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Method Article
초단반향시간(UTE) 자기공명영상(MRI)을 사용하여 폐의 고해상도 구조 이미지를 생성하기 위한 프로토콜이 설명되어 있습니다. 이 프로토콜을 사용하면 자유 호흡 중에 간단한 MRI 펄스 시퀀스를 사용하여 이미지를 획득할 수 있습니다.
폐의 고품질 MRI는 낮은 조직 밀도, 빠른 MRI 신호 이완, 호흡 및 심장 운동으로 인해 어려움을 겪습니다. 이러한 이유로 폐의 구조 영상은 거의 전적으로 컴퓨터 단층 촬영(CT)을 사용하여 수행됩니다. 그러나 CT 영상은 전리 방사선을 전달하므로 특정 취약 계층(예: 소아과) 또는 연구 응용 분야에는 적합하지 않습니다. 대안으로 초단반향시간(UTE)을 이용한 MRI가 주목받고 있다. 이 기술은 ~5-10분 스캔 과정에서 자유 호흡 중에 수행할 수 있습니다. 호흡 운동 정보는 이미지와 함께 인코딩됩니다. 이 정보는 이미지를 "자체 게이트"하는 데 사용할 수 있습니다. 따라서 셀프 게이팅은 고급 MRI 펄스 시퀀스 프로그래밍 또는 호흡 벨로우즈의 사용이 필요하지 않아 이미지 획득이 간소화됩니다. 이 프로토콜에서는 폐의 고품질 UTE MRI를 획득하기 위한 간단하고 강력하며 계산 효율적인 획득 및 재구성 방법을 제시합니다. 이 프로토콜은 3T MRI 스캐너에서 사용하기 위해 개발되었지만 더 낮은 자기장 강도에서도 동일한 원리를 구현할 수 있습니다. 이 프로토콜에는 3D 방사형 UTE 이미지 획득을 위한 권장 파라미터 설정과 뚜렷한 호흡 단계에서 이미지를 생성하기 위한 자체 게이트 이미지 재구성 지침이 포함되어 있습니다. 이 프로토콜의 구현을 통해 사용자는 움직임 아티팩트를 최소화하거나 최소화하거나 전혀 사용하지 않는 폐의 고해상도 UTE 이미지를 생성할 수 있습니다. 이러한 이미지는 폐 구조를 평가하는 데 사용할 수 있으며, 이는 다양한 폐 질환에서 연구용으로 구현될 수 있습니다.
폐 구조의 고해상도 이미징은 많은 폐 질환에 대한 진단 정밀 검사의 필수적인 부분입니다. 일반적으로 이는 컴퓨터 단층 촬영(CT) 영상을 사용하여 수행되며, 이는 폐의 고해상도 이미지를 생성하는 데 이상적으로 적합합니다1. 그러나 CT 영상은 적지 않은 양의 전리 방사선을 전달하기 때문에 정기적인 반복 촬영, 여러 호흡기에서의 영상 촬영 또는 특정 인구 집단(예: 소아과)의 영상에는 적합하지 않습니다. 자기공명영상(MRI)은 전리 방사선과 동일한 위험을 수반하지 않으므로 이러한 이미징 작업에 적합합니다. 그러나 MRI를 사용하여 폐를 영상화하는 것은 낮은 조직 밀도, 호흡 및 심장 운동, 매우 빠른 신호 이완으로 인해 어렵습니다 2,3,4.
이러한 문제를 완화할 수 있는 MRI 기술 중 하나는 초단반향시간(UTE) MRI 4,5,6입니다. UTE MRI에서 MRI 신호는 신호 여기 직후 샘플링되어 빠른 신호 완화의 영향을 줄입니다. 더욱이, 이 기법은 k-공간을 중심에서 바깥쪽으로 샘플링하기 때문에 k-공간의 중심에서 상당한 오버샘플링이 발생합니다. k-space의 중심에서 이러한 오버샘플링은 이 이미징 기술을 움직임에 강하게 만듭니다. 움직임에 대한 이러한 고유한 견고성 외에도 k-공간 중심의 반복적인 샘플링은 호흡 움직임에 대한 정보를 인코딩하여 이미지 7,8,9의 자체 게이팅을 가능하게 합니다. 이 셀프 게이팅은 다양한 호흡 단계에서 이미지를 생성하는 데 사용할 수 있습니다. 인간은 호흡기의 대부분을 호기 때 보내기 때문에 이 단계에서 가장 많은 이미징 데이터를 획득하기 때문에 호기종료에 대한 이미지를 생성하는 것이 일반적입니다.
폐 MRI에서 호흡기 자가 게이팅을 위한 다양한 전략이 있습니다. 첫 번째 차이점은 이미지 기반 vs. k-공간 기반 게이팅10(그림 1). 이미지 기반 게이팅(image-based gating)에서는 이미징 데이터의 작은 시간적 부분 집합을 재구성하여 높은 시간 해상도를 가진 이미지 세트를 생성합니다. 이어서, 이들 이미지들에서 다이어프램의 위치는 주어진 이미지 투영기(10,11) 세트에 대한 호흡기를 식별하는데 사용된다. k-공간 기반 게이팅에서는 k-공간 중심("k0")의 데이터를 검사합니다(8,9,12). 이미지의 신호 강도는k0 로 인코딩되며, 따라서 k0 점의 강도는 호흡에 따라 달라집니다. 따라서 투영은 k0의 강도에 따라 다른 호흡 단계로 범주화할 수 있습니다. 이미지 기반 게이팅(gating)과 k-공간 기반 게이팅(k-space-based gating) 모두에서, 유사 호흡 단계를 가진 투영은 이미지 재구성을 위해 그룹화됩니다. 이미지 기반 게이팅(image-based gating)은 호흡기를 추정할 때 향상된 충실도를 제공하여, 블러링(blurring)이 감소된 이미지를 제공한다는 것이 제안되었다10,13.
그림 1: 이미지 기반 및 k-공간 기반 셀프 게이팅 기술. (A) 이미지 기반 게이팅(gating)에서 낮은 공간 해상도(low spatial resolution), 다이어프램을 보여주는 높은 시간 해상도(high temporal resolution) 이미지는 전체 데이터의 시간적 하위 집합에서 생성됩니다. 다이어프램 위의 선을 사용하여 호흡 동작을 시각화하고 이미지 재구성을 위해 비닝할 수 있습니다. (B) k-공간 기반 게이팅에서 중심-아웃 k-공간 투영의 첫 번째 점("k0")은 호흡 운동을 시각화하는 데 사용됩니다. k0를 평활화한 후에는 호흡 주기에 따른 신호 강도 차이를 명확하게 볼 수 있으며 다른 호흡 단계를 식별하는 데 사용할 수 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
이미지 및 k-공간 기반 게이팅은 하드 게이팅 또는 소프트 게이팅(soft gating) 11,14을 사용하여 수행할 수 있습니다. 하드 게이팅에서는 원하는 호흡기에 해당하는 돌출부만 재구성됩니다. 그러나 이러한 원치 않는 프로젝션을 버리면 이미지 신호 대 노이즈 비율(SNR)이 감소하고 언더샘플링 아티팩트가 증가할 수 있습니다. 이러한 원치 않는 영향은 소프트 게이팅을 사용하여 완화할 수 있습니다. 소프트 게이팅에서는 모든 프로젝션이 이미지 재구성에 사용되지만 원치 않는 호흡 단계의 프로젝션은 최종 이미지에 미치는 영향이 적도록 가중치가 부여됩니다. 이를 통해 최소한의 아티팩트와 높은 SNR로 이미지를 재구성하는 동시에 호흡 동작의 영향을 억제할 수 있습니다.
