Lewis, R. A., Gagnon, J. A., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PTB/hnRNP+I+is+required+for+RNP+remodeling+during+RNA+localization+in+Xenopus+oocytes.">PTB/hnRNP I is required for RNP remodeling during RNA localization in Xenopus oocytes.</a> Mol Cell Biol. 28, 678-6786 (2008).</li><li>Messitt, T. J., Gagnon, J. A., Kreiling, J. A., Pratt, C. A., Yoon, Y. J., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+kinesin+motors+coordinate+cytoplasmic+RNA+transport+on+a+subpopulation+of+microtubules+in+Xenopus+oocytes.">Multiple kinesin motors coordinate cytoplasmic RNA transport on a subpopulation of microtubules in Xenopus oocytes.</a> Dev Cell. 15, 426-436 (2008).</li><li>Mowry, K. L., Melton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Vegetal+messenger+RNA+localization+directed+by+a+340-nt+RNA+sequence+element+in+Xenopus+oocytes.">Vegetal messenger RNA localization directed by a 340-nt RNA sequence element in Xenopus oocytes.</a> Science. 255, 991-994 (1992).</li><li>Yoon, Y. J., Mowry, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Xenopus+Staufen+is+a+component+of+a+ribonucleoprotein+complex+containing+Vg1+RNA+and+kinesin.">Xenopus Staufen is a component of a ribonucleoprotein complex containing Vg1 RNA and kinesin.</a> Development. 131, 3035-3045 (2004).</li></ol>

Los experimentos con animales de laboratorio se realizaron de acuerdo con las directrices y normas establecidas por la Universidad de Brown.

Aquí hemos presentado un protocolo para visualizar la localización del mRNA en ovocitos de Xenopus. Este método, usando la etiqueta fluorescente transcripciones de ARN tiene una mayor relación señal-ruido de lo que se obtiene con la marcada con digoxigenina transcripciones y es más sencillo y más rápido de lo in-situ los enfoques basados ​​en (Mowry y Melton, 1992, Gautreau et al., 1997). Usando este método, podemos diseñar ARN secuencia de mutaciones y rápida prueba para la función in ...

A correction to the step 2 of Part 1 for article Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes.

Erratum: Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

10X buffer Tx <ul><li class="none"> 60 mM MgCl 2 </li><li class="none"> 400 mM Tris-HCl (pH 7,5) </li><li class="none"> 20 mM espermidina-HCl </li></ul> 20x tapa / NTP mezcla <ul><li class="none"> 10 mM CTP </li><li class="none"> 10 mM ATP </li><li class="none"> 9 mM UTP </li><li class="none"> 2 mM GTP </li><li class="none"> 20 mM G (ppp) G Cap analógica (New England Biolabs) </li></ul> G-50 columna <ul><li class="none"> 5 g de hidratos de Sephadex G-50 cuentas (Sigma Aldrich) en 100 mL de agua desionizada H 2 O. DEPC de tratar durante 30 minutos. y autoclave. Tienda de archivo incompleto a temperatura ambiente. Antes de usar, agregar lo siguiente RNasa libre de las soluciones: </li><li class="none"> 0,5 ml de 0,2 M EDTA </li><li class="none"> 1 ml 1 M Tris pH 8,0 </li><li class="none"> 0,5 ml de 20% SDS </li><li class="none"> Tienda completa G-50 la solución a 4 ° C. </li><li class="none"> Retire y deseche el émbolo de una jeringa de 3 ml (BD Biosciences) y colocar el cilindro de la jeringa en un tubo cónico de 15 ml (Corning). Conecte la jeringa con una pequeña cantidad de lana de vidrio (un enchufe cerca de la mitad del tamaño de un centavo). </li><li class="none"> Remolino completa solución de G-50 para volver a suspender cuentas. </li><li class="none"> Añadir 2 ml de solución de G-50 a la columna vacía. </li><li class="none"> Giro de 1 minuto a 1000 x g en centrífuga de mesa. </li><li class="none"> Añadir 200 l tratada con DEPC H2O desionizada a cada columna. Spin. </li><li class="none"> Repetir el lavado dos veces más para un total de tres lavados. </li><li class="none"> Retire el cuerpo de la jeringa a un nuevo tubo de 15 ml cónicos. </li></ul> Colagenasa solución <ul><li class="none"> 75 mg de colagenasa de Clostridium histolyticum (Sigma Aldrich) </li><li class="none"> 25 ml 0,1 M KPO 3 + (pH 7,4) </li></ul> MBSH buffer <ul><li class="none"> 88 mM NaCl </li><li class="none"> 1 mM KCl </li><li class="none"> 2,4 mM de NaHCO3 </li><li class="none"> 0,82 mM MgSO 4 7H 2 O X </li><li class="none"> 0,33 mM Ca (NO 3) 2 X 4 H 2 O </li><li class="none"> 0,41 mM CaCl 2 X 6 H 2 O </li><li class="none"> HEPES 10 mM (pH 7,6) </li></ul> Ovocito medio de cultivo <ul><li class="none"> 50% L15 </li><li class="none"> 15 mM HEPES (pH 7,6) </li><li class="none"> 1 mg / ml de insulina </li><li class="none"> 100 mg / ml de gentamicina </li><li class="none"> 50 U / ml de nistatina </li><li class="none"> 50 U / ml de penicilina </li><li class="none"> 50 mg / ml de estreptomicina </li></ul> MEMFA solución <ul><li class="none"> 0,1 M MOPS (pH 7,4) </li><li class="none"> 2 mM EGTA </li><li class="none"> 1 mM MgSO 4 </li><li class="none"> 3,7% de formaldehído </li></ul> Informática ARN rendimiento <ul><li class="none"> Determinar CPM en la &quot;entrada&quot; y &quot;incorporado&quot; las muestras usando un contador de centelleo estándar. </li><li class="none"> incorporación = (&quot;incorporados&quot;) / (10 x &quot;de entrada&quot;) </li><li class="none"> Los valores típicos de la incorporación rango entre ~ 0,03 y 0,10. </li><li class="none"> El rendimiento máximo teórico de diferentes polimerasas: T7, T3, SP6 - 2,64 mg </li><li class="none"> Reacción de rendimiento en mg = (rendimiento máximo de la polimerasa utilizada) X (incorporación) </li><li class="none"> Diluir el ARN de 50 nm = (ug RNA) / 320 / (longitud del ARN en las bases) / (5X10 -8) </li><li class="none"> La reacción suele producir ~ 50 a 100 l de ARN de 50 nm. </li></ul>

