Fonlama NSF CCLI # 0633618 ve Ohio Üniversitesi tarafından sağlandı. Bazı suşları Caenorhabditis Genetiği Merkezi tarafindan temin edilmiştir. Lisansüstü öğrenci Reetobrata Basu video görüntülenir.

NOT: Birden fazla protokol adımları set-up ve deney özel koşullarına bağlı olarak hazırlanması için seçenekleri ile sunulmaktadır. Bu gibi durumlar için, alternatif adımlar alternatif adımlar Protokol, Şekil 1 &#39;de ana hatları ile A, B, C, vb olarak sunulmuştur. 1.. Polilisin Kaplı Slaytlar hazırlanması Slaytlar üç farklı hazırlama, göreceli yapışma ve antikorun spesifik olmayan bağlanma kolaylığı arasında arzu edilen ticaret-off bağlı olarak kullanılabilmektedir. Slayt hazırlama alternatifleri Detaylar yapışma ve karmaşıklığı artan sırayla adımları 1A-1C aşağıda verilmiştir. Bu farklı yöntemlerle hazırlanan slaytlar bir deneme için birlikte kullanılabilir. 1A. Hayır slayt hazırlama Ticari olarak temin edilebilen polilizin kaplı slaytlar düşük yapışma ve düşük arka plan sağlamak. 1B. Slayt prmetanol-aseton fiksasyonu Ayırma optimum Orta yapışma ve düşük arka plan. <ol><li> Slaytlar daldırma için bir polilisin çözelti hazırlayın: Çok yüksek moleküler ağırlığa sahip 400 mg ekleme - iki kez damıtılmış su, 200 ml (150,000 300,000 D), poli-L-lizin. Koruyucu madde olarak 2 ml% 10 sodyum azid stokları (nihai konsantrasyon% 0.1) eklenir. DİKKAT: kuru sodyum azid reaktiftir ve her türlü zehirlidir. Ağırlığında toz çift distile su içinde% 10 stok yapmak için ise maske ve eldiven giyin. </li><li> Tüy bırakmayan mendil, kaldırma leke ve partikülleri ile tek uç buzlu cam slaytlar silin. Bu atama ile satın slaytlar bile yapılmalıdır &quot;önceden temizlenir.&quot; </li><li> Yeri back-to-back slayt tutucu, coplin kavanoz veya diğer slayt boyama kap, (daha sonra ayırma kolaylaştırmak için) kadar ve oldukça mükemmel hizalanır buzlu kenarlarını tutmak kayar. % 70 etanol ile (reaktif derecesi alkol gerekli değildir) di% 1 HCI ile ile çanak içinde dilim tutucu yerleştirinsu dindirdi veya buzlanma seviyesine boyama kavanoza doldurun. 5 dk arasında, en az bir çözüm slaytlar sallayın. DİKKAT: Bu çözüm yıpratıcıdır, eldiven giyin. Not: Bu çözelti, (birkaç ay kadar) birkaç kez tekrar edilebilir. </li><li> 1 dakika için damıtılmış su içinde çalışan slaytlar durulayın. </li><li> 30-60 dakika boyunca 40-60 ° C fırın içine koyarak ya da oda sıcaklığında gece boyunca tutarak ya da bir toz ortamda tamamen kuru kayar. </li><li> 15 dakika rocker (unfrosted bölümlerini kapsayan) polilizin çözüm slaytlar inkübe. </li><li> Slaytlar kurumasını tekrarlayın. </li><li> Polilizin çözüm inkübasyon ve kurutma adımları tekrarlayın. </li><li> Böyle ince bir tartı spatula gibi bir ince metal bir nesne kullanarak slaytlar ayırın. Bu şekilde yapıştırılmış, bunlar ayırmak zordur. Uygun güvenlik ekipmanları (gözlük) giyin ve slaytlar ayrılmış küçük cam bit gevşek uçabilirsiniz beri, (kullanım sonrası atılmalıdır) tezgah üst kağıt üzerinde çalışır. </li><li> Temiz mağaza slaytlar4 ° C (tozsuz) slayt kutusu kadar gerekli. </li></ol> 1C. Formaldehit tespiti için hazırlık optimumu Slide En yüksek yapışma ancak yüksek arka plan. <ol><li> (Hava kurutma için) (fırında kurutma), tozsuz, fırın güvenli tabak veya düz bir tozsuz bir yüzeye yöntem 1B düz ile hazırlanan yer slaytlar. </li><li> Her slaytın ortasında polilizin çözümün bir 20-60 ul damla yerleştirin. </li><li> Tamamen bir fırında ya da oda sıcaklığında kuru kayar. Buharlaşır gibi polilizin soluk oval geride bırakacaktır. Bu oval çok yapışkan vardır. Ne yazık ki, bu aynı zamanda da bloke edildikten sonra, birincil ve ikincil antikorlar ile bağlanır. </li><li> 4 ° C&#39;de temiz (tozsuz) slayt kutusuna mağaza slaytlar kadar gerekli. </li></ol> 2. Dondurulmuş Nematod Slaytlar hazırlanması Tamamen (nematod plakaları) yöntemi 2A kullanılarak bakteri ya da ile durulanarak boyanması için nematod hazırlanması2B (bireysel nematodlara). 2A. Nematod slaytların plakalarından hazırlanması <ol><li> Prechill kuru buz üzerinde yassı bir metal parça yerleştirin. </li><li> Bir 1.5 ml mikrofüj tüpe bakterilerle NGM levhadan solucanlar durulamak için damıtılmış su ve bir cam pipet (solucanlar kayıplarını azaltır) veya mikropipet kullanın. Plakalar yaşları senkronize ya da karışık olabilir; gerekli olmadıkça (kırılması zor) birçok dauers ya da açlıktan solucanlar (artmış otofloresansı) ile tabak kullanmayın. </li><li> Bakteri ücretsiz kadar distile su ile Worms 3-4x durulayın. (Solucan kaybını azaltmak için aynı cam pipet kullanın.), Ya solucanlar pelet onları (tüpün dibinde çoğunlukla yetişkin toplamak için) 3-5 dakika bankta oturmak ya ~ 1,000 rpm&#39;de 30 saniye dönmeye izin vermek için (~ 500 Bir masaüstü santrifüj g) () yetişkin, larva ve embriyoların toplamak. </li><li> Solucanlar gibi suyun yaklaşık iki katı hacmi bırakarak, solucanlar ile borusundan su en çıkarın (ama en az 25 ul toplam hacmi). </li><li&gt; (1. adımda muamele) &quot;alt&quot; Etiket buzlu yan tezgahın üzerine silinmez mürekkep ve yer slaytlar ile polilizin slaytlar yanında kuru buz, etiket tarafı yukarı konteynere. </li><li> Mevcut düzenli (sildi temiz ama polilizin tedavi değil) &quot;top&quot; slaytlar eşit sayıda var. </li><li> Yer ~ &quot;alt&quot; yapışkan slayt ve pipet ucu yan kullanarak slaydın orta kısmı boyunca solucanları içeren sıvıyı yaymak su içinde 25 ul solucanlar. </li><li> Solucanlar 30 sn dk 2 için halledelim. Slayt uygun yapışkan ise, onlar slayt temasa olarak, solucanlar uçları sopa olacak. </li><li> Bir yandan alt slayt tutun ve buzlu parça ama tüm örtüşen böylece alt slayt üzerinde üst slayt yerleştirin. Solucanlar hala