Зачатки листьев кукурузы глубоко покрыты и свернуты, что затрудняет их изучение. Здесь мы представляем методы подготовки поперечных срезов и развернутых целых креплений зачатков листьев кукурузы для флуоресцентной и конфокальной визуализации.
У кукурузы (Zea mays) и других трав (Poaceae) зачатки листьев глубоко покрыты и свернуты в мутовку листа, что затрудняет изучение раннего развития листьев. Здесь мы описываем методы подготовки поперечных срезов и развернутых целых креплений зачатков листьев кукурузы для флуоресцентной и конфокальной визуализации. В первом методе используется проволочный стриппер для удаления верхних частей старых листьев, обнажая кончик зачатка листа и позволяя измерять его для более точного отбора проб поперечного сечения. Во втором методе используется прозрачная двусторонняя нанолента для развёртывания и крепления цельнолистовых зачатков для визуализации. Мы показываем полезность этих двух методов в визуализации и анализе репортеров флуоресцентных белков в кукурузе. Эти методы обеспечивают решение проблем, связанных с отличительной морфологией зачатков листьев кукурузы, и будут полезны для визуализации и количественной оценки анатомических признаков и особенностей развития листьев у кукурузы и других видов трав.
Травяные культуры являются основным источником продовольствия и биотопливадля населения планеты1, и улучшение анатомии листьев может повысить их продуктивность 2,3. Однако наше нынешнее понимание того, как регулируется анатомия листьев у трав, ограничено4 и требует анализа зачатков листьев, поскольку многие анатомические и физиологические особенности листа предопределены на ранних стадиях развития 5,6,7. Методы клеточной визуализации, такие как флуоресцентная и конфокальная визуализация, необходимы для изучения анатомии листьев травы и клеточных признаков, но эти методы трудно применить к зачаткам листьев травы, потому что они глубоко покрыты и свернуты внутри мутовки листа. Мы решили этот вопрос, разработав методы подготовки поперечных срезов и развернутых цельнолистовых креплений для флуоресцентного и конфокального анализа зачатков листьев кукурузы, модельную систему для изучения анатомии и развития листьев травы 2,8.
Лист кукурузы, как и все листья травы, состоит из ремешкообразной лопасти с оболочкой, которая оборачивается вокруг стебля и развивающегося побега 9,10,11,12,13. Листья развиваются из апикальной меристемы побега (SAM) по дистихозному рисунку, где каждый новый лист начинается в положении, противоположном предыдущему листу, в результате чего вдоль вертикальной оси образуются два ряда листьев (рис. 1A)14. Стадия развития каждого листового зачатка определяется его положением относительно SAM, при этом ближайший примордиум обозначается как пластохрон1 (P1), а следующие зачатки обозначаются как P2, P3 и т. д. (рис. 1B, C)2. Во время развития (рис. 1D) зачаток листа сначала появляется в виде контрфорса в форме полумесяца вокруг основания SAM (P1), а затем вырастает в примордиум в форме капюшона, который простирается над меристемой (P2)9,10,11. Затем базальные края капюшона расширяются латерально и перекрывают друг друга по мере роста кончика вверх, образуя конусообразный зачаток (P3-P5)10. Затем зачаток быстро увеличивается в длину, и граница влагалища и лопасти у основания становится более заметной с образованием лигулы, бахромчатого выступа на адаксиальной стороне листа (P6 / P7). Наконец, лист разворачивается, когда он выходит из мутовки во время стационарного роста, при котором делящиеся клетки ограничены в небольшой базальной области лопасти, образуя градиент с расширяющимися и дифференцирующимися клетками вдоль проксимально-дистальной оси (P7 / P8)15. Верхушка побега сеянца кукурузы содержит несколько зачатков на разных стадиях развития, что делает ее отличной моделью для изучения развития листьев8.
