Для начала запустите программное обеспечение для захвата изображений микроскопа. Рассчитайте количество плиток, необходимых для покрытия всего сердца мыши. Сделайте снимки сердца, начиная с первой плитки.
Последовательно захватывайте изображения оставшихся плиток с 10%-ным перекрытием между последовательными плитками, пока не будет покрыто все сердце. Теперь откройте плагин BigStitcher и импортируйте все необходимые плитки через каталог файлов изображений. Сохраните набор данных в виде файла HDF5.
Используйте функцию перемещения плитки по обычной сетке для организации плиток. Затем выберите узор, который используется для перемещения сердца, и выберите 10% перекрытие между каждой плиткой. Сшейте плитки с помощью мастера сшивки.
Создайте файл TIFF с помощью слияния изображений для экспорта сшитых данных. Для многоракурсной деконволюции выборки. Используйте флуоресцентные шарики для регистрации изображений многоракурсной реконструкции вдоль сердца.
Отсканируйте блок сердца по оси обнаружения, чтобы получить последовательные изображения сердца мыши из освещенной части. Поверните сердце мыши на 60 градусов по оси Y, чтобы захватить последующие стопки под разными углами. Затем откройте плагин BigStitcher и импортируйте все изображения через каталог файлов изображений.
Сохраните набор данных в виде файла HDF5. Выберите «Определить точки интереса» и вручную выберите интересующие вас бусины для регистрации. Выберите тонкую модель преобразования для регистрации и назначьте PSF всем видам.
Нажмите Multi-view Deconvolution и выберите тип итерации Efficient Bayesian. Определите количество итераций равным 10 и выполните его. Наконец, нажмите на слияние изображений, чтобы экспортировать файл TIFF.
Метод многовидовой деконволюции достиг почти изотропного разрешения после 15 часов вычислений. Листовая микроскопия с подмышечной разверткой на основе ETL смогла свести к минимуму расфокусированный фон и повысить контрастность изображения. Интеграция сшивания с осевой световой листовой микроскопией позволила охватить все восьминедельное сердце мыши с одинаковым разрешением.
