We thank Dr. Daniel Bumbarger for the predation behavior picture. This work was funded by the Max-Planck Society.

1. Ağız formu Fenotiplendirme <ol><li> Agaroz Pads ağız Formu Kimlik Not: nematod ağız morphs görselleştirmek agaroz pedleri üzerinde hafif bir anestezik tedavi ile solucanlar hareketsiz ve aşağıdaki gibi gözlemlemek amacıyla. <ol><li> Büyümek ve P. olarak nematod kültürleri korumak pacificus 6 cm standart nematod büyüme ortamı (NGM) plakaları ve E. bakteriyel çim beslemek E. coli OP50 19. </li><li> Ilk 3 mi,% 2 agaroz solüsyonu yapmak üzere 15 ml bir tüp içinde 3 ml H2O 0.06 g agarozun ekleyerek agaroz pedleri sağlayın. Bu 4 ° C&#39;de bir yıla kadar saklanabilir </li><li> Mix ve bir mikrodalga iyice agaroz eritmek ya da alternatif&gt; 88 ° C&#39;ye ayarlanmış bir ısı bloğu kullanmak </li><li> tamamen eritildiği sonra, agaroza% 10 sodyum azid çözeltisi 10 ul ekleyin ve iyice karıştırın. DİKKAT: Kuru sodyum azid reaktiftir ve her türlü toksiktir. </li><li> 1 ml kullanılarakmikropipet, standart cam mikroskop lamı ortasında üzerine sıvı agaroz azid karışımı en az 300 ul bir damla yerleştirin. </li><li> ağar soğutur önce hızlı bir şekilde soğutulması üzerine bir yastık oluşturan agaroz düzleştirmek için damla üstünde ikinci bir mikroskop lamı yerleştirin. gerekli olduğu kadar çok pedler için tekrarlayın. </li><li> birbirini onları kaydırarak, soyma ayrı cam mikroskop slaytlar kullanımdan hemen önce. Not: Agaroz pedleri çok önceden hazırlanmış ise onlar aşırı kuru olabilir ve nematod zarar verebilir. </li><li> ped merkezi üzerine - (3 ul 2) anestezik agaroz pedleri solucanlar aktarmak için, M9 tampon bir damla yerleştirin. Alış 2-3 genç P. pad üzerinde dikkatlice bir kapak kayma yerleştirmeden önce M9 damla içine pacificus yetişkinler. P. pacificus nematod agaroz hareketsiz ve görselleştirmek için hazır olacaktır. </li><li> Uygun bir mikroskop a kadar anestezi solucan içeren mikroskop lamı aktarınnd 63X Nomarski optik altında gözlemlemek. aşağıdaki özelliklere göre Morph kimlikleri kategorize: ilave bir alt-ventral diş büyütülmüş dorsal diş ve geniş ağız açıklığı varlığı, eurystomatous ağzı Morph hayvan göstergesidir tek dorsal diş ve dar ağzı açıklığının bulunması, stenostomatous gösterir iken hayvan (Şekil 1). Not: Hayvan sağlığını korumak için, solucan en fazla 5 dakika boyunca agar yastığı muhafaza edilmelidir. </li><li> ağız Morph belirlenmesinden sonra, yavaşça agaroz pedi kapalı kaydırarak kapak kayma kaldırarak gerektirdiği eurystomatous veya stenostomatous ya nematod kurtarmak. Dikkatle agaroz pad seçilen hayvan almak taze NGM plakalar üzerine (E.coli OP50 o stickier yardımcı olmak için çekme kullanılabilir). Normal hareketli davranış hayvanlar daha yırtıcı deneyleri için hazır bunun üzerine kaldığı yerden devam ediyor kadar anestezi kurtarma izin verin. </li></ol></li> &lt;li&gt; Hızlı Ağız Fenotiplendirme Not: Alternatif olarak, daha fazla deneyime sahip, ağız form tipi yüksek büyütme (150X) ile bir stereomikroskop üzerinden herhangi bir anestezik tedaviye gerek kalmadan test edilebilir. <ol><li> E. bakteriyel çim ile standart NGM plakalar üzerinde yer nematodları mikroskop görüntüleme alanı üzerine E. coli OP50. </li><li> ağız büyüklüğüne ve genişliğine farklılıkları tespit. Not: yapılar gibi hiçbir diş nedenle ağız morph kimlik sadece dar ağızlarına karşı geniş ağızlara dayanan gözlemlenebilir Bu büyütme. </li></ol></li></ol> 2. Bite Deneyi Not: Isırma tahlilleri detaylı bir yırtıcı davranış analizi izin verir. <ol><li> Büyümek ve standart NGM plakalar (6 cm) nematod kültürleri korumak ve E. bakteriyel çim beslemek E. coli OP50 19. </li><li> C gibi seçilen av nematod kurtçuklarının sürekli uygulanması büyük miktarda büyüyerek tahlil plakaları yapmak elegans veya alternatively uygun bir ekolojik ilgili av. Not: Yetişkin C. o larva sahne kullanmak önemlidir bu yüzden elegans uygun av olamayacak kadar büyüktür. <ol><li> C koruyun elegans veya E. bakteriyel çim standart NGM plakalar ve yem diğer potansiyel av türleri E. coli OP50 nüfus taze genç L1 larva bir bolluk sonuçlanan hasret kadar. Not: açlık zamanı kültürü başlatmak için kullanılan nematod sayısı, E. miktarı da dahil olmak üzere çok sayıda çevresel ve deney faktörlere bağlıdır E. coli OP50 ilave edildi ve ortam sıcaklığına bağlıdır. </li></ol></li><li> M9 ile dört veya daha fazla taze hasret av tabakları yıkamak ve 15 ml tüp içinde toplamadan önce tüm büyük hayvanlar ve kalan yumurta kaldırmak için iki adet 20 mikron filtreler aracılığıyla solucan çözümü geçmektedir. Sadece küçük larvalar çözeltide kalmalıdır. </li><li> Bir larva pelet 1 dakika boyunca 377 xg&#39;de süzülür av santrifüj oluşturmak. </li><li&gt; Hiçbir E. ile 6 cm NGM plaka üzerine saf solucan pelet Pipet 3 ul E. coli OP50, bu larvalar bir deney plakası üretmek için yeterince yaymak için en az 30 dakika bekleyin. Not: Standart tahlil plakaları üzerinde saf solucan pelet 3 ul&gt; 3000 av larvalarını içerir. Bu saldırganları ve av arasındaki sık sık temas oluşturmak için yeterlidir. </li><li> Gerekli ağız morph (protokol 1) için ekran yırtıcı nematodlar. </li><li> Tahlil plakasına doğru sınıflandırılmış yırtıcı transferi, standart solucan toplama teknikleri ve hafif bir Stereomikroskopta kullanma 19. Bakteriyel kontaminasyonu minimize etmek için yırtıcı aktarırken tahlil plakasına mümkün olduğu kadar az OP50 bakteri aktarmak için özen gösterin. solucan transfer edilen stresinden kurtarmak ve solucanlar transferi hasar görmemiş emin olmak için vahşi tip hareketli davranışları kontrol etmek için izin vermek için 15 dakika bekleyin. Not: P açlıktan gerek yoktur pacificus, onlar iyi bakteriler üzerine beslenen bile diğer nematod larvalarının yüksek verimli yırtıcıları gibi. </li><li> İyileştikten sonra, 10 dakika boyunca hafif bir stereomikroskop kullanılarak yırtıcı izleyin. Bu cihaz ile, gözlemlemek ve bu tür yırtıcı hareketini kısıtlayarak predator ile karakterize, ısırma gibi farklı beslenme olayları karakterize; nerede tespit edilir av manikür bir açılış ile, öldürme; ve beslenme, av iç organlar (Şekil 2A, B ve Film 1) gözlemlenebilir tüketimi kategorize. </li><li> eleme ve doğruluğunu sağlamak için 10 ayrı yırtıcı nematod en az gözlemleyerek tahlil tekrarlayın. </li></ol> 3. Corpse Testi Not: Ölü deneyler, saldırgan davranış, daha hızlı bir şekilde belirlenmesini kolaylaştırır. <ol><li> Büyümek ve standart NGM plakalar üzerinde nematod kültürleri korumak ve bakteriyel l yemE. kılçık E. coli OP50 19. Daha önce de belirtildiği tahlil plakaları (- 2,5 protokol 2.1) triplicates oluşturun. </li><li> Gerekli ağız morph için ekran yırtıcı nematodlar gibi standart solucan toplama teknikleri ve her bir deney plakası için gerekli ağız morph ile hafif bir stereomikroskopta transferi 5 yırtıcı nematod kullanma protokolü 1&#39;de nitelendirdi. 2 saat av ile birlikte yırtıcı bırakın. </li><li> 2 saat ekran boşaltılmış cesetlerin (Şekil 2B ve C) varlığı açısından tahlil plaka sonra. solucan parçaları bağırsaklar sızıntı veya eksik dahil belirgin morfolojik kusurları ile birlikte hareketlilik olmaması ile cesetleri belirleyin. </li></ol> Yutak ve Diş Hareketi 4. Analizi <ol><li> Büyümek ve standart NGM plakalar üzerinde nematod kültürleri korumak ve E. bakteriyel çim beslemek E. coli OP50 19. Daha önce (- 2,5 protokol 2.1) belirtildiği gibi tahlil plakaları üretmek. Standart 6 cm iseNGM plakaları uygun bir alternatif olarak 2 ml NGM içeren küçük 35 mm petri kutularının kapağını kullanın, objektif ve mikroskop sahne arasında uymaz. </li><li> Gerekli ağzı Morph için ekran yırtıcı nematod teknikleri çekme standart solucan ve hafif bir stereomikroskop kullanarak protokol 1&#39;de tarif edildiği gibi, bir deney plakası için tek bir doğru sınıflandırılmış yırtıcı aktarın. solucan transfer edilen stresinden kurtarmak için izin vermek için 15 dakika bekleyin. </li><li> Yüksek hızlı kamera (Filmler 2 ve 3) ile, 63X Normaski - 40 bir mikroskop yırtıcı hayvanlar gözlemleyin. en az 20 hayvanlarda 50 Hz&#39;de kayıt faringeal pompalama ve 15 saniye boyunca diş hareketi, doğru kantifikasyon sağlamak. Tekrar bireysel pompa ve diş olayları saymak için istenen hızda film kaydedildi. Not: diş hareketi ağız açıklığı tespit edilebilir ve ancak ob ise Pompa, farenks ortasında bulunan korpus, görülmektedirdorsal dişinden görev yaptı. </li></ol>

