פרטים מסוימים של פרוטוקול זה היו אופטימיזציה בסיוע ד&quot;ר אדם דובסון, שסיפק גם הערות מועילות על כתב היד. עבודה זו נתמכה על ידי הקרן עבור ה- National Institutes of Health (FNIH) מספר מענק R01GM095372 (JMC, A (CN) W, AJD, ו AED). FNIH מספר מענק 1F32GM099374-01 (PDN), ואת בריגהם קרנות ההפעלה יאנג אוניברסיטת (JMC, MLK, MV). עלויות פרסום נתמכו על ידי מכללת אוניברסיטת בריגהם יאנג למדעי החיים והמחלקה למדעי הצמח בטבע.

1. התרבות חיידקים (התחל ~ 1 שבוע לפני בחירת ביצים) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן השונה MRS 20 (mMRS) צלחות וצינורות מרק (טבלה 1). יוצקים 20 מ&quot;ל mMRS אגר לתוך כל צלחת פטרי 100 מ&quot;מ להתקרר / לילה יבש, או 5 מ&quot;ל mMRS מרק לתוך 18 צינורות מ&quot;מ הבדיקה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Streak Acetobacter pomorum, א tropicalis, brevis לקטובצילוס, ול &#39; Plantarum על mMRS צלחות אגר. דגירה Acetobacter לילה בשעה 30 ° C. דגירה לקטובצילוס אנארובי על ידי הנחת לוחות במיכל והצפות אטום עם פחמן דו חמצני לפני איטום. לדגור על 30 מעלות צלזיוס למשך הלילה. הערה: L. מושבות brevis לא יכולות להיות גלויות עד 24-48 שעות. ניתן לאחסן צלחות ב 4 ° C ומושבות יכולות לשמש עד 3 שבועות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שניים עד שלושה ימים לפני העברת ביצי dechorionated לתזונת סטרילי (סעיף 5), פיק מושבה אחת מצלחת mMRS לתוך con מבחנהמרק mMRS Taining. לגדול Acetobacter עם רעד ולגדול לקטובצילוס סטטי למשך 24 שעות או עד עכור, הוא על 30 מעלות צלזיוס. </li></ol> 2. כן דיאט סטרילי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן דיאטה סטרילי (טבלה 2) בבקבוק 2 ליטר Erlenmeyer. מיקרוגל הדיאטה עד שהוא מבושל 3 פעמים סדרתי; לערבב בין כל לרתיחה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניח את הבקבוק על צלחת ומערבבים כדי לשמור על הערבוב בעת העברת דיאטה לצינורות צנטריפוגות חרוטים. העבר 7.5 מ&quot;ל של דיאטה עד 50 מ&quot;ל צינורות צנטריפוגות. רופף מכסה את הצינורות, ומניח מתל פוליפרופילן מכוסה, autoclavable. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לעקר דיאטה לטוס באמצעות חיטוי ב 121 ° C ו -15 psi במשך 25 דקות. הסר מתלים מ החיטוי, ומיד ללחוץ כל מתלה אופקית כדי להבטיח דיאטה אינה מפרידה במהלך הקירור. היזהר שלא ללחוץ את המדפים אנכיים כדי למנוע העברה של דיאטה כדי המכסה או המסגרות של הצינורות. אפשר הדיאטה להתקרר על שייקר בדיוק 45 דקות ולנער את הדיאטה שוב אופקי ביד. הערה: הדיאטה ניתן לאחסן ב 4-15 מעלות צלזיוס למשך עד שבוע. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כחלופה באמצעות מתלי autoclavable מכוסים (שלבי 2.1-2.3), או להעלות זבובים על דיאטות המכילות חומר משמר חומצה, בצע את הפעולות הבאות: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן דיאטת נוזלים 1 L בבקבוק 2 ליטר עם בר ומערבבים בבקבוק. חיטוי הדיאטה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחר מעוקר, להוסיף 10 מ&quot;ל משמר ומערבבים ברציפות על צלחת ומערבבים מחומם. כאשר אגר מתקרר 50-60 מעלות צלזיוס, להזיז את הבקבוק על צלחת ומערבבים מחומם בתוך ארון בטיחות ביולוגית ו לשמור על טמפרטורת בקבוק ידי חימום על 50-60 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בארון הבטיחות הביולוגי, pipet ~ 7.5 מיליליטר בנפרד לתוך צינורות חרוטים. </li></ol></li></ol> 3. להכין כלובי הטלה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפוך צלחות אגר ענבים מיץ ידי במיקרוגל 100 מ&quot;ל מים, 10 גרם שמרים של בירה, 10 גלוקוז גרם, ו -1 גרם של אגר. מביאים לרתיחה 3 פעמים בשלב 1.1 ולהוסיף 10 גרם של שיתוף מיץ ענבים קפואיםncentrate כדי להגדיל את הנראות של ביצים על הצלחת אגרה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כאשר אגר מתקרר ל -55 מעלות צלזיוס, יוצקים 20 מ&quot;ל לתוך 100 מ&quot;מ צלחות פטרי ולאפשר כדי לחזק. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מכסים את פני השטח של צלחות אגר עם רסק שמרים ידי ערבוב שמרי בירה 1 גרם מים 15 גרם. יוצקי רסק שמרים לצלחת אגרה מוודא פני השטח מכוסה, ואז לשפוך את העודף, ומשאירים אחריו משקע שמרים דק מאחור. אם הצלחות מרובות משמשים, את העיסה ניתן שפכו ברצף כדי הצלחות מרובות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבר צלחות אגרו לתוך החלק התחתון של כלוב. הערה: מיכל מעדנייה 32 גר &#39;הוא תחליף טוב עבור כלובי זבוב אקריליק. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפוך מכסה מכולות מעדניית 32 גר &#39;על ידי חיתוך חור בראש ואת הדבקת רשת לנשימה מעל החור עם דבק רעיל. אם הדבק הוא מסיסים במים למנוע חשיפה מים את המכסה. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העברת 200-300 טס לתוך המיכל ומכסים במכסה. מכסה את חור הרשת המוגנת עם מכסת צלחת ריקה פטרי מונעת וטיפולאידוי t מפני השטח אגר ולהוסיף נייר טישו לח בתוך המכסה אם ירצה בכך. דגירת זבובים לנים C 25 מעלות במשך 16-20 שעות. </li></ol> 4. איסוף ביצים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן מסנן לאיסוף ביצה ידי הצבת רשת ניילון לתוך תותב פלסטיק. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לאחזור צלחת עם ביצים עליו, להסיר את הזבובים מן הכלוב באמצעות העברתם כלי קיבול ריק. אם זבובים באותו ישמש למחרת, ומעבירים מיד כלוב חדש המכיל צלחת אגר מיץ ענבים yeasted טרי. זבובים יכולים לשמש למשך 3-5 ימים רציפים </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר זבובים מתים מן אגר עם מכחול נקי, נזהרים שלא לשבור את אגר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> איסוף ביצים על ידי שטיפת הצלחת אגרה עם מים מזוקקים, צחצוח ביצים בעדינות מפני השטח אגר, ושופך את התערובת הדלילה מעל הרשת. חזור על 3-4 פעמים עד שכל או רוב הביצים הוסרו מהצלחת אגרה. </li></ol> ביצים 5. העברת dechorionate כדי סטרילי DIET <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הכן את ארון biosafety ידי ריסוס מבפנים (כולל הצדדים) עם 70% אתנול. נגב את החלק התחתון עם רקמות במעבדה, לעקר את מכסה המנוע עם אור UV במשך ~ 15 דקות. לעקר את כל חומרים מתכלים שאינם מתוצרת ביולוגי (כוסות הדגימה, מכחול, מלקחיים, מיכל פסולת, 400 מ&quot;ל מים מעוקרים, ו -100 מ&quot;ל של תת-כלורי נתרן 0.6%) על ידי ריסוס עם אתנול ומיד הצבת בקבינט בטיחות ביולוגית. לעקר עם אור UV במשך 15 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל את הראשון של שטיפות חומצת 2 נתרן על ידי צבת את התותב עם הביצים לתוך כוס 120 מיליליטר דגימה או מיכל סטרילי אחר. לאט לשפוך ~ 90 מ&quot;ל של שטיפה בתמיסת סודיום היפוכלוריט 0.6% לתוך התותב עד ממש מתחת לשפה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לשטוף ביצים עבור 2.5 דקות. מעת לעת מחדש להשעות את הביצים באמצעות מלקחיים להעביר את התותב מעלה ומטה פתרון החומצה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מעביר את התותב ישירות לתוך כוס דגימה שנייה, טרום מלא עם 90 מיליליטר אקונומיקה, בתוך ארון הבטיחות הביולוגי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזורצעד 5.3 בתוך ארון הבטיחות הביולוגי. בסוף טיפול האקונומיקה השני, הביצים צריכות להתחיל לדבוק צידי התותב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לבצע צעדי 5.7-5.8 בקבינט הבטיחות הביולוגי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחק את האקונומיקה ולשטוף את התותב עם מים 3 פעמים סטרילי. Re- להשעות את הביצים מספר פעמים במהלך כל הכביסה על ידי הזזת את התותב עם מלקחיים. עד סוף הכביסה השלישית ביותר הביצים יש לצרף את הצד של התותב. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> באמצעות מכחול מעוקרים באתנול, להעביר ביצים מהצד של התותב לדיאטה סטרילי. העברת ביצים בנפרד או בקבוצות קטנות. כוון 30-50 ביצים לכל בקבוקון. השאר את הכמוסות רופפות כדי לאפשר חמצן להיכנס הצינור. אם בקבוקונים הם להישאר axenic, להעביר באינקובטור חרקים; אחרת, להוסיף חיידקים כמו להלן. </li></ol> 6. הפוך Gnotobiotic זבובים בעזרת 4 סוגי חיידקים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן חיידקים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כן קבינט biosafety מעוקר עם ציוד דרוש (עמ &#39;ipettes, תיבות קצה פיפטה, צינורות צנטריפוגה מעוקרים, מרק MRS, ומדפי מבחנה) כמו בשלב 4.1. נגב את החלק החיצוני של מבחנות עם מעבדה ספוג אתנול לנגב לפני הצבת בארון בטיחות ביולוגית. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> גלול חיידקים על ידי ההעברה הראשונה 500 μl של צמיחת הלילה לצינור microfuge סטרילית. אם צפיפות חיידקים נמוכה, מוסיפים עד 1.5 מ&quot;ל על צינור אחד או ברצף להסיר supernatant ולהוסיף תרבות נוספת לאותו צינור. הסר דגימות מקבינט הבטיחות הביולוגית ו צנטריפוגות במשך 10 דקות ב g 10,000 x. השתמש בעצות מסננות כדי למנוע זיהום בין דגימות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לקבוע את הצפיפות של כל תרבות על ידי מדידת OD 600. אם באמצעות קורא צלחת רב גם, להעביר 200 μl של כל תרבות לצלחת 96-היטב 1-, 2-, ו 4- דילולים לקפל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לקבוע את כמות mMRS שבו לדלל כל גלולת תא (5.2.2) באמצעות ספקטרופוטומטר קריאת צלחת המשוואות הבאות. מתכננים להוסיף מספיק מרק לחסן 50 &amp;# 956; l בקבוקון אחד זבוב. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אסוף OD 600 קריאות על דילול 1: 4 של כל תרבות חיידקים על ספקטרופוטומטר קריאה-צלחת: 1, 1: 2 ו -1. בחר את הדילול עבור כל זן חיידקים שמייצר ערך OD 600 בין 0.1 ו 0.2 ולהשתמש ערך זה גורם לדילול המקביל שלה כמו &#39;O&#39; ו &#39;ד&#39; בנוסחות הנתונות 6.1.4.2 או 6.1.4.3. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם באמצעות 4 המינים שתוארו כאן, לנרמל תאים ליחידת מושבה להרכיב שווה ערך (CFU) / צפיפויות מיליליטר (OD 600 מרת CFU נקבע בעבר 20) בעזרת משוואה זו: E = ((OB) x V x ע) / C כאשר E = נפח resuspend גלולה ב (μl), מ = OD חיידקים 600, B = OD 600 מדיה ריקה, D = מתקפלת דילול, V = התרבות חיידקים μl לפני צנטריפוגה, C = OD 600 של קבוע מראש. ראה קוד משלימה הקובץ לדוגמאות של חישובים באמצעות משוואות אלה. לקבלת ספקטרופוטומטרים באופן אוטומטי ריק, להשתמש &quot;O&quot; במקום &quot;OB&quot;. הערה: קבועים מראש (יחידות OD 600, מנורמל 10 7 CFU מ&quot;ל -1, קבועים נגזר 20) הן כדלקמן: א tropicalis (0.052), א &#39; pomorum (0.038), ל &#39; brevis (0.056), ל &#39; Plantarum (0.077). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם אתה משתמש מיני חיידקים אחרים (לא CFU / OD 600 קבוע זמין), לנרמל צפיפות OD 600 = 0.1 באמצעות המשוואה הזאת: E = ((OB) x V x ע) /0.1 OD 600 הערה: יחידות זהות בשלב 6.1.4.2. ראה קוד משלימה הקובץ לדוגמאות של חישובים באמצעות משוואות אלה. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בארון בטיחות ביולוגית, הסר supernatant עם טיפ pipet ו resuspend גלולה ב mMRS טריים או PBS כפי שחושב בשלב 6.1.4.2. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחסן חיידקים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העברה 50 μl של החיידקים אל צינורות חרוטים עם דיאטה סטריליד dechorionated ביצים בארון בטיחות ביולוגית. הוספת חיידקים לאחר העברת הביצה על מנת למנוע זיהום בין בקבוקונים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מניח צינורות מחוסנים באינקובטור ב 25 ° C. </li></ol></li></ol> 7. טען מדוד CFU / מבחן עבור עקרות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי למדוד את עומס CFU ב homogenates זבוב הגוף כולו, העברת 5 זבובים (eclosion פוסט 5-7 ימים) לצינור 1.7 מ&quot;ל microfuge המכיל 125 μl של חרוזים קרמיקה 125 μl של מרק mMRS. Homogenize זבובים באמצעות homogenizer רקמות במשך 30 שניות 4.0 M / sec. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחלופין, להשמיט חרוזים יד homogenize צינורות microcentrifuge עם העליים פלסטיק דקות 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אם לכימות החיידקים במעיים ומשטחים לעקר הזבובים להסיר חיידקים אקסוגניים 22. העברה טס בצינור microcentrifuge המכיל 100 μl 70% אתנול דקות 1, לשאוב אתנול, ולהעביר צינור microcentrifuge חדש homogenizations. אם תוכן DNA של המעי יימדד, לשטוף fאו 1 דקות עם hypochlorite נתרן 0.6% לפני לשטוף אתנול. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדלל את homogenate עם 875 mMRS μl, מערבולת במשך 5 שניות, ו pipet 120 μl של homogenate לתוך הבאר הראשונה של צלחת microtiter. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בצע שני רציפי 1: 8 דילולים באמצעות 10 homogenate μl ו 70 μl MRS בשנתי הבארות הבאות. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר 10 μl מהבאר הראשונה ולהוסיף אותו אל MRS השני היטב המכיל 70 μl. מערבבים את תכולת הבאר השני ביסודיות, העברת 10 μl מהבאר השני ל -70 המכיל השלישי היטב μl MRS, ומערבבים היטב. זה מוביל 3 ריכוזים כוללים של homogenate המקורי 1,000 μl: חיים, 1: 8, ו 1:64. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העברת 10 μl של דילול כל לצלחת mMRS (באמצעות pipet הרב ערוצית אם רוצים). מעט להטות את המנה להפיץ את הדילול כמה מילימטרים למטה השטח אגר ולאפשר לנוזל להתייבש לפני שעברתי את הצלחת. הנוזל מתייבש על הצלחת דואר במהירות אם הצלחות הם ישנים 2 ימים, הפחתת ערבוב של שתי טיפות השכנות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדגור על 30 מעלות צלזיוס במשך 1-2 ימים. סור צלחות מן האינקובטור פעם ברורה, מושבות בודדות גלויות, ולספור מ דילול עם 10-100 מושבות מבודדות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחשב CFU לכל לטוס באמצעות המשוואה E = C x D / P x V / F, כאשר E = CFU לכל לטוס, C = מספר מושבות נספר, D = דילול, P = מצופה μl, V = נפח homogenate לטוס, F = מספר הזבובים הומוגני. </li></ol>

