Culturas alternativas para pluripotentes estaminais humanas produção de células, Manutenção e Análise Genética

Resumo

Here, we present human pluripotent stem cell (hPSC) culture protocols, based on non-colony type monolayer (NCM) growth of dissociated single cells. This new method, utilizing Rho-associated kinase inhibitors or the laminin isoform 521 (LN-521), is suitable for producing large amounts of homogeneous hPSCs, genetic manipulation, and drug discovery.

Resumo

Human pluripotent stem cells (hPSCs) hold great promise for regenerative medicine and biopharmaceutical applications. Currently, optimal culture and efficient expansion of large amounts of clinical-grade hPSCs are critical issues in hPSC-based therapies. Conventionally, hPSCs are propagated as colonies on both feeder and feeder-free culture systems. However, these methods have several major limitations, including low cell yields and generation of heterogeneously differentiated cells. To improve current hPSC culture methods, we have recently developed a new method, which is based on non-colony type monolayer (NCM) culture of dissociated single cells. Here, we present detailed NCM protocols based on the Rho-associated kinase (ROCK) inhibitor Y-27632. We also provide new information regarding NCM culture with different small molecules such as Y-39983 (ROCK I inhibitor), phenylbenzodioxane (ROCK II inhibitor), and thiazovivin (a novel ROCK inhibitor). We further extend our basic protocol to cultivate hPSCs on defined extracellular proteins such as the laminin isoform 521 (LN-521) without the use of ROCK inhibitors. Moreover, based on NCM, we have demonstrated efficient transfection or transduction of plasmid DNAs, lentiviral particles, and oligonucleotide-based microRNAs into hPSCs in order to genetically modify these cells for molecular analyses and drug discovery. The NCM-based methods overcome the major shortcomings of colony-type culture, and thus may be suitable for producing large amounts of homogeneous hPSCs for future clinical therapies, stem cell research, and drug discovery.

Introdução

A capacidade de se diferenciar em direção hPSCs tecidos adultos multilinhagem abriu novos caminhos para o tratamento de pacientes que sofrem de doenças graves que envolvem cardiovascular, hepática, pâncreas, e sistemas neurológicos ^1-4. Vários tipos de células derivadas de hPSCs também fornecem plataformas celulares robustos para modelagem de doenças, a engenharia genética, a seleção da droga, e ^1,4 testes toxicológicos. A questão-chave que garante suas aplicações clínicas e farmacológicas futuras é a geração de um grande número de hPSCs clínica de grau através de cultura in vitro de células. No entanto, sistemas de cultivo atuais são insuficientes ou inerentemente variável, envolvendo várias culturas alimentadoras e sem alimentador de hPSCs como colônias ^5,6.

Crescimento do tipo colônia de ações hPSCs muitas características estruturais da massa celular interna (ICM) de embriões de mamíferos adiantados. A ICM é propenso a diferenciar-se em três camadas germinativasnum ambiente multicelular, devido à existência de gradientes de sinalização heterogéneos. Assim, a aquisição de heterogeneidade no desenvolvimento embrionário precoce é considerado como um processo necessário para a diferenciação, mas uma característica indesejável de cultura HPSC. A heterogeneidade na cultura HPSC é muitas vezes induzida por sinais apoptóticos excessivas e diferenciação espontânea devido a condições de crescimento abaixo do ideal. Assim, no tipo de colónia de cultura, as células heterogéneas são frequentemente observados na periferia das colónias ^7,8. Foi também mostrado que as células em células estaminais embrionárias humanas (células estaminais embrionárias humanas) colónias respostas diferenciais exposição a moléculas de sinalização, tais como BMP-4 ^9. Além disso, métodos de cultura colônia produzir colheitas de células baixas, bem como as taxas de recuperação muito baixo de células de criopreservação, devido às taxas de crescimento incontrolável e sinalização apoptótica vias ^6,9. Nos últimos anos, várias culturas de suspensão têm sido desenvolvidos para hPSCs de cultura, particulArly para a expansão de grandes quantidades de hPSCs dentro e alimentadoras condições livres de matriz ^6,10-13. Obviamente, os diferentes sistemas de cultura tem as suas próprias vantagens e desvantagens. Em geral, a natureza heterogénea de hPSCs representa um dos principais inconvenientes da colónia de tipo e de cultura de agregados, que são métodos para a entrega de materiais de sub-óptima de DNA e de RNA em hPSCs por engenharia genética ^6.

