Aislamiento de núcleos de células progenitoras cardíacas de ratón para epigenoma y perfil de expresión génica a resolución de una sola célula

El objetivo principal de este protocolo es estudiar la interacción de factores genéticos y ambientales en el contexto del desarrollo del corazón y su contribución a los defectos cardíacos congénitos. Los enfoques de núcleos únicos, como el RNA-seq de núcleos únicos y los núcleos únicos atáxicos, están emergiendo como métodos clave para estudiar la heterogeneidad celular en la salud y la enfermedad durante el desarrollo del corazón. Un paso limitante de estos experimentos es que toda la muestra debe ejecutarse simultáneamente.

Si bien trabajar con todas las condiciones experimentales, recolectar material lo suficientemente fresco para todas las condiciones simultáneamente podría ser un desafío. Aunque ha habido un progreso significativo en el campo de la célula única en los últimos años, la principal dificultad es el procesamiento de muestras libres. Evitar la dificultad es extremadamente beneficioso para identificar el mecanismo molecular subyacente a los defectos congénitos de la cardiopatía congénita.

Este protocolo describe los pasos a seguir para aislar con éxito núcleos de alta calidad de la suspensión de células cardíacas congeladas obtenidas de embriones de ratón. Y nuestro protocolo es compatible con núcleos únicos posteriores RNA-seq y núcleos únicos atáxicos. Esperamos que este procedimiento ayude a los investigadores interesados y los anime a utilizar este poderoso método para su investigación.