Biz laboratuarımızda kollajen fibrogenez çalışma için zaman ve çaba katkıda bulunan tüm birçok geçmiş lisans, lisansüstü ve doktora sonrası öğrencilere teşekkür etmek istiyorum. Doğa Bilimleri ve Kanada&#39;nın Mühendislik Araştırma Konseyi sürekli kollajen çalışmaları için finansman sağlamıştır.

NOT: Tüm protokoller kullanılan su direnci&gt; 18 var MΩ.cm. 1. Yerli kollajen fibrillerin <ol><li> Su ve 6 ul, 200 mM 20 ul 2 HCl ve bir mikrofüj tüpü ve karışımı 400 mM KCl 10 ul ile pH 7&#39;ye ayarlanmış HPO 4 Na birleştirin. </li><li> Mikrofüj tüpü ve karışım, kolajen monomer (0.01 N HCI içinde yaklaşık 3 mg / ml), 4 ul ekle. Çözelti, berrak ve renksiz olmalıdır. </li><li> 37 ile önceden ısıtılmış olan bir ısıtma bloğu içinde reaksiyon karışımını ihtiva eden mikrofüj tüpü yerleştirin ° C&#39;de ve 3-4 saat bekletin. Bu noktada, çözelti hafifçe bulanık olabilir ve çoğunlukla doğal kolajen fibriller içermelidir. </li></ol> 2. Fibröz Uzun Aralığı Kolajen <ol><li> Oda sıcaklığında 24 saat arasında bir süre boyunca su dört kez değişen su, 400 ml karşı 12-14 kDa MWCO membranı kullanılarak kolajen monomer (0.01 N HCI içinde yaklaşık 3 mg / ml), 1 ml Dialyze. Diyalizlenmiş collaghemen kullanılmaz en monomer 4 ° C ileride kullanılmak üzere saklanabilir. </li><li> Su 20 ul, su içinde 3 mg / ml &#39;α1-asit glikoprotein 20 ul ve bir mikrofüj tüpü içinde diyalize kolajen monomer 20 ul birleştirin. Çözelti, berrak ve renksiz olmalıdır. </li><li> 30 dakika için oda sıcaklığında reaksiyon karışımını ihtiva eden mikrofüj tüpü bırakın. Bu noktada, çözelti bulanık olabilir ve çoğunlukla FLS kollajen fibrillerin içermelidir. </li></ol> 3. Segmental Uzun Aralığı Kolajen <ol><li> 67 ul su, pH 3.3 &#39;de 100 mM glisin-HCI tamponu 60 ul ve bir mikrofüj tüpü ve karışım su içinde 10 mg / ml, 40 ul ATP birleştirin. </li><li> Mikrofüj tüpü ve karışım, kolajen monomer (0.01 N HCI içinde yaklaşık 3 mg / ml) 33 ul ekle. Çözelti, berrak ve renksiz olmalıdır. </li><li> 2 saat için oda sıcaklığında reaksiyon karışımını ihtiva eden mikrofüj tüpü bırakın. Bu noktada, çözüm hala net görünür, ancak gerektiği olacakçoğunlukla SLS kollajen içerir. </li></ol> 4. AFM Karakterizasyonu <ol><li> Cleave yapışkan bant bir parça ile mika yüzeyini kaplayarak ve sonra uzak soyulması bir AFM substrat bağlı mika parçasının yüzeyi. Mika bütün bir tabaka yüzeyinde düzensizliklere azaltmak ve mika tekrar alınması durumunda eski bir numune çıkarılır sağlamak üzere parçalanabilen olduğunu teyit etmek için daha sonra bant kontrol edin. </li><li> Taze yarılan mika alt tabaka için telcik kolajen çözeltisi 20 ul uygulanır. 5 dakika bekletin. </li><li> Yavaşça su ile kollajen fibril çözüm durulayın. Bu, direkt olarak mika substrat üzerine merkez ancak kenarında su uygulamak için ve örnek üzerinde akmasına izin vermek için tavsiye edilir. </li><li> Azot gazı, yumuşak bir akışı altında yüzeyi kurulayın. Bu, mika alt tabakanın merkezinde kenarında doğrudan akım ile değil tavsiye edilir. </li><li> 200 × büyütmede bir optik mikroskop altında,yerli ve FLS kollajen fibrillerin örnekleri kümeleri göstermek gerekir. SLS kollajen görünür olmayacaktır. </li><li> Üç farklı kollajen yapıların benzersiz özellikleri AFM gözlenebilir. Genellikle, silikon AFM problar kullanılarak temassızlığı modunda bir AFM ile biz görüntü yerli kollajen fibrillerin, FLS ve SLS kollajen kontak modda bir AFM ile biz genellikle görüntü silisyum nitrür AFM problar kullanılarak fibrillerin ise. Biz çünkü zaman ve maliyet konuları bunu. Silikon AFM probları genellikle görüntüleme yerli kollajen fibrillerin dar bantı yapısı için özellikle yararlı hale silisyum nitrür AFM probları, daha keskindir. Ancak, silikon AFM problar silisyum nitrür AFM soruşturmalardan daha kollajen örnekleri ile kontaminasyona daha yatkındır ve sık sık değiştirilmesi gerekir. Bu nedenle, biz çoğunlukla çözünürlüğü büyük bir zorunluluktur görüntüleme yerli kollajen fibrillerin için silikon AFM probların kullanımı tutuyoruz ve biz Prol kesintili iletişim modunda çalışırkullanışlılığı ong yaşamları. </li></ol> Biz en azından birkaç kollajen yapıları göstermesi gerekir bir ilk 100 × 100 mikron 2 tarama öneririz. Orada, yakınlaştırma itibaren 10 Boyutlar × 10 mikron 2 ve sonra 2 × yerli ve FLS kollajen veya SLS kollajen ince özellikleri bantlama periyodiklik gözlemlemek için 2 mikron 2 taramak için. Aynı zamanda ilk taramaları temsilcisi olduğunu doğrulamak için kollajen numune üzerinde en az iki diğer bölgelere kontrol etmek iyi bir fikirdir.

