本書は、米国国立科学財団（DEB番号1021559）でサポートされる環境研究調整ネットワーク研究中の酵素によって資金を供給された。この研究は、米国国立科学財団（DEB番号1021559）、およびエネルギー省科学局（生物環境研究）の米国部門によってサポートされていました。本資料に表明いかなる意見、発見、結論や提言は、著者自身によるもので、必ずしも米国NSFの見解を反映するものではありません。

1。アッセイセットアップ<ol><li>ラベル3ディープウェルプレート：「サンプル」、「MUB標準」、および「MUCスタンダード」。 </li><li>各標準（0のMUB、2.5、5、10、25、50、および100μM）と基板（BG、CB、NAG、PHOS、XYL、AG、LAPは）（行指向）は、別々のきれいな、前標識貯水池に注ぐ。 </li><li> MUB標準プレート（ 表1）の対応するウェルに適切なMUB標準をピペット。 <ol><li>ピペットMUB標準プレートの列Aに0μMMUB200μlの。 </li><li>ピペットMUB標準プレートの列Bに2.5μMMUB200μlの。 </li><li>ピペットMUB標準プレートの列Cに5μMMUB200μlの。 </li><li>ピペットMUB標準プレートの列Dに、10μMMUB200μlの。 </li><li> MUB標準プレートの列Eピペット25μMのMUB200μlの。 </li><li>ピペット50μMのMUB標準プレートの列FにMUB200μlの。 </li><li> 100μのピペット200μLMUB標準プレートの列GへのM MUB。 </li><li> MUC標準プレートの対応するウェルにMUC規格の1.3.8 - を繰り返して、1.3.1を繰り返します。 </li></ol></li><li>各土壌サンプルのための準備土壌スラリー。 <ol><li>ブレンダーにフィールド湿った土の2.75グラムを秤量する。 </li><li> 50 mMのバッファの91ミリリットルを追加します。 1分間ハイにブレンド。 </li><li>少なくとも同じ幅攪拌棒付きの8チャンネルピペットなどの清浄なガラスボウルにブレンダーの内容を注ぐ。 </li><li>低オン土壌スラリーを混合、撹拌プレート上に置きます。 </li><li>ピペットサンプルプレート（ 表2）の最初のカラムに土壌スラリー800μlの。 </li><li> MUB標準およびMUC標準プレート（ 表1）の1 列目に繰り返す。 </li><li> DI H 2 Oでブレンダー、撹拌プレートおよび撹拌棒をすすぐか、土壌試料との間のバッファ。 </li><li>後続の各土壌サンプル（ 表1を次の列に移動し、各サンプルについて）1.4.7と-を繰り返して、1.4.1ステップ2）。 </li></ol></li><li>サンプルプレート（ 表2）の対応するウェルに、適切な基質（この例では、200μMの濃度）をピペット。 <ol><li>ピペットサンプルプレートのA列にはBG基板200μlの。 </li><li>ピペットサンプルプレートの列BにCB基板を200μl。 </li><li>ピペットサンプルプレートの列CにNAG基板200μlの。 </li><li>ピペットサンプルプレートの列DにPHOS基板200μlの。 </li><li>ピペットサンプルプレートの列EにXYL基板200μlの。 </li><li>サンプルプレートの行のFピペットAG基板200μlの。 </li><li>サンプルプレートの列GピペットLAP基質200μlの。 </li><li>各インキュベーション温度サンプル版用1.5.7 - を繰り返して、1.5.1を繰り返します。 </li></ol></li></ol> 2。アッセイプレートのインキュベーション<ol><li>ディープウェルプレート（「サンプル」、「MUB標準」、および「MUC標準を封印プレートマットで4 ;)。 </li><li>溶液が完全に混合されるまで、手でそれぞれの（密閉）プレートを反転（〜10倍）。 </li><li>必要なインキュベーション時間（ 表3）のために適切な培養器でプレートを置きます。 </li><li>時間0として初期時間を記録します。インキュベーター（ 表3）から、プレートを削除するときに知っているので、適切なインキュベーション時間を記録します。 </li><li>それぞれのインキュベーション期間、遠心〜2,900×gで3分間、シールしたプレートの端で。 </li><li>認証の後に、（一方黒色プレートをインキュベートし、各ディープウェルプレートのために使用される）、黒色平底96ウェルプレートの対応するウェル中でインキュベートディープウェルプレートの各ウェルから250μlのを転送する。なお、黒色平底96ウェルプレートの同じウェル（ すなわち、A1 ... A12 など ）中にインキュベートしたディープウェルプレートからサ ​​ンプルを転送することが重要である（ 表1,2）。 </li></ol> 3。蛍光測定にマイクロプレート蛍光光度計<ol><li>使用される蛍光プレートリーダーのための製造業者の使用説明書は、450nm〜365nmの発光波長と励起波長を設定する（または適切なフィルタを使用する）を以下。 </li><li>蛍光光度計での3枚をお読みください。重要：サンプルおよび標準プレート（ すなわち MUBまたはMUC）が同じゲインを使用して読み取る必要があります。 <ol><li>自動ゲインに分光光度計を設定し、MUCとMUB標準プレートをお読みください。 </li><li>セットマニュアルゲイン、次に低い数に最適の値を小さくするには、各標準プレートについて、最も近い5に丸め。各プレートについて2倍を繰り返します。 </li><li>自動にゲインを設定し、サンプルプレートを実行します。標準プレート（ すなわち MUBおよびMUC）のそれぞれについて、最も高いゲインに合わせて手動でサンプルプレートを再実行します。 </li></ol></li></ol> 4。データ解析<ol><li> MUBのためにスプレッドシートに標準曲線の蛍光データを入力します（ 表4a）およびMUC標準（ 表4B） <ol><li> （マイクロモル）に（μM）濃度に変換する（ 表4aおよび図4b）。 </li></ol></li><li>各サンプルの検量線蛍光データの場合は、傾き、y切片、およびR MUBおよびMUC（マイクロモル）標準濃度用の2値を計算します。許容されるR 2の値が各サンプルについて0.98を超えるべきである（ 表4aおよび4b）。蛍光は、従属変数（y軸）としてプロット読み出し及び標準濃度（マイクロモル）は独立変数（x ​​軸）（ 図1）としてプロットして、それは散布図で標準曲線を視覚化するのに有用であり得る。 </li><li>あなたが潜在的なEEASへのサンプル+基板生の蛍光データを算出するMUBおよびMUC標準曲線の傾きとy切片値を使用します。まず新しいスプレッドシート（ 表5aにサンプル+基板生の蛍光データを入力する必要があります</strong&gt;）。また、各サンプルのインキュベーション時間（時間）と土壌乾燥重量（ 表5B）を入力する必要があります。試料は25°C（ 表3）でインキュベートしたので注意、この例では入力された時間値は、3時間である。 <ol><li>対応するサンプルの蛍光値から標準曲線の切片の値を減算してから、対応する標準曲線（ 表5C）の傾きで割る。 [Y =サンプルの蛍光生読み取り、MUBまたはMUC標準曲線からB =切片であり、m = MUBからスロープ：X =（YB）/ M;これを実現するために、サンプル酵素濃度（X）を求めるために、標準的な一次方程式を再配置またはMUC標準曲線]。 </li><li> 91ミリリットル（土壌スラリーで使用されるバッファ量）（ 表5D）により、上記のステップ4.3.1から、サンプルマイクロモルを掛けます。 </li><li> [酵素AMT：分周値は、サンプル固有のインキュベーション時間および乾燥土壌の質量（ 表5E）、ステップ4.3.2で得られた。 （＆＃956;モル）×91ミリリットルXインキュベーション（HR）は乾燥土壌（G）×0.8ミリリットル×1,000]をX 注：0.8mlを各ウェルに使用されるスラリーの体積であり、1000は各ウェルにおける実際の土壌量を補正する。 </li><li>希望する単位（ナノモル活動/ g乾燥土壌/時）（ 表5F）を取得するために千、ステップ4.3.3で得られた値を掛けます。 </li></ol></li></ol>

