TGK riconosce la Scuola Internazionale di Dottorato in Scienza e Ingegneria (IGGSE) della Technische Universität München per il loro sostegno finanziario. HK riconosce il Centro per la Proteina Integrated Science Monaco di Baviera (CIPSM) per il loro sostegno.

Nota: Tutti i reagenti e solventi sono stati ottenuti da fornitori commerciali e sono stati utilizzati senza ulteriore purificazione. Attenzione: Si prega di consultare tutte le schede di sicurezza pertinenti (MSDS) prima dell&#39;uso. Utilizzare tutti i dispositivi di sicurezza appropriata quando si esegue sintesi chimiche (ad esempio, cappa aspirante, occhiali, guanti, camici, pantaloni full-length, e scarpe chiuse). 1. Sintesi dei precursori Guanidinylation <ol><li> specie alchilati <ol><li> specie denaturato <ol><li> Sciogliere 1,0 g di N, N &#39;-di-Boc-1H-pirazolo-1-carboxamidine (3,2 mmol, 1 eq.) E 1,0 g di trifenilfosfina (PPh 3, 3,8 mmoli, 1,2 eq.) In 10 mL di secca tetraidrofurano (THF) in 50 mL pallone a fondo tondo in atmosfera inerte con un setto di gomma a temperatura ambiente (RT). Aggiungere 194 ml di metanolo secco utilizzando una siringa (4,8 mmoli, 1,5 eq.) E let si mescolare a temperatura ambiente. </li><li> Separatamente, preparare una soluzione con 747 ml di diisopropil azodicarbossilato (DIAD, 3,8 mmoli, 1,2 eq.) In 2 mL di THF anidro in una piccola fiala di vetro. In agitazione, aggiungere la soluzione di DIAD in THF a gocce alla soluzione di N, N &#39;-di-Boc-1H-pirazolo-1-carboxamidine, PPh 3, e metanolo usando una siringa (oltre 15 min). Lasciate che la soluzione di agitazione per 2 ore a temperatura ambiente. </li><li> Rimuovere il solvente sotto pressione ridotta in evaporatore rotante e sciogliere il prodotto grezzo in 1 mL di diclorometano (DCM). Caricare un flash su colonna (2,5 cm x 20 cm) con 100 g di silice 10% acetato di etile (EtOAc) in una soluzione pentano. Caricare il prodotto grezzo disciolto nella colonna e aggiungere il solvente sotto pressione (1,5 bar). </li><li> Raccogliere le frazioni (sistema solvente: isocratico 10% EtOAc in pentano), identificare il punto composto desiderato cromatografia su strato sottile (TLC), e raccoglierlo (R f = 0,4, EtOAc / pentano 1: 9, UV). Unire il desideratofrazioni ed evaporare il solvente sotto pressione ridotta utilizzando un evaporatore rotante per ottenere 0,85 g del composto del titolo come un olio viscoso giallo (2,6 mmol, 81% di resa). Conservare il composto ceduto a temperatura ambiente per un ulteriore uso. </li></ol></li><li> Specie esilammina modificati <ol><li> Sciogliere 1,0 g di N, N &#39;-di-BOC-1H-pirazolo-1-carboxamidine (3,2 mmoli, 1,0 eq.), 0,9 g di Dde-6-aminohexanol (3,8 mmoli, 1,2 eq.), E 1,0 g di PPh 3 (3,8 mmoli, 1,2 eq.) in 10 mL di THF anidro in un pallone da 50 ml a fondo tondo in atmosfera inerte con un setto di gomma a RT. </li><li> Separatamente, preparare una soluzione con 747 ml di DIAD (3,8 mmoli, 1,2 eq.) In 2 mL di THF anidro in una piccola fiala di vetro. In agitazione, aggiungere la soluzione di DIAD in THF a gocce alla soluzione di N, N &#39;-di-Boc-1H-pirazolo-1-carboxamidine, PPh 3 e Dde-6-aminohexanol utilizzando una siringa (oltre 15 min) . Lasciate che la soluzione di agitazione per 2 ore a temperatura ambiente. </li><li>Rimuovere il solvente sotto pressione ridotta in evaporatore rotante e prendere il prodotto grezzo in 1 mL di DCM. Caricare un flash su colonna (2,5 cm x 20 cm) con 100 g di silice in una soluzione di pentano / EtOAc (2: 1). Applicare il prodotto grezzo disciolto in colonna ed aggiungere solvente a pressione (1,5 bar). </li><li> Raccogliere le frazioni (sistema solvente: isocratica 2: 1 pentano / EtOAc), identificare le frazioni desiderati con TLC, e raccoglierli (R f = 0,66, 2: 1 pentano / EtOAc, UV). Combinare le frazioni desiderate ed evaporare il solvente sotto pressione ridotta utilizzando un evaporatore rotante per ottenere 1,6 g del composto del titolo come un olio viscoso giallo (2,8 mmol, 88% di resa). Conservare il composto ceduto a temperatura ambiente per un ulteriore uso. </li></ol></li></ol></li><li> Specie acilati (2 fasi di reazione) <ol><li> Sciogliere 1.4 g di S -methylisothiuronium emisolfato (10 mmol, 1,0 eq.) E 2,2 g di di (terz-butil) dicarbonato (10 mmol, 1,0 eq.) In una vigorosamente agitareanello soluzione bifasica di DCM / sat. aq. NaHCO 3 e lasciare mescolare per 24 ore a temperatura ambiente. </li><li> Separare gli strati in un imbuto separatore ed estrarre la fase acquosa tre volte con DCM. Combinare le fasi organiche, asciugarle con Na 2 SO 4, e rimuovere il solvente sotto pressione ridotta utilizzando un evaporatore rotante. Prendere il prodotto grezzo in 1 ml di esano. </li><li> Caricare un flash su colonna (2,5 cm x 20 cm) con 100 g di silice in una soluzione