Точный анализ раннего развития листьев требует постановки или использования стандартизированных критериев для определения отдельных стадий развития зачатка по отношению к другим ростовым или морфологическим параметрам. Поскольку зачатки листьев скрыты внутри побега травы, исследователи обычно используют такие параметры, как возраст растения или размер появляющихся листьев, в качестве предикторов стадий и размеров зачатков листьев 9,16. У кукурузы хронологический возраст растения определяется либо количеством дней после посадки, либо прорастанием (DAP/DAG)17,18. Вегетативная стадия (V стадия) определяется самым верхним листом с видимым воротником, бледной линией на абаксиальной стороне между лопастью и влагалищем, соответствующей положению лигулы и ушных раковин, парой клиновидных областей у основания лопасти (рис. 1А,Б)17,19. Между 20 и 25 DAG SAM переходит в меристему соцветия и перестает давать новые листья20. Темпы роста зачатков листьев кукурузы могут варьироваться в зависимости от окружающей среды и генотипа растения. По этой причине возраст растения и размер появляющихся листьев не могут точно предсказать размеры листовых зачатков; Однако использование этих параметров может помочь предсказать диапазон стадий и размеров зачатков для экспериментальных целей.
Анализ поперечного среза является популярным методом изучения анатомии и развития листьев кукурузы и других трав, поскольку он позволяет отбирать образцы нескольких пластохронов в одном срезе побега21,22,23. Этот метод также удобен для клеточной визуализации свежих образцов, так как окружающие листья служат каркасом, который удерживает зачатки листьев на месте во время секционирования и монтажа24. Однако недостатком этого метода является то, что может быть сложно точно определить местоположение целевого пластохрона и области в зачатке при разделении неповрежденного побега. Кроме того, поскольку рост листьев различается по пластохронам и вдоль проксимально-дистальной оси2,5, неточный отбор проб может привести к неправильной интерпретации стадии развития и области зачатка в данном срезе. Таким образом, разработка метода точного отбора проб поперечного сечения имеет решающее значение для обеспечения точности и воспроизводимости анатомических анализов и анализов развития зачатков листьев травы.
Анализ цельного листа позволяет всесторонне и комплексно исследовать тканевые и клеточные процессы, происходящие в масштабе всего органа, такие как пролиферативный рост25 и рисунок вен26,27,28. Метод обеспечивает парадермальный обзор листа, позволяя обнаруживать различные отростки и закономерности, которые в противном случае было бы трудно обнаружить с помощью анализа поперечного сечения24,27. В отличие от Arabidopsis, где уже существуют установленные методы визуализации цельнолистовых креплений29,30, в настоящее время не существует стандартного метода визуализации развернутых цельнолистовых креплений в травах. Предыдущий протокол для развертывания изолированных зачатков листьев кукурузы включал необычные материалы и не подходил для клеточной визуализации31. Передовые методы визуализации, такие как компьютерная томография (КТ) и магнитно-резонансная томография (МРТ), позволяют получать 3D-анатомическую информацию без выделения и развертывания зачатков 11,32,33, но они дороги и требуют специализированного оборудования. Разработка метода преодоления ограничений, налагаемых свернутой и конической морфологией зачатков листьев кукурузы и других трав, будет способствовать исследованиям их анатомических особенностей и особенностей развития.
Здесь мы представляем методы подготовки поперечных срезов и развернутых целых креплений зачатков листьев кукурузы для флуоресцентной и конфокальной визуализации. Мы использовали эти методы для количественной оценки количества вен и картирования пространственно-временного распределения гормонов в зачатках листьев кукурузы с флуоресцентными белками (FP)24. Первый способ заключается в удалении верхней части старых листьев с рассады кукурузы с помощью проволочной зачистки (рис. 1E). Обнажая кончик зачатка (P5-P7), становится возможным определить его длину без необходимости полностью удалять более старые окружающие листья, что позволяет легко и точно срезать. Второй способ включает в себя разматывание и монтаж цельнолистовых зачатков (P3-P7) с помощью прозрачной двусторонней наноленты (рис. 1F). Эти методы подходят для визуализации различных FP24, но нуждаются в оптимизации для использования флуоресцентных красителей и очищающих реагентов. Кроме того, мы описываем некоторые процедуры сглаживания z-стеков, сшивания изображений и объединения каналов в ImageJ/FIJI34, которые применяются к изображениям, созданным двумя методами. Эти методы полезны для рутинной флуоресценции или конфокальной визуализации листьев кукурузы, но они также могут быть адаптированы для других модельных видов трав, таких как рис, сетария и брахиподиум.
