Biz Anofel ilgili kromozom hazırlama ve FISH ile yardım Sergei demineralize ve Tatyana Karamysheva ederim. Biz de metin düzenleme için bize Aedes ve Culex genomik DNA BAC klonları ve Melissa Wade sağlamak için David Severson ederim. 1R21 AI88035-01 Maria V. Sharakhova ve 1R21 AI094289-01 Igor V. Sharakhov: Bu çalışma Ulusal Sağlık Enstitüleri iki hibe ile desteklenmiştir.

<ol>
	<li>Sharakhov, I. V., Sharakhova, M. V., Verrity, J. F., Abbington, L. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Chromosome Mapping Research Developments. , (2008).</li><li>Holt, R. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genome+sequence+of+the+malaria+mosquito+Anopheles+gambiae.">The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae.</a> Science. 298, 129-149 (2002).</li><li>Sharakhova, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Update+of+the+Anopheles+gambiae+PEST+genome+assembly.">Update of the Anopheles gambiae PEST genome assembly.</a> Genome biology. 8, R5 (2007).</li><li>Campos, J., Andrade, C. F., Recco-Pimentel, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+technique+for+preparing+polytene+chromosomes+from+Aedes+aegypti+(Diptera,+Culicinae).">A technique for preparing polytene chromosomes from Aedes aegypti (Diptera, Culicinae).</a> Memorias do Instituto Oswaldo Cruz. 98, 387-390 (2003).</li><li>Campos, J., Andrade, C. F., Recco-Pimentel, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Malpighian+tubule+polytene+chromosomes+of+Culex+quinquefasciatus+(Diptera,+Culicinae).">Malpighian tubule polytene chromosomes of Culex quinquefasciatus (Diptera, Culicinae).</a> Memorias do Instituto Oswaldo Cruz. 98, 383-386 (2003).</li><li>McAbee, R. D., Christiansen, J. A., Cornel, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+detailed+larval+salivary+gland+polytene+chromosome+photomap+for+Culex+quinquefasciatus+(Diptera:+Culicidae)+from+Johannesburg,+South+Africa.">A detailed larval salivary gland polytene chromosome photomap for Culex quinquefasciatus (Diptera: Culicidae) from Johannesburg, South Africa.</a> J. Med. Entomol. 44, 229-237 (2007).</li><li>Nene, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+sequence+of+Aedes+aegypti,+a+major+arbovirus+vector.">Genome sequence of Aedes aegypti, a major arbovirus vector.</a> Science. 316, 1718-1723 (2007).</li><li>Arensburger, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequencing+of+Culex+quinquefasciatus+establishes+a+platform+for+mosquito+comparative+genomics.">Sequencing of Culex quinquefasciatus establishes a platform for mosquito comparative genomics.</a> Science. 330, 86-88 (2010).</li><li>Sharakhova, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaginal+discs--a+new+source+of+chromosomes+for+genome+mapping+of+the+yellow+fever+mosquito+Aedes+aegypti.">Imaginal discs--a new source of chromosomes for genome mapping of the yellow fever mosquito Aedes aegypti.</a> PLoS neglected tropical diseases. 5, e1335 (2011).</li><li>Brown, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+a+physical+map+of+Aedes+aegypti.">Toward a physical map of Aedes aegypti.</a> Insect Mol. Biol. 4, 161-167 (1995).</li><li>Steiniger, G. E., Mukherjee, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insect+chromosome+banding:+technique+for+G-+and+Q-banding+pattern+in+the+mosquito+Aedes+albopictus.">Insect chromosome banding: technique for G- and Q-banding pattern in the mosquito Aedes albopictus.</a> Can. J. Genet. Cytol. 17, 241-244 (1975).</li><li>Garimberti, E., Tosi, S., Bridger, J. M., Volpi, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Fluorescence in situ hybridization (FISH). , (2010).</li><li>Scott, J. A., Brogdon, W. G., Collins, F. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+single+specimens+of+the+Anopheles+gambiae+complex+by+the+polymerase+chain+reaction.">Identification of single specimens of the Anopheles gambiae complex by the polymerase chain reaction.</a> The American journal of tropical medicine and hygiene. 49, 520-529 (1993).