<ol>
	<li>Wilecki, M., Lightfoot, J. W., Susoy, V., Sommer, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predatory+feeding+behaviour+in+Pristionchus+nematodes+is+dependent+on+phenotypic+plasticity+and+induced+by+serotonin.">Predatory feeding behaviour in Pristionchus nematodes is dependent on phenotypic plasticity and induced by serotonin.</a> J Exp Biol. 218 (Pt 9), 1306-1313 (2015).</li><li>Ragsdale, E. J., Muller, M. R., Rodelsperger, C., Sommer, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Developmental+Switch+Coupled+to+the+Evolution+of+Plasticity+Acts+through+a+Sulfatase.">A Developmental Switch Coupled to the Evolution of Plasticity Acts through a Sulfatase.</a> Cell. 155 (4), 922-933 (2013).</li><li>Goodman, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanosensation.">Mechanosensation.</a> WormBook. , 1-14 (2006).</li><li>Rankin, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nematode+behavior:+the+taste+of+success,+the+smell+of+danger!.">Nematode behavior: the taste of success, the smell of danger!.</a> Curr Biol. 16 (3), R89-R91 (2006).</li><li>Beverly, M., Anbil, S., Sengupta, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Degeneracy+and+neuromodulation+among+thermosensory+neurons+contribute+to+robust+thermosensory+behaviors+in+Caenorhabditis+elegans.">Degeneracy and neuromodulation among thermosensory neurons contribute to robust thermosensory behaviors in Caenorhabditis elegans.</a> J Neurosci. 31 (32), 11718-11727 (2011).</li><li>Kimata, T., Sasakura, H., Ohnishi, N., Nishio, N., Mori, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thermotaxis+of+C.+elegans+as+a+model+for+temperature+perception,+neural+information+processing+and+neural+plasticity.">Thermotaxis of C. elegans as a model for temperature perception, neural information processing and neural plasticity.</a> Worm. 1 (1), 31-41 (2012).</li><li>Vidal-Gadea, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Magnetosensitive+neurons+mediate+geomagnetic+orientation+in+Caenorhabditis+elegans.">Magnetosensitive neurons mediate geomagnetic orientation in Caenorhabditis elegans.</a> Elife. 4, (2015).</li><li>Chute, C. D., Srinivasan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+mating+cues+in+C.+elegans.">Chemical mating cues in C. elegans.</a> Semin Cell Dev Biol. 33, 18-24 (2014).</li><li>Sherlekar, A. L., Lints, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nematode+Tango+Milonguero+-+the+C.+elegans+male's+search+for+the+hermaphrodite+vulva.">Nematode Tango Milonguero - the C. elegans male's search for the hermaphrodite vulva.</a> Semin Cell Dev Biol. 33, 34-41 (2014).</li><li>Sasakura, H., Mori, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Behavioral+plasticity,+learning,+and+memory+in+C.+elegans.">Behavioral plasticity, learning, and memory in C. elegans.</a> Curr Opin Neurobiol. 23 (1), 92-99 (2013).</li><li>Avery, L., You, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+feeding.">C. elegans feeding.</a> WormBook. , 1-23 (2012).</li><li>Bumbarger, D. J., Riebesell, M., Rodelsperger, C., Sommer, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=System-wide+Rewiring+Underlies+Behavioral+Differences+in+Predatory+and+Bacterial-Feeding+Nematodes.">System-wide Rewiring Underlies Behavioral Differences in Predatory and Bacterial-Feeding Nematodes.</a> Cell. 152 (1-2), 109-119 (2013).</li><li>Dieterich, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pristionchus+pacificus+genome+provides+a+unique+perspective+on+nematode+lifestyle+and+parasitism.">The Pristionchus pacificus genome provides a unique perspective on nematode lifestyle and parasitism.</a> Nature Genetics. 40 (10), 1193-1198 (2008).</li><li>Schlager, B., Wang, X. Y., Braach, G., Sommer, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+Cloning+of+a+Dominant+Roller+Mutant+and+Establishment+of+DNA-Mediated+Transformation+in+the+Nematode+Pristionchus+pacificus.">Molecular Cloning of a Dominant Roller Mutant and Establishment of DNA-Mediated Transformation in the Nematode Pristionchus pacificus.</a> Genesis. 47 (5), 300-304 (2009).</li><li>Witte, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+inactivation+using+the+CRISPR/Cas9+system+in+the+nematode+Pristionchus+pacificus.">Gene inactivation using the CRISPR/Cas9 system in the nematode Pristionchus pacificus.</a> Dev Genes Evol. 225 (1), 55-62 (2015).</li><li>Lo, T. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precise+and+Heritable+Genome+Editing+in+Evolutionarily+Diverse+Nematodes+Using+TALENs+and+CRISPR/Cas9+to+Engineer+Insertions+and+Deletions.">Precise and Heritable Genome Editing in Evolutionarily Diverse Nematodes Using TALENs and CRISPR/Cas9 to Engineer Insertions and Deletions.</a> Genetics. 195 (2), 331-348 (2013).</li><li>Sommer, R. J., McGaughran, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nematode+Pristionchus+pacificus+as+a+model+system+for+integrative+studies+in+evolutionary+biology.">The nematode Pristionchus pacificus as a model system for integrative studies in evolutionary biology.</a> Molecular Ecology. 22 (9), 2380-2393 (2013).</li><li>Herrmann, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+nematode+Pristionchus+pacificus+(Nematoda+:+Diplogastridae)+is+associated+with+the+oriental+beetle+Exomala+orientalis+(Coleoptera:Scarabaeidae)+in+Japan.">The nematode Pristionchus pacificus (Nematoda : Diplogastridae) is associated with the oriental beetle Exomala orientalis (Coleoptera:Scarabaeidae) in Japan.</a> Zoological Science. 24 (9), 883-889 (2007).</li><li>Chaudhuri, J., Parihar, M., Pires-daSilva, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Introduction+to+Worm+Lab:+from+Culturing+Worms+to+Mutagenesis.">An Introduction to Worm Lab: from Culturing Worms to Mutagenesis.</a> J Vis Exp. (47), e2293 (2011).</li><li>Serobyan, V., Ragsdale, E. J., Sommer, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adaptive+value+of+a+predatory+mouth-form+in+a+dimorphic+nematode.">Adaptive value of a predatory mouth-form in a dimorphic nematode.</a> Proc. R. Soc. B Biol. Sci. 281, 20141334 (2014).</li><li>Albrecht, D. R., Bargmann, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-content+behavioral+analysis+of+Caenorhabditis+elegans+in+precise+spatiotemporal+chemical+environments.">High-content behavioral analysis of Caenorhabditis elegans in precise spatiotemporal chemical environments.</a> Nat Methods. 8 (7), 599-605 (2011).</li><li>Yeminin, E., Jucikas, T., Grundy, L. J., Brown, A. E., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+database+of+Caenorhabditis+elegans+behavioral+phenotypes.">A database of Caenorhabditis elegans behavioral phenotypes.</a> Nat Methods. 9 (10), 877-879 (2013).</li><li>Raizen, D. M., Lee, R. Y. N., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interacting+Genes+Required+for+Pharyngeal+Excitation+by+Motor+Neuron+MC+in+Caenorhabditis+elegans.">Interacting Genes Required for Pharyngeal Excitation by Motor Neuron MC in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 141 (4), 1365-1382 (1995).</li></ol>