UTE MRI 획득과 획득 후 자체 게이팅의 조합을 통해 CT와 동일하지는 않지만 CT 이미징 6,15,16,17,18,19에 근접하는 대비 및 해상도를 갖는 고품질 이미지를 생성할 수 있습니다. 여기에서, 폐 구조의 고품질 이미지를 생성하기 위해 UTE MRI 이미지를 수집 및 재구성하기 위한 간단한 프로토콜이 제공된다.
이 프로토콜은 주로 3T MRI 스캐너용으로 작성되었습니다. 3T는 연구용 MRI에 사용되는 가장 일반적인 자기장 강도입니다. 1.5T 또는 최근에 사용 가능한 0.55 T20 과 같은 낮은 자기장 강도는 폐 내의 신호 완화가 이러한 자기장 강도에서 더 느리기 때문에 폐 내에서 향상된 이미지 품질과 신호 강도를 제공할 수 있습니다.
이 프로토콜과 제공된 이미지 재구성 코드에서 명확성과 단순성을 제공하기 위해 모든 시도가 이루어졌지만, 이 프로토콜은 MRI 스캐너에서 적절한 UTE MRI 시퀀스를 설정하기 위해 전담 MRI 물리학자(또는 유사한 MRI 전문가)를 필요로 할 수 있습니다. MRI 시퀀스는 Center-out k-space 궤적을 사용하여 3D 비데카르트 인코딩 전략을 구현해야 합니다. 예를 들어, 3D 방사형 또는 3D 나선형(예: "FLORET")21,22 이미징 시퀀스가 있습니다. 중요한 것은, 투영의 순서는 양호한 시간적 안정성을 가져야 한다는 것이다: 주어진 시간 부분 집합에 걸쳐, 투영은 k-공간(23)의 전체 범위를 커버해야 한다. 시간적 안정성이 좋은 투영 순서 전략의 예로는 황금 평균 또는 Halton-randomized Archimedean spiral이 있습니다. 시간적 안정성이 좋지 않은 투영 순서를 사용하는 경우 획득 후 자체 게이팅은 k-space의 큰 영역을 생략하여 이미지 아티팩트를 유발합니다. 마지막으로, 시퀀스는 <100μs의 에코 시간(TE)을 달성할 수 있어야 합니다. 3T에서 폐의 T2* 이완 시간은 <1ms24이므로 고품질 이미지를 생성하려면 매우 짧은 TE를 사용하는 것이 필수적입니다.
모든 human subject image는 KUMC IRB의 승인을 받아 수행하였다. 모든 참가자로부터 서면 동의서를 받았습니다. 이 연구의 이미지는 일반적인 기술 개발 프로토콜에 따라 얻어졌으며 포함/제외 기준은 의도적으로 광범위했습니다. 포함 기준: 나이 ≥ 18세. 제외 기준: MRI 선별 설문지에 대한 응답을 기반으로 금기된 MRI 및 임신. 이 연구에 사용된 액세서리 및 장비는 재료 표에 나열되어 있습니다.
1. UTE 이미지 획득
매개 변수 | 일반 권장 설정 | 여기에 구현된 설정 |
이미징 시퀀스 | Center-out k-space 궤적을 가진 3D Non-Cartesian | 황금이 있는 3D 방사형은 투영 순서를 의미합니다. |
시야각(field-of-view) | 400 x 400 x 400 mm3 | 400 x 400 x 400 mm3 |
매트릭스 크기 | 목표 해상도에 대해 원하는 대로 | 320 x 320 x 320 (1.25mm 등방성 해상도) |
대역폭 | 판독 시간 < 1.0ms에 필요한 경우 | 888Hz/픽셀 |
테 | < 0.1ms | 0.07밀리초 |
TR | 최소(대상 3 – 4ms) | 3.5밀리초 |
플립 각도 | 약 5° | 4.8° |
프로젝션 수 | 최소 100,000 | 1,35,386 |
이미지 지속 시간 | 최소 5분 | 7분 54초 |
표 1: UTE 이미징을 위한 권장 설정. 프로토콜 설정을 안내하는 데 사용할 수 있는 일반 권장 설정이 제공됩니다. 데이터에 사용된 특정 권장 설정도 대표 결과로 표시되는 것처럼 제공됩니다. 매개 변수 사양은 대역폭을 제외하고 공급업체 간에 일반적입니다. 일부 주요 MRI 공급업체는 대역폭을 Hz/Pixel로 지정합니다. 다른 주요 MRI 공급업체는 절대 대역폭을 지정합니다. 권장 대역폭(888Hz/픽셀)은 절대 대역폭 284,160Hz에 해당합니다.