di 4: 1 esano / EtOAc. Caricare il prodotto grezzo disciolto nella colonna. Aggiungere solvente a pressione. Identificare le frazioni desiderate con TLC (sistema solvente: 4: 1 esano isocratica / EtOAc (rilevamento UV: 254 nm), e alla loro raccolta (R f = 0,30). </li><li> Combinare le frazioni desiderate ed evaporare il solvente sotto pressione ridotta utilizzando un evaporatore rotante per ottenere 1,1 g del composto del titolo come un olio viscoso giallo (5,8 mmol, 58% di resa). Conservare il reagente, N - (terz -butoxycarbonyl) - S -methylisothiourea, a TA per ulteriore uso. </li><li> Sciogliere 250 mg di N - (terz -butoxycarbonyl) - S -methylisothiourea (1,3 mmoli, 1,0 eq.) In 10 mL di secca N, N-dimetilformammide (DMF) in un pallone a fondo tondo da 50 ml in atmosfera inerte a RT. Aggiungere 440 ml di N, N-diisopropiletilammina (DIPEA) (2,6 mmol, 2 eq.) Utilizzando una siringa. Mentre mescolando, aggiungere 245 ml di Ac 2 O (5,2 mmol, 4,0 eq.) Goccia a goccia con una siringa e lasciare mescolare per 1 ora a temperatura ambiente. </li><li> Aggiungere un eccesso di metanolo (2 mL) alla miscela con una siringa e lasciare mescolare per 15 minuti a temperatura ambiente. Rimuovere il solvente sotto pressione ridotta utilizzando un evaporatore rotante. Prendere il prodotto grezzo in 1 ml di DCM. </li><li> Caricare un flash su colonna (2,5 cm x 20 cm) con 60 g di silice in una soluzione di 3: 1 esano / EtOAc 3: 1. Applicare il prodotto grezzo disciolto alla colonna. Aggiungere solvente (3: 1 esano / EtOAc) e pressione (1,5 bar). Identificare le frazioni desiderate con TLC (3: 1 esano / EtOAc, UV 220 nm), e colli (R f = 0,62) Lect. </li><li> Combinare le frazioni desiderate ed evaporare il solvente sotto pressione ridotta utilizzando un evaporatore rotante per ottenere 210 mg del composto del titolo come un solido bianco (0,9 mmol, 70% di resa). Conservare il composto a temperatura ambiente per un ulteriore uso. </li></ol></li></ol> 2. Sintesi del peptide ciclico Precursori <ol><li> Carico e tappatura resina TCP <ol><li> Aggiungere 1,00 g di resina 2-chlortriyl cloruro (CTC) (0,9 mmol / g) e 320 mg di Fmoc-Gly-OH (1,2 eq.) In una plastica siringa da 20 mL con una fritta. Preparare una soluzione di 313 ml di DIPEA (2 eq.) In 5 mL di DCM secca e aggiungerlo alla siringa. Lasciandolo ruotare per 1 h a temperatura ambiente usando un corpo rotante. </li><li> Nel frattempo, preparare una soluzione di 2-mL di 5: 1 metanolo / DIPEA (v / v; soluzione capping). Aggiungere la soluzione di tappatura alla siringa e lasciar ruotare per altri 15 min. Lavare la resina con DCM (5x) e DMF (3x). </li></ol></li><li> On-resina Fmoc deprotezione<ol><li> Trattare la resina Fmoc-bound-Gly con 20% piperidina in DMF per 10 minuti e poi per 5 min. Lavare la resina con DMF (3x). </li></ol></li><li> On-resina accoppiamento di Fmoc-Orn (Dde) -OH <ol><li> Aggiungere 934 mg di Fmoc-L-Orn (Dde) -OH (2 eq.), 684 mg di 1- [bis (dimetilammino) metilen] -1H -1,2,3-triazolo [4,5-b] piridinio 3-ossido esafluorofosfato (HATU) (2 eq.), e 245 mg di 1-idrossi-7-azabenzotriazolo (HOAt) (2 eq.) ad una piccola fiala di vetro e sciogliere in 5 ml di DMF. Aggiungere 814 ml di DIPEA. </li><li> Aggiungere questa soluzione alla Fmoc-deprotetto, lavato, e resina legata Gly e lasciandolo ruotare per 1 h. Lavare la resina con DMF (3x). </li></ol></li><li> On-resina Fmoc deprotezione <ol><li> Trattare la resina Fmoc-bound-Orn (Dde) -Gly con 20% piperidina in DMF per 10 minuti e poi per 5 min. Lavare la resina con DMF (3x). </li></ol></li><li> Accoppiamento in resina Fmoc-Val-OH <ol><li> Aggiungere 610 mg di Fmoc-Val-OH (2 eq.), 684 mg di HATU (2 eq.), E 245 mg di HOAt (2 eq.) Di una piccola fiala di vetro e sciogliere in 5 ml di DMF. Aggiungere 814 ml di DIPEA. </li><li> Aggiungere questa soluzione alla Fmoc-deprotetto, lavato, e resina-bound Orn (Dde) -Gly e farlo ruotare per 1 h. </li></ol></li><li> On-resina Fmoc deprotezione <ol><li> Trattare la resina Fmoc-bound-Val-Orn (Dde) -Gly con 20% piperidina in DMF per 10 minuti e poi per 5 min. Lavare la resina con DMF (3x). </li></ol></li><li> On-resina N- metilazione <ol><li> Lavare la resina con DCM (3x). Sciogliere 887 mg di 2-nitrobenzenesulfonylchloride (o NBS-Cl, 4 eq.) In DCM e aggiungere 1,2 ml di 2,4,6-collidina (10 eq.). </li><li> Aggiungere la soluzione al resinopeptide-bound e lasciarlo incubare per 20 minuti a temperatura ambiente. </li><li> Lavare la resina con CH 2 Cl 2 (3x) e THF (5x). Preparare una soluzione con 1,18 g di PPh 3 (5 eq.) E 365 ml di metanolo in THF. Aggiungere questa soluzione allasiringa. </li><li> Preparare una soluzione con 883 ml di DIAD in 2 ml di THF e aggiungerlo alla siringa. Lasciate incubare per 15 min. Lavare la resina con THF (5x) e DMF (5x). </li></ol></li><li> o -Ns deprotezione <ol><li> Preparare una soluzione con 570 ml di mercaptoetanolo (10,0 eq.) E 672 ml di diazabicycloundecen (DBU) in 2 mL di DMF. Aggiungere questa soluzione alla siringa e lasciarlo incubare per 5 min. </li><li> Ripetere la fase di deprotezione e quindi lavare la resina con DMF (5x). </li></ol></li><li> Accoppiamento in resina Fmoc- d-Phe-OH <ol><li> Aggiungere 697 mg di Fmoc-D-Phe-OH (2 eq.), 684 mg di HATU (2 eq.), E 245 mg di HOAt (2 eq.) Di una piccola fiala di vetro e sciogliere in 5 mL di DMF . Aggiungere 814 ml di DIPEA. </li><li> Aggiungere questa soluzione al peptide Fmoc-deprotetto, lavato, e resina-bound e lasciandolo ruotare per 1 h. </li></ol></li><li> On-resina Fmoc deprotezione <ol><li> Trattare la resina-bound peptide con 20% piperidina in DMF per 10 minuti e poi per 5 min. Lavare la resina con DMF (3x). </li></ol></li><li> Accoppiamento in resina Fmoc-Asp (Ot Bu) -OH <ol><li> Aggiungere 741 mg di Fmoc- Asp (Ot Bu) -OH (2 eq.), 684 mg di HATU (2 eq.), E 245 mg di HOAt (2 eq.) Di una piccola fiala di vetro e sciogliere in 5 ml di DMF. Aggiungere 814 ml di DIPEA. </li><li> Aggiungere questa soluzione al peptide Fmoc-deprotetto, lavato, e resina-bound e lasciandolo ruotare per 1 h. </li></ol></li><li> Clivaggio del peptide lineare dalla resina <ol><li> Lavare la resina con DCM (3x) e successivamente preparare 10 mL di una soluzione di esafluoroisopropanolo (HFIP) in DCM (1: 4; v / v). </li><li> Aggiungere la soluzione alla resina e lasciar ruotare per 15 min. Raccogliere la soluzione in un pallone a fondo tondo. Ripetere la fenditura e si evapora il solvente usando un evaporatore rotante. </li></ol></li><li> Ciclizzazione del peptide lineare <ol><li> dissolve 384 mg di NaHCO 3 (5.0 eq.) e 582 ml di difenilfosforil azide (DPPA) (3,0 eq.) in 50 mL di DMF e aggiungere al prodotto grezzo. Lasciarlo agitazione per una notte o fino a quando non peptide lineare è osservata con ESI-MS (10 h) 17. </li><li> Sotto pressione ridotta, ridurre il solvente a piccolo volume usando un evaporatore rotante. Preparare una soluzione acquosa satura di NaCl (salamoia). Usando una pipetta Pasteur, aggiungere goccia a goccia peptide ciclizzato a 40 mL di soluzione acquosa satura di NaCl in un tubo da centrifuga. </li><li> Centrifugare la sospensione (5.000 xg, 5 min) e lavare il precipitato con acqua grado HPLC (2x). Liofilizzato il prodotto. </li></ol></li></ol> 3. Guanidinylation e deprotezione in Solution <ol><li> Guanidinylation con i precursori su misura <ol><li> Sciogliere una piccola quantità (ad esempio, 25 mg) del peptide ciclico ortogonalmente deprotetto in un piccolo volume di DMF (ad esempio, 2 mL). Aggiungere 2 eq. del precursore guanidinylation e 2 eq. di DIPEA alla soluzione e lasciare mescolare per 2 ore a RT. </li><li> Monitorare l&#39;andamento della reazione con HPLC-MS. Dopo che la reazione è completa, rimuovere il solvente, ri-sciogliere il peptide ciclico guanidinylated in acetonitrile, ed eseguire la purificazione HPLC semipreparativa 16. </li></ol></li><li> Rimozione dei gruppi acido catena laterale labile proteggere <ol><li> Preparare 2 mL di una soluzione contenente acido trifluoroacetico (TFA), acqua, e triisopropilsilano (TIPS) (95 / 2,5 / 2,5; v / v / v). Aggiungere questa soluzione al prodotto purificato in una piccola fiala di vetro e lasciate agitare a temperatura ambiente per almeno 1 ora. Osservare la deprotezione completa di ESI-MS 17. </li><li> Evaporare il solvente sotto pressione ridotta a piccolo volume. Preparare etere ghiacciata e aggiungere 10 ml in una provetta da centrifuga da 50 mL. Precipitare il peptide deprotetto in etere ghiacciata con una pipetta Pasteur aggiungendologoccia a goccia. Centrifugare la sospensione (5.000 xg, 5 min) per ottenere un pellet. </li><li> Lavare il precipitato con etere ghiacciata e centrifugare esso (5.000 xg, 5 min, 2x). Sciogliere il prodotto in 2 ml di acqua per HPLC e purificarlo con HPLC semipreparativa 16. </li></ol></li></ol> 4. Dati analitici e parametri per la purificazione <ol><li> Analytical HPLC-ESI-MS <ol><li> Eseguire analisi HPLC-ESI-MS con uno spettrometro di massa LCQ usando una colonna C18 (dimensione 12-nm pori, dimensione delle particelle di 3 micron 125 mm x 2,1 millimetri) o una colonna C8 (20-nm dimensione dei pori, 5 micron particelle dimensioni, 250 mm × 2,1 millimetri), con H 2 O (0,1% v / v di acido formico) / acetonitrile (0,1% v / v di acido formico) come eluenti. </li></ol></li><li> HPLC semi-preparativa <ol><li> Eseguire HPLC semi-preparativa utilizzando uno strumento HPLC preparativa con un ODS-A colonna (20 x 250 mm, 5 um), una velocità di flusso di 8 ml / min, e gradienti linearidi H 2 O (0,1% v / v TFA) e acetonitrile (0,1% v / v TFA). </li></ol></li></ol>