The authors declare no financial or competing interests.

Nematodlar C ile nörobiyolojisine ve davranışını anlamak için güçlü bir sistem sağlamak elegans şimdiye kadar birincil araç olma. P. de dahil olmak üzere çok sayıda tüm nematod türleri bulunmadığına veya model organizma C den karmaşıklığı değişir pacificus ekran davranışları, elegans ve bu nedenle bu davranışların evrimi ve düzenlenmesi ile ilgili ilginç sorular ortaya koyuyor. P. de dahil olmak üzere diğer birçok nematod türlerinin bulunan bir tür ek davranış pacificus yırtıcı beslenme 1, 20 girerek kendi bakteriyel diyet ek kapasitesidir. Bu nedenle gelişmiş ve nematod bu önceden unanalyzed yırtıcı davranışların kolay ve hızlı karakterizasyonu için ayrıntılı bir protokol tanımlanmıştır. Öncelikle, biz nematod ağız içinde aparatı besleme varyasyonları için ekran yöntemler sağlamıştır. Doğru ağız Çeşidi tanımlanması önemli bir ilk sSadece eurystomatous hayvanlar yırtıcı besleme yeteneğine sahip en az Pristionchus tür dahilinde, başarılı predasyon deneyleri için TEP. Çok daha az invaziv ağız bu yöntemi olarak protokolde 1.2 açıklanan &quot;hızlı ağız fenotiplendirme&quot; protokolü ile morphs tanımlamak için en iyi ve nedenle yırtıcı davranışlar tedirgin olabilir daha az olasıdır. Ancak, ilk agar pedleri anestezi hayvanlar (protokol 1.1) ile tanımlanması farklı ağız yapıları ile aşina olmak için tavsiye edilir. İstenilen ağız morph tespiti takiben, yırtıcı besleme miktarının belirlenmesi için iki deneyleri tarif var. Bunlar (protokol 2) &quot;lokma deneyi&quot; ile değil daha derinlemesine davranış analizi tüketen hızlı, yüksek verimlilik &quot;ceset tahlil&quot; (protokol 3) ve bir kez daha vardır. Bu protokollerin iki experimen bağlı tahlilleri optimize etmek için birçok değişiklik sağlayan çok esnektirtal gereksinimleri. P ile ısırık tahlilleri için C üzerinde pacificus yırtıcı elegans av 10 dakikalık bir zaman penceresi için bir yırtıcı davranış etkileşimlerin gözlemler diğer besleme olaylar ile birlikte sokması önemli bir miktarını ölçmek için yeterliydi. Yine P kullanan &quot;ceset tahlilleri&quot; için C üzerinde pacificus yırtıcı elegans av 2 st için 5 yırtıcı hızlı bir davranış analizi için izin kolayca ölçülebilir ve tutarlı cenaze numaraları üretti. Bununla birlikte, farklı hızlarda yırtıcı nematod hareket farklı türler dikkat edilmelidir, farklı oranlarda yemek ve genel olarak diğer davranışları 1 büyük bir çeşitlilik gösterir. Ayrıca, farklı av türleri de benzer nedenlerle farklı oranlarda yemiş olabilir. Nedenle çevre koşullarında herhangi bir fark için de predatör ve av hem test nematod türlerinin dayalı tahlilleri optimize etmek için tavsiye edilir ve. hem &quot;lokma&quot; ve &quot;corps sırasındao stresli veya yaralı yırtıcı verimli öldürmek olmayacak gibi av ve yırtıcı hem sağlıklı olduğu kritik e &quot;tahliller. Buna ek olarak, taze tahlil plakaları olumsuz hatalı giden nematod sağlık etkiler kurumuş olabilir eski plakalar olarak önemlidir tahlilleri. Aynı zamanda pek çok C gözlenen davranışları elegans 21, 22 araştırmak için başarılmıştır olarak bu yırtıcı testlerinin gelecek tekrarlamalar analizi çok otomatikleştirmek için teknolojideki son gelişmeler yararlanmak mümkün olacaktır umulmaktadır. şu anda onlar yırtıcı beslenmesini iptal olasılığı mikroakışkan odaları izolasyon ve immobilizasyon yapma, çok daha hassas temas göründükleri gibi sorunlar örneğin P. pacificus olarak nematod ortaya çıkması muhtemeldir. Bu da zor olabilir ancak tek tek nematod kolaylaştıracak Üstesinden ustaca yırtıcı için taranmalıdır için davranışları. Son olarak, biz de fo yöntemler sağlamıştırr yüksek hızlı kamera (protokol 4) kullanılarak diş ve farenks pompalama kinetik niceleme yırtıcı ve bakteriyel besleme modları arasında karşılaştırmalar kolaylaştırmak nematod besleme aparatı kendisi incelenmesi. C. yutak pompalama oranları ölçümü elegans C, ancak, uzun yıllar 23 için besleme izlemek için kullanılmıştır elegans ağız denticle herhangi bir biçimde yoksun ve aynı zamanda yırtıcı davranışlar yoksundur. diş aktivitesinin pompalama farenks kantifikasyonunu birleştirerek sayesinde, avlanma özgü dişlerin herhangi innervasyon da görülebilir. Nedeniyle hayvanlar sık ​​sık odak düzlemi dışına diş hareketini gözlemek için gerekli büyütme, böylece kısa sürede pencereler için diş gözlemlemek genellikle mümkündür. Buna ek olarak, C. farklı elegans, P. yutak pacificus sürekli ziyade pompalama ve beslenme büyü yürütmektedir, pompa değildir. Bu nedenle, doğru bir faringeal pum içinbeslerken ping oranları sürekli besleme 15 saniye kaydedilmesi önemlidir, tespit edilecek. Burada yer alan Bu yöntemler, bu nedenle nematod sistemlerinde yırtıcı davranışları araştırmak için birinci çerçeve sağlar. Ayrıca, bunlar da mikroorganizmalar, mantar ve mitler de dahil avlanma ile ilgili ek ekolojik ilgili organizmaların etkisine de dahil olmak üzere, nematod ekosistemde diğer etkileşimleri araştıran kullanılmak için uyarlanabilen olabilir . Böylece onlar da kendi ekolojik önemi olan bu yırtıcı davranışlar, düzenlenir nasıl evrimleşmiş olabilir nasıl ve incelemek için bir araç sağlar.

