Drosophila melanogaster 눈 표현형 정량화: ilastik과 Flynotyper를 통합하는 계산적 접근 방식

우리는 ALS, FTD 및 다계통 단백질병증과 같은 질병에 대한 질병 모델을 개발하여 분자 병리학을 이해하는 데 관심이 있습니다. 우리가 사용하는 한 가지 모델은 초파리 눈 시스템입니다. 눈의 규칙성과 대칭 패턴은 돌연변이 및 유전자 발현 변화의 도입 효과를 평가하는 데 사용할 수 있습니다.

당사의 프로토콜은 거친 눈 표현형을 정량화하는 방법의 격차, 특히 수동 순위로 인해 생성된 격차를 해결합니다. 수동 순위는 융합, 옴마티디아 손실 및 강모 조직을 기반으로 합니다. 그러나 편향으로 이어질 수 있습니다.

따라서 ilastik과 Flynotyper를 결합하면 비정상적인 눈 표현형을 순위화하기 위한 보다 강력한 방법을 만들 수 있습니다. 우리의 프로토콜은 견고성으로 인해 수동 순위에 유리할 수 있습니다. 교육을 받지 않은 실험실 구성원도 성공적인 정량화를 수행할 수 있지만, 서로 다른 두 연구자 간의 점수 차이를 피하기 위해 수동 순위 지정을 위해서는 더 훈련된 연구원이 필요할 수 있습니다.

따라서 이 프로토콜은 시간과 리소스를 절약할 수 있습니다. 우리의 연구 결과는 이 프로토콜이 거친 눈 표현형, 특히 눈 형태학의 약한 변화를 보다 정확하게 정량화할 수 있기 때문에 연구를 발전시키며, 수동으로 순위를 매길 때 편향으로 인해 ilastik과 Flynotyper를 결합하면 더 정확한 점수가 매겨지므로 더 정확한 출판 결과를 얻을 수 있습니다.