In vitro Mapeamento químico de estruturas do DNA G-Quadruplex por bis-3-cloropiperidinas;

G-quadruplex são estruturas secundárias de ácidos nucleicos que tipicamente se formam dentro de sequências de DNA ricas em guanina. O mapeamento químico de G4 por B-CePs visa a caracterização in vitro de G4, e permite a identificação das guaninas específicas que formam as G-tétrades. A identificação e a validação experimental de G4s dentro de potenciais sequências formadoras de G-quadruplex é uma questão biologicamente relevante, que atualmente é abordada primariamente através de ferramentas computacionais.

Para apoiar tais predições e detectar o G4 imprevisto, o mapeamento químico por B-CePs representa um método acessível para identificar G4 em sequências de DNA. O mapeamento químico por B-CePs é uma alternativa conveniente ao protocolo de footprinting de sulfato de dimetila amplamente utilizado para a caracterização de G-quadruplex. A principal vantagem do B-CePs é que ele reduz o número de passos no protocolo e reduz a quantidade inicial do substrato de DNA.

O mapeamento químico por B-CePs é descrito aqui com a sequência TBA como prova de conceito. O protocolo levará a novos experimentos aplicáveis a qualquer outra sequência potencial de formação de G-quadruplex explorando construções de DNA e RNA.