<ol>
	<li>McFall-Ngai, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Giving+microbes+their+due--animal+life+in+a+microbially+dominant+world.">Giving microbes their due--animal life in a microbially dominant world.</a> J Exp Biol. 218, 1968-1973 (2015).</li><li>Smith, K., McCoy, K. D., Macpherson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+axenic+animals+in+studying+the+adaptation+of+mammals+to+their+commensal+intestinal+microbiota.">Use of axenic animals in studying the adaptation of mammals to their commensal intestinal microbiota.</a> Semin Immunol. 19 (2), 59-69 (2007).</li><li>Rieder, L. E., Larschan, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wisdom+from+the+fly.">Wisdom from the fly.</a> Trends Genet. 30 (11), 479-481 (2014).</li><li>Arias, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+melanogaster+and+the+development+of+biology+in+the+20th+century.">Drosophila melanogaster and the development of biology in the 20th century.</a> Methods Mol Biol. 420, 1-25 (2008).</li><li>Lee, W. J., Brey, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+microbiomes+influence+metazoan+development:+insights+from+history+and+Drosophila+modeling+of+gut-microbe+interactions.">How microbiomes influence metazoan development: insights from history and Drosophila modeling of gut-microbe interactions.</a> Annu Rev Cell Dev Biol. 29, 571-592 (2013).</li><li>Erkosar, B., Leulier, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transient+adult+microbiota,+gut+homeostasis+and+longevity:+novel+insights+from+the+Drosophila+model.">Transient adult microbiota, gut homeostasis and longevity: novel insights from the Drosophila model.</a> FEBS Lett. 588 (22), 4250-4257 (2014).</li><li>Chandler, J. A., Lang, J. M., Bhatnagar, S., Eisen, J. A., Kopp, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+communities+of+diverse+Drosophila+species:+ecological+context+of+a+host-microbe+model+system.">Bacterial communities of diverse Drosophila species: ecological context of a host-microbe model system.</a> PLoS Genet. 7 (9), e1002272 (2011).</li><li>Broderick, N. A., Buchon, N., Lemaitre, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiota-induced+changes+in+drosophila+melanogaster+host+gene+expression+and+gut+morphology.">Microbiota-induced changes in drosophila melanogaster host gene expression and gut morphology.</a> MBio. 5 (3), 01117 (2014).</li><li>Wong, C. N., Ng, P., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Low-diversity+bacterial+community+in+the+gut+of+the+fruitfly+Drosophila+melanogaster.">Low-diversity bacterial community in the gut of the fruitfly Drosophila melanogaster.</a> Environ Microbiol. 13 (7), 1889-1900 (2011).</li><li>Staubach, F., Baines, J. F., Kunzel, S., Bik, E. M., Petrov, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+species+and+environmental+effects+on+bacterial+communities+associated+with+Drosophila+in+the+laboratory+and+in+the+natural+environment.">Host species and environmental effects on bacterial communities associated with Drosophila in the laboratory and in the natural environment.</a> PLoS One. 8 (8), e70749 (2013).</li><li>Brummel, T., Ching, A., Seroude, L., Simon, A. F., Benzer, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+lifespan+enhancement+by+exogenous+bacteria.">Drosophila lifespan enhancement by exogenous bacteria.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (35), 12974-12979 (2004).</li><li>Cox, C. R., Gilmore, M. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Native+microbial+colonization+of+Drosophila+melanogaster+and+its+use+as+a+model+of+Enterococcus+faecalis+pathogenesis.">Native microbial colonization of Drosophila melanogaster and its use as a model of Enterococcus faecalis pathogenesis.</a> Infect Immun. 75 (4), 1565-1576 (2007).</li><li>Ridley, E. V., Wong, A. C., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbe-dependent+and+nonspecific+effects+of+procedures+to+eliminate+the+resident+microbiota+from+Drosophila+melanogaster.">Microbe-dependent and nonspecific effects of procedures to eliminate the resident microbiota from Drosophila melanogaster.</a> Appl Environ Microbiol. 79 (10), 3209-3214 (2013).</li><li>Rogers, G. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+divergence+in+gastrointestinal+microbiota+in+physically-separated+genetically+identical+mice.">Functional divergence in gastrointestinal microbiota in physically-separated genetically identical mice.</a> Sci Rep. 4, 5437 (2014).</li><li>Chaston, J. M., Newell, P. D., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenome-wide+association+of+microbial+determinants+of+host+phenotype+in+Drosophila+melanogaster.">Metagenome-wide association of microbial determinants of host phenotype in Drosophila melanogaster.</a> MBio. 5 (5), 01631-01714 (2014).</li><li>Huang, J. H., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consumption+of+dietary+sugar+by+gut+bacteria+determines+Drosophila+lipid+content.">Consumption of dietary sugar by gut bacteria determines Drosophila lipid content.</a> Biology Letters. , (2015).</li><li>Shin, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drosophila+microbiome+modulates+host+developmental+and+metabolic+homeostasis+via+insulin+signaling.">Drosophila microbiome modulates host developmental and metabolic homeostasis via insulin signaling.</a> Science. 334 (6056), 670-674 (2011).</li><li>Storelli, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lactobacillus+plantarum+promotes+Drosophila+systemic+growth+by+modulating+hormonal+signals+through+TOR-dependent+nutrient+sensing.">Lactobacillus plantarum promotes Drosophila systemic growth by modulating hormonal signals through TOR-dependent nutrient sensing.</a> Cell Metab. 14 (3), 403-414 (2011).</li><li>Wong, A. C., Chaston, J. M., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+inconstant+gut+microbiota+of+Drosophila+species+revealed+by+16S+rRNA+gene+analysis.">The inconstant gut microbiota of Drosophila species revealed by 16S rRNA gene analysis.</a> ISME J. 7 (10), 1922-1932 (2013).</li><li>Newell, P. D., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interspecies+interactions+determine+the+impact+of+the+gut+microbiota+on+nutrient+allocation+in+Drosophila+melanogaster.">Interspecies interactions determine the impact of the gut microbiota on nutrient allocation in Drosophila melanogaster.</a> Appl Environ Microbiol. 80 (2), 788-796 (2014).</li><li>Broderick, N. A., Lemaitre, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut-associated+microbes+of+Drosophila+melanogaster.">Gut-associated microbes of Drosophila melanogaster.</a> Gut Microbes. 3 (4), 307-321 (2012).</li><li>Ren, C., Webster, P., Finkel, S. E., Tower, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+internal+and+external+bacterial+load+during+Drosophila+aging+without+life-span+trade-off.">Increased internal and external bacterial load during Drosophila aging without life-span trade-off.</a> Cell Metab. 6 (2), 144-152 (2007).</li><li>Wong, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Host+as+the+Driver+of+the+Microbiota+in+the+Gut+and+External+Environment+of+Drosophila+melanogaster.">The Host as the Driver of the Microbiota in the Gut and External Environment of Drosophila melanogaster.</a> Appl Environ Microbiol. 81 (18), 6232-6240 (2015).</li><li>Dobson, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+genetic+determinants+of+microbiota-dependent+nutrition+revealed+by+genome-wide+analysis+of+Drosophila+melanogaster.">Host genetic determinants of microbiota-dependent nutrition revealed by genome-wide analysis of Drosophila melanogaster.</a> Nat Commun. 6, 6312 (2015).</li><li>Bakula, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+persistence+of+a+microbial+flora+during+postembryogenesis+of+Drosophila+melanogaster.">The persistence of a microbial flora during postembryogenesis of Drosophila melanogaster.</a> J Invertebr Pathol. 14 (3), 365-374 (1969).</li><li>Ryu, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Innate+immune+homeostasis+by+the+homeobox+gene+caudal+and+commensal-gut+mutualism+in+Drosophila.">Innate immune homeostasis by the homeobox gene caudal and commensal-gut mutualism in Drosophila.</a> Science. 319 (5864), 777-782 (2008).</li><li>Blum, J. E., Fischer, C. N., Miles, J., Handelsman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+replenishment+sustains+the+beneficial+microbiome+of+Drosophila+melanogaster.">Frequent replenishment sustains the beneficial microbiome of Drosophila melanogaster.</a> MBio. 4 (6), 00860 (2013).</li><li>Bitner-Mathe, B. C., Klaczko, L. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plasticity+of+Drosophila+melanogaster+wing+morphology:+effects+of+sex,+temperature+and+density.">Plasticity of Drosophila melanogaster wing morphology: effects of sex, temperature and density.</a> Genetica. 105 (2), 203-210 (1999).</li><li>Edward, D. A., Chapman, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sex-specific+effects+of+developmental+environment+on+reproductive+trait+expression+in+Drosophila+melanogaster.">Sex-specific effects of developmental environment on reproductive trait expression in Drosophila melanogaster.</a> Ecol Evol. 2 (7), 1362-1370 (2012).</li><li>Ridley, E. V., Wong, A. C., Westmiller, S., Douglas, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+the+resident+microbiota+on+the+nutritional+phenotype+of+Drosophila+melanogaster.">Impact of the resident microbiota on the nutritional phenotype of Drosophila melanogaster.</a> PLoS One. 7 (5), e36765 (2012).</li><li>Newell, P. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+function+and+comparative+genomic+analyses+of+the+Drosophila+gut+microbiota+identify+candidate+symbiosis+factors.">In vivo function and comparative genomic analyses of the Drosophila gut microbiota identify candidate symbiosis factors.</a> Front Microbiol. 5, 576 (2014).</li><li>Dewhirst, F. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogeny+of+the+defined+murine+microbiota:+altered+Schaedler+flora.">Phylogeny of the defined murine microbiota: altered Schaedler flora.</a> Appl Environ Microbiol. 65 (8), 3287-3292 (1999).</li><li>Min, K. T., Benzer, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wolbachia,+normally+a+symbiont+of+Drosophila,+can+be+virulent,+causing+degeneration+and+early+death.">Wolbachia, normally a symbiont of Drosophila, can be virulent, causing degeneration and early death.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 94 (20), 10792-10796 (1997).</li></ol>