利害の対立が宣言されていません。

潜在的な土壌EEASの実験室ベースの測定は、微生物のその非生物的環境への対応、および生態系の機能のための彼らの結果に重要な洞察を提供することができます。この例では、データセットの結果は、最小限の違いは、気候処置プロットのうち、土壌酵素活性または速度論で存在することを示唆している。しかし、プロットの中で逆の傾向では、土壌水分、土壌pHや植物の成長のような微生物EEASの生産に影響を与える可能性共変量のさらなる調査を奨励しています。全体的に、土壌中の（1）全体的なEEAに関してEEASを評価すること、（2）EEA化学量論（3）アレニウスプロット/活性化エネルギー、及び（4）Q 10は、エコシステム·レベルのプロセスを示すことができるアプローチの広いスペクトルを提供するロバスト土壌生態系の機能のダイナミクスを特徴づけるために、そこから。 ハイスループット蛍光ベースEEAアッセイは広く土壌中の潜在的なEEASを調べるために使用されている便利なツールであり、他の環境。重要なのは、潜在的な活動は、酵素プールサイズを反映してあるが、それだけでは酵素生産や離職率46を定量化しないでください。技術は比較的簡単ですが、実験室のプロトコルの間で、一見わずかな違いが、結果13の比較可能性を妨げることができます。残念ながら、我々は現在、EEAS適した標準化されたポジティブコントロールを持っていません。化学量論比の使用は、これらの課題を克服するための一つのアプローチである。そうでなければ、ハイスループット技術の出現は4環境中の酵素の研究を進めてきた。これらのアッセイによって生成されるデータの慎重な解釈は、微生物活性の重要な傾向を解明できる。 プロトコルのロバスト性は、個々のサンプルに特異的な条件を選択する能力に由来するが、これも限界が生じ得る。変更の一連のサンプルを正確にするために測定されていることを確認する必要があります<html>個々のフィールドサイト： バッファ選択したバッファは、土壌のpHに依存します。バッファリングはまた、高pH値27,47依存する、蛍光標準の蛍光強度を安定させる。試料のpHレベル - 我々は、典型的には土壌スラリーを作る為に必要なpH緩衝剤は、ベストマッチ土壌にバッファの特定の酸解離定数（pKa）のために選択される50 mM酢酸ナトリウムまたはトリス緩衝液である。酢酸ナトリウムは、4.76のpKaを有し、トリス8.06のpKaを有するので、これらの2つのバッファ量は、個々のサンプルのために所望のpKaを達成するために変化するであろう。リン酸塩緩衝液（pKa = 7.2）、中性/わずかに塩基性の土壌のために提案されている。しかし、我々は、高リン酸塩濃度は、酵素活性を妨害することができるように、このバッファを使用する前に、予備的研究における分析の変動をテストするために警告する。 蛍光基質の取り扱いと保管jove_content &quot;&gt;蛍光アッセイが光にさらされると、不純物および/または多くの蛍光化合物の不安定性による干渉に苦しむことができるので、蛍光基質の取り扱いには注意が必要です。私たちは強く、蛍光基質とMUBおよびMUC基準をラベル付けするために任意の光の露出を最小限に抑えることをお勧めします。強くお勧めしアンバーガラスボトルを使用したり、蛍光基質と基準を作り、保存するために使用のガラス器具や容器をカバーする、ガラス製品や容器をラップするアルミニウム箔がうまく機能同様に、効率的にプレートに接種し、暗いインキュベーターに移すことをお勧めしますお勧め。 （5℃）および解凍基板〜24〜48時間前に、酵素アッセイ（複数可）を開始する、基板と基準を（-20℃）のために、もはや2ヶ月未満（光からそれらを保護しながら）を格納する。 デザインとレプリケーションよくよくサンプルのバリエーションに、negativ実施するための最良の口座へEアッセイコントロールと（可能な場合）アッセイが複製することをお勧めします。バリエーションは、典型的に、各ウェル中の土壌粒子の量の違いやピペッティングエラーのために発生します。そのため、強力なミキシングと良好な分注技術は、実質的にうまく変化に十分に最小化されます。さらに、我々は経時的に強く基板の不整合を監視するためのアッセイ陰性対照（緩衝液+基質溶液）を実装示唆する。 （我々は、典型的には、96ウェルプレートの最後の列を使用して）陰性対照ウェルを比較することにより、酵素プレートを読み取るとき、これは容易にモニターすることができる。負の基板コントロールは典型的に安定であるので、ウェル検出限界を超える信号が増加すると、それは、基板および/または標準溶液の交換を必要とする汚染または基質の不安定性の指標である。 他のプロトコルの1種類を実行しますが、スループットを最大化するために、我々のプロトコルは、単一のディープウェルマイクロプレート内のいくつかの潜在的なEEASが含まれてい異なるEEAS以来プレート（プレート当たりすなわち 1の基板）あたりのアッセイは、異なる速度で起こる。いずれにしても、酵素の​​最適化は、アプローチまたは単板のアプローチを通じて、この高を実行する前に、土壌上で実行する必要があります。反応速度は、インキュベーションの期間内に各酵素について比較的一貫している場合は、複数の基板は、単一のプレート上で使用することができる。 〜1グラムは他のプロトコルでは24を推奨している間に我々のプロトコルは、スラリー溶液を作るために〜2.75グラムの土を推奨しています。我々はより多くの土壌（可能な場合）を使用すると、酵素活性レベルの中で、サンプル土壌の変化より良く取り込むために効果的なアプローチであることを示唆している。他の人が唯一の基質50μlと土壌スラリー200μlのインキュベートしながら、このプロトコルでは、我々は、200μlの基質と土壌スラリー800μlのインキュベートする。これは、単に最終的に測定された活性を変えないことをスケールアップの関数である。実用上の利点もありますより大きなボリュームを使用するため。 One、それは蛍光光度計での強度を記録する前に、黒色平底96ウェルプレート中にピペッティングしながら、対応する土壌粒子を回避することが容易である。酵素関連の蛍光強度を記録する前に、蛍光光度計に黒色平底96ウェルプレートを搬送しながら第二に、付加的な容積は、偶発的な流出の場合に有用である。ボリュームのわずかなずれが大幅に井戸の中で蛍光を減少します。最後に、このプロトコルのためのハイスループット性質のために、我々は一般的にかなりのアッセイが複製実行するよりも酵素活性レベルの変化を表現するために実験的な複製に依存することを選択する。それは、常に分析の複製を含めることをお勧めしますが、実際には、我々のプロトコルは限られた資源与えられた分析と実験の反復の間にバランスのとれたトレードオフを提供しています感じています。