In vitro Cartographie chimique des structures de l’ADN G-quadruplex par Bis-3-chloropipéridines

Les G-quadruplex sont des structures secondaires d’acides nucléiques qui se forment généralement dans des séquences d’ADN riches en guanine. La cartographie chimique de G4 par les B-CePs vise la caractérisation in vitro de G4, et permet l’identification des guanines spécifiques formant les G-tétrades. L’identification et la validation expérimentale des G4 dans des séquences potentielles formant des G-quadruplex est une question biologiquement pertinente, qui est actuellement abordée principalement par des outils informatiques.

Pour soutenir ces prédictions et détecter le G4 non prédit, la cartographie chimique par B-CePs représente une méthode accessible pour identifier G4 dans les séquences d’ADN. La cartographie chimique par B-CePs est une alternative pratique au protocole d’empreinte du sulfate de diméthyle largement utilisé pour la caractérisation du G-quadruplex. Le principal avantage des B-CeP est qu’ils réduisent le nombre d’étapes dans le protocole et qu’ils réduisent la quantité initiale de substrat d’ADN.

La cartographie chimique par B-CePs est décrite ici avec la séquence TBA comme preuve de concept. Le protocole conduira à de nouvelles expériences applicables à toute autre séquence potentielle de formation de G-quadruplex explorant à la fois les constructions d’ADN et d’ARN.