Рисунок 1: Организация и морфология зачатков листьев кукурузы и обзор методов . (А) Схематическое изображение саженца кукурузы. Кукуруза имеет дистихузную филлотаксию, при этом новый лист начинается в положении, противоположном предыдущему листу. Номер листа указывает на хронологический порядок, в котором листья появились в результате прорастания (т. е. первый лист, L1; второй лист, L2; третий лист, L3; и т. д.). Каждый лист имеет дистальную лопасть и базальную оболочку, очерченную воротником, который соответствует язычку и ушной раковине. Самый верхний лист с видимым воротником обозначает вегетативную стадию. Саженец в этом примере находится на стадии V2, с видимым воротником L2 (наконечником стрелки). Значок ножниц указывает на место в мезокотиле (me), где саженец должен быть срезан, чтобы его можно было собрать. (B) Схематическое изображение рассеченного побега, показывающего изолированные L1 - L4, с зачатками листьев от L5 до L9, показанными в виде увеличенного изображения в (C). Номер пластохрона указывает положение зачатка относительно SAM, при этом самый молодой зачаток листа (P1) находится ближе всего к SAM, а более старые зачатки листа (P2, P3, P4 и т. д.) последовательно находятся дальше2. (D) Схематическое изображение морфологии зачатков листьев кукурузы от P1 до P5. е) Схематический обзор метода анализа поперечного сечения зачатков листьев кукурузы. (1) Обрежьте старые листья с помощью проволочной зачистки. (2) Измерьте зародыш и разделите побег. (3) Закрепите секцию на предметном стекле для визуализации и обработки (4, 5). F) Схематический обзор метода анализа зачатков листьев кукурузы по всей маине. (1) Удалите окружающие листья, чтобы извлечь зачаток. (2) Разрежьте и разверните завичок на наноленте. (3) Смонтируйте образец для визуализации и обработки (4, 5). Сокращения: L = лист; bl = лезвие; sh = оболочка; СО = воротник; me = мезокотил; V = вегетативный; P = пластохрон; SAM = побег апикальной меристемы. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
1. Постановка развития листьев кукурузы и планирование эксперимента
Рисунок 2: Схема отбора проб для анализа поперечного сечения зачатков листьев кукурузы. (А, слева) Проксимальный побег проростка кукурузы 7 DAG, показывающий открытый четвертый лист (L4) на P7. Прерывистыми линиями обозначены семь точек отбора проб вдоль зачатка от 0,5 мм до 10 мм. (А, справа) Схематическое изображение зачатков листьев с прогнозируемым размером и положением каждого пластохрона: P7 (белый); P6 (пурпурный); P5 (синий); P4 (зеленый); и P3 до ЗРК (желтый). (Б-Х) Флуоресцентные изображения поперечных срезов, представляющих точки отбора проб, показанные в А, от 10 мм (В) до 0,5 мм (В). Зачатки псевдоокрашены в соответствии с цветовой схемой пластохрона в (А). Срезы были изображены с помощью эпифлуоресцентного микроскопа с использованием длинночастотного эмиссионного УФ-фильтра для автофлуоресценции. Масштабная линейка = 200 мкм (B-H). Этот рисунок был изменен и воспроизведен с разрешения Робиля и МакСтина24. Сокращения: DAG = дни после появления всходов; P = пластохрон; SAM = побег апикальной меристемы; † = оболочка листа или собственно прелигула; * = побег верхушечной меристемы; ** = стебель. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
2. Визуализация поперечных срезов зачатков листьев кукурузы
Таблица 1: Настройки освещения и получения изображений, используемые для флуоресцентной и конфокальной визуализации выбранных репортеров FP кукурузы. Сокращения: FP = флуоресцентный белок; TRITC = тетраметилродамин; FITC = изотиоцианат флуоресцеина; WLL = лазер белого света; Ar-ion = аргон-ионный лазер; HyD = гибридный детектор; AU = единица Эйри; Гц = Герц, строка развертки в секунду. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить эту таблицу.