Claramente, há uma necessidade imperiosa de desenvolver novos sistemas que evitam algumas deficiências dos métodos de cultura atual. As descobertas de inibidores de pequenas moléculas (como o inibidor ROCHA Y-27632 e JAK inibidor 1) que melhoram a sobrevivência de uma única célula pavimentar o caminho para a cultura dissociada-HPSC ^14,15. Com a utilização destas moléculas pequenas, que desenvolveram recentemente um método de cultura de tipo não-colónia (NCM) crescimento de dissociar-hPSCs ^9. Este método de cultura novela combina passaging de uma única célula e de alta densidadechapeamento de métodos, o que nos permite produzir grandes quantidades de hPSCs homogêneas sob ciclos de crescimento consistente, sem grandes anormalidades cromossômicas ^9. Alternativamente, a cultura NCM pode ser implementado com diferentes moléculas pequenas e matrizes definidas (como as lamininas), a fim de optimizar o processo de cultura de amplas aplicações. Aqui, apresentamos vários protocolos detalhados com base na cultura NCM e delinear procedimentos detalhados para a engenharia genética. Para demonstrar a versatilidade de protocolos NCM, também testamos cultura NCM com inibidores ROCHA diversas e com a única isoforma laminina 521 (ou seja, LN-521).

Protocolo

Base de uma única célula não-colônia tipo monocamada (NCM) cultura de hPSCs.

1. Preparações

1. Adicione 500 ml de meio de cultura de fibroblastos de rato embrionários (MEFs): meio DMEM suplementado com 10% de FBS, 2 mM de L-glutamina, 0,1 e aminoácidos não essenciais (NEAA) mM.
2. Isolar fibroblastos de rato embrionárias (MEFs) derivadas a partir da estirpe CF1, seguindo um protocolo de rotina ¹⁶ e MEFs cultura em 0,1% de 6 cavidades da placa de cultura de células revestidas com gelatina, em meio DMEM. Como alternativa, comprar ações do MEF na passagem 3 a partir de recursos comerciais.
3. Prepare placas Matrigel.
   1. Dilui-se 5 ml de estoque de Matrigel hESC qualificado com 5 ml de meio DMEM/F12 (arrefecida a ~ 4 ° C) e armazenar até 50% em alíquotas de um congelador de -20 ° C. Descongelar o estoque de Matrigel congelado no frigorífico (~ 4 ° C) O / N e dilui-se ainda mais o Matrigel em meio DMEM/F12 fria (para dar origem a uma concentração de trabalho de 2,5%).
   2. O revestimento 6 placas de cultura de células com 1,5 ml de 2,5% de Matrigel por poço, armazenar as placas revestidas em frigorífico S / N (Nota: utilizar a placa de Matrigel-revestido dentro de 2 semanas).
   3. Remova a placa de Matrigel da geladeira, deixe a placa para aquecer à temperatura ambiente na capa de cultura de células de 10 a 30 min (Nota: não aquecer a placa em uma incubadora de cultura de células) e aspirado DMEM meio antes de chapeamento hPSCs.
4. Adicione 500 ml de meio de células estaminais embrionárias humanas: 80% de meio de DMEM/F12, 20% KSR, 2 mM de L-glutamina, 0,1 mM de aminoácidos não essenciais, 0,1 mM β-mercaptoetanol, e 4 ng / ml de FGF-2.
5. Preparar 10 ml de meio de congelação 2x HPSC: 60% de FBS, 20% de DMSO, e 20 uM Y-27632 em meio mTeSR1, esterilizar por filtração, e de usar o meio dentro de 1 semana.