<ol>
	<li>Kadler, K. E., Baldock, C., Bella, J., Boot-Handford, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collagen+at+a+glance.">Collagen at a glance.</a> J. Cell Sci. 120, 1955-1958 (2007).</li><li>Abraham, L. C., Zuena, E., Perez-Ramirez, B., Kaplan, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guide+to+Collagen+Characterization+for+Bio+Studies.">Guide to Collagen Characterization for Bio Studies.</a> J. Biomed. Mat. Res. 87B, 264-285 (2008).</li><li>Baselt, D. R., Revel, J. -. P., Baldeschwieler, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subfibrillar+Structure+of+Type+I+Collagen+Observed+by+Atomic+Force+Microscopy.">Subfibrillar Structure of Type I Collagen Observed by Atomic Force Microscopy.</a> Biophys. J. 65, 2644-2655 (1993).</li><li>Petruska, J. A., Hodge, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Subunit+Model+for+Tropocollagen+Macromolecule.">A Subunit Model for Tropocollagen Macromolecule.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 51, 871-876 (1964).</li><li>Smith, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Pattern+in+Native+Collagen.">Molecular Pattern in Native Collagen.</a> Nature. 219, 157-158 (1968).</li><li>Gross, J., Highberger, J. H., Schmitt, F. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extract+of+collagen+from+connective+tissue+by+neutral+salt+solutions.">Extract of collagen from connective tissue by neutral salt solutions.</a> PNAS. 41, 1-7 (1955).</li><li>Gale, M., Pollanen, M. S., Markiewicz, P., Goh, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequential+assembly+of+collagen+revealed+by+atomic+force+microscopy.">Sequential assembly of collagen revealed by atomic force microscopy.</a> Biophys. J. 68, 2124-2128 (1995).</li><li>Wood, G. C., Keech, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+formation+of+fibrils+from+collagen+solutions.">The formation of fibrils from collagen solutions.</a> Biochem. J. 75, 588-597 (1960).</li><li>Williams, B. R., Gelman, R. A., Poppke, D. C., Piez, K. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Collagen+Fibril+formation.">Collagen Fibril formation.</a> J. Biol. Chem. 253, 6578-6585 (1978).</li><li>Holmes, D. F., Capaldi, M. J., Chapman, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reconstitution+of+collagen+fibrils+in+vitro;+the+assembly+process+depends+on+the+initiating+procedure.">Reconstitution of collagen fibrils in vitro; the assembly process depends on the initiating procedure.</a> Int. J. Biol. Macromol. 8, 161-166 (1986).</li><li>Paige, M. F., Rainey, J. K., Goh, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fibrous+long+spacing+collagen+ultrastructure+elucidated+by+atomic+force+microscopy.">Fibrous long spacing collagen ultrastructure elucidated by atomic force microscopy.</a> Biophysical Journal. 74, 3211-3216 (1998).</li><li>Highberger, J. H., Gross, J., Schmitt, F. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+interaction+of+mucoprotein+with+soluble+collagen;+an+electron+microscope+study.">The interaction of mucoprotein with soluble collagen; an electron microscope study.</a> PNAS. 37, 286-291 (1951).</li><li>Ghadially, F. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Ultrastructural pathology of the cell and matrix. , (1988).</li><li>Paige, M. F., Goh, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultrastructure+and+assembly+of+segmental+long+spacing+collagen+studied+by+atomic+force+microscopy.">Ultrastructure and assembly of segmental long spacing collagen studied by atomic force microscopy.</a> Micron. 74, 355-361 (2001).</li><li>Schmitt, F. O., Gross, J., Highberger, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+particle+type+in+certain+connective+tissue+extracts.">A new particle type in certain connective tissue extracts.</a> PNAS. 39, 459-470 (1953).</li><li>Bruns, R. R., Hulmes, D. J. S., Therrien, S. F., Gross, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Procollagen+segment-long-spacing+crystallites:+their+role+in+collagen+fibrillogenesis.">Procollagen segment-long-spacing crystallites: their role in collagen fibrillogenesis.</a> PNAS. 76, 313-317 (1979).</li><li>Highberger, J. H., Gross, J., Schmitt, F. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electron+microscope+observations+of+certain+fibrous+structures+obtained+from+connective+tissue+extracts.">Electron microscope observations of certain fibrous structures obtained from connective tissue extracts.</a> JACS. 72, 3321-3322 (1950).</li><li>Orekhovich, V. N., Tustanovsky, A. A., Orekhovich, K. D., Plotnikova, N. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=O+prokollagene+kohzi.">O prokollagene kohzi.</a> Biokhimiya. 13, 55-60 (1948).</li><li>Lin, A. C., Goh, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigating+the+ultrastructure+of+fibrous+long+spacing+collagen+by+parallel+atomic+force+and+transmission+electron+microscopy.">Investigating the ultrastructure of fibrous long spacing collagen by parallel atomic force and transmission electron microscopy.</a> Proteins. 49, 378-384 (2002).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Kollajen monomer Saflaştırılmış düşük pH ve sıcaklıkta kararlı olan ve doğal kolajen fibril oluşumunun esasen kolajen monomer çözeltisinin pH ve sıcaklık yükseltme içerir. Monomerlerin bantlı kollajen fibrillerin sulandırılması için prosedürler fazla 50 yıl boyunca var olmuştur. 15 yıl önce kollajen ile ilk çalışmalarda kullanılan laboratuvar 7 prosedürleri dayandığını prosedürü 1986 10 yılında Chapman ve arkadaşları tarafından özetlenmiştir. Daha önceki çalışmalar içinde kollajen fibril oluşumu için koşullar 34 nolu Na 2 HPO 4 / KH 2 PO 4 (I = 0.2, pH 7.4) tampon içinde 0.18 mg / ml kolajen monomer ° C idi Bu ve biz denedim diğer prosedürlerin dezavantajı istenilen bantlı fibril birlikte oluşan her unbanded fibrillerin olmasıdır. Yeni koşullar ~ pH 7&#39;de 100 mM fosfat ve 100 mM KCl içinde 0.3 mg / ml kolajen monomer 3-4 saat boyunca 37 ° C&#39;de bırakılır. Procedure yerli kollajen fibrillerin yapmak için önceki yordamı her yönüyle farklıdır burada tarif. Ama en belirgin, biz tampon konsantrasyonu yükselterek ve 100 mM KCl ekleyerek iyonik gücü iki katına çıkardık. Münhasıran bantlı kollajen fibrillerin daha tutarlı oluşumunda iyonik kuvvet sonuçlarında artış. Kollajen monomer çözeltisi kullanımı üreticinin önerdiği tarihe geçmiş iken bizim deneyimlerimize göre, bu prosedürü doğal türü kollajen üretilen olmadığını sadece zaman oldu. Bu durumda, ne tüm hala gözlenen birçok fibrillerin için unbanded ama çoğunlukla unbanded edilmektedir az fibrillerin gelen aralıkları görülmektedir. Aşımına uğramış kolajen monomer genellikle hala başarılı bir doğal kolajen yapmak için kullanılabilir, fakat başarısız olduğunda, yeni kolajen monomer kesinlikle satın alınması gerektiğini not edin. FLS birinci Highberger ve arkadaşları tarafından tespit edilmiştir. Kolajen preparatlar içinde 17 Orekhovic yatırılırh ve ark. 18. Ileri çalışmalara Highberger ve Schmitt bunu FLS 12 oluşumunu teşvik α1-asit glikoprotein olduğu sonucuna götürdü. Daha sonra ticari olarak temin kolajen monomer ve düşük pH değerlerinde α1-asit glikoprotein, birleştirme ve yavaşça pH 24 saat 11 için suya karşı diyaliz ile karışım artmasına izin verilmesi ile FLS kollajen yapımı için işlem çoğaltmak için mümkün. Şimdi, ilk olarak suya karşı diyaliz ve kollajen monomer sadece FLS kolajen oluşturmak için suda α1-asit glikoprotein ile birleştirerek Bu prosedürün bir modifikasyonu sunulmaktadır. Burada anlatılan FLS kollajen montaj koşulları çok daha az zaman alıcı vardır. Kollajen monomer hala su karşı önceden diyalizlenmiş olması gerekir, ancak toplu olarak yapılır ve ardından ° C stably kullanılıncaya kadar 4 saklanabilir. Bu yeni prosedür verimleri çoğunlukla bantlı kollajen fibrillerin FLS. Bizim deneyim, α1-asit glikodüşük bir kombine protein ve su içeriği ile protein ve çıkarsama yüksek şeker içeriği ile, başarıyla FLS fibrillerin yapmak için kritik öneme sahiptir. Biz genellikle bizim kullandığımız α1-asit glikoprotein lot 82 veya daha az bir kombine% protein ve su içeriğine sahip olduğu üreticisine başvurun. Ve çok eski yerli kollajen sentezi, kollajen monomer için prosedür olarak da FLS kolajen üretmek için başarısızlıkla sonuçlanabilir. Buna ek olarak, diyaliz için kullanılan suyun saflığını bu işlem çok önemlidir. Örneğin, hatta karşı kolajen monomer ~ 8 MΩ.cm yerine FLS kolajen oluşturmayan bir kolajen çözeltisi içinde&gt; 18 MΩ.cm su sonuç diyaliz. Üç kollajen fibril tipleri ki, kazanmak için en kolay SLS kolajen. SLS erken hazırlanması Schmitt ve co-workers 15 tarafından tarif edilmiştir. Biz piyasada satılan argo kullanarak SLS kollajen yapımı için 12 yıl önce bu prosedürü bir adaptasyon yayınladıagen 14. Prosedür, sadece 2 mg / ml ATP ve% 0.05 &#39;de 0.5 mg / ml kolajen monomer (v / v) pH 3.5 asetik asit birleştirerek, ve gece boyunca oda sıcaklığında karışım bırakarak neden oldu. Bizim deneyim, kontrol edilmesi gereken SLS montaj kritik yönü reaksiyon çözeltisinin pH değeri. SLS kristalden toplulaştırılmış kümeleri daha temel koşulları (~ pH 3,6-3,9) sonuçları toplandı. Daha asidik koşullarda (~ pH 2,9-3,2) pH 3,3-3,5 arasında ideal koşullar altında montajı olanlar daha ince, daha ayrılmış kristalden sonuçları. Bu aralığı (&lt;2.8 ve&gt; 4) dışında Reaksiyon pH herhangi SLS kollajen verim yok. Geçmişte, asetik asit ilave edilerek reaksiyon karışımının pH değeri ayarlanır. Daha da prosedürü basitleştirmek için, bu makalede, pH değerini kontrol etmek bir glisin-HCI tamponu tanıttı. Yukarıda tarif edilen protokollere oluşan üç farklı yapılara kolajen karakterO istik özellikler sadece nanometre çözünürlük yeteneğine sahip araçlar tarafından ayırt edilebilir. Doğal ve FLS kolajen ~ 67 nm ve ~ 270 nm periyotlarda bandı ile karakterize edilir. SLS kollajen uzun boyutu sadece ~ 360 nm. Biz üç farklı kollajen yapıları karakterize bir AFM nasıl kullandıklarını özellikle nitelendirdiler. Ancak, herhangi bir AFM probu &lt;10 nm yarıçaplı olan temas veya aralıklı temasta modunda herhangi AFM işletim Ayrıca görüntü bu kolajen yapılarını gerekir. Buna ek olarak, elektron mikroskobu olabilir ve bunlar kolajen yapılar 19 karakterize etmek için kullanılmaktadır. Bu işlemlerin büyük avantajı istenilen kolajen inşa ağırlıklı üretmek. Bu reaksiyonlar bulunan kollajen sadece diğer formu genellikle AFM görüntüleri arka plan görülebilir başlangıç ​​monomer vardır. Doğal ve FLS kolajen durumunda, bunlar kolaylıkla unrea çoğu ayrılabilirsu ile ortaya çıkan, doğal veya FLS, kolajen pelet tekrar santrifüj ve yıkanması yoluyla cted monomer. Biz gelişmiş, ticari olarak mevcut başlangıç ​​materyalleri kullanarak yerel, FLS ve SLS kollajen yapmak için basit ve güvenilir prosedürler sundu. Bütün bu işlemlerde kullanılan kollajen monomer saflaştırılmış bir formda ticari olarak temin edilebilmektedir. α1-Asit glikoprotein ve ATP ticari de mevcuttur her ikisi de.