2. 영상 기반 호흡기 소프트 게이팅을 이용한 UTE 영상 재구성
참고: 다음 단계를 완료하기 위한 MATLAB 코드는 https://github.com/pniedbalski3/UTE_Reconstruction 에서 제공됩니다.
그림 2: 이미지 기반 자체 게이팅. (1) 적은 수의 투영으로 재구성한 저해상도 이미지를 사용하여(계산 효율성을 위해) 다이어프램을 명확하게 보여주는 coronal slice를 식별합니다. (2) 개별 코일 요소의 이미지를 검사하여 다이어프램에 가장 가까운 코일 요소를 선택합니다. (3) 다이어프램에 가장 가까운 코일 요소만 슬라이딩 창 재구성을 수행합니다(계산 효율성을 위해). 이미지는 200 개의 투영 (~ 0.8 초에 해당)의 하위 집합에서 생성 될 수 있습니다. 투영을 겹치면 이미지에서 ~0.5초의 의사 시간 해상도를 얻을 수 있습니다. (4) 호흡 내비게이터로 사용할 횡격막에 수직인 선을 식별합니다. (5) 이 라인에서 이미지 데이터를 시각화하면 호흡 움직임이 표시되며, 이는 이미지를 비닝하는 데 사용할 수 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
3. k-space-based respiratory soft-gating을 이용한 UTE 이미지 재구성
대표 결과(그림 3)는 표 1에 표시된 설정을 사용하여 생성되었습니다. 사용된 이미징 지속 시간은 대부분의 참가자가 수용할 수 있는 고품질 이미지를 제공합니다.
그림 3: 생성된 대표 UTE 이?...
폐의 UTE 이미징을 수행할 때 획득 및 재구성의 다양한 변형을 사용하여 폐 이미지를 생성할 수 있습니다. 이 프로토콜은 구현의 용이성과 계산 효율성에 중점을 둡니다. 3D 방사형 UTE를 사용한 이미징은 주요 MRI 공급업체에서 일반적으로 구할 수 있는 이미징 시퀀스를 통해 비교적 간단합니다. 데이터 처리 및 셀프 게이팅을 위한 MATLAB 기반 툴이 제공됩니다. 대부분의 교?...
Peter Niedbalski는 국립 경피증 재단(National Scleroderma Foundation), 미국 심장 협회(American Heart Association) 및 NIH로부터 연구 자금을 지원받습니다. 그는 과분극 129Xe MRI 기술을 개발하는 회사인 Polarean Imaging Plc.의 컨설턴트입니다.
이 프로토콜의 개발과 대표적인 결과로 표시된 이미지는 국립 경피증 재단(National Scleroderma Foundation)의 지원을 받았습니다.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chest MRI Coil | Siemens, GE, Philips,, Other Clinical MRI Imaging Coil Vendor | N/A | A 26 - 32 channel Chest coil should be used |
High Performance Workstation | HP, Apple, or other Computer Hardware company | N/A | A computer with a minimum of 64 GB of Memory is needed for image reconstruction |
Matlab | Mathworks | R2016A or newer | A Matlab license is needed to run the provided computer code |
MRI Phantom | Siemens, GE, Philips, or Other MRI Phantom Vendor | N/A | Any Phantom can be used to test the MRI sequence prior to its use in human subjects. |
MRI Scanner | Siemens, GE, Philips, or Other Clinical MRI Scanner Vendor | N/A | The protocol was developed on a 3T scanner, but 1.5T or 0.55T would also work with minimal adaptation |
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