2. Protocolo 1 (Básico): Crescer HPSC colônias em Alimentadores

1. Use números de passagem MEF a 5 ou 6 (designado como p5 e p6) para cultura HPSC, a fim de obter resul consistentets. Mitoticamente inactivar MEFs por tratamento das células com 10 ug / ml de mitomicina C, durante 3 horas a 37 ° C, lavar as células 3x com fosfato tamponado salino da 1X Dulbecco (STP-D), e, em seguida, se dissociam MEFs com 0,05% de tripsina em 0,53 mM EDTA. Alternativamente, irradiar MEFs a uma dose de 8000 rads com um irradiador de raios-X.
2. Conte o número de células utilizando o método de exclusão com Trypan Blue mancha sob microscópio. Como alternativa, use um contador automático de células.
3. Placa MEFs irradiados em placas de poliestireno de 6 poços revestidos com gelatina a 0,1% a uma densidade de 1,88 x 10 ⁵ células por poço (ou seja, 1,96 x 10 ⁴ células / cm ^2). Incubar as células a 37 ° C e 5% de CO ₂ durante 24 horas.
4. Remova o meio de cultura MEF por aspiração com uma pipeta de Pasteur (Nota: não as etapas de lavagem necessárias neste momento).
5. Colônias Triturar HPSC da cultura anterior em pequenos pedaços, examinar os aglomerados sob microscópio para garantir que seus tamanhos que variam from 50 a 100 mM, em diâmetros, e placa aglomerados HPSC sobre o topo das camadas alimentadoras MEF num poço contendo 2 ml de meio HPSC.
6. Mude hESC média diária de 3 a 5 dias, a registro o crescimento da colônia por fotografia, marque qualquer colônias morfologicamente alterados ou diferenciadas (~ 5%), e remover manualmente as colônias marcadas pela suavemente aspiração com uma pipeta Pasteur.
7. Lavar as colónias remanescentes no MEFs duas vezes (2 min cada com D-PBS), e incuba-se as colónias, com 2 ml de 1 mg / ml de colagenase IV em meio HPSC por 10 a 30 min), e analisar o desprendimento de colónias do HPSC superfície MEF-revestido (Nota: use um raspador para ajudar o processo de desapego somente se as colônias são fortemente ligado à placa).
8. Adicionar 5 ml de meio HPSC a cada poço para minimizar reações enzimáticas, colônias de transferência para um tubo de 15 ml, permitir colônias HPSC para sedimentar por 3 a 5 minutos à temperatura ambiente, e garantir a sedimentação de colônias por visualização direta do cells na parte inferior do tubo (Nota: não se centrifugar o tubo nesta fase).
9. Retire os sobrenadantes contendo MEFs residuais e dissociado células individuais, voltar a suspender as colônias com 5 ml de meio de células estaminais embrionárias humanas, e repita o passo sedimentação duas vezes.
10. Retire as médias, colônias HPSC triturar em pequenos pedaços, loja em 1X HPSC congelamento médio (ou CryoStore CS10 meio de congelamento) para criopreservação (1 confluente bem por frasco congelado) ou placa em uma placa de 6 poços para passaging celular.