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Gli autori non hanno nulla da rivelare.

Il precursore per guanidinylation è un ortogonalmente deprotetto derivato peptide ciclico, (c (OrnD (Ot Bu) Gf (N Me) V)), che è sintetizzato da un protocollo Fmoc standard sintesi peptidica in fase solida (SPSS). Ornitina è stato utilizzato come derivato ortogonalmente protetto, (Fmoc-Orn (Dde) -OH), che può essere deprotetto con idrazina in DMF dopo la ciclizzazione del peptide ponteggio. Il precursore peptide viene purificato mediante precipitazione del composto e dalla successiva liofi...

Tra i più abbondanti gruppi farmacoforici a ligandi naturali è il gruppo guanidinico, che è coinvolto in molteplici interazioni 1, 2. Ad esempio, serve come un potenziale quadruplice donatore di idrogeno nelle interazioni legami idrogeno e si occupa di interazioni elettrostatiche, come ponti salini o interazioni catione-π. In chimica farmaceutica, questo gruppo si trova spesso in droghe e farmaci candidati 4, anche se molto spesso mimetici guanidina 5, 6. La ragione per lo sviluppo di mimetici guanidina è la rimozione del gruppo guanidinico caricato positivamente onnipresente, nonché la regolazione della lipofilia del ligando. In ligandi peptidici, l&#39;unico aminoacido contenente gruppi guanidina è arginina, che è quindi spesso trovato nella regione bioattiva di ligandi peptidici. Un prEsempio ominent per una famiglia ligando arginina contenente la sottofamiglia delle integrine RGD vincolanti. In generale, le integrine sono una classe di recettori di adesione cellulare che riprendono funzioni importanti in tutti gli organismi superiori. Alcune di queste funzioni implicano l&#39;adesione cellulare, la migrazione e la sopravvivenza cellulare. Pertanto, esse sono anche coinvolti in indicazioni patologiche, come il cancro e la fibrosi. Le integrine sono proteine ​​transmembrana eterodimeriche costituiti da un α- e β-subunità che formano 24 attualmente noti sottotipi integrine; 8 di loro riconoscono la sequenza tripeptide Arg-Gly-Asp (RGD =) nei loro ligandi 7. La regione di legame è situato in corrispondenza dell&#39;interfaccia tra questi due sottotipi nella parte extracellulare, il cosiddetto gruppo testa integrina 8. RGD è riconosciuto da due interazioni comuni: regione sito adesione metallo-ione-dipendente (MIDAS), che si trova nella subunità beta e che lega l&#39;acido carbossilico nei leganti (cha lateraliin di Asp); ed il gruppo guanidinico nei ligandi, che si trova nella subunità alfa. La maggior parte dei sottotipi integrine sono promiscui e condividere almeno una parte del loro naturale matrice extracellulare (ECM) ligandi 9. Così, per lo sviluppo di ligandi delle integrine artificiali, l&#39;obiettivo principale è, oltre ad una elevata affinità di legame, la selettività sottotipo. Recentemente, siamo stati in grado di svelare un elemento chiave per la generazione di ligandi selettivi del sottotipo: il gruppo guanidinico. Attraverso modifiche distinte, ligandi biselective per la αv- e α5 contenenti i sottotipi di integrina possono essere trasformati in composti selettivi per semplici modifiche sul gruppo guanidinico, che può discriminare la diversa α-subunità 10. Nella tasca del αv, il gruppo guanidinico interagisce side-on tramite un ponte salino bidentato con Asp218 11, 12. Questa interazione cun anche essere osservata in α5β1 (qui, con Asp227 in α5), ma in aggiunta, un fine-on interazione del gruppo guanidinico con un residuo Gln (Gln221) si osserva lì 13. Così, abbiamo modificato il gruppo guanidinico in due modi opposti: in un caso, bloccando il lato-sull&#39;interazione con la metilazione del δ N del gruppo guanidinico, e nell&#39;altro caso, con la metilazione del ω guanidina N, bloccando l&#39;interazione dall&#39;estremità. Sorprendentemente, questa piccola modifica ha portato ad uno spostamento completo selettività nei ligandi. Oltre alla alchilazione, un nuovo metodo di funzionalizzazione è stato introdotto in questa pubblicazione. Il metodo classico funzionalizzazione per questo tipo di legante pentapeptidic è attraverso la coniugazione catena laterale di un amminoacido non coinvolti nel legame (ad esempio, K c (RGDfK)) 14, 15. Qui,mostriamo che funzionalizzazione è possibile modificando la guanidina - che è cruciale per il legame - con un acile o linker alchilati. La carica positiva che è essenziale per il legame viene mantenuto e modelli suggeriscono che i punti catena lunga fuori della tasca di legame, fornendo così una possibilità ideale per il fissaggio di ulteriori linker e unità etichettatura (ad esempio, un marcatore fluorescente o un chelante per molecolare di imaging). In questo lavoro, ci concentriamo sui gradini di preparazione per la modifica del gruppo guanidinico in ligandi arginina contenenti. Ciò comporta la sintesi di specie -methylated N ω, nonché guanidine con unità linker più lunghi. Le varie modifiche comprendono acile e gruppi alchilici.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="758">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">N,N&#8242;-Di-Boc-1H-pyrazole-1-carboxamidine, 98%&#160;</td>
			<td style="width:151px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:176px;">434167&#160;ALDRICH</td>
			<td style="width:111px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:323px;">Triphenylphosphine, 99%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T84409&#160;SIGMA-ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tetrahydrofuran, &#62;99.5%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>4745</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tetrahydrofuran anhydrous, 99.8%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>5182</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Methanol anhydrous, 99.8%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>322415&#160;SIGMA-ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diisopropyl azodicarboxylate, 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>225541&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Dichlormethan, for synthesis, 99.5%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>8424</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Silica gel for flash chromtaography</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>60738&#160;SIGMA-ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">n-Pentane, 99%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>8720</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">n-Hexane, 99%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>CP47</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ethylacetate, 99.5%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>7338</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Aminohexanol, 95%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A56353&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">S-Methylisothiourea hemisulfate, 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M84445 ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Di-tert-butyl dicarbonate, 99%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>205249&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">N,N-Dimethylformamid, 99.8%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>A529</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">N,N-Diisopropylethylamin, 99.5%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>2474</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Acetic anhydrid, 99%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>4483</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chlortrityl resin</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC11006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fmoc-Gly-OH, 98%</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC05014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Piperidin, 99%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>104094&#160;SIGMA-ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fmoc-Orn(Dde)-OH</td>
			<td>Iris-Biotech</td>
			<td>FAA1502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HATU, 99%</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC01011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HOAt, 99%</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC01004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fmoc-Val-OH</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC05028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2-Nitrobenzenesulfonyl chloride, 97%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>N11507&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">2,4,6-Collidine, 99%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>27690&#160;SIGMA-ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mercaptoethanol, 99%&#160;</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M6250&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diazabicycloundecen, 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>139009&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fmoc-D-Phe-OH, 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>47378&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fmoc-Asp(OtBu)-OH, 98%</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC05008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hexafluoroisopropanol</td>
			<td>Carbolution</td>
			<td>CC03056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Diphenylphosphoryl azide, 97%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>178756&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TFA, 99.9%</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>P088</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Triisopropylsilan, 98%</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>233781&#160;ALDRICH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Acetonitrile, HPLC grade</td>
			<td>Carl Roth</td>
			<td>HN44</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