3. Визуализация развернутых целых массивов зачатков листьев кукурузы
Таблица 2: Устранение распространенных проблем при визуализации поперечных срезов и целых креплений зачатков листьев кукурузы. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить эту таблицу.
Рисунок 3: Субоптимальный поперечный срез и подготовка зачатков листьев кукурузы в цельном виде. (A-D) Репрезентативные конфокальные изображения поперечных срезов зачатков листьев с маркером плазматической мембраны PIP2-1-CFP (A) и флуоресцентным красителем, связывающим плазматическую мембрану, FM 4-64 (B), с соответствующими изображениями яркого поля (C, D). По сравнению с PIP2-1-CFP, FM 4-64 отображает неоптимальную визуализацию контуров ячеек. (Э-М) Репрезентативные флуоресцентные изображения целых креплений зачатков листьев, показывающие наличие разрывов (E-G), ушибленных поверхностей† (H), пузырьков воздуха * (I-K), откатанных краев (L) и фотообесцвеченных областей ‡ (M). Зачатки листьев экспрессируют DII-Венеру (E-G), GAR2-YFP (H-J), mDII-Венеру (K), PIN1a-YFP (L) и DR5-RFP (M). Масштабная линейка = 200 мкм (A-D); 500 мкм (Э-М). Рисунок 3A был изменен и воспроизведен с разрешения Робиля и МакСтина24, в то время как рисунок 5B-M является неопубликованными данными авторов. Сокращения: P = пластохрон; YFP = желтый флуоресцентный белок; RFP = красный флуоресцентный белок; CFP = голубой флуоресцентный белок; PIP2-1-CFP = p Zm PIP2-1::ZmPIP2-1:CFP; DII-Venus = pZmUbi:DII:YFP-NLS; GAR2-YFP = p Zm GAR2::ZmGAR2:YFP; mDII-Венера = pZmUbi:mDII:YFP-NLS; PIN1a-YFP = p Zm PIN1a::ZmPIN1a:YFP; DR5-RFP = DR5rev::mRFPer; BF = светлое поле. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
4. Обработка изображений с помощью ImageJ/FIJI
Анализ поперечных срезов зачатков листьев кукурузы
Мы использовали раздел протокола 2 для количественной оценки количества вен и характеристики паттернов гормонального ответа в поперечных срезах зачатков листьев кукурузы с FP (рис. 4)24. Чтобы оценить роль растительного гормона ауксина в росте листьев и образовании жилок, мы количественно определили количество жилок в зачатках листьев мутанта кукурузы, дефицитного ауксина, исчезающей кисточки254. У ранних пластохронов развивающиеся жилки демонстрируют отчетливую клеточность в срединном клеточном слое зачатка листьев кукурузы21,22. Однако идентификация и подсчет вен с использованием обычных гистологических методов22 может быть трудоемким и длительным. Таким образом, для количественной оценки вен мы использовали белковый маркер оттока ауксина кукурузы p Zm PIN1a::ZmPIN1a:YFP41 (далее PIN1a-YFP), который отмечает развивающиеся вены и прокамбиальные нити (PCS; Рисунок 4А). Используя секцию протокола 2, мы смогли стандартизировать отбор проб поперечного сечения, измерив зачатки перед секционированием (рис. 4B, C). Мы обнаружили тенденцию, при которой vt2 имеет более широкий зачаток и больше жилок, чем обычно (рис. 4D, E)24, что согласуется с данными по полностью расширенным листьям55, что указывает на то, что дефект vt2 начался на ранних стадиях развития листьев. Используя раздел протокола 2, мы также смогли систематически исследовать паттерны экспрессии репортеров FP гормонального ответа в зачатках листьев (см. примеры изображений на рисунке 4F-I). С помощью стандартизированной схемы отбора проб поперечного сечения мы нанесли на карту распределение ответов ауксина, цитокинина (CK) и гибберелловой кислоты (GA) по различным пластохронам и областям зачатков листьев и обнаружили новые паттерны ответа, которые, как мы предполагаем, имеют значение для роста листьев и образования вен24. Таким образом, эти репрезентативные результаты демонстрируют полезность раздела протокола 2 для анализа поперечных срезов зачатков листьев кукурузы.