biraz hareket, böylece sıvı, biraz ayrı slaytlar tutmalı slaytlar birbiri üzerinde kaymasına izin vermeyin -. Bu solucanlar katlanmış. </li><li> Dikkatle s düz bastırınhafifçe üst slaytta, her elin başparmak ve işaret parmağı ile. Basınç ideal miktarda, slaytlar kenarında büyük çift cinsiyetli bir kaç yetişkin ve larvaların çoğu her slayt irtibata olurken, kırılacak ama sağlam kalacak. </li><li> Hemen ve dikkatlice (kaymadan) kuru buz üzerinde metal parçası üzerinde slaytları koydu. Slaytlar bir dakika içinde dondurulur görünmelidir. Iyice donmuş kadar 5 dakika boyunca kuru buz üzerinde tutmak. </li><li> Bu noktada, slaytlar birkaç gün boyunca -80 ° C&#39;de bir etiketli kutuda saklanabilir. (Onlar -80 ° C&#39;de hafta tutulursa, su uzak yüce başlayacak ve solucanlar gibi leke olmayacak). Slaytlar -80 ° C&#39;de saklanır, bunları çatlama önce 10 dakika boyunca kuru buz &#39;ısınmak&#39; let. </li><li> 3 (fiksasyon) adıma geçin. </li></ol> 2B. Bireysel nematod slaytların hazırlanması <ol><li> Çökeltmek için kuru buz üzerinde yassı bir metal parça yerleştirintepe. </li><li> Bakterilerden onları özgür bir NGM plaka üzerinde bir damla su bireysel nematod aktarmak için bir solucan cımbızı kullanın. Nematod (ler) eğer mümkünse, otoflüoresanı azaltmak için iyi beslenmiş olması gerekir. Gerektiği gibi solucan (ler) bakteri özgür olana kadar suya yeni noktalar transfer tekrarlayın. </li><li> Sonraki kuru buz, etiket tarafı yukarı konteyner için tezgahın üzerine silinmez mürekkep ve yer slaytlar ile &quot;alt&quot; polilizin slaytlar buzlu tarafını etiketleyin. Daha az yapışkan &quot;top&quot; eşit sayıda mevcuttur (işlenmemiş) slaytlar var. </li><li> Polilisin ile iki muamele edilmiş alt sürgünün bölgeye su 5-10 ul damla yerleştirin. Daha solucanlar transfer eğer tamamlanmadan önce buharlaşan su önlemek için, daha büyük bir hacmi kullanın. </li><li> Solucanlar yapışkan slayt yüzeyine dokunmak doğru batarken izlemek için mikroskop kullanarak, solucan almak ile su damlasına solucan (ler) aktarın. Damla başına birçok + 20 olarak solucanlara kadar az bir solucan aktarın. </li><li> Alt s tutunbir yandan lide ve buzlu parça ama tüm örtüşen böylece alt slayt üzerinde üst slayt yerleştirin. </li><li> Hemen ve dikkatlice (kayma veya sıkıştırma olmadan) kuru buz üzerinde metal parçası üzerinde slaytları koydu. 5-30 dakika boyunca kuru buz üzerinde tutun. (Slaytlar kolayca kurumasına gibi, bu slaytların uzun süreli tutmayın.) </li><li> 3 (fiksasyon) adıma geçin. </li></ol> 3. Tespit Sabitleyici iki çökeltilmesiyle &quot;düzeltme&quot;, hücrede yer antijen (&quot;hafif tespit&quot;) ya da çapraz bağlama (&quot;sert tespit&quot;) antijen için gereklidir. Fixation antijenitesini bozabilir; en bilinen antikorlar belirli bir sabitleme koşulu ile iyi çalışır. Yeni antikorlar için, sabitleme koşulları, bir dizi test edilmelidir. Herhangi bir tespit için ilk aşama, fosfat tamponlu tuzlu su çözeltisi yapmaktır. Yöntemi A (ışık kullanarak antikor boyama nematod ile sonraki düzeltme slaytlarmetanol ve aseton) veya B (formaldehit ya da glutaraldehit kullanılarak sert düzeltme) sabitleyin. <ol><li> 80 g NaCl, 2.0 g KCI, 27.2 g 2 HPO 4 • H Na ekleyerek steril 10x PBS (fosfat tamponlu tuzlu su) bir stok çözelti hazırlayın 2 0, 2.4 g KH 2 PO 4, 20 ml% 10 sodyum azid hazır. Bu stok solüsyonu yapmak için, iki kere damıtılmış su içinde% 10 çözelti yapmak için sodyum azid toz tartmak. Çözülene kadar yumuşak ısı ile tuzlu su karıştırın. DİKKAT: kuru sodyum azid reaktiftir ve her türlü zehirlidir. Kuru sodyumazid veya çözümleri ile çalışırken maske ve eldiven giyin. </li><li> 1-10 M NaOH ile 7.2 &#39;ye tuzlu serin (Tris pH duyarlı sıcaklığı) alalım, sonra pH. Çift distile su ve sterilize etmek için otoklav ile 1 L Top. Oda sıcaklığında saklayın ve steril çift distile su ile gerektiği gibi 1x sulandırmak. DİKKAT: NaOH kostik - Kullanım sırasında eldiven giyin. </li></ol> 3A. Metanol-aseton kullanılarak ışık düzeltme <ol><li> En az 10 dakika boyunca buz üzerinde prechill boyama kavanoz içinde% 100 metanol,% 100 aseton ve 1 x fosfat tamponlu tuzlu su (PBS) koyun. DİKKAT: Metanol ve aseton, toksik eldiven giyin. </li><li> , Kuru buz alt ve üst slaytlar bir çift almak hızla onları ayrı büküm ve hemen 2 dakika süreyle buz soğuk metanol &quot;alt&quot; slayt batırmak. &quot;Top&quot; slayt atılabilir. </li><li> 4 dakika boyunca soğuk aseton buz metanolden slaytlar aktarın. Slaytlar çok solucanlar olsaydı, (% 90) en çok bile iyi hazırlanmış slaytlar ile, düzeltme kapalı düşecek. Tek solucan slaytlar düzgün hazırlanmış olsaydı, solucanlar yapışık kalmalıdır. </li><li> Yerleştirin veya PBS (fiksatif durulayın) ile kavanoza slaytlar daldırma ve 4 (lekelenme) adıma geçin. </li></ol> 3B. Formaldehit ya da glutaraldehit kullanılarak sert düzeltme <ol><li> % 0.5-4 nihai konsantrasyona kadar 1x PBS içinde reaktif dereceli formaldehit veya glutaraldehit çözeltisi ile seyreltilir. Bu süspansiyonun tam bölenleri (1.5 mi) may sıkıca -20 ila -30 ° C&#39;de şapkalı saklanabilir, sadece kullanmadan önce buz üzerinde hacimde defrost. NOT: formaldehit çözeltiler, zaman içinde ve havaya maruz kalma ile bozulmasına yol açar. DİKKAT: formaldehit ve glutaraldehit eldiven ve kaputu çalışmak, zehirlidir. </li><li> , Kuru buz alt ve üst slaytlar bir çift almak hızla onları ayrı büküm ve hemen kapaklı düz çanak solucanlar ile &quot;alt&quot; slayt yerleştirin. (Üst slayt atılabilir). </li><li> Hemen solucanlar ile slayt alanının merkezi üzerinde 200 ul toksik Fiksatif pipetle. Sabitleştirici kısmen slayt daha büyük bir bölgeyi kapsayacak şekilde eritmek, sonra yerde