Method Article
Этот протокол позволяет готовить поперечные срезы семян зерновых культур (например, риса) для анализа морфологии эндосперма и гранул крахмала с помощью сканирующей электронной микроскопии.
Гранулы крахмала (SGs) демонстрируют различную морфологию в зависимости от вида растений, особенно в эндосперме семейства Poaceae. Фенотипирование эндосперма может быть использовано для классификации генотипов на основе морфотипа SG с использованием сканирующего электронно-микроскопического (SEM) анализа. SG можно визуализировать с помощью SEM путем нарезки ядра (околоплодниковые, алейроновые слои и эндосперм) и обнажения органеллярного содержимого. Современные методы требуют, чтобы рисовое ядро было встроено в пластиковую смолу и разрезано с использованием микротома или встроено в усеченный наконечник пипетки и разделено вручную с помощью лезвия бритвы. Первый метод требует специализированного оборудования и отнимает много времени, в то время как второй вводит новый набор проблем в зависимости от генотипа риса. Меловые сорта риса, в частности, представляют проблему для этого типа сечения из-за рыхлого характера их эндоспермальной ткани. Здесь представлена методика приготовления полупрозрачных и меловых зерен риса для микроскопии, требующая только кончиков пипетки и лезвия скальпеля. Подготовка срезов в пределах кончика пипетки предотвращает разрушение эндосперма рисового ядра (для полупрозрачных или «стекловидных» фенотипов) и крошку (для меловых фенотипов). Используя эту технику, можно наблюдать паттерн клеток эндосперма и структуру неповрежденных SG.
Гранулы крахмала (SGs) демонстрируют различную морфологию в зависимости от вида растений, особенно в эндосперме семейства Poaceae 1,2. Фенотипирование эндосперма может быть использовано для классификации генотипов на основе фенотипа SG с использованием сканирующего электронно-микроскопического анализа. SG можно визуализировать с помощью сканирующей электронной микроскопии (SEM) путем разрезания ядра и удаления клеточных стенок эндосперма2.
Целью этого метода является легкая подготовка поперечных срезов рисовых зерен исключительно для быстрого анализа SEM. Развитие этой методики было мотивировано необходимостью быстрого подхода к поперечному сечению, при котором образцы подготавливаются для SEM-микроскопии непосредственно перед визуализацией с использованием минимального оборудования.
Этот метод включает в себя введение шелушащегося рисового ядра в кончик пипетки для полной иммобилизации. Это особенно важно при поперечном сечении меловых рисовых ядер фенотипов, которые рыхлые и легко крошатся под давлением3. Мел является нежелательным качеством риса, поскольку он влияет на внешний вид ядра и заставляет ядро легко ломаться во время полировки и измельчения3. Мел представляет собой непрозрачную область в поперечном сечении ядра, которую можно наблюдать невооруженным глазом; на микроскопическом уровне мел характеризуется мелкими, слабо упакованными гранулами крахмала. Причины мела могутбыть генетическими 4,5 или экологическими6,7.
Поперечные сечения семян зерновых традиционно готовились с использованием химических методов фиксации и секционирования после встраивания образца в парафиновый воск или другую твердую матрицу4,8,9,10. В 2010 году метод Мацусима был введен как способ избежать сложной и трудоемкой пробоподготовки рисовых зерен4. Этот метод включал введение шелушащегося рисового ядра в усеченный наконечник пипетки. Наконечник удерживается неподвижно блочным триммером, а тонкие, частичные участки эндосперма собираются с помощью ручного лезвия бритвы. Еще одна быстрая методика, разработанная в 2016 году, позволила тонкое целое секционирование широкого спектра сухих семян, включая меловые сорта10. Эти методы мотивировали развитие представленной здесь быстрой техники.
Этот новый метод подходит для исследователей, которые хотят получить неповрежденные поперечные сечения рисовых зерен для фенотипирования эндосперма и анализа морфологии крахмала с использованием SEM.
