Isolamento e enriquecimento de células progenitoras epiteliais pulmonares humanas para a cultura organoide

Resumo

Este artigo fornece uma metodologia detalhada para as abordagens de dissociação tecidual e fracionamento celular permitindo o enriquecimento de células epiteliais viáveis de regiões proximais e distais do pulmão humano. Aqui essas abordagens são aplicadas para a análise funcional das células progenitoras epiteliais pulmonares através do uso de modelos de cultura organoides 3D.

Resumo

Modelos organoides epiteliais servem como ferramentas valiosas para estudar a biologia básica de um sistema de órgãos e para modelagem de doenças. Quando cultivadas como organoides, as células progenitoras epiteliais podem se auto-renovar e gerar progêneres diferenciais que exibem funções celulares semelhantes às de suas contrapartes in vivo . Aqui descrevemos um protocolo passo-a-passo para isolar progenitores específicos da região do pulmão humano e gerar culturas organoides 3D como uma ferramenta experimental e de validação. Definimos regiões proximais e distais do pulmão com o objetivo de isolar células progenitoras específicas da região. Utilizamos uma combinação de dissociação enzimática e mecânica para isolar células totais do pulmão e da traqueia. Células progenitoras específicas foram então fracionadas das células de origem proximal ou distal usando fluorescência de classificação celular associada (FACS) com base em marcadores de superfície específicos do tipo celular, como NGFR para classificação de células basais e HTII-280 para classificação de células alveolares tipo II. Progenitores basais isolados ou alveolares tipo II foram utilizados para gerar culturas organoides 3D. Tanto progenitores distal quanto proximal formaram organoides com uma colônia formando eficiência de 9-13% na região distal e 7-10% na região proximal quando banhados 5000 células/poços no dia 30. Organoides distais mantiveram células alveolares tipo II HTII-280⁺ na cultura, enquanto organoides proximais se diferenciaram em células ciliadas e secretary até o dia 30. Essas culturas organoides 3D podem ser utilizadas como uma ferramenta experimental para estudar a biologia celular das interações mesenquimais pulmonares e epiteliais, bem como para o desenvolvimento e validação de estratégias terapêuticas voltadas à disfunção epitelial em uma doença.

Introdução

Os espaços aéreos do sistema respiratório humano podem ser amplamente divididos em zonas de condução e respiratória que mediam o transporte de gases e sua subsequente troca através da barreira epitelial-microvascular, respectivamente. As vias aéreas condutoras incluem traqueia, brônquios, brônquios e brônquios terminais, enquanto os espaços de ar respiratório incluem brônquios respiratórios, dutos alveolares e alvéolos. O revestimento epitelial desses espaços aéreos muda na composição ao longo do eixo proximo-distal para acomodar os requisitos únicos de cada zona funcionalmente distinta. O epitélio pseudoesstratificado das vias aéreas traqueo-brônquico é composto por três tipos de células principais, basal, secreto e ciliado, além dos tipos celulares menos abundantes, incluindo escova, neuroendócrina e ionócito ^1,2,3. As vias aéreas bronquiolares abrigam tipos de células epiteliais morfologicamente semelhantes, embora haja distinções em suas propriedades abundantes e funcionais. Por exemplo, as células basais são menos abundantes dentro das vias aéreas bronquiolares, e as células secretas incluem uma maior proporção de células de clube versus células de cálice e cálice que predominam nas vias aéreas traqueo-brônquicas.  As células epiteliais da zona respiratória incluem um tipo de célula cuboidal mal definida em brônquios respiratórios, além de células alveolares tipo I (ATI) e tipo II (ATII) de dutos alveolares e alveoli ^1,4.

