1. Génération de X. tropicalis oeufs Tous Xenopus tropicalis grenouilles sont classés du NASCO. Nos grenouilles sont logées dans un habitat aquatique système de recirculation d&#39;eau maintenu à 27 ° C. Il ya beaucoup d&#39;options pour les systèmes d&#39;eau pour les soins de X. tropicalis. Quelques bonnes informations générales sur cette espèce de grenouille se trouve sur les sites Web des laboratoires Harland et Grainger ( <a href="http://tropicalis.berkeley.edu/home/" target="_blank">http://tropicalis.berkeley.edu/home/</a> , <a href="http://www.faculty.virginia.edu/xtropicalis/" target="_blank">http://www.faculty.virginia.edu/xtropicalis /</a> ). Nos grenouilles sont maintenues en tankwater composé de (0,4 g ciclid Sels Lake, 0,6 g de sel marin, 0,625 g de NaHCO 3 par litre d&#39;eau, pH 7,0) 20. Cette recette se traduit par une conductivité de ~ 1800 uS, qui est une forte salinité pour X. tropicalis. Cependant, nous avons constaté que nos grenouilles se développent dans this environnement et la qualité de l&#39;ovocyte est améliorée. Recettes tankwater alternatives peuvent être trouvées ci-dessus dans les ressources indiquées pour le général X. soins tropicalis. <ol><li> Les grenouilles sont injectés avec la gonadotrophine chorionique humaine (hCG) sur trois jours consécutifs pour stimuler la ponte: Premièrement, préparer deux concentrations de solution hCG. Resuspendre 10000 U d&#39;hCG poudre lyophilisée dans 10 ml stérile, déionisée H 2 O pour une concentration finale de 1000 U / ml. Ensuite, diluer une solution de 1,000 ml de hCG U / ml dans 9 ml de H 2 O pour une concentration finale de 100 U / ml. Stocker à la fois des solutions à 4 ° C. </li><li> Au jour 1, préparer 4-6 grenouilles pour la ponte par injection avec l&#39;hCG entre 2:00-15:00. Injecter chaque grenouille dans le sac lymphatique dorsal près du cloaque avec 0,2 ml solution hCG 100 U / ml. Avoir les grenouilles rapide au cours des deux injections ultérieures sera de minimiser la quantité de déchets grenouille présent lors de la ponte, mais est facultative. </li><li> Le jour 2, injecter les mêmes grenouillesavec 0,2 ml solution hCG 100 U / ml entre 2:00-15:00. </li><li> Au jour 3, injecter les mêmes grenouilles avec 0,2 ml solution hCG 1000 U / ml, entre 7:00-10:00. Mettre en place des grenouilles à pondre des œufs: remplir un seau en plastique de 6 pintes avec tankwater fraîche, ajouter les grenouilles et les placer dans l&#39;obscurité à 25 ° C. Après cette injection, la ponte va commencer après 4 h et sera terminée d&#39;ici 7 heures. Grenouilles devraient pondre dans un environnement qui est maintenu à un minimum de 25 ° C. </li><li> Faire extraire solutions et disposer d&#39;un équipement prêt immédiatement avant la collecte des œufs. </li></ol> 20X MMR: 100 mM d&#39;HEPES, pH 7,8, 2 mM EDTA pH 7,8, 2 M de NaCl, 40 mM KCl, 20 mM MgCl2, 40 mM CaCl2. Autoclave et stocker à température ambiante. Préparer 1 L de 1X MMR juste avant d&#39;extraire la préparation. XB 10X: HEPES 100 mM, pH7.7, MgCl2 10 mM, CaCl2 1 mM, 1 M KCl, 500 mM de saccharose. Autoclave et conserver à 4 ° C. Préparer 1 L de 1X XB just avant d&#39;extraire la préparation. Solution Dejelly: Préparer une solution de cystéine 250 de 3% en ml désionisée H 2 O et de pH de 7,8 à 8,0 avec du NaOH 10 N. Préparer juste avant d&#39;extraire la préparation. CSF-XB: prenez 200 ml de 1X XB et ajouter 2 ml 0,5 M EGTA pH 7,7 et 200 pi 1 M MgCl 2. Préparer juste avant d&#39;extraire la préparation. CSF-XB +: prendre 50 ml de CSF-XB et ajouter 50 ul de LPC (10 mg / ml chaque stock de Leupeptin, Pepstatin et chymostatine dans le DMSO). Ajouter 50 ul Cytochalasin D (10 mg / ml dans le DMSO). Préparer juste avant d&#39;extraire la préparation. Préparer une solution de gélatine de 0,2% en déminéralisée H 2 O, micro-ondes pour dissoudre et stériliser par filtration. Stocker à température ambiante. Réserver 2 Beckman 2 x ½ tubes d&#39;ultracentrifugation pouces. Préparer deux tubes ml à centrifuger à fond rond de 15 verre avec 0,5 ml de H 2 O dans chaque pour amortir l&#39;ultracentrifugation tube. Faire polie au feu Pipettes Pasteur en verre. Enclenchez la fin de fréquence de 5 ¾ pouces pipettes en verre pour exposer une large ouverture, et de les exposer à la flamme pour lisser la nouvelle pointe de pipette exposée. <ol start="6"><li> Préparer un bécher de 500 ml en verre pour stocker des oeufs en agitant une solution de gélatine à 0,2% environ à revêtir les parois du bécher. Jeter la solution de gélatine à partir de bécher après utilisation. </li><li> Ramassez les œufs dans le seau en plastique utilisé pour la pose hr 6-7 après la troisième injection au jour 3. Si désiré, presser doucement chaque grenouille fois pour obtenir tous les œufs restants. Lavez les œufs une fois avec tankwater frais et transfert à l&#39;bécher de 500 ml de verre revêtu d&#39;une solution de gélatine à 0,2%. </li></ol> 2. Préparation de l&#39;extrait de X. Oeufs tropicalis Toutes les étapes de préparation d&#39;extrait peuvent être effectués à température ambiante, environ 25 ° C. Au fil des lavages, il est important de garder à l&#39;oeufs submergée par liquide de manière à ce qu&#39;ils restent humides. Exposition à l&#39;air peut causer des oeufs d&#39;échapper à l&#39;arrêt du cycle cellulaire ou lyse. <ol><li> Décanter autant tankwater que possible tout en réservant suffisamment de liquide pour garder les œufs humide. Inclinaison le bécher contenant les oeufs sur le côté et ajouter environ 300 ml 1X ROR lentement à la paroi du récipient, de telle sorte que l&#39;agitation physique des oeufs est réduite au minimum. Laissez les oeufs se déposent, puis décanter