Рисунок 4: Репрезентативные результаты анализа поперечного сечения зачатков листьев кукурузы. (A-E) Количественная оценка количества жилок и ширины зачатков в зачатках листьев нормальной и исчезающей кисточки2 с маркером белка оттока ауксина PIN1a-YFP. (A) Репрезентативные флуоресцентные изображения поперечных срезов от P5 до P7, экспрессирующих PIN1a-YFP в развивающихся венах и прокамбиальных нитях. Поперечные срезы визуализировали с помощью эпифлуоресцентного микроскопа с использованием фильтра FITC (возбуждение 495-519 нм). Количество жилок и ширина зачатка были количественно определены с использованием многоточечных и произвольных линейных инструментов в FIJI/ImageJ, соответственно. (B) Саженец кукурузы с верхними завитками листьев, удаленными с помощью проволочной зачистки для обнажения кончика четвертого листа (L4). Кронштейн охватывает проецируемую длину зачатка, а пунктирная линия указывает на среднюю длину. (C) Принципиальная диаграмма различных форм зачатка от P5 до P7, иллюстрирующая, как количество жилок и ширина зачатка на средней длине (горизонтальная пунктирная линия) могут варьироваться в зависимости от стадии развития зачатка. (Д,Е) Измерение ширины зачатка (D) и числа жилок (E) в средней длине участка L4 нормы и vt2. Линия тренда представляет собой скользящие средние измерений 10 мм ± стандартной погрешности среднего значения (SEM). (Ф-И) Репрезентативные конфокальные изображения поперечных срезов зачатков листьев, экспрессирующих комбинации PIN1a-YFP, репортера ауксинового ответа, DR5-RFP, репортера цитокининового ответа, TCS-Tomato, маркера, чувствительного к гибберелловой кислоте, GAR2-YFP и mDII-Venus, мутировавшей версии репортера сигнального сигнала ауксина DII-Venus. Каналы FP накладываются на канал светлого поля на каждом изображении. Масштабная линейка = 200 мкм (А); 10 мм (В); 100 мкм (F-I). Этот рисунок был изменен и воспроизведен с разрешения Робиля и МакСтина24. Сокращения: DAG = дни после появления всходов; P = пластохрон; VT2 = исчезающая кисточка2; PCS = прокамбиальная прядь; YFP = желтый флуоресцентный белок; FITC = изотиоцианат флуоресцеина; RFP = красный флуоресцентный белок; PIN1a-YFP = p Zm PIN1a::ZmPIN1a:YFP; DR5-RFP = DR5rev::mRFPer; TCS-Tomato = TCSv2::NLS-tdTomato; GAR2-YFP = p Zm GAR2::ZmGAR2:YFP; mDII-Венера = pZmUbi:mDII:YFP-NLS. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Цельный анализ зачатков листьев кукурузы
Мы следовали разделу протокола 3 для визуализации и анализа экспрессии FP в цельнолистовых креплениях зачатков листьев кукурузы (рис. 5). Визуализируя паттерны вен с помощью PIN1a-YFP, мы обнаружили, что образование вен происходит во всем зачатке во время ранних пластохронов, но этот процесс становится ограниченным в проксимальных областях на более поздних стадиях развития (рис. 5A)24. В дополнение к анализу поперечного среза, анализ цельного листа выявил тканеспецифические и стадийные паттерны гормонального ответа во время образования вен24. Одним из примеров является паттерн экспрессии репортера ответа CK TCSv2::NLS-tdTomato37 (TCS-Tomato) относительно экспрессии PIN1a-YFP (рис. 5B)24. Следуя разделу 3 протокола, мы смогли провести как качественный, так и количественный анализ экспрессии FP в зачатках листьев (рис. 5D-F; неопубликованные данные). Мы изучили паттерны экспрессии репортера отклика ауксина, DR5rev::mRFPer41 (DR5-RFP), и GA-чувствительного маркера, p Zm GAR2::ZmGAR2:YFP39 (GAR2-YFP), в цельнолистовых креплениях одиночных и двойныхмутантов vt2 и карликового растения3 (d3), мутанта56 с дефицитом GA. Мы также сравнили относительные уровни клеточной пролиферации между нормальными и vt2 листовыми зачатками с использованием pZmCyclin-D2B::ZmCyclin-D2B:YFP42 (Cyclin-D2B-YFP), который является маркером перехода G1/S в клеточном цикле57 (рис. 5E, F). Хотя не было существенной разницы между нормальным и vt2, экспрессия Cyclin-D2B-YFP согласовывалась с известным профилем пролиферации клеток ранних пластохронов31. Мы пришли к выводу, что секция протокола 3 является эффективным методом анализа целых массивов зачатков листьев кукурузы, которые трудно визуализировать из-за их свернутой морфологии.
