Возьмите захват подтверждения хромосом или образец 3C и контрольные элементы и выполните QPCR. Иссекайте полосы продукта, соответствующие ожидаемому размеру фрагмента. Чтобы выполнить гелевую экстракцию продуктов ПЦР, используйте коммерческий набор или следуйте самодельному протоколу.
Для последнего сконструируйте самодельный картридж для очистки, проткнув иглой отверстие в дне 0,5-миллилитровой трубки. В нижнюю часть тюбика с отверстием насыпьте небольшое количество ваты, заполнив не более половины тюбика. Поместите трубку в 1.5-миллилитровую трубку, убедившись, что меньшая трубка лежит на кромке большей трубки, а не в трубке.
Аккуратно разрежьте фрагмент геля на более мелкие кусочки и поместите его в маленький тюбик картриджа. Поместите сборку в морозильную камеру при температуре минус 20 градусов по Цельсию на пять минут. Затем открутите сборку в течение трех минут при температуре 13 000 г и комнатной температуре.
Выбросьте маленькую пробирку, содержащую обломки агороса, и храните 1,5-миллилитровую пробирку с извлеченной ДНК в буфере. Образцы были протестированы на наличие дальних контактов хроматина между различными геномными локусами с использованием комбинаций локус-специфических праймеров и QPCR. Было рассчитано содержание продукта относительно контрольного набора грунтовки и прививки для сравнения.
Данные показали, что 8 из 10 реакций были условно положительными. Гель-очистка и секвенирование ожидаемого продукта ПЦР для восьми условных положительных и одной отрицательной реакции были очищены и секвенированы. Приведены результаты репрезентативных положительных и отрицательных реакций.