Kollajen üç polipeptid zincirinin oluşan bir üçlü sarmal yapıya sahip yapısal bir protein sınıfıdır. Bu üçlü sarmal monomerlerin fazla giderek daha büyük yapıları oluşturmak üzere bir hiyerarşik şekilde monte edin. 1 tespit edilmiştir en az 28 genetik olarak farklı kollajen türleri vardır. Kombine, kollajen tüm kolajen proteinleri 2% 90 kadar ben baskın formu muhasebe yazın ile hayvanlarda bulunan toplam proteinin% 30 oluşturmaktadır. Tip I kollajen deri, bağ, tendon ve kemiklerde fibrillous yapılar olarak bulunmuştur. Atomik kuvvet mikroskobu (AFM) ve elektron mikroskobu (EM) ben yerli kolajen lifleri genelde ~ 67 nm 3-5 (genellikle D-bantlama olarak anılacaktır) karakteristik bir süre ile bantlanma Tip görüntüleri. I kollajen monomerinin iki özdeş α1 (I) zincirler ve bir α2 (I) zinciri, bir daha her fazla oluşan bir üçlü sarmal heterotrimer olduğunu yazınUzun bin amino asitler. Uzun ve uzunluğu ve çapı 1.4 nm 300 nm boyutlarında ince. Kollajen monomerinin kolayca doğal olarak oluşan yüksek mertebeden yapıları 6 parçalayarak elde edilebilir ben yazın. Biz 7 ve diğerleri 8-10, bu çözünür monomer yapı taşları sonra in vitro olarak D-bantlı fibril (Şekil 1) yeniden kurmak için kullanılabileceğini göstermiştir. Doğal kolajen fibriller ilave olarak, iki başka yüksek dereceden kollajen yapılar aynı monomer yapı bloğu kullanılarak in vitro olarak oluşturacak şekilde tespit edilmiştir. Iki yapı fibröz uzun boşluk (FLS) ve segmental uzun boşluk (SLS) kolajen (Şekil 1). Kollajen monomer α1-asit glikoprotein ile kombine edildiğinde FLS kollajen doğal kolajen gibi bir fibrillous yapıdır, ama yerel kollajen 11. In vitro daha büyük bir bantlama periyodiklik ile karakterize, FLS kollajen oluşturur <sup&gt; 12. FLS kolajen rağmen nadiren 13, hem de in vivo olarak gözlenmiştir. Monomerlerin bir kristal kafes 14 de benzer kayıt hizalanır, çünkü kolajen SLS kristalitlerin olarak tarif edilir. Kollajen monomer adenozin trifosfat (ATP) 15 ile birlikte olduğunda SLS kollajen oluşturur. Doğal olarak ortaya çıkan SLS kollajen fibroblast kültür ortamında gözlenen ancak çıkarılan doku örneklerinde, olasılıkla küçük boyutu ve ayırt topografik özellikleri 16 eksikliği nedeniyle. Olmuştur Bu yazının amacı, iyi FLS ve hatta en deneyimsiz araştırmacı üretebileceği SLS kollajen gibi doğal kollajen fibrillerin yapmak için ayrıntılı yordamlar sunmaktır. Piyasada bulunan gelişmiş başlangıç ​​maddeleri kullanarak, mümkün olduğunca basit protokoller yapmak için çalıştık ve hala güvenilir bir iş var. Nasıl farklı kollajen yapısı karakterize bir AFM kullanmak Biz de ayrıntılıyapılmaktadır s. Bu çalışma bu yüksek mertebeden kollajen yapılar bir veya daha fazla çalışma ve / veya diğer uygulamalarda öncüleri olarak kullanmak isteyen araştırmacılar için yararlı olabilir, ancak şu anda uzmanlık eksikliği ya da sadece doku örnekleri ile çalışmak istemiyorum edecektir.

<table border="1"><tbody><tr><td> Malzeme / reaktif </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar (isteğe bağlı) </td></tr><tr><td> Ben kollajen monomer yazın (~ 3 mg / ml 0.01 N HCI) </td><td> INAMED Gelişmiş Biyo </td><td> 5409 5005-B </td><td> Çok 1261443 (2.9 mg / ml, pH 2.1) Çok 1629346 (3.2 mg / ml, pH 2.1) Çok 6006 (3.2 mg / ml, pH 2.1) </td></tr><tr><td> ATP </td><td> Araştırma Biyokimyasallar Uluslararası </td><td> A-141 </td><td> Lot FBJ-1194A </td></tr><tr><td> sığır plazmadan α1-asit glikoprotein </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G3643 </td><td> Çok 051K7440 (% 89.8) Çok 011K7410 (% 82) Çok 065K7405 (% 71.2) Çok 063K7495 (% 71.9) Çok 117K7535 (% 75.9) (Protein + su içeriği) </td></tr><tr><td> A1-asit glycoprİnsan plazmasından otein </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G9885 </td><td> Çok 128H7606 (% 70.9) Çok 049K7565V (% 68) (Protein + su içeriği) </td></tr><tr><td> mika </td><td> Ted Pella </td><td> 53 </td><td></td></tr><tr><td> Pointprobe - Silikon SPM-Sensörü </td><td> Nanoworld </td><td> NHC </td><td> Biz temassızlığı modu için Silikon AFM prob kullanın </td></tr><tr><td> Veeco Nanoprobe İpuçları </td><td> Veeco (Şimdi Bruker AFM probları) </td><td> NP-S </td><td> Biz iletişim modu için kullandığınız Silisyum nitrür AFM probe </td></tr></tbody></table>

in vitro synthesis of native, fibrous long spacing and segmental long spacing collagen

Kollajen fibrillerin yapı iskele ve mekanik güç sağlamak için hayvan dokusu ekstrasellüler matrikste bulunan. Bunlar doğal kolajen fibriller ~ 67 nm arasında bir karakteristik bantlama periyodiklik sahiptir ve uzunluğu ve çapı 1,4 nm içinde 300 nm, tip I kolajen monomerlerin hiyerarşik montaj yoluyla in vivo olarak oluşur. In vitro olarak, hangi için koşullar değiştirilerek monomer yapı blokları maruz kalanlar, 50 mikron kadar uzunluk ölçüleri arasında değişen özgün yapılarıyla yerel tür fibrillerin sadece dahil olmak üzere, inşa, ama aynı zamanda fibröz uzun boşluklar ve segmental uzun aralıklı kollajen. edilebilir Bu yazıda, ortak bir ticari kollajen monomerlere üç farklı kollajen yapılar oluşturan prosedürleri sunuyoruz. Biz ve diğerleri, bu üç tip için geçmişte yayınlanan olduğu protokolleri kullanarak tipik olarak yapı karışımlarına yol açmaktadır. Özellikle, unbanded fibrillerin yaygın f ididoğal Kollagen yaparken ise kullanınız ve fibröz uzun aralıklı kollajen yaparken yerli fibrillerin çoğu mevcuttu. Bu yeni işlemler hemen hemen sadece arzu edilen fibril tipi kollajen üretme avantajına sahiptir. İstenen yapıların oluşumunu bir atomik kuvvet mikroskopu kullanılarak görüntüleme ile teyit edilmektedir.