Рисунок 5: Репрезентативные результаты анализа зачатков листьев кукурузы по всей мане. (A) Репрезентативные флуоресцентные изображения зачатков листьев 7 проростков кукурузы DAG, показывающие развивающиеся жилки и прокамбиальные нити, отмеченные маркером белка оттока ауксина PIN1a-YFP. Зачатки Р3-Р6 вырезали из основания, разворачивали и уплощали адаксиальной стороной вверх. На врезках показаны крупные планы P3 и P4. В P5 и P6 пунктирные линии разграничивают дистальный конец пролиферативных зон, где большинство прокамбиальных нитей все еще развиваются и расширяются. (В,В) Репрезентативные конфокальные изображения, показывающие экспрессию PIN1a-YFP и репортера цитокинина, TCS-Tomato, в проксимальной краевой области зачатка P5. (D) Репрезентативные флуоресцентные изображения зачатков P4, показывающие экспрессию репортера ауксинового ответа, DR5-RFP и маркера, чувствительного к гибберелловой кислоте, GAR2-YFP у нормальных, одиночных и двойных мутантов исчезающей кисточки2 и карликового растения3. (E) Репрезентативные конфокальные изображения P3 и/или P4, показывающие экспрессию Cyclin-D2B-YFP, репортера перехода G1/S в клеточном цикле. (F) Относительные количества клеточной пролиферации в зачатках листьев P3/P4 в норме и vt2, количественно определяемые путем измерения интегральной плотности сигнала Cyclin-D2B-YFP по площади зачатка с использованием ImageJ/FIJI. Столбцы представляют средние измерения ± стандартную погрешность среднего значения. Линейка шкалы = 500 мкм (A, D, E); 200 мкм (В); 100 мкм (С). Рисунок 4A-C был изменен и воспроизведен с разрешения Робиля и Макстина24, в то время как рисунок 4D-F является неопубликованными данными авторов. Сокращения: DAG = дни после появления всходов; P = пластохрон; VT2 = исчезающая кисточка2; d3 = карликовое растение3; YFP = желтый флуоресцентный белок; RFP = красный флуоресцентный белок; PIN1a-YFP = p Zm PIN1a::ZmPIN1a:YFP; TCS-Tomato = TCSv2::NLS-tdTomato; DR5-RFP = DR5rev::mRFPer; GAR2-YFP = p Zm GAR2::ZmGAR2:YFP; Циклин-D2B-YFP = pZmЦиклин-D2B::ZmЦиклин-D2B:YFP; ns = нет существенной разницы; au = произвольная единица. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Дополнительный файл 1: Примеры стадий развития листьев у проростков кукурузы. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Дополнительный рисунок S1: Образцы растений и материалы, используемые в протоколах. (А,Б) Рассада кукурузы 7-8 DAG с верхней листовой мутовкой удаляется с помощью проволочного стриппера. (B) На врезке показан крупный план съемки с экспонированным зачатком P6. (К-Г) Всходы проростков кукурузы с удаленными верхними мутовками для анализа поперечного сечения (C, D) и окружающими листьями полностью удаленными для анализа всей горы (E-G). (H) Рулон полиуретановой гелевой прозрачной двусторонней наноленты. (И,Ж) Зачаток листа P6 (I) и проксимальная область листа P8 (J) разворачиваются и устанавливаются на предметные стекла с помощью наноленты. (K) Предметное стекло с развернутым зачатком листа, установленное на столике эпифлуоресцентного микроскопа. Аббревиатура: DAG = дни после появления всходов. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы загрузить этот файл.