dondurdu. </li><li> Solucanlar tamamen fiksatif ile kaplı değilse, derhal ve dikkatli bir mikropipet kullanarak daha fazla fiksatif ekleyin. Sabitleştirici slayt kenarına akmasına izin vermeyin. </li><li> Bir kapak ile çanak Kapak ve 10 dakika için oda sıcaklığında bir gece bekletin. Uzun inkubasyon ar eğer çanak nemlendirilir emin olunkullanılan e - Bu yemeğin katlanmış ıslak tüy bırakmayan bir mendil ekleyerek yapılabilir. Mendiller slaytlar dokunmasına izin vermeyin. </li><li> Tespit işlemi tamamlandıktan sonra, dikkatli bir şekilde 1.5 ml tüp içine gevşek solucanlarla fiksatif pipet ve PBS ile bir boyama kavanoza slayt daldırma. </li><li> Pelet 30 saniye boyunca yüksek hızda gevşek geldi solucan ile tüp dönerler. PBS ile iki kez solucanlar durulayın, daha sonra slaytlar üzerinde solucanlar (yerine slaytlar üzerinde daha mikrofuj tüpler, adımları yapıyor) ile paralel olarak işlemek. </li><li> 4 (lekelenme) adıma geçin. </li></ol> 4. Antikor Boyama Antikor boyama protokolü slaytlar üzerinde herhangi bir doku için, standart protokollere benzer. Bu protokol, bağımsız olarak 1-3 adımlar olarak hazırlanması tüm slaytlar için aynıdır. <ol><li> 700 ml iki defa damıtılmış su karıştırılarak antikor tamponu hazırlayın, 100 ml 10x PBS, 5 ml Triton X-100 (% 0.5 nihai), 2 ml 0.5 M EDTA, pH 8 (1 mM nihai), 1 g BSA (% 0.1 nihai), 5 ml% 10 sodyum azide çözeltisi (son% 0.05). HCI ile pH 7.2 &#39;ye, daha sonra 1 L iki kez damıtılmış su ekleyin; 4 ° C de saklamak </li><li> 45 ml antikor tamponu (son% 10 serum) 5 ml serum eklenmesi, daha sonra iki kez damıtılmış su ile yeniden oluşturulması ile hazırlanmıştır eşek serumu ile Block hazırlayın. </li><li> Antikor tamponu artı% 1 BSA içinde antikor seyreltilmesi ile primer ve sekonder antikor Çözümleri hazırlayın. Tavsiye edilen seyreltme sekonder antikor (birinci antikor yükseltmek için kullanılan türlere karşı Cy3or OG488 konjüge edilmiş eşek antikorlar) için primer antikorlar için 1:50-1:2,000 ve 1:1,000-1:5,000 bulunmaktadır. </li><li> Iki kere damıtılmış su içinde 2.5 mg / ml DAPI stokları karıştırılarak hazırlanması; -30 ° C de donduruldu 8 ul alikolar içinde depolamak DİKKAT: DAPI, zehirli bir DNA bağlayıcı boya olup tartım ve alikotlara Dağıtım sırasında eldiven giyin. </li><li> 200 mg n-propil gallat, karıştırılarak 10 ml montaj orta hazırlanması 0.3 ml 1 M Tris pH 9, 15 ml konik bir tüp içinde 2.7 ml iki kez damıtılmış su. Yaklaşık 10 dakika boyunca 65 ° C&#39;de ısı çözülene kadar.De 7 ml gliserol ve DAPI 8 ul alikot ve girdap ekleyin. Tümbölen orta 1.5 ml tüpler içine folyo ile sarın ve 4 ° C&#39;de karanlıkta saklayın (hava ve ışık hem de orta aşağılamak - o daha sarı olursa, Biohazard atık atmak). DİKKAT: n-propil galat ağırlığında iken eldiven aşınma, reaktif bir anti-oksidan olan. </li><li> 4 ° C (sert düzeltme için bir gecede tercih) oda sıcaklığında 1 saat veya gece boyunca Blok ile bir boyama kavanoz slaytlar aktarın. Kaybetme solucanları önlemek için sallayarak kaçının. </li><li> Transfer nemlendirilmiş çanağı ve üst 100-500 ul primer antikor ile her düz birincil antikor veya yer slaytlar ile kavanoz boyama slaytlar. Çalkalamadan 4 ° C&#39;de gece boyunca kuluçkaya bırakın. </li><li> Primer antikor inkübasyon sonunda, transfer PBS kavanoz boyama slaytlar. </li><li> 4 ° C&#39;de bir filtre kağıdı ile kaplı ve mağaza huniden filtre Block, steril filtre edilir, her 1-2 haftada ise, blok 1 ya da daha fazla ay için yeniden kullanılabilir. Benzer şekilde, filtre ve tasarruf(boyanma kadar 10 veya daha fazla tur için) yeniden kullanım için 4 ° C &#39;de primer antikor. </li><li> Durulama antikor tamponu içinde üç kez (~ 20 dk) kayar. </li><li> Bir ışık geçirmez bir kap içinde boyama ikincil antikor slaytlar koyun ve 4 ° C&#39;de ya da gece boyunca oda sıcaklığında, 4 saat inkübe </li><li> Transferi PBS kavanoz boyama slaytlar. Filtre ve (boyanma kadar 10 veya daha fazla tur için) yeniden kullanım için 4 ° C&#39;de ikincil antikor kaydedin. </li><li> Durulama antikor tamponu içinde üç kez (~ 20 dk) kayar. </li><li> Transferi PBS slaytlar ve montaj için hazır kadar (dakika gecede 4 ° C) PBS içinde bırakın. </li><li> Slayt önündeki solucanlar ıslak kalmak böylece, tek tek slaytlar hızla çalışın. Bir tüy bırakmayan silin geri slayt kuru, PBS itibaren bir slayt çıkarın ve kağıt havlu üzerinde bir yer. </li><li> Yeri ~ slayt ve yavaşça iki çözüm karıştırmak için tilt slayt üzerinde orta ve PBS yaklaşık olarak eşit parçalar vardır ki solucanlar üzerinde montaj orta 20 ul. CautION: Montaj orta toksiktir. </li><li> Tilt slayt yani buzlu kenarı alt ve çözüm buzlanma yakın toplar, sonra çözüm üzerinde 24 x 60 mm lamel bir kenarını yerleştirin. </li><li> Yavaşça (ağartma artırmak ve görüntüleme bozabilir) hava kabarcıklarını minimize etmek lamel indirin. Kabarcıklar oluşturur, daha sonra solucanlar üzerinde lamel kayma olmadan relower, yavaşça lamel kenarını kaldırın. </li><li> Dikkatli bir tüy bırakmayan silin ile kenarları sıkıştırarak, lamel hareket ettirmeden slayt kenarından kurulayın. Sürgünün nispeten kuru kenar tüm lamel kenarında görülebilmelidir </li><li> Oje 2-3 katmanları ile lamel mühür. Slaytlar hazırlanması ve ışıktan korumak için depolama esnasında düz bir slayt tutucu yerleştirilebilir. Slayt iyi mühürlü ve kuru sonra, slayt lamel ve geri temizleyin. </li><li> Iyi-kapatılmış slaytlar -20 ° C &#39;de 4 ° C veya haftada gün boyunca karanlıkta tutulabilir Uzun süreler üzerinde, DAPI staDNA ve en yeşil boyalarla (örneğin 488 nm uyarma) fade adencilik. Herhangi bir yağ daldırma lens kullandıktan sonra gerekirse daha fazla oje, örneğin ile lamel kapatın. </li></ol>

<ol>
	<li>Harlow, E., Lane, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Antibodies: A Laboratory Manual. , (1988).</li><li>Mello, C., Fire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+Transformation.">DNA Transformation.</a> Methods Cell Biol. 48, 451-482 (1995).</li><li>Boulin, T., Etchberger, J. F., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reporter+gene+fusions.">Reporter gene fusions.</a> WormBook. , (2006).</li><li>Duerr, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunohistochemistry.">Immunohistochemistry.</a> WormBook. , (2006).</li><li>Finney, M., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+unc-86+gene+product+couples+cell+lineage+and+cell+identity+in+C.+elegans.">The unc-86 gene product couples cell lineage and cell identity in C. elegans.</a> Cell. 63, 895-905 (1990).</li><li>Garriga, G., Desai, C., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+interactions+control+the+direction+of+outgrowth,+branching+and+fasciculation+of+the+HSN+axons+of+Caenorhabditis+elegans.">Cell interactions control the direction of outgrowth, branching and fasciculation of the HSN axons of Caenorhabditis elegans.</a> Development. 117, 1071-1087 (1993).</li><li>Miller, D. M., Shakes, D. C., Epstein, H. F., Shakes, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunofluorescence+microscopy.">Immunofluorescence microscopy.</a> Caenorhabditis elegans: Modern Biological Analysis of an Organism. , 365-394 (1995).</li><li>Crittenden, S. L., Troemel, E. R., Evans, T. C., Kimble, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GLP-1+is+localized+to+the+mitotic+region+of+the+C.+elegans+germ+line.">GLP-1 is localized to the mitotic region of the C. elegans germ line.</a> Development. 120, 2901-2911 (1994).</li><li>Strome, S., Wood, W. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunofluorescence+visualization+of+germ-line-specific+cytoplasmic+granules+in+embryos,+larvae,+and+adults+of+Caenorhabditis+elegans.">Immunofluorescence visualization of germ-line-specific cytoplasmic granules in embryos, larvae, and adults of Caenorhabditis elegans.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 79, 1558-1562 (1982).</li><li>Albertson, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Formation+of+the+first+cleavage+spindle+in+nematode+embryos.">Formation of the first cleavage spindle in nematode embryos.</a> Dev. Biol. 101, 61-72 (1984).</li><li>Harlow, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Using Antibodies: A Laboratory Manual. , (1999).</li><li>Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse+Genetics.">Reverse Genetics.</a> WormBook. , (2006).</li></ol>

Yazar o hiçbir rakip mali çıkarlarını sahip olduğunu beyan eder.

Dondurularak-kırma protokol C antikor lekelemesi için çeşitli yöntemlerden biridir elegans. Bu solucanlar leke için nispeten basit bir yol sağlar, ancak belirli reaktifler gerektiren ve optimum sonuçlar için pratik yapar. (Şekil 1&#39;de) Kritik adımlar şunlardır: 1) slayt hazırlama () adım 3 (bkz. adım 2 ve 3) hızlı tespiti (bkz. adım 1 ve nematod 2) elle sıkıştırma bkz. İlk olarak, slaytlara nematodların yapışmasını en üst düzeye çıkarmak için, bunun...

Proteinlerin hücre ve hücre içi lokalizasyonu belirlemek için, bilim adamları, belirli geleneksel özellikle 1 proteinleri tanıyan seçilmiş antikorlar ile dokuların etiketli var. C gibi bazı model organizmalar elegans, antikor boyama, genellikle daha hızlı sonuç moleküler genetik teknikler ile değiştirilmiştir. Bunlar, promotör ve ilgi ve yeşil floresan protein geninin kodlama bölgeleri arasında gen füzyonlarının oluşan yapıları ile transforme organizmaları içerir. Bununla birlikte, moleküler teknikler doğru promotör ve yüksek kopya sayısında (C. elegans alışılmış teknikler) 2,3 at yapıları ifadesindeki değişiklikler bilerek ile ilgili sorunlar gibi eşyaların, bir dizi tabidir. Bu nedenle, antikorlarla boyama in vivo protein işlevi araştırmalarında pek çok bilim adamı için bir hedef olmaya devam etmektedir. Antikorları ile dokular boyandığında, zor olabilir çünkü birantikorlarının verilmesinin sadece belirli bir konformasyonda 1 kendi antijeni tanıyabilir. Örneğin, antikorlar belirli bir şekilde sabit, sadece denatüre ya da sağlam antijeni tanıyabilir ve yerinde antijeni tanımayabilir. Nematod antikor lekelenme problemi nematodun kütikül dokulara antikor erişimi engelleme, nispeten geçirimsiz bir bariyer oluşturur gerçeği ile daha da artmaktadır. C. antikor lekeleme için kullanılan birkaç farklı yöntem vardır elegans (önceki çalışmaları gözden 4). Sağlam leke &#39;solucan&#39; yöntemleri donma ve nispeten sert sabitleştirici (formaldehit ya da glutaraldehit) olarak çözülme geliştirildi; donma-çözülme döngüleri sabitleyici 5 hızlı nüfuz etmesini sağlamak için manikür çatlamak yardımcı. Yöntem maddeler, kolajenaz ya da her ikisi 5-7 azaltılması ile tedavisi dahil, tespit edildikten sonra, kütikül antikorun girmesine izin vermek üzere permeabilize edilmiştir. Bu treatments morfolojisi korunmuş, ancak genellikle antikor tanınmasını azalır ya da yok. Alternatif yöntemler, antikor girmesine izin vermek üzere diseksiyon 8 içerir. &quot;Freeze-kırma&quot; Antikor 9-10 boyama sağlamak için yarı sağlam solucan iç kısmına erişmek için bir yoldur. Kollajenaz ve azaltma tedavisini kaçınarak Freeze-çatlama tespit çeşitli koşullar ile yapılabilir. Nematodlar, iki yapıştırıcı slaytlar arasında yerleştirilmiş dondurulur ve daha sonra slaytlar ayrılır, alt slayt üzerinde nematod çoğu ve üst kızak üzerindeki kütikül çok ayrılıyor. Alt sürgü sabitleyici yerleştirilebilir ve yapışık nematodlar ile tüm kaydırma antikor lekeleme prosedürü aracılığıyla aktarılır. Yöntem mevcut iki büyük zorluklar yok. İlk olarak, bu ciddi bunları deforme olmadan nematod bölmek için gerekli olan basınç, doğru miktarda uygulamak zordur. İkinci olarak, solucanların çok s olmazya slayt kene ve sabitleştirici veya durular kaybolur. Ancak, uygun slaytlar ve uygulama ile, yöntem, hızlı bir şekilde tespit ediciler ve antikorların çeşitli kullanılabilir makul bir morfolojisi olan nematodlar verecektir. Yöntem, deneyci amacına bağlı olarak, biraz değiştirilebilir. Tek bir nematod boyama (örneğin, tek bir transformant antikoru boyamasını değişmiş olup olmadığını belirlemek için) isteniyorsa, o zaman maksimum yapışma ile slaytlar (ancak yüksek bir arka plan boyaması) (aşağıya bakınız) bu tür ilave polilisin ile laboratuarda hazırlanmış slaytlar olarak kullanılabilir. Nematodlar, bu tespitler sonra polilisin daha zayıf bağlı Başlangıcı formaldehid veya glutaraldehid tespit için, daha yüksek bir yapışma slaytlar (laboratuar hazırlanan slaytlar polilisin) kullanılmalıdır. Vahşi tip nematodları, metanol ve / veya aseton ile tespit edilmektedir, daha sonra daha düşük bir yapışma özelliğine sahip slaytlar ve alt arka plan boyaması kullanılmalıdır (ticari veya l) slaytlar aboratory hazırlanmış. Antikorlar ve fiksatif çeşitli laboratuarda kullanılıyorsa, slaytlar bir seçim vaktinden önce hazırlanabilir ve gerekli olana kadar saklanır. Nematod dokuya erişim elde edilmiştir sonra, antikor, boyama işlemleri (daha uzun dokuların karakteristik inkubasyon yerine hücreleri 1,11) ile standart yöntemler takip edin.