le surnageant contenant les débris. X. oeufs tropicalis sont filandreuse à cette étape, de sorte que l&#39;enlèvement des oeufs activés se fait après dejellying. Répétez l&#39;opération pour un total de trois lavages 1X ROR. </li><li> Dejelly les oeufs. Décanter autant MMR que possible et ajoutez la moitié de la solution dejelly. Swirl continu pendant environ 5 min. Dissolution manteaux gelée sera visible dans le surnageant après quelques minutes. Décanter et ajouter la solution dejelly restant. Continuer à tourbillon continu jusqu&#39;à ce que les œufs emballent très bien et tout orienter avec leur pôle végétal (le pôleavec un pigment blanc) vers le fond de la boîte. Décanter rapidement off comme solution dejelly autant que possible. Une fois les oeufs sont dejellied ils sont très sensibles aux manipulations mécaniques. </li><li> Ajouter délicatement XB aux œufs. Dans le premier lavage XB, sortez les œufs qui ont échappé CSF arrestation en supprimant, œufs blancs, et pseudocleavage gonflés lysées. Activated X. oeufs tropicalis ont tendance à s&#39;installer dans la partie centrale supérieure, afin d&#39;utiliser une pipette de transfert en plastique pour retirer ces out. Aussi enlever des morceaux de peau et des déchets de grenouille. Lavez les œufs un total de trois fois avec ~ solution 300 ml 1X XB, remuant doucement les oeufs entre les lavages et leur permettant de s&#39;installer sur le fond du bécher. Comme précédemment, décanter autant de chaque solution de lavage que possible tout en gardant les oeufs humide. </li><li> Lavez les œufs deux fois par CSF-XB et décanter. </li><li> Ajouter CSF-XB + aux œufs. L&#39;utilisation d&#39;un incendie poli gélatine traitée pipette Pasteur, œufs à tubes ultra-centrifugation transfert avec CSF-XB +, en prenant soin de ne pas exposer l&#39;eGGS dans l&#39;air. Lieu à l&#39;intérieur des tubes de centrifugation ml en verre 15 avec le coussin d&#39;eau. </li><li> Faites tourner les oeufs dans une centrifugeuse clinique à 200 g pendant 1 min, augmenter la vitesse de 800 xg et de spin pendant 30 sec. </li><li> Utilisez un aspirateur pour éliminer autant que possible tampon à partir d&#39;oeufs. Ils doivent être presque à sec sur le dessus. Déplacer rapidement les oeufs à un Sorvall RC-6 centrifugeuse équipée d&#39;un rotor HB-6 (ou équivalent) et de spin 17.000 g pendant 15 min à 20 ° C. </li><li> Retirer la couche cytoplasmique jaune entre le pigment et couches lipidiques aide d&#39;une aiguille de calibre 18 attaché à une seringue de 1 ml. Percer la paroi du tube et tirer sur le corps de la seringue lentement pour obtenir la couche d&#39;extrait cytoplasmique. Évitez les granules pigmentaires autant que possible. </li><li> Transfert cytoplasme à nouveau tube d&#39;ultracentrifugation. Il est normal que l&#39;extrait d&#39;apparaître légèrement nuageux à cette étape. La place à l&#39;intérieur du tube de centrifugeuse de 15 ml en verre avec le coussin de l&#39;eau. Tournez à nouveau 17.000 g pendant 10 min à 20 ° C. Répétez posteraction avec aiguille de calibre 18. </li><li> Transfert cytoplasme dans un tube à centrifuger de 1,5 ml. Estimer le volume de l&#39;extrait et diluer Cytochalasin D et LPC 1:1000 dans l&#39;extrait. Mélangez bien avec une pointe de 1 ml pipette, pipette de haut en bas plusieurs fois sans introduction de bulles d&#39;air. Un rendement typique d&#39;une colonie de grenouilles en bonne santé est d&#39;environ 300-500 ul d&#39;extrait / grenouille. Afin de préserver l&#39;activité maximale, il est nécessaire de stocker l&#39;extrait et effectuer des manipulations expérimentales à température ambiante (20-25 ° C). </li></ol> 3. Purification Taxol stabilisées microtubules de X. tropicalis Extrait <ol><li> Ajouter Taxol à une aliquote de l&#39;extrait de 100-200 à une concentration finale de 10 uM et incuber à température ambiante pendant 30 min. Pour les réactions de contrôle, à traiter un volume équivalent de l&#39;extrait avec le médicament nocodazole microtubules destablilzing (10 pM). Réserve 100 ul d&#39;extrait non traité pour analyse. </li><li> Diluer le traité drogueextraire avec 10 volumes BRB-80 (80 mm tuyaux pH 6,8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA) + 30% de glycérol. Monter 14 tubes en polypropylène à fond rond ml contenant 10 ml de BRB-80 + 60% coussin de glycérol. L&#39;utilisation d&#39;un large alésage pointe de pipette, la couche de réaction de l&#39;extrait traité par médicament légèrement au-dessus de la BRB-80 + 60% coussin de glycérol. Centrifuger pendant 10 min à 17000 g à 20 ° C dans un Sorvall RC-6 centrifugeuse équipée d&#39;un rotor HB-6 (ou équivalent) et des adaptateurs de tube. </li><li> Aspirer le matériel extrait unsedimented contenant le surnageant et laver deux fois avec l&#39;interface déminéralisée H 2 O. Aspirer le volume du coussin reste lentement, en prenant soin de ne pas déranger le gel culot contenant microtubules, protéines associées aux microtubules et des ARN associées aux microtubules dans l&#39;échantillon traité au Taxol. L&#39;échantillon Nocodazole traité ne contient pas de matière visible. Reprendre le culot dans 1 ml TRIzol et procéder aux instructions du fabricant pour isoler l&#39;ARN. UntrExtrait eated (jusqu&#39;à 100 pi) peut être remis en suspension directement dans 1 ml TRIzol. </li><li> Il existe maintenant des kits disponibles dans le commerce pour la préparation de bibliothèques transcriptome appropriés pour RNA-Seq. Ceux-ci peuvent être achetés à travers <a href="http://www.illumina.com/" target="_blank">http://www.illumina.com/</a> et <a href="http://www.454.com/" target="_blank">http://www.454.com/</a> . </li></ol>