Мы представляем два метода подготовки зачатков листьев кукурузы к клеточной визуализации. Первый метод (раздел протокола 2) позволяет измерять зачаток для анализа поперечного сечения, в то время как второй метод (раздел протокола 3) позволяет разворачивать и сплющивать зачаток для анализа всего крепления. Эти методы облегчают клеточную визуализацию FP в зачатках листьевкукурузы 24 (как показано на рисунках 4 и 5) и обеспечивают простые решения проблем визуализации развивающихся листьев кукурузы. Секция протокола 2 сокращает время вскрытия и повышает точность отбора проб за счет измерения зачатков до секционирования, а не полагаясь исключительно на параметры постановки 9,16. С помощью коммерчески доступной наноленты раздел протокола 3 решает давнюю проблему визуализации цельнолистовых зачатков кукурузы. Этот протокол улучшает предыдущий метод, в котором использовалась диализная трубка 31, и является гораздо более дешевой альтернативой КТ и МРТ11,32,33. Однако, когда дело доходит до визуализации анатомических признаков листа и получения оптимальных результатов, оба протокола имеют некоторые ограничения, которые изложены в таблице 2 и более подробно обсуждаются ниже.
В разделе протокола 2 мы столкнулись с трудностями визуализации контуров клеток в толстых поперечных срезах зачатков листьев, а контрокрашивание флуоресцентными красителями, связывающими клеточную стенку или плазматическую мембрану, не дало удовлетворительных результатов. Например, FM 4-64 дал субоптимальные результаты по сравнению с маркером FP плазматической мембраны, p Zm PIP2-1::ZmPIP2-1:CFP39 (PIP2-1-CFP; Рисунок 3А-Г). Чтобы преодолеть это ограничение, мы рекомендуем использовать вибратому для получения более тонких срезов ткани (~0,1 мм)58, что позволит получить яркую визуализацию очертаний клеток в ярком поле или оптимизировать протокол контрокрашивания47,59.
В разделе 3 протокола основным ограничением является сложность монтажа створки без разрыва, повреждения или пузырьков воздуха, как подробно описано в этапах протокола 3.2.5-3.2.6 (рис. 3E-K). Поскольку лист кукурузы является двусторонне симметричным, для визуализации9 может быть достаточно полулистового крепления, а не цельнолистового. Для этого зачаток можно разрезать лезвием бритвы вдоль продольной оси, предварительно развернув его до средней жилки, позволив смонтировать только половину листа. Еще одно ограничение раздела протокола 3 заключается в том, что толщина листа может ограничивать оптическое разрешение сигнала флуорофора во время глубокой визуализации. Для решения этой проблемы можно использовать технику очистки тканей60. Однако мы обнаружили, что ClearSee61, широко используемый очищающий реагент для визуализации тканей растений, несовместим с протоколом, поскольку он вызывает отделение образца и покровного стекла от наноленты. Потенциальным решением этой проблемы может быть нанесение полупроницаемой мембраны31 на образец листа, позволяющей обрабатывать его очищающим раствором, удерживая его на месте нанолентой. Такой метод, позволяющий наносить жидкие растворы на развернутый лист, может также быть использован для методов гибридизации и иммунолокализации цельной РНК in situ, которые ранее были оптимизированы для развития соцветий кукурузы, но не для цельнолистовых зачатков62,63.
Мы описали протоколы для кукурузы, которая имеет крупнолистные зачатки даже на стадии рассады. Другие виды трав с гораздо меньшими зачатками листьев, такие как рис, ячмень, пшеница, сетария и Brachypodium 16,23,64,65,66, могут потребовать использования дополнительных прецизионных инструментов для эффективного применения этих протоколов. Кроме того, эти протоколы не предназначались для визуализации живых клеток, которая фиксирует динамические процессы формирования тканей и клеточных реакций в режиме реального времени. Однако по мере того, как флуоресцентные зонды, технологии визуализации и вычислительные возможности продолжают развиваться в области визуализации живых клеток для растений67, будущие исследования могут основываться на этих протоколах для разработки стратегий визуализации живых клеток, адаптированных к уникальным особенностям зачатков листьев травы.