同様に、我々のアプローチは、内在する、これアッセイ25あたりに比較的よく均質化した土壌（2.75グラム）を使用していますntly内土壌の変化を減少させる。分析の複製を使用するという決定は、慎重に予備試験48で分析誤差のためにテストすることによって考慮されるべきである。しかし、我々はより少ない4治療群が複製した実験計画を強くアッセイ複製物の使用を検討することをお勧めします。 土壌、バッファボリューム、および基質濃度の最適化土壌緩衝液：基質濃度比酵素アッセイを行う際に強く測定された蛍​​光に影響を与える重要な変数である。スラリー中の土壌の量は、アッセイするか、基質の濃度は、土壌試料中の酵素の活性に応じて調整する必要があるかもしれ添加した。この例では選択された量は、その基質利用は、非限定したことを確認するために、これらの土壌の前のテストに基づいて、我々はアッセイ条件下で、最大の潜在的速度（V maxは）44,4測定されたことをされました5。しかしながら、酵素の高い濃度を有する土壌試料について、土壌または基質濃度の量が増加しなければならない。我々は、基質濃度を増加させる（それに応じて標準曲線を調整する）曲線の直線性に影響を与えることができることを見出した。したがって、我々は、必要に応じてボリュームをバッファリングするために土壌の量および/または比例調整を減らすことをお勧めします。測定EEASは飽和及び準飽和基質濃度26間のより大きな大きさの程度によって区別することができるのでかかわらず、それはアッセイごと土壌タイプのための基質濃度を最適化することが重要である。したがって実験処置（ 等 ）の違いは、タイプII統計誤差およびサブ飽和条件下で検出されにくく、かつ統計誤差27,35の影響を受けやすい。基質濃度を最適化するために、予備的な酵素アッセイは、基質濃度の広い範囲を使用して、代表的な土壌サンプルに対して実施すべきである。後に蛍光を記録し、単純に（同様に標準曲線の例を、 図1）にデータをプロット場所スロープ横ばい活性（y軸）酵素に対応する基質濃度（x軸）を識別するために（〜0）。同様に、スロープレベルはオフ（〜0）、その特定の土壌に最適な基質濃度の良い指標である点に対応する基質濃度。 このアッセイは、最終的に酵素媒介基質解重合の結果、基板から切断されている蛍光性部分によって生成与え経時的な蛍光を測定します。したがって、ステップ5（基質添加）が重要であり、基板を土壌に添加されるとアッセイが培養されるときとの間の時間を最小にするために可能な限り効率的に実行されなければならない。基板は、サンプルと接触するいったん同様に、酵素反応が起こり始めます。我々は、マルチチャンネルの使用をお勧めしますこのような理由のためのピペット。ことを強く前日に、あなたの酵素アッセイを実行しているマルチチャンネルピペットを使用して効率的になることが示唆されている。簡単にあなたのピペッターで96ウェルプレートにボリュームを転送できるようになるまで、これを実現するためには、水でピペッティングを練習することができます。 土壌焼入れクエンチングは、土壌スラリー-26のインキュベーション中の微粒子及び/又は有機材料に起因する蛍光強度を減少させることを意味する。バッファ比25：急冷土壌を調整することによって影響され得る。による個々の試料からのバックグラウンド蛍光を、バックグラウンド（消光）蛍光を説明するために試料と標準を実行することが重要である。いくつかのプロトコルは、信号が線形であることをテストした後、単一の濃度を使用していますが、私たちは強く消光の影響のための最高のコントロールに各試料の標準クエンチ制御を実現するお勧めします。これを怠ると、スタンドになりますサンプルには適用されませんARDカーブ、および酵素活性の誤推定。標準添加試料のバックグランド蛍光に影響を与えない土壌スラリーへの基準の追加は、時間に敏感ではありません。 NaOH添加合成基質から放出された蛍光染料が、pH&gt; 9.0 26,49にピーク蛍光を示すので、NaOHの添加は、蛍光、酵素活性測定を最適化するためにいくつかのプロトコルで使用される。この提案を検討する場合、土壌スラリーpH（ すなわち、pH&gt; 9）に必要なNaOH濃度は、特定の土壌によって異なり、pH緩衝剤26を使用した 。しかしながら、他の信号強度がさらに低いpHで一般的に非常に高いので、それは測定誤差の追加のソースを導入するためのNaOHが必要ないかもしれないと主張している。例えば、スラリーpH、したがってMUBまたはMUC fluoreにNaOHを添加の効果時間25以上のscence変わります。最大60分26についての蛍光を減少させたMUCが安定実証されていながら、MUBリンクされた基板は、レベルが先細りする前のNaOHの追加を次の20分間の一貫した増加した蛍光を発揮することが示されている。したがって、NaOHを添加し、蛍光測定の間の時間を標準化することが重要である。蛍光レベルは、NaOHを添加することなくアッセイを行う、添加なしで十分に検出可能である場合に代替的に均等に許容される代替的な26として提案されている。 温度インキュベーション温度を決定する際の温度感度を考慮に入れるべきである。主な関心が示されているように（結果のセクションで）アレニウスプロットを使用して3つ以上の温度を用いて、酵素反応速度を理解している場合は、堅牢なアプローチです。サンプルサイトは、永久凍土の土壌、そしてduratioとして特徴的に低温を持っている場合インキュベーションのnは寒いインキュベーション温度に反応する酵素をできるように拡張する必要があるかもしれません。温度の上昇は、増大した酵素活性をもたらすはずであることを示唆している伝統的な酵素動力学が、我々は、酵素が温度感受性50の観点で部位特異的であり得ることを見出した。そのため、サイト固有の酵素活性のポテンシャルを理解するには、培養温度と持続時間は現場の値を反映するように調整することが重要です。 結論のEEは、土壌中の生物地球化学的プロセスの重要なドライバであるため、我々は彼らの活動を測定することができるようにする必要があります。干渉や阻害を含む土壌中EEASを測定するには多くの課題があります。これらの課題にもかかわらず、（ここに記載されるものなど）標準化されたプロトコルは、普遍的に酵素の幅広いEEASを測定するために適用することができる。それは中に、これらのプロトコル以下の品質データを生成するために非常に簡単ですが生態学的文脈でこのデータのterpretationは、これらのアッセイが実際に測定しているかを慎重に検討する必要があり、どのようにアッセイ条件下でEEASは、 その場での条件での下では異なる場合があります。

陸域生態系における細胞外酵素土壌細菌、真菌、および古細菌によって生成（のEE）は無数の生物地球化学的過程に関与しており、処理の中心である、安定化、および土壌有機物の不安定化や栄養循環1。のEEを生成することによって、土壌の微生物が分解することにより、植物や微生物が土壌から利用可能な栄養素を吸収することができ、以前にバインドされたミクロおよび主要栄養素を遊離する、より小さな水溶性分子に高分子有機物を変換。直接酵素を検出し定量することは非常に困難であるためのEEは、主に実験室アッセイ2-4での活動を測定することにより、数十年にわたって研究されている。 細胞外酵素活性（EEA）が最も強く酵素および対応する基質の濃度によって制御される。の存在量の異なるC-、N-、及び土壌におけるP-分解酵素は、多くの因子により制御されるiを微生物バイオマス、群集組成、基質利用、微気候、および化学量論的な要求5,6 ncluding。しかし、土壌環境内のインサイツ EEAS でも土壌の粘土と腐植特性2、そして最終的に活性酵素プールを規制拡散制約9、サイズの点で、基質利用に酵素の結合を、温度7,8の影響を受けている、および離職率10から12。異なる環境のサイトにわたって土壌微生物機能を解釈するために実験室用酵素アッセイを使用して、したがって、 その場で土壌条件に肯定応答することが重要である。 EEAの多くの異なるクラスが（詳細については、「試薬表一覧」をご参照ください）​​合成基質のさまざまな方法を使って実験用アッセイで定量化することができる。いくつかのプロトコルは、wは、分光光度計で検出することができる比色反応に接続されているアッセイにおいて基質を利用我々はここで説明するプロトコルを含む他の人を、hile、蛍光部分に結合された基板を利用している。蛍光EEアッセイは、典型的には、（合成基質とリンクし、発色性部分を使用してください）比色アッセイ12月14日より（一桁）より敏感である。 1、目的の化合物の量に関係して検出され、検出可能な最低の潜在的な酵素活性の他の関連：EEA検出における感度は二つの側面が含まれています。比色p-ニトロフェノールのための方法（PNP）に基づくアッセイは、過去に記載されています15,16に動作します。簡単に説明すると、土壌（典型的に&lt;2mm及び空気乾燥に篩い分け）が最適かフィールド関連の温度およびpHでインキュベートする。反応生成物が放出される速度は、分光光度計14と比色決定される。蛍光酵素アッセイの高感度は、SUBSTRに関連した蛍光性部分の分離をより高感度な検出に一部起因する劣化を食べたのではなく、特定の波長で特定の色素産生の部分を分離した後、吸光度を記録する。二つの最も一般的に使用される合成蛍光指示薬は、4 -メチルウンベリフェロン（MUB）17および7 -アミノ-4 -メチルクマリン（MUC）18,19である。 MUC-結合基質は、一般に、タンパク質及び/又はアミノ酸のようなN-リッチな合成基質と関連している。蛍光技術は第一の水生サンプル20,21のために開発され、土壌への応用は、信号の消光と干渉22,23のコントロールを必要とした。アッセイは、大容量の従来の「ベンチトップ」化学を用いて行うことができるか、スループットの向上はなく、おそらく、より高い測定誤差と、マイクロプレートベースのプロトコルで使用することができる。 EEASの蛍光検出のためのいくつかの広く引用プロトコルが土壌24にありますが、多くのラボでは、多くの場合、不注意や違いによる、これらのプロトコルに微妙な変化を採用実験装置や試薬中のS。一見プロトコルの詳細の小さな違いを強く測定さEEAS 25,26および標準化された酵素の欠如は、異なる研究室間のアッセイを校正することがやりがいに影響を与えることができる。このように、EEAアッセイの標準化を促進するための詳細なプロトコルの普及のための重要な必要性がある。 我々のプロトコルにおいては、土壌試料は、pH緩衝液で土壌試料を組み合わせ、ブレンダーでホモジナイズすることにより調製される。スラリーは、次いで、C-、N-、P-またはリッチ目的の特定の研究課題に応じて選択された基質、蛍光標識の非限定的な量を接種する。酵素アッセイの土壌スラリーを使用すると、基板拡散の制限を最小化するための対照として機能します。蛍光部分は、それらがそれらのそれぞれの基質から切断されるまで急冷され、蛍光色素は、基板10bから放出されるように、このようにして酵素活性を検出することができるY酵素触媒反応。時間を通じて増加した蛍光強度は、酵素触媒反応の速度を反映している。 蛍光酵素アッセイの一般的な概念は、蛍光分子（蛍光色素）と結合した合成基質が、土壌サンプル27に添加されることである。酵素触媒基質分解の際に、結合は、蛍光色素と基板との間に分割します。基質から遊離蛍光色素が、その結果、酵素活性の間接的評価として使用され、色素の蛍光強度を検出するためにマイクロプレートリーダーを用いて定量することができる。遊離色素が異なる波長の光を吸収した後に一つの波長の光を放出するように簡単に説明すると、蛍光定量が達成される。蛍光強度は、励起および検出の両方が可能なプレートリーダーにより記録される。酵素活性は、その後、公知の蛍光色素conceに基づいて定量することができるアッセイにおいて使用される基板の特定の部分のために、蛍光の蛍光強度の標準希釈曲線を参照するとともに、基板のntrations（ すなわち、合成基質の既知量を土壌試料に添加）（ すなわち、4 -メチルウンベリフェロン（MUB）または7 -アミノ-4 - メチルクマリン（MUC））。 （酵素活性の定量化に関する特定の詳細のためのプロトコルのセクションを参照してください）​​。 実験室土壌酵素アッセイは、微生物群集機能を評価するために有用であるが、ユーザーが10を認識するべきであるいくつかの技術的な限界がある。蛍光アッセイは、光にさらされたときに不純物および/ ​​または多くの蛍光化合物の不安定性によって引き起こされる干渉に苦しむことができるので、蛍光基質25を取り扱う際には注意が必要である。土壌スラリー中の土壌粒子および/ ​​または有機材料はまた、クエンチング効果26として知られている蛍光強度を妨げることができる。さらに、実験室での酵素アッセイは、実験室条件下での潜在的EEASを評価しています。in vitroアッセイは、基板拡散と豊かさが非限定されている条件の下でEEASを測定する。したがって、これらのアッセイによって提供されるデータは、10 その場の土壌条件の下EEASのために良いプロキシできない場合があります。全体的に、酵素活性は、土壌の種類が類似している相対的な比較のために非常に有用である。物理的または化学的特性が異なる土壌の中で活性を比較するために、このメソッドを使用するときしかし、注意が必要です。これは、土壌の種類や温度差が急激にその場で酵素反応速度での状態を変化させることができるという事実によるものである。別の制限は、比較的少数の基質が（自然環境と比較して）市販されていることである。さらに、酵素アッセイのために使用される合成基質は、比較的単純である（易溶性）を正確に存在するか、ご利用できます土壌の基板を表していない可能性がその場での E。考慮すべきもう一つの要因は、土壌のスラリーを使用すると、 その場で条件2 で下にアクティブになっていない（ つまり、有機物や粘土で固定化された）いくつかの安定化酵素の活性を取り入れるということです。実験室での酵素アッセイは、土壌（酵素回転率）中の酵素や土壌の酵素を生産している特定の微生物種に関する情報の持続性に関する情報を提供していません。