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Aucun conflit d&#39;intérêt déclaré.

Dans ce rapport, nous avons décrit une méthode simple pour produire des extraits d&#39;œufs CSF arrêtés de X. tropicalis 19 et utiliser cet extrait d&#39;étudier ARN associées aux microtubules 7. La procédure de base pour la production d&#39;extraits d&#39;œufs CSF arrêtés de X. tropicalis est le même que celui utilisé pour X. laevis avec quelques différences importantes. Un des aspects les plus difficiles à travailler avec X. tropicalis grenouilles est l&#39;obtention d&#39;œufs suffisamment de qualité pour faire un extrait de la nucléation des microtubules ou de l&#39;activité d&#39;assemblage de broche comparable à X. extrait laevis œuf. Pour obtenir des conditions de ponte optimales tout en empêchant le glissement de l&#39;arrêt du cycle cellulaire II méiose, l&#39;intervalle entre les injections d&#39;hormones pour X. tropicalis est plus courte que celle qui est utilisée pour X. laevis, et le moment à partir de la troisième injection de hCG pour le début de la ponte des oeufs est aussi beaucoup plus court. Avec X. laevis le moment de l&#39;injection d&#39;hCG à til début de la ponte est telle qu&#39;elle est pratique et efficace pour les œufs prévues pendant la nuit dans la mémoire tampon. Cependant, en raison du temps plus court entre l&#39;injection d&#39;hCG et la ponte avec X. tropicalis il est souvent nécessaire d&#39;exprimer manuellement les oeufs de grenouilles. Une autre différence importante entre le fait extrait d&#39;œufs de deux grenouilles différents est l&#39;étape dejellying. Avec X. laevis les œufs sont si grands qu&#39;il est facile de déterminer quand la couche gelée s&#39;est dissous en observant de près les oeufs sont espacées dans le bécher. Comme la réaction dejellying commence, les œufs commencent à emballer plus dense. Cependant, X. oeufs tropicalis sont beaucoup plus petits et il peut être assez difficile de déterminer quand la couche gelée est dissous par œuf compacité seul. Nous avons constaté que la méthode la plus fiable pour déterminer quand la couche gelée a dissous est de contrôler l&#39;orientation de l&#39;animal (noir) et végétales pôles (blanc). Quand tout le végétal pôles orient vers le fond du bêcher la couche gelée a été éliminée suffisant pour procéder à l&#39;extraction. Enfin, alors que X. Extrait œuf laevis peut être stocké à des températures fraîches (4-12 ° C), nous avons observé qu&#39;il est essentiel de maintenir X. Extrait d&#39;oeuf tropicalis à la température ambiante (20-25 ° C) pendant la préparation et manipulations expérimentales de préserver l&#39;activité biochimique. En raison des différences dans la facilité d&#39;utilisation, nous préférons utiliser X. laevis grenouilles destinées à la production d&#39;un extrait d&#39;œufs. Cependant, pour des expériences qui nécessitent ou sont facilitées par un organisme dont le génome est séquencé, X. tropicalis est un excellent système alternatif. La méthode que nous avons décrite dans le présent rapport utilise taxol comme agent de stabilisation de microtubule pour induire la polymérisation des microtubules. Nous avons choisi cette méthode, car le taxol est un agent de stabilisation de microtubule robuste qui facilite l&#39;isolement à grande échelle des microtubules purifiée. Procédé èmeà nous décrivions pourrait probablement être améliorée en comparaison des protéines et des ARN associés aux microtubules en utilisant des méthodes de polymérisation des microtubules alternatives. Alternatives pourraient inclure polymérisation utilisant GTP induite par polymérisation (une technique classique), 22 ou utilisant Ran-GTP comme une polymérisation des microtubules pour imiter les microtubules induite par l&#39;assemblage du fuseau chromatine parcouru 23. Enfin, l&#39;utilisation de noyaux purifiés de sperme pour induire la polymérisation des microtubules serait le plus proche synoptique des types de microtubules qui sont nucléées lors de la mitose (centrosome, chromatine, et kinetochore médiée). Inconvénients de ces sources alternatives de nucléation des microtubules sont que les agents de nucléation ne sont pas aussi facilement disponibles que le taxol et ils ne nucléation ou stabilisent les microtubules de manière aussi efficace que le taxol. Par conséquent, chacune de ces méthodes serait plus difficile à utiliser pour les purifications à grande échelle. L&#39;avantage de comparer plusieurs types de nucléation des microtubulesest qu&#39;il pourrait être possible d&#39;identifier des protéines et / ou d&#39;ARN qui sont spécifiques à chaque voie de la nucléation des microtubules. La méthode que nous avons décrit ici tire parti des extraits cytoplasmiques d&#39;amphibiens. Cependant, cette approche pourrait être étendue à l&#39;utilisation du système d&#39;extraction à partir d&#39;autres organismes. extraits mitotiques ont été décrits à partir de cellules de culture de tissus humains synchronisés 24 que reproduire fidèlement de nombreux aspects de l&#39;assemblage des microtubules. Nous avons utilisé avec succès ces extraits d&#39;identifier les ARN associées aux microtubules des cellules HeLa 5. Systèmes de purification des microtubules similaires ont été décrits pour différents organismes 25,26, bien que les microtubules ARN associés n&#39;ont pas été examinées. L&#39;approche décrite ici peut être utilisé avec n&#39;importe quel organisme qui peut produire un extrait cytoplasmique concentré capable de nucléation des microtubules. Enfin, bien que l&#39;approche que nous avons describe ici traite de la purification des microtubules et des protéines et des ARN associés, cette approche pourrait être généralisée à d&#39;autres structures sous-cellulaires. Alors que la plupart des ARNm localisés n&#39;ont pas été identifiés en utilisant des méthodes biochimiques les avancées récentes dans l&#39;ADN et technologies de séquençage ARN font de cette approche une méthode intéressante pour identifier les ARN localisées. Dans cette approche, toute structure subcellulaire ou sous-embryon d&#39;intérêt peut être isolé ou purifié. Ensuite, les protéines et les ARN associés peuvent être identifiés sur une grande échelle du génome. ARN peuvent alors être comparées à la teneur en ARN de la cellule totale ou embryon d&#39;identifier les ARN localisées enrichis. Cette approche pourrait être utilisée avec les oeufs entiers (d&#39;origine animale et la séparation végétale, semblable à l&#39;approche qui a identifié les premiers ARN localisées dans Xenopus 27), l&#39;actine ARN associés, des ARN ER-associés, des ARN mitochondries associées, ou à toute structure subcellulaire qui peut être purifiée avec des ARN associés intactes. Basé surnotre travail sur l&#39;ARN associée aux microtubules nous prévoyons que ce serait un excellent moyen de découvrir de nouvelles protéines qui fonctionnent à un endroit donné. En outre, l&#39;identification de l&#39;emplacement et l&#39;étendue de tous les ARN localisées permettra de mieux comprendre comment les cellules et les embryons utiliser la localisation des ARNm de contrôler l&#39;expression de gènes.