У авторов нет конфликтов интересов, которые необходимо раскрывать.
Авторы хотели бы поблагодарить Сотрудничество в области генетики кукурузы, Проект геномики клеток кукурузы, Дэйва Джексона (Лаборатория Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк), Энн В. Сильвестр (Морская биологическая лаборатория, Чикагский университет, Иллинойс), Андреа Галлавотти (Университет Рутгерса, Нью-Джерси) и Кэролин Г. Расмуссен (Калифорнийский университет, Риверсайд) за предоставление мутантных и трансгенных запасов, а также Роберта Ф. Бейкера и Александра Юркевича из Центра усовершенствованной световой микроскопии в Университете Нью-Джерси. Миссури-Колумбия за помощь в конфокальной микроскопии. JMR был поддержан стипендией Уильяма Фулбрайта, Фондом Дианы. и Роберта Э. Шарпа и Программой исследований генома растений Национального научного фонда (IOS-1546873) для PM. CDTC, CMRV, EDCDP и RJRR поддерживаются стипендиальной программой колледжа Атенео. CDTC, EDCDP и RJRR поддерживаются стипендией бакалавриата DOST-SEI S&T. DODL поддерживается академической стипендией о. Томас Штайнбуглер SJ. RJRR поддерживается стипендией Aiducation International - Pathways to Higher Education. Эта работа была поддержана Школой науки и техники и библиотекой Рисаль Университета Атенео де Манила.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Acrylic Gel Clear Double Sided Nano Tape 16.5 ft x 1.2 in, 2 mm thick | EZlifego Store (Amazon) | B07YB1ZXG6 | 1 roll |
Bellucci Pick Curved micro probe 16.8 cm, 6.6 in | Bausch & Lomb | N1692 9 | 1 pc |
Clayman guide microprobe Sinskey hook angled shaft, 11.6 cm, 4.6 in | Storz Opthalmic Instruments | E0542 | 1 pc |
Dental Probe, Bent Needle, 14 cm (5.5 in) | Ted Pella | 13553 | 1 pc |
DOWELL 10-22 AWG Wire Stripper | Dowell Store (Amazon) | 10-22 AWG | 1 pc |
Feather Double Edge Carbon Steel Blades | Ted Pella | 121-9 | pkg/10; for fine sectioning |
Frosted End Glass Microscope Slides, 75 mm x 25 mm x 1-1.2 mm | Ted Pella | 260442 | pkg/144 |
GEM Single Edge, Stainless Steel Uncoated Blades | Ted Pella | 121-1 | box/200; for general cutting/sectioning |
Glycerol | Thermo Scientific | PI17904 | 1 liter |
ImageJ/FIJI with EDF plugin (version 17.05.2021) and Grid/Collection Stitching plugin | National Institutes of Health (NIH) USA | version 2.9.0/1.54s | The EDF plugin was developed by Alex Prudencio, Jesse Berent, and Daniel Sage for the Biomedical Imaging Group, École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL; http://bigwww.epfl.ch/demo/edf/). The grid/collection stitching software was developed by Stephan Preibisch for the Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics (MPI-CBG). |
Kimwipes Ex-L Small 111.76 mm x 213.36 mm | Kimtech Science | 34155 | box/280 ply |
Micro Cover Glasses, 22 mm x 22 mm x 0.13 - 0.16 mm thick | Ted Pella | 260140 | 1 ounce |
PU Gel Clear Double Sided Nano Tape 29.5 ft x 1.18 in, 1 mm thick | Yecaye Store (Amazon) | L354 W1.18 | 2 rolls |
Superslip Cover Glasses, 24 mm x 50 mm x 0.13 - 0.16 mm thick | Ted Pella | 260166 | 1 ounce |
Superslip Cover Glasses, 24 mm x 60 mm x 0.13 - 0.16 mm thick | Ted Pella | 260168 | 1 ounce |
Tempered Glass Cutting Board | Hacaroa (Amazon) | B09XMXBT5S | 4 pc |
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеСмотреть дополнительные статьи
This article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены