著者スポットライト:Bis-3-クロロピペリジンベースの化学マッピングによるDNA G-四重鎖の特性評価

G-四重鎖は、通常、グアニンに富むDNA配列内に形成される核酸二次構造です。B-CePによるG4の化学マッピングは、G4のin vitro特性評価を目的としており、G-tetradsを形成する特定のグアニンの同定を可能にします。潜在的なG-四重鎖形成配列内のG4の同定と実験的検証は、生物学的に関連する問題であり、現在、計算ツールによって主に対処されています。

このような予測を裏付け、予測されていないG4を検出するために、B-CePによるケミカルマッピングは、DNA配列中のG4を同定するためのアクセス可能な方法である。B-CePによるケミカルマッピングは、G-四重鎖の特性評価に広く使用されている硫酸ジメチルフットプリントプロトコルに代わる便利な方法です。B-CePの主な利点は、プロトコールのステップ数を減らし、DNA基質の初期量を減らすことです。

ここでは、B-CePによるケミカルマッピングについて、概念実証としてTBA配列を用いて説明します。プロトコルはDNAおよびRNAの構造を両方探検する他のあらゆる潜在的なG四重鎖形成順序に適当な新しい実験をもたらす。