Kendi küçük ama karmaşık sinir sistemleri ile Nematodlar davranış da dahil olmak üzere nörobiyoloji birçok açıdan anlamak için güçlü araçlar kanıtlamıştır. Bu araştırmaların çoğu model organizma farklı davranışlar bir zenginlik başarıyla disseke ve analiz edildiği Caenorhabditis elegans odaklanmıştır. Bu thermotactic 5,6 ve magnetotactic 7 etkileyen, 8,9 çiftleşme 10, öğrenme ve beslenme 11 davranışları, 4 kemotaktik, 3 mechanosensory içerir. Bununla birlikte, diğer daha uzak ilgili nematod türleri rhabditid C&#39;de gözlenmez davranışlar sergileyen elegans veya alternatif evrimleri ve düzenlenmesi ile ilgili ilgili soruları yanıtlayan karmaşıklık, ek düzeyleri göstermektedir. Bu tür bir örneği çok daha karmaşık besleme olarak gösterir uzaktan ilişkili diplogastrid nematod Pristionchus pacificus, gözlenebilirhaviors ve C gözlenenden daha ritimler İki tür homolog faringeal nöronlar 12 paylaşımı rağmen elegans 1. budur. Bu ek besleme davranışları, P. ile aynı zamana rastlayan onlar da diğer nematod larvaları beslenerek kendi bakteriyel diyet ilave edebilen hırslı yırtıcı, olduğu gibi pacificus de, genişletilmiş diyet aralığını görüntüler. Neyse ki, S. pacificus karşılaştırmalı ve bütünleştirici evrimsel biyoloji için bir model olarak geliştirilmiştir ve bu nedenle birçok moleküler ve genetik araçlar artık mevcuttur. Bunlar tamamen sıralı ve açıklamalı genomu 13, transgenlerin 14 ve CRISPR / Cas9 15,16 yanı sıra yeni keşfedilen kardeş türler de dahil olmak üzere 25 yılı aşkın yakından ilişkili türler ile detaylı ve iyi açıklamalı phylogeny 17 de dahil olmak üzere moleküler ve genetik araçları içerir. Buna ek olarak, çok sayıda Pristionchus türlerinin ekolojisi P. dahil pacificus bizizBirçok türün tanımlanmış ll şimdi bok böcekleri ile Necromenic ilişki, sık sık diğer nematod türlerinin 18 ile paylaşmak bir dizi paylaşımı tarif edilmiştir. P. pacificus Bu nedenle yeni davranışların evrimi ve ekolojik önemini incelemek için mükemmel bir model sistemi sağlar. Böyle P. olarak nematod türlerinin yırtıcı beslenme davranışlarını analiz etmek için pacificus biz kolay gözlem ve yırtıcı eylemler ölçümü için birkaç yeni davranış testleri geliştirmiştir. P. olarak pacificus kuvvetle doğru morfotiple belirlenmesi esastır 1,2 olduğunu, yırtıcı davranışını etkileyen dimorphic ağız yapısı, görüntüler. dar ağızlı stenostomatous morph tek künt dorsal diş içerir ve yırtıcı besleme meşgul etmez. Alternatif olarak, geniş ağızlı eurystomatous morph çok daha büyük bir pençe şeklindeki sırt diş ve karşıt bir ek içerirBirlikte verimli avlarını manikür açmak için faaliyet alt ventral diş. Olmayan yırtıcı stenostomatous forma yırtıcı eurystomatous oranı P. içinde de Pristionchus türler arasında değişir ve pacificus Ancak eurystomatous ağız yüzdesi P. Morph % 90 2 - pacificus yabani tip suşu (PS312), genellikle 70. Ayrıca, ağız formu oranları (hem bilinen açlık ve hem de bilinmeyen faktörler olarak sinyalizasyon bazı küçük molekül dahil) çevresel etkileri farklı yırtıcı eurystomatous ağız formu, böylece doğru tanımlanması ve izolasyonu bağlı olarak değişebilir yapabilirsiniz başarılı yırtıcı deneyleri için esastır. yırtıcı ağız formunun tanımı yanında biz doğrudan gözlem ve ısırma öldürme ve olaylar beslenme dahil olmak üzere yırtıcı davranışların ölçümü için bir &quot;ısırık tahlil&quot; geliştirdik. Burada av nematodlar filtre ile izole edilirYeni hasret kültürlerin ing ve yırtıcı yetişkin P. maruz Bir kısa bir süre içinde bir arada görülmektedir pacificus. Buna ek olarak, aynı zamanda yırtıcı olaylar dolaylı gözlem yoluyla saldırgan davranış hızlı tarama sağlamak için yüksek bir verim &quot;Ölü tahlili&quot; geliştirdik. Bu avlanma taranması için bir araç olarak larva cesetlerin bulunması yararlanır. Her iki testte de gözlemleyerek ve P. olarak nematod türlerinin yırtıcı davranışı ölçmek için kolay ve son derece tekrarlanabilir yöntemler sağlar pacificus.