Contrôle spatial et temporel de l&#39;expression des gènes est important pour toutes les cellules, et est particulièrement important pour le contrôle des embryonnaire précoce crépitement 1. Contrôle spatial de l&#39;expression du gène est obtenue par la localisation des ARNm actif vers des destinations spécifiques dans les cellules ou embryons. Dans de nombreux types de cellules très grandes (par exemple, les ovocytes, les embryons et les neurones) localisation de l&#39;ARNm est utilisé pour restreindre l&#39;expression de protéines pour le site d&#39;action de la protéine codée. Depuis un ARNm localisée peut catalyser de nombreux cycles de production de protéines, il est plus efficace de localiser un ARNm que de localiser les molécules de protéines individuelles. ARNm localisés sont généralement translation réprimés jusqu&#39;à ce qu&#39;ils atteignent leur destination, ce qui permet de limiter davantage la localisation de la protéine codée 2. En plus des nombreux cas bien documentés de localisation d&#39;ARN pour contrôler structuration embryonnaire, plusieurs études ont documenté les ARNm qui sont localiséespour le site d&#39;action de la protéine codée. Les principaux exemples incluent la localisation de la β-actine 3 et Arp2 / 3 4 ARNm à la fine pointe de fibroblastes mobiles et de localisation des ARNm de nombreux régulateurs de la mitose à la méiose et fuseau mitotique 5-7. La plupart des exemples classiques d&#39;ARNm localisés ont été identifiés à travers les écrans génétiques pour les mutations à effet de maternelle et ont ensuite été déterminés pour encoder ARN localisées. Cependant, les récentes études du génome entier ont commencé à fournir un aperçu plus large dans le champ d&#39;ARN localisées. Une récente dans l&#39;écran d&#39;hybridation in situ dans des embryons de drosophile démontré que ~ 70% de tous les ARNm ont une localisation spécifique, y compris de nombreuses nouvelles destinations 8. Purification des pseudopodes à partir de fibroblastes de souris a identifié un groupe diversifié d&#39;ARNm localisé 9. Les travaux de notre groupe à l&#39;aide purification biochimique des microtubules de la méiose Xenopus oeuf extrait identifiés centaines d&#39;ARNm qui copurify avec la broche 5,7. Notre travail a montré que la majorité des ARNm microtubules localisées codent pour des protéines qui fonctionnent dans le contrôle de la mitose, soutenant l&#39;idée que les ARNm sont localisés au site d&#39;action de la protéine codée. En outre, la capacité de détecter l&#39;enrichissement de l&#39;ARNm en une fraction subcellulaire par purification biochimique met en évidence la puissance de cette approche pour l&#39;identification des ARNm localisés. ARN plus localisées utilisent le transport actif sur le cytosquelette, soit actine ou microtubules, pour parvenir à un transport vers leur destination finale 10. Pour mieux comprendre l&#39;ampleur et les types d&#39;ARN qui sont localisées à des destinations spécifiques en utilisant une approche biochimique, il est nécessaire d&#39;avoir un système in vitro qui peut récapituler les processus du cytosquelette. Un des systèmes de premier ordre pour l&#39;étude de la biologie du cytosquelette est extraits d&#39;œufs produitesà partir œufs non fécondés de la grenouille Xenopus laevis. X. extraits œufs laevis ont été utilisés depuis des décennies pour étudier un large éventail de processus cytosquelette et ont beaucoup contribué à notre compréhension des mécanismes et des molécules qui contrôlent l&#39;assemblage du cytosquelette et de la dynamique 11. En outre, X. extraits œufs laevis se prêtent à des purifications à grande échelle des microtubules et des protéines associées 12,13 et il existe des méthodes bien conçues pour la production de divers types d&#39;extraits d&#39;œufs 14-16. Cependant, pour des études génomiques il ya plusieurs inconvénients à l&#39;utilisation de X. laevis comme un système modèle. Pendant des décennies, les grenouilles Xenopus laevis ont été un puissant système pour l&#39;étude de la biologie du développement et de la cellule, en raison de la grande taille de l&#39;ovocyte et du développement externe robuste 17. En outre, le développement de systèmes d&#39;extraction oeuf qui peut récapituler de processe cellulaires dans un tube à essai a fait cette grenouille un modèle expérimental puissant. Cependant, Xenopus laevis a été entravée par l&#39;absence d&#39;une séquence complète du génome, qui a été ralentie par la nature allotétraploïde du contraste genome.In, une espèce voisine, Xenopus tropicalis, a un génome diploïde qui a été séquencé en 2010 18. Bien X. tropicalis n&#39;est pas aussi docile expérimentalement que X. laevis 17 la disponibilité d&#39;un génome séquencé rend un système de modèle attrayant pour effectuer des analyses échelle du génome. Dans ce rapport, nous décrivons une méthode pour faire la méiose II-, cytostatiques extraits facteur arrêtées (CSF) de X. tropicalis 19. Nous décrivons ensuite une méthode simple pour purifier microtubules et des ARN associés à partir de cet extrait. Les ARN peuvent alors être transformés en bibliothèques prêtent au séquençage utilisant des technologies de séquençage à haut débit développés récemment. Une fois que les bibliothèquessont séquencées ils peuvent être alignés pour le génome de la grenouille à identifier les ARNm spécifiques qui sont enrichis dans l&#39;échantillon par rapport à des microtubules extrait total. Cela donne une puissante méthode pour détecter la localisation des ARNm microtubules ciblée sur une échelle du génome. En plus d&#39;être capable de détecter des ARNm localisés, l&#39;utilisation de séquençage à haut débit et d&#39;un génome séquencé offrent la possibilité de découvrir de nouveaux relevés de notes qui ne sont pas actuellement présents dans les annotations de bases de données publiques.

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>REAGENTS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xenopus tropicalis </td>
			<td>NASCO</td>
			<td>LM00823MX</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>human Chorionic Gonadotropin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>CG10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H4034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S3014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9541</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sucrose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S0389</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaOH</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EGTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E3889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leupeptin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>L9783</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pepstatin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chymostatin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C7268</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytochalasin D</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8273</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gelatin, porcine skin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G1890</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PIPES</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P6757</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Taxol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T7191</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nocodazole</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M1404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trizol</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15596-026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Cysteine, free base</td>
			<td>USB Corporation</td>
			<td>14030</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cichlid Lake Salt</td>
			<td>Seachem</td>
			<td>47894</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Marine salt</td>
			<td>Seachem</td>
			<td>SC7111</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaHCO3</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S6014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>EQUIPMENT</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 ml syringes</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>309659</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>18 gauge needles</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>305195</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>30 gauge needles</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>305106</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rubbermaid Plastic bucket</td>
			<td>Amazon</td>
			<td>6306</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Polyallomer 2 x &frac12; inch Ultracentrifuge tubes</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>326819</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 ml round-bottomed glass centrifuge tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>45500-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rubber adapter sleeves for 15 ml tubes</td>
			<td>Kimble-Chase</td>
			<td>45550-15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 &frac34; inch glass Pasteur pipettes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-678-20A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14 ml polypropylene round-bottom tube</td>
			<td>BD Biosciences</td>
			<td>352059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall HB-6 rotor</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>11860</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall RC-6 centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>46910</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

production of xenopus tropicalis egg extracts to identify microtubule-associated rnas

De nombreux organismes localiser les ARNm vers des destinations sub-cellulaires spécifiques à l&#39;expression du gène de contrôle spatial et temporel. Des études récentes ont démontré que la majorité du transcriptome est localisé à une position non aléatoire dans les cellules et les embryons. Une approche pour identifier les ARNm localisés est de purifier biochimiquement une structure cellulaire d&#39;intérêt et d&#39;identifier tous les comptes rendus associés. Utilisation des technologies de séquençage à haut débit récemment développés, il est maintenant facile d&#39;identifier tous les ARN associés à une structure subcellulaire. Pour faciliter l&#39;identification du compte rendu, il est nécessaire de travailler avec un organisme dont le génome est entièrement séquencé. Un système attrayant pour la purification biochimique des structures sub-cellulaires sont extraits d&#39;œufs produites à partir de la grenouille Xenopus laevis. Cependant, X. laevis ne dispose pas actuellement d&#39;un génome entièrement séquencé, ce qui entrave l&#39;identification de transcription. Dans cet article, nous décrivons une méthodepour produire des extraits d&#39;œufs de grenouille connexe, X. tropicalis, qui possède un génome entièrement séquencé. Nous fournissons des détails pour la polymérisation des microtubules, la purification et l&#39;isolement de la transcription. Bien que cet article décrit une méthode spécifique pour l&#39;identification des transcriptions associées aux microtubules, nous croyons qu&#39;il sera facilement appliquée à d&#39;autres structures sous-cellulaires et fournira une méthode puissante pour l&#39;identification des ARN localisées.

Pour identifier X. transcriptions tropicalis associés aux microtubules, nous préparons un extrait cytosolique à partir d&#39;oeufs non fécondés arrêtés en métaphase de la méiose II (CSF). Le traitement de cet extrait avec du taxol permet la formation de microtubules stables qui peuvent être purifiés par sédimentation à travers un coussin de glycérol (figure 1A). Analyse gel Coomassie confirme que les sédiments α / β-tubuline de manière taxol-dépendante, et représente l&#39;espèce de protéines majeures récupérés dans ces préparations (figure 1B). Les niveaux inférieurs d&#39;autres protéines sont également présentes dans le taxol granulés, mais pas dans les préparations traitées avec le médicament dépolymérisation des microtubules nocodazole, indiquant que les protéines de la fraction taxol spécifiquement associée aux microtubules (MAP). Un Bioanalyzer est utilisé pour examiner la composition générale ARN dans tous X. tropicalis fractions d&#39;extraits (figure 1C </strong&gt;). Les deux ARNr et ARNt espèces sont présentes dans l&#39;extrait CSF et le microtubules contenant du taxol granulés, en accord avec les résultats antérieurs que la traduction se produit sur ​​les microtubules et des broches en X. extraire laevis oeufs 5,21. Une trace d&#39;axe de la saillie de gel révèle le signal d&#39;ARNm est nettement plus faible dans la microtubules contenant du taxol granulés, et plus particulièrement dans la région de migration au-dessus de l&#39;ARNr 28S, ce qui indique un sous-ensemble des ARNm cosediment avec les microtubules dans X. tropicalis. ARN isolé de cette manière est approprié pour les expériences RNA-Seq utilisant des réactifs disponibles dans le commerce. <img src="/files/ftp_upload/50434/50434fig1.jpg" alt="Figure 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50434/50434fig1hires.jpg" /> Figure 1. Purification de MT-ARN de l&#39;ARN-seq. (A) schéma de purification pour isoler MT-ARN. Les œufs sont récoltés à partir féminin X. trogrenouilles picalis. Après une préparation d&#39;un extrait cytoplasmique, le taxol est ajouté pour induire la polymérisation des microtubules. Les microtubules et MT-ARN sont purifiés par sédimentation à travers un coussin de glycérol. (B) Analyse en gel au bleu de Coomassie des protéines isolées à l&#39;aide du système décrit en (A). Total des CSF extrait par rapport aux protéines sédimentées en présence de taxol ou nocodazole. (C) analyse Bioanalyzer gel de l&#39;ARN isolé en utilisant le schéma décrit dans (A). ARN isolé à partir de CSF comparé à l&#39;ARN extrait sédimenté en présence de taxol ou le nocodazole. Tant la projection de gel et les traces de ligne sont affichés. Reproduit avec la permission de Sharp et al., (2011). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50434/50434fig1hires.jpg">Cliquez ici pour agrandir l&#39;image</a> .

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Production of Xenopus tropicalis Egg Extracts to Identify Microtubule-associated RNAs

Nous décrivons la collecte de non fécondé<em&gt; Xenopus tropicalis</em&gt; Oeufs et la production d&#39;un extrait d&#39;œufs II arrêté de la méiose. Cet extrait d&#39;oeuf peut être utilisé pour purifier des microtubules et d&#39;ARN associées aux microtubules.

Production d&#39;<em&gt; Xenopus tropicalis</em&gt; Œuf Extraits pour identifier les ARN associée aux microtubules

Many  organisms localize mRNAs to specific subcellular destinations to spatially and  temporally control gene expression. Recent studies have demonstrated ...

production-xenopus-tropicalis-egg-extracts-to-identify-microtubule

Research

JoVE Journal

Biology

Production of Xenopus tropicalis Egg Extracts to Identify Microtubule-associated RNAs

13.6K vues.  Massachusetts General Hospital. Nous décrivons la collecte de non fécondé Xenopus tropicalis Oeufs et la production d'un extrait d'œufs II arrêté de la méiose. Cet extrait d'oeuf peut être utilisé pour purifier des microtubules et d'ARN associées aux microtubules.

Vidéo: Production of Xenopus tropicalis Egg Extracts to Identify Microtubule-associated RNAs

Preparation and Fractionation of Xenopus laevis Egg Extracts

Crude and fractionated Xenopus egg extracts can be used to provide ingredients for reconstituting cellular processes for morphological and biochemical analysis. Egg lysis and differential centrifugation are used to prepare the crude extract which in turn in used to prepare fractionated extracts and light membrane preparations.

Crude and fractionated Xenopus egg extracts can be used to provide ingredients for reconstituting cellular processes for morphological and biochemical analysis. Egg lysis and differential centrifugation are used to prepare the crude extract which in turn in used to prepare fractionated extracts and light membrane preparations.

Préparation et fractionnement de Xenopus laevis oeufs Extraits

Crude and fractionated Xenopus egg extracts can be used to provide ingredients for reconstituting cellular processes for morphological and biochemical ...

Recherche

Biologie

In Vitro Nuclear Assembly Using Fractionated Xenopus Egg Extracts

Nuclear membrane assembly is an essential step in the cell division cycle; this process can be replicated in the test tube by combining Xenopus sperm chromatin, cytosol, and light membrane fractions. Complete nuclei are formed, including nuclear membranes with pore complexes, and these reconstituted nuclei are capable of normal nuclear processes.

Nuclear membrane assembly is an essential step in the cell division cycle; this process can be replicated in the test tube by combining Xenopus sperm chromatin, cytosol, and light membrane fractions. Complete nuclei are formed, including nuclear membranes with pore complexes, and these reconstituted nuclei are capable of normal nuclear processes.

In Vitro Assemblée nucléaire utilisant fractionnée extraits d&#39;œufs de Xénope

Nuclear membrane assembly is an essential step in the cell division cycle; this process can be replicated in the test tube by combining Xenopus sperm ...

Microinjection of Xenopus Laevis Oocytes

Microinjection of Xenopus laevis oocytes followed by thin-sectioning electron microscopy (EM) is an excellent system for studying nucleocytoplasmic transport. Because of its large nucleus and high density of nuclear pore complexes (NPCs), nuclear transport can be easily visualized in the Xenopus oocyte. Much insight into the mechanisms of nuclear import and export has been gained through use of this system (reviewed by Pant&eacute;, 2006). In addition, we have used microinjection of Xenopus oocytes to dissect the nuclear import pathways of several viruses that replicate in the host nucleus. 
Here we demonstrate the cytoplasmic microinjection of Xenopus oocytes with a nuclear import substrate. We also show preparation of the injected oocytes for visualization by thin-sectioning EM, including dissection, dehydration, and embedding of the oocytes into an epoxy embedding resin. Finally, we provide representative results for oocytes that have been microinjected with the capsid of the baculovirus Autographa californica nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) or the parvovirus Minute Virus of Mice (MVM), and discuss potential applications of the technique.

Here we demonstrate cytoplasmic microinjection of Xenopus laevis oocytes with a nuclear import substrate, as well as preparation of the injected oocytes for visualization by thin-sectioning electron microscopy.

Microinjection d&#39;ovocytes de Xenopus laevis

Microinjection of Xenopus laevis oocytes followed by thin-sectioning electron microscopy (EM) is an excellent system for studying nucleocytoplasmic ...

Production of Transgenic Xenopus laevis by Restriction Enzyme Mediated Integration and Nuclear Transplantation

Stable integration of cloned gene products into the Xenopus genome is necessary to control the time and place of expression, to express genes at later stages of embryonic development, and to define how enhancers and promoters regulate gene expression within the embryo. The protocol demonstrated here can be used to efficiently produce transgenic Xenopus laevis embryos. This transgenesis approach involves three parts: 1. Sperm nuclei are isolated from adult X. laevis testis by treatment with lysolecithin, which permeabilizes the sperm plasma membrane. 2. Egg extract is prepared by low speed centrifugation, addition of calcium to cause the extract to progress to interphase of the cell cycle, and a high-speed centrifugation to isolate interphase cytosol. 3. Nuclear transplantation: the nuclei and extract are combined with the linearized plasmid DNA to be introduced as the transgene and a small amount of restriction enzyme. During a short reaction, egg extract partially decondenses the sperm chromatin and the restriction enzyme generates chromosomal breaks that promote recombination of the transgene into the genome. The treated sperm nuclei are then transplanted into unfertilized eggs. Integration of the transgene usually occurs prior to the first embryonic cleavage such that the resulting embryos are not chimeric. These embryos can be analyzed without any need to breed to the next generation, allowing for efficient and rapid generation of transgenic embryos for analyses of promoter and gene function. Adult X. laevis resulting from this procedure also propagate the transgene through the germline and can be used to generate lines of transgenic animals for multiple purposes.

Production of Transgenic Xenopus laevis by Restriction Enzyme Mediated Integration and Nuclear Transplantation

This video protocol demonstrates a method for generating transgenic Xenopus laevis by introduction of transgenes into sperm nuclei followed by nuclear transplantation into unfertilized eggs.

La production de transgéniques Xenopus laevis Intégration par médiation des enzymes de restriction et de la transplantation nucléaire

Stable integration of cloned gene products into the Xenopus genome is necessary to control the time and place of expression, to express genes at later ...