visualizing rna localization in xenopus oocytes

Localización del ARN es un mecanismo conservado del establecimiento de la polaridad celular. Vg1 ARNm se localiza en el polo vegetal de ovocitos de Xenopus laevis y actúa para restringir el espacio de expresión génica de la proteína Vg1. El control estricto de Vg1 distribución de esta forma es necesaria para la especificación adecuada capa germinal en el embrión en desarrollo. Elementos de la secuencia de ARN en el 3 &#39;UTR del ARNm, el elemento de localización Vg1 (VLE) son necesarios y suficientes para el transporte directo. Para estudiar el reconocimiento y el transporte de Vg1 ARNm in vivo, hemos desarrollado una técnica que permite un amplio análisis de trans-factor de los mecanismos de transporte dirigido a través de una lectura visual simple. Para visualizar la localización del ARN, que sintetiza la etiqueta fluorescente del ARN VLE y microinject esta transcripción en oocitos individual. Después del cultivo de ovocitos para permitir el transporte del ARN se inyecta, los ovocitos son fijos y deshidratado antes de la imagen por microscopía confocal. Visualización de patrones de localización del ARNm proporciona una lectura para el control de la vía completa de ARN de transporte y para la identificación de los roles en la dirección de ARN de transporte para el cis-elementos que actúan en la transcripción y factores de trans-acción que se unen a los VLE (Lewis et al., 2008, Messitt et al., 2008). Hemos ampliado esta técnica a través de co-localización con ARN y las proteínas adicionales (Gagnon y Mowry, 2009, Messitt et al., 2008), y en combinación con la interrupción de las proteínas motoras y el citoesqueleto (Messitt et al., 2008) de la sonda de mecanismos que subyacen a la localización del ARNm.

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Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

La visualización de<em&gt; In vivo</em&gt; ARN de transporte se realiza mediante la microinyección de la etiqueta fluorescente en las transcripciones de ARN<em&gt; Xenopus</em&gt; Ovocitos, seguido por microscopía confocal.

Visualizar la localización del ARN en Xenopus Los ovocitos

RNA localization is a conserved mechanism of establishing cell polarity.  Vg1 mRNA localizes to the vegetal pole of Xenopus laevis oocytes and acts to ...

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Biology

Visualizing RNA Localization in Xenopus Oocytes

11.5K vistas.  Brown University. La visualización de In vivo ARN de transporte se realiza mediante la microinyección de la etiqueta fluorescente en las transcripciones de ARN Xenopus Ovocitos, seguido por microscopía confocal.