<table border="1">
		<tbody>
		 <tr>
			<td>Name of Reagent/Material</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>poly-L-lysine slide (ESCO brand)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>12-545-78</td>
			<td>Sigma brand slides also suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>poly-L-lysine hydrobromide</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P1524</td>
			<td>IMPORTANT: Brand and high molecular weight of polylysine critical</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>single frosted edge slides</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>48312-002</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>sodium azide</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S2002-25G</td>
			<td>TOXIC, wear gloves and mask while weighing out powder to make 10% stock. Wear gloves when pipeting stock solution</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>coplin staining jar</td>
			<td>VWR</td>
			<td>47751-792</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>5-slide mailer</td>
			<td>Electron Microscopy Science</td>
			<td>71549-01</td>
			<td>One of many different brands of small slide holder, suitable for staining</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Paraformaldehyde</td>
			<td>VWR</td>
			<td>MK262159</td>
			<td>IMPORTANT: Regular formalin solutions (37% formaldehyde) are NOT suitable. Either 1) Dissolve crysatlaline paraformaldehyde in phosphate buffer and store in small aliquots frozen. Or 2) buy electron microscopy grade paraformaldehyde in aliquots. TOXIC -wear gloves; dispose of excess down sink with water.</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Glutaraldehyde solution, 25% in water</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>G 5882</td>
			<td>IMPORTANT: purchase electron microscopy grade glutaraldehyde in ampules; TOXIC -wear gloves; dispose of excess down sink with water.</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>VWR</td>
			<td>EM-9410</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Bovine Serum Albumin</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>ICN820451</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Donkey Serum, lyophilized</td>
			<td>Jackson Immunoresearch</td>
			<td>017-000-121</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Cy3 Donkey anti-Mouse IgG multi-labeling</td>
			<td>Jackson Immunoresearch</td>
			<td>715-165-150</td>
			<td>This company is recommended for high quality multi-label (affinity depleted) antibodies. Select appropriate dye and antigen (animal used to raise primary antibody). </td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>n-propyl gallate</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>ICN10274750</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>DAPI, 4',6'-diamidino-2-phenylindole dihydrochloride</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>D 9542</td>
			<td>TOXIC. Wear gloves and dispense into small aliquots and feeze to minimize exposure</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Whatman #1 15 cm diameter filters</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>09805G</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Coverslip #1 1/2 rectangle 24 x 60 mm</td>
			<td>VWR</td>
			<td>48393-252</td>
			<td>#1 1/2 thickness is optically best</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Microscope slide folder</td>
			<td>VWR</td>
			<td>48429-092</td>
			<td>Other brands are suitable</td>
		 </tr>
		</tbody>
 </table>

antibody staining in c. elegans using &quot;freeze-cracking&quot;

C leke antikorlar ile elegans, nispeten geçirimsiz manikür kimyasal veya mekanik yöntemlerle atlanmalıdır. &quot;Freeze-çatlama&quot; fiziksel, iki yapışık slaytlar arasındaki nematod sıkıştırarak onları dondurma, ve ayrı slaytlar çekerek nematodlardan manikür çekmek için kullanılan bir yöntemdir. Dondurarak çatlama kimyasal muamele olmadan dokulara erişmek için basit ve hızlı bir yol sağlar ve fiksatif çeşitli kullanılabilir. Ancak, bu örneklerin birçok kaybına yol açar ve gerekli sıkıştırma mekanik olarak örnek deforme eder. Pratikte iyi bir morfolojisi olan numunelerin kurtarma en üst düzeye çıkarmak için gereklidir. Dondurarak çatlama özel sabitleme koşulları, numune kazanımı veya düşük spesifik olmayan boyama için optimize edilmiş, ancak tüm parametreler için aynı anda olabilir. Çok sert sabitleme koşulları gerektiren ve kimyasal manikür permeabilize için gerekli kimyasal tedaviler, Arıtma tahammül antikorlarınçözelti içinde sağlam nematodların t tercih edilebilir. Antikor hafif bir düzeltme gerektiren veya optimum sabitleme koşulları bilinmediği takdirde, dondurularak çatlama hızlı bir antikor ve tahlil, ilgi konusu antijen için spesifik hücre içi ve hücre lokalizasyonu bilgi verebilir çok yararlı bir şekilde kalmasını sağlar.

Solucanlar düzgün, sıkıştırılmış kırık ve hafif sabit tutulduğunda, hemen hemen tüm solucan (bkz. Şekil 2) antikor boyama için erişilebilir olabilir. DAPI lekelemesi ile gösterildiği gibi çekirdek konumu solucanın parçaları solucanlar formaldehit gibi daha sert bir sabitleyici, tâbi tutulduğu zaman en doğal olmayan dalgalı görünümü ile görüldüğü gibi, solucan morfolojisi (bozulabilir sağlam olduğu gösterilmektedir Şekil 3A-D kas). Başka bir yaygı...

Watch this Scientific Journal Video about Antibody Staining in C. Elegans Using "Freeze-Cracking" at JoVE.com

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

&quot;Freeze-kırma,&quot; nematod C iç dokuları sergilemek için bir yöntem protein lokalizasyonu için antikorlara elegans, gösterilmiştir.

Antikor boyamasında<em&gt; C. Elegans</em&gt; &quot;Freeze-Cracking kullanma&quot;

To stain C.  elegans with antibodies, the relatively impermeable cuticle must be  bypassed by chemical or mechanical methods.  "Freeze-cracking" is one ...

antibody-staining-in-c-elegans-using-freeze-cracking

Research

JoVE Journal

Biology

Antibody Staining in C. Elegans Using &quot;Freeze-Cracking&quot;

22.5K Görüntüleme.  Ohio University.  "Freeze-kırma," nematod C iç dokuları sergilemek için bir yöntem protein lokalizasyonu için antikorlara elegans, gösterilmiştir. 

Video: Antibody Staining in C. Elegans Using "Freeze-Cracking"

Generation of Stable Transgenic C. elegans Using Microinjection

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1. The plasmid DNA rearranges to form extrachromosomal concatamers that are stably inherited, though not with the same efficiency as actual chromosomes 2. A gene of interest is co-injected with an obvious phenotypic marker, such as rol-6 or GFP, to allow selection of transgenic animals under a dissecting microscope. The exogenous gene may be expressed from its native promoter for cellular localization studies. Alternatively, the transgene can be driven by a different tissue-specific promoter to assess the role of the gene product in that particular cell or tissue. This technique efficiently drives gene expression in all tissues of C. elegans except for the germline or early embryo 3. Creation of transgenic animals is widely utilized for a range of experimental paradigms. This video demonstrates the microinjection procedure to generate transgenic worms. Furthermore, selection and maintenance of stable transgenic C. elegans lines is described.

This video demonstrates the technique of microinjection into the gonad of C. elegans to create transgenic animals.

Mikroenjeksiyon Kararlı Transgenik C. elegans Üretimi

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1.  The plasmid DNA rearranges to ...

Biyoloji

Method for Whole Mount Antibody Staining in Chick

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying antibody expression in developing brain, neural tube and somite. This video demonstrates the different steps in whole-mount antibody staining using HRP conjugated secondary antibodies; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, endogenous peroxidase is inactivated; The embryo is then exposed to primary antibody. After several washes, the embryo is incubated with secondary antibody conjugated to HRP. Peroxidase activity is revealed using reaction with diaminobenzidine substrate. Finally, the embryo is fixed and processed for photography and sectioning. The advantage of this method over the use of fluorescent antibodies is that embryos can be processed for wax sectioning, thus enabling the study of antigen sites in cross section. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell 1.