Using SCOPE to Identify Potential Regulatory Motifs in Coregulated Genes

SCOPE is an ensemble motif finder that uses three component algorithms in parallel to identify potential regulatory motifs by over-representation and motif position preference1. Each component algorithm is optimized to find a different kind of motif. By taking the best of these three approaches, SCOPE performs better than any single algorithm, even in the presence of noisy data1. In this article, we utilize a web version of SCOPE2 to examine genes that are involved in telomere maintenance. SCOPE has been incorporated into at least two other motif finding programs3,4 and has been used in other studies5-8. 
The three algorithms that comprise SCOPE are BEAM9, which finds non-degenerate motifs (ACCGGT), PRISM10, which finds degenerate motifs (ASCGWT), and SPACER11, which finds longer bipartite motifs (ACCnnnnnnnnGGT). These three algorithms have been optimized to find their corresponding type of motif. Together, they allow SCOPE to perform extremely well.
Once a gene set has been analyzed and candidate motifs identified, SCOPE can look for other genes that contain the motif which, when added to the original set, will improve the motif score. This can occur through over-representation or motif position preference. Working with partial gene sets that have biologically verified transcription factor binding sites, SCOPE was able to identify most of the rest of the genes also regulated by the given transcription factor.
Output from SCOPE shows candidate motifs, their significance, and other information both as a table and as a graphical motif map. FAQs and video tutorials are available at the SCOPE web site which also includes a "Sample Search" button that allows the user to perform a trial run. 
Scope has a very friendly user interface that enables novice users to access the algorithm's full power without having to become an expert in the bioinformatics of motif finding. As input, SCOPE can take a list of genes, or FASTA sequences. These can be entered in browser text fields, or read from a file. The output from SCOPE contains a list of all identified motifs with their scores, number of occurrences, fraction of genes containing the motif, and the algorithm used to identify the motif. For each motif, result details include a consensus representation of the motif, a sequence logo, a position weight matrix, and a list of instances for every motif occurrence (with exact positions and "strand" indicated). Results are returned in a browser window and also optionally by email. Previous papers describe the SCOPE algorithms in detail1,2,9-11.

A straight-forward and robust method to identify potential regulatory motifs in co-regulated genes is presented. SCOPE does not require any user parameters and returns motifs that represent excellent candidates for regulatory signals. The identification of such regulatory signals helps to understand the underlying biology.

Aide de la portée d&#39;identifier le potentiel Motifs de la réglementation dans les gènes co-régulés

SCOPE is an ensemble motif finder that uses three component algorithms in parallel to identify potential regulatory motifs by over-representation and ...

Study of the DNA Damage Checkpoint using Xenopus Egg Extracts

On a daily basis, cells are subjected to a variety of endogenous and environmental insults. To combat these insults, cells have evolved DNA damage checkpoint signaling as a surveillance mechanism to sense DNA damage and direct cellular responses to DNA damage. There are several groups of proteins called sensors, transducers and effectors involved in DNA damage checkpoint signaling (Figure 1). In this complex signaling pathway, ATR (ATM and Rad3-related) is one of the major kinases that can respond to DNA damage and replication stress. Activated ATR can phosphorylate its downstream substrates such as Chk1 (Checkpoint kinase 1). Consequently, phosphorylated and activated Chk1 leads to many downstream effects in the DNA damage checkpoint including cell cycle arrest, transcription activation, DNA damage repair, and apoptosis or senescence (Figure 1). When DNA is damaged, failing to activate the DNA damage checkpoint results in unrepaired damage and, subsequently, genomic instability. The study of the DNA damage checkpoint will elucidate how cells maintain genomic integrity and provide a better understanding of how human diseases, such as cancer, develop.
Xenopus laevis egg extracts are emerging as a powerful cell-free extract model system in DNA damage checkpoint research. Low-speed extract (LSE) was initially described by the Masui group1. The addition of demembranated sperm chromatin to LSE results in nuclei formation where DNA is replicated in a semiconservative fashion once per cell cycle.
The ATR/Chk1-mediated checkpoint signaling pathway is triggered by DNA damage or replication stress 2. Two methods are currently used to induce the DNA damage checkpoint: DNA damaging approaches and DNA damage-mimicking structures 3. DNA damage can be induced by ultraviolet (UV) irradiation, &gamma;-irradiation, methyl methanesulfonate (MMS), mitomycin C (MMC), 4-nitroquinoline-1-oxide (4-NQO), or aphidicolin3, 4. MMS is an alkylating agent that inhibits DNA replication and activates the ATR/Chk1-mediated DNA damage checkpoint 4-7. UV irradiation also triggers the ATR/Chk1-dependent DNA damage checkpoint 8. The DNA damage-mimicking structure AT70 is an annealed complex of two oligonucleotides poly-(dA)70 and poly-(dT)70. The AT70 system was developed in Bill Dunphy's laboratory and is widely used to induce ATR/Chk1 checkpoint signaling 9-12.
Here, we describe protocols (1) to prepare cell-free egg extracts (LSE), (2) to treat Xenopus sperm chromatin with two different DNA damaging approaches (MMS and UV), (3) to prepare the DNA damage-mimicking structure AT70, and (4) to trigger the ATR/Chk1-mediated DNA damage checkpoint in LSE with damaged sperm chromatin or a DNA damage-mimicking structure.

Study of the DNA Damage Checkpoint using Xenopus Egg Extracts

Xenopus egg extract is a useful model system to investigate the DNA damage checkpoint. This protocol is for the preparation of Xenopus egg extracts and DNA damage checkpoint inducing reagents. These techniques are adaptable to a variety of DNA damaging approaches in the study of the DNA damage checkpoint signaling.

Etude de l&#39;ADN à l&#39;aide de Checkpoint dommages<em&gt; Xenopus</emExtraits d&#39;oeufs&gt;

On a daily basis, cells are subjected to a variety of endogenous and environmental insults. To combat these insults, cells have evolved DNA damage ...

