Modelagem geométrica 3D computacional da reação de espécies químicas através da fusão. é um método útil para estudar os mecanismos de tráfico de receptores dentro e fora da coluna dendrítica está fazendo plasticidade sináptica. Essa técnica tem a vantagem de criar um ambiente rico para fazer hipóteses e projeções sobre sistemas não lineares com um grande número de variáveis.
Para criar uma malha de uma única coluna dendrítica com uma cabeça de coluna e um pescoço de coluna usando uma esfera modificada. Primeiro liquidificador aberto. Com o Blender celular já instalado e pressione 5 no teclado, para mudar da perspectiva para a visão ortogonal.
Pressione 1 para mudar para a visão frontal e pressione o Turno C para centralizar o cursor. Para criar a cabeça da coluna, pressione shift A para abrir a paleta Malha e selecione a Malha. Selecione esfera UV e na esfera UV adicionada, defina o tamanho para 0,25 e os anéis para 32.
Para fazer a parte superior da cabeça, pressione a guia de pressione para alternar o Liquidificador do modo Objeto para o modo Editar. Pressione B para selecionar os três quartos superiores da esfera e pressione Excluir, selecione Vértices e Enter para remover os vértices. Pressione B e selecione a parte superior da esfera.
Pressione E, S, 0 e Enter para selar a parte superior dos vértices ainda selecionados. E mova a seta azul para baixo para se alinhar ao topo da cabeça da coluna. Para aumentar a resolução da malha na parte superior da coluna, selecione Ferramenta e faca e use a faca para cortar um círculo ao redor do centro da parte superior.
Em seguida, selecione Corte de ferramenta e loop e deslize quatro vezes para criar quatro círculos concêntricos ao redor do centro da parte superior. Para criar a pressão do pescoço da coluna B e selecione a parte inferior da malha. Pressione Excluir vértices e B e selecione a parte inferior da malha.
Pressione E e Z e selecione menos 0,45 para criar uma extrusão na posição do eixo Z, a menos 0,45 micro metros. Para tornar a malha compatível com a prensa de célula M Ctrl T para triangular a malha e selecionar ferramentas e remover duplas. Para criar uma prensa dendrite de coluna múltipla Shift A para abrir a paleta Malha e selecionar Malha e Cilindro.
No menu Adicionar cilindro, ajuste o raio 0,3 micrômetros e a profundidade em dois micrômetros e pressione Enter. Pressione R e digite 90 para girar o cilindro 90 graus e use a seta azul para arrastar o cilindro para o fundo da coluna. Pressione 3 para obter uma visão frontal do cilindro e pressione Z para tornar a malha transparente.
Use a seta azul normal para mover a base da coluna vertebral para o interior do cilindro e clique com o botão direito do mouse para selecionar o Dendrite. Selecione Modificador e Modificador de Adoção e selecione Boolean, Operação União e selecione Coluna de Objeto. Clique em Aplicar para criar uma malha articular do Dendrite e da coluna vertebral.
Em seguida, use o mouse para selecionar a malha da coluna isolada, alterando a posição e o ângulo para inserir cada nova coluna em uma posição fisiológica. Para criar AMPARs, selecione Moléculas e insira uma nova molécula. Mude o nome para AMPAR e altere o tipo de molécula para molécula de superfície.
Em seguida, mude a constante de difusão 0,05 vezes 10 para o oitavo centímetro quadrado por segundo. Para traçar as âncoras vinculadas às AMPARs, no PSD1 durante a condição basal, abra as Configurações de Saída do Enredo e pressione para definir as moléculas. Em seguida, coloque a Molécula para Anchor_AMPAR, o Objeto de Dendrite e a Região para PSD1.
Para executar uma simulação de Condição Basal selecione Simulação executar. E definir as iterações para 30.000 e o tempo passo para um vezes 10 para menos três segundos. Clique em Exportar e Executar e aguarde o término da simulação.
No final da simulação, selecione Recarregar dados de visualização, reproduzir animação, configurações de saída de gráfico e plotar para visualizar os resultados temporais espaciais. Para executar a condição de potencialização homossináptica selecione a colocação da molécula e rel_anchorLTP_psd1. Selecione rel_anchorLTP_psd1 e altere a quantidade para liberar para 200.
Em seguida, altere a quantidade para liberar para zero. Selecione rel_anchor_psd1. Alterar quantidade para liberar para zero e executar a simulação como apenas demonstrado.
A plasticidade sináptica pode ser aproximadamente verificada através de alterações no número de espécies de AMPARs ligadas a âncoras em cada coluna. Para o cálculo exato da ocorrência de plasticidade sináptica. Recomenda-se calcular a variação dos números totais de AMPARs ancorados e livres na sinapse.
A potencialização e a depressão homossináptica ampar podem ser verificadas através de aumentos e reduções no número de AMPARs ancorados, respectivamente, causadas por mudanças na afinidade dos AMPARs por âncoras em comparação com a condição basal. Por exemplo, a indução de potencialização homossináptica a longo prazo em uma única coluna vertebral cria um efeito depressivo heterossináptico a longo prazo nas espinhas vizinhas. Após este procedimento, o modelo pode ser expandido para investigar o processo de indução de LTP e LTD em lombadas dendríticas.
Este método permite o teste de hipóteses sobre o funcionamento de sistemas complexos não lineares com um grande número de variáveis.