Yerli kollajen 100 mM fosfat içinde ~ 0.3 mg / ml kolajen monomer ve 37 sola pH&#39;ı 7 olan 100 mM KCl Reaksiyon karışımı, 3-4 ° C&#39;de saat süre ile açık ~ 67 nm D-bant ile yerli tip kolajen ihtiva eden bir çözelti fibriller elde edilir, unbanded fibrillerin olmadan. 200 × büyütmede bir optik mikroskop altında, birçok fibrillerinin kümeleri normal diferansiyel girişim kontrast (DIC) mikroskobu (Şekil 2) tarafından izlendi özellikle mika yüzey görülebilir. Tipik bir örnek olarak, bir rasgele 100 × AFM tarafından 100 mikron 2 taraması genellikle uzun 5-50 mikron, en azından bir kaç fibrillerin gösterecektir (Şekil 3a-c). Bireysel, ayrılmış kollajen fibrillerin kolayca bu aşamada tespit edilebilir. 512 × 512 piksel 2 resim taraması ile, 10 × 10 mikron 2 tarama boyutu yakınlaştırmayı tüm fibriller bantlı olduğunu göstermektedir (Şekil 3d-f </strong&gt;). Doğru bantlama periyodiklik ölçmek için, o 2 × 2 mikron 2 tarama boyutu (Şekil 3g-i) yakınlaştırmak için en iyisidir. Periyodiklik Bantlama sadece ölçme ve birkaç zirveleri ya vadiler arasındaki uzunlamasına mesafe ortalaması alınarak tespit edilebilir. AFM yazılımı sağlar, alternatif olarak, bir tek boyutlu Fourier de kullanılabilir enine kesit uzunlamasına bir boyunca dönüşümü. Şekil 4, bir telcik ve karşılık gelen bir uzunlamasına kesit bir AFM boy görüntü gösterir. FLS kollajen 1 mg / ml μ1-asit glikoprotein ve 30 dakika için oda sıcaklığında kalan su içinde ~ 1 mg / ml kolajen monomerin reaksiyon karışımı FLS, kollajen fibrillerin bir çözelti elde edilir. Doğal kolajen halinde görülmektedir ne benzer fibrillerin kümeleri, kolaylıkla 200 bir optik mikroskop altında × m mika alt tabaka üzerinde görülebiliragnification. Tipik bir örnek olarak, AFM ile rastgele 100 × 100 mikron 2 taraması genellikle en az birkaç fibrillerin gösterecektir. 512 × 512 piksel 2 resim tarama boyutu ile, bantlama dönemsellik gösteren bir 10 × daha doğru 10 mikron 2 tarama (Şekil 5a) veya 2 × 2 mikron 2 tarama (Şekil 5b). Şekil 5c içine büyüterek ölçülebilir FLS bir telcik uzunlamasına bir enine kesitini göstermektedir. SLS kollajen 2 mg / ml ATP ve reaksiyon karışımı, pH 3.3 &#39;de 100 mM glisin-HCI tamponu içinde ~ 0.5 mg / ml kolajen monomer 2 saat boyunca oda sıcaklığında bırakılır SLS kollajen bir çözelti elde edilir. Genellikle, SLS kristalden bir optik mikroskop altında görülebilir olmayacak. Bir AFM SLS kristalden varlığını doğrulamak için gereklidir. Tipik bir örnek olarak, AFM ile rastgele 100 × 100 mikron 2 taraması genellikle birçok gösterecektirnoktalar. 10 × 10 mikron 2 tarama içine yakınlaştırma genellikle birkaç SLS kristalden (Şekil 6a) gösterecektir. Ve 2 × 2 mikron 2 tarama (Şekil 6b) bir SLS kristalit arasında ince yapısını gösterir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/4417/4417fig1.jpg" /> Şekil 1. Kollajen monomer in vitro olarak oluşturulabilir kollajen fibrillerin üç yapısal olarak farklı biçimlerde. AFM görüntüleri hepsi aynı boyutta ölçek (2 × 2 mikron 2) kollajen monomerinin ve üç yüksek mertebeden kolajen yapılarını tasvir. <img alt="Şekil 2," src="/files/ftp_upload/4417/4417fig2.jpg" /> Şekil 2. Mika üzerinde yerli kollajen fibrillerin optik DIC mikroskobu (a) el değmemiş ve (b) t eşiklenir ve bilenmiş tarafından ~ 200 × büyütmede Dijital görüntüfibriller vurgulamak o. <img alt="Şekil 3" src="/files/ftp_upload/4417/4417fig3.jpg" /> Mika üzerinde yerli kollajen fibrillerin Şekil 3. AFM görüntüleri. Aralıklı kontak modda AFM genlik görüntüler gösterilir. <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/4417/4417fig4.jpg" /> Şekil 4,. (A) 0.5 x 1 mikron 2 aralıklı temas şeklinde AFM boy görüntü (dikey ölçek = 100 nm) ile bir doğal kolajen fibril (b) uzunlamasına kesiti. <img alt="Şekil 5," src="/files/ftp_upload/4417/4417fig5.jpg" /> Şekil 5. Mika FLS kollajen fibrillerin AFM görüntüleri. (A) 10 × 10 mikron 2 kontak modda AFM sehim görüntüsü, (b) 2 × 2 mikron 2 kontak modda AFM sehim görüntüsü ve (c) BoyunaBir FLS kollajen fibril kesiti. <img alt="Şekil 6" src="/files/ftp_upload/4417/4417fig6.jpg" /> Şekil 6. Mika SLS kollajen AFM görüntüleri. Aralıklı kontak modda AFM genlik görüntüler gösterilir.

Watch this Scientific Journal Video about In vitro Synthesis of Native, Fibrous Long Spacing and Segmental Long Spacing Collagen at JoVE.com

In vitro Synthesis of Native, Fibrous Long Spacing and Segmental Long Spacing Collagen

Basit ve tekrarlanabilir prosedürler ortak bir ticari Tip I kollajen monomer üç yapısal olarak ayrı kollajen derlemeler yapmak için tarif edilmiştir. Yerli tip fibröz uzun aralıklı veya segmental uzun boşluklar kolajen 300 nm uzunluğunda ve 1,4 nm çaplı monomer yapı taşı maruz hangi koşullarda değişen tarafından inşa edilebilir.

Yerli, Fibröz Uzun Aralığı ve Bölümlere Uzun Aralığı Kollajen in vitro sentezi olarak

Collagen fibrils are present in the  extracellular matrix of animal tissue to provide structural scaffolding and  mechanical strength. These native ...

in-vitro-synthesis-native-fibrous-long-spacing-segmental-long-spacing

Research

JoVE Journal

Bioengineering

In vitro Synthesis of Native, Fibrous Long Spacing and Segmental Long Spacing Collagen

13.6K Görüntüleme.  University of Toronto. Basit ve tekrarlanabilir prosedürler ortak bir ticari Tip I kollajen monomer üç yapısal olarak ayrı kollajen derlemeler yapmak için tarif edilmiştir. Yerli tip fibröz uzun aralıklı veya segmental uzun boşluklar kolajen 300 nm uzunluğunda ve 1,4 nm çaplı monomer yapı taşı maruz hangi koşullarda değişen tarafından inşa edilebilir.

