11PRE7240022（氏Barefield）と13POST14720024（博士ゴヴィンダン）、本研究では、健康補助R01HL105826とK02HL114749（博士Sadayappan）とアメリカ心臓協会中西部フェローシップの国立研究所によって資金を供給された。作者は感謝してアッセイを開発する上で、その優れた技術とサポートのための文学博士のジミー·ペイジ、ジルClampitとドクタージョンハドソン、MSD、の支援を認める。

1。 Uniplex cMyBP-Cアッセイ<ol><li>実験前日、コート捕捉抗体と96ウェルMSD裸標準プレート。 cMyBP-Cの場合は、リン酸緩衝食塩水（PBS）で希釈した5μgの/ mlの濃度でマウスモノクローナル抗cMyBP-C抗体（ゼラチン無料）30μlのボリュームを使用しています。 </li><li> 、疎水性であるため、井戸の底の隅にソリューションをピペットで、次に全体を優に超えるソリューションを広めるために、プレートの側面をタップします。 </li><li>プレートは、プレートシーラーで覆い、振とうせずに4℃でO / Nインキュベートする。 </li><li>シンクの上にして、ペーパータオルのスタック上にソリューションをタップして、捕捉抗体溶液を除去。プレートへの非特異的結合を各ウェルに、PBS中の5％（w / v）のブロッカー（ハイグレードBSA）溶液を150μlを添加することにより遮断される。 </li><li> 700 rpmで振とうしながら室温で1時間、プレートとインキュベートを封印。 </li><li>ブロッキングステップの間、基準とsを準備amples。 1％（w / v）のブロッカー/ PBSで2,000 ngの/ mlでの出発濃度に - 換えcMyBP-Cタンパク質断片（271アミノ酸1）を希釈することによって標準のシリーズを作る。次いで、直列1％（w / v）のブロッカー/ PBSで5倍に希釈する。 7規格の合計+ 1ブランク（1％（w / v）のブロッカー/ PBS単独）を用いた。 </li><li>ブロッキング溶液を取り出し、150μlの0.05％（v / v）のTween-20/PBSで3回プレートを洗浄。たびに、シンク上反転プレートによって洗浄溶液を除去。第三の洗浄ステップの後、精力的にシンク上のプレートをフリックして、それが完全に乾燥するまで、ペーパータオルの層の上に積極的にプレートをなでる。インキュベーション体積が小さいので、これは重要なステップであり、残りの洗浄溶液が大幅次のインキュベーションを希釈する。 </li><li>ウェルに基準やサンプルのピペット25μlの。 1時間700rpmで振とうしながら、室温でプレートとインキュベートを封印。 </li><li> 1％ブロッカー/ PBSで1μgの/ mlで検出抗体溶液を準備します。 CUMSDスルホ-TAG標識検出抗体として働くと - STOMはcMyBP-C抗体（14エピトープのアミノ酸2）を作った。キットは、任意の抗体を標識するための比較的簡単な手順で作り、スルホ-TAGの標識に利用可能です。 </li><li>ステップ1.4で説明したように洗浄工程を繰り返します。 </li><li> 、各ウェルに検出抗体溶液25μlの追加プレートを密封し、シェーカーは700rpmでセットプレート上で1時間室温でインキュベートする。 </li><li>潜伏期間中は、セクターイメージャとソフトウェア（試薬の項を参照）の適切な機能を確保するために、MSDのデモプレート（LEDライトが付いているプレート）を実行します。また、15リードバッファ4倍mlの蒸留水5mlを添加することにより、MSDによって提供され、読み取りバッファを希釈する。 </li><li>ステップ1.4で説明したように洗浄工程を繰り返します。 </li><li>マルチチャンネルピペットを使用して、各ウェルに読み取りバッファー150μlのを追加します。気泡（リバースピペッ​​ティングが適切な方法である）を回避してください。読み取りバッファの添加後、直ちに分野におけるプレートをスキャンイメージャ。 </li></ol> 2。 