modification and functionalization of the guanidine group by tailor-made precursors

Il gruppo guanidina è uno dei più importanti gruppi farmacoforici in chimica farmaceutica. L&#39;unico aminoacido che trasporta un gruppo di guanidina è arginina. In questo articolo, un metodo semplice per la modifica del gruppo guanidinico di ligandi peptidici è fornita, con un esempio di ligandi delle integrine RGD vincolante. È stato recentemente dimostrato che la modifica distinta del gruppo guanidinico in questi ligandi consente la modulazione selettiva del sottotipo (ad esempio, tra i sottotipi αv e α5). Inoltre, è stata dimostrata una strategia precedentemente sconosciuta per la funzionalizzazione attraverso il gruppo guanidinico, e l&#39;approccio sintetico è rivisto in questo documento. Le modifiche qui descritti comportano terminale (N ω) gruppi guanidina alchilati e acetilati. Per la sintesi, molecole precursori misura sono sintetizzati, che vengono quindi sottoposto ad una reazione con un&#39;ammina ortogonalmente deprotetto per trasferire il pregruppo guanidina -Modified. Per la sintesi di guanidine alchilati, precursori basati su N, N &#39;-di-Boc-1H-pirazolo-1-carboxamidine vengono utilizzati per sintetizzare composti acilati, il precursore di scelta essendo un derivato acilato di corrispondentemente N -Boc- S - metilisotiourea, che può essere ottenuto in reazioni di una o due fasi.

Il peptide precursore ciclico è stato sintetizzato come peptide lineare, ciclizzato e ortogonalmente Dde-deprotetto. Dopo la precipitazione, la purezza del composto è stato analizzato con HPLC-MS (Figura 1). Per monitorare l&#39;avanzamento della reazione, l&#39;analisi HPLC è stata eseguita dopo il tempo di reazione di 2 ore (Figura 2). Per i residui più grandi sul gruppo guanidinico, il ...

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Modification and Functionalization of the Guanidine Group by Tailor-made Precursors

Un protocollo per la sintesi di guanidine alchil-modificato basate sull&#39;uso dei precursori corrispondenti è presentato.

La modifica e funzionalizzazione del gruppo Guanidine da precursori su misura

The guanidine group is one of the most important pharmacophoric groups in medicinal chemistry. The only amino acid carrying a guanidine group is arginine. ...

modification-functionalization-guanidine-group-tailor-made

Research

JoVE Journal

Biochemistry

10.5K Views.  Technische Universität München.  Un protocollo per la sintesi di guanidine alchil-modificato basate sull'uso dei precursori corrispondenti è presentato. 

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Thermostabilization, Expression, Purification, and Crystallization of the Human Serotonin Transporter Bound to S-citalopram

The serotonin transporter is a sodium and chloride-coupled transporter that &#34;pumps&#34; extracellular serotonin into cells. S-citalopram is a drug used to treat depression and anxiety by binding to the serotonin transporter with high-affinity, blocking serotonin reuptake. Here we report an efficient procedure and a set of tools to stabilize, express, purify, and crystallize serotonin transporter-antibody complexes bound to S-citalopram and other antidepressants. Mutations which stabilize the serotonin transporter were identified using an S-citalopram binding assay. Serotonin transporter expressed in baculovirus-transduced HEK293S GnTI- cells, was reconstituted into proteoliposomes and used to raise high-affinity antibodies. We have developed a strategy to discover antibodies that are useful for structural studies. A straightforward approach for the expression of antibody fragments in Sf9 cells has also been established. Transporter-antibody complexes purified using this procedure are well-behaved and readily crystallize, producing complexes with S-citalopram that diffract X-rays to 3-4 &#197; resolution. The strategies developed here can be utilized to determine the structure of other challenging membrane proteins.