3 Protocolo 2:. Converter HPSC Colônias de Alimentadores para NCM

1. Lavar peletes HPSC em D-PBS, uma vez, incuba-se as peletes com 1 ml de 1X Accutase durante 10 min, e examinar a reacção enzimática sob um microscópio para assegurar a dissociação de uma única célula.
2. Encerrar as reacções enzimáticas por ressuspensão suave das células em 5 ml de meio contendo 10 uM mTeSR1 Y-27632, seguido por centrifugação a 200 xg à temperatura ambiente durante 5 min(Nota, não use força excessiva de centrifugação, que causam danos às células).
3. Adicionar 5 ml de meio mTeSR1 ao sedimento, ressuspender o sedimento de células individuais, e filtro de células dissociadas através de um filtro de células de 40 mM (para remover quaisquer agregados celulares residuais).
4. Semente 1,3-2 x 10 ⁶ para um poço hPSCs (1,4-2,1 x 10 ⁵ células / cm ²⁾ de uma placa de 6 poços revestidas com 2,5% de células estaminais embrionárias humanas qualificado Matrigel, adicionar meio mTeSR1 até 2,5 ml, e incluem 10 uM Y-27632 no meio (para facilitar o plaqueamento inicial de 24 horas de uma única célula). Em alternativa, utilizar os seguintes pequenas moléculas para substituir 10 mM Y-27632 para melhorar chapeamento de uma única célula: 1 PM Y-39983 (ROCK I inibidor), 1 phenylbenzodioxane mM (inibidor ROCHA II), 1 PM thiazovivin (um novo inibidor ROCK) , e 2 uM inibidor de JAK 1.
5. Substitua o meio com meio mTeSR1 livre de drogas no dia seguinte (dentro de 24 horas), dissociar as células de um adicionalbem, e contagem do número de células para determinar a eficiência de uma única célula de revestimento (Nota: aproximadamente, 50 a 90% de uma única célula plaqueamento eficiência que podem ser alcançados nesta fase).
6. Permitir que as células a crescer como uma única formada de células em monocamada durante alguns dias com 3 ml de meio mTeSR1. Mude média diária.
7. Empiricamente determina o ritmo de passaging adaptado NCM, dependendo da densidade celular. Passagem, quando o crescimento celular atinge confluência no dia 3 ou dia 4, ou no ponto de tempo de 4 horas após o desaparecimento das fronteiras da célula-a-célula. Dissociar as células em 1 ml de Accutase, utilizar uma proporção de 1 a 3 desdobramento (isto é, uma bem confluente de células plaqueadas em 3 cavidades de placa de 6 poços) para passagens em células e estabilizar adaptado NCM por 5 passagens.
8. Congelamento celular
   1. Utilizar um bem confluentes (5-6 x 10 ~ ⁶ células) para um frasco congelado: dissociar as células confluentes de uma bem com 1 mL de Accutase durante 10 min.
   2. Diluir wom 5 ml de células em meio de centrifugação e mTeSR1 como descritos acima.
   3. Ressuspender o sedimento em 500 ul de meio mTeSR1 e, em seguida, adiciona-se lentamente 500 ul de 2X HPSC meio de congelação (contendo 20 ^ M Y-27632) em um frasco de criopreservação. Alternativamente, ressuspender as células em 1X HPSC meio de congelamento contendo inibidor 2 uM JAK 1 ou meio 1X CryoStor CS10, na presença de 10 uM ou Y-27632 ou 2 fiM inibidor de JAK 1.
   4. Colocar os frascos congelados em um cryocontainer gelo-refrigeradas (inferior preenchido com isopranol) e transferir o cryocontainer para um congelador de -80 ° C imediatamente.
   5. Transferência de células do freezer -80 ° C para um tanque de nitrogênio líquido (no dia seguinte) para a criopreservação de longo prazo.
9. Descongelamento celular
   1. Utilize um frasco de criopreservação para chapeamento um poço de uma placa de 6 poços.
   2. Meio de pré-aquecer mTeSR1 em um banho de água a 37 ° C durante 10 min, as células descongelamento no mesmo banho de água durante 2 minutos,gota a gota para adicionar as células 5 ml de meio mTeSR1 pré-aquecido contendo 10 uM Y-27632, e centrifuga-se como descrito acima.
   3. Suavemente ressuspender as pelotas de células com 2 ml de meio contendo 10 uM mTeSR1 Y-27632 e lentamente transferir células de um poço de pré-revestidas com Matrigel (Nota: evitar a produção de bolhas de ar).
   4. Mude médio diário e esperam que o crescimento HPSC para alcançar confluência no dia 3 ou 4.

4 Protocolo 3:. Converter HPSC colônias em Matrigel a NCM Cultura

1. Retirar uma placa revestida de Matrigel do frigorífico, colocar a placa na cultura capa de tecido, durante 10 a 30 minutos, remover o meio de cada poço da placa, e adicionar 2 ml de meio mTeSR1 pré-aquecido a cada poço.
2. Transferência triturado aglomerados HPSC da cultura alimentador (Passo 2.10 do protocolo de base) para a placa de Matrigel acima. Adicionar meio mTeSR1 até 2,5 ml de volume final em cada poço.
3. Alterar média diária durante 3 a 4 diass até colónias atingir 80 a 90% de confluência.
4. Para passagens em células: enxaguar as colónias com D-PBS, duas vezes, o tratamento de células com 1 ml de 2 mg / ml de dispase a 37 ° C durante 15 a 20 min, e de sedimento e de passagem de células como aglomerados.
5. Para a cultura NCM: repita os passos 3,1-3,9 definido no protocolo 2.

