In vitro Mappatura chimica delle strutture del DNA G-quadruplex mediante bis-3-cloroperidine

I G-quadruplex sono strutture secondarie dell'acido nucleico che si formano tipicamente all'interno di sequenze di DNA ricche di guanina. La mappatura chimica di G4 da parte di B-CePs mira alla caratterizzazione in vitro di G4, e permette l'identificazione delle specifiche guanine che formano le G-tetrade. L'identificazione e la validazione sperimentale di G4 all'interno di potenziali sequenze formanti G-quadruplex è un problema biologicamente rilevante, che è attualmente affrontato primario attraverso strumenti computazionali.

Per supportare tali previsioni e rilevare l'imprevisto G4, la mappatura chimica mediante B-CeP rappresenta un metodo accessibile per identificare G4 nelle sequenze di DNA. La mappatura chimica mediante B-CeP è una valida alternativa al protocollo di impronta del dimetilsolfato ampiamente utilizzato per la caratterizzazione del G-quadruplex. Il vantaggio principale dei B-CeP è che riduce il numero di passaggi nel protocollo e riduce la quantità iniziale del substrato del DNA.

La mappatura chimica da parte di B-CeP è descritta qui con la sequenza TBA come prova di concetto. Il protocollo porterà a nuovi esperimenti applicabili a qualsiasi altra potenziale sequenza di formazione di G-quadruplex che esplori sia i costrutti di DNA che di RNA.