This video demonstrates whole mount immunohistochemistry, a method by which the spatial and temporal expression pattern of an antigen can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell.

Chick Tüm Dağı Antikor Boyama Yöntemi

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Imaging C. elegans Embryos using an Epifluorescent Microscope and Open Source Software

Cellular processes, such as chromosome assembly, segregation and cytokinesis,are inherently dynamic. Time-lapse imaging of living cells, using fluorescent-labeled reporter proteins or differential interference contrast (DIC) microscopy, allows for the examination of the temporal progression of these dynamic events which is otherwise inferred from analysis of fixed samples1,2. Moreover, the study of the developmental regulations of cellular processes necessitates conducting time-lapse experiments on an intact organism during development. The Caenorhabiditis elegans embryo is light-transparent and has a rapid, invariant developmental program with a known cell lineage3, thus providing an ideal experiment model for studying questions in cell biology4,5and development6-9. C. elegans is amendable to genetic manipulation by forward genetics (based on random mutagenesis10,11) and reverse genetics to target specific genes (based on RNAi-mediated interference and targeted mutagenesis12-15). In addition, transgenic animals can be readily created to express fluorescently tagged proteins or reporters16,17. These traits combine to make it easy to identify the genetic pathways regulating fundamental cellular and developmental processes in vivo18-21. In this protocol we present methods for live imaging of C. elegans embryos using DIC optics or GFP fluorescence on a compound epifluorescent microscope. We demonstrate the ease with which readily available microscopes, typically used for fixed sample imaging, can also be applied for time-lapse analysis using open-source software to automate the imaging process.

Imaging C. elegans Embryos using an Epifluorescent Microscope and Open Source Software

The C. elegans embryo is a powerful system for studying cell biology and development. We present a protocol for live imaging of C. elegans embryos utilizing DIC optics or fluorescence using readily available epifluorescent microscopes and open-source software.

Görüntüleme C. elegans Embriyolar Epifluorescent Mikroskop ve Açık Kaynak Yazılım

Cellular processes, such as chromosome assembly, segregation and cytokinesis,are inherently dynamic. Time-lapse imaging of living cells, using ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, messages are carried by neurotransmitters released from presynaptic terminals and received by receptors on postsynaptic cells. Our previous research in Caenorhabditis elegans has shown that VSM-1 negatively regulates exocytosis. Additionally, analysis of synapses in vsm-1 mutants showed that animals lacking a fully functional VSM-1 have increased synaptic connectivity. Based on these preliminary findings, we hypothesized that C. elegans VSM-1 may play a crucial role in synaptogenesis. To test this hypothesis, double-labeled microarray analysis was performed, and gene expression profiles were determined. First, total RNA was isolated, reversely transcribed to cDNA, and hybridized to the DNA microarrays. Then, in-silico analysis of fluorescent probe hybridization revealed significant induction of many genes coding for members of the major sperm protein family (MSP) in mutants with enhanced synaptogenesis. MSPs are the major component of sperm in C. elegans and appear to signal nematode oocyte maturation and ovulation . In fruit flies, Chai and colleagues 1 demonstrated that MSP-like molecules regulate presynaptic bouton number and size at the neuromuscular junction. Moreover, analysis performed by Tsuda and coworkers 2 suggested that MSPs may act as ligands for Eph receptors and trigger receptor tyrosine kinase signaling cascades. Lastly, real time PCR analysis corroborated that the gene coding for MSP-32 is induced in vsm-1(ok1468) mutants. Taken together, research performed by our laboratory has shown that vsm-1 mutants have a significant increase in synaptic density, which could be mediated by MSP-32 signaling.

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Microarray analysis was conducted to determine genetic expression profiles in C. elegans, and real-time PCR was used to validate and quantify microarray data.

Genetik İfade Profilleri Belirlenmesi C. elegans Mikroarray ve Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated tools and resources for studies in this system are facilitating continued discovery of genes with more subtle phenotypes or roles. 
Here we present a generalized protocol we adapted for identifying C. elegans genes with postembryonic phenotypes of interest using RNAi2. This procedure is easily modified to assay the phenotype of choice, whether by light or fluorescence optics on a dissecting or compound microscope. This screening protocol capitalizes on the physical assets of the organism and molecular tools the C. elegans research community has produced. As an example, we demonstrate the use of an integrated transgene that expresses a fluorescent product in an RNAi screen to identify genes required for the normal localization of this product in late stage larvae and adults. First, we used a commercially available genomic RNAi library with full-length cDNA inserts. This library facilitates the rapid identification of multiple candidates by RNAi reduction of the candidate gene product. Second, we generated an integrated transgene that expresses our fluorecently tagged protein of interest in an RNAi-sensitive background. Third, by exposing hatched animals to RNAi, this screen permits identification of gene products that have a vital embryonic role that would otherwise mask a post-embryonic role in regulating the protein of interest. Lastly, this screen uses a compound microscope equipped for single cell resolution.

RNAi Screening to Identify Postembryonic Phenotypes in C. elegans

We describe a sensitized method to identify postembryonic regulators of protein expression and localization in C. elegans using an RNAi-based genomic screen and an integrated transgene that expresses a functional, fluorescently tagged protein.

Içinde Postembryonic Fenotiplerin Belirleme RNAi Tarama C. elegans</em

C. elegans has proven to be a valuable model system for the discovery and functional characterization of many genes and gene pathways1. More sophisticated ...

C. elegans Chemotaxis Assay

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates. Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis behavior.
 The premise behind testing the response of the worms to an odorant is to place them in an area and observe the movement evoked in response to an odorant. Even with the many available assays, optimizing worm starting location relative to both the control and test areas, while minimizing the interaction of worms with each other, while maintaining a significant sample size remains a work in progress 1-10. The method described here aims to address these issues by modifying the assay developed by Bargmann et al.1. A Petri dish is divided into four quadrants, two opposite quadrants marked "Test" and two are designated "Control". Anesthetic is placed in all test and control sites. The worms are placed in the center of the plate with a circle marked around the origin to ensure that non-motile worms will be ignored. Utilizing a four-quadrant system rather than one 2 or two 1 eliminates bias in the movement of the worms, as they are equidistant from test and control samples, regardless of which side of the origin they began. This circumvents the problem of worms being forced to travel through a cluster of other worms to respond to an odorant, which can delay worms or force them to take a more circuitous route, yielding an incorrect interpretation of their intended path. This method also shows practical advantages by having a larger sample size and allowing the researcher to run the assay unattended and score the worms once the allotted time has expired.