Thermostabilization, Expression, Purification, and Crystallization of the Human Serotonin Transporter Bound to S-citalopram

This manuscript describes how to screen for thermostabilizing mutations, purify the human serotonin transporter, generate high affinity antibodies, and crystallize the serotonin transporter-antibody complex bound to the antidepressant drug S-citalopram. This protocol can be adapted to the study of other challenging membrane transporters, receptors, and channels.

Thermostabilization, Espressione, purificazione e cristallizzazione della umana trasportatore della serotonina associato a<em&gt; S</em&gt; -citalopram

The serotonin transporter is a sodium and chloride-coupled transporter that &#34;pumps&#34; extracellular serotonin into cells. S-citalopram is a drug ...

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Biochimica

Rab10 Phosphorylation Detection by LRRK2 Activity Using SDS-PAGE with a Phosphate-binding Tag

Mutations in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) have been shown to be linked with familial Parkinson&#39;s disease (FPD). Since abnormal activation of the kinase activity of LRRK2 has been implicated in the pathogenesis of PD, it is essential to establish a method to evaluate the physiological levels of the kinase activity of LRRK2. Recent studies revealed that LRRK2 phosphorylates members of the Rab GTPase family, including Rab10, under physiological conditions. Although the phosphorylation of endogenous Rab10 by LRRK2 in cultured cells could be detected by mass spectrometry, it has been difficult to detect it by immunoblotting due to the poor sensitivity of currently available phosphorylation-specific antibodies for Rab10. Here, we describe a simple method of detecting the endogenous levels of Rab10 phosphorylation by LRRK2 based on immunoblotting utilizing sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) combined with a phosphate-binding tag (P-tag), which is N-(5-(2-aminoethylcarbamoyl)pyridin-2-ylmetyl)-N,N&#39;,N&#39;-tris(pyridin-2-yl-methyl)-1,3-diaminopropan-2-ol. The present protocol not only provides an example of the methodology utilizing the P-tag but also enables the assessment of how mutations as well as inhibitor treatment/administration or any other factors alter the downstream signaling of LRRK2 in cells and tissues.

The present study describes a simple method of detecting endogenous levels of Rab10 phosphorylation by leucine-rich repeat kinase 2.

Rilevamento di fosforilazione di Rab10 di LRRK2 attività mediante SDS-PAGE con un Tag di fosfato-binding

Mutations in leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) have been shown to be linked with familial Parkinson&#39;s disease (FPD). Since abnormal activation of ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of these glycoproteins possess immunoglobulin (Ig) folds and are central to immune recognition and regulation. Here, we present a platform for the design, expression and biophysical characterization of the extracellular domain of human B cell receptor CD22. We propose that these approaches are broadly applicable to the characterization of mammalian glycoprotein ectodomains containing Ig domains. Two suspension human embryonic kidney (HEK) cell lines, HEK293F and HEK293S, are used to express glycoproteins harbouring complex and high-mannose glycans, respectively. These recombinant glycoproteins with different glycoforms allow investigating the effect of glycan size and composition on ligand binding. We discuss protocols for studying the kinetics and thermodynamics of glycoprotein binding to biologically relevant ligands and therapeutic antibody candidates. Recombinant glycoproteins produced in HEK293S cells are amenable to crystallization due to glycan homogeneity, reduced flexibility and susceptibility to endoglycosidase H treatment. We present methods for soaking glycoprotein crystals with heavy atoms and small molecules for phase determination and analysis of ligand binding, respectively. The experimental protocols discussed here hold promise for the characterization of mammalian glycoproteins to give insight into their function and investigate the mechanism of action of therapeutics.

We present approaches for the biophysical and structural characterization of glycoproteins with the immunoglobulin fold by biolayer interferometry, isothermal titration calorimetry, and X-ray crystallography.

Caratterizzazione delle glicoproteine con la piega di immunoglobulina mediante cristallografia a raggi x e tecniche biofisiche

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Imaging of Extracellular Vesicles by Atomic Force Microscopy

Exosomes and other extracellular vesicles (EVs) are molecular complexes consisting of a lipid membrane vesicle, its surface decoration by membrane proteins and other molecules, and diverse luminal content inherited from a parent cell, which includes RNAs, proteins, and DNAs. The characterization of the hydrodynamic sizes of EVs, which depends on the size of the vesicle and its coronal layer formed by surface decorations, has become routine. For exosomes, the smallest of EVs, the relative difference between the hydrodynamic and vesicles sizes is significant. The characterization of vesicles sizes by the cryogenic transmission electron microscopy (cryo-TEM) imaging, a gold standard technique, remains a challenge due to the cost of the instrument, the expertise required to perform the sample preparation, imaging and data analysis, and a small number of particles often observed in images. A widely available and accessible alternative is the atomic force microscopy (AFM), which can produce versatile data on three-dimensional geometry, size, and other biophysical properties of extracellular vesicles. The developed protocol guides the users in utilizing this analytical tool and outlines the workflow for the analysis of EVs by the AFM, which includes the sample preparation for imaging EVs in hydrated or desiccated form, the electrostatic immobilization of vesicles on a substrate, data acquisition, its analysis, and interpretation. The representative results demonstrate that the fixation of EVs on the modified mica surface is predictable, customizable, and allows the user to obtain sizing results for a large number of vesicles. The vesicle sizing based on the AFM data was found to be consistent with the cryo-TEM imaging.&#160;

A step-by-step procedure is described for label-free immobilization of exosomes and extracellular vesicles from liquid samples and their imaging by atomic force microscopy (AFM). The AFM images are used to estimate the size of the vesicles in the solution and characterize other biophysical properties.&#160;

Imaging delle vescibole extracellulari mediante microscopia a forza atomica

Exosomes and other extracellular vesicles (EVs) are molecular complexes consisting of a lipid membrane vesicle, its surface decoration by membrane ...

Mitochondria and Endoplasmic Reticulum Imaging by Correlative Light and Volume Electron Microscopy

Cellular organelles, such as mitochondria and endoplasmic reticulum (ER), create a network to perform a variety of functions. These highly curved structures are folded into various shapes to form a dynamic network depending on the cellular conditions. Visualization of this network between mitochondria and ER has been attempted using super-resolution fluorescence imaging and light microscopy; however, the limited resolution is insufficient to observe the membranes between the mitochondria and ER in detail. Transmission electron microscopy provides good membrane contrast and nanometer-scale resolution for the observation of cellular organelles; however, it is exceptionally time-consuming when assessing the three-dimensional (3D) structure of highly curved organelles. Therefore, we observed the morphology of mitochondria and ER via correlative light-electron microscopy (CLEM) and volume electron microscopy techniques using enhanced ascorbate peroxidase 2 and horseradish peroxidase staining. An en bloc staining method, ultrathin serial sectioning (array tomography), and volume electron microscopy were applied to observe the 3D structure. In this protocol, we suggest a combination of CLEM and 3D electron microscopy to perform detailed structural studies of mitochondria and ER.

We present a protocol to study the distribution of mitochondria and endoplasmic reticulum in whole cells after genetic modification using correlative light and volume electron microscopy including ascorbate peroxidase 2 and horseradish peroxidase staining, serial sectioning of cells with and without the target gene in the same section, and serial imaging via electron microscopy.

Mitocondri e reticulum imaging endoplasmico di microscopia elettronica di luce correlata e volume

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Real-Time, Semi-Automated Fluorescent Measurement of the Airway Surface Liquid pH of Primary Human Airway Epithelial Cells

In recent years, the importance of mucosal surface pH in the airways has been highlighted by its ability to regulate airway surface liquid (ASL) hydration, mucus viscosity and activity of antimicrobial peptides, key parameters involved in innate defense of the lungs. This is of primary relevance in the field of chronic respiratory diseases such as cystic fibrosis (CF) where these parameters are dysregulated. While different groups have studied ASL pH both in vivo and in vitro, their methods report a relatively wide range of ASL pH values and even contradictory findings regarding any pH differences between non-CF and CF cells. Furthermore, their protocols do not always provide enough details in order to ensure reproducibility, most are low throughput and require expensive equipment or specialized knowledge to implement, making them difficult to establish in most labs. Here we describe a semi-automated fluorescent plate reader assay that enables the real-time measurement of ASL pH under thin film conditions that more closely resemble the in vivo situation. This technique allows for stable measurements for many hours from multiple airway cultures simultaneously and, importantly, dynamic changes in ASL pH in response to agonists and inhibitors can be monitored. To achieve this, the ASL of fully differentiated primary human airway epithelial cells (hAECs) are stained overnight with a pH-sensitive dye in order to allow for the reabsorption of the excess fluid to ensure thin film conditions. After fluorescence is monitored in the presence or absence of agonists, pH calibration is performed in situ to correct for volume and dye concentration. The method described provides the required controls to make stable and reproducible ASL pH measurements, which ultimately could be used as a drug discovery platform for personalized medicine, as well as adapted to other epithelial tissues and experimental conditions, such as inflammatory and/or host-pathogen models.

We present a protocol to make dynamic measurements of the airway surface liquid pH under thin film conditions using a plate-reader.

Misurazione fluorescente semi-automatizzata in tempo reale del pH liquido superficiale delle vie respiratorie delle cellule epiteliali delle vie respiratorie umane primarie

In recent years, the importance of mucosal surface pH in the airways has been highlighted by its ability to regulate airway surface liquid (ASL) ...

High-Throughput Total Internal Reflection Fluorescence and Direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy Using a Photonic Chip

Total internal reflection fluorescence (TIRF) is commonly used in single molecule localization based super-resolution microscopy as it gives enhanced contrast due to optical sectioning. The conventional approach is to use high numerical aperture microscope TIRF objectives for both excitation and collection, severely limiting the field of view and throughput. We present a novel approach to generating TIRF excitation for imaging with optical waveguides, called chip-based nanoscopy. The aim of this protocol is to demonstrate how chip-based imaging is performed in an already built setup. The main advantage of chip-based nanoscopy is that the excitation and collection pathways are decoupled. Imaging can then be done with a low magnification lens, resulting in large field of view TIRF images, at the price of a small reduction in resolution. Liver sinusoidal endothelial cells (LSECs) were imaged using direct stochastic optical reconstruction microscopy (dSTORM), showing a resolution comparable to traditional super-resolution microscopes. In addition, we demonstrate the high-throughput capabilities by imaging a 500 &#181;m x 500 &#181;m region with a low magnification lens, providing a resolution of 76 nm. Through its compact character, chip-based imaging can be retrofitted into most common microscopes and can be combined with other on-chip optical techniques, such as on-chip sensing, spectroscopy, optical trapping, etc. The technique is thus ideally suited for high throughput 2D super-resolution imaging, but also offers great opportunities for multi-modal analysis.

Chip-based super-resolution optical microscopy is a novel approach to fluorescence microscopy and offers advantages in cost effectiveness and throughput. Here, the protocols for chip preparation and imaging are shown for TIRF microscopy and localization-based super-resolution microscopy.