<table border="1">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Name of Material/ Equipment</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalogue number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reagents: </td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#945;-D-glucopyranoside (AG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M9766</td>
			<td>Sugar degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#946;-D-glucopyranoside (BG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M3633</td>
			<td>Sugar degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl &#946;-D-cellobioside (CB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M6018</td>
			<td>Cellulose degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Leucine-7-amido-4-methylcoumarin hydrochloride (LAP)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L2145</td>
			<td>Protein degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl N-acetyl-&#946;-D-glucosaminide (NAG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M2133</td>
			<td>Chitin degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl phosphate (PHOS)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M8883</td>
			<td>Phosphorus mineralization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferyl-&#946;-D-xylopyranoside (XYL)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M7008</td>
			<td>Hemicellulose degradation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4-Methylumbelliferone (MUB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M1381</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7-Amino-4-methylcoumarin (MUC)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A9891</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mM Sodium acetate anhydrous buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>S210-500</td>
			<td>acidic and neutral soils</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mM Tris base buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP154-1</td>
			<td>basic soils</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equipment</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bel-Art Scienceware disposable pipetting reservoirs</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-512-65</td>
			<td>pipetting reservoir</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electronic; Eppendorf Xplorer; 8-channel</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-684-265</td>
			<td>8-channel pipette, range: 50-1,200 &#956;l</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TipOne 101-1,250 &#956;l extended length natural tips</td>
			<td>USA Scientific</td>
			<td>1112 - 1720</td>
			<td>10 racks of 96 tips (960 tips)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hotplate; heating surface: 10 in x 10 in.</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>11-100-100SH</td>
			<td>Lab disc magnetic stir plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waring blender</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-509-7P</td>
			<td>Two-speed; 1 L (34 oz) stainless steel container</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BRAND Dispensette III bottle-top dispensers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-688-231</td>
			<td>Dispenser; range: 5-50 ml</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wheaton Unispense &#956;P peristaltic pumps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-683-7</td>
			<td>Optional dispenser</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand magnetic stir bar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>1451363SIX</td>
			<td>Used to stirr soil slurry afer blending</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyrex glass bowls</td>
			<td>World Kitchen</td>
			<td>5304218</td>
			<td>Pyrex 10 oz rimmed custard cup</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Costar 96-well black solid plates</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-590</td>
			<td>Used for plate reader step</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Costar 96-well assay blocks</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>07-200-700</td>
			<td>V-bottom; 2 ml; sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Nunc 96-well cap mats</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-387-93</td>
			<td>Sterile 96-well cap mat for square wells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge equipped with holders for deep-well plates</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>3121</td>
			<td>Centra-GP8 (this model is no longer available)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tecan Infinite 200 series multifunctional microplate reader</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>30016058</td>
			<td>Plate reader (this model is no longer available)</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput fluorometric measurement of potential soil extracellular enzyme activities

土壌や他の環境中の微生物は、それらがエネルギーと栄養素同化することができるように有機高分子を解重合し、加水分解する外酵素を産生する。土壌微生物の酵素活性を測定することは、土壌生態系の機能のダイナミクスを理解する上で非常に重要です。蛍光酵素アッセイの一般的な概念は、合成C-、N-、又は蛍光色素と結合したP-に富む基質が土壌試料に添加されることである。ときはそのまま、標識された基質は、蛍光を発しない。酵素活性は、蛍光色素は、それらが蛍光を発することができ、それらの基質から切断されると蛍光の増加として測定される。酵素測定は、モル濃度または活性の単位で表すことができる。このアッセイを行うために、土壌スラリーは、pH緩衝液で汚れを組み合わせることによって調製される。 pH緩衝剤（典型的には50 mM酢酸ナトリウムまたは50mM Tris緩衝液）は、最高の土壌のSAと一致するように、バッファの特定の酸解離定数（pKa）のために選択されるmpleのpHは。土壌スラリーは、蛍光標識の非限定的な量（ すなわち、C-、N-又はP-リッチ）基板を用いて接種する。アッセイにおいて土壌スラリーを使用すると、酵素と基質の拡散に制限を最小限に抑えるのに役立つ。従って、この基質制限、拡散速度、土壌pH条件の相違のためのアッセイ対照、したがって（サンプルあたり）酵素濃度の差の関数としての潜在的な酵素活性率を検出する。 蛍光酵素アッセイは、典型的には、分光光度（ すなわち比色）アッセイより敏感であるが、不純物や光にさらされ、多くの蛍光化合物の不安定性に起因する干渉が発生することがよくあり、そのように蛍光基質を処理する際には注意が必要です。基板は、限定されていない場合も同様に、この方法は、実験室条件下​​で電位酵素活性を評価する。クロスを表すデータを解釈する際には注意が必要ですその場での土壌の種類や温度などの異なる温度や土壌の種類とサイトの比較は、酵素反応速度に影響を与えることができる。

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High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

土壌細胞外酵素活性の潜在的な速度を測定するために、蛍光色素に結合している合成基質を土壌試料に添加される。蛍光色素は、より高い蛍光基質分解を示す酵素触媒反応によって基質から放出される酵素活性を測定する。

潜在的な土壌菌体外酵素の活動のハイスループット蛍光測定

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

high-throughput-fluorometric-measurement-potential-soil-extracellular

Research

JoVE Journal

Environment

45.9K ビュー.  Colorado State University. 土壌細胞外酵素活性の潜在的な速度を測定するために、蛍光色素に結合している合成基質を土壌試料に添加される。蛍光色素は、より高い蛍光基質分解を示す酵素触媒反応によって基質から放出される酵素活性を測定する。 

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Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Much of the nutrient cycling and carbon processing in natural environments occurs through the activity of extracellular enzymes released by microorganisms. Thus, measurement of the activity of these extracellular enzymes can give insights into the rates of ecosystem level processes, such as organic matter decomposition or nitrogen and phosphorus mineralization. Assays of extracellular enzyme activity in environmental samples typically involve exposing the samples to artificial colorimetric or fluorometric substrates and tracking the rate of substrate hydrolysis. Here we describe microplate based methods for these procedures that allow the analysis of large numbers of samples within a short time frame. Samples are allowed to react with artificial substrates within 96-well microplates or deep well microplate blocks, and enzyme activity is subsequently determined by absorption or fluorescence of the resulting end product using a typical microplate reader or fluorometer. Such high throughput procedures not only facilitate comparisons between spatially separate sites or ecosystems, but also substantially reduce the cost of such assays by reducing overall reagent volumes needed per sample.

Microplate based procedures are described for the colorimetric or fluorometric analysis of extracellular enzyme activity. These procedures allow for the rapid assay of such activity in large numbers of environmental samples within a manageable time frame.

ハイスループットマイクロプレートアッセイを用いてウォーターズ、土壌、および底質中の微生物細胞外酵素活性の測定

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

環境学

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes and soil organic matter formation to small-scale stable-isotope biomarker probing. Coupling multiple stable isotopes such as 13C with 15N, 18O or&#160;2H has the potential to reveal even more information about complex stoichiometric relationships during biogeochemical transformations. Isotope labeled plant material has been used in various studies of litter decomposition and soil organic matter formation1-4. From these and other studies, however, it has become apparent that structural components of plant material behave differently than metabolic components (i.e. leachable low molecular weight compounds) in terms of microbial utilization and long-term carbon storage5-7. The ability to study structural and metabolic components separately provides a powerful new tool for advancing the forefront of ecosystem biogeochemical studies. Here we describe a method for producing 13C and 15N labeled plant material that is either uniformly labeled throughout the plant or differentially labeled in structural and metabolic plant components.
Here, we present the construction and operation of a continuous 13C and 15N labeling chamber that can be modified to meet various research needs. Uniformly labeled plant material is produced by continuous labeling from seedling to harvest, while differential labeling is achieved by removing the growing plants from the chamber weeks prior to harvest. Representative results from growing Andropogon gerardii Kaw demonstrate the system&#39;s ability to efficiently label plant material at the targeted levels. Through this method we have produced plant material with a 4.4 atom%13C and 6.7 atom%15N uniform plant label, or material that is differentially labeled by up to 1.29 atom%13C and 0.56 atom%15N in its metabolic and structural components (hot water extractable and hot water residual components, respectively). Challenges lie in maintaining proper temperature, humidity, CO2 concentration,&#160;and light levels in an airtight 13C-CO2 atmosphere for successful plant production. This chamber description represents a useful research tool to effectively produce uniformly or differentially multi-isotope labeled plant material for use in experiments on ecosystem biogeochemical cycling.

Design and Operation of a Continuous 13C and 15N Labeling Chamber for Uniform or Differential, Metabolic and Structural, Plant Isotope Labeling

This method explains how to build and operate a continuous 13C and 15N isotope labeling chamber for uniform or differential plant tissue labeling. Representative results from metabolic and structural labeling of Andropogon gerardii are discussed.