<table><tbody><tr><td>Nylon net filters (20 &amp;#181;m)</td><td>Merck Millipore Ltd</td><td>NY2004700</td><td>Used to filter worms just leaving larvae for use as prey.</td></tr><tr><td>PP Funnel for filter (54 mm)</td><td>Duran</td><td>292215003</td><td>Used to filter worms just leaving larvae for use as prey.</td></tr><tr><td>Small petri dish (35/10 mm)</td><td>Greiner Bio-One&amp;nbsp;</td><td>627102</td><td>For imaging on High speed camera</td></tr><tr><td>Zeiss SteREO Discovery V12</td><td></td><td></td><td>For mouth form identificaton</td></tr><tr><td>Axio-Imager A1</td><td></td><td></td><td>For mouth form identificaton</td></tr><tr><td>Glass Slides</td><td>Roth</td><td>H869</td><td></td></tr><tr><td>Cover Slips</td><td>Roth</td><td>657</td><td></td></tr><tr><td>Motion Scope M3 Highspeed camera</td><td>IDT</td><td></td><td>High speed camera</td></tr><tr><td>Video zoom 44 ENG 1/2&quot; 0.5X to 2.4X</td><td>Zeis</td><td>452984-0000-000</td><td>High speed camera zoom</td></tr><tr><td>Nematode Growth Medium (NGM) ingredients:</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>Roth</td><td>5210.2</td><td>CAS-Nr. 9002-18-0</td></tr><tr><td>Sodium chloride (NaCl)</td><td>Roth</td><td>3957</td><td>CAS-Nr. 7647-14-5</td></tr><tr><td>Bacto Tryptone</td><td>BD</td><td>211699</td><td>Lot 4316614</td></tr><tr><td>Calcium chloride dihydrate (CaCl&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C3306</td><td>CAS-Nr. 10035-04-8</td></tr><tr><td>Cholesterol from lanolin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F 26732 00050</td><td>CAS-Nr. 57-88-5</td></tr><tr><td>Magnesium sulfate heptahydrate (MgSO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)</td><td>Merck</td><td>1,058,861,000</td><td>CAS-Nr. 10034-99-8</td></tr><tr><td>Potassium dihydrogen phosphate (KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)</td><td>ACROS organics</td><td>271080025</td><td>CAS-Nr. 7778-77-0</td></tr><tr><td>6 cm petri dish</td><td>Greiner Bio-One</td><td>628102</td><td></td></tr><tr><td>3.5 cm petri dish</td><td>Greiner Bio-One</td><td>627102</td><td></td></tr><tr><td>M9 ingredients:</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Potassium dihydrogen phosphate (KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)</td><td>ACROS organics</td><td>271080025</td><td>CAS-Nr. 7778-77-0</td></tr><tr><td>Sodium hydrogen phosphate heptahydrate (NaHPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9390-500G-D</td><td>CAS-Nr. 7782-85-6</td></tr><tr><td>Sodium chloride (NaCl)</td><td>Roth</td><td>3957</td><td>CAS-Nr. 7647-14-5</td></tr></tbody></table>

assaying predatory feeding behaviors in pristionchus and other nematodes

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including Pristionchus pacificus display complex behaviors, the most striking of which is the predation of other nematode larvae. However, as these behaviors are absent in the model organism Caenorhabditis elegans, they have thus far only recently been described in detail along with the development of reliable behavioral assays 1. These predatory behaviors are dependent upon phenotypically plastic but fixed mouth morphs making the correct identification and categorization of these animals essential. In P. pacificus there are two mouth types, the stenostomatous and eurystomatous morphs 2, with only the wide mouthed eurystomatous containing an extra tooth and being capable of killing other nematode larvae. Through the isolation of an abundance of size matched prey larvae and subsequent exposure to predatory nematodes, assays including both "corpse assays" and "bite assays" on correctly identified mouth morph nematodes are possible. These assays provide a means to rapidly quantify predation success rates and provide a detailed behavioral analysis of individual nematodes engaged in predatory feeding activities. In addition, with the use of a high-speed camera, visualization of changes in pharyngeal activity including tooth and pumping dynamics are also possible.

<html> P. uygun ağız morph başarılı kimlik ardından pacificus, eurystomatous ve stenostomatous hayvanlar arasında belirgin farklılıklar davranışı öldürme yapan sadece eurystomatous hayvanlar (Şekil 3) tespit edilebilir. stenostomatous hayvanlarda bu davranış, tamamen bastırılmış gibi görünüyor. Ayrıca, bakteriler ve av üzerinde eurystomatous hayvanların diş aktivitesi ve farenks pompalama farklılıklar (Şekil 4 ve Film 2 ve 3) de kendini gösterir. yırtıcı beslenme iken, pompalama oranı bakteriyel beslenme ve diş hareketi faringeal pompalama ile bir oranında bir tek tespit edilir sırasında gözlenen aşağıda azalır. Bu diyet farklı davranışsal tepkilerini ayarlayabilme anahtar düzenleyici mekanizmaların potansiyel göstergesidir. s / ftp_upload / 54.404 / 54404fig1.jpg &quot;/&gt; Şekil 1. P. pacificus Davranışı Besleme etkileyen Ağız Dimorfizm vardır. (A) eurystomatous ağız formu avlanma yeteneğine sahiptir ve büyük bir pençe şeklindeki sırt diş (yanlış renkli kırmızı) ve (B) Büyük bir karşıt kanca şeklindeki alt ventral diş (yanlış renkli mavi) ile geniş bir ağız açıklığı vardır. (C) stenostomatous ağız formu bakteriler üzerinde beslemek için sadece güçlü ve bir çakmaktaşı şeklindeki sırt diş (yanlış renkli kırmızı) ve (D) herhangi bir alt-ventral diş (*) ile daha dar bir ağız açıklığı vardır. Normaski görüntüleri 63X ve ölçek çubuğu 10 mikron temsil etmektedir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/54404fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54404/54404fig2.jpg" /> <strong&gt; Şekil 2. Predasyon Tahliller. (A) P. pacificus ısırır ve C gibi diğer nematod larvaları öldürür ısırma deneyleri için elegans. (B) bitesby yırtıcı (*) sayısı hafif bir stereomikroskop ve başarılı öldürme ile ve aynı zamanda kaydedilen olayların besleme gözlenebilir. Cesetler açıkça da görülebilir (daireler) vardır. (C) ceset tahlilleri için, larva donatı (oklar) kolayca canlı larva ile karşılaştırıldığında, belirlenen edilebilir. Ölçek çubuğu 1 B mm ve C 150 mikron temsil eden <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/54404fig2large.jpg" target="_blank">bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54404/54404fig3.jpg" /> C üzerinde Bite ve Corpse Tahliller 3. Sonuçlar Şekil elegans Prey. (A) Isırma davranışı yalnızca belirgindir<html> Bu davranış ile eurystomatous ağız şeklinde stenostomatous hayvanlarda görüntülenir. Hata bar 10 çoğaltır standart sapmayı temsil etmektedir. (B) stenostomatous hayvanlardan belirgin hiçbir ısırma davranışları ile rastlayan ceset deneyleri de sadece eurystomatous hayvanların tahlil plakalar üzerinde karkaslar gözler önüne sermektedir. Hata çubuğu 5 çoğaltır standart sapmasını temsil etmektedir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/54404fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54404/54404fig4.jpg" /> Eurystomatous hayvanlar yırtıcı beslenme sürdürürken Şekil 4. Yırtıcı Besleme sırasında Oranı ve Diş Hareketi Pompa Eurystomatous. Diş hareketi sadece gözlenmektedir. Bu aynı zamanda, farenks pompalama bir azalma ile çakışmaktadır. Hata bar 10 çoğaltır standart sapmasını temsil eder.<html> = &quot;Https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/54404fig4large.jpg&quot; target = &quot;_ blank&quot; href&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. <img alt="Film 1" src="/files/ftp_upload/54404/54404movie1.jpg" /> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/Movie_1_Killing_behaviour.mp4">Film Işık stereomikroskop kullanılarak Bite Testi için Davranışı Killing 1. Gözlem. (Sağ indirmek için tıklayın).</a> <img alt="Film 2" src="/files/ftp_upload/54404/54404movie2.jpg" /> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/Movie_2_HS_Camera_Killing.mp4">P. Film 2. Yüksek hızlı kamera Film pacificus C. öldürme elegans Larva. (Sağ indirmek için tıklayın).</a> reklam / 54404 / 54404movie3.jpg &quot;/&gt; <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/54404/Movie_3_HS_pumping_and_tooth.mp4">Film 3. avcılığın sırasında Diş Hareketi Yüksek hızda Kamera Zoomed. (Sağ indirmek için tıklayın).</a>

Watch this Scientific Journal Video about Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes at JoVE.com

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

Behavioral assays provide powerful tools for understanding neuronal function. Here we present several protocols for quantifying predatory feeding behavior found in the model nematode Pristionchus pacificus and its relatives. Additionally, we provide methods for analyzing predatory feeding adaptations including mouth structures and teeth.

içinde Yırtıcı Beslenme Davranışları tahlil<em&gt; Pristionchus</em&gt; Ve Diğer Nematodlar

This protocol provides multiple methods for the analysis and quantification of predatory feeding behaviors in nematodes. Many nematode species including ...

assaying-predatory-feeding-behaviors-pristionchus-other

Research

JoVE Journal

Environment

Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

9.7K Görüntüleme.  Max-Planck Institute for Developmental Biology. Behavioral assays provide powerful tools for understanding neuronal function. Here we present several protocols for quantifying predatory feeding behavior found in the model nematode Pristionchus pacificus and its relatives. Additionally, we provide methods for analyzing predatory feeding adaptations including mouth structures and teeth. 

Video: Assaying Predatory Feeding Behaviors in Pristionchus and Other Nematodes

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Entomopathogenic nematodes (a.k.a. EPN) represent a group of soil-inhabiting nematodes that parasitize a wide range of insects. These nematodes belong to two families: Steinernematidae and Heterorhabditidae. Until now, more than 70 species have been described in the Steinernematidae and there are about 20 species in the Heterorhabditidae. The nematodes have a mutualistic partnership with Enterobacteriaceae bacteria and together they act as a potent insecticidal complex that kills a wide range of insect species.
Herein, we focus on the most common techniques considered for collecting EPN from soil. The second part of this presentation focuses on the insect-baiting technique, a widely used approach for the isolation of EPN from soil samples, and the modified White trap technique which is used for the recovery of these nematodes from infected insects. These methods and techniques are key steps for the successful establishment of EPN cultures in the laboratory and also form the basis for other bioassays that consider these nematodes as model organisms for research in other biological disciplines. The techniques shown in this presentation correspond to those performed and/or designed by members of S. P. Stock laboratory as well as those described by various authors.

Soil Sampling and Isolation of Entomopathogenic Nematodes Steinernematidae, Heterorhabditidae

Entomopathogenic nematodes are soil-inhabiting roundworms that parasitize a wide range of insects. We demonstrate sampling methods used for the isolation of these nematodes from the soil using two techniques: the insect baiting and the modified White trap, for the recovery of nematodes from soil samples and infected insect cadavers, respectively.

Toprak Örnekleme ve Entomopatojenik Nematodlar İzolasyonu (Steinernematidae, Heterorhabditidae)

Entomopathogenic nematodes (a.k.a. EPN) represent a group of soil-inhabiting nematodes that parasitize a wide range of insects. These nematodes belong to ...

Çevre

Automated Analysis of a Nematode Population-based Chemosensory Preference Assay

The nematode, Caenorhabditis elegans' compact nervous system of only 302 neurons underlies a diverse repertoire of behaviors. To facilitate the dissection of the neural circuits underlying these behaviors, the development of robust and reproducible behavioral assays is necessary. Previous C. elegans behavioral studies have used variations of a "drop test", a "chemotaxis assay", and a "retention assay" to investigate the response of C. elegans to soluble compounds. The method described in this article seeks to combine the complementary strengths of the three aforementioned assays. Briefly, a small circle in the middle of each assay plate is divided into four quadrants with the control and experimental solutions alternately placed. After the addition of the worms, the assay plates are loaded into a behavior chamber where microscope cameras record the worms' encounters with the treated regions. Automated video analysis is then performed and a preference index (PI) value for each video is generated. The video acquisition and automated analysis features of this method minimizes the experimenter's involvement and any associated errors. Furthermore, minute amounts of the experimental compound are used per assay and the behavior chamber's multi-camera setup increases experimental throughput. This method is particularly useful for conducting behavioral screens of genetic mutants and novel chemical compounds. However, this method is not appropriate for studying stimulus gradient navigation due to the close proximity of the control and experimental solution regions. It should also not be used when only a small population of worms is available. While suitable for assaying responses only to soluble compounds in its current form, this method can be easily modified to accommodate multimodal sensory interaction and optogenetic studies. This method can also be adapted to assay the chemosensory responses of other nematode species.