Fluorescenza della riflessione interna totale ad alto consumo e microscopia della ricostruzione ottica stocastica diretta utilizzando un chip fotonico

Total internal reflection fluorescence (TIRF) is commonly used in single molecule localization based super-resolution microscopy as it gives enhanced ...

Obtaining High-Quality Transcriptome Data from Cereal Seeds by a Modified Method for Gene Expression Profiling

The characterization of gene expression is dependent on RNA quality. In germinating, developing and mature cereal seeds, the extraction of high-quality RNA is often hindered by high starch and sugar content. These compounds can reduce both the yield and the quality of the extracted total RNA. The deterioration in quantity and quality of total RNA can subsequently have a significant impact on the downstream transcriptomic analyses, which may not accurately reflect the spatial and/or temporal variation in the gene expression profile of the samples being tested. In this protocol, we describe an optimized method for extraction of total RNA with sufficient quantity and quality to be used for whole transcriptome analysis of cereal grains. The described method is suitable for several downstream applications used for transcriptomic profiling of developing, germinating, and mature cereal seeds. The method of transcriptome profiling using a microarray platform is shown. This method is specifically designed for gene expression profiling of cereals with described genome sequences. The detailed procedure from microarray handling to final quality control is described. This includes cDNA synthesis, cRNA labelling, microarray hybridization, slide scanning, feature extraction, and data quality validation. The data generated by this method can be used to characterize the transcriptome of cereals during germination, in various stages of grain development, or at different biotic or abiotic stress conditions. The results presented here exemplify high-quality transcriptome data amenable for downstream bioinformatics analyses, such as the determination of differentially expressed genes (DEGs), characterisation of gene regulatory networks, and conducting transcriptome-wide association study (TWAS).

A method for transcriptome profiling of cereals is presented. The microarray-based gene expression profiling starts with the isolation of high-quality total RNA from cereal grains and continues with the generation of cDNA. After cRNA labelling and microarray hybridization, recommendations are given for signal detection and quality control.

Ottenere dati trascrittomi di alta qualità dai semi di cereali con un metodo modificato per la profilazione dell'espressione genica

The characterization of gene expression is dependent on RNA quality. In germinating, developing and mature cereal seeds, the extraction of high-quality ...

Analysis of SEC-SAXS data via EFA deconvolution and Scatter

BioSAXS is a popular technique used in molecular and structural biology to determine the solution structure, particle size and shape, surface-to-volume ratio and conformational changes of macromolecules and macromolecular complexes. A high quality SAXS dataset for structural modeling must be from monodisperse, homogeneous samples and this is often only reached by a combination of inline chromatography and immediate SAXS measurement. Most commonly, size-exclusion chromatography is used to separate samples and exclude contaminants and aggregations from the particle of interest allowing SAXS measurements to be made from a well-resolved chromatographic peak of a single protein species. Still, in some cases, even inline purification is not a guarantee of monodisperse samples, either because multiple components are too close to each other in size or changes in shape induced through binding alter perceived elution time. In these cases, it may be possible to deconvolute the SAXS data of a mixture to obtain the idealized SAXS curves of individual components. Here, we show how this is achieved and the practical analysis of SEC-SAXS data is performed on ideal and difficult samples. Specifically, we show the SEC-SAXS analysis of the vaccinia E9 DNA polymerase exonuclease minus mutant.

SEC-BioSAXS measurements of biological macromolecules are a standard approach for determining solution structure of macromolecules and their complexes. Here, we analyze SEC-BioSAXS data from two types of commonly encountered SEC traces&#8212;chromatograms with fully resolved and partially resolved peaks. We demonstrate the analysis and deconvolution using scatter and BioXTAS RAW.

Analisi dei dati SEC-SAXS tramite deconvoluzione EFA e Scatter

BioSAXS is a popular technique used in molecular and structural biology to determine the solution structure, particle size and shape, surface-to-volume ...

Removal and Replacement of Endogenous Ligands from Lipid-Bound Proteins and Allergens

Many major allergens bind to hydrophobic lipid-like molecules, including Mus m 1, Bet v 1, Der p 2, and Fel d 1. These ligands are strongly retained and have the potential to influence the sensitization process either through directly stimulating the immune system or altering the biophysical properties of the allergenic protein. In order to control for these variables, techniques are required for the removal of endogenously bound ligands and, if necessary, replacement with lipids of known composition. The cockroach allergen Bla g 1 encloses a large hydrophobic cavity which binds a heterogeneous mixture of endogenous lipids when purified using traditional techniques. Here, we describe a method through which these lipids are removed using reverse-phase HPLC followed by thermal annealing to yield Bla g 1 in either its Apo-form or reloaded with a user-defined mixture of fatty acid or phospholipid cargoes. Coupling this protocol with biochemical assays reveal that fatty acid cargoes significantly alter the thermostability and proteolytic resistance of Bla g 1, with downstream implications for the rate of T-cell epitope generation and allergenicity. These results highlight the importance of lipid removal/reloading protocols such as the one described herein when studying allergens from both recombinant and natural sources. The protocol is generalizable to other allergen families including lipocalins (Mus m 1), PR-10 (Bet v 1), MD-2 (Der p 2) and Uteroglobin (Fel d 1), providing a valuable tool to study the role of lipids in the allergic response.

This protocol describes the removal of endogenous lipids from allergens, and their replacement with user-specified ligands through reverse-phase HPLC coupled with thermal annealing. 31P-NMR and circular dichroism allow for the rapid confirmation of ligand removal/loading, and the recovery of native allergen structure.

Rimozione e sostituzione di ligandi endogeni da proteine e allergeni legati ai lipidi

Many major allergens bind to hydrophobic lipid-like molecules, including Mus m 1, Bet v 1, Der p 2, and Fel d 1. These ligands are strongly retained and ...