A identidade dos tipos de células epiteliais e progenitoras que contribuem para a manutenção e renovação da epitelial em cada zona são incompletamente descritas e em grande parte inferidas a partir de estudos em modelos animais 5,6,7,8. Estudos em camundongos têm mostrado que ou células basais de vias aéreas pseudoestratificadas, ou células de clubes de vias aéreas bronquiolares ou células ATII do epitélio alveolar, servem como células-tronco epiteliais baseadas na capacidade de autoconexação ilimitada e diferenciação multipotente 7,9,10,11,12 . Apesar da incapacidade de realizar estudos de rastreamento de linhagem genética para avaliar a origem dos tipos de células epiteliais pulmonares humanas, a disponibilidade de modelos de cultura baseados em organoides para avaliar o potencial funcional das células-tronco epiteliais e progenitoras fornece uma ferramenta para estudos comparativos entre camundongos e^humanos 13,14,15,16,17.

Descrevemos métodos para o isolamento de tipos de células epiteliais de diferentes regiões do pulmão humano e sua cultura usando um sistema organoide 3D para recapitular os tipos de células regionais. Métodos semelhantes foram desenvolvidos para a análise funcional e modelagem de doenças de células epiteliais de outros sistemas de órgãos 18,19,20,21. Esses métodos fornecem uma plataforma para a identificação de células progenitoras epiteliais regionais, para realizar estudos mecanicistas investigando sua regulação e microambiente, e para permitir a modelagem de doenças e descoberta de medicamentos. Embora estudos de células progenitoras epiteliais pulmonares realizados em modelos animais possam se beneficiar da análise, seja in vivo ou in vitro, insights sobre a identidade das células progenitoras epiteliais pulmonares humanas têm sido em grande parte dependentes da extrapolação de organismos modelo. Como tal, esses métodos fornecem uma ponte para relacionar a identidade e o comportamento dos tipos de células epiteliais pulmonares humanas com seus estudos investigando a regulação de células-tronco/progenitoras.

Protocolo

O tecido pulmonar humano foi obtido de doadores de tecidos falecidos em conformidade com os procedimentos de consentimento desenvolvidos pelo International Institute for the Advancement of Medicine (IIAM) e aprovados pelo Cedars-Sinai Medical Center Internal Review Board.

1. Processamento de tecidos para isolamento de células pulmonares das regiões traqueo-brônquica ou pequenas vias aéreas/parenchymal (pequenas vias aéreas e alvéolos)

1. Prepare e autoclave todos os instrumentos de dissecção, vidros e as soluções apropriadas um dia antes do isolamento celular.
2. Ao receber tecido pulmonar, identifique e separe as regiões proximais e distais. A traqueia e os brônquios são considerados "proximais". Para efeitos deste protocolo, a traqueia e as primeiras 2-3 gerações de brônquios são disected e usadas para o isolamento do epitélio das vias aéreas "proximal". Pequenas vias aéreas de 2 mm ou menos de diâmetro e tecido parenchímal circundante são, para efeitos deste protocolo, considerados como epitélio pulmonar "distal" (Figura 1A).
   NOTA: Todos os procedimentos envolvendo o processamento do tecido pulmonar humano devem ser realizados em um armário de biossegurança com uso de equipamentos de proteção individual adequados.

2. Enriquecimento e subseção de pequenas vias aéreas e células progenitoras epiteliais alveolares do tecido pulmonar distal