</li><li>Trifonov, V. A., Vorobyeva, N. N., Rens, W., Leiehr, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Fluorescence in situ hybridization (FISH). , (2009).</li><li>Collins, F. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+ribosomal+RNA+gene+probe+differentiates+member+species+of+the+Anopheles+gambiae+complex.">A ribosomal RNA gene probe differentiates member species of the Anopheles gambiae complex.</a> The American journal of tropical medicine and hygiene. 37, 37-41 (1987).</li><li>Kumar, A., Rai, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosomal+localization+and+copy+number+of+18S+28S+ribosomal+RNA+genes+in+evolutionary+diverse+mosquitoes+(Diptera,+Culicidae).">Chromosomal localization and copy number of 18S+28S ribosomal RNA genes in evolutionary diverse mosquitoes (Diptera, Culicidae).</a> Hereditas. 113, 277-289 (1990).</li><li>Brown, S. E., Knudson, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FISH+landmarks+for+Aedes+aegypti+chromosomes.">FISH landmarks for Aedes aegypti chromosomes.</a> Insect Mol. Biol. 6, 197-202 (1997).</li><li>Brown, S. E., Severson, D. W., Smith, L. A., Knudson, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+the+Aedes+aegypti+mosquito+genetic+linkage+and+physical+maps.">Integration of the Aedes aegypti mosquito genetic linkage and physical maps.</a> Genetics. 157, 1299-1305 (2001).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Sivrisinekler mitotik kromozom üzerinde in situ hibridizasyon nonfluorescent A. Kaya ve K. Rai 17 tarafından 1990 yılında ilk kez yapıldı. Bu çalışmada, 18S ve 28S ribozomal DNA genleri, plazmid bir araya klonlanmış sivrisinekler 20 tür kromozom yerleştirildi. DNA prob radyoaktif işaretli ve beyin gangliyonlarından kromozomlarına hibridize edildi. Üç sivrisinek cins arasında, FISH tekniği sadece Ae hücre çizgisi mitotik kromozomlar için geliştirilmiştir. aegypti 10,18,19 ve canlı sivrisinek mitotik kromozom üzerinde hiç yapılmamıştır. Son zamanlarda, biz 4. evre larvalar 9 ID&#39;ler yüksek kaliteli kromozom preparatları elde etmek için basit, güçlü bir teknik geliştirdi. Bu yöntem, kromozom sayısının yüksek bir slayt elde edilmesini sağlar ve evrensel olarak sivrisineklerin tüm türler için de kullanılabilir. Sadece larva, pupa veya ergin olmayan sta kullanmanın gerekliliğiSivrisinekler geçitlerde slayt hazırlanması için muhtemelen yöntemi tek sınırlama. Standart FISH yöntemi 12 Aedes, Culex ve Anofel ve mitotik kromozomlar için sondalar olarak genomik BAC klonu ve IGS rDNA kullanmak için optimize edilmiştir. Bu özel uygulamaların yanı sıra, burada açıklanan FISH protokoller da başka amaçlar için de kullanılabilir. Spesifik hibridizasyon bloke etmek için Z 0 t DNA fraksiyonlar kullanmaktadır gelişmiş FISH protokol, aynı zamanda BAC klonları veya Anopheles arasında heterokromatik bölgelerde, herhangi bir başka büyük DNA parçalarının hibridizasyon için uygulanabilir. Heterokromatik bölgelerde hareketli elementleri ve diğer tekrarları ile zenginleştirilmiş ve bu bölgelerden probları normal kromozomlar 3 güçlü bir arka plan üretmek. Etiketsiz C 0 t DNA fraksiyonları kullanma kromozomlarına probun spesifik hibridizasyon azaltmaya yardımcı olacaktır. BALIK pr basit sürümüotocol herhangi rDNA veya sivrisinek ve diğer böceklerin mitotik kromozom üzerinde tekrar eden DNA probları için de kullanılabilir. Buna ek olarak, aynı zamanda bu gibi Anopheles veya Drosophila gibi euchromatic bölgelerinde düşük tekrarlayan DNA içeriğine sahip türler BAC klon DNA hibridizasyon için uygulanabilir. Burada teklif edilen protokol sivrisinekler için son derece işlenmiş kromozom-bazlı genomu montajlar elde etmek için yardımcı olacak ve genel olarak diğer böcek gruplar halinde sitogenetik çeşitli uygulamalar için kullanılabilir.