Eine vielseitige Pipeline für die Analyse dynamischer Veränderungen in Kernkörpern in einer Vielzahl von Zelltypen

Unser Hauptforschungsinteresse gilt einem epigenetischen Mechanismus, der die zelluläre Elastizität des Menschen und die Anpassung an die Umwelt reguliert. Ich konzentriere mich derzeit darauf, zu untersuchen, wie sich die Chromatisierung innerhalb eines Kernkondensats in drei pathologischen zellulären Zuständen verändert. Ich glaube, dass die Untersuchung der biophysikalischen Eigenschaften der Chromatisierung ein neues Feld eröffnet und einzigartige Möglichkeiten für die Entwicklung neuartiger therapeutischer Ansätze bietet.

Immunfluoreszenz-Assays sind wertvoll für das Screening der Proteinorganisation in Kernkondensaten. Die Humangenetik kann jedoch aufgrund von Problemen bei der Parameterauswahl und großen Datenmengen bei der Untersuchung mehrerer Erkrankungen eine Herausforderung darstellen. Wir bieten eine umfassende Anleitung zur Verwendung der richtigen Parameter und einer automatisierten Analysepipeline, um den Prozess zu rationalisieren.

Unser Protokoll führt den Benutzer von der Probenvorbereitung bis zur Analyse. Wir haben ein simuliertes Pipeline-Design über Doza mit begrenztem Know-how in Bezug auf Berechnung und Bildanalyse bereitgestellt. Der Workflow ist für jedermann kostenlos zugänglich und nutzt weit verbreitete Software wie Imogene und Python sowie den kostenlosen Cloud-basierten Dienst Google Colab.