5 Protocolo 4:. NCM Cultura da hPSCs no LN-521

1. Descongelar o recombinante LN-521 solução, a 4 ° C, antes do dia da utilização e fazer a solução de revestimento de laminina (LCS), diluindo a laminina descongelado com 1X D-PBS (contendo Ca ^{2 +} / Mg ^{2 +)} para uma concentração final de 10 ug / ml.
2. Adicionar 1 ml da LCS a um bem em 6 bem-placa (nota: evitar a seco durante o processo de revestimento).
3. Selar a placa revestida com Parafilm para evitar a evaporação e armazenar o prato na geladeira (4 ° C) O / N (nota: use a placa dentro de 1 semana).
4. Remova cuidadosamente os LCS com uma pipeta de Pasteur, sem auching a superfície revestida e adicionar 2 ml de meio mTeSR1 para um poço.
5. Aquecer todas as soluções de cultura (incluindo D-PBS) em um banho de água a 37 ° C durante 25 min.
6. Converta colônias HPSC para NCM
   1. Dissociar agregados celulares de células individuais com Accutase conforme descrito no protocolo 2.
   2. Semente 1,3-2 x 10 ⁶ hPSCs em um LN-521-revestido bem (1,4-2,1 x 10 ⁵ células / cm ^2), sem a presença de inibidores de rock.
   3. Alterar média diária durante 3 a 4 dias.
   4. Dissociar as células em 1 ml de Accutase no dia 3 ou 4 para a próxima passagem em células usando um 1 a 3 razão de divisão.

. 6 Protocolo 5: NCM Cultura para plasmídeo DNA transfecção

1. Adaptar colónias HPSC a cultura NCM tal como descrito em Protocolos 2 e 4.
2. Placa dissociado hPSCs em 12 poços da placa com uma densidade de células de 7,5 x 10 ⁵ células / poço em meio mTeSR1 na presença de 10 uM Y-27632.
3. Substituir médio mTeSR1 com meio mTeSR1 livre de drogas entre 4-8 horas após o plaqueamento das células.
4. Para cada transfecção, diluir 2,5 ug de plasmídeos de expressão (por exemplo, pmaxGFP) e 5 ul de Lipofectamina 2000 em tubos Eppendorf separados em 125 ul de cada um de Opti-MEM.
5. Após 5 min, misturar os reagentes e incubar diluídos durante 20 min a temperatura ambiente (de modo a formar complexos de transfecção).
6. Adicionar os complexos de transfecção 250 ul a cada poço contendo hPSCs em 1 ml de meio mTeSR1 e incuba-se as células a 37 ° C em uma incubadora de CO ₂ durante 24 horas.
7. Examinar a eficácia de transfecção com um microscópio de fluorescência e fotografia aleatoriamente para o cálculo da eficiência de transfecção real.

. 7 Protocolo 6: NCM Cultura para transfecção de MicroRNAs

1. Dissociar hPSCs semi-confluentes no dia 2, em condições NCM, adicionando 1 ml de Accutase por poço em 6 Bem-placa.
2. Adicionar 10 ml de meio mTeSR1 para diluir as reacções enzimáticas e centrifugar a 200 xg durante 5 min.
3. Ressuspender o sedimento de células com meio mTeSR1, semear as células a uma densidade de 7,5 x 10 ⁵ células por poço numa placa de 12 poços em meio contendo 10 uM mTeSR1 Y-27632, e permitir que as células aderir durante 4 h.
4. Substitua o meio com meio Y27632-livre mTeSR1.
5. Use comercialmente disponível microRNAs (por exemplo, um miRIDIAN miRNA transfecção de controle não-alvo marcado com Dy547). Titula-se concentrações na gama 0-160 nM usando os reagentes fornecidos e seguir as instruções dos fabricantes.
6. Optimizar a eficiência de transfecção para cada concentração em linhas HPSC pela imagem da fluorescência Dy547 das células vivas em um microscópio às 24 h após a transfecção.
7. Calcular as eficiências de transfecção com base no percentual de células positivas Dy547 sobre todas as células com imagens.