1. Preparação do tecido distal
   1. Coloque o tecido pulmonar distal em uma placa de Petri estéril (150 x 15 mm). Coloque o tecido em aproximadamente 1 cm³ pedaços e coloque em um tubo limpo de 50 mL.
   2. Lave o tecido 3x com HBSS refrigerado, descartando a lavagem do HBSS cada vez para remover o sangue e o fluido do revestimento epitelial.
   3. Coloque o tecido em uma nova placa de Petri e enxugue com lenços anti-fiapos estéreis. Usando fórceps e tesouras, remova o máximo de pleura visceral (uma delicada membrana transparente que cobre a superfície do pulmão) possível.
   4. Use uma tesoura para picar tecido em pedaços de aproximadamente 2 mm de diâmetro. Transfira tecido picado em uma placa de Petri limpa e pique ainda mais cortando-o para um tamanho aproximado de 1 mm com uma lâmina de barbear estéril.
2. Digestão enzimápica
   NOTA: A solução de estoque liberase é de 5 mg/mL (100x) e o estoque da DNase é de 2,5 mg/mL (100x) (Tabela de Materiais).
   1. Adicione 50 μg/mL Liberase e 25 μg/mL DNase em HBSS estérei em um tubo cônico de 50 mL.
   2. Transfira aproximadamente 2-3 g de tecido picado para um novo tubo cônico de 50 mL com 25 mL de HBSS, contendo Liberase e DNase. Incubar por 40-60 min a 37 °C com agitação contínua usando um conjunto de batedeira a 900 rpm. Após 30 minutos de incubação, triturate tecido digerido usando uma seringa de 30 mL sem agulha para evitar a formação de aglomerados e continuar com a incubação.
      NOTA: O tempo de incubação com as enzimas pode variar dependendo do tipo ou condição do tecido. Por exemplo, a digestão enzimática do tecido normal leva aproximadamente 45 minutos. No entanto, o tecido fibroso de amostras de fibrose pulmonar idiopática pode exigir um tempo de incubação mais longo de até 60 minutos. Portanto, monitore cuidadosamente o tecido durante esta etapa para evitar danos aos marcadores de superfície, o que é crucial para o FACS.
3. Isolamento de célula única
   1. Triturar o tecido desenhando 5x através de uma agulha de 16 G instalada em uma seringa de 30 mL. Desenhe a suspensão do tecido em uma pipeta de furo largo e passe por uma série de filtros celulares (500 μm, 300 μm, 100 μm, 70 μm, 40 μm) sob pressão de vácuo. Lave o coador com 20 mL de tampão HBSS+ para coletar células restantes. A receita do tampão HBSS+ pode ser encontrada na Tabela de Materiais.
   2. Adicione um volume igual de tampão HBSS+, após 45 minutos ao filtrado para inibir a atividade liberase e evitar a digestão excessiva.
   3. Filtragem centrífuga a 500 x g por 5 min a 4 °C. Remova cuidadosamente e descarte o supernaspe. Adicione 1 mL de tampão de lise de glóbulos vermelhos (RBC) à pelota, balance suavemente o tubo para desalojar a pelota e incubar no gelo por 1 min.
      NOTA: A quantidade e o tempo na solução de lise RBC depende do tamanho da pelota. É importante manter as células no gelo e monitorar o tempo na solução de lise RBC cuidadosamente para prevenir a lise das células-alvo. Se a lise RBC for insuficiente, repita o passo.
   4. Adicione 10-20 mL de tampão HBSS+ para neutralizar o buffer de lise RBC. Filtragem centrífuga a 500 x g por 5 min a 4 °C.
   5. Se as células vermelhas (células fantasmas) formarem uma camada nublada acima da pelota celular, resuspende a pelota em 10 mL de tampão HBSS+ e coe a suspensão através de um coador de células de 70 μm para eliminar as células fantasmas. Centrifugar o filtrado a 500 x g por 5 min a 4 °C e proceder com outras etapas.
4. Esgotamento das células imunes e células endoteliais (passo opcional)
   1. Despojar células endoteliais CD31⁺ e células imunes CD45⁺ da piscina de células totais usando as microesferas CD31 & CD45 conjugadas a anticorpos anti-humanos monoclonais CD31 e CD45 (igG1) e colunas LS de acordo com o protocolo do fabricante (Tabela de Materiais).
   2. Colete o fluxo através, consistindo principalmente de células epiteliais e estromas, em um tubo estéril fresco e centrífuga-lo a 500 x g por 5 min a 4 °C. Realize uma contagem de células para verificar o número total de células no fluxo.
5. Coloração da superfície celular para classificação celular associada à fluorescência (FACS)
   1. Resuspend 1 x 10⁷ células por 1 mL de tampão HBSS+. Adicione anticorpos primários na concentração necessária e incubar as células por 30 minutos a 4 °C no escuro. Neste estudo, foram utilizados anticorpos primários conjugados fluoróforos, a menos que declarados em contrário. Detalhes de fontes de anticorpos e títulos são descritos na Tabela de Materiais.
      NOTA: O HTII-280 é atualmente o melhor anticorpo reativo de superfície que permite a subsetting de células pulmonares distais em frações de células predominantemente aéreas (HTII-280^-) e alveolares tipo 2 (HTII-280⁺). Uma ressalva a essa estratégia é que as células AT1 não estão manchadas usando este método e são mal representadas devido à sua fragilidade. No entanto, as células AT1 são mal representadas em preparações pulmonares distais, presumivelmente devido à sua fragilidade e perda durante a seleção de células viáveis pela FACS e, portanto, representam apenas um contaminante raro da fração celular das vias aéreas.
   2. Lave as células adicionando 3 mL de tampão HBSS+ e centrífuga a 500 x g por 5 min a 4 °C.
   3. Se usar anticorpos primários não conjugados, adicione a concentração necessária de um anticorpo secundário conjugado fluorohore apropriado e incubar por 30 minutos no gelo. Lave o excesso de anticorpo secundário adicionando 3 mL de tampão HBSS+ e centrífuga a 500 x g por 5 min a 4 °C.
   4. Descarte as células supernascidas e resuspendas no buffer HBSS+ por 1 x 10⁷ células/mL. Filtrar células em tubos de poliestireno de 5 mL através de uma tampa de coador para garantir a formação de uma única suspensão celular. Adicione DAPI (1 μg/mL) para manchar células permeáveis (mortas).
      NOTA: É essencial usar controles apropriados de cor única e fluorescência menos um (FMO) (ou seja, coquetel de coloração de anticorpos menos um anticorpo cada), para minimizar falsos positivos durante o FACS. Neste estudo, foram utilizadas contas de seleção positivas e negativas para compensação empírica por sobreposição de espectros de emissões entre fluoroforos (Tabela de Materiais). FACS enriquecem tipos de interesse celular. As células epiteliais viáveis são enriquecidas com base em seu fenótipo de superfície celular CD45 negativo, CD31 negativo, CD236 positivo e coloração negativa para DAPI. Esta fração de célula epitelial pode ser ainda mais subsettada com base na coloração de marcadores de superfície específicos do tipo celular, como coloração específica para células HTII-280-positivas que são enriquecidas para células AT2. Em contraste, a seleção negativa para HTII-280 permite o enriquecimento de pequenas células epiteliais das vias aéreas, como o clube e as células ciliadas (Figura 2).