Настоящий протокол представляет собой адаптацию метода4усеченного наконечника пипетки Мацусима с несколькими заметными изменениями: (1) ядра не впитываются ни в одной точке метода; (2) Для подготовки секций не требуется ни блочного триммера, ни ультрамикротома. В этом исследовании были исследованы дикий тип «полупрозрачного» сорта(Oryza sativa L. ssp. japonica cv. Nipponbare) и мутагенизированная «меловая» линия Nipponbare (ssg1, некачественное крахмальное зерно1)4. Эти два сорта были отобраны для анализа здесь, чтобы продемонстрировать технические и визуальные различия в обработке полупрозрачных и меловых рисовых секций.
1. Приготовление поперечного рисового сечения
2. Микроскопия отраженного света поперечных срезов риса
3. Сканирующая электронная микроскопия поперечных срезов риса
Дикие типы Nipponbare(рисунок 2A)и ssg1 (рисунок 2B)рассматривались под тремя увеличениями: 260x, 920x и 4200x. Этот метод позволяет получать срезы достаточного качества для наблюдения за всей эндоспермальной клеткой(рисунок 3А),составными гранулами крахмала(рисунок 3В)и отдельными подгранулами(рисунок 3С). Обработка шелухистых ядер занимает больше времени, чем полированных ядер, поскольку сухая шелуха должна быть удалена путем истирания перед секционированием. Меловые ядра также требуют больше времени для обработки, чем полированные полупрозрачные ядра, поскольку необходимо соблюдать осторожность, чтобы не разрушить ядро во время секционирования. Правильно подготовленный рисовый срез должен быть толщиной примерно 0,9 мм(таблица 1)с минимальным или нулевым разрушением эндосперма(рисунок 1N)и неповрежденными слоями околоплодника и алейронов(рисунок 1O). Неправильное размещение скальпеля на кончике пипетки при секционировании может привести к «сколу» срезов(рисунок 1P). Аналогичным образом, яркие полевые изображения оптимальных поперечных сечений ssg1 (рисунок 1Q)продемонстрировали неповрежденные слои эндосперма, околоплодника и алевронов неповрежденными и доступными для визуализации(рисунок 1R). Сломанный меловой участок ядра(рисунок 1S)все еще может быть использован для визуализации, если единственной целью является наблюдение за SGs, но паттерн эндоспермальных клеток не будет виден. Сломанный участок может быть трудно обрабатывать для анализа. Большее срезание клеточных стенок эндосперма наблюдалось у дикого типа Nipponbare, так как клетки более плотно упакованы и менее рыхлые, чем ядра ssg1. В секциях ssg1 не наблюдалось сдвига клеток эндосперма, а составные гранулы крахмала неповреждены.
Рисунок S1 демонстрирует надежность результатов с использованием метода «телескопа» для секционирования рисовых зерен. Рисовые линии, идентифицированные как полупрозрачные производители ядра – гибридная линия твердого крахмала дикого типа (RS) Xieyou 7954(Oryza sativa L. ssp. indica)12,13,14 (рисунок S1A)и кобальтовый мутант RS11113,15 (рисунок S1B)производили участки, через которые свет был виден с помощью стереомикроскопа. Соответствующие изображения SEM показали, что эти линии производят «нормальный» фенотип эндосперма риса: плотно упакованные, многогранные гранулы крахмала. Производители меловых ядер, коммерческая разновидность Yi-Tang16 (рисунок S1C)и RS413, мутантRS11115 (рисунок S1D),демонстрировали белые, непрозрачные участки ядра. Соответствующие изображения SEM отображали заметно отличающуюся морфологию по сравнению с полупрозрачной фоновой линией RS дикого типа: гранулы крахмала были круглыми и свободно упакованными. Дикий тип Xiushui 11(Oryza sativa L. ssp. japonica)(Рисунок S1E)и его мутант KMD1 (Kemingdao1), которые экспрессируют ген Cry1Ab для ингибирования хищничества насекомых17,18,19 (Рисунок S1F),демонстрируют участки и морфотипы эндосперма, похожие на полупрозрачные линии RS.