החוקרים אין לי מה לחשוף.

<html> השיטה המתוארת כאן היא אחת כמה גישות עבור העובר dechorionation 8,11,18,25,26,27, יחד עם שיטות חלופיות של גידול זבובים axenic, כולל העברת סדרתי של מבוגרים axenic 18,27 או טיפול אנטיביוטי 13,18. שיטות dechorionation אחרות כוללות שוטף אתנול ולהפחית 11,25,26 או להאריך 8 טיפול ...

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/t/54219/rearing-fruit-fly-drosophila-melanogaster-under-axenic-gnotobiotic">Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions</a>. The Protocol was updated.
Step 6.1.4.2 of the Protocol was updated from:
If using the 4 species described here, normalize cells to equivalent colony forming unit (CFU)/ml densities (OD600 to CFU conversion determined previously20) using this equation: 
E = ((O-B) x V x D)/C 
where E = volume to resuspend pellet in (&#956;l), O = OD600 bacteria, B = OD600 blank media, D = fold-dilution, V = &#181;l bacterial culture prior to centrifugation, C = OD600 of predetermined constant. See Supplemental Code File for examples of calculations using these equations. For spectrophotometers that automatically blank, use &#34;O&#34; in place of &#34;O-B&#34;. 
Note: The predetermined constants (units OD600, normalized to 107 CFU ml-1, constants derived in20) are as follows: A. tropicalis (0.052), A. pomorum (0.038), L. brevis (0.056), L. plantarum (0.077).
to:
If using the 4 species described here, normalize cells to equivalent colony forming unit (CFU)/ml densities (OD600 to CFU conversion determined previously20) using this equation: 
E = ((O-B) x V x D)/C 
where E = volume to resuspend pellet in (&#956;l), O = OD600 bacteria, B = OD600 blank media, D = fold-dilution, V = &#181;l bacterial culture prior to centrifugation, C = OD600 of predetermined constant. See Supplemental Code File for examples of calculations using these equations. For spectrophotometers that automatically blank, use &#34;O&#34; in place of &#34;O-B&#34;. 
Note: The predetermined constants (units OD600, normalized to 107 CFU ml-1, constants derived in20) are as follows: A. tropicalis (0.053), A. pomorum (0.038), L. brevis (0.077), L. plantarum (0.056).