. tle "> 8 Protocolo 7: Cultura NCM para a transdução de Lentivirus Vector

1. Repita os passos 7.1 a 7.4 do Protocolo 6.
2. Calcular as quantidades de partículas virais a serem utilizadas para a transdução de: usar o seguinte fórmula: TU = (MOI x CN) / VT, enquanto TU indica o número total de unidades de transformação, MOI é igual à multiplicidade desejada de infecção no poço (ou MOI TU / célula), CN especifica o número de células em cada poço, e VT indica os títulos virais de estoque (TU / mL). Por exemplo, uma vez que os títulos virais de imagens SMART-shRNA vector é igual a 1 x 10 ⁹ TU / ml (unidades de transformação por ml), 7,5 x 10 ⁵ células por poço, no tempo de transdução, e esperada uma MOI de 20: 15 de usar mL das partículas virais de ações para cada poço (nota: esta condição é recomendado para indução lentiviral transitória).
3. Pré-quentes de 300 ul de meio mTeSR1 com 10 mg / ml de polibreno durante 30 min.
4. Adicionar 15 mL de partículas virais de ações emo meio mTeSR1 pré-aquecido contendo polibrene e misture delicadamente a solução.
5. Substituir o meio de cultura de células com 300 ul de meio pré-aquecido contendo as partículas virais.
6. Após 4 horas de incubação, examinar turboGFP fluorescência (um fabricante de expressão shRNA) para determinar a eficiência de transdução.
7. Adicionar 300 mL de meio mTeSR1 adicional para a transdução bem quando as células começam a expressar turboGFP.
8. Após 12-16 horas de incubação, reexaminar expressão turbo-GFP.
9. Realizar experimentos de acompanhamento desejados com essas células transduzidas dentro de 72 horas.

Resultados

Um esquema geral da cultura NCM

A Figura 1 representa um esquema de cultura NCM típico mostrando as alterações dinâmicas de hPSCs depois de alta densidade de revestimento de uma única célula, na presença do inibidor ROCHA Y-27632. Estas alterações morfológicas incluem ligações intercelulares após o plaqueamento, a formação de agregados celulares e crescimento celular exponencial, seguido por condensação de células (Figura 1A).

Discussão

Há duas formas principais de se hPSCs cultura in vitro: cultura convencional do tipo colônia (de células em alimentadores ou matrizes extracelulares) e cultura de suspensão de hPSCs como agregados sem alimentadores ^6. As limitações de ambos do tipo colônia e suspensão métodos de cultura incluem heterogeneidade acumulada e mudanças epigenéticas herdadas. Cultura NCM, com base em ambos passaging de uma única célula e plaqueamento de células de alta densidade, representa um novo método pa...