Представленная здесь методика является оптимальной для подготовки образцов рисовых ядер мелового типа для фенотипического анализа, но также обеспечивает преимущества для секционирования полупрозрачных фенотипов рисовых ядер20:нарезка образцов с использованием давления сверху снижает риск разрушения эндосперма и дислокации. Образцы могут быть легко подготовлены в течение нескольких секунд(таблица 2). Несколько генотипов были проанализированы с использованием этой методики для проверки ее эффективности(таблица 3). Как показано на рисунке S2,этот метод может быть применен к семенам других видов. Модель monocot Brachypodium distachyon производит очень твердые семена, содержащие только B-гранулы крахмала21,в которых отсутствует пуроиндолин А, белок, который придает мягкость гранулам крахмала22. Еще удалось получить неповрежденное поперечное сечение(рисунок S2A). Получение неповрежденного поперечного сечения из мягкой белой озимой пшеницы (SWWW) было сложной задачей, но может быть выполнено(рисунок S2B). Семена SWWW богаты пуроиндолином А и большие по сравнению с семенами дистахиона B. и рисовыми ядрами. Эти семена часто крошатся при секционировании с помощью телескопа.
Генотип | Средняя ширина сечения (мкм) с использованием телескопа | Средняя ширина сечения (мкм) сечение от руки |
Ниппонбаре (шелуха) | 971.7 ± 152.4ab | 1059.571 ± 394.2ab |
Сею 7954 | 825.1 ± 128.3b | 1306.187 ± 179.1а |
РС4 | 910.6 ± 165.0ab | 1126.694 ± 395.3ab |
Средние, за которыми следуют одни и те же буквы, существенно не отличаются при P < 0,01 с использованием одностороннего дисперсионного анализа (ANOVA) и теста Туки (n = 10). Статистический анализ проводился с использованием программного обеспечения JMP 15. |
Таблица 1: Средняя толщина сечения ядра.
Генотип | Среднее время (с)* |
Ниппонбаре (шелуха) | 14.7 ± 1.36a |
Сею 7954 | 9.81 ± 0.98b |
РС4 | 11.9 ± 1.28c |
*С помощью телескопа. | |
Средние, за которыми следуют одни и те же буквы, существенно не отличаются при P < 0,01 с использованием одностороннего дисперсионного анализа (ANOVA) и теста Туки (n = 10). Статистический анализ проводился с использованием программного обеспечения JMP 15. |
Таблица 2: Среднее время пробоподготовки.
Генотип | Фон | Качество |
Ниппонбаре | Дикий тип | Просвечивающий |
Крахмальное зерно некачественное1 (ssg1) | Ниппонбаре | Меловой |
Устойчивый крахмал (RS) Xieyou 7954 | Дикий тип | Просвечивающий |
РС111 | Сею 7954 | Просвечивающий |
РС4 | РС111 | Меловой |
Yi-Tang, «Новая жизнь», бренд Lujuren | Сею 7954 | Меловой |
Сюшуй 11 | Дикий тип | Просвечивающий |
Кемингдао1 (KMD1) | Сюшуй 11 | Просвечивающий |
Таблица 3: Генотипы риса, рассмотренные в данном исследовании.
