Preparación de islotes fetales congelados de primates no humanos para la secuenciación combinada de ARN de un solo núcleo y la secuenciación ATAC, y la metabolómica a granel

Utilizamos un modelo de primates no humanos altamente traslacional para evaluar cómo la dieta materna y el consumo de medicamentos durante el embarazo influyen en el desarrollo embrionario y la función postnatal de los islotes pancreáticos en la descendencia. Los cambios programados en el desarrollo podrían alterar la susceptibilidad a la enfermedad más adelante en la vida. Un desafío cuando se trabaja con muestras difíciles de adquirir, como las de primates no humanos, es evaluar múltiples preguntas de un mismo individuo de manera eficiente.

Desafortunadamente, la extracción simultánea de información del metaboloma y del genoma puede ser difícil debido a la incompatibilidad de los reactivos de ensayo en la degradación sensible al tiempo de las moléculas que se van a cuantificar. Nuestro protocolo permite la extrapolación de la abundancia de metabolitos, la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica diferencial a partir del mismo material de partida. Este enfoque de múltiples capas proporciona información sobre cómo el metabolismo puede alterar el genoma en los islotes pancreáticos.