まず、ライトシート顕微鏡を使用して、初期段階のゼブラフィッシュの胚のマルチビュー画像を取得します。インタレストポイントが検出されたら、すべてのビューを選択し、右クリックして[インタレストポイントを使用して登録]を選択します。登録がどの程度正確に機能したかを確認するには、2 つの連続したビューを選択します。
重なり合っている領域に移動し、2つのビューを切り替えて、異なる角度から画像化されたビーズが重ね合わされているかどうかを確認します。登録に成功したら、マルチビューエクスプローラーウィンドウで[保存]をクリックして、更新されたXMLファイルを保存します。次に、ビーズを開きます。
XMLファイルを任意のテキストエディタで編集し、ビュー登録の下のブロック全体をコピーします。胚を開きます。XML ファイルを作成し、ビュー登録ブロックをビーズ ファイルからコピーしたブロックに置き換えます。
次に、胚を開きます。Big StitcherのXMLファイルを作成し、登録が胚に対して正常に機能したかどうかを慎重に確認します。2つの連続したビューごとに関心のある構造の重なりを確認して、ビーズについても同じことを繰り返します。
マルチビューデコンボリューションを実行するには、ビードファイル内のすべてのビューを選択して右クリックし、ポイントスプレッド関数と抽出オプションを選択します。デフォルトのポイントスプレッド関数サイズで続行し、[OK]をクリックします。その後、XML ファイルを再保存します。次に、胚を開きます。
XMLファイルを作成し、各ビューにポイントスプレッド機能を個別に割り当てます。ビューを右クリックし、[Point Spread Functions] をクリックして [Assign] を選択し、[Advanced] を選択してから、[選択したすべてのビューに新しい PSF を割り当てる] を選択します。[参照]をクリックし、XMLファイルパスに移動して、PSFフォルダを開きます。
選択したビューで、対応するIDと一致するポイントスプレッド関数を選択し、[OK]をクリックします。ポイントスプレッド関数をすべてのビューに割り当てたら、右クリックしてマルチビューデコンボリューションを選択します。現在選択されているビューとして境界ボックスを選択します。70%epibolyでは、胚はポリマーチューブ内で水平、垂直、または斜めの向きを仮定し、水平は最も表れず、垂直位置と斜めの位置は等しく観察されました。
原腸陥入前にサンプルを調製すると、胚の約25%が水平方向を示しました。残りの胚は、芽の段階で他のさまざまな向きを示しました。しかし、それらの多くは、体節形成の初期に水平位置に向きを変えました。
細胞スケール情報を注入した画像の比較では、核情報に有意差は見られませんでしたが、細胞境界は30度セットでよりよく解決されました。元の入力画像と比較すると、セグメント化された画像にはエラーが含まれていました。ソフトウェアがセル境界の検出に失敗したか、存在しないセル境界を描画しました。
エラーの数は、30度と比較して、45度と60度の角度間隔でのイメージングから得られる注入画像を大幅に増加させました。