Рисунок 1: Подготовка поперечных рисовых срезов. (A) Ядро Nipponbare дикого типа с неповрежденной шелухой. (В).Ядро помещено на плоскую резиновую пробку диаметром четыре дюйма. (C)Шелуху удаляли путем измельчения ядра между двумя резиновыми пробками. (D) Шелуха была отделена от рисового ядра. (E)Крупный план шелухи рисового ядра. Показан конец эмбриона. (F)Введение ядра в наконечник пипетки с использованием тонких щипцов. (G)Ядро было помещено в дистальный конец кончика пипетки. (H)Вставка второго наконечника пипетки для обездвиживания ядра для сечения (сборка "телескопа"). (I)Рисовое ядро плотно прилегало к дистальному концу кончика пипетки. (J)Секционирование рисового ядра в пределах сборки. (K) Крупный план разреза секции. (L)Секция ядра, заключенная в пластиковое кольцо. (M) Крупный план поперечного сечения. (N) Поперечное сечение дикого типа Nipponbare. (O) Крупный план эндосперма в секции дикого типа Nipponbare. (P) Бедный, неоптимальный участок ядра дикого типа Nipponbare. (Q) Поперечное сечение мутанта Nipponbare ssg14. (R) Крупный план эндоферма в секции ssg1. (S) Бедный, неоптимальный раздел ssg1. Стержень (панели A, N-S)= 1 мм. Целое рисовое ядро и срезы были визуализированы с помощью стереомикроскопа с цифровой зум-камерой и лампами на гусиной шее. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Рисунок 2: SEM-изображения поперечных секций ядра. (A) Дикий тип Nipponbare, полупрозрачный сорт. Составные гранулы крахмала плотно сцементировались друг к другу; (B) Nipponbare mutant ssg14, меловой фенотип. Составные гранулы крахмала были слабо упакованы и не имели цементирующей природы морфотипа крахмала дикого типа Nipponbare. Увеличение слева направо: 260x, 920x и 4200x. Длина стержня указывается в панелях. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Рисунок 3: Микроскопическая анатомия SEM поперечного участка ядра Xiushui 11. (A) Одна эндоспермальная клетка выделена красным цветом. 260-кратное увеличение. (B) Составная гранула крахмала очерчена красным цветом. 920-кратное увеличение. (C) Множественные крахмальные субгранулы выделены красным цветом. 2250x увеличение. Длины стержней указаны на панелях. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Рисунок S1: Поперечные срезы других генотипов риса, подготовленные для SEM с использованием этой методики. (A) Устойчивый крахмал (RS) Xieyou 795412. (B) RS111, прозрачный мутант с высоким RS 795413. (C) RS4, меловой мутант RS11115. (D) Yi-Tang, коммерческий сорт риса с высокимсодержанием амилозы 16. (E) Сюшуй 11. (F) KMD1 (Kemingdao1)17,18,19. 10-кратное увеличение для ярких полевых изображений. Белая полоса = увеличение 1 мм 2250x для изображений SEM. Длины стержней указаны на панелях. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот рисунок.
Рисунок S2: Техника полезна для других семян. (A) Поперечное сечение семян ложного фиолетового брома(Brachypodium distachyon L. accession Bd21). (B) Поперечное сечение семян мягкой белой озимой пшеницы (Triticum aestivum L. cv. Augusta). Яркое поле, 20-кратное увеличение. Бар = 1 мм. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот рисунок.
Метод, представленный здесь, представляет собой быстрый, простой и острый подход к подготовке поперечных сечений риса для визуализации SEM на рабочем столе. Этот метод секционирования позволяет быстро наблюдать структуру эндосперма, форму, размер и рисунок клеток эндосперма, составные гранулы и морфологию крахмала. Для целей фенотипирования эндосперма и скрининга зародышевой плазмы критически важно получить целое поперечное сечение рисового ядра4,23,24. Крайне важно вставить ядро полностью в кончик пипетки, чтобы давление лезвия скальпеля не заставило эндосперм крошиться или разрушаться. При условии правильной конструкции «телескопа» образцы могут быть подготовлены для визуализации в течение 15 секунд(таблица 2)с использованием материалов, уже имеющихся в наличии в типичных лабораторных условиях. Этот метод применим к поперечному сечению любого эллипсоидального семени диаметром около четырех миллиметров в его самой широкой точке. Семена модельной травы Brachypodium distachyon (рисунок S2A)могут быть аналогичным образом разделены, но не остаются заключенными в пределах кольцевого кольца. Более крупные семена, такие как пшеница, легко ломаются и требуют ухода при секционировании(рисунок S2B).