Video: In vitro Synthesis of Native, Fibrous Long Spacing and Segmental Long Spacing Collagen

Tri-layered Electrospinning to Mimic Native Arterial Architecture using Polycaprolactone, Elastin, and Collagen: A Preliminary Study

Throughout native artery, collagen and elastin play an important role, providing a mechanical backbone, preventing vessel rupture, and promoting recovery under pulsatile deformations. The goal of this study was to mimic the structure of native artery by fabricating a multi-layered electrospun conduit composed of poly(caprolactone) (PCL) with the addition of elastin and collagen with blends of 45-45-10, 55-35-10, and 65-25-10 PCL-ELAS-COL to demonstrate mechanical properties indicative of native arterial tissue, while remaining conducive to tissue regeneration. Whole grafts and individual layers were analyzed using uniaxial tensile testing, dynamic compliance, suture retention, and burst strength. Compliance results revealed that changes to the middle/medial layer changed overall graft behavior with whole graft compliance values ranging from 0.8 - 2.8 % / 100 mmHg, while uniaxial results demonstrated an average modulus range of 2.0 - 11.8 MPa. Both modulus and compliance data displayed values within the range of native artery. Mathematical modeling was implemented to show how changes in layer stiffness affect the overall circumferential wall stress, and as a design aid to achieve the best mechanical combination of materials. Overall, the results indicated that a graft can be designed to mimic a tri-layered structure by altering layer properties.

The aim of this study was to mimic the native three layered architecture of the arterial wall. To accomplish this, electrospinning was employed with the use of a 3-1 (input-output) nozzle and blends of polycaprolactone, elastin, and collagen.

Yerli Arter Mimarlık polycaprolactone, Elastin ve Kollajen kullanarak Mimik Üç katmanlı elektrospinning: Bir Ön Çalışma

Throughout native artery, collagen and elastin play an important role, providing a mechanical backbone, preventing vessel rupture, and promoting recovery ...

Biyomühendislik

A Protocol for Detecting and Scavenging Gas-phase Free Radicals in Mainstream Cigarette Smoke

Cigarette smoking is associated with human cancers. It has been reported that most of the lung cancer deaths are caused by cigarette smoking 5,6,7,12. Although tobacco tars and related products in the particle phase of cigarette smoke are major causes of carcinogenic and mutagenic related diseases, cigarette smoke contains significant amounts of free radicals that are also considered as an important group of carcinogens9,10. Free radicals attack cell constituents by damaging protein structure, lipids and DNA sequences and increase the risks of developing various types of cancers. Inhaled radicals produce adducts that contribute to many of the negative health effects of tobacco smoke in the lung3. Studies have been conducted to reduce free radicals in cigarette smoke to decrease risks of the smoking-induced damage. It has been reported that haemoglobin and heme-containing compounds could partially scavenge nitric oxide, reactive oxidants and carcinogenic volatile nitrosocompounds of cigarette smoke4. A 'bio-filter' consisted of haemoglobin and activated carbon was used to scavenge the free radicals and to remove up to 90% of the free radicals from cigarette smoke14. However, due to the cost-ineffectiveness, it has not been successfully commercialized. Another study showed good scavenging efficiency of shikonin, a component of Chinese herbal medicine8. In the present study, we report a protocol for introducing common natural antioxidant extracts into the cigarette filter for scavenging gas phase free radicals in cigarette smoke and measurement of the scavenge effect on gas phase free radicals in mainstream cigarette smoke (MCS) using spin-trapping Electron Spin Resonance (ESR) Spectroscopy1,2,14. We showed high scavenging capacity of lycopene and grape seed extract which could point to their future application in cigarette filters. An important advantage of these prospective scavengers is that they can be obtained in large quantities from byproducts of tomato or wine industry respectively11,13

Spin-trapping ESR spectroscopy was used to study the effect of plant antioxidants lycopene, pycnogenol and grape seed extract on scavenging gas-phase free radicals in cigarette smoke.

Serbest Radikaller Mainstream Sigara Duman algılama ve gaz faz Atma Protokolü

Cigarette smoking is associated with human cancers. It has been reported that most of the lung cancer deaths are caused by cigarette smoking 5,6,7,12.  ...

In situ Compressive Loading and Correlative Noninvasive Imaging of the Bone-periodontal Ligament-tooth Fibrous Joint

This study demonstrates a novel biomechanics testing protocol. The advantage of this protocol includes the use of an in situ loading device coupled to a high resolution X-ray microscope, thus enabling visualization of internal structural elements under simulated physiological loads and wet conditions. Experimental specimens will include intact bone-periodontal ligament (PDL)-tooth fibrous joints. Results will illustrate three important features of the protocol as they can be applied to organ level biomechanics: 1) reactionary force vs. displacement: tooth displacement within the alveolar socket and its reactionary response to loading, 2) three-dimensional (3D) spatial configuration and morphometrics: geometric relationship of the tooth with the alveolar socket, and 3) changes in readouts 1 and 2 due to a change in loading axis, i.e. from concentric to eccentric loads. Efficacy of the proposed protocol will be evaluated by coupling mechanical testing readouts to 3D morphometrics and overall biomechanics of the joint. In addition, this technique will emphasize on the need to equilibrate experimental conditions, specifically reactionary loads prior to acquiring tomograms of fibrous joints. It should be noted that the proposed protocol is limited to testing specimens under ex vivo conditions, and that use of contrast agents to visualize soft tissue mechanical response could lead to erroneous conclusions about tissue and organ-level biomechanics.

In situ Compressive Loading and Correlative Noninvasive Imaging of the Bone-periodontal Ligament-tooth Fibrous Joint

In this study, the use of an in situ loading device coupled with micro-X-ray computed tomography for fibrous joint biomechanics will be discussed. Experimental readouts identifiable with an overall change in joint biomechanics will include: 1) reactionary force vs. displacement, i.e. tooth displacement within the alveolar socket and its reactionary response to loading, 2) three-dimensional (3D) spatial configuration and morphometrics, i.e.&#160;geometric relationship of the tooth with the alveolar socket, and 3) changes in readouts 1 and 2 due to a change in loading axis, i.e. concentric or eccentric loads.