3. Enriquecimento e subsequimento de células progenitoras epiteliais das vias aéreas traqueo-brônquica

1. Preparação tecidual
   1. Disseca as vias aéreas proximais (traqueia/bronchi) dos pulmões. Abra as vias aéreas ao longo de seu comprimento usando uma tesoura para expor o lúmen e adicione 50 μg/mL Liberase para cobrir totalmente o tecido.
   2. Incubar por 20 min a 37 °C com agitação contínua usando uma mistura térmica fixada a 900 rpm.
   3. Retire as vias aéreas proximais do tubo centrífuga e coloque-a em uma placa de Petri estéril (150 x 15 mm). Raspe suavemente a superfície das vias aéreas usando um bisturi para retirar completamente as células epiteliais luminais do tecido.
   4. Lave a placa de Petri com 5 mL de tampão HBSS+ estéril para coletar todas as células epiteliais luminais desalojadas e transfira as células desalojadas para tubo de centrífuga cônica de 50 mL. Triturar a suspensão desenhando agulha de 5x a 16 G e agulha de 18 G instalada em uma seringa de 10 mL para obter suspensão de célula única.
   5. Centrifugar a suspensão a 500 x g por 5 min a 4 °C. Resuspenque a pelota em tampão HBSS+ fresco e armazene essas células das vias aéreas luminal no gelo, prontas para serem combinadas com a suspensão de célula única gerada das vias aéreas proximais picadas nos próximos passos.
   6. Usando uma tesoura, corte o tecido traqueo-brônquico restante ao longo de seus anéis para gerar pequenas tiras de tecido, e transfira as tiras para uma placa de Petri fresca. Pique as tiras de tecido usando uma única lâmina de barbear lateral para fazer pedaços menores.
      NOTA: Uma vez que as vias aéreas proximais são cartilaginosas, elas não podem ser picadas tão finamente quanto o tecido pulmonar distal.
   7. Transfira o tecido picado para os tubos C, adicione 2 mL de Liberase ao tubo garantindo que o tecido esteja submerso. Carregue o tubo C no dissociador automatizado e execute o Protocolo pulmonar humano-2 para dissociar o tecido mecanicamente ainda mais.
      NOTA: O dissociador utilizado neste protocolo oferece um programa otimizado chamado protocolo pulmonar humano-2 para esta aplicação específica (ver Tabela de Materiais).
2. Digestão enzimápica e isolamento celular único
   1. Transfira aproximadamente 2 g de tecido proximal picado do tubo C para cada tubo de centrífuga cônica de 50 mL e adicione 50 μg/mL Liberase e 25 μg/mL DNase solução para cada tubo.
      NOTA: Para garantir uma dissociação eficiente, os tubos não devem ser preenchidos além da marca de 30 mL.
   2. Incubar o tecido picado por 45 min a 37 °C com agitação contínua usando um conjunto de batedeira a 900 rpm.
   3. Passe a suspensão do tecido dissociado através de uma série de cepas celulares (500 μm, 300 μm, 100 μm, 70 μm, 40 μm) sob pressão de vácuo como mencionado acima e coletar o fluxo através. Lave o coador com 20 mL de tampão HBSS+ para coletar células restantes.
      NOTA: Como o tecido proximal é cartilaginoso e volumoso em comparação com o tecido distal, há maior possibilidade de entupimento dos filtros. O uso de um funil pode ajudar a evitar o transbordamento do líquido enquanto passa pelos filtros.
   4. Adicione um volume igual de tampão HBSS+ ao filtrado para inibir a atividade liberase e evitar a digestão excessiva. Adicione as células proximais proximais isoladas de 3.1.5 à suspensão celular nesta etapa.
   5. Centrifugar a suspensão combinada da célula a 500 x g por 10 min. Remova o supernatante e repita a lavagem celular no buffer HBSS+. Realize o esgotamento das células imunes CD45⁺ e células endoteliais CD31⁺ como mencionado acima em 2.4 (etapa opcional).
   6. Os métodos de coloração são semelhantes ao tecido pulmonar distal, seguem os passos em 2,5. Enriqueça células epiteliais viáveis com base em seu fenótipo de superfície celular CD45 negativo, CD31 negativo, CD236 positivo e coloração negativa para DAPI.
   7. Subconjunte ainda a fração de célula epitelial com base na coloração de marcadores de superfície específicos do tipo celular, como NGFR, permitindo o enriquecimento de tipos de células basais (NGFR positivo) e não basais (NGFR negativo; secretory, ciliado, neuroendócrino) (Figura 3).

