In Vitro Химическое картирование структур ДНК G-квадруплекса бис-3-хлорпиперидинами

G-квадруплексы — это вторичные структуры нуклеиновых кислот, которые обычно образуются в богатых гуанином последовательностях ДНК. Химическое картирование G4 с помощью B-CeP направлено на характеристику G4 in vitro и позволяет идентифицировать специфические гуанины, образующие G-тетрады. Идентификация и экспериментальная проверка G4 в потенциальных G-квадруплекс-образующих последовательностях является биологически значимой проблемой, которая в настоящее время решается в первую очередь с помощью вычислительных инструментов.

Для подтверждения таких предсказаний и обнаружения непредсказанного G4 химическое картирование с помощью B-CeP представляет собой доступный метод идентификации G4 в последовательностях ДНК. Химическое картирование с помощью B-CeP является удобной альтернативой широко используемому протоколу диметилсульфатного следа для характеризации G-квадруплекса. Ключевое преимущество B-CeP заключается в том, что он сокращает количество шагов в протоколе и уменьшает начальное количество субстрата ДНК.

Химическое картирование с помощью B-CeP описано здесь с последовательностью TBA в качестве доказательства концепции. Протокол приведет к новым экспериментам, применимым к любой другой потенциальной последовательности, образующей G-квадруплекс, изучающей конструкции как ДНК, так и РНК.