Yerinde Basınç Yükleme ve Kemik-periodontal ligament-diş Lifli Joint Korelatif noninvaziv Görüntüleme

This study demonstrates a novel biomechanics testing protocol. The advantage of this protocol includes the use of an in situ loading device coupled to a ...

Long-term Intravital Immunofluorescence Imaging of Tissue Matrix Components with Epifluorescence and Two-photon Microscopy

Besides being a physical scaffold to maintain tissue morphology, the extracellular matrix (ECM) is actively involved in regulating cell and tissue function during development and organ homeostasis. It does so by acting via biochemical, biomechanical, and biophysical signaling pathways, such as through the release of bioactive ECM protein fragments, regulating tissue tension, and providing pathways for cell migration. The extracellular matrix of the tumor microenvironment undergoes substantial remodeling, characterized by the degradation, deposition and organization of fibrillar and non-fibrillar matrix proteins. Stromal stiffening of the tumor microenvironment can promote tumor growth and invasion, and cause remodeling of blood and lymphatic vessels. Live imaging of matrix proteins, however, to this point is limited to fibrillar collagens that can be detected by second harmonic generation using multi-photon microscopy, leaving the majority of matrix components largely invisible. Here we describe procedures for tumor inoculation in the thin dorsal ear skin, immunolabeling of extracellular matrix proteins and intravital imaging of the exposed tissue in live mice using epifluorescence and two-photon microscopy. Our intravital imaging method allows for the direct detection of both fibrillar and non-fibrillar matrix proteins in the context of a growing dermal tumor. We show examples of vessel remodeling caused by local matrix contraction. We also found that fibrillar matrix of the tumor detected with the second harmonic generation is spatially distinct from newly deposited matrix components such as tenascin C. We also showed long-term (12 hours) imaging of T-cell interaction with tumor cells and tumor cells migration along the collagen IV of basement membrane. Taken together, this method uniquely allows for the simultaneous detection of tumor cells, their physical microenvironment and the endogenous tissue immune response over time, which may provide important insights into the mechanisms underlying tumor progression and ultimate success or resistance to therapy.

The extracellular matrix undergoes substantial remodeling during wound healing, inflammation and tumorigenesis. We present a novel intravital immunofluorescence microscopy approach to visualize the dynamics of fibrillar as well as mesh-like matrix components with high spatial and temporal resolution using epifluorescence or two-photon microscopy.

Epifluoresan ile Doku Matrix Bileşenler ve İki foton Mikroskopi uzun vadeli Intravital İmmünofloresan Görüntüleme

Besides being a physical scaffold to maintain tissue morphology, the extracellular matrix (ECM) is actively involved in regulating cell and tissue ...

Utilization of Microscale Silicon Cantilevers to Assess Cellular Contractile Function In Vitro

The development of more predictive and biologically relevant in vitro assays is predicated on the advancement of versatile cell culture systems which facilitate the functional assessment of the seeded cells. To that end, microscale cantilever technology offers a platform with which to measure the contractile functionality of a range of cell types, including skeletal, cardiac, and smooth muscle cells, through assessment of contraction induced substrate bending. Application of multiplexed cantilever arrays provides the means to develop moderate to high-throughput protocols for assessing drug efficacy and toxicity, disease phenotype and progression, as well as neuromuscular and other cell-cell interactions. This manuscript provides the details for fabricating reliable cantilever arrays for this purpose, and the methods required to successfully culture cells on these surfaces. Further description is provided on the steps necessary to perform functional analysis of contractile cell types maintained on such arrays using a novel laser and photo-detector system. The representative data provided highlights the precision and reproducible nature of the analysis of contractile function possible using this system, as well as the wide range of studies to which such technology can be applied. Successful widespread adoption of this system could provide investigators with the means to perform rapid, low cost functional studies in vitro, leading to more accurate predictions of tissue performance, disease development and response to novel therapeutic treatment.

Utilization of Microscale Silicon Cantilevers to Assess Cellular Contractile Function In Vitro

This protocol describes the use of microscale silicon cantilevers as pliable culture surfaces for measuring the contractility of muscle cells in vitro. Cellular contraction causes cantilever bending, which can be measured, recorded, and converted into readouts of force, providing a non-invasive and scalable system for measuring contractile function in vitro.

Mikro Silikon konsolun Kullanımı Hücresel kasılma fonksiyonunu değerlendirmek için<em&gt; İn Vitro</em

The development of more predictive and biologically relevant in vitro assays is predicated on the advancement of versatile cell culture systems which ...

Planar Gradient Diffusion System to Investigate Chemotaxis in a 3D Collagen Matrix

The importance of cell migration can be seen through the development of human life. When cells migrate, they generate forces and transfer these forces to their surrounding area, leading to cell movement and migration. In order to understand the mechanisms that can alter and/or affect cell migration, one can study these forces. In theory, understanding the fundamental mechanisms and forces underlying cell migration holds the promise of effective approaches for treating diseases and promoting cellular transplantation. Unfortunately, modern chemotaxis chambers that have been developed are usually restricted to two dimensions (2D) and have complex diffusion gradients that make the experiment difficult to interpret. To this end, we have developed, and describe in this paper, a direct-viewing chamber for chemotaxis studies, which allows one to overcome modern chemotaxis chamber obstacles able to measure cell forces and specific concentration within the chamber in a 3D environment to study cell 3D migration. More compelling, this approach allows one to successfully model diffusion through 3D collagen matrices and calculate the coefficient of diffusion of a chemoattractant through multiple different concentrations of collagen, while keeping the system simple and user friendly for traction force microscopy (TFM) and digital volume correlation (DVC) analysis.

Cell migration is an important part of human development and life. In order to understand the mechanisms that can alter cell migration, we present a planar gradient diffusion system to investigate chemotaxis in a 3D collagen matrix, which allows one to overcome modern diffusion chamber limitations of existing assays.

Planar Gradient Difüzyon Sistemi 3D Kollajen Matrix Kemotaksis Araştırma

The importance of cell migration can be seen through the development of human life. When cells migrate, they generate forces and transfer these forces to ...

