Esta obra fue financiada en parte por subvención R00AG031911 del Instituto Nacional del Envejecimiento de los Institutos Nacionales de Salud para PHM El contenido de este artículo no reflejan necesariamente la posición oficial de los Institutos Nacionales de Salud.

1 Preparación de Medios y Soluciones <ol><li> Se cultivan las células utilizando extracto de levadura-peptona-glucosa (YPD) medio rico para el protocolo estándar. Prepare una bactopeptona 2%, extracto de levadura al 1%, solución de glucosa al 2% para el medio YPD y añadir 2% bacto-agar de medio sólido 19. Autoclave para esterilizar. Utilizar un medio alternativo, si es necesario, para probar una condición de crecimiento particular o cepa de levadura mutante. </li><li> Hacer medio completo sintético sólido que carece arginina con 60 mg / L canavanina (SC-arg + canavanina) para seleccionar mutantes resistentes a canavanina. Preparar una solución que es 0,67% de base de nitrógeno Bacto-levadura sin aminoácidos, 2% de glucosa, 0,2% de mezcla completa y sin suplemento de arginina (mezcla de deserción), y 2% de Bacto-agar 19. Autoclave y fresco antes de añadir canavanina de una solución madre 20 mg / ml (esterilizada por filtro, se almacena a 4 ° C) 19. <ol><li> Hacer medio completo sintético sólido que contiene ácido 5-fluoroorótico (5-FOA). Preparar 500ml de una solución que es 1,34% de base de nitrógeno Bacto-levadura sin aminoácidos, 4% de glucosa, 0,4% de mezcla completa suplemento, y 0,2% 5-FOA y el filtro de esterilizar-19. Autoclave de 500 ml de una solución de Bacto-agar 4%, enfriar brevemente, y luego mezclar con la solución nutritiva esterilizada por filtración de 500 ml. Utilice los medios de comunicación alternativa apropiada para otros ensayos de mutación. </li></ol></li><li> Para marcaje con biotina, hacer 500 ml de 1x solución salina tamponada con fosfato (PBS) que contenía cloruro de sodio 137 mM, cloruro de potasio 2,7 mM, 10,14 mM de fosfato de sodio dibásico, y 1,77 mM de fosfato potásico dibásico, pH 8. Almacenar a 4 ° C y seguir de hielo durante el uso. </li><li> Hacer un 5 mM biotina de stock fresca en agua ultrapura estéril. </li><li> Para saciar el etiquetado biotina, hacer 500 ml de PBS 1x, glicina 100 mM. Almacenar a 4 ° C y mantener en hielo durante el uso. </li><li> Dependiendo del número de células usadas y duración del experimento, hacer 1-2 L de tampón bead-etiquetado que contiene 1x PBS, EDTA 2 mM, 0,5% bovialbúmina de suero ne. Filtro esterilizar y buffer-gas de. Almacenar a 4 ° C y mantener en hielo durante el uso. </li><li> Prepare una solución de 0,4% de tripano azul en 1x PBS, esterilizar el filtro, y se almacena a temperatura ambiente para su uso en mediciones de viabilidad celular. </li><li> Pequeños volúmenes alícuota (~ 100 l) de una aglutinina de germen de trigo (WGA) conjugado fluorescente para almacenar a -20 ° C en papel de aluminio envuelto (u opacos) tubos de microcentrífuga para su uso en la determinación de la edad celular. </li></ol> 2. Determinación de la mutación sobre tarifas y frecuencias <ol><li> Establecer una tasa de mutación de línea de base por generación celular mediante pruebas de fluctuación para las células cultivadas en condiciones normales de cultivo. Grow siete a once replican 1 ml de cultivos de una densidad inicial de 1.000-5.000 células / ml a la fase estacionaria temprana (~ 10 8 células / ml). <ol><li> Para cada cultura réplica, diluir las células 1: 2000 y se extendió 1-4 l en un medio no selectivo (YPD) para determinar formadoras de colonias-unidades / ml. Pellet células restantes en ~ 2400 xg durante 1 min en una microcentrífuga y resuspender en 100 l de agua a la extendió sobre medio selectivo para identificar mutantes. Incubar las placas durante tres días a 30 ° C antes del recuento de colonias (ajustar el tiempo de incubación, según sea necesario basado en la tasa de crecimiento de las células). </li><li> Determinar el número de mutaciones independientes (m) que se produjeron en el ensayo basado en el número de colonias mutantes (r) obtenidos en medio selectivo. Utilice el estimador de la mediana Lea-Coulson encontrar m sustituyendo la mediana del número de colonias mutantes para r en la fórmula siguiente 9. Entonces sustituir valores para m hasta que el lado izquierdo de la ecuación es prácticamente cero. <img alt="Ecuación 1" fo:content-width="1in" src="/files/ftp_upload/51850/51850eq1.jpg" /></li><li> Para determinar la tasa de mutación, primero calcular el número medio de células viables se propaga en medio selectivo multiplicando el promedio de colonias que forman unidades / ml de los cultivos replicados y el volumende la cultura en la propagación ml en medio selectivo. Divida el valor m de la etapa 2.1.2 por este número promedio de células viables para obtener la tasa de mutación por generación de células. </li></ol></li><li> Individualmente calcular el número de células viables se propaga en medio selectivo para cada cultivo replicar en un ensayo como se describe en el paso 2.1.3. Divida el número de colonias mutantes (r) obtenidos para una cultura por el número de células viables se propaga en medio selectivo para obtener la frecuencia de mutación. Utilizar la media o la mediana de las frecuencias de mutación individuales de los cultivos replicados en el paso 2.1 como una frecuencia de mutaciones basales. </li><li> Hacer mediciones de frecuencia antes y después de las células de etiquetado biotina (pasos 3.2 y 3.4) para determinar si los resultados del paso de etiquetado de cualquier cambio en la frecuencia de las mutaciones que tendrán que ser considerados cuando las pruebas de cambios específicos de la edad en la acumulación de mutaciones. </li></ol> 3. biotina etiquetado <ol><li> Streak S. cerevisiae de un stock de glicerol a -80 ° C en medio YPD y se incuba a 30 ° C durante 1-3 días. </li><li> Con una punta de pipeta estéril, células de transferencia de la placa de la racha de 1 ml (o más) de mantenimiento de agua en cuenta que 1 a 1,5 cm de una parte densamente crecido de la racha darán aproximadamente 10 8 células. Determinar la densidad celular exacta usando un hemocitómetro. </li><li> Etiqueta 10 8 células por cepa (o condición de tratamiento) por punto de recogida en el que se determina la frecuencia de mutación o un tamaño de población suficiente para obtener al menos 5-10 colonias mutantes por muestreo en medio selectivo (basado en la frecuencia de mutación de la etapa 2.2). Incluya un adicional de 10 8 células para mediciones de referencia por cepa / condición. </li><li> Etiqueta de biotina de acuerdo con el procedimiento estándar del fabricante, excepto usar un 5 mM reactivo biotina de stock y agite con cuidado durante la incubación. Girar durante 5 min a 4 ° C a 3.000 xg durante todas las etapas de centrifugación, sInce girar a temperaturas superiores a 4 ° C puede conducir a una mayor pérdida de células. Después del lavado final, suspender las células a una concentración de 10 8 etiquetados células / ml en agua. </li><li> Comprobar la viabilidad de las células por medio de tinción con azul tripán. Diluir 10 l de células con 23 l de agua y 67 l de 0,4% de azul de tripano en 1x PBS. Incubar durante al menos 40 minutos a temperatura ambiente antes de anotar en directo las células (sin teñir) y muertos (teñidos) usando un hemocitómetro. </li><li> Medir los valores de referencia para la inestabilidad del genoma, la edad celular, y otras características relevantes (ver secciones 5, 6 y 7). </li><li> Transferencia de células marcadas con biotina a 20 ml de medio YPD por 10 8 células en un matraz Erlenmeyer (aproximadamente 5 x 10 6 células / ml). Cultivar la cultura (s) desde 16 hasta 18 horas a 20 ° C a una densidad aproximada de 10 8 células / ml (cuatro a cinco generaciones de células), pero no permiten que las células lleguen a la fase estacionaria. Utilice un tiempo de incubación más corto para el crecimiento a 30 ° C. Mantenga marcado con biotina cells a 4 ° C hasta por varias horas antes de la adición al medio, si es necesario para optimizar el calendario de los períodos de crecimiento y recolección. </li></ol> 4. bolas de etiquetado y clasificación magnética <ol><li> Después de la fase de crecimiento, se diluye una alícuota del cultivo para determinar la densidad de células utilizando un hemocitómetro. Precipitar las células por centrifugación durante 5 min a 4 ° C a 3000 x g. Vierta el líquido sobrenadante. </li><li> Lavar las células mediante agitación a suspender el sedimento en 30 ml de tampón de grano-etiquetado, a continuación, la centrifugación y vertiendo sobrenadante como en la sección 4.1. Repita lavado. </li><li> Totalmente resuspender las células en 50 l de tampón cuenta-etiquetado por 10 8 células totales por agitación. Añadir 2 l perlas magnéticas por 10 8 células totales y agitar brevemente para mezclar. Incubar en hielo durante 10 min, invirtiendo periódicamente para mezclar (modificado a partir de un protocolo de línea en <a href="http://www.sysbio.org/dataresources/usermanual031113.pdf">http://www.sysbio.org/dataresources/usermanual031113.pdf &lt;</a>/ A&gt;). </li><li> Lavar las células tres veces con 30 ml de tampón de cordón de etiquetado. </li><li> Añadir 0,5 ml de tampón de grano-etiquetado por 10 8 células totales y agitar brevemente pellet en posición media sólo hasta que se vuelven a suspender las células. Vierta a través de un filtro de células de 40 m en un tubo de 50 ml para eliminar los grumos de células restantes. Si es necesario, dejar las células sobre hielo durante 1-2 horas antes de la carga en la columna. </li><li> Siga el protocolo recomendado por el fabricante para las columnas magnéticas para unirse, se lavan, y se eluyen las células madre del grano marcado magnéticos. Para una mayor recuperación de células marcadas, utilizar por lo menos una columna por 2 x 10 9 células totales. <ol><li> Eliminar las burbujas que se producen cuando la carga de las columnas, ya que bloquear el flujo. Retire y vuelva a colocar la columna en el separador entre lavados para evitar que las células queden atrapados entre los granos (modificado a partir de un protocolo de línea en <a href="http://www.sysbio.org/dataresources/usermanual031113.pdf">http://www.sysbio.org/dataresources/user</a>manual031113.pdf). </li><li> Guardar fluir a través de la unión y lavado pasos para analizar las células jóvenes producidos por las células madre, si se desea. Concentrar las células como se describe en el paso 4.7. </li><li> Utilice separadores de varias columnas para procesar múltiples muestras a la vez. Eluir múltiples columnas de la misma muestra en el mismo tubo de recogida para reducir el tiempo de manipulación y disminuir la pérdida de las células. </li></ol></li><li> Concentrado células madre eluidas por centrifugación a 3000 xg durante 5 min a 4 ° C. Aspirar todos menos 1 ml de tampón por 10 8 células marcadas con biotina originales. Vortex brevemente a suspender las células en tampón restante. </li><li> Diluir una alícuota de células y se tiñe con azul de tripano para determinar la densidad celular y la viabilidad celular usando un hemocitómetro (ver paso 3.5). Calcular el número total de células recuperadas. <ol><li> Si el número de células es sustancialmente mayor de lo esperado, pasar la muestra de elución a través de otra columna para tratar de eliminar la contaminación de las células jóvenes.Si el número de células es sustancialmente menor de lo esperado, pasar el flujo de salvado a través de muestra a través de otra columna para tratar de mejorar el rendimiento de las células madre. </li></ol></li><li> Usar células para profundizar el análisis, como se describe en las secciones 5 y 6 Alternativamente, crecer las células en caldo YPD de nuevo para aumentar su edad replicativa (paso 3.7) y seguir por medio del etiquetado y clasificación del grano (pasos 4.1-4.8.1), sin el que tenga que repetir el etiquetado biotina. </li></ol> 5. Determinación de replicativa Edad <ol><li> Haga girar las células durante 2 minutos a 5000 xg a temperatura ambiente durante todos los pasos en esta sección. Ponga 25 l de células recuperadas (~ 10 8 células / ml) en un tubo de centrífuga de 1,5 ml y lavar dos veces con 1 ml de PBS 1x. Aspirar el sobrenadante. <ol><li> Descongelar una alícuota de WGA-conjugado, vortex para mezclar y girar brevemente para eliminar los agregados de proteínas. Suspender las células en 180 l de 1x PBS y 20 l de WGA conjugados a una molécula fluorescente para etiquetar cicatrices brote en la superficie de lcélulas e. Cubra el tubo de centrífuga de 1.5 ml con papel de aluminio y se incuba con agitación suave a 30 ° C durante 30 min. </li><li> Lavar tres veces con 1 ml de 1X PBS. </li></ol></li><li> Para la microscopía fluorescente, etiqueta se desliza y montar según el protocolo estándar utilizando un agente anti-fade. Curar completamente los portaobjetos en la oscuridad (hasta unos pocos días) antes de sellar el cubreobjetos para evitar el movimiento celular durante la formación de imágenes. Número de cicatrices Bud en al menos 50 células por muestra para obtener una medida representativa de la edad celular. Diapositivas para almacenaje de hasta 1 mes para ver las cicatrices del brote, si es necesario. <ol><li> Alternativamente, determinar la intensidad de la señal fluorescente de la WGA-conjugado mediante la realización de citometría de flujo en células suspendidas en 1 ml de PBS 1x después de la etapa 5.1.2. Utilice un láser de excitación 405 nm y 530/30 nm filtro de emisión con un filtro de paso largo de 505 nm WGA-Alexa 488 Incluir un control sin teñir para cada punto de recogida. </li></ol></li><li> Cicatrices gráficas brote en células jóvenes y células envejecidas contadas por microscopía en laeje y contra la media geométrica normalizada (media geométrica manchado / media geométrica sin teñir) de la fluorescencia WGA-conjugado de los mismos poblaciones de células en el eje x. Obtener la ecuación de una línea de tendencia lineal de esta relación. Para los experimentos posteriores, sustituir la media geométrica normalizada de la intensidad de fluorescencia WGA-conjugado de una población de células para x en la ecuación y resuelve para y para determinar la edad promedio de células de una muestra. </li></ol> 6. Mutación Frecuencia <ol><li> Spread ordenadas células madre se volvieron a suspender en tampón de la etapa 4.7 en medio YPD y medio selectivo como se describe en el paso 2.1.1. Usar 1 ml de células madre para células resuspendidas medianas y centrifugado a 5000 xg selectivos durante 1 min. NOTA: Corre volúmenes más grandes de células diluidas en medio YPD como células aumentan en edad para compensar el aumento de número de células no viables y senescentes en poblaciones de más edad. <ol><li> Incubar medio YPD y las placas de medio selectivopaso 6.1 a 30 ° C durante 3 y 4 días, respectivamente. Aumentar el tiempo de incubación hasta una semana para las células muy viejos o cepas de crecimiento lento. Calcular la frecuencia de mutación tal como se describe en el paso 2.2. </li></ol></li></ol> 7. Cálculo prevista Mutación de frecuencia para una Edad replicativa Dada <ol><li> Calcular el promedio de aumento en la edad replicativa de las células marcadas con biotina en el transcurso del experimento restando el promedio de edad de la población celular inicial a partir de la edad media de las células madre ordenados para el tipo pertinente. Utilice las edades celulares calculados en el paso 5.2 o paso 5.2.2. </li><li> Multiplicar la tasa de mutación obtenida en la etapa 2.1.3 por el aumento de la edad celular promedio calculado en el paso 7.1. Añadir este valor a la frecuencia de mutación de línea de base para la población inicial calculada en el paso 2.2 para determinar la frecuencia de mutación predicha para las células de la edad replicativa relevante. </li></ol>

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Los autores no tienen nada que revelar.

Este protocolo combina múltiples métodos para permitir que los recursos y enfoques disponibles en los Saccharomyces cerevisiae sistema modelo para ser aplicado de manera eficiente para el estudio de la inestabilidad del genoma durante el envejecimiento celular mitótico. Una amplia variedad de ensayos para cuantificar las diferentes formas de inestabilidad del genoma a través de la selección fenotípica se podría combinar con clasificación magnética para estudiar posibles cambios específicos de la edad en la acumulación de formas particulares de mutaciones o reordenamientos cromosómicos. Mientras que los enfoques de secuenciación de todo el genoma podrían proporcionar más información acerca de los tipos generales de cambios que se producen en un genoma con la edad, la capacidad de utilizar sistemas de selección fenotípicos para obtener mediciones de la tasa de mutación y para aislar preferencialmente tipos específicos de cambios genéticos son ventajas importantes para estudiar mecanicista aspectos de la inestabilidad del genoma relacionado con el envejecimiento. Racionalizar la determinación de la edad celular y el potencial para hacer las mediciones paralelas de physiologicambios Cal por medio de citometría de flujo proporcionan medios eficaces para correlacionar la inestabilidad del genoma con otros cambios celulares durante los intervalos de edad. Determinación de los posibles cambios dependientes de la edad en las tasas de acumulación de mutaciones requiere: 1) la determinación de las tasas de cuidado en poblaciones de células jóvenes, 2) la determinación precisa de la edad celular, y 3) la capacidad para enriquecer de forma fiable suficientemente grandes poblaciones de células madre para medir de forma reproducible la inestabilidad del genoma en la vejez. Este enfoque permite que el sistema modelo de levadura de contribuir a la definición de los mecanismos subyacentes responsables de los cambios dependientes de la edad en los tipos y / o frecuencias de la inestabilidad del genoma en células en mitosis. Por otra parte, los factores genéticos y ambientales pueden ser evaluados rápidamente para las contribuciones a la inestabilidad del genoma dependiente de la edad. En última instancia, estas caracterizaciones podrían conducir al desarrollo de modelos que dan cuenta de la manera en que las mutaciones se acumulan durante el envejecimiento replicativo. Este método depende de la capacidad para detectar mutaciones o otros tipos de inestabilidad del genoma a través de la aparición de fenotipos seleccionables para medir las tasas de tales eventos. Sin embargo, la creatividad en el diseño del ensayo puede permitir que muchos aspectos de la inestabilidad del genoma para ser investigados. Por ejemplo, el URA3 y genes CAN1 se pueden colocar en diferentes sitios genómicos para probar cualquier influencia de la localización genómica en los resultados. Reversión de alelos de genes no funcionales específicas para funcionales alelos de genes podría probar particulares procesos de mutación. Además, la introducción de múltiples alelos inactivos de un gen o que flanquean un gen con secuencias de repetición podría ser utilizado para examinar los eventos de recombinación mediante la restauración o la pérdida de la función del gen, respectivamente. Pruebas de fluctuación son el enfoque estándar para la determinación de las tasas de estos diversos eventos de inestabilidad del genoma 9. El protocolo está escrito utilizando el Lea-Coulson estimador de la mediana bien aceptada y relativamente sencillo determinar mutatasa ción para hacerla más accesible a los diversos investigadores, a pesar de que el método MSS-máximo estimador de probabilidad se considera el mejor método para la determinación de las tasas de mutación 9. El estimador de máxima verosimilitud MSS-ha sido revisado anteriormente en detalle 9, y se puede utilizar como un método alternativo, pero requiere cálculos más sofisticados. Como alternativa, el software libre para el cálculo de las tasas de mutación con este método se ha puesto a disposición 22. La obtención de medidas reproducibles de las tasas de mutación requiere la atención sobre algunos aspectos del diseño experimental, incluyendo el uso de cultivos replicados suficientes, la inoculación de cultivos a suficientes densidades celulares iniciales bajos que tamaño de la población se incrementa en volúmenes de cultivo de 10.000 veces o más, y que eligen adecuadas para que la totalidad población de células se puede propagar en un medio selectivo. Para el último punto, la fórmula descrita anteriormente se puede utilizar para ajustar la tasa de mutación basado en la fracción de la cultura tested 9. La variación en la tasa de crecimiento de cultivos puede complicar la determinación de una tasa de mutación reproducible, y un estimador basado en el medio modificado que puede producir resultados más reproducibles en tales situaciones Recientemente se ha descrito 23. La capacidad de medir con precisión la edad celular es otro factor que es importante para establecer si las frecuencias de la inestabilidad del genoma en las células viejas son diferentes de los valores esperados debido a la tasa de eventos en células jóvenes. Hemos encontrado tinción WGA ser preferible calcoflúor tinción blanco, tanto en términos de fondo y la flexibilidad, ya que WGA está disponible conjugado a diferentes moléculas fluorescentes. Esta flexibilidad puede proporcionar más oportunidades para las mediciones simultáneas de otras características de las células con reactivos fluorescentes. El trabajo inicial de establecer una relación entre la intensidad de la señal para la tinción de Ventajas de Windows Original y el número correspondiente de las cicatrices del brote en las células puede entonces conducir a una másdeterminación rápida de la edad celular a través de citometría de flujo. Este enfoque también permite el uso de tamaños de las poblaciones más grandes de lo que sería normalmente examinadas por microscopía para mejorar la reproducibilidad de las mediciones. Mientras que todas las determinaciones de edad se podrían hacer a través del examen microscópico de las células, que sentimos que la citometría de flujo enfoque facilita la rápida detección de los factores que influyen en la inestabilidad del genoma dependiente de la edad. Además de medir la edad de células de forma fiable, la consideración debe darse a la cantidad de divisiones celulares células madre se les permite someterse con cada ronda sucesiva de crecer y clasificación de células. El uso de un tamaño de la población inicial más pequeña o un volumen de cultivo más grande podría permitir que las células se someten a más divisiones celulares antes de llegar a la densidad celular deseada. Por ejemplo, los investigadores han utilizado sólo dos rondas de clasificación para obtener muy viejas células de levadura 16, que tiene la ventaja evidente de la obtención de las células viejas con menos Experimepasos NTAL. Al considerar la posibilidad de aumentar el volumen de cultura para permitir que las células se completan más divisiones celulares antes de la clasificación, tenga en cuenta el límite del número total de células que se pueden procesar en una sola columna. El uso de un volumen de cultivo más grande puede requerir el uso de múltiples columnas para ordenar una población celular. Además, si las células se someten a un menor número de rondas de división celular entre los puntos de clase / colección, entonces hay más oportunidades de observar las desviaciones de las frecuencias de mutación que se espera en los puntos de tiempo distintos durante la vida útil. Por ejemplo, el muestreo sólo en principios y finales de los puntos de tiempo durante la vida puede producir datos que indican un aumento constante en la frecuencia de mutación, pero el muestreo en los momentos intermedios adicionales durante la vida pueden mostrar que aumenta la frecuencia de mutación rápida y luego estancarse. Sin embargo, ya que este protocolo aísla las células madre viejas, hay una oportunidad de obtener una medida más directa de los cambios en las tasas de mutación con la edad. Pruebas de fluctuación podría abe realizó usando células madre de diferentes edades para determinar si la tasa de mutación será diferente de la tasa obtenida usando células jóvenes. Mientras que las culturas de estas pruebas de fluctuación se convertirán en una mezcla de células viejas y jóvenes a medida que crecen, cualquier desviación de las tasas obtenidas a partir de células jóvenes podrían atribuirse a la utilización de una población de partida más. La capacidad para obtener de forma reproducible una gran población suficiente de células madre de edad para medir con precisión la inestabilidad del genoma es esencial para el éxito de este enfoque. Aunque el protocolo describe el uso de un sistema de clasificación magnética particular, para este propósito, otros grupos han clasificado las células madre de levadura con sistemas alternativos 14,18 (véase la Tabla de Materiales). Tales sistemas alternativos también deben trabajar con este método, aunque algunos optimización de los protocolos de los fabricantes podría ser requerida. Independientemente del sistema específico utilizado, el tamaño de la población requiered difiere dependiendo de la frecuencia del tipo de mutación o reordenamiento del genoma elegido para el estudio. Como mínimo, debe haber suficientes células madre para obtener al menos una colonia mutante por población para calcular una frecuencia de mutación. En la práctica, los resultados pueden ser bastante variables si se espera que sólo cero a cinco colonias mutantes del tamaño de la población, e incluso un pequeño aumento en el tamaño de la población, por lo que se espera de cinco a diez colonias mutantes, puede mejorar mucho la reproducibilidad. Cuando biotina etiquetado de una población de partida, la eficiencia de recuperación para cada especie necesita ser tenido en cuenta para ayudar a identificar el tamaño de la población apropiada necesario medir la frecuencia de mutación en las células madre de edad. Con un 90% de recuperación de células madre después de cada especie, sólo el 59% de la población original se recuperó después de cinco rondas de crecimiento y la clasificación. Esto se reduce a ~ 33% de recuperación de la población original después de cinco rondas de crecimiento y la clasificación si sólo el 80% de las células madre marcadas se recuperecado durante cada clase. La medición y maximizar la recuperación es crucial cuando se mide acontecimientos de baja frecuencia, ya que de dos a tres veces disminución en tamaño de la población podría conducir fácilmente a los números de poco fiables de colonias mutantes por población. Hay numerosas opciones para ampliar o modificar este protocolo para obtener una comprensión más amplia de la inestabilidad del genoma durante el envejecimiento celular mitótico. Ejemplos simples incluyen el análisis de cómo las alteraciones en las funciones de genes, los cambios de medios, u otros cambios de condición ambiental alteran la acumulación de mutaciones con la edad. Las tasas de mutación para las células jóvenes con la función del gen alterado o en la condición apropiada se miden y utilizan para determinar si las mutaciones se acumulan de manera diferente de lo previsto por los valores de frecuencia y de manera diferente que en las poblaciones celulares de control. Las poblaciones de células en diferentes puntos durante el envejecimiento replicativo podrían estar expuestos a factores de estrés específicos, tales como especies reactivas de oxígeno o agentes que dañan el ADN. Aexposición transitoria y leve a estrés oxidativo no alteró sustancialmente a la capacidad para llevar a cabo clasificación de células (Figura 3), pero más severas tensiones puede complicar la recuperación de las células. Experimentos preliminares serían necesarias para verificar que las células madre aún se pueden recuperar de manera eficiente después de tensiones específicas. Además, las características celulares de las células madre aisladas podrían ser analizados en detalle, incluyendo los niveles de especies reactivas de oxígeno, la morfología mitocondrial y vacuolar, y otras características fisiológicas que se asocian con el envejecimiento 3. Además, las células madre pueden ser una población de partida para un tratamiento adicional o manipulación. Dado que las células madre y la hija están separados físicamente durante el procedimiento, las células hijas también están todavía disponibles para el análisis. Por ejemplo, los cambios en las características fisiológicas de las células hijas o la herencia asimétrica de macromoléculas dañadas entre la madre de levadura y células hijas <shasta&gt; 24 se podría comparar con el momento de los cambios interesantes en mutación frecuencias / tarifas. Frecuencias de mutación para poblaciones de células hija también se podrían obtener con el fin de tratar de modelar si hay herencia asimétrica de mutaciones durante el envejecimiento replicativo. En resumen, la combinación de enriquecimiento de células madre a través de clasificación celular magnética con las pruebas de fluctuación permite las ventajas de la S. sistema modelo cerevisiae que se aplicará de manera eficiente a la investigación de los mecanismos responsables de la acumulación de cambios genéticos durante el envejecimiento celular mitótico.