An erratum was issued for: <a href="https://www.jove.com/t/54219/rearing-fruit-fly-drosophila-melanogaster-under-axenic-gnotobiotic">Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions</a>. The Protocol was updated.

Erratum: Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions

רוב בעלי החיים קשורים באופן הדוק עם חיידקים ( &quot;חיידקים &#39;) מלידה ועד מות 1. השוואות של חינם-בקטריה ( &#39;axenic&#39;) ו מיקרואורגניזם קשור ( &quot;קונבנציונליות&quot;) בבעלי חיים הראו להשפיע חיידקי היבטים מגוונים של בריאות בעלי חיים, כוללים חילוף חומרים, תזונה, מחלות כלי דם, כבד, נשימה, אימונולוגית, האנדוקרינית, ונוירולוגיות פונקציה 2. זבוב הפרות תסיסנית הוא מודל מפתח להבנת רבים של תהליכים אלה בנוכחות החיידקים 3,4 ו ללימוד השפעת חיידקים על 5,6 הגנריקה. אין מיני חיידקים קיימים בכל אדם ( &#39;ליבה&#39;), אבל Acetobacter ו לקטובצילוס מינים מספריים להשתלט על החיידקים של שניהם המעבדה-נעמד על רגליו אחוריות ניצוד ד melanogaster. אחרים Acetobacteraceae (כולל Komagataeibacter ו Gluconobacter), Firmicutes (כגון אנטרוקוקוס ו Leuconostoc), ו Enterobacteriaceae הם או בהווה לעתים קרובות אצל פרטים תסיסנית ב שפע נמוך, או בהווה סדיר בבית גבוה שפע 7-12. החיידקים של תסיסנית ויונקים אינו עקבי בתוך ועל פני דורות 14,19. inconstancy חיידקים יכול לגרום לרעש פנוטיפי כאשר מודדים תכונות תלויות חיידקים. לדוגמא, שומני שפעת Acetobacteraceae (טריגליצרידים) אחסון תסיסנית 15-18. אם Acetobacteraceae הוא עשיר יותר אצל זבובים של בקבוקון אחד מאשר עוד 19, זבובי isogenic יכולים לקבל פנוטיפים שונים 20. פתרון לבעיית inconstancy חיידקים בעכברים 14 כבר בפועל מאז 1960, על ידי החדרת קהילה מוגדרת של 8 מינים של חיידקים דומיננטיים כדי גורי עכבר כל דור חדש (שינה צומח Schaedler),להבטיח כי כל גור חשוף לאותה אנשי מפתח של חיידקי העכבר. פרקטיקה זו שולטת על הרכב החיידקים גם כאשר החיידקים הוא לא המטרה העיקרית של המחקר 32, וקובע תקדים כדי להבטיח נוכחות של חיידקים מפתח במגוון של תנאי הניסוי. כדי להגדיר את ההשפעה של חיידקים על תזונה תסיסנית, כמה פרוטוקולים לגזירת קווי לטוס axenic פותחו, כולל תת-כלורי dechorionation של עוברים (או נגזרת דה נובו כל דור או מתוחזקים generationally בהעברה דיאטות סטרילי) וטיפול אנטיביוטי 13. ישנם יתרונות לגישות שונות, כגון הקלות המהירות הן של טיפול באנטיביוטיקה והעברת סדרתי, בקרת לעומת יותר של משתנים מבלבלים עם דה נובו dechorionation (למשל, צפיפות ביצה, חיידקים זיהום שיורית, מחוץ היעד תופעות אנטיביוטיקה). ללא קשר לשיטה שלהכנה, הכנסת מינים של חיידקים מסוימים, לקבל axenic עובר מתירה תרבות תסיסנית עם מוגדר ( &#39;gnotobiotic&#39;) קהילות. לחלופין, מחק את השימוש צומח Schaedler, קהילה זו יכולה להיות מחוסנת לביצים כמקובלות הניחו (ביצוע השלבים 6-7 בלבד) על מנת להבטיח את נוכחותם של חיידקים המשפיע על תכונה בכל בקבוקון ולהימנע מסיבוכים של inconstancy חיידקים. כאן אנו מתארים את הפרוטוקול לגיוס תסיסנית axenic ו gnotobiotic ידי דה נובו dechorionation של עוברים, ועבור המאשר את הנוכחות הציגו או זיהום מינים של חיידקים.

<table><tbody><tr><td>Brewer&#039;s Yeast</td><td>MP Biomedicals, LLC.</td><td>903312</td><td>http://www.mpbio.com/product.php?pid=02903312</td></tr><tr><td>Glucose</td><td>Sigma Aldrich</td><td>158968-3KG</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/aldrich/158968?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>Agar</td><td>Fisher--Lab Scientific</td><td>fly802010</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/drosophila-agar-8-100mesh-10kg/nc9349177</td></tr><tr><td>Welch&#039;s 100% Grape Juice Concentrate</td><td>Walmart or other grocery store</td><td>9116196</td><td>http://www.walmart.com/ip/Welch-s-Frozen-100-Grape-Juice-Concentrate-11.5-oz/10804406</td></tr><tr><td>Cage: 32 oz. Translucent Round Deli Container</td><td>Webstaurant Store</td><td>999L5032Y</td><td>http://www.webstaurantstore.com/newspring-delitainer-sd5032y-32-oz-translucent-round-deli-container-24-pack/999L5032Y.html</td></tr><tr><td>Translucent Round Deli Container Lid</td><td>Webstaurant Store</td><td>999YNL500</td><td>http://www.webstaurantstore.com/newspring-delitainer-ynl500-translucent-round-deli-container-lid-60-pack/999YNL500.html</td></tr><tr><td>Stock Bottles</td><td>Genesee Scientific</td><td>32-130</td><td>https://geneseesci.com/shop-online/product-details/?product=32-130</td></tr><tr><td>Droso-Plugs</td><td>Genesee Scientific</td><td>49-101</td><td>https://geneseesci.com/shop-online/product-details/?product=49-101</td></tr><tr><td>Nylon Mesh</td><td>Genesee Scientific</td><td>57-102&amp;nbsp;</td><td>https://geneseesci.com/shop-online/product-details/715/?product=57-102</td></tr><tr><td>Plastic Bushing</td><td>Home Depot</td><td>100404002</td><td>http://www.homedepot.com/p/Carlon-1-in-Non-Metallic-Terminal-Adapter-E943FR-CTN/100404002</td></tr><tr><td>Plastic Bushing Cap</td><td>Home Depot</td><td>100153897</td><td>http://www.homedepot.com/p/1-1-4- in-Rigid-Plastic-Insulated-Bushing-2-Pack-27529/100153897</td></tr><tr><td>Specimen Cup</td><td>MedSupply Partners</td><td>K01-207067</td><td>http://www.medsupplypartners.com/covidien-specimen-containers.html</td></tr><tr><td>Repeater M4</td><td>Eppendorf</td><td>4982000322</td><td>https://online-shop.eppendorf.us/US-en/Manual-Liquid-Handling-44563/Dispensers--Burettes-44566/Repeater-M4-PF-44619.html</td></tr><tr><td>50 ml Centrifuge Tubes</td><td>TrueLine Centrifuge Tubes</td><td>TR2003</td><td>https://www.lpsinc.com/Catalog4.asp?catalog_nu=TR2003</td></tr><tr><td>Food Boxes</td><td>USA Scientific</td><td>2316-5001</td><td>http://www.usascientific.com/search.aspx?find=2316-5001</td></tr><tr><td>Lysing Matrix D Bulk</td><td>MP Biomedicals, LLC.</td><td>116540434</td><td>http://www.mpbio.com/search.php?q=6540-434&amp;amp;s=Search</td></tr><tr><td>Filter Pipette Tips, 300 &amp;mu;l</td><td>USA Scientific</td><td>1120-9810</td><td>http://www.usascientific.com/search.aspx?find=1120-9810</td></tr><tr><td>Petri Dishes</td><td>Laboratory Product Sales</td><td>M089303</td><td>https://www.lpsinc.com/Catalog4.asp?catalog_nu=M089303</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Decon Laboratories, INC.</td><td>2701</td><td>http://www.deconlabs.com/products.php?ID=88</td></tr><tr><td>Paintbrush</td><td>Walmart</td><td>5133</td><td>http://www.walmart.com/ip/Chenille-Kraft-5133-Acrylic-Handled-Brush-Set-Assorted-Sizes-colors-8-Brushes-set/41446005</td></tr><tr><td>Forceps</td><td>Fisher</td><td>08-882</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-medium-pointed-forceps-3/p-128693</td></tr><tr><td>Household Bleach (6-8% Hypochlorite)</td><td>Walmart</td><td>550646751</td><td>http://www.walmart.com/ip/Clorox-Concentrated-Regular-Bleach-121-fl-oz/21618295</td></tr><tr><td>Universal Peptone</td><td>Genesee Scientific</td><td>20-260</td><td>https://geneseesci.com/shop-online/product-details/?product=20-260</td></tr><tr><td>Yeast Extract</td><td>&amp;nbsp;Fisher Scientific</td><td>BP1422-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/fisher-bioreagents-microbiology-media-additives-yeast-extract-3/bp1422500?matchedCatNo=BP1422500</td></tr><tr><td>Dipotassium Phosphate</td><td>Sigma Aldrich</td><td>P3786-1KG</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search?term=P3786-1KG&amp;amp;interface=All&amp;amp;&lt;br/&gt;
N=0&amp;amp;mode=match%20partialmax&amp;amp;lang=&lt;br/&gt;
en&amp;amp;region=US&amp;amp;focus=product</td></tr><tr><td>Ammonium Citrate</td><td>Sigma Aldrich</td><td>25102-500g</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search?term=25102-500g&amp;amp;interface=All&amp;amp;N&lt;br/&gt;
=0&amp;amp;mode=match%20partialmax&amp;amp;lang=&lt;br/&gt;
en&amp;amp;region=US&amp;amp;focus=product</td></tr><tr><td>Sodium Acetate</td><td>VWR</td><td>97061-994</td><td>https://us.vwr.com/store/catalog/product.jsp?catalog_number=97061-994</td></tr><tr><td>Magnesium Sulfate</td><td>Fisher Scientific</td><td>M63-500</td><td>https://www.fishersci.com/shop/products/magnesium-sulfate-heptahydrate-crystalline-certified-acs-fisher-chemical-3/m63500?matchedCatNo=M63500</td></tr><tr><td>Manganese Sulfate</td><td>Sigma Aldrich</td><td>10034-96-5</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search?term=10034-96-5&amp;amp;interface=CAS%20No.&amp;amp;N=0&amp;amp;mode=match&lt;br/&gt;
%20partialmax&amp;amp;lang=en&amp;amp;region&lt;br/&gt;=US&amp;amp;focus=product</td></tr><tr><td>MRS Powder</td><td>Sigma Aldrich</td><td>69966-500G</td><td>http://www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sial/69966?lang=en&amp;amp;region=US</td></tr><tr><td>96 Well Plate Reader</td><td>BioTek (Epoch)&amp;nbsp;</td><td>NA</td><td>http://www.biotek.com/products/microplate_detection/epoch_microplate_&lt;br/&gt;spectrophotometer.html</td></tr><tr><td>1.7 ml Centrifuge Tubes</td><td>USA Scientific</td><td>1615-5500</td><td>http://www.usascientific.com/search.aspx?find=1615-5500</td></tr><tr><td>Filter Pipette Tips, 1,000 &amp;mu;l</td><td>USA Scientific</td><td>1122-1830</td><td>http://www.usascientific.com/search.aspx?find=1122-1830</td></tr><tr><td>96 Well Plates</td><td>Greiner Bio-One</td><td>655101</td><td>https://shop.gbo.com/en/usa/articles/catalogue/article/0110_0040_0120_0010/&lt;br/&gt;13243/</td></tr><tr><td>Ceramic Beads</td><td>MP Biomedicals, LLC.</td><td>6540-434</td><td>http://www.mpbio.com/product.php?pid=116540434</td></tr><tr><td>Tissue Homogenizer</td><td>MP Biomedicals, LLC.</td><td>116004500</td><td>http://www.mpbio.com/product.php?pid=116004500</td></tr><tr><td>Class 1 BioSafety Cabinet</td><td>Thermo Scientific&amp;nbsp;</td><td>Model 1395</td><td>http://www.thermoscientific.com/en/product/1300-series-class-ii-type-a2-biological-safety-cabinet-packages.html</td></tr></tbody></table>

rearing the fruit fly drosophila melanogaster under axenic and gnotobiotic conditions

The influence of microbes on myriad animal traits and behaviors has been increasingly recognized in recent years. The fruit fly Drosophila melanogaster is a model for understanding microbial interactions with animal hosts, facilitated by approaches to rear large sample sizes of Drosophila under microorganism-free (axenic) conditions, or with defined microbial communities (gnotobiotic). This work outlines a method for collection of Drosophila embryos, hypochlorite dechorionation and sterilization, and transfer to sterile diet. Sterilized embryos are transferred to sterile diet in 50 ml centrifuge tubes, and developing larvae and adults remain free of any exogenous microbes until the vials are opened. Alternatively, flies with a defined microbiota can be reared by inoculating sterile diet and embryos with microbial species of interest. We describe the introduction of 4 bacterial species to establish a representative gnotobiotic microbiota in Drosophila. Finally, we describe approaches for confirming bacterial community composition, including testing if axenic Drosophila remain bacteria-free into adulthood.

גידול מוצלח של זבובים axenic אושר על ידי בידוד של לא CFUs מ homogenizations-הגוף של ד מבוגרי melanogaster (איור 1). לחלופין, אם homogenate מצופה מניב מושבות, צלוחיות הם מזוהמים אמור להיות מושלך. עבור זבובי gnotobiotic, כל אחת מהארבעה מבודדות החיידקים בודדו מברכו?...

Watch this Scientific Journal Video about Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions at JoVE.com

Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions

שיטה לגידול תסיסנית בתנאי axenic ו gnotobiotic מוצגת. עוברי זבובים הם dechorionated ב חומצת נתרן, הועברו בסביבה נקיה מחיידקים לתזונה סטרילי, וגדלו במיכלים סגורים. ייחסתי דיאטה ועובר עם חיידקים מובילים עמותות gnotobiotic, ונוכחות חיידקים אושר על ידי ציפוי homogenates תסיסנית הגוף כולו.

גידול זבוב הפירות<em&gt; תסיסנית</em&gt; בתנאי Axenic ו Gnotobiotic

The influence of microbes on myriad animal traits and behaviors has been increasingly recognized in recent years. The fruit fly Drosophila melanogaster is ...

rearing-fruit-fly-drosophila-melanogaster-under-axenic-gnotobiotic

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions

21.0K Views.  Brigham Young University.  שיטה לגידול תסיסנית בתנאי axenic ו gnotobiotic מוצגת. עוברי זבובים הם dechorionated ב חומצת נתרן, הועברו בסביבה נקיה מחיידקים לתזונה סטרילי, וגדלו במיכלים סגורים. ייחסתי דיאטה ועובר עם חיידקים מובילים עמותות gnotobiotic, ונוכחות חיידקים אושר על ידי ציפוי ...

Video: Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions

A Drosophila In Vivo Injury Model for Studying Neuroregeneration in the Peripheral and Central Nervous System

The regrowth capacity of damaged neurons governs neuroregeneration and functional recovery after nervous system trauma. Over the past few decades, various intrinsic and extrinsic inhibitory factors involved in the restriction of axon regeneration have been identified. However, simply removing these inhibitory cues is insufficient for successful regeneration, indicating the existence of additional regulatory machinery. Drosophila melanogaster, the fruit fly, shares evolutionarily conserved genes and signaling pathways with vertebrates, including humans. Combining the powerful genetic toolbox of flies with two-photon laser axotomy/dendriotomy, we describe here the Drosophila sensory neuron &#8211; dendritic arborization (da) neuron injury model as a platform for systematically screening for novel regeneration regulators. Briefly, this paradigm includes a) the preparation of larvae, b) lesion induction to dendrite(s) or axon(s) using a two-photon laser, c) live confocal imaging post-injury and d) data analysis. Our model enables highly reproducible injury of single labeled neurons, axons, and dendrites of well-defined neuronal subtypes, in both the peripheral and central nervous system.

A Drosophila In Vivo Injury Model for Studying Neuroregeneration in the Peripheral and Central Nervous System

Here, we present a protocol using the Drosophila sensory neuron - dendritic arborization (da) neuron injury model, which combines in vivo live imaging, two-photon laser axotomy/dendriotomy, and the powerful fly genetic toolbox, as a platform for screening potential promoters and inhibitors of neuroregeneration.

מודל פציעה דרוזופילה In Vivo ללמוד Neuroregeneration ב ההיקפית ואת מערכת העצבים המרכזית

The regrowth capacity of damaged neurons governs neuroregeneration and functional recovery after nervous system trauma. Over the past few decades, various ...

Medicine

Drosophila melanogaster Larva Injection Protocol

The use of unconventional models to study innate immunity and pathogen virulence provides a valuable alternative to mammalian models, which can be costly and raise ethical issues. Unconventional models are notoriously cheap, easy to handle and culture, and do not take much space. They are genetically amenable and possess complete genome sequences, and their use presents no ethical considerations. The fruit fly Drosophila melanogaster, for instance, has provided great insights into a variety of behavior, development, metabolism, and immunity research. More specifically, D. melanogaster adult flies and larvae possess several innate defense reactions that are shared with vertebrate animals. The mechanisms regulating immune responses have been mostly revealed through genetic and molecular studies in the D. melanogaster model. Here a novel larval injection technique is provided, which will further promote investigations of innate immune processes in D. melanogaster larvae and explore the pathogenesis of a wide range of microbial infections.

Drosophila melanogaster Larva Injection Protocol

Drosophila melanogaster adult flies have been extensively utilized as model organisms to investigate the molecular mechanisms underlying host antimicrobial innate immune responses and microbial infection strategies. To promote the D. melanogaster larva stage as an additional or alternative model system, a larval injection technique is described.

Drosophila melanogaster פרוטוקול הזרקת זחלים

The use of unconventional models to study innate immunity and pathogen virulence provides a valuable alternative to mammalian models, which can be costly ...

Immunology and Infection

Neural Stem Cell Reactivation in Cultured Drosophila Brain Explants

Neural stem cells (NSCs) have the ability to proliferate, differentiate, undergo apoptosis, and even enter and exit quiescence. Many of these processes are controlled by the complex interplay between NSC intrinsic genetic programs with NSC extrinsic factors, local and systemic. In the genetic model organism, Drosophila melanogaster, NSCs, known as neuroblasts (NBs), switch from quiescence to proliferation during the embryonic to larval transition. During this time, larvae emerge from their eggshells and begin crawling, seeking out dietary nutrients. In response to animal feeding, the fat body, an endocrine organ with lipid storage capacity, produces a signal, which is released systemically into the circulating hemolymph. In response to the fat body-derived signal (FBDS), Drosophila insulin-like peptides (Dilps) are produced and released from brain neurosecretory neurons and glia, leading to downstream activation of PI3-kinase growth signaling in NBs and their glial and tracheal niche. Although this is the current model for how NBs switch from quiescence to proliferation, the nature of the FBDS extrinsic cue remains elusive. To better understand how NB extrinsic systemic cues regulate exit from quiescence, a method was developed to culture early larval brains in vitro before animal feeding. With this method, exogenous factors can be supplied to the culture media and NB exit from quiescence assayed. We found that exogenous insulin is sufficient to reactivate NBs from quiescence in whole-brain explants. Because this method is well-suited for large-scale screens, we aim to identify additional extrinsic cues that regulate NB quiescence versus proliferation decisions. Because the genes and pathways that regulate NSC proliferation decisions are evolutionarily conserved, results from this assay could provide insight into improving regenerative therapies in the clinic.

Neural Stem Cell Reactivation in Cultured Drosophila Brain Explants

A method to reactivate quiescent neural stem cells in cultured Drosophila brain explants has been established. Using this method, the role of systemic signals can be uncoupled from tissue-intrinsic signals in the regulation of neural stem cell quiescence, entry and exit.

הפעלה מחדש של תאי גזע עצביים במוח דרוזופילה מתורבת

Neural stem cells (NSCs) have the ability to proliferate, differentiate, undergo apoptosis, and even enter and exit quiescence. Many of these processes ...

Neuroscience

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

Large quantities of DNA, RNA, proteins and other cellular components are often required for biochemistry and molecular biology experiments. The short life cycle of Drosophila enables collection of large quantities of material from embryos, larvae, pupae and adult flies, in a synchronized way, at a low economic cost. A major strategy for propagating large numbers of flies is the use of a fly population cage. This useful and common tool in the Drososphila community is an efficient way to regularly produce milligrams to tens of grams of embryos, depending on uniformity of developmental stage desired. While a population cage can be time consuming to set up, maintaining a cage over months takes much less time and enables rapid collection of biological material in a short period. This paper describes a detailed and flexible protocol for the maintenance of a Drosophila melanogaster population cage, starting with 1.5 g of harvested material from the previous cycle.

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

This manuscript reports a detailed protocol for culturing, on a regular basis, a population of Drosophila melanogaster using a fly population cage.

תחזוקה של<em&gt; תסיסנית</em&gt; אוכלוסיית קייג

Large quantities of DNA, RNA, proteins and other cellular components are often required for biochemistry and molecular biology experiments. The short life ...

