Quantificando os fenótipos oculares de Drosophila melanogaster : uma abordagem computacional integrando ilastik e Flynotyper

Estamos interessados em desenvolver modelos de doenças como ELA, FTD e proteinopatia multissistêmica para entender suas patologias moleculares. Um modelo que usamos é o sistema ocular Drosophila. A regularidade e o padrão simétrico do olho podem ser usados para avaliar o efeito da introdução de mutações e alterações na expressão gênica.

Nosso protocolo aborda uma lacuna nas formas de quantificar fenótipos de olhos ásperos, especificamente, a lacuna criada pela classificação manual. A classificação manual é baseada na fusão, perda de omatídeos e organização das cerdas. No entanto, isso pode levar a vieses.

Portanto, a combinação de ilastik e Flynotyper cria um método mais robusto para classificar fenótipos oculares anormais. Nosso protocolo pode ser vantajoso para a classificação manual devido à sua robustez. Mesmo membros de laboratório não treinados podem realizar uma quantificação bem-sucedida, enquanto um pesquisador mais treinado provavelmente é necessário para a classificação manual para evitar diferenças de pontuação a pontuação entre dois pesquisadores diferentes.

Portanto, este protocolo pode economizar tempo e recursos. Nossas descobertas avançam na pesquisa porque este protocolo permite uma quantificação mais precisa dos fenótipos oculares ásperos, especialmente alterações fracas na morfologia do olho, Devido ao viés ao classificar manualmente, a combinação de ilastik e Flynotyper levará a uma pontuação mais precisa e, portanto, resultará em resultados publicados mais precisos.