Microorganismos, tales como la levadura Saccharomyces cerevisiae, son excelentes modelos para la investigación de las tasas de mutación, pero estos modelos no se han utilizado plenamente para investigar la acumulación de mutaciones durante el envejecimiento mitótico de las células. La acumulación de mutaciones en el genoma nuclear ha planteado la hipótesis de contribuir al envejecimiento por lo que resulta en pérdida progresiva de la (o variación) en funciones de los genes 1. La capacidad de utilizar un sistema microbiano para estudiar los mecanismos y consecuencias de la acumulación de mutaciones durante el envejecimiento podría acelerar en gran medida la identificación de factores genéticos y ambientales que influyen en este proceso, debido a los sistemas genéticos fáciles y la facilidad de la cuantificación de los cambios fenotípicos raras en microorganismos. Factores de reparación del ADN y proteínas de respuesta al daño de ADN están bien conservadas a través de especies diversa 2, y las similitudes fundamentales en el envejecimiento del organismo se han identificado para organismos tan diversos como S. cerevisiae und mamíferos 3, por lo que es probable que los resultados obtenidos a partir de estudios en levaduras serán relevantes para el envejecimiento en muchos organismos. Los estudios sobre el envejecimiento en S. cerevisiae hacer uso de dos tipos de envejecimiento que miden el envejecimiento cronológico o envejecimiento replicativo de las células. Envejecimiento cronológico se caracteriza por la pérdida progresiva de la viabilidad de las poblaciones de células de levadura que se encuentran en un (fase estacionaria) que no se dividen estado debido a agotamiento de los nutrientes 3. El modelo de envejecimiento cronológico se ha utilizado para demostrar que las mutaciones se acumulan con el aumento de la edad de 4, ya que las poblaciones de células grandes se obtienen fácilmente en este modelo para realizar selecciones fenotípicos para células mutantes. En este caso, la acumulación de mutación parece estar influenciada por las vías de señalización de crecimiento y estrés oxidativo 5, y cada uno de estos factores es relevante para la comprensión de envejecimiento en eucariotas multicelulares 3. El modelo de envejecimiento replicativo explota la divisi asimétricaen entre S. madre e hija células cerevisiae para la investigación de envejecimiento que se produce con sucesivas generaciones de células 3. Levadura envejecimiento replicativo menudo se ha medido a través de micromanipulación de las pequeñas poblaciones de la madre y las células hijas, o, más recientemente, a través de la microscopía de vídeo de las pequeñas poblaciones de células de levadura en dispositivos de microfluidos 6,7. Tamaño de las poblaciones limitadas hacen que estos enfoques poco adecuados para la investigación de la acumulación de mutaciones durante el envejecimiento mitótico menos que la información de todo el genoma se obtiene a partir de células individuales o cambios genéticos muy alta frecuencia se miden 8. Secuenciación de todo el genoma de las células individuales proporciona conjuntos de datos sustanciales para investigar la acumulación de mutaciones, pero los sistemas de selección fenotípicos tienen la importante ventaja de proporcionar un medio de medición de las tasas de mutación para estudiar los mecanismos de la acumulación de mutaciones subyacente. Los estudios para examinar las frecuencias de mutación y tarifas a través de selecciones fenotípicos en haploiaún no se han reportado d cepas de levadura durante el envejecimiento replicativo. Las tasas de mutación se miden comúnmente mediante pruebas de fluctuación 9. Los valores de la frecuencia de mutación reflejan el número total de células que albergan una mutación en una secuencia de gen en una población. Esto incluye células en las que se producen mutaciones independientes y cualquier progenie de las células que heredan las mutaciones simplemente pre-existentes. Por el contrario, las tasas de mutación medidos a través de pruebas de fluctuación representan el número de mutaciones independientes que recién surgen con cada generación celular. Estas pruebas implican típicamente la inoculación de muchos cultivos replicados en bajas densidades celulares para reducir la probabilidad de que la adición de células con mutaciones preexistentes en una secuencia diana, el cultivo de las culturas a cerca de la saturación, y la identificación de células mutantes por crecimiento en medio selectivo. Los números de células mutantes identificados en las poblaciones replicadas se utilizan entonces en uno de varios modelos matemáticos para estimar el número de imutaciones ndependent que surgieron durante el crecimiento 9. Comparando el número de mutaciones independientes para el tamaño promedio de la población proporciona una medida de la tasa de mutación. En S. cerevisiae, las frecuencias de mutación y las tasas se miden con frecuencia utilizando los genes URA3 y CAN1, ya que la pérdida de función de las mutaciones en estos genes producen fenotipos seleccionables. Pérdida de la función URA3 hace que las células resistentes a 5-fluoroorótico ácido (5-FOA), ya que la proteína codificada por URA3 convierte 5-FOA en una molécula tóxica 10. La pérdida de función de CAN1 permite que las células se vuelven resistentes a canavanina, un análogo de arginina tóxico, ya que la proteína codificada por CAN1 transporta arginina y canavanina en las células 11. Ambas estrategias de clasificación genéticos y físicos se han empleado con éxito para obtener poblaciones más grandes de S. células madre cerevisiae para facilitar las investigaciones del envejecimiento replicativo. Estrategias genéticas incluyen enfoques inteligentes que seleccionan contra la supervivencia celular hija en una población. El programa de enriquecimiento de la madre (MEP) implica-beta estradiol inducción de la expresión de la recombinasa Cre sólo en células hijas, lo que lleva a la interrupción-hija específica de dos genes esenciales que fueron diseñados para contener sitios loxP 12. MEP cepas pueden cultivarse normalmente en la ausencia del inductor, pero sólo las células madre continúan dividiéndose después de la inducción, mientras que las células hijas se arresto en la fase M típicamente durante su primera progresión a través del ciclo celular 12. Aunque este sistema no se ha utilizado ampliamente para estudiar la acumulación de mutaciones durante el envejecimiento, se ha utilizado para estudiar la pérdida de heterocigosidad, una forma relativamente frecuente de inestabilidad del genoma en las cepas de levadura diploides, así como cambios bioquímicos en las células madre envejecimiento 13,14. Del mismo modo, el sistema hija-descargador implica la expresión-hija específica de la S. cerevigen siae URA3 15. Cepas Hija-pararrayos crecen normalmente hasta 5-FOA se añade al medio, en el que las células que expresan el punto hija URA3 morirán, mientras que las células madre continúan creciendo 15. Estos son sistemas útiles para enriquecer en células madre, pero dependen de mantenimiento de las funciones de los genes que constituyen el sistema de selección. Mutaciones al azar en uno o más componentes del sistema de selección podrían dar lugar a células hijas que escapan a la selección y proliferan exponencialmente. Durante el desarrollo de las cepas del MEP, tamaños apropiados de población estaban decididos a evitar la aparición de células hijas mutantes que podrían escapar de la selección 12. Sin embargo, este límite de tamaño de la población pone en peligro la detección de formas raras de la inestabilidad del genoma durante el envejecimiento replicativo. Esta restricción en el tamaño de la población podría ser parcialmente superada por la utilización de cepas de levadura diploide con dos copias de cada gen que contribuye al sistema de selección, ya que la mayoríamutaciones serían probablemente recesiva 12. Sin embargo, el uso de cepas diploides limita los tipos de eventos mutacionales que se pueden detectar fácilmente en comparación con aquellos que pueden detectarse fácilmente en células de levadura haploides. Las estrategias de clasificación físicas incluyen el aislamiento de células madre con una superficie de la célula marcada de las células hijas no marcados para enriquecer para grandes poblaciones de células madre. La observación de que las proteínas de la superficie celular (proteínas de la pared celular) de S. células hijas cerevisiae están recién sintetizados en ciernes ha sido explotada para marcar las células madre sin etiquetar las células hijas que producen 16. Por ejemplo, una población inicial de células de levadura en su superficie marcadas con biotina se puede cultivar y luego aislado a partir de sus células hijas usando microperlas anti-biotina y clasificación magnética 16 porque las células hijas generadas por la población inicial no contienen biotina en su superficie . Crecimiento de serie yclasificación permite que las poblaciones progresivamente mayores de las células madre que se obtienen y analizan. Este procedimiento ha sido utilizado con éxito para examinar los cambios en la fisiología celular y la expresión génica durante el envejecimiento replicativo de levadura 13,14,17,18. El método actual se adapta este marcaje con biotina y la técnica de clasificación magnética para enriquecer en células madre con el propósito de medir la acumulación de mutaciones potencialmente raras u otras formas de inestabilidad del genoma ensayadas a través de selecciones fenotípicas. El crecimiento de serie y la clasificación física permiten el análisis de la acumulación de mutaciones en células madre progresivamente mayores, así como en sus poblaciones de células hijas. Determinación de las tasas de mutación por generación permite una frecuencia de mutación predicha que se calcula para las células madre que han sido sometidos a un número determinado de divisiones celulares. Dado que los valores de frecuencia previstas se basan en el aumento esperado debido a rondas adicionales de la división celular, las desviaciones sustanciales en los Mutati observadosen las frecuencias en comparación con los valores previstos proporcionar evidencia de cambios específicos de la edad en la tasa de mutaciones que se acumulan. Usando este protocolo, la tinción fluorescente de las cicatrices del brote que corresponden a los sitios de divisiones celulares en las células madre, junto con el análisis por citometría de flujo se puede utilizar para determinar rápidamente la distribución de edad de las poblaciones clasificadas y sin clasificar. Reactivos fluorescentes adicionales, tales como los utilizados para la detección de especies reactivas del oxígeno, también se pueden utilizar durante este protocolo. En general, este protocolo permite el análisis eficiente de los cambios dependientes de la edad en la inestabilidad del genoma con el potencial de correlación con los teléfonos cambios fisiológicos relacionados con la edad en un organismo modelo muy adecuado para el estudio de los factores genéticos y ambientales que influyen en la inestabilidad del genoma relacionadas con el envejecimiento.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="802">
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:108px;">Company</td>
			<td style="width:119px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:359px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">EZ-Link Sulfo-NHS-LC-Biotin</td>
			<td style="width:108px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:119px;">21335</td>
			<td style="width:359px;">100mg</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Anti-Biotin Microbeads</td>
			<td style="width:108px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:119px;">130-090-485</td>
			<td style="width:359px;">2ml MicroBeads conjugated to monoclonal mouse anti-biotin antibodies (isotype: mouse IgG1)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">MACS LS columns</td>
			<td style="width:108px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:119px;">130-042-401</td>
			<td style="width:359px;">25 columns suitable for QuadroMACS separator</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:216px;">QuadroMACS separator</td>
			<td style="width:108px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:119px;">130-090-976</td>
			<td style="width:359px;">Separator Only</td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:216px;">QuadroMACS Starting Kit</td>
			<td style="width:108px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:119px;">130-091-051</td>
			<td style="width:359px;">Includes:&#160; QuadroMACS Separator (130-090-976), MACS MultiStand (130-042-303), LS Columns (130-042-401), MACS 15ml Tube Rack (130-091-052), One 2ml unit of MACS MicroBeads. Note: Alternative systems include Dynabeads Biotin Binder and MagnaBind Magnetic Beads</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">BD Falcon Cell Strainer, 40 &#181;m</td>
			<td style="width:108px;">BD Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">352340</td>
			<td style="width:359px;">40 &#181;m for use with BD Falcon 50 ml Conical Tubes.&#160; 50 per pack</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Trypan Blue</td>
			<td style="width:108px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:119px;">T6146</td>
			<td style="width:359px;">Powder, filtering after dissolving important to remove particulates</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">Wheat germ agglutinin Alexa Fluor488</td>
			<td style="width:108px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">W11261</td>
			<td style="width:359px;">Conjugates with different excitation/emission spectra could also be used</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:216px;">ProLong Gold antifade reagent</td>
			<td style="width:108px;">Life Technologies</td>
			<td style="width:119px;">P36930</td>
			<td>10 ml, other antifade reagents could also be used</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

combining magnetic sorting of mother cells and fluctuation tests to analyze genome instability during mitotic cell aging in saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae ha sido un excelente sistema modelo para examinar los mecanismos y consecuencias de la inestabilidad del genoma. La información obtenida de este modelo de levadura es relevante para muchos organismos, incluyendo los seres humanos, ya que los factores de respuesta de reparación del ADN y daño en el ADN son bien conservadas a través de diversas especies. Sin embargo, S. cerevisiae aún no se ha utilizado para tratar completamente si la tasa de acumulación de mutaciones cambios con el aumento de replicativa (mitótica) edad debido a limitaciones técnicas. Por ejemplo, las mediciones de la levadura vida replicativa mediante micromanipulación implican muy pequeñas poblaciones de células, las cuales prohíben la detección de mutaciones raras. Métodos genéticos para enriquecer a las células madre en las poblaciones mediante la inducción de la muerte de las células hijas se han desarrollado, pero los tamaños de población todavía están limitados por la frecuencia con que se producen las mutaciones al azar que comprometen los sistemas de selección. El protocolo actual se aprovecha de sorti magnéticang de células madre de levadura marcada con la superficie para obtener grandes poblaciones suficientes de envejecimiento de las células madre para cuantificar mutaciones raras mediante selecciones fenotípicas. Las tasas de mutación, medidos a través de pruebas de fluctuación, y las frecuencias de mutación se establecieron por primera vez para las células jóvenes y se utilizan para predecir la frecuencia de mutaciones en las células madre de varias edades replicativa. Frecuencias de mutación se determinan entonces para las células madre ordenados, y la edad de las células madre se determina mediante citometría de flujo por tinción con un reactivo fluorescente que detecta cicatrices brote formadas en sus superficies celulares durante la división celular. Comparación de las frecuencias de mutación predichos basándose en el número de divisiones celulares a las frecuencias observadas experimentalmente para las células madre de una edad replicativa dada a continuación, puede identificar si hay cambios relacionados con la edad en la tasa de acumulación de mutaciones. Las variaciones de este protocolo básico proporcionan los medios para investigar la influencia de las alteraciones en las funciones de genes específicos ocondiciones ambientales específicas sobre acumulación de mutaciones para hacer frente a los mecanismos de inestabilidad del genoma subyacente durante el envejecimiento replicativo.

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Combining Magnetic Sorting of Mother Cells and Fluctuation Tests to Analyze Genome Instability During Mitotic Cell Aging in Saccharomyces cerevisiae

Las tasas de mutación en células de Saccharomyces cerevisiae jóvenes medidos a través de pruebas de fluctuación se utilizan para predecir las frecuencias de mutación de células madre de diferentes edades replicativa. Clasificación magnética y citometría de flujo sirven entonces para medir las frecuencias de mutación real y la edad de las células madre para identificar cualquier desviación de las frecuencias de mutación predichos.

Combinando clasificación magnética de las células madre y las pruebas de fluctuación para analizar la inestabilidad del genoma Durante mitótico Aging Cell en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Saccharomyces cerevisiae has been an excellent model system for examining mechanisms and consequences of genome instability. Information gained from this ...

combining-magnetic-sorting-mother-cells-fluctuation-tests-to-analyze

Research

JoVE Journal

Biology

Combining Magnetic Sorting of Mother Cells and Fluctuation Tests to Analyze Genome Instability During Mitotic Cell Aging in Saccharomyces cerevisiae

12.4K vistas.  Rensselaer Polytechnic Institute.  Las tasas de mutación en células de Saccharomyces cerevisiae jóvenes medidos a través de pruebas de fluctuación se utilizan para predecir las frecuencias de mutación de células madre de diferentes edades replicativa. Clasificación magnética y citometría de flujo sirven entonces para medir las frecuencias de mutación real y la edad de las células madre para identificar cualquier desviación de las frecuencias de mutación predichos. 

Video: Combining Magnetic Sorting of Mother Cells and Fluctuation Tests to Analyze Genome Instability During Mitotic Cell Aging in Saccharomyces cerevisiae

Dissection of Saccharomyces Cerevisiae Asci

Yeast is a highly tractable model system that is used to study many different cellular processes. The common laboratory strain Saccharomyces cerevisiae exists in either a haploid or diploid state. The ability to combine alleles from two haploids and the ability to introduce modifications to the genome requires the production and dissection of asci. Asci production from haploid cells begins with the mating of two yeast haploid strains with compatible mating types to produce a diploid strain. This can be accomplished in a number of ways either on solid medium or in liquid. It is advantageous to select for the diploids in medium that selectively promotes their growth compared to either of the haploid strains. The diploids are then allowed to sporulate on nutrient-poor medium to form asci, a bundle of four haploid daughter cells resulting from meiotic reproduction of the diploid. A mixture of vegetative cells and asci is then treated with the enzyme zymolyase to digest away the membrane sac surrounding the ascospores of the asci. Using micromanipulation with a microneedle under a dissection microscope one can pick up individual asci and separate and relocate the four ascopores. Dissected asci are grown for several days and tested for the markers or alleles of interest by replica plating onto appropriate selective media.

Dissection of Saccharomyces Cerevisiae Asci

Micromanipulation of yeast cells is needed for meiotic genetic analysis or to select diploid zygotes. These micromanipulations are carried out using the microneedle of a dissection microscope. The microneedle is used to relocate cells and is controlled by a micromanipulator which are available with various degrees of automation.

La disección de Saccharomyces cerevisiae Asci

Yeast is a highly tractable model system that is used to study many different cellular processes. The common laboratory strain Saccharomyces cerevisiae ...

Investigación

Biología

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground using a cryolysis procedure in a ball mill grinder and the resulting grindate brought into solution by urea solubilization. This procedure allows for the lysis of the cells in a metabolically inactive state, preserving phosphorylation and preventing reorientation of the phosphoproteome during cell lysis.  Following reduction, alkylation, trypsin digestion of the proteins, the samples are desalted on C18 columns and the sample complexity reduced by fractionation using hydrophilic interaction chromatography (HILIC). HILIC columns preferentially retain hydrophilic molecules which is well suited for phosphoproteomics.  Phosphorylated peptides tend to elute later in the chromatographic profile than the non phosphorylated counterparts. After fractionation, phosphopeptides are enriched using immobilized metal chromatography, which relies on charge-based affinities for phosphopeptide enrichment. At the end of this procedure the samples are ready to be quantitatively analyzed by mass spectrometry.

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

Description of a quantitative phosphorylation procedure using cryolysis, urea solubilziation, HILIC fractionation and IMAC enrichment of phosphorylated peptides.

Phosphoproteomics cuantitativo de ácidos grasos estimulada Saccharomyces cerevisiae</em

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground ...

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen peroxide (H2O2), an oxidizing agent. In the experiment, yeast is grown for 48 hours in 1/2X YPD broth containing 3X glucose. The culture is split into a control and treated group. The experiment culture is treated with 0.5 mM H2O2 in Hanks Buffered Saline (HBSS) for 1 hour. The control culture is treated with HBSS only. Total RNA is extracted from both cultures and is converted to a biotin-labeled cRNA product through a multistep process. The final synthesis product is taken back to the UVM Microarray Core Facility and hybridized to the Affymetrix yeast GeneChips. The resulting gene expression data are uploaded into bioinformatics data analysis software.

Microarray Analysis for Saccharomyces cerevisiae

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen peroxide (H2O2), an oxidizing agent.

El análisis de microarrays para Saccharomyces cerevisiae</em

In this protocol, gene expression in yeast (Saccharomyces cerevisiae) is changed after exposure to oxidative stress induced by the addition of hydrogen ...

Lipid Vesicle-mediated Affinity Chromatography using Magnetic Activated Cell Sorting (LIMACS): a Novel Method to Analyze Protein-lipid Interaction

The analysis of lipid protein interaction is difficult because lipids are embedded in cell membranes and therefore, inaccessible to most purification procedures. As an alternative, lipids can be coated on flat surfaces as used for lipid ELISA and Plasmon resonance spectroscopy. However, surface coating lipids do not form microdomain structures, which may be important for the lipid binding properties. Further, these methods do not allow for the purification of larger amounts of proteins binding to their target lipids.
 To overcome these limitations of testing lipid protein interaction and to purify lipid binding proteins we developed a novel method termed lipid vesicle-mediated affinity chromatography using magnetic-activated cell sorting (LIMACS). In this method, lipid vesicles are prepared with the target lipid and phosphatidylserine as the anchor lipid for Annexin V MACS. Phosphatidylserine is a ubiquitous cell membrane phospholipid that shows high affinity to the protein Annexin V. Using magnetic beads conjugated to Annexin V the phosphatidylserine-containing lipid vesicles will bind to the magnetic beads. When the lipid vesicles are incubated with a cell lysate the protein binding to the target lipid will also be bound to the beads and can be co-purified using MACS. This method can also be used to test if recombinant proteins reconstitute a protein complex binding to the target lipid. 
 We have used this method to show the interaction of atypical PKC (aPKC) with the sphingolipid ceramide and to co-purify prostate apoptosis response 4 (PAR-4), a protein binding to ceramide-associated aPKC. We have also used this method for the reconstitution of a ceramide-associated complex of recombinant aPKC with the cell polarity-related proteins Par6 and Cdc42. Since lipid vesicles can be prepared with a variety of sphingo- or phospholipids, LIMACS offers a versatile test for lipid-protein interaction in a lipid environment that resembles closely that of the cell membrane. Additional lipid protein complexes can be identified using proteomics analysis of lipid binding protein co-purified with the lipid vesicles.

Lipid Vesicle-mediated Affinity Chromatography using Magnetic Activated Cell Sorting LIMACS: a Novel Method to Analyze Protein-lipid Interaction

To test the interaction of a protein with its target lipid we used MACS and Annexin V-conjugated magnetic beads and lipid vesicles synthesized from the target lipid and Annexin V-binding phosphatidylserine. Proteins bound to the target lipid are co-purified and analyzed after elution from the beads.

Lípidos vesículas mediada por cromatografía de afinidad utilizando magnética clasificación de células activadas (LIMACS): un nuevo método para analizar la interacción de proteínas y lípidos

The analysis of lipid protein interaction is difficult because lipids are embedded in cell membranes and therefore, inaccessible to most purification ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. The simplicity and power of the yeast aging model can also be explored to study DNA damage and genome maintenance as well as their contributions to diseases during aging. Here, we describe a system to study age-dependent DNA mutations, including base substitutions, frame-shift mutations, gross chromosomal rearrangements, and homologous/homeologous recombination, as well as nuclear DNA repair activity by combining the yeast chronological life span with simple DNA damage and mutation assays. The methods described here should facilitate the identification of genes/pathways that regulate genomic instability and the mechanisms that underlie age-dependent DNA mutations and cancer in mammals.

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Here we describe a set of DNA mutation assays that can be combined with the yeast chronological life span model to study the genes/pathways that regulate or contribute to genomic DNA instability during aging.