We present a behavior recording setup and protocol that enables automated analysis of the nematode, Caenorhabditis elegans' preference for soluble compounds in a population-based assay. This article describes the construction of a behavior chamber, the behavioral assay protocol, and video analysis software usage.

Nematod Popülasyona Dayalı Kemoterapi Tercihi Testinin Otomatik Analizi

The nematode, Caenorhabditis elegans' compact nervous system of only 302 neurons underlies a diverse repertoire of behaviors. To facilitate the dissection ...

Davranış

Rapid Isolation of Wild Nematodes by Baermann Funnel

Beyond being robust experimental model organisms, Caenorhabditis elegans and its relatives are also real animals that live in nature. Studies of wild nematodes in their natural environments are valuable for understanding many aspects of biology, including the selective regimes in which distinctive genomic and phenotypic characters evolve, the genetic basis for complex trait variation, and the natural genetic diversity fundamental to all animal populations. This manuscript describes a simple and efficient method for extracting nematodes from their natural substrates, including rotting fruits, flowers, fungi, leaf litter, and soil. The Baermann funnel method, a classical nematology technique, selectively isolates active nematodes from their substrates. Because it recovers nearly all active worms from the sample, the Baermann funnel technique allows for the recovery of rare and slow-growing genotypes that co-occur with abundant and fast-growing genotypes, which might be missed in extraction methods that involve multiple generations of reproduction. The technique is also well suited to addressing metagenetic, population-genetic, and ecological questions. It captures the entire population in a sample simultaneously, allowing an unbiased view of the natural distribution of ages, sexes, and genotypes. The protocol allows for deployment at scale in the field, rapidly converting substrates into worm plates, and the authors have validated it through fieldwork on multiple continents.

This protocol outlines a method for efficiently extracting live nematodes from natural substrates in the field.

Baermann Huni tarafından Vahşi Nematodların Hızlı İzolasyonu

Beyond being robust experimental model organisms, Caenorhabditis elegans and its relatives are also real animals that live in nature. Studies of wild ...

Genetik

Stable Isotopic Profiling of Intermediary Metabolic Flux in Developing and Adult Stage Caenorhabditis elegans

Stable isotopic profiling has long permitted sensitive investigations of the metabolic consequences of genetic mutations and/or pharmacologic therapies in cellular and mammalian models. Here, we describe detailed methods to perform stable isotopic profiling of intermediary metabolism and metabolic flux in the nematode, Caenorhabditis elegans. Methods are described for profiling whole worm free amino acids, labeled carbon dioxide, labeled organic acids, and labeled amino acids in animals exposed to stable isotopes either from early development on nematode growth media agar plates or beginning as young adults while exposed to various pharmacologic treatments in liquid culture. Free amino acids are quantified by high performance liquid chromatography (HPLC) in whole worm aliquots extracted in 4% perchloric acid. Universally labeled 13C-glucose or 1,6-13C2-glucose is utilized as the stable isotopic precursor whose labeled carbon is traced by mass spectrometry in carbon dioxide (both atmospheric and dissolved) as well as in metabolites indicative of flux through glycolysis, pyruvate metabolism, and the tricarboxylic acid cycle. Representative results are included to demonstrate effects of isotope exposure time, various bacterial clearing protocols, and alternative worm disruption methods in wild-type nematodes, as well as the relative extent of isotopic incorporation in mitochondrial complex III mutant worms (isp-1(qm150)) relative to wild-type worms. Application of stable isotopic profiling in living nematodes provides a novel capacity to investigate at the whole animal level real-time metabolic alterations that are caused by individual genetic disorders and/or pharmacologic therapies.

Stable Isotopic Profiling of Intermediary Metabolic Flux in Developing and Adult Stage Caenorhabditis elegans

Stable isotopic profiling by gas chromatography mass spectrometric analysis of intermediary metabolic flux is described in the nematode, Caenorhabditis elegans. Methods are detailed for assessing isotopic enrichment in carbon dioxide, organic acids, and amino acids following isotope exposure either during development on agar plates or during adulthood in liquid culture.

Kararlı İzotopik Profil geliştirilmesi ve Yetişkin Sahne Aracı Metabolik Akı Caenorhabditis elegans</em

Stable isotopic profiling has long permitted sensitive investigations of the metabolic consequences of genetic mutations and/or pharmacologic therapies in ...

Biyoloji

A Caenorhabditis elegans Nutritional-status Based Copper Aversion Assay

To ensure survival, organisms must be capable of avoiding unfavorable habitats while ensuring a consistent food source. Caenorhabditis elegans alter their locomotory patterns upon detection of diverse environmental stimuli and can modulate their suite of behavioral responses in response to starvation conditions. Nematodes typically exhibit a decreased aversive response when removed from a food source for over 30 min. Observation of behavioral changes in response to a changing nutritional status can provide insight into the mechanisms that regulate the transition from a well-fed to starved state.
We have developed an assay that measures a nematode&#39;s ability to cross an aversive barrier (i.e. copper) then reach a food source over a prolonged period of time. This protocol builds upon previous work by integrating multiple variables in a manner that allows for continued data collection as the organisms shift towards an increasingly starved condition. Moreover, this assay permits an increased sample size so that larger populations of nematodes can be simultaneously evaluated.
Organisms defective for the ability to detect or respond to copper immediately cross the chemical barrier, while wild type nematodes are initially repelled. As wild type worms are increasingly starved, they begin to cross the barrier and reach the food source. We designed this assay to evaluate a mutant that is incapable of responding to diverse environmental cues, including food sensation or detection of aversive chemicals. When evaluated via this protocol, the defective organisms immediately crossed the barrier, but were also incapable of detecting a food source. Hence, these mutants repeatedly cross the chemical barrier despite temporarily reaching a food source. This assay can straightforwardly test populations of worms to evaluate potential pathway defects related to aversion and starvation.

A Caenorhabditis elegans Nutritional-status Based Copper Aversion Assay

Here, we present a Caenorhabditis elegans-specific assay designed to evaluate changes in copper aversion behavior and the ability to locate a common food source, as the organism progresses from a well-fed to starved nutritional state.

bir<emCaenorhabditis elegans</emBeslenme Durumuna Dayalı Bakır Kaçınma Deneyi

To ensure survival, organisms must be capable of avoiding unfavorable habitats while ensuring a consistent food source. Caenorhabditis elegans alter their ...