3プレックスcMyBP-C、CK-MB、およびcTnIのアッセイ<ol><li> 96ウェル-3 - プレックス板と希釈溶液は、使用前に室温に平衡化させている。このプレートは、MSDによるcMyBP-C、CK-MB、およびcTnIのための捕捉抗体で予めコーティングされている。 </li><li>各ウェルに1％（w / v）のブロッカー/ PBS25μlのを追加します。全体をうまくが溶液で覆われていることを確認するために、プレートの側面をタップします。 </li><li>プレートシーラーでプレートをシールし、プレートシェーカー上にプレートを置き、30分間700rpmで振る。 </li><li>その間に、個々のカリブレータの希釈系列を調製する。各ウェル3捕捉抗体を持っているので3キャリブレータは混合されると、連続的に使用する前に希釈する必要があります。 2,000 ngの/ mlのcMyBP-C、100 ngの/ mlの一つのサンプルを作成するために1％を一緒に換えcMyBP-C、CK-MB（MSD）、およびcTnIの（MSD）（w / v）のブロッカー/ PBSを希釈CK- MB、および25 ngの/ mlのcTnIの（サンプル）。 </li><li>少なくとも100μlの最終体積は、各規格のために準備される。へスタンダードシリーズを完了し、順次サンプルが5倍に希釈している。試料を25μl使用100μlの1％（w / v）のブロッカー試料Cを作成するために、100μlの1％（w / v）のブロッカー/ PBSで、サンプルBを25μl使用その後、試料Bを作成する/ PBSでなどが挙げられる。 MIの16科目と16の対照被験者からのヒト血清サンプルをcMyBP-C、CK-MB、およびcTnIのレベルを測定するために使用された。これらのサンプルを1％（w / v）のブロッカー/ PBSで2倍希釈した。 </li><li> 3プレックスプレートのウェル内に既に存在する25μlに25規格の添加および希薄化後のサンプルを追加します。また、空白にして（希釈剤のみ）を含めることが重要です。技術を確立するために、サンプルは技術的三連でロードされる。それ以外の場合は、重複で十分です。 </li><li>再びプレートをシール（プレートシーラーを再利用できる）、2時間室温でプレートシェーカー（700 rpm）でのインキュベート。 </li><li>インキュベーションが完了する直前に、検出抗体溶液を調製する。使用される希釈剤は、PBS中1％（w / v）の遮断薬である。すべてTHReeのSULFO-タグ検出抗体は、1μgの/ mlの各々の最終濃度に一緒に希釈する。検出抗体は、典型的には50倍のストック濃度に設けられている。 </li><li>フル96ウェルプレートの場合は、合計希釈液の2,700μlを（エラーが含まれているピペッティングで）必要とされる。 2,538μlの1％（w / v）のブロッカーPBS /に各検出抗体54μLを加える。 </li><li> 2時間後、精力的にシンク上プレートをフリックでソリューションを削除します。のTween-20、PBS中の0.05％150μlのウェルに3倍を洗ってください。ウェルマルチチャンネルピペットを用いて各検出抗体溶液25μlを添加し、プレートの側面が全体ウェル溶液で覆われていることを確認するためにタップされている。 </li><li>プレートを密封し、700rpmで振とうしながら1時間インキュベートする。 </li><li>潜伏期間中は、セクターイメージャとソフトウェアの適切な機能を確保するために、MSDのデモプレート（LEDライトが付いているプレート）を実行します。またの4倍の読み取り5ミリリットルを追加することで、MSDによって提供される読み取りバッファー、希釈15ミリリットルの蒸留水にバッファ。 </li><li>ステップ2.8で説明した洗浄手順を繰り返します。 </li><li>よくマルチチャンネルピペットを用いてそれぞれに読み取りバッファー150μlのを追加します。気泡を避けることが重要です（リバースピペッ​​ティングは、適切な方法である）。読み取りバッファーを添加した後、直ちにセクターイメージャでプレートをスキャン。 </li></ol>