El estudio de dependientes de la edad de Inestabilidad Genómica con el S. cerevisiae Cronológica Modelo Longevidad

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for using FISH to quantify the number of mRNAs in single yeast cells. Cells can be grown in any condition of interest and then fixed and made permeable. Subsequently, multiple single-stranded deoxyoligonucleotides conjugated to fluorescent dyes are used to label and visualize mRNAs. Diffraction-limited fluorescence from single mRNA molecules is quantified using a spot-detection algorithm to identify and count the number of mRNAs per cell. While the more standard quantification methods of northern blots, RT-PCR and gene expression microarrays provide information on average mRNAs in the bulk population, FISH facilitates both the counting and localization of these mRNAs in single cells at single-molecule resolution.

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

This protocol describes an experimental procedure for performing Fluorescence in situ Hybridization (FISH) for counting mRNAs in single cells at single-molecule resolution.

Visualización y Análisis de las moléculas de ARNm mediante fluorescencia<em&gt; In Situ</em&gt; La hibridación en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

Coupled Assays for Monitoring Protein Refolding in Saccharomyces cerevisiae

Proteostasis, defined as the combined processes of protein folding/biogenesis, refolding/repair, and degradation, is a delicate cellular balance that must be maintained to avoid deleterious consequences 1. External or internal factors that disrupt this balance can lead to protein aggregation, toxicity and cell death. In humans this is a major contributing factor to the symptoms associated with neurodegenerative disorders such as Huntington's, Parkinson's, and Alzheimer's diseases 10. It is therefore essential that the proteins involved in maintenance of proteostasis be identified in order to develop treatments for these debilitating diseases. This article describes techniques for monitoring in vivo protein folding at near-real time resolution using the model protein firefly luciferase fused to green fluorescent protein (FFL-GFP). FFL-GFP is a unique model chimeric protein as the FFL moiety is extremely sensitive to stress-induced misfolding and aggregation, which inactivates the enzyme 12. Luciferase activity is monitored using an enzymatic assay, and the GFP moiety provides a method of visualizing soluble or aggregated FFL using automated microscopy. These coupled methods incorporate two parallel and technically independent approaches to analyze both refolding and functional reactivation of an enzyme after stress. Activity recovery can be directly correlated with kinetics of disaggregation and re-solubilization to better understand how protein quality control factors such as protein chaperones collaborate to perform these functions. In addition, gene deletions or mutations can be used to test contributions of specific proteins or protein subunits to this process. In this article we examine the contributions of the protein disaggregase Hsp104 13, known to partner with the Hsp40/70/nucleotide exchange factor (NEF) refolding system 5, to protein refolding to validate this approach.

Coupled Assays for Monitoring Protein Refolding in Saccharomyces cerevisiae

This article describes the use of a firefly luciferase-GFP fusion protein to investigate in vivo protein folding in Saccharomyces cerevisiae. Using this reagent, refolding of a model heat-denatured protein can be monitored simultaneously by fluorescence microscopy and an enzymatic assay to probe the roles of proteostasis network components in protein quality control.

Los ensayos acoplados para Monitoreo replegamiento de proteínas en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Proteostasis, defined as the combined processes of protein folding/biogenesis, refolding/repair, and degradation, is a delicate cellular balance that must ...

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Determining the mode of action of bioactive chemicals is of interest to a broad range of academic, pharmaceutical, and industrial scientists. Saccharomyces cerevisiae, or budding yeast, is a model eukaryote for which a complete collection of ~6,000 gene deletion mutants and hypomorphic essential gene mutants are commercially available. These collections of mutants can be used to systematically detect chemical-gene interactions, i.e. genes necessary to tolerate a chemical. This information, in turn, reports on the likely mode of action of the compound. Here we describe a protocol for the rapid identification of chemical-genetic interactions in budding yeast. We demonstrate the method using the chemotherapeutic agent 5-fluorouracil (5-FU), which has a well-defined mechanism of action. Our results show that the nuclear TRAMP RNA exosome and DNA repair enzymes are needed for proliferation in the presence of 5-FU, which is consistent with previous microarray based bar-coding chemical genetic approaches and the knowledge that 5-FU adversely affects both RNA and DNA metabolism. The required validation protocols of these high-throughput screens are also described.

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Here we present a cost-effective method for defining chemical-genetic interactions in budding yeast. The approach is built on fundamental techniques in yeast molecular biology and is well suited for the mechanistic interrogation of small to medium collections of chemicals and other media environments.

La rápida identificación de químicos interacciones genéticas en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Determining the mode of action of bioactive chemicals is of interest to a broad range of academic, pharmaceutical, and industrial scientists. ...

Directed Evolution Method in Saccharomyces cerevisiae: Mutant Library Creation and Screening

Directed evolution in Saccharomyces cerevisiae offers many attractive advantages when designing enzymes for biotechnological applications, a process that involves the construction, cloning and expression of mutant libraries, coupled to high frequency homologous DNA recombination in vivo. Here, we present a protocol to create and screen mutant libraries in yeast based on the example of a fungal aryl-alcohol oxidase (AAO) to enhance its total activity. Two protein segments were subjected to focused-directed evolution by random mutagenesis and in vivo DNA recombination. Overhangs of ~50 bp flanking each segment allowed the correct reassembly of the AAO-fusion gene in a linearized vector giving rise to a full autonomously replicating plasmid. Mutant libraries enriched with functional AAO variants were screened in S. cerevisiae supernatants with a sensitive high-throughput assay based on the Fenton reaction. The general process of library construction in S. cerevisiae described here can be readily applied to evolve many other eukaryotic genes, avoiding extra PCR reactions, in vitro DNA recombination and ligation steps.

Directed Evolution Method in Saccharomyces cerevisiae: Mutant Library Creation and Screening

We present a detailed protocol to construct and screen mutant libraries for directed evolution campaigns in Saccharomyces cerevisiae.

Dirigida Método Evolución en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em&gt;: Mutant Biblioteca Creación y Proyección

Directed evolution in Saccharomyces cerevisiae offers many attractive advantages when designing enzymes for biotechnological applications, a process that ...

Cycloheximide Chase Analysis of Protein Degradation in Saccharomyces cerevisiae

Regulation of protein abundance is crucial to virtually every cellular process. Protein abundance reflects the integration of the rates of protein synthesis and protein degradation. Many assays reporting on protein abundance (e.g., single-time point western blotting, flow cytometry, fluorescence microscopy, or growth-based reporter assays) do not allow discrimination of the relative effects of translation and proteolysis on protein levels. This article describes the use of cycloheximide chase followed by western blotting to specifically analyze protein degradation in the model unicellular eukaryote, Saccharomyces cerevisiae (budding yeast). In this procedure, yeast cells are incubated in the presence of the translational inhibitor cycloheximide. Aliquots of cells are collected immediately after and at specific time points following addition of cycloheximide. Cells are lysed, and the lysates are separated by polyacrylamide gel electrophoresis for western blot analysis of protein abundance at each time point. The cycloheximide chase procedure permits visualization of the degradation kinetics of the steady state population of a variety of cellular proteins. The procedure may be used to investigate the genetic requirements for and environmental influences on protein degradation.

Cycloheximide Chase Analysis of Protein Degradation in Saccharomyces cerevisiae

Protein abundance reflects the rates of both protein synthesis and protein degradation. This article describes the use of cycloheximide chase followed by western blotting to analyze protein degradation in the model unicellular eukaryote, Saccharomyces cerevisiae (budding yeast).