C. elegans Chemotaxis Assay

A method of quantitatively evaluating the chemotactic response of Caenorhabditis elegans is described. A chemotactic index (CI) was employed as a way to precisely evaluate the response of worms to certain targets, and serve as a platform of comparison between strains and compounds of interest.

C. elegans Kemotaksis Deneyi

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

Protocols for anoxia/starvation in the genetic model organism C. elegans simulate ischemia/reperfusion. Worms are separated from bacterial food and placed under anoxia for 20 hr&#160;(simulated ischemia), and subsequently moved to a normal atmosphere with food (simulated reperfusion). This experimental paradigm results in increased death and neuronal damage, and techniques are presented to assess organism viability, alterations to the morphology of touch neuron processes, as well as touch sensitivity, which represents the behavioral output of neuronal function. Finally, a method for constructing hypoxic incubators using common kitchen storage containers is described. The addition of a mass flow control unit allows for alterations to be made to the gas mixture in the custom incubators, and a circulating water bath allows for both temperature control and makes it easy to identify leaks. This method provides a low cost alternative to commercially available units.

An Anoxia-starvation Model for Ischemia/Reperfusion in C. elegans

A protocol is described that uses anoxia/starvation in C. elegans to model ischemia/reperfusion. Functional outcomes include increased mortality, visible abnormalities in GFP-labeled neuronal processes, and impaired behavioral responses that require neuronal function.

Iskemi / reperfüzyon içinde bir anoksisi-açlık Modeli<em&gt; C. elegans</em

Protocols for anoxia/starvation in the genetic model organism C. elegans simulate ischemia/reperfusion. Worms are separated from bacterial food and placed ...

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age are significant public health burdens. We currently understand little about the genetic regulation of muscle health with disease or age. The nematode C. elegans is an established model for understanding the genomic regulation of biological processes of interest. This worm&#8217;s body wall muscles display a large degree of homology with the muscles of higher metazoan species. Since C. elegans is a transparent organism, the localization of GFP to mitochondria and sarcomeres allows visualization of these structures in vivo. Similarly, feeding animals cationic dyes, which accumulate based on the existence of a mitochondrial membrane potential, allows the assessment of mitochondrial function in vivo. These methods, as well as assessment of muscle protein homeostasis, are combined with assessment of whole animal muscle function, in the form of movement assays, to allow correlation of sub-cellular defects with functional measures of muscle performance. Thus, C. elegans provides a powerful platform with which to assess the impact of mutations, gene knockdown, and/or chemical compounds upon muscle structure and function. Lastly, as GFP, cationic dyes, and movement assays are assessed non-invasively, prospective studies of muscle structure and function can be conducted across the whole life course and this at present cannot be easily investigated in vivo in any other organism.

Methods to Assess Subcellular Compartments of Muscle in C. elegans

Skeletal muscle is essential for locomotion and is the bodies&#8217; main protein store. Muscle health measurements within C. elegans are described. Prospective changes to muscle structure and function are assessed using localized GFP and cationic dyes.

Yöntemler içinde Muscle hücrealtı Kompartmanları DeğerlendirecekÜSKÜP<em&gt; ° C. elegans</em

Muscle is a dynamic tissue that responds to changes in nutrition, exercise, and disease state. The loss of muscle mass and function with disease and age ...

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here protocols are presented for preparing embryos and adult C. elegans animals for short- and long-term time-lapse microscopy and methods for tracking and quantification of developmental processes. The methods presented are all based on C. elegans strains available from the Caenorhabditis Genetics Center and on open-source software that can be easily implemented in any laboratory independently of the microscopy system used. A reconstruction of a 3D cell-shape model using the modelling software IMOD, manual tracking of fluorescently-labeled subcellular structures using the multi-purpose image analysis program Endrov, and an analysis of cortical contractile flow using PIVlab (Time-Resolved Digital Particle Image Velocimetry Tool for MATLAB) are shown. It is discussed how these methods can also be deployed to quantitatively capture other developmental processes in different models, e.g., cell tracking and lineage tracing, tracking of vesicle flow.

Tracking and Quantifying Developmental Processes in C. elegans Using Open-source Tools

Here it is shown how to track and quantify developmental processes in C. elegans. The methods presented are based on open-source tools that can be easily implemented. It is demonstrated how to reconstruct 3D cell-shape models, how to manually track subcellular structures, and how to analyze cortical contractile flow.

Gelişim Süreçleri İzleme ve nicel<em&gt; C. elegans</em&gt; Açık kaynak Araçlarını Kullanma

Quantitatively capturing developmental processes is crucial to derive mechanistic models and key to identify and describe mutant phenotypes. Here ...

Measurements of Physiological Stress Responses in C. Elegans

Organisms are often exposed to fluctuating environments and changes in intracellular homeostasis, which can have detrimental effects on their proteome and physiology. Thus, organisms have evolved targeted and specific stress responses dedicated to repair damage and maintain homeostasis. These mechanisms include the unfolded protein response of the endoplasmic reticulum (UPRER), the unfolded protein response of the mitochondria (UPRMT), the heat shock response (HSR), and the oxidative stress response (OxSR). The protocols presented here describe methods to detect and characterize the activation of these pathways and their physiological consequences in the nematode, C. elegans. First, the use of pathway-specific fluorescent transcriptional reporters is described for rapid cellular characterization, drug screening, or large-scale genetic screening (e.g., RNAi or mutant libraries). In addition, complementary, robust physiological assays are described, which can be used to directly assess sensitivity of animals to specific stressors, serving as functional validation of the transcriptional reporters. Together, these methods allow for rapid characterization of the cellular and physiological effects of internal and external proteotoxic perturbations.

Measurements of Physiological Stress Responses in C. Elegans

Here, we characterize cellular proteotoxic stress responses in the nematode C. elegans by measuring the activation of fluorescent transcriptional reporters and assaying sensitivity to physiological stress.

C. Eleganlarda Fizyolojik Stres Tepkilerinin Ölçüleri

Organisms are often exposed to fluctuating environments and changes in intracellular homeostasis, which can have detrimental effects on their proteome and ...