<ol>
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Sci. 63, 879-884 (2008).</li><li>Thompson, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Competitive+electrochemiluminescence+wash+and+no-wash+immunoassays+for+detection+of+serum+antibodies+to+smooth+Brucella+strains.">Competitive electrochemiluminescence wash and no-wash immunoassays for detection of serum antibodies to smooth Brucella strains.</a> Clin. Vaccine Immunol. 16, 765-771 (2009).</li><li>Kingsmore, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+protein+measurement:+technologies+and+applications+of+protein+and+antibody+arrays.">Multiplexed protein measurement: technologies and applications of protein and antibody arrays.</a> Nat. Rev. Drug. Discov. 5, 310-320 (2006).</li><li>Altan, Z. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+long-acting+tumor+necrosis+factor+alpha-binding+protein+demonstrates+activity+in+both+in+vitro+and+in+vivo+models+of+endometriosis.">A long-acting tumor necrosis factor alpha-binding protein demonstrates activity in both in vitro and in vivo models of endometriosis.</a> J. Pharmacol. Exp. Ther. 334, 460-466 (2010).</li><li>Patel, K. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+sensitivity+cytokine+detection+in+acute+coronary+syndrome+reveals+up-regulation+of+interferon+gamma+and+interleukin-10+post+myocardial+infarction.">High sensitivity cytokine detection in acute coronary syndrome reveals up-regulation of interferon gamma and interleukin-10 post myocardial infarction.</a> Clin. 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S., Jarolim, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+interpret+elevated+cardiac+troponin+levels.">How to interpret elevated cardiac troponin levels.</a> Circulation. 124, 2350-2354 (2011).</li><li>Govindan, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiac+myosin+binding+protein-C+is+a+potential+diagnostic+biomarker+for+myocardial+infarction.">Cardiac myosin binding protein-C is a potential diagnostic biomarker for myocardial infarction.</a> J. Mol. Cell Cardiol. 52, 154-164 (2012).</li><li>Barefield, D., Sadayappan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphorylation+and+function+of+cardiac+myosin+binding+protein-C+in+health+and+disease.">Phosphorylation and function of cardiac myosin binding protein-C in health and disease.</a> J. Mol. Cell Cardiol. 48, 866-875 (2010).</li><li>Kuster, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiac+myosin+binding+protein+C+phosphorylation+in+cardiac+disease.">Cardiac myosin binding protein C phosphorylation in cardiac disease.</a> J. Muscle Res. Cell Motil. 33, 43-52 (2012).</li><li>Sadayappan, S., de Tombe, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiac+myosin+binding+protein-C:+redefining+its+structure+and+function.">Cardiac myosin binding protein-C: redefining its structure and function.</a> Biophys. Rev. 4, 93-106 (2012).</li><li>Sadayappan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cardiac+myosin+binding+protein-C:+a+potential+early-stage,+cardiac-specific+biomarker+of+ischemia-reperfusion+injury.">Cardiac myosin binding protein-C: a potential early-stage, cardiac-specific biomarker of ischemia-reperfusion injury.</a> Biomark Med. 6, 69-72 (2012).</li><li>Fichorova, R. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biological+and+technical+variables+affecting+immunoassay+recovery+of+cytokines+from+human+serum+and+simulated+vaginal+fluid:+a+multicenter+study.">Biological and technical variables affecting immunoassay recovery of cytokines from human serum and simulated vaginal fluid: a multicenter study.</a> Anal. Chem. 80, 4741-4751 (2008).</li><li>Malekzadeh, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+in+multi-plex+and+mono-plex+platforms+for+the+discovery+of+inflammatory+profiles+in+neurodegenerative+diseases.">Challenges in multi-plex and mono-plex platforms for the discovery of inflammatory profiles in neurodegenerative diseases.</a> Methods. 56, 508-513 (2012).</li></ol>