Тем не менее, есть несколько ограничений для техники, представленной здесь. Участки, полученные с помощью этого метода, недостаточно тонкие для прохождения света, что запрещает использование этого метода для микроскопических подходов на основе пропускаемого света, таких как яркое поле (максимальная толщина образца 500 мкм для секций рисового ядра25)и просвечивающая электронная микроскопия (TEM) (максимальная толщина образца 500 нм26 ). Использование наконечника пипетки в качестве «матрицы» секционирования также ограничивает размер семян, которые могут быть разделены с помощью этой техники. Для адаптации этого метода для видов, сильно отличающихся от риса, потребуется дальнейшее устранение неполадок, а размер «матрицы» ограничен размером наконечников пипеток, доступных для покупки.
Еще одним явным преимуществом, которое обеспечивает этот метод, является качество образцов, которые могут быть получены из рисовых зерен мелового фенотипа. Стоит отметить, что даже исследование Мацусимы признало, что было трудно получить поперечные сечения с использованием этого конкретного метода для меловых фенотипов4,воспроизведенных в этом исследовании с целью сравнения(рисунок 1S). В их случае возникла необходимость химически закрепить их меловые образцы риса и встроить их в смолу для секционирования. Новая методика, в сочетании с настольной SEM-визуализацией, позволяет исследователю легко готовить поперечные срезы рисовых зерен для микроскопии с большей консистенцией, чем без поддержки иммобилизации(таблица 3).
В новую эру феномики и метаболомики важно контролировать мутагенизированные линии и библиотеки с транспозонными метками, чтобы лучше понять функцию и важность крахмала в семенах. Кроме того, Международный генный банк риса содержит более 130 000 рисовых присоединений27. Метод быстрого фенотипирования семян, подобный представленному здесь, ускорит классификацию и отбор проб для питательного качества28. Наконец, этот метод может быть полезен в свете посягательств на последствия изменения климата. Сезонный высокотемпературный стресс во время наполнения зерна уже был идентифицирован как основная причина мела6,но недавние исследования показали, что повышение глобальных температур связано с увеличением меловости риса7,29. Такое ускоренное фенотипирование эндосперма может помочь обеспечить широкое сельскохозяйственное представление о влиянии повышения глобальных температур.
Авторам нечего раскрывать.
Авторы благодарны Systems for Research (SFR Corp.) за использование их настольного SEM-инструмента Phenom ProX, а также за техническую помощь, предоставленную Марией Пиларинос (Systems for Research (SFR) Corp.) и Хлоей ван Остенде-Триплет (Cell Biology and Image Acquisition Core Facility, медицинский факультет Университета Оттавы). Финансирование было предоставлено Фондом низкоуглеродных инноваций (LCIF) от Министерства экономического развития, создания рабочих мест и торговли правительства Онтарио и Proteins Easy Corp.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
JMP 15 | SAS | N/A | N/A |
Leit Adhesive Carbon Tabs 12 mm (Pack of 100) | Agar Scientific | AGG3347N | N/A |
Phenom Pro Desktop SEM | Thermo Scientific | PHENOM-PRO | N/A |
Pipette Tips RC UNV 250 µL | Rainin | 17001116 | N/A |
SEM Pin Stub Ø12.7 Diameter Top, Standard Pin, Aluminium | Micro to Nano | 10-002012-50 | N/A |
Shandon Microdissecting Fine Tips Thumb Forceps, Fine Tips, 12.7 cm | Thermo Scientific | 3120019 | N/A |
Shandon Scalpel Blade No. 20, Sterile, 4.5 cm | Thermo Scientific | 28618256 | N/A |
Shandon Stainless-Steel Scalpel Blade Handle | Thermo Scientific | 5334 | N/A |
Zeiss V20 Discovery Stereomicroscope | Zeiss | N/A | N/A |
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеThis article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены