形態変化を特徴付けるプロトコル<em&gt;クロストリジウム・ディフィシル</em&gt;抗生物質治療に対する反応

要約

Antibiotic efficacy is most commonly determined by conducting killing kinetic studies and measuring colony forming units (CFUs). By integrating scanning electron microscopy (SEM) with these standard methods, we can distinguish the pharmacological effects of treatment between different antibiotics.

要約

嫌気性細菌に向けられた新薬開発による抗生物質作用の評価は困難で技術的に要求される。可能なMOAについての洞察を得るために、抗生物質曝露に伴う形態学的変化を走査型電子顕微鏡（SEM）を用いて視覚化することができる。 SEMイメージングを伝統的なキル曲線と統合することで、薬物行動への洞察が向上し、医薬品開発プロセスが進歩する可能性があります。この前提を試験するために、既知の異なるMOA（バンコマイシンおよびメトロニダゾール）を有する薬物を用いて、曲線を殺し、SEM研究を行った。 C. difficile細胞（R20291）を抗生物質の存在下または非存在下で48時間まで増殖させた。 48時間間隔で、複数の時点で細胞を収集して、抗生物質の有効性を判定し、SEMで画像化した。以前の報告と一致して、バンコマイシンおよびメトロニダゾールは、コロニー形成単位（CFU）カウンターによって測定して、24時間の処理後に有意な殺菌活性を有したティン。 SEMイメージングを用いて、メトロニダゾールは、対照およびバンコマイシンと比較して、細胞長（各抗生物質について細胞長の> 50％の減少; P <0.05）に有意な効果を有することが判明した。薬物治療に対する表現型応答はこれまでにこのように報告されていないが、イメージングおよび測定の汎用性および信頼性ならびに他の実験化合物に対するこの技術の適用を実証する薬物のMOAと一致する。

概要

Clostridium difficileはグラム陽性の胞子形成細菌であり、米国では毎年約50万の感染を引き起こし、最高レベルのリスクである疾病防除センター（CDC）による脅威レベルの緊急の病原体と考えられています。 ¹過去10年間に、クロストリジウム・ディフィシレ（C.difficile）に対する抗菌剤の開発が著しかった。 インビトロ研究は、薬物開発プロセスの必要な要素です。伝統的に、 インビトロ感受性および時間殺滅試験は、将来の動物および他のインビボ研究を検証するために使用される。

これらの方法は殺傷作用を評価するために重要な役割を果たすが、薬理学的治療に対する細胞の表現型応答を捕捉しない。スタンドで走査型電子顕微鏡（SEM）を組み込むことにより動力学研究を殺すと、抗生物質の直接的効果のより完全な特徴付けが可能である。ここでは、SEMを抗生物質治療の有効性をプロファイルする手段として使用する方法を提示する。

プロトコル

異なる環境または臨床源からC.ディフィシルを単離する

1. 環境分離物：0.85％NaClで軽く濡らした滅菌済み綿ゲージを使用して、関心領域（床、ドア、ハンドル、棚など ）の表面を拭きます。 ⁸滅菌手袋を着用し、綿棒を滅菌済みのチューブに入れてください。
2. 臨床分離株（便）：接種ループを使用してセフォキシチン - サイクロセリン - フルクトース寒天（CCFA）上に10〜100mgの臨床便検体をプレートし、厳重な嫌気条件下で48〜72時間インキュベートする。さらなる分析のために、 CryovialsにC.difficileストックの分離したコロニーを-80℃で保存する。 ^7,9,10
3. 0.05％タウロコール酸ナトリウムを含むブレインハートインフュージョン（BHI）ブロスの環境スワブサンプルを濃縮し、37℃の嫌気性チャンバーに入れます5日間。 10,000×gで1mLの培養液を遠心分離し、100μLのエタノールにペレットを再懸濁する。
4. 再懸濁した細胞（50μL）をシクロセリン・エキシチン・フルクトース寒天（CCFA）プレート上にプレートし、37℃で40〜48時間嫌気性チャンバーでインキュベートする。さらなる分析のために、 CryovialsにC.difficileストックの分離したコロニーを-80℃で保存する。
5. ラテックス凝集試薬またはPCRを用いて疑わしいクロストリジウム・ディフィシル（C.difficile）コロニーを試験する。

C.ディフィシルの培養およびキネティクス手順の殺傷

1. 37℃で48時間、嫌気性チャンバー内の血液寒天プレート上の精製された環境的または臨床的C.ディフィシレ株を増殖させる。
2. 接種ループで1つの単離コロニーをとり、15 mLチューブで5 mL BHI培地に移し、37℃の嫌気性チャンバーで24時間増殖させます。
3. 前培養1：100を約10 ⁶コロニー形成単位0.1％タウロコール酸ナトリウムおよび適切な濃度の抗生物質（T0）を補充した新鮮な予備還元BHIS（BHI + 5g / L酵母抽出物および1％L-システイン）中でのs（CFU）/ mL。
4. 各時点（T0、T6、T24、T48）でピペットを用いて1mLのサンプルを採取し、少量（100μLを連続希釈したもの）を血液寒天プレート上に撒き散布する。細胞を37℃の嫌気性チャンバー内で48時間血液寒天プレート上で増殖させ、得られたコロニー数をカウントしてCFUを決定する。

走査型電子顕微鏡のための試料の準備

1. マイクロ遠心チューブの各時点から1 mLの細胞を集め、10,000 xgで10分間遠心分離します。上清を捨て、PBSで細胞を洗浄する。
2. 10,000xgで10分間再度サンプルを遠心分離し、上清を捨てる。 1mLの4％パラホルムアルデヒドで細胞を再希釈し、室温で1時間インキュベートする。
3. サンプルを再び1分間10分間遠心分離する。0,000xgで上清を捨てる。細胞を蒸留水で2回洗浄し、100μLの蒸留水で再希釈する。溶液の濁度に応じて容量を調整する。
   注：複数の連続希釈を行うことは良い考えです。
4. カバースリップにラベルを貼り、40μLのサンプルを加えます。フローフード内で15分間インキュベートして液体を蒸発させ、細胞をカバーグラスに接着させる。液体がまだ残っている場合は、ブロワーを使用して液体を取り除いてください。
5. 机上のスパッタリング装置に細胞をラベルしたカバースリップを置き、テープを剥がします。スパッタリング装置に純金を固定します。機械をオンにし、低圧（50mTorr）でスパッタリングを開始する。 80nmで30秒間被覆し、20nmの金コーティングとなる。
6. コーティングされた細胞を走査電子顕微鏡に移す。

4.走査電子顕微鏡上のC.ディフィシレ細胞の画像化

1. 走査電子顕微鏡（SEM）を適切に通気するコンピュータソフトウェアのベントボタンを押す。
2. カーボンテープを使用して、コーティングされたカバーガラスを金属ステージに固定します。 SEMが通気されると、ドアは容易に開くはずです。金属ステージをねじ込むことでSEMチャンバーに固定します。
3. コンピュータソフトウェアのPUMPボタンをクリックします。 SEMが "Vac OK"と表示されているときにSEMを使用できます。
4. DetectorタブのSE検出器をクリックします。電圧を表示するボタンをクリックしてビームをオンにします。電圧を上げる前に、より低い電圧（5 kV）でイメージングを開始します（最大15 kV）。ビームがオンになった後に画像が表示されます。
5. トラッキング機能を使用して、コーティングされたカバースリップの画像を描く領域を見つけます。領域を拡大し、棒状の構造を見つける。これらはクロストリジウム・ディフィシルである。
6. システムを較正するために、画像を拡大して焦点を合わせる。これは、複数の作業距離（15,9および5 mm）で行う必要があります。 5mmの作動距離で画像。
7. あなたのスイッチを入れて高解像度のイメージングモードを開始し、非点収差の焦点合わせと最適化を開始します。
8. 高倍率でピントを合わせ始める。これを行うには、粗くて細かいフォーカストグルを使用します。非点収差も同様に調整して、より鮮明な画像を得る。
   1. 高倍率で非点収差を調整する。これを行うには、非点収差トグル（微妙な/粗いフォーカストグルに似ています）を調整し、コンピュータソフトウェアをデジタルズームして画像を明瞭に確認します。
9. スロースキャン機能を使用して高品質の画像を収集します。収集した画像を解析に使用する.TIFFファイルとして保存します。分析中に測定が行われる場合は、データバーが選択されていることを確認してください。
10. 角度を変えて画像を収集する（手動で角度をSEMで直接回転させることで最大52°まで）角度のついた画像はより深い情報を示す傾向があります。
11. 撮影されている細胞に応じてビーム電圧を変更します。これは、ほとんどの場合、5〜15 kVの間で行います。
12. イメージングが完了したら、ビームをオフにし、作動距離を20 mmに上げます。その後、チャンバを通気することができ、ステージを取り外すことができる。さらに分析するために、すべての画像をドライブにコピーします。