人間の体液にcMyBP-Cの劣化やリリースに関連するリスク要因を決定するために：完全特許出願（05/04/12。出願番号464分の13、466、パブ号米国2012/0282618 A1と日付）保留されているおよびヒト体液中cMyBP-Cのレベルを定量する。

本研究では、患者からの血清中の複数の心臓のバイオマーカーの検出のためのマルチプレックスイムノアッセイの適用可能性を示しています。この技術は、伝統的なELISA比べて数多くの利点を有する。まず、アッセイキットでECLを比色検出の代わりに使用されている。 ECLにおいて、電気信号は、このような背景14を減少させる信号から刺激イベントを切り離す、測定された特性（光）...

血清などの複雑な生物学的サンプル中のタンパク質の少量の測定は、患者管理のための成長臨床的重要性、並びに​​基礎科学である。例えば、このようなトロポニンなどの心臓マーカーの血清レベルの増加は、私は、臨床で急性心筋梗塞（MI）1と一致する。それは、高感度を有しており、検体の絶対的定量を可能にするような血清試料中のタンパク質を検出するために、標準的な酵素結合免疫吸着検定法（ELISA）は、最も頻繁に使用される技術である。しかしながら、従来のELISA法では、試料の比較的多量（典型的には100μl）を必要とするいくつかの生物学的液体中の高バックグラウンド信号を有し、ELISA 2ごとに1つだけの検体の測定に制限される。 最近では、新しい免疫測定技術は、これらの欠点の多くを回避することを導入されました。この修​​正されたアッセイは、MSDが開発した、electrochemiluminescを使用しています少量のサンプル量の使用を可能にする、非常に低いバックグラウンドおよび感度の向上を可能にする信号検出用リファレンス（ECL）。電気化学発光を検出抗体に添付されたレポーター分子ルテニウム（II）trisbipyridal、に基づいています。このレポーター分子は、それら3に一体化炭素電極を有する96ウェルプレートの底部の電気的な刺激により620nmで発光する。また、スポットコーティングを使用することによって、複数の捕捉抗体は、単一の試料4中の異なるタンパク質の同時定量を可能にする、1つのウェル（96ウェルプレート上で10まで）に塗布することができる。この技術は、近年、血清5,6の炎症性サイトカインプロファイルを測定するために使用されている。 MSDから多重プレートは他のマルチプレックスアッセイプラットフォームに好意的に7を比較します。 主要なアッセイプラットフォームとしてMSD使用して、我々はさらに3プレックスプレートCそのカスタムメイドを開発同時に心臓ミオシン結合タンパク質-C（cMyBP-C）、クレアチンキナーゼMB（CK-MB）、および心臓トロポニンI（cTnIの）のレベルを定量化し、その結果をcMyBP-Cのモノプレックス検出と比較した。 CK-MBとcTnIのはMIのための十分に確立されたバイオマーカーである。しかし、これらのバイオマーカーの増加はMI、 例えば心筋炎または腎不全8以外の病態が原因で発生することができます。これは、MI診断の特異性を増大させる付加的なバイオマーカーの付加のために主張している。我々は、最近cMyBP-Cはまた、MI 9の潜在的なバイオマーカーであることが示されている。 cMyBP-Cは心臓、10-12でなく、骨格または平滑筋に発現しているタンパク質を関連付け太いフィラメントです。このように、循環系におけるcMyBP-Cの増加レベルは、心臓障害13の具体的な指標である。 本研究では、血清レベルのを測定するためのカスタム3プレックスアッセイの使用とcMyBP-Cのuniplex検出を比較したMI患者の血清中cMyBP-C、CK-MB、およびcTnIの。将来的には、この署名技術は、緊急治療室での胸痛を呈する患者で心筋梗塞を診断するために使用されるかもしれません。 ロヨラ大学シカゴの機関審査委員会（IRB）はdeidentifiedヒトサンプルの使用とイムノアッセイの使用（LU＃20392）のための研究を承認した。

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Reagents</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSD Read-Buffer T (4X) with surfactant</td>
			<td>Meso Scale Discovery</td>
			<td>R92TC-2</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Acros</td>
			<td>9005-64-5</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSD Blocker A</td>
			<td>Meso Scale Discovery</td>
			<td>R93BA-1</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate buffered saline, 10X</td>
			<td>Fisher BioReagents</td>
			<td>BP399-4</td>
			<td>Filter before use</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myosin binding protein C antibody, mouse monoclonal (E7), gelatin free</td>
			<td>Santa Cruz</td>
			<td>SC-137180L</td>
			<td>For coating, antibody has to be gelatin free</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Plates and Equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multi-Array 96-well standard plate</td>
			<td>Meso Scale Discovery</td>
			<td>L15XA-3</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A prototype 3-plex, four-spot, 96-well plate with cMyBP-C, cTnI and CK-MB</td>
			<td>Meso Scale Discovery</td>
			<td>N452A-1</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ThermaSeal Sealing Film</td>
			<td>Life Science Products Inc.</td>
			<td>ST-3098</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSD SECTOR Imager 2400A</td>
			<td>Meso Scale Discovery</td>
			<td>&nbsp;</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MTS 2/4 digital microtiter shaker</td>
			<td>IKA</td>
			<td>3208001</td>
			<td>&nbsp;</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a sensitive and specific quantitation method for determination of serum cardiac myosin binding protein-c by electrochemiluminescence immunoassay

バイオマーカーだけでなく、基礎科学、意思決定の臨床でますます重要になってきています。診断心筋梗塞（MI）は、主に心筋障害の指標として患者の血清または血漿中の心臓特異的タンパク質を検出することによって駆動される。心臓ミオシン結合タンパク質-C（cMyBP-C）はMI後に血清中で検出可能であることが最近示されたので、我々は、MIの可能性バイオマーカーとして提案している。バイオマーカーは、典型的には、従来のサンドイッチ酵素免疫アッセイによって検出される。しかし、この技術は、大規模なサンプル量を必要とする小さいダイナミックレンジを有しており、同時に複数のタンパク質を測定することができる。 ここでは、3つの心臓タンパク質を高感度で同時に測定することができる多重イムノアッセイを示す。クレアチンキナーゼMBや心筋トロポニンとともにuniplexでcMyBP-Cを測定するか、または私が同等の感度を示した。この手法は、メソスケールディスカバリーを使用しています検出のための電気化学発光と組み合わせる96ウェルプレートに多重化（MSD）メソッド。わずかなサンプル量が必要とされているが、高感度、広いダイナミックレンジが得られる。このテクニックを使用して、我々はcMyBP-C、クレアチンキナーゼMB、および心筋トロポニンMIと16科目からの血清サンプル中の私はレベルを測定し、16対照被験者と比較を行った。我々は、これらのサンプルのすべての3つのマーカーを検出することができたとMI後に増加するすべての3つのバイオマーカーを発見した。この技術は、したがって、血清サンプル中の心臓マーカーの高感度検出に適している。

3 -プレックスアッセイの基本的な原理およびワークフローを図1に示し、全体的なワークフローを表1に記載されている。 Uniplexアッセイは、底面全体が1つのウェル捕捉抗体で被覆されていることを除いて同じ原理に沿って動作する。信号検出は、電気信号​​がウェルの底部に適用したECLによって行われる。これは、順番に、検出抗体にSULFO-TAGラベルを?...

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A Sensitive and Specific Quantitation Method for Determination of Serum Cardiac Myosin Binding Protein-C by Electrochemiluminescence Immunoassay

複雑な生体試料中のバイオマーカーの測定はますます意思決定臨床指導されています。私たちは、同時に心臓ミオシン結合タンパク質C、クレアチンキナーゼMB、および心筋梗塞と健常者の被験者からの血清サンプル中の心筋トロポニンIを測定する高感度な方法を説明します。

電気化学発光免疫測定法により血清心臓ミオシン結合タンパク質-Cの定量のための高感度で特異的な定量法

Biomarkers are becoming increasingly more  important in clinical decision-making, as well as basic science. Diagnosing  myocardial infarction (MI) is ...

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Research

JoVE Journal

Biology

16.6K ビュー.  Loyola University Chicago. 複雑な生体試料中のバイオマーカーの測定はますます意思決定臨床指導されています。私たちは、同時に心臓ミオシン結合タンパク質C、クレアチンキナーゼMB、および心筋梗塞と健常者の被験者からの血清サンプル中の心筋トロポニンIを測定する高感度な方法を説明します。

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PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) that are often expressed in a cell-type dependently. To understand how the interplay of these RNA-binding factors affects the regulation of individual transcripts, high resolution maps of in vivo protein-RNA interactions are necessary1.
A combination of genetic, biochemical and computational approaches are typically applied to identify RNA-RBP or RNA-RNP interactions. Microarray profiling of RNAs associated with immunopurified RBPs (RIP-Chip)2 defines targets at a transcriptome level, but its application is limited to the characterization of kinetically stable interactions and only in rare cases3,4 allows to identify the RBP recognition element (RRE) within the long target RNA. More direct RBP target site information is obtained by combining in vivo UV crosslinking5,6 with immunoprecipitation7-9 followed by the isolation of crosslinked RNA segments and cDNA sequencing (CLIP)10. CLIP was used to identify targets of a number of RBPs11-17. However, CLIP is limited by the low efficiency of UV 254 nm RNA-protein crosslinking, and the location of the crosslink is not readily identifiable within the sequenced crosslinked fragments, making it difficult to separate UV-crosslinked target RNA segments from background non-crosslinked RNA fragments also present in the sample.
We developed a powerful cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs that we term PAR-CliP (Photoactivatable-Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation) (see Fig. 1A for an outline of the method). The method relies on the incorporation of photoreactive ribonucleoside analogs, such as 4-thiouridine (4-SU) and 6-thioguanosine (6-SG) into nascent RNA transcripts by living cells. Irradiation of the cells by UV light of 365 nm induces efficient crosslinking of photoreactive nucleoside-labeled cellular RNAs to interacting RBPs. Immunoprecipitation of the RBP of interest is followed by isolation of the crosslinked and coimmunoprecipitated RNA. The isolated RNA is converted into a cDNA library and deep sequenced using Solexa technology. One characteristic feature of cDNA libraries prepared by PAR-CliP is that the precise position of crosslinking can be identified by mutations residing in the sequenced cDNA. When using 4-SU, crosslinked sequences thymidine to cytidine transition, whereas using 6-SG results in guanosine to adenosine mutations. The presence of the mutations in crosslinked sequences makes it possible to separate them from the background of sequences derived from abundant cellular RNAs.
Application of the method to a number of diverse RNA binding proteins was reported in Hafner et al.18

RNA transcripts are subject to extensive posttranscriptional regulation that is mediated by a multitude of trans-acting RNA-binding proteins (RBPs). Here we present a generalizable method to identify precisely and on a transcriptome-wide scale the RNA binding sites of RBPs.

PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

生物学

A Method for Mouse Pancreatic Islet Isolation and Intracellular cAMP Determination

Uncontrolled glycemia is a hallmark of diabetes mellitus and promotes morbidities like neuropathy, nephropathy, and retinopathy. With the increasing prevalence of diabetes, both immune-mediated type 1 and obesity-linked type 2, studies aimed at delineating diabetes pathophysiology and therapeutic mechanisms are of critical importance. The &#946;-cells of the pancreatic islets of Langerhans are responsible for appropriately secreting insulin in response to elevated blood glucose concentrations. In addition to glucose and other nutrients, the &#946;-cells are also stimulated by specific hormones, termed incretins, which are secreted from the gut in response to a meal and act on &#946;-cell receptors that increase the production of intracellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Decreased &#946;-cell function, mass, and incretin responsiveness are well-understood to contribute to the pathophysiology of type 2 diabetes, and are also being increasingly linked with type 1 diabetes. The present mouse islet isolation and cAMP determination protocol can be a tool to help delineate mechanisms promoting disease progression and therapeutic interventions, particularly those that are mediated by the incretin receptors or related receptors that act through modulation of intracellular cAMP production. While only cAMP measurements will be described, the described islet isolation protocol creates a clean preparation that also allows for many other downstream applications, including glucose stimulated insulin secretion, [3H]-thymidine incorporation, protein abundance, and mRNA expression.

Assaying in vitro &#946;-cell function using isolated mouse islets of Langerhans is an important component in the study of diabetes pathophysiology and therapeutics. While many&#160;downstream applications are available, this protocol specifically describes the measurement of intracellular cyclic adenosine monophosphate (cAMP) as an essential parameter determining &#946;-cell function.

マウス膵島の単離と細胞内cAMP測定法

Uncontrolled glycemia is a hallmark of diabetes mellitus and promotes morbidities like neuropathy, nephropathy, and retinopathy. With the increasing ...

Protein Purification-free Method of Binding Affinity Determination by Microscale Thermophoresis

Quantitative characterization of protein interactions is essential in practically any field of life sciences, particularly drug discovery. Most of currently available methods of KD determination require access to purified protein of interest, generation of which can be time-consuming and expensive. We have developed a protocol that allows for determination of binding affinity by microscale thermophoresis (MST) without purification of the target protein from cell lysates. The method involves overexpression of the GFP-fused protein and cell lysis in non-denaturing conditions. Application of the method to STAT3-GFP transiently expressed in HEK293 cells allowed to determine for the first time the affinity of the well-studied transcription factor to oligonucleotides with different sequences. The protocol is straightforward and can have a variety of application for studying interactions of proteins with small molecules, peptides, DNA, RNA, and proteins.

Microscale thermophoresis (MST) can be widely used for determination of binding affinity without purification of the target protein from cell lysates. The protocol involves overexpression of the GFP-fused protein, cell lysis in non-denaturing conditions, and detection of MST signal in the presence of varying concentrations of the ligand.

マイクロスケール熱泳動によって結合親和性の決定のタンパク質精製·フリー法

Quantitative characterization of protein  interactions is essential in practically any field of life sciences,  particularly drug discovery. Most of ...

A Rapid and Specific Microplate Assay for the Determination of Intra- and Extracellular Ascorbate in Cultured Cells

Vitamin C (ascorbate) plays numerous important roles in cellular metabolism, many of which have only come to light in recent years. For instance, within the brain, ascorbate acts in a neuroprotective and neuromodulatory manner that involves ascorbate cycling between neurons and vicinal astrocytes - a relationship that appears to be crucial for brain ascorbate homeostasis. Additionally, emerging evidence strongly suggests that ascorbate has a greatly expanded role in regulating cellular and systemic iron metabolism than is classically recognized. The increasing recognition of the integral role of ascorbate in normal and deregulated cellular and organismal physiology demands a range of medium-throughput and high-sensitivity analytic techniques that can be executed without the need for highly expensive specialist equipment. Here we provide explicit instructions for a medium-throughput, specific and relatively inexpensive microplate assay for the determination of both intra- and extracellular ascorbate in cell culture.

Ascorbate plays numerous important roles in cellular metabolism, many of which have only come to light in recent years. Here we describe a medium-throughput, specific and inexpensive microplate assay for the determination of both intra- and extracellular ascorbate in cell culture.

培養細胞における細胞内および細胞外アスコルビン酸の定量のための迅速かつ特異的マイクロプレートアッセイ

Vitamin C (ascorbate) plays numerous important roles in cellular metabolism, many of which have only come to light in recent years. For instance, within ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting factors, such as labor intensive sample preparations, low detection limits, slow scan speeds, intensive method optimization for each metabolite, and the inability to measure both positively and negatively charged ions in single experiments. Therefore, a novel metabolomics protocol could advance metabolomics studies. Amide-based hydrophilic chromatography enables polar metabolite analysis without any chemical derivatization. High resolution MS using the Q-Exactive (QE-MS) has improved ion optics, increased scan speeds (256 msec at resolution 70,000), and has the capability of carrying out positive/negative switching. Using a cold methanol extraction strategy, and coupling an amide column with QE-MS enables robust detection of 168 targeted polar metabolites and thousands of additional features simultaneously.&#160; Data processing is carried out with commercially available software in a highly efficient way, and unknown features extracted from the mass spectra can be queried in databases.

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. Utilizing normal-phased liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry with polarity switching and a rapid duty cycle, we describe a protocol to analyze the polar metabolic composition of biological material with high sensitivity, accuracy, and resolution.

敏感な、大規模定量的メタボロームのための戦略

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...

qPCR Is a Sensitive and Rapid Method for Detection of Cytomegaloviral DNA in Formalin-fixed, Paraffin-embedded Biopsy Tissue

It is crucial to identify cytomegalovirus (CMV) infection in the gastrointestinal (GI) tract of immunosuppressed patients, given their greater risk for developing severe infection. Many laboratory methods for the detection of CMV infection have been developed, including serology, viral culture, and molecular methods. Often, these methods reflect systemic involvement with CMV and do not specifically identify local tissue involvement. Therefore, detection of CMV infection in the GI tract is frequently done by traditional histology of biopsy tissue. Hematoxylin and eosin (H&#38;E) staining in conjunction with immunohistochemistry (IHC) have remained the mainstays of examining these biopsies. H&#38;E and IHC sometimes result in atypical (equivocal) staining patterns, making interpretation difficult. It was shown that quantitative polymerase chain reaction (qPCR) for CMV can successfully be performed on formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) biopsy tissue for very high sensitivity and specificity. The goal of this protocol is to demonstrate how to perform qPCR testing for the detection of CMV in FFPE biopsy tissue in a clinical laboratory setting. This method is likely to be of great benefit for patients in cases of equivocal staining for CMV in GI biopsies.

This protocol describes qPCR detection of cytomegalovirus in formalin-fixed, paraffin-embedded biopsy tissue, which is rapid, sensitive, specific, and useful for interpreting equivocal hematoxylin and eosin or immunohistochemical staining patterns.

定量PCRは、ホルマリン固定、パラフィン包埋された生検組織中のサイトメガロウイルスDNAの検出のための高感度かつ迅速な方法であり、

It is crucial to identify cytomegalovirus (CMV) infection in the gastrointestinal (GI) tract of immunosuppressed patients, given their greater risk for ...

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide resolution. This technique captures miRNAs by attaching 3&#8217; and 5&#8217; oligonucleotide adapters to miRNA molecules and allows de novo miRNA discovery. Coupling with powerful next-generation sequencing platforms, miR-Seq has been instrumental in the study of miRNA biology. However, significant biases introduced by oligonucleotide ligation steps have prevented miR-Seq from being employed as an accurate quantitation tool. Previous studies demonstrate that biases in current miR-Seq methods often lead to inaccurate miRNA quantification with errors up to 1,000-fold for some miRNAs1,2. To resolve these biases imparted by RNA ligation, we have developed a small RNA ligation method that results in ligation efficiencies of over 95% for both 3&#8217; and 5&#8242; ligation steps. Benchmarking this improved library construction method using equimolar or differentially mixed synthetic miRNAs, consistently yields reads numbers with less than two-fold deviation from the expected value. Furthermore, this high-efficiency miR-Seq method permits accurate genome-wide miRNA profiling from in vivo total RNA samples2.

MicroRNAs (miRNAs) are a widely conserved class of regulatory molecules. Here we describe a miRNA cloning method that relies upon two potent ligation steps followed by high-throughput sequencing. Our method permits accurate genome-wide quantitation of miRNAs.

ハイスループットシークエンシングによりマイクロRNA定量のための低分子RNA分子の高効率ライゲーション

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...

Quantitation of Endothelial Cell Adhesiveness In Vitro

One of the cardinal processes of inflammation is the infiltration of immune cells from the lumen of the blood vessel to the surrounding tissue. This occurs when endothelial cells, which line blood vessels, become adhesive to circulating immune cells such as monocytes. In vitro measurement of this adhesiveness has until now been done by quantifying the total number of monocytes that adhere to an endothelial layer either as a direct count or by indirect measurement of the fluorescence of adherent monocytes. While such measurements do indicate the average adhesiveness of the endothelial cell population, they are confounded by a number of factors, such as cell number, and do not reveal the proportion of endothelial cells that are actually adhesive. Here we describe and demonstrate a method which allows the enumeration of adhesive cells within a tested population of endothelial monolayer. Endothelial cells are grown on glass coverslips and following desired treatment are challenged with monocytes (that may be fluorescently labeled). After incubation, a rinsing procedure, involving multiple rounds of immersion and draining, the cells are fixed. Adhesive endothelial cells, which are surrounded by monocytes are readily identified and enumerated, giving an adhesion index that reveals the actual proportion of endothelial cells within the population that are adhesive.

Quantitation of Endothelial Cell Adhesiveness In Vitro

We report an in vitro method that allows the quantitation of the actual number of adhesive cells within an endothelial cell monolayer.

内皮細胞接着性の定量<em&gt;インビトロ</em

One of the cardinal processes of inflammation is the infiltration of immune cells from the lumen of the blood vessel to the surrounding tissue. This ...

Isolation of Specific Genomic Regions and Identification of Associated Molecules by enChIP

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the functions of these regions. To enable the non-biased identification of molecules interacting with a specific genomic region of interest, we recently developed the engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin immunoprecipitation (enChIP) technique. Here, we describe how to use enChIP to isolate specific genomic regions and identify the associated proteins and RNAs. First, a genomic region of interest is tagged with a transcription activator-like (TAL) protein or a clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) complex consisting of a catalytically inactive form of Cas9 and a guide RNA. Subsequently, the chromatin is crosslinked and fragmented by sonication. The tagged locus is then immunoprecipitated and the crosslinking is reversed. Finally, the proteins or RNAs that are associated with the isolated chromatin are subjected to mass spectrometric or RNA sequencing analyses, respectively. This approach allows the successful identification of proteins and RNAs associated with a genomic region of interest.

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the functions of these regions. This protocol describes procedures to perform engineered DNA-binding molecule-mediated chromatin imunoprecipitation (enChIP) for identification of proteins and RNAs associated with a specific genomic region.

enChIPによって特定のゲノム領域と関連する分子の同定の単離

The identification of molecules associated with specific genomic regions of interest is required to understand the mechanisms of regulation of the ...

Procedure and Key Optimization Strategies for an Automated Capillary Electrophoretic-based Immunoassay Method

New technologies that utilize capillary-based immunoassays promise faster and more quantitative protein assessment compared to traditional immunoassays. However, similar to other antibody-based protein assays, optimization of capillary-based immunoassay parameters, such as protein concentration, antibody dilution, and exposure time is an important prerequisite to the generation of meaningful and reliable data. Measurements must fall within the linear range of the assay where changes in signal are directly proportional to changes in lysate concentration. The process of choosing appropriate lysate concentrations, antibody dilutions, and exposure times in the human bronchial epithelial cell line, BEAS-2B, is demonstrated here. Assay linearity is shown over a range of whole cell extract protein concentrations with p53 and &#945;-tubulin antibodies. An example of signal burnout is seen at the highest concentrations with long exposure times, and an &#945;-tubulin antibody dilution curve is shown demonstrating saturation. In addition, example experimental results are reported for doxorubicin-treated cells using optimized parameters.

A capillary-based immunoassay using a commercial platform to measure target proteins from total protein preparations is demonstrated. In addition, assay parameters of exposure time, protein concentration, and antibody dilution are optimized for a cell culture model system.

プロシージャおよび自動キャピラリー電気泳動を用いた免疫測定法のためのキーの最適化戦略

New technologies that utilize capillary-based immunoassays promise faster and more quantitative protein assessment compared to traditional immunoassays. ...