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif / Ekipman Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> MZ6 Leica stereomikroskop </td><td> Leica </td><td> VA-OM-E194-354 </td><td> Farklı bir stereomikroskop kullanılabilirler </td></tr><tr><td> Olympus CX41 fazlı mikroskop </td><td> Olimpos </td><td> CX41 </td><td> Farklı bir faz mikroskop kullanılır </td></tr><tr><td> Olympus BX61 floresan mikroskop </td><td> Olimpos </td><td> BX61 </td><td> Farklı bir floresan mikroskobu kullanılabilirler </td></tr><tr><td> ThermoBrite Slayt Denatürasyon / Hibridizasyon Sistemi </td><td> Abbott Moleküler </td><td> 30-144110 </td><td> Bir ısıtma bloğu ve nemli bir oda olarak hizmet vermektedir </td></tr><tr><td> Diseksiyon iğneleri </td><td> Güzel ScienceTools </td><td> 10130-10</td><td></td></tr><tr><td> İğne tutucular </td><td> Güzel Bilim Araçları </td><td> 26018-17 </td><td></td></tr><tr><td> Diseksiyon makas </td><td> Güzel Bilim Araçları </td><td> 15000-03 </td><td></td></tr><tr><td> 75x25 çift buzlu mikro slaytlar </td><td> Corning </td><td> 2949-75x25 </td><td></td></tr><tr><td> 22x22 mm mikroskop lamelleri </td><td> Fisher Scientific </td><td> 12-544-10 </td><td></td></tr><tr><td> Parafilm </td><td> Fisher Scientific </td><td> 13-374-10 </td><td></td></tr><tr><td> Kauçuk tutkalı </td><td> Fisher Scientific </td><td> 50-949-105 </td><td></td></tr><tr><td> Asetik asit </td><td> Fisher Scientific </td><td> A491-212 </td><td></td></tr><tr><td> Alkol 200 Proof </td><td> Temizlenme Laboratuvarlar </td><td> 2701 </td><td></td></tr><tr><td> Propionik asit </td><td> Sigma-Aldrbalık bilimi </td><td> 402907 </td><td></td></tr><tr><td> Hidroklorik asit </td><td> Fisher Scientific </td><td> A144-500 </td><td></td></tr><tr><td> Sodyum sitrat dihidrat </td><td> Fisher Scientific </td><td> S279-500 </td><td></td></tr><tr><td> Sodyum asetat trihidrat </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP334-500 </td><td></td></tr><tr><td> Potasyum klorür </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP366-500 </td><td></td></tr><tr><td> EDTA </td><td> Fisher Scientific </td><td> S311-500 </td><td></td></tr><tr><td> Tris baz </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP152-1 </td><td></td></tr><tr><td> 10x PBS </td><td> Invitrogen </td><td> P5493 </td><td></td></tr><tr><td> 10% NBF (nötr tamponlu formalin) </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> HT501128 </td><td></td></tr><tr><td> % 99 formamid </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP227500 </td><td></td></tr><tr><td> Dekstran sülfat sodyum tuzu </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> D8906 </td><td></td></tr><tr><td> 20x SSC tampon </td><td> Invitrogen </td><td> AM9765 </td><td></td></tr><tr><td> 1 mM YOYO-1 iyodür (491/509) çözeltisi </td><td> Invitrogen </td><td> Y3601 </td><td></td></tr><tr><td> Altın reaktifi Prolong antifade </td><td> Invitrogen </td><td> <a href="http://products.invitrogen.com/ivgn/en/US/adirect/invitrogen?cmd=catProductDetail&amp;productID=P36930" target="_blank">P36930</a> </td><td></td></tr><tr><td> dATP, dCTP, dGTP, dTTP </td><td> Fermentas </td><td> R0141, R0151, R0161, R0171 </td><td></td></tr><tr><td> Cy3-dUTP, Cy5-dUTP </td><td> GE Healthcare </td><td> PA53022, PA55022 </td><td></td></tr><tr><td> BSA </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A3294 </td><td></td></tr><tr><td> DNA Polimeraz I </td><td> Fermentas </td><td> EP0041 </td><td></td></tr><tr><td> DNaz I </td><td> Fermentas </td><td> EN0521 </td><td></td></tr><tr><td> S1 Nükleazlar </td><td> Fermentas </td><td> EN0321 </td><td></td></tr><tr><td> Taq DNA Polimeraz </td><td> Invitrogen </td><td> 18038-042 </td><td></td></tr><tr><td> RNaz </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 9001-99-4 </td><td></td></tr><tr><td> Pepsin </td><td> USB </td><td> 9001-75-6 </td><td></td></tr><tr><td> Somon sperm DNA&#39;sı </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> D7656 </td><td></td></tr><tr><td> Nonidet-P40 (NP40) </td><td> ABD, Biyolojik </td><td> NC9375914 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen Kan ve Hücre Kültürü Maxikit </td><td> Qiagen </td><td> 13362 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen Büyük Construct Takımı </td><td> Qiagen </td><td> 12462 </td&gt; <td></td></tr></tbody></table>