4. Cultura organoide

1. Adicione 5.000 (este número pode ser ajustado para produzir a densidade desejada de organoides epiteliais) células proximais ou distais classificadas para tubo estéril de 1,5 mL juntamente com 7,5 x 10⁴ células MRC-5 (linha celular do fibroblasto pulmonar humano). Interações epiteliais-mesenquimais são fundamentais para a expansão das células progenitoras.
2. Centrifugar a 500 x g por 5 min a 4 °C.
   NOTA: É importante confirmar manualmente a contagem de células obtida do classificador, a fim de garantir a precisão da colônia organoide formando eficiência.
3. Remova e descarte cuidadosamente o supernasal e resuspenque a pelota celular em 50 μL de mídia gelada complementada com antibióticos. Mantenha a suspensão celular no gelo.
4. Adicione 50 μL de gelo frio 1x fator de crescimento esgotado membrana de membrana de porão médio ao frasco e tubo suavemente a suspensão no gelo para misturar.
   NOTA: É importante usar a mídia gelada e manter células no gelo para evitar a polimerização prematura do meio da matriz da membrana do porão.
5. Transfira a suspensão celular para uma inserção de cultura celular do tamanho de um poro de 0,4 μm em uma placa de 24 poços (1,4 x 10⁴ células/cm²), tomando cuidado para evitar a introdução de bolhas de ar.
6. Incubar a 37 °C por 30-45 min para permitir que a matriz se solidifique.
7. Adicione 600 μL de meio de crescimento pré-aquecido ao poço.
   NOTA: A mídia foi complementada com agentes antimicocópticos (0,4%) e estreptococos de caneta (1%) nas primeiras 24h após a semeadura e 10 μM Rho kinase inibidor para as primeiras 72 h.
8. Cultura a 37 °C em uma incubadora de CO₂ de 5% por 30 dias, período durante o qual a mídia deve ser alterada a cada 48 h.
   NOTA: A duração da cultura pode ser alterada com base no propósito do experimento. Pontos finais mais longos são usados para estudar diferenciação, enquanto pontos finais mais curtos de 7 dias, 14 dias etc., podem ser usados se o objetivo do experimento não for alcançar a completa diferenciação.
9. Adicione 10 μM inibidor de TGFβ aos meios de cultura por 15 dias para manter as células na fase proliferativa e suprimir o crescimento excessivo de fibroblastos.
   NOTA: Os resultados diferem de acordo com o meio de cultura utilizado para o ensaio. Por exemplo, os resultados aqui apresentados foram gerados utilizando-se pneumacult-ALI Medium, o que resulta na geração de organoides grandes a partir de pulmão distal, organoides bem diferenciados e maiores do pulmão proximal.

5. Mancha organoide

1. Fixação e incorporação de organoides
   1. Aspirar a mídia das câmaras de inserção transmembrana superior e inferior e enxaguar uma vez com PBS quente.
   2. Fixar as culturas colocando 300 μL de PFA (2% c/v) na pastilha e 500 μL no poço por 1hr a 37°C. Remova fixativo e enxágue com PBS quente tomando cuidado para não desalojar o plug da matriz de membrana demico-base.
      NOTA: Os organoides fixos podem ser armazenados submersos em PBS a 4 °C durante uma a duas semanas antes de iniciar mais etapas.
   3. Aspirar PBS, inverter a pastilha e cortar cuidadosamente a membrana de inserção ao redor de sua periferia. Usando fórceps, remova a membrana transwell, tomando cuidado para não perturbar o plugue de matriz.
   4. Em uma placa de Petri, toque na pastilha para recuperar o plugue de matriz.
   5. Adicione uma gota de gel de processamento de espécimes como o Histogel (mantido a 37 °C) ao plugue da matriz e mantenha a 4 °C até que o gel se solidifique.
   6. Transfira o plugue para um de incorporação, desidrate-se através de concentrações crescentes de etanol (70, 90 e 100%), limpe em xileno e incorpore em cera de parafina.
   7. Corte seções de 7 μm em um microtome e colete em slides carregados positivamente.
2. Coloração de imunofluorescência de organoides
   1. Coloque slides a 65 °C por 30 min para desapor.
   2. Desparafinar as seções por imersão no xileno e reidratar através da diminuição das concentrações de etanol.
   3. Realize a recuperação de antígeno de alta temperatura em solução de unmasking de antígeno, base de ácido cítrico usando um retriever comercialmente disponível mergulhando slides na solução por 15 min (Tabela de Materiais).
   4. Cerque o tecido com uma barreira hidrofóbica usando uma caneta pap.
   5. Bloqueie a coloração não específica entre os anticorpos primários e o tecido, incubando no buffer de bloqueio.
   6. Incubar seções na concentração adequada de anticorpos primários diluídos em solução de incubação durante a noite a 4 °C em uma câmara umidificada.
   7. Enxágüe seções 3x à temperatura ambiente com um tampão de lavagem.
   8. Incubar na concentração adequada de anticorpo secundário conjugado fluorocromo por 1h à temperatura ambiente.
   9. Enxágüe seções 3x à temperatura ambiente com 0,1% Tween 20-TBS. Incubar seções por 5 min em DAPI (1 μg/mL). Enxágüe seções uma vez em TBS (soro fisiológico tamponado por tris) com 0,1% Tween 20, seca e montagem em uma solução de montagem (Figura 4 e Figura 5).
      NOTA: A diluição de trabalho de origem e ideal dos anticorpos primários e secundários utilizados para a coloração da imunofluorescência estão incluídas na Tabela de Materiais.