Biology

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

Emergent properties and external factors (population-level and ecosystem-level interactions, in particular) play important roles in mediating ecologically-important endpoints, though they are rarely considered in toxicological studies. D. melanogaster is emerging as a toxicology model for the behavioral, neurological, and genetic impacts of toxicants, to name a few. More importantly, species in the genus Drosophila can be utilized as a model system for an integrative framework approach to incorporate emergent properties and answer ecologically-relevant questions in&#160;toxicology research. The aim of this paper is to provide a protocol for exposing species in the genus Drosophila to pollutants to be used as a model system for a range of phenotypic outputs and ecologically-relevant questions. More specifically, this protocol can be used to 1) link multiple biological levels of organization and understand the impact of toxicants on both individual- and population-level fitness; 2) test the impact of toxicants at different stages of developmental exposure; 3) test multigenerational and evolutionary implications of pollutants; and 4) test multiple contaminants and stressors simultaneously.

Experimental Protocol for Using Drosophila As an Invertebrate Model System for Toxicity Testing in the Laboratory

In this paper, we provide a detailed protocol for exposing species in the genus Drosophila to pollutants with the goal of studying the impact of exposure on a range of phenotypic outputs at different developmental stages and for more than one generation.

נסיוני באמצעות דרוזופילה כמערכת מודל הגעה לבדיקת רעילות במעבדה

Emergent properties and external factors (population-level and ecosystem-level interactions, in particular) play important roles in mediating ...

Oral Bacterial Infection and Shedding in Drosophila melanogaster

The fruit fly Drosophila melanogaster is one of the best developed model systems of infection and innate immunity. While most work has focused on systemic infections, there has been a recent increase of interest in the mechanisms of gut immunocompetence to pathogens, which require methods to orally infect flies. Here we present a protocol to orally expose individual flies to an opportunistic bacterial pathogen (Pseudomonas aeruginosa) and a natural bacterial pathogen of D. melanogaster (Pseudomonas entomophila). The goal of this protocol is to provide a robust method to expose male and female flies to these pathogens. We provide representative results showing survival phenotypes, microbe loads, and bacterial shedding, which is relevant for the study of heterogeneity in pathogen transmission. Finally, we confirm that Dcy mutants (lacking the protective peritrophic matrix in the gut epithelium) and Relish mutants (lacking a functional immune deficiency (IMD) pathway), show increased susceptibility to bacterial oral infection. This protocol, therefore, describes a robust method to infect flies using the oral route of infection, which can be extended to the study of a variety genetic and environmental sources of variation in gut infection outcomes and bacterial transmission.

Oral Bacterial Infection and Shedding in Drosophila melanogaster

This protocol describes methods to orally expose and infect the fruit fly Drosophila melanogaster with bacterial pathogens, and to measure the number of infectious bacteria shed following gut infection. We further describe the effect of immune mutants on fly survival following oral bacterial infection.

זיהום חיידקי הפה ו Shedding ב דרוזופילה melanogaster

The fruit fly Drosophila melanogaster is one of the best developed model systems of infection and innate immunity. While most work has focused on systemic ...

Simple Homemade Tools to Handle Fruit Flies&#8212;Drosophila melanogaster

The fruit fly, Drosophila melanogaster, is widely used both in biological research and biology education. Handling adult flies is common but difficult in practice, as adult flies fly. Demonstrated here is how to make some simple and cost-effective tools to address difficult issues in the handling of Drosophila. Holes in foam stoppers are made and pipette tips or funnels are inserted into the holes. Flies then move only in one direction into the pipette tip/funnel assemblage, allowing efficient control of the transfer of adult Drosophila into or out of a vial. Existing protocols have been modified for cool-anesthetizing flies by chilling in crushed ice and transferring them onto a cold, hard icepack surface. The icepack is covered with a piece of medical gauze that keeps immobilized flies from the condensed water when examined under a stereomicroscope. The flies are finally euthanized for counting and sorting or discarded by microwaving. A bottle-shaped cage has also been developed for collecting eggs, as well as a labor-saving device and accompanying protocol for cleaning glass culture vials.

Described here is the use of several homemade tools to transfer, chill, and kill adult Drosophila, as well as to clean glass culture vials and collect eggs. These tools are easy to make and are rather efficient in handling Drosophila.

כלים ביתיים פשוטים לטיפול בזבובי פירות-דרוסופילה מלאנוסטר

The fruit fly, Drosophila melanogaster, is widely used both in biological research and biology education. Handling adult flies is common but difficult in ...

An Introduction to Drosophila melanogaster

Drosophila melanogaster, also known as the fruit fly, is a powerful model organism widely used in biological research that has made significant contributions to the greater scientific community over the last century. First, this video introduces the fruit fly as an organism, including its physical characteristics, life cycle, environment, and diet. Next, the reasons why fruit flies make an excellent model organism are discussed. For example, fruit flies are inexpensive to maintain in the laboratory, have simplified genetics, and short generation times allow for quick experiments with high sample numbers. Then, key discoveries and important Drosophila researchers, such as Thomas Hunt Morgan are profiled. Finally, applications of Drosophila research, ranging from genetics to cardiac and neurological development and disease, are provided. This video serves as an overview of the highly-important and influential model organism that is Drosophila melanogaster.

Drosophila melanogaster Fruit Fly as a Model Organism

מבוא לדרוסופילה מלנוגאסטר

Drosophila melanogaster, also known as the fruit fly, is a powerful model organism widely used in biological research that has made significant ...

Education

JoVE Science Education

Basic Biology

Biology I: yeast, Drosophila and C. elegans

Drosophila Maintenance

Drosophila melanogaster, commonly known as fruit flies, are a frequently used model organism for life science research. Although starting a collection of these critters may seem as easy as leaving a banana on your kitchen counter for too long, a productive fly colony in the lab requires careful husbandry and maintenance.
This video demonstrates the necessary steps for maintaining a healthy fly stock. The overview begins with the preparation and storage of the yeast and sugar-containing media on which flies feed. Next, the vessels most commonly used for housing Drosophila are shown, as well as how and when to move flies between these containers. Finally, the presentation also includes examples of the ways in which housing and feeding conditions are manipulated for biological experiments.

Maintenance and Husbandry of Drosophila melanogaster

דרוסופילים אחזקה

Drosophila melanogaster, commonly known as fruit flies, are a frequently used model organism for life science research. Although starting a collection of ...

Drosophila Egg Collection and Dechorionation: A Method to Remove the Outermost Egg Layer

Source: Koyle, M. L., et al. <a href="https://www.jove.com/video/54219/" target="_blank">Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions</a>. J. Vis. Exp. (2016).
The Drosophila embryo is surrounded by protective outer membranes. To gain access to the embryo, the chorion&#8211;the outermost of the membranes&#8211;is often removed. This video describes a commonly used method of dechorionation using sodium hypochlorite. The example protocol demonstrates the procedure while employing sterile techniques necessary for axenic or gnotobiotic animal rearing.

דרוזופילה איסוף ביצים ודכוריוניציה: שיטה להסרת שכבת הביצה החיצונית ביותר

Source: Koyle, M. L., et al. Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions. J. Vis. Exp. (2016).
The Drosophila ...

גידול זבוב הפירות

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video