5.画像処理と解析

1. 自由に利用できるソフトウェアFIJI（http://fiji.sc）をコンピュータにダウンロードしてインストールします。
2. FIJIで画像ファイルを開きます。
3. ライン機能を使用して、スケールバーを正確にトレースします。
4. FIJIプログラムのAnalyzeタブをクリックし、最後にSelect Scaleを選択します。スケールバーに基づいて既知の距離の設定が必要なウィンドウが表示されます。長さの単位も変更し、[OK]をクリックします。
5. プログラムが距離に対して校正されたので、ライン関数を使用してセルの長さを測定します。長さを取得するには、line関数を使用して、セル全体をトレースします。 [分析]タブを再度選択し、[測定]をクリックします。長さはappでなければならない以前に示されたユニットの耳。

結果

クロストリジウム・ディフィシル（Clostridium difficile）は胞子形成細菌であるため、機能的分析の前に栄養細胞と胞子細胞との形態学的相違を決定することが不可欠である。 図1は、増殖曲線および胞子細胞の指数期の間に捕捉された栄養細胞の代表的な画像を示す。図示のように、栄養細胞は長くて滑らかな棒状の構造であるのに対し、胞子は粗?...

ディスカッション

現在の研究の目的は、C.difficileを単離し、抗生物質の薬理学的作用のより完全な特徴付けのための手段として走査型電子顕微鏡（SEM）を用いて抗生物質感受性を試験するためのハイスループット法を作製することであった。本明細書で概説したプロトコールを用いて、抗生物質治療に対する細胞の表現型応答を画像化することにより、薬物の薬理学的作用についての洞察を明らかにすること?...

資料

Name	Company	Catalog Number	Comments
cotton gauze	Caring	PRM21408C
NaCl	Macron	7532
50 mL tubes	Falcon	352098
Brain Heart Infusion (BHI)	Criterion	C5141
L-cysteine	Alfa Aesar	A10389
yeast extract	Criterion	C741
sodium taurocholate	Alfa Aesar	A18346
anaerobic chamber	Coy		vinyl anaerobic chamber
cycloserinecefoxitin fructose agar (CCFA) plates	Anaerobe systems	AS-213
blood agar plates	Hardy diagnostics	A-10
latex agglutination reagent	Oxoid	DR1107A	C. diff test kit
microcentrifuge tubes	Eppendorf	222363204
PBS	Gibco	10010-031
4% paraformaldehyde	Fisher Scientific	50-259-98
microscope slides	J. Melvin freed brand	7525M	75 x 25mm
flow hood	Labconco	Class II type A2	biosafety cabinet
desk sputtering machine	Denton Vacuum	Desk II
tape	Plastic Core	05072-AB	SPI Double Sided Adhesive Carbon Tape
gold	Denton Vacuum	TAR001-0158	2.375” Diameter x .002” Thick Gold foil
scanning electron microscope	FEI	XL-30