fluorescent in situ hybridization on mitotic chromosomes of mosquitoes

In situ hibridizasyon (FISH) Floresan rutin DNA ve RNA problarının kromozomal konumunu belirlemek için birçok laboratuvar tarafından kullanılan bir tekniktir. Bu yöntemin önemli bir uygulaması, çeşitli organizmalarda genom montajlar iyileştirilmesi için yararlı, yüksek kaliteli fiziksel harita geliştirilmesidir. Politen ve mitotik kromozom doğal bantlama modeli genomik supercontigs kesin sipariş ve yönlendirme için rehberlik sağlar. Yani üç sivrisinek cins, Anopheles, Aedes, Culex ve, arasında köklü bir kromozom tabanlı haritalama tekniği yalnızca üyeleri tarafından okunabilir politen kromozomlar 1 sahip Anofel için geliştirilmiştir. Genom haritalama çalışmaları, bir% 88 arasında bir sonucu olarak. gambiae genom hassas kromozom pozisyonları 2,3 konmuştur. Diğer iki sivrisinek cins, Aedes ve Culex, kötü kromozomlar b polytenized oylandıbunların genomlarının 4, 5, 6, transpozonlar önemli overrepresentation arasında ecause. Genomik supercontings Sadece 31 ve% 9 Ae kromozomlar için veya yönlendirme olmadan atanmıştır. aegypti sırasıyla 7 ve Cx. quinquefasciatus 8,. Bu iki tür için mitotik kromozom hazırlama önce beyin ganglia ve hücre hatları ile sınırlı olmuştu. Bununla birlikte, sivrisinek beyin gangliyon hazırlanan kromozom slaytlar genellikle metafaz levha 9 düşük sayıda içerir. Ayrıca, FISH tekniği Ae bir hücre hattından mitotik kromozomlar için geliştirilmiş olmasına rağmen. aegypti 10 hücre hattı kromozom 11&#39;de birden fazla kromozom anomalileri birikimi genom haritalama için onları işe yaramaz hale getirir. Burada 4. evre larvalar hayalsel diskleri (kimlikleri) yüksek kaliteli mitotik kromozom preparatları elde etmek için basit, güçlü bir tekniği tarif hangi cbir sivrisineklerin tüm üç cins için kullanılabilir. Standart BALIK protokol 12 Ae mitotik kromozom üzerinde bir prob olarak genomik DNA BAC klonları kullanmak için optimize edilmiştir. aegypti ve Cx. quinquefasciatus ve An ile ilgili bir prob olarak intergenik boşluk (IGS) ribozomal DNA bölgesi (rDNA) kullanan için. gambiae kromozom. fiziksel harita ek olarak, geliştirilmiş teknik nüfus sitogenetik ve kromozom taksonomisi / sivrisinek ve diğer böcek grupları sistematik için uygulanabilir.

Watch this Scientific Journal Video about Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes at JoVE.com

Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes

Yani üç sivrisinek cinsler arasında,<em&gt; Anofel,</em&gt;<em&gt; Aedes</em&gt; Ve<em&gt; Culex</em&gt; Fiziksel, genom haritalama teknikleri için sadece kuruldu<em&gt; Anofel</em&gt;, Üyeleri okunabilir politen kromozomlar taşıyan. Bir cins için<em&gt; Aedes</em&gt; Ve<em&gt; Culex</em&gt; Ancak, sitogenetik haritalama çünkü politen kromozomlar kalitesiz zorlu kalır. Burada kaliteli mitotik kromozom preparatları ve sivrisinekler her üç cins için optimize FISH protokolü elde etmek için evrensel bir protokol mevcut.

Floresan<em&gt; In situ</emSivrisinekler ve Mitotik Kromozomlar üzerinde&gt; Hibridizasyon

Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a technique routinely used by many laboratories to determine the chromosomal position of DNA and RNA probes. ...

fluorescent-in-situ-hybridization-on-mitotic-chromosomes-of-mosquitoes

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes

25.5K Görüntüleme.  Virginia Tech. Yani üç sivrisinek cinsler arasında, Anofel, Aedes Ve Culex Fiziksel, genom haritalama teknikleri için sadece kuruldu Anofel, Üyeleri okunabilir politen kromozomlar taşıyan. Bir cins için Aedes Ve Culex Ancak, sitogenetik haritalama çünkü politen kromozomlar kalitesiz zorlu kalır. Burada kaliteli mitotik kromozom preparatları ve sivrisinekler her üç cins için optimize...