連続の設計および動作<sup&gt; 13</sup&gt; Cと<sup&gt; 15</sup均一または差動、代謝および構造·&gt; N標識化会議所、工場同位体ラベル化

Tracing rare stable isotopes from plant material through the ecosystem provides the most sensitive information about ecosystem processes; from CO2 fluxes ...

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Entomopathogenic nematodes (a.k.a. EPN) represent a group of soil-inhabiting nematodes that parasitize a wide range of insects. These nematodes belong to two families: Steinernematidae and Heterorhabditidae. Until now, more than 70 species have been described in the Steinernematidae and there are about 20 species in the Heterorhabditidae. The nematodes have a mutualistic partnership with Enterobacteriaceae bacteria and together they act as a potent insecticidal complex that kills a wide range of insect species.
Herein, we focus on the most common techniques considered for collecting EPN from soil. The second part of this presentation focuses on the insect-baiting technique, a widely used approach for the isolation of EPN from soil samples, and the modified White trap technique which is used for the recovery of these nematodes from infected insects. These methods and techniques are key steps for the successful establishment of EPN cultures in the laboratory and also form the basis for other bioassays that consider these nematodes as model organisms for research in other biological disciplines. The techniques shown in this presentation correspond to those performed and/or designed by members of S. P. Stock laboratory as well as those described by various authors.

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae

Entomopathogenic nematodes are soil-inhabiting roundworms that parasitize a wide range of insects. We demonstrate sampling methods used for the isolation of these nematodes from the soil using two techniques: the insect baiting and the modified White trap, for the recovery of nematodes from soil samples and infected insect cadavers, respectively.

土壌のサンプリングと昆虫病原線虫の分離（Steine​​rnematidae、Heterorhabditidae）

Entomopathogenic nematodes (a.k.a. EPN) represent a group of soil-inhabiting nematodes that parasitize a wide range of insects. These nematodes belong to ...

Measurement of Greenhouse Gas Flux from Agricultural Soils Using Static Chambers

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the biogeochemical drivers of climate change and to the development and evaluation of GHG mitigation strategies based on modulation of landscape management practices. The static chamber-based method described here is based on trapping gases emitted from the soil surface within a chamber and collecting samples from the chamber headspace at regular intervals for analysis by gas chromatography. Change in gas concentration over time is used to calculate flux. This method can be utilized to measure landscape-based flux of carbon dioxide, nitrous oxide, and methane, and to estimate differences between treatments or explore system dynamics over seasons or years. Infrastructure requirements are modest, but a comprehensive experimental design is essential. This method is easily deployed in the field, conforms to established guidelines, and produces data suitable to large-scale GHG emissions studies.

This article showcases the static chamber-based method for measurement of greenhouse gas flux from soil systems. With relatively modest infrastructure investments, measurements may be obtained from multiple treatments/locations and over timeframes ranging from hours to years.

静的チャンバを用いて農用地の土壌からの温室効果ガスフラックスの測定

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely drought-tolerance traits. Fresh water availability for agricultural use is a growing concern across the United States as well as many regions of the world. Short-term drought events along with regulatory intervention in the regulation of water availability coupled with the looming threat of long-term climate shifts that may lead to reduced precipitation in many important agricultural regions has increased the need to hasten the development of crops adapted for improved water use efficiency in order to maintain or expand production in the coming years. This protocol is not meant as a step-by-step guide to identifying at either the physiological or molecular level drought-tolerance traits in lettuce, but rather is a method developed and refined through the screening of thousands of different lettuce varieties. The nature of this screen is based in part on the streamlined measurements focusing on only three water-stress indicators: leaf relative water content, wilt, and differential plant growth following drought-stress. The purpose of rapidly screening a large germplasm collection is to narrow the candidate pool to a point in which more intensive physiological, molecular, and genetic methods can be applied to identify specific drought-tolerant traits in either the lab or field. Candidates can also be directly incorporated into breeding programs as a source of drought-tolerance traits.

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

This protocol was developed to screen a large germplasm collection of the leafy vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) for drought-tolerance, in order to identify a small candidate pool of lettuce for use in physiological, molecular, and genetic studies to identify underlying drought-tolerance traits along with breeding programs.

レタスの潜在的な干ばつ耐性のためのセミハイスループットスクリーニング（<em&gt;レタス</em&gt;）遺伝資源のコレクション

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

A Gusseted Thermogradient Table to Control Soil Temperatures for Evaluating Plant Growth and Monitoring Soil Processes

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a series of incubators. A temperature gradient is passively established across the surface of the table between the heated and cooled ends and is lost quickly at distances above the surface. Since temperature is only controlled on the table surface, experiments are restricted to shallow containers, such as Petri dishes, placed on the table. Welding continuous aluminum vertical strips or gussets perpendicular to the surface of a table enables temperature control in depth via convective heat flow. Soil in the channels between gussets was maintained across a gradient of temperatures allowing a greater diversity of experimentation. The gusseted design was evaluated by germinating oat, lettuce, tomato, and melon seeds. Soil temperatures were monitored using individual, battery-powered dataloggers positioned across the table. LED lights installed in the lids or along the sides of the gradient table create a controlled temperature chamber where seedlings can be grown over a range of temperatures. The gusseted design enabled accurate determination of optimum temperatures for fastest germination rate and the highest percentage germination for each species. Germination information from gradient table experiments can help predict seed germination and seedling growth under the adverse soil conditions often encountered during field crop production. Temperature effects on seed germination, seedling growth, and soil ecology can be tested under controlled conditions in a laboratory using a gusseted thermogradient table.

Traditional thermogradient tables create a range of temperatures across the surface. Welding gussets perpendicular to the surface of a thermogradient table will control temperature in depth increasing possible research applications.

マチ付きThermogradient表は、植物の成長を評価し、土壌プロセスの監視のための土壌の温度を制御します

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a ...

A 3-dimensional (3D)-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

The zebrafish is a globally recognized fresh water organism frequently used in developmental biology, environmental toxicology, and human disease related research fields. Thanks to its unique features, including large fecundity, embryo translucency, rapid and simultaneous development, etc., zebrafish embryos are often used for large scale toxicity assessment of chemicals and drug/compound screening. A typical screening procedure involves adult zebrafish spawning, embryos selection, and arraying the embryos into multi-well plates. From there, embryos are subjected to exposure and the toxicity of chemical, or the effectiveness of the drugs/compounds can be evaluated relatively quickly based on phenotypic observations. Among these processes, embryos arraying is one of the most time-consuming and labor-intensive steps that limits the throughput level. In this protocol, we present an innovative approach that makes use of a 3D-printed arraying template coupled with vacuum manipulation to speed up this laborious step. The protocol herein describes the overall design of the arraying template, a detailed experimental setup and step-by-step procedure, followed by representative results. When implemented, this approach should prove beneficial in a variety of research applications using zebrafish embryos as testing subjects.