Eye Irritation Test (EIT) for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial (RhCE) Tissue Model

To comply with the Seventh Amendment to the EU Cosmetics Directive and EU REACH legislation, validated non-animal alternative methods for reliable and accurate assessment of ocular toxicity in man are needed. To address this need, we have developed an eye irritation test (EIT) which utilizes a three dimensional reconstructed human cornea-like epithelial (RhCE) tissue model that is based on normal human cells. The EIT is able to separate ocular&#160;irritants and corrosives (GHS Categories 1 and 2 combined) and those that do not require labeling (GHS No Category). The test utilizes two separate protocols, one designed for liquid chemicals and a second, similar protocol for solid test articles. The EIT prediction model uses a single exposure period (30 min for liquids, 6 hr for solids) and a single tissue viability cut-off (60.0% as determined by the MTT assay). Based on the results for 83 chemicals (44 liquids and 39 solids) EIT achieved 95.5/68.2/ and 81.8% sensitivity/specificity and accuracy (SS&#38;A) for liquids, 100.0/68.4/ and 84.6% SS&#38;A for solids, and 97.6/68.3/ and 83.1% for overall SS&#38;A. The EIT will contribute significantly to classifying the ocular irritation potential of a wide range of liquid and solid chemicals without the use of animals to meet regulatory testing requirements. The EpiOcular EIT method was implemented in 2015 into the OECD Test Guidelines as TG 492.

Eye Irritation Test EIT for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial RhCE Tissue Model

We have developed an eye irritation test which utilizes a three dimensional reconstructed human cornea-like epithelial (RhCE) tissue model. The test is able to discriminate between ocular irritant and corrosive materials (GHS Categories 1 and 2 combined) and those that do not require labeling (GHS No Category).

Yeniden İnşa İnsan Kornea gibi Epitelyal (RHCE) Doku Modeli kullanılarak Göz tahriş Kimyasalların Tehlike Tanımlaması Göz tahrişi Testi (EIT)

To comply with the Seventh Amendment to the EU Cosmetics Directive and EU REACH legislation, validated non-animal alternative methods for reliable and ...

Long-term Live Imaging Device for Improved Experimental Manipulation of Zebrafish Larvae

The zebrafish larva is an important model organism for both developmental biology and wound healing. Further, the zebrafish larva is a valuable system for live high-resolution microscopic imaging of dynamic biological phenomena in space and time with cellular resolution. However, the traditional method of agarose encapsulation for live imaging can impede larval development and tissue regrowth. Therefore, this manuscript describes the zWEDGI (zebrafish Wounding and Entrapment Device for Growth and Imaging), which was designed and fabricated as a functionally compartmentalized device to orient larvae for high-resolution microscopy while permitting caudal fin transection within the device and subsequent unrestrained tail development and re-growth. This device allows for wounding and long-term imaging while maintaining viability. Given that the zWEDGI mold is 3D printed, the customizability of its geometries make it easily modified for diverse zebrafish imaging applications. Furthermore, the zWEDGI offers numerous benefits, such as access to the larva during experimentation for wounding or for the application of reagents, paralleled orientation of multiple larvae for streamlined imaging, and reusability of the device.

This manuscript describes the zWEDGI (zebrafish Wounding and Entrapment Device for Growth and Imaging), which is a compartmentalized device designed to orient and restrain zebrafish larvae. The design permits tail transection and long-term collection of high-resolution fluorescent microscopy images of wound healing and regeneration.

Zebra balığı larva geliştirilmiş deneysel manipülasyon için uzun vadeli canlı görüntüleme aygıtı

The zebrafish larva is an important model organism for both developmental biology and wound healing. Further, the zebrafish larva is a valuable system for ...

Fabrication of Gradient Nanopattern by Thermal Nanoimprinting Technique and Screening of the Response of Human Endothelial Colony-forming Cells

Nanotopography can be found in various extracellular matrices (ECMs) around the body and is known to have important regulatory actions upon cellular reactions. However, it is difficult to determine the relation between the size of a nanostructure and the responses of cells owing to the lack of proper screening tools. Here, we show the development of reproducible and cost-effective gradient nanopattern plates for the manipulation of cellular responses. Using anodic aluminum oxide (AAO) as a master mold, gradient nanopattern plates with nanopillars of increasing diameter ranges [120-200&#8239;nm (GP 120/200), 200-280&#8239;nm (GP 200/280), and 280-360&#8239;nm (GP 280/360)] were fabricated by a thermal imprinting technique. These gradient nanopattern plates were designed to mimic the various sizes of nanotopography in the ECM and were used to screen the responses of human endothelial colony-forming cells (hECFCs). In this protocol, we describe the step-by-step procedure of fabricating gradient nanopattern plates for cell engineering, techniques of cultivating hECFCs from human peripheral blood, and culturing hECFCs on nanopattern plates.

Here, we present a protocol for the fabrication of gradient nanopattern plates via thermal nanoimprinting and the method of screening responses of human endothelial progenitor cells to the nanostructures. By using the described technology, it is possible to produce a scaffold that can manipulate cell behavior by physical stimuli.

Termal Nanoimprinting teknik ve insan endotel hücreleri koloni oluşturan yanıt testi ile taranması degrade Nanopattern imalatı

Nanotopography can be found in various extracellular matrices (ECMs) around the body and is known to have important regulatory actions upon cellular ...

Ultra-long Read Sequencing for Whole Genomic DNA Analysis

Third generation single-molecule DNA sequencing technologies offer significantly longer read length that can facilitate the assembly of complex genomes and analysis of complex structural variants. Nanopore platforms perform single-molecule sequencing by directly measuring the current changes mediated by DNA passage through the pores and can generate hundreds of kilobase (kb) reads with minimal capital cost. This platform has been adopted by many researchers for a variety of applications. Achieving longer sequencing read lengths is the most critical factor to leverage the value of nanopore sequencing platforms. To generate ultra-long reads, special consideration is required to avoid DNA breakages and gain efficiency to generate productive sequencing templates. Here, we provide the detailed protocol of ultra-long DNA sequencing including high molecular weight (HMW) DNA extraction from fresh or frozen cells, library construction by mechanical shearing or transposase fragmentation, and sequencing on a nanopore device. From 20-25 &#181;g of HMW DNA, the method can achieve N50 read length of 50-70 kb with mechanical shearing and N50 of 90-100 kb read length with transposase mediated fragmentation. The protocol can be applied to DNA extracted from mammalian cells to perform whole genome sequencing for the detection of structural variants and genome assembly. Additional improvements on the DNA extraction and enzymatic reactions will further increase the read length and expand its utility.

Long-read sequences greatly facilitate the assembly of complex genomes and characterization of structural variation. We describe a method to generate ultra-long sequences by nanopore-based sequencing platforms. The approach adopts an optimized DNA extraction followed by modified library preparations to generate hundreds of kilobase reads with moderate coverage from human cells.

Bütün genomik DNA analizi için olağanüstü uzun okunur sıralama

Third generation single-molecule DNA sequencing technologies offer significantly longer read length that can facilitate the assembly of complex genomes ...