Resultados

Tecido pulmonar de origem
A traqueia e o brônquio extrapulmonar (Figura 1A) foram usados como tecido fonte para o isolamento de células epiteliais das vias aéreas proximais e posterior geração de organoides proximais. O tecido pulmonar distal que inclui tanto o parenchyma quanto as pequenas vias aéreas com menos de 2 mm de diâmetro (Figura 1A) foram utilizados para o isolamento de pequenas vias aéreas e células epiteliais alveolares ...

Discussão

Descrevemos um método confiável para o isolamento de subpopulações definidas de células pulmonares do tecido pulmonar humano para análise molecular ou funcional e modelagem de doenças. Elementos críticos dos métodos incluem a capacidade de alcançar a dissociação tecidual com a preservação de epítopos superficiais, que permitem o enriquecimento mediado por anticorpos de células recém-isoladas, e a otimização de métodos culturais para a geração eficiente de organoides epiteliais específicos da regiã...

Materiais

Name	Company	Catalog Number	Comments
Cell Isolation
10 mL Sterile syringes, Luer-Lok Tip	Fisher scientific	BD 309646
30 mL Sterile syringes, Luer-Lok Tip	VWR	BD302832
Biohazard bags	VWR	89495-440
Biohazard bags	VWR	89495-440
connecting ring	Pluriselect	41-50000-03
Deoxyribonuclease (lot#SLBF7798V)	sigma Aldrich	DN25-1G
Disposable Petri dishes	Corning/Falcon	25373-187
Funnel	Pluriselect	42-50000
HBSS	Corning	21-023
Liberase TM Research Grade	sigma Aldrich	5401127001
needle 16G	VWR	305198
needle 18G	VWR	305199
PluriStrainer 100 µm (Cell Strainer)	Pluriselect	43-50100-51
PluriStrainer 300 µm (Cell Strainer)	Pluriselect	43-50300-03
PluriStrainer 40 µm (Cell Strainer)	Pluriselect	43-50040-51
PluriStrainer 500 µm (Cell Strainer)	Pluriselect	43-50500-03
PluriStrainer 70 µm (Cell Strainer)	Pluriselect	43-50070-51
Razor blades	VWR	55411-050
Red Blood Cell lysis buffer	eBioscience	00-4333-57
Equipment’s
GentleMACS C Tubes	MACS Miltenyi Biotec	130-096-334
GentleMACS Octo Dissociator	MACS Miltenyi Biotec	130-095-937
Leica ASP 300s Tissue processor
LS Columns	MACS Miltenyi Biotec	130-042-401
MACS MultiStand**	Miltenyi Biotech	130-042-303
Thermomixer	Eppendorf	05-412-503
Thermomixer	Eppendorf	05-412-503
HBSS+ Buffer
Amphotericin B	Thermo fisher scientific	15290018	2ml
EDTA (0.5 M), pH 8.0, RNase-free	Thermo fisher scientific	AM9260G	500µl
Fetal Bovine Serum	Gemini Bio-Products	100-106	10ml
HBSS Hank's Balanced Salt Solution 1X 500 ml	VWR	45000-456	500ml bottle
HEPES (1 M)	Thermo fisher scientific	15630080	5ml
Penicillin-Streptomycin-Neomycin (PSN) Antibiotic Mixture	Thermo fisher scientific	15640055	5ml
List of antibodies for FACS
Alexa Fluor 647 anti-human CD326 (EpCAM) Antibody	BioLegend	369820	1:50
BD CompBead Anti-Mouse Ig, K/ Negative control particles set	Fisher Scientific	BDB552843
CD31 MicroBead Kit, human	Miltenyi Biotec	130-091-935	20µl/ 107 total cells