A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

Here, we present a protocol to design and fabricate a zebrafish embryo arraying template, followed by a detailed procedure on the use of such template for high throughput zebrafish embryo arraying into a 96-well plate.

3 次元 (3 D)-高スループット ゼブラフィッシュ胚配列複写のためテンプレートを印刷

The zebrafish is a globally recognized fresh water organism frequently used in developmental biology, environmental toxicology, and human disease related ...

Use of Principal Components for Scaling Up Topographic Models to Map Soil Redistribution and Soil Organic Carbon

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it regulates the gravity-driven soil movement induced by runoff and tillage activities. The recent application of Light Detection and Ranging (LiDAR) data holds promise for generating high spatial resolution topographic metrics that can be used to investigate soil property variability. In this study, fifteen topographic metrics derived from LiDAR data were used to investigate topographic impacts on redistribution of soil and spatial distribution of soil organic carbon (SOC). Specifically, we explored the use of topographic principal components (TPCs) for characterizing topography metrics and stepwise principal component regression (SPCR) to develop topography-based soil erosion and SOC models at site and watershed scales. Performance of SPCR models was evaluated against stepwise ordinary least square regression (SOLSR) models. Results showed that SPCR models outperformed SOLSR models in predicting soil redistribution rates and SOC density at different spatial scales. Use of TPCs removes potential collinearity between individual input variables, and dimensionality reduction by principal component analysis (PCA) diminishes the risk of overfitting the prediction models. This study proposes a new approach for modeling soil redistribution across various spatial scales. For one application, access to private lands is often limited, and the need to extrapolate findings from representative study sites to larger settings that include private lands can be important.

Landscape processes are critical components of soil formation and play important roles in determining soil properties and spatial structure in landscapes. We propose a new approach using stepwise principal component regression to predict soil redistribution and soil organic carbon across various spatial scales.

主成分の土壌の再分配と土壌の有機炭素をマップに地形モデルをスケール アップ用

Landscape topography is a critical factor affecting soil formation and plays an important role in determining soil properties on the earth surface, as it ...

High-throughput Siderophore Screening from Environmental Samples: Plant Tissues, Bulk Soils, and Rhizosphere Soils

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling in soils, to pathogen competition, plant growth promotion, and cross-kingdom signaling. Furthermore, siderophores are also of commercial interest in bioleaching and bioweathering of metal-bearing minerals and ores. A rapid, cost effective, and robust means of quantitatively assessing siderophore production in complex samples is key to identifying important aspects of the ecological ramifications of siderophore activity, including, novel siderophore producing microbes. The method presented here was developed to assess siderophore activity of in-tact microbiome communities, in environmental samples, such as soil or plant tissues. The samples were homogenized and diluted in a modified M9 medium (without Fe), and enrichment cultures were incubated for 3 days. Siderophore production was assessed in samples at 24, 48, and 72 hours (h) using a novel 96-well microplate CAS (Chrome azurol sulphonate)-Fe agar assay, an adaptation of the traditionally tedious and time-consuming colorimetric method of assessing siderophore activity, performed on individual cultivated microbial isolates. We applied our method to 4 different genotypes/Lines of wheat (Triticum aestivum L.), including Lewjain, Madsen, and PI561725, and PI561727 commonly grown in the inland Pacific Northwest. Siderophore production was clearly impacted by the genotype of wheat, and in the specific types of plant tissues observed. We successfully used our method to rapidly screen for the influence of plant genotype on siderophore production, a key function in terrestrial and aquatic ecosystems. We produced many technical replicates, yielding very reliable statistical differences in soils and within plant tissues. Importantly, the results show the proposed method can be used to rapidly examine siderophore production in complex samples with a high degree of reliability, in a manner that allows communities to be preserved for later work to identify taxa and functional genes.

We present a protocol for rapid screening of environmental samples for siderophore potential contributing to micronutrient bioavailability and turnover in terrestrial systems.

環境試料からの担鉄細胞高スループット スクリーニング: 植物細胞、一括土壌および根圏土壌

Siderophores (low-molecular weight metal chelating compounds) are important in various ecological phenomenon ranging from iron (Fe) biogeochemical cycling ...

Estimation of Crystalline Cellulose Content of Plant Biomass using the Updegraff Method

Cellulose is the most abundant polymer on Earth generated by photosynthesis and the main load-bearing component of cell walls. The cell wall plays a significant role in plant growth and development by providing strength, rigidity, rate and direction of cell growth, cell shape maintenance, and protection from biotic and abiotic stressors. The cell wall is primarily composed of cellulose, lignin, hemicellulose and pectin. Recently plant cell walls have been targeted for the second-generation biofuel and bioenergy production. Specifically, the cellulose component of the plant cell wall is used for the production of cellulosic ethanol. Estimation of cellulose content of biomass is critical for fundamental and applied cell wall research. The Updegraff method is simple, robust, and the most widely used method for the estimation of crystalline cellulose content of plant biomass. The alcohol insoluble crude cell wall fraction upon treatment with Updegraff reagent eliminates the hemicellulose and lignin fractions. Later, the Updegraff reagent resistant cellulose fraction is subjected to sulfuric acid treatment to hydrolyze the cellulose homopolymer into monomeric glucose units. A regression line is developed using various concentrations of glucose and used to estimate the amount of the glucose released upon cellulose hydrolysis in the experimental samples. Finally, the cellulose content is estimated based on the amount of glucose monomers by colorimetric anthrone assay.

The Updegraff method is the most widely used method for the cellulose estimation. The main purpose of this demonstration is to provide a detailed Updegraff protocol for estimation of cellulose content in plant biomass samples.

Updegraff法による植物バイオマスの結晶セルロース含有量の推定

Cellulose is the most abundant polymer on Earth generated by photosynthesis and the main load-bearing component of cell walls. The cell wall plays a ...