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Genetics

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Um pipeline versátil para analisar mudanças dinâmicas em corpos nucleares em uma variedade de tipos de células

Transcrição

Nosso principal interesse de pesquisa é um mecanismo epigenético que regula a elasticidade celular humana e a adaptação ambiental. Atualmente, estou me concentrando em estudar como as mudanças na cromatização dentro de um condensado nuclear são três condições celulares patológicas. Acredito que estudar as propriedades biofísicas da cromatização abre um novo campo e oferece oportunidades únicas para o desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas.

Os ensaios de imunofluorescência são valiosos para a triagem da organização de proteínas em condensados nucleares. No entanto, a genética humana pode ser desafiadora devido a problemas de seleção de parâmetros e grande volume de dados ao estudar várias condições. Oferecemos uma orientação abrangente sobre como usar os parâmetros corretos e o pipeline de análise automatizado para agilizar o processo.

Nosso protocolo orienta o usuário desde a preparação da amostra até a análise. Fornecemos um projeto de pipeline simulado por meio do Doza com experiência limitada em computação e análise de imagens. O fluxo de trabalho é acessível a todos sem nenhum custo e aproveita softwares amplamente adotáveis, como Imogene e Python e o serviço gratuito baseado em nuvem Google Colab.

Este método descreve um protocolo de imunofluorescência e pipeline de quantificação para avaliar a distribuição de proteínas com padrões variados de organização nuclear em linfócitos T humanos. Este protocolo fornece orientação passo a passo, começando pela preparação da amostra e continuando com a execução da análise semiautomatizada em Fiji, concluindo com o tratamento de dados por um notebook Google Colab.

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