CD45 MicroBeads, human	Miltenyi Biotec	130-045-801	20µl/ 107 total cells
DAPI	Sigma Aldrich	D9542-10MG	1:10000
FITC anti-human CD235a	BioLegend	349104	1:100
FITC anti-human CD31	BioLegend	303104	1:100
FITC anti-human CD45	BioLegend	304054	1:100
FITC anti-mouse IgM Antibody	BioLegend	406506	1:500
Mouse IgM anti human HT2-280	Terrace Biotech	TB-27AHT2-280	1:300
PE anti-human CD271(NGFR)	BioLegend	345106	1:50
Composition of Organoid Culture mediums
MRC-5	ATCC	CCL-171
PneumaCult -ALI Medium	Stemcell Technologies	5001
Small Airway Epithelial Cell Growth Medium	PromoCell	C-21170
ThinCert Tissue Culture Inserts, Sterile	Greiner Bio-One	662641
Y-27632 (ROCK inhibitor) 100mM stock (1000x)	Stemcell Technologies	72302
Mouse Basal medium:
Amphotericin B	Thermo fisher scientific	15290018	50 µl
DMEM/F-12, HEPES	ThermoFisher scientific	11330032	50 ml
Fetal Bovine Serum	Gemini Bio-Products	100-106	5 ml
Insulin-Transferrin-Selenium (ITS -G) (100X)	ThermoFisher scientific	41400045	500 µl
Penicillin-Streptomycin-Neomycin (PSN) Antibiotic Mixture	Thermo fisher scientific	15640055	500 µl
SB431542 TGF-β pathway inhibitor (stock 100 mM)	Stem cell	72234	5 µl
List of antibodies for Immunohistochemistry
Antigen unmasking solution, citric acid based	Vector	H-3300	937 µl in 100ml water
Histogel	Thermo Scientific	HG-4000-012
Primary Antibodies
Anti HT2-280	Terracebiotech	TB-27AHT2-280	1:500
FOXJ1 Monoclonal Antibody (2A5)	Thermo Fisher Scientific	14-9965-82	1:300
Human Uteroglobin/SCGB1A1 Antibody	R and D systems	MAB4218	1:300
Keratin 5 Polyclonal Chicken Antibody, Purified [Poly9059]	Biolegend	905901	1:500
MUC5AC Monoclonal Antibody (45M1)	Thermo Fisher Scientific	MA5-12178	1:300
PDPN / Podoplanin Antibody (clone 8.1.1)	LifeSpan Biosciences	LS-C143022-100	1:300
Purified Mouse Anti-E-Cadherin	BD biosciences	610182	1:1000
Sox-2 Antibody	Santa Cruz biotechnologies	sc-365964	1:300
Secondary Antibodies
Donkey anti-rabbit lgG, 488	Thermo Fisher Scientific	A-21206	1:500
FITC anti-mouse IgM Antibody	BioLegend	406506	1:500
Goat anti-Hamster IgG (H+L), Alexa Fluor 594	Thermo Fisher Scientific	A-21113	1:500
Goat anti-Mouse IgG1 Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 488	Thermo Fisher Scientific	A-21121	1:500
Goat anti-Mouse IgG2a Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 488	Thermo Fisher Scientific	A-21131	1:500
Goat anti-Mouse IgG2a Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 568	Thermo Fisher Scientific	A-21134	1:500
Goat anti-Mouse IgG2b Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 568	Thermo Fisher Scientific	A-21144	1:500
Buffers
Immunohistochemistry Blocking Solution			3% BSA, o.4% Triton-x100 in TBS (Tris based saline)
Immunohistochemistry Incubation Solution			3% BSA, ).1% Triton-X100 in TBS
Immunohistochemistry Washing Solution			TBS with 0.1% Tween 20