Materiais

Name	Company	Catalog Number	Comments
Countess automated cell counter	Invitrogen Inc.	C10227	Automatic cell counting
Faxitron Cabinet X-ray System	Faxitron X-ray Corporation, Wheeling, IL	Model RX-650	X-ray irradiation of MEFs
MULTIWELL 6-well plates	Becton Dickinson Labware	353046	Polystyrene plates
DMEM	Invitrogen Inc.	11965–092	For MEF medium
Mitomycin C	Roche	107409	Mitotic inhibitor
Trypsin	Invitrogen Inc.	25300-054	For MEF dissociation
DMEM/F12	Invitrogen Inc.	11330–032	For hPSC medium
Opti-MEM I Reduced Serum Medium	Invitrogen Inc.	31985-062	For hPSC transfection
Heat-inactivated FBS	Invitrogen Inc.	16000–044	Component of MEF medium
Knockout Serum Replacement	Invitrogen Inc.	10828–028	KSR, Component of hPSC medium
Dulbecco’s Phosphate-Buffered Saline	Invitrogen Inc.	14190-144	D-PBS, free of Ca2+/Mg2+
Non-essential amino acids	Invitrogen	11140–050	NEAA, component of hPSC medium
L-Glutamine	Invitrogen	25030–081	Component of hPSC medium
mTeSR1 & Supplements	StemCell Technologies	5850	Animal protein-free
TeSR2 & Supplements	StemCell Technologies	5860	Xeno-free medium
β-mercaptoethanol	Sigma	M7522	Component of hPSC medium
MEF (CF-1) ATCC	American Type Culture Collection (ATCC)	SCRC-1040	For feeder culture of hPSCs
hESC-qualified Matrigel	BD Bioscience	354277	For feeder-free culture of hPSCs
Laminin-521	BioLamina	LN521-02	Human recombinant protein
FGF-2 (recombinant FGF, basic)	R&D Systems, MN	223-FB	Growth factor in hPSC medium
CryoStor CS10	StemCell Technologies	7930
Accutase	Innovative Cell Technologies	AT-104	1X mixed enzymatic solution
JAK inhibitor I	EMD4 Biosciences	420099	An inhibitor of Janus kinase
Y-27632	EMD4 Biosciences	688000	ROCK inhibitor
Y-27632	Stemgent	04-0012	ROCK inhibitor
Y-39983	Stemgent	04-0029	ROCK I inhibitor
Phenylbenzodioxane	Stemgent	04-0030	ROCK II inhibitor
Thiazovivin	Stemgent	04-0017	A novel ROCK inhibitor
BD Falcon Cell Strainer	BD Bioscience	352340	40 µm cell strainer
Nalgene 5100-0001 Cryo 1 °C	Thermo Scientific	C6516F-1	“Mr. Frosty” Freezing Container
Lipofectamine 2000	Invitrogen Inc.	11668-027	Transfection reagents
DharmaFECT Duo	Thermo Scientific	T-2010-02	Transfection reagent
Non-targeting miRIDIAN miRNA Transfection Control	Thermo Scientific	IP-004500-01-05	Labeled with Dy547, to monitor the delivery of microRNAs
SMART-shRNA	Thermo Scientific	To be determined	Lentiviral vector
pmaxGFP	amaxa Inc (Lonza)	Included in every transfection kit	Expression plasmid for transfection control
Oct-4	Santa Cruz Biotechnology	sc-5279	Mouse IgG2b, pluripotent marker
SSEA-1	Santa Cruz Biotechnology	sc-21702	Mouse IgM, differentiation marker
SSEA-4	Santa Cruz Biotechnology	sc-21704	Mouse IgG3, pluripotent marker
Tra-1-60	Santa Cruz Biotechnology	sc-21705	Mouse IgM, pluripotent marker
Tra-1-81	Santa Cruz Biotechnology	sc-21706	Mouse IgM, pluripotent marker
CK8 (C51)	Santa Cruz Biotechnology	sc-8020	Mouse IgG1, against cytokeratin 8
α-fetoprotein	Santa Cruz Biotechnology	sc-8399	AFP, mouse IgG2a
HNF-3β (P-19)	Santa Cruz Biotechnology	sc-9187	FOXA2, goat polyclonal antibody
Troponin T (Av-1)	Thermo Scientific	MS-295-P0	Mouse IgG1
Desmin	Thermo Scientific	RB-9014-P1	Rabbit IgG
Anti-NANOG	ReproCELL Inc, Japan	RCAB0004P-F	Polyclonal antibody
Rat anti-GFAP	Zymed	13-0300	Glial fibrillary acidic protein
Albumin (clone HSA1/25.1.3)	Cedarlane Laboratories Ltd.	CL2513A	Mouse IgG1
Smooth muscle actin (clone 1A4)	DakoCytomation Inc	IR611/IS611	Mouse IgG2a
Nestin	Chemicon International	MAB5326	Rabbit polyclonal antibody
TUBB3	Convance Inc	MMS-435P	Tuj1, mouse IgG2a
HNF4α (C11F12)	Cell Signaling Technologies	3113	Rabbit monoclonal antibody
Paraformaldehyde (solution)	Electron Microscopy Sciences	15710	PFA, fixative, diluted in D-PBS