Reconstitution Of &#946;-catenin Degradation In Xenopus Egg Extract

Xenopus laevis egg extract is a well-characterized, robust system for studying the biochemistry of diverse cellular processes. Xenopus egg extract has been used to study protein turnover in many cellular contexts, including the cell cycle and signal transduction pathways1-3. Herein, a method is described for isolating Xenopus egg extract that has been optimized to promote the degradation of the critical Wnt pathway component, &beta;-catenin. Two different methods are described to assess &beta;-catenin protein degradation in Xenopus egg extract. One method is visually informative ([35S]-radiolabeled proteins), while the other is more readily scaled for high-throughput assays (firefly luciferase-tagged fusion proteins). The techniques described can be used to, but are not limited to, assess &beta;-catenin protein turnover and identify molecular components contributing to its turnover. Additionally, the ability to purify large volumes of homogenous Xenopus egg extract combined with the quantitative and facile readout of luciferase-tagged proteins allows this system to be easily adapted for high-throughput screening for modulators of &beta;-catenin degradation.

Reconstitution Of &amp;#946;-catenin Degradation In Xenopus Egg Extract

A method is described for analyzing protein degradation using radiolabeled and luciferase-fusion proteins in Xenopus egg extract and its adaptation for high-throughput screening for small molecule modulators of protein degradation.

Reconstitution de β-caténine dégradation dans<em&gt; Xenopus</em&gt; Extrait des oeufs

Xenopus laevis egg extract is a well-characterized, robust system for studying the biochemistry of diverse cellular processes. Xenopus egg extract has ...

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are found in mammalian cells. These small RNAs are potent gene regulators controlling vital pathways such as growth, development and death and much interest has been directed at their expression in bodily fluids. This is due to their dysregulation in human diseases such as cancer and their potential application as serum biomarkers. However, the analysis of miRNA expression in serum may be problematic. In most cases the amount of serum is limiting and serum contains low amounts of total RNA, of which small RNAs only constitute 0.4-0.5%1. Thus the isolation of sufficient amounts of quality RNA from serum is a major challenge to researchers today. In this technical paper, we demonstrate a method which uses only 400 &#181;l of human serum to obtain sufficient RNA for either DNA arrays or qPCR analysis. The advantages of this method are its simplicity and ability to yield high quality RNA. It requires no specialized columns for purification of small RNAs and utilizes general reagents and hardware found in common laboratories. Our method utilizes a Phase Lock Gel to eliminate phenol contamination while at the same time yielding high quality RNA. We also introduce an additional step to further remove all contaminants during the isolation step. This protocol is very effective in isolating yields of total RNA of up to 100 ng/&#181;l from serum but can also be adapted for other biological tissues.

This protocol describes a method for extracting small RNAs from human serum. We have used this method to isolate microRNAs from cancer serum for use in DNA arrays and also singleplex quantitative PCR. The protocol utilizes phenol and guanidinium thiocyanate reagents with modifications to yield high quality RNA.

Isolation des petits ARN non codant de sérum humain

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses performed. Considering that the use of new bacterial community analysis techniques (e.g., microbiomics, metagenomics) is becoming more prevalent in the agricultural and environmental sciences and many environmental samples within these disciplines can be physiochemically and microbiologically unique (e.g., fecal and litter/bedding samples from the poultry production spectrum), appropriate and effective DNA extraction methods need to be carefully chosen. Therefore, a novel semi-automated hybrid DNA extraction method was developed specifically for use with environmental poultry production samples. This method is a combination of the two major types of DNA extraction: mechanical and enzymatic. A two-step intense mechanical homogenization step (using bead-beating specifically formulated for environmental samples) was added to the beginning of the &#8220;gold standard&#8221; enzymatic DNA extraction method for fecal samples to enhance the removal of bacteria and DNA from the sample matrix and improve the recovery of Gram-positive bacterial community members. Once the enzymatic extraction portion of the hybrid method was initiated, the remaining purification process was automated using a robotic workstation to increase sample throughput and decrease sample processing error. In comparison to the strict mechanical and enzymatic DNA extraction methods, this novel hybrid method provided the best overall combined performance when considering quantitative (using 16S rRNA qPCR) and qualitative (using microbiomics) estimates of the total bacterial communities when processing poultry feces and litter samples.

A novel semi-automated hybrid DNA extraction method for use with environmental poultry production samples was developed and demonstrated improvements over a common mechanical and enzymatic extraction method in terms of the quantitative and qualitative estimates of the total bacterial communities.

Une méthode hybride d&#39;extraction d&#39;ADN pour l&#39;évaluation qualitative et quantitative des communautés bactériennes de la volaille Échantillons de production

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses ...

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Protein synthesis is a fundamental process to gene expression impacting diverse biological processes notably adaptation to environmental conditions. The initiation step, which involves the assembly of the ribosomal subunits at the mRNA initiation codon, involved initiation factor including eIF4G1. Defects in this rate limiting step of translation are linked to diverse disorders. To study the potential consequences of such deregulations, Xenopus laevis oocytes constitute an attractive model with high degrees of conservation of essential cellular and molecular mechanisms with human. In addition, during meiotic maturation, oocytes are transcriptionally repressed and all necessary proteins are translated from preexisting, maternally derived mRNAs. This inexpensive model enables exogenous mRNA to become perfectly integrated with an effective translation. Here is described a protocol for assessing translation with a factor of interest (here eIF4G1) using stored maternal mRNA that are the first to be polyadenylated and translated during oocyte maturation as a physiological readout. At first, mRNA synthetized by in vitro transcription of plasmids of interest (here eIF4G1) are injected in oocytes and kinetics of oocyte maturation by Germinal Vesicle Breakdown detection is determined. The studied maternal mRNA target is the serine/threonine-protein-kinase mos. Its polyadenylation and its subsequent translation are investigated together with the expression and phosphorylation of proteins of the mos signaling cascade involved in oocyte maturation. Variations of the current protocol to put forward translational defects are also proposed to emphasize its general applicability. In light of emerging evidence that aberrant protein synthesis may be involved in the pathogenesis of neurological disorders, such a model provides the opportunity to easily assess this impairment and identify new targets.

Xenopus laevis as a Model to Identify Translation Impairment

Protein synthesis control occurs mainly at the translation initiation step, deficiencies in which are linked to diverse disorders. To better understand their etiology, we described here a protocol using Xenopus laevis oocytes assessing the translation of mos transcript in the presence of a mutant of translation initiation factor eIF4G1.

Xenopus laevis comme un modèle pour identifier traduction Dépréciation

Protein synthesis is a fundamental process to gene expression impacting diverse biological processes notably adaptation to environmental conditions. The ...