Nörobilim

Observation and Quantification of Mating Behavior in the Pinewood Nematode, Bursaphelenchus xylophilus

A method for observing and quantifying the mating behavior of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus, was established under a stereomicroscope. To improve the mating efficiency of B. Xylophilus and to increase the chances of mating observation, virgin adults were cultured and used for the investigation. Eggs were obtained by keeping the nematodes in water and allowing the females to lay eggs for 10 min. The second-stage juveniles (J2) were synchronized by incubating the eggs for 24 h at 25 &#176;C in the dark, and the early J4 were obtained by culturing the J2 with grey mold, Botrytis cinerea, for another 52 h. At this time point, most J4 nematodes could be clearly distinguished as being male or female using their genital morphology. The male and female J4 were collected and cultured separately in two different Petri dishes for 24 h to get virgin adult nematodes. A virgin male and a virgin female were paired in a drop of water in the well of a concave slide. The mating behavior was filmed with a video recorder under a stereomicroscope. The whole period of the mating process was 82.8 &#177;3.91 min (mean &#177;SE) and could be divided into 4 different phases: searching, contacting, copulating, and lingering. The mean minutes of duration were 21.8 &#177; 2.0, 28.0 &#177; 1.9, 25.8 &#177; 0.7 and 7.2 &#177; 0.5, respectively. Eleven sub-behaviors were described: cruising, approaching, encountering, touching, hooping, locating, attaching, ejaculating, separating, quiescence, and roaming. Interestingly, obvious intra-sexual competition was observed when one female was grouped with 3 males or one male with 3 females. This protocol is useful and valuable, not only in investigating the mating behavior of B. xylophilus, but also in acting as a reference for ethological studies of other nematodes.

Observation and Quantification of Mating Behavior in the Pinewood Nematode, Bursaphelenchus xylophilus

A protocol for investigating the mating behavior of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus, is presented. Behavioral features of B. xylophilus are described in the mating process.

Pinewood Nematodu gözlem ve Çiftleşme Davranış miktarının belirlenmesi,<em&gt; Orijinli olanlar</em

A method for observing and quantifying the mating behavior of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus, was established under a stereomicroscope. ...

Laboratory Protocol for Genetic Gut Content Analyses of Aquatic Macroinvertebrates Using Group-specific rDNA Primers

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the invasion of non-indigenous species. However, an exact identification of field predator-prey interactions is difficult in many cases. These analyses are often based on a visual evaluation of gut content or the analysis of stable isotope ratios (&#948;15N and &#948;13C). Such methods require comprehensive knowledge about, respectively, morphologic diversity or isotopic signature from individual prey organisms, leading to obstacles in the exact identification of prey organisms. Visual gut content analyses especially underestimate soft bodied prey organisms, because maceration, ingestion and digestion of prey organisms make identification of specific species difficult. Hence, polymerase chain reaction (PCR) based strategies, for example the use of group-specific primer sets, provide a powerful tool for the investigation of food web interactions. Here, we describe detailed protocols to investigate the gut contents of macroinvertebrate consumers from the field using group-specific primer sets for nuclear ribosomal deoxyribonucleic acid (rDNA). DNA can be extracted either from whole specimens (in the case of small taxa) or out of gut contents of specimens collected in the field. Presence and functional efficiency of the DNA templates need to be confirmed directly from the tested individual using universal primer sets targeting the respective subunit of DNA. We also demonstrate that consumed prey can be determined further down to species level via PCR with unmodified group-specific primers combined with subsequent single strand conformation polymorphism (SSCP) analyses using polyacrylamide gels. Furthermore, we show that the use of different fluorescent dyes as labels enables parallel screening for DNA fragments of different prey groups from multiple gut content samples via automated fragment analysis.

Most common gut content analyses of macroinvertebrates are visual. Requiring intense knowledge about morphological diversity of prey organisms, they miss soft bodied prey and, due to strong comminution of prey, are nearly impossible for some organisms, including amphipods. We provide detailed, novel genetic approaches for macroinvertebrate prey identification in the diet of amphipods.

Su Macroinvertebrates kullanma gruba özel rDNA astar genetik Gut içerik analizleri için laboratuvar iletişim kuralı

Analyzing food webs is essential for a better understanding of ecosystems. For example, food web interactions can undergo severe changes caused by the ...

A Highly Scalable Approach to Perform Ecological Surveys of Selfing Caenorhabditis Nematodes

Caenorhabditis elegans is one of the major model organisms in biology, but only recently have researchers focused on its natural ecology. The relative sparsity of information about C. elegans in its natural context comes from the challenges involved in the identification of the small nematode in nature. Despite these challenges, an increasing focus on the ecology of C. elegans has caused a wealth of new information regarding its life outside of the laboratory. The intensified search for C. elegans in nature has contributed to the discovery of many new Caenorhabditis species and revealed that congeneric nematodes frequently cohabitate in the wild, where they feed on microbial blooms associated with rotting plant material. The identification of new species has also revealed that the androdioecious mating system of males and self-fertilizing hermaphrodites has evolved three times independently within Caenorhabditis. The other two selfing species, C. briggsae and C. tropicalis, share the experimental advantages of C. elegans and have enabled comparative studies into the mechanistic basis of important traits, including self-fertilization. Despite these advances, much remains to be learned about the ecology and natural diversity of these important species. For example, we still lack functional information for many of their genes, which might only be attained through an understanding of their natural ecology. To facilitate ecological research of selfing Caenorhabditis nematodes, we developed a highly scalable method to collect nematodes from the wild. Our method makes use of mobile data collection platforms, cloud-based databases, and the R software environment to enhance researchers&#39; ability to collect nematodes from the wild, record associated ecological data, and identify wild nematodes using molecular barcodes.

A Highly Scalable Approach to Perform Ecological Surveys of Selfing Caenorhabditis Nematodes

This protocol can be used to perform large-scale ecological surveys of selfing Caenorhabditis nematodes. The primary advantage of this method is the efficient organization and analysis of ecological and molecular data associated with the nematodes collected from nature.

Kendinden Çıkan Caenorhabditis Nematodlarının Ekolojik Araştırmalarını Gerçekleştirmek için Yüksek Oranda Ölçeklenebilir Bir Yaklaşım

Caenorhabditis elegans is one of the major model organisms in biology, but only recently have researchers focused on its natural ecology. The relative ...

Isolation and Characterization of the Natural Microbiota of the Model Nematode Caenorhabditis elegans

The nematode Caenorhabditis elegans interacts with a large diversity of microorganisms in nature. In general, C. elegans is commonly found in rotten plant matter, especially rotten fruits like apples or on compost heaps. It is also associated with certain invertebrate hosts such as slugs and woodlice. These habitats are rich in microbes, which serve as food for C. elegans and which can also persistently colonize the nematode gut. To date, the exact diversity and consistency of the native C. elegans microbiota across habitats and geographic locations is not fully understood. Here, we describe a suitable approach for isolating C. elegans from nature and characterizing the microbiota of worms. Nematodes can be easily isolated from compost material, rotting apples, slugs, or attracted by placing apples on compost heaps. The prime time for finding C. elegans in the Northern Hemisphere is from September until November. Worms can be washed out of collected substrate material by immersing the substrate in buffer solution, followed by the collection of nematodes and their transfer onto nematode growth medium or PCR buffer for subsequent analysis. We further illustrate how the samples can be used to isolate and purify the worm-associated microorganisms and to process worms for 16S ribosomal RNA analysis of microbiota community composition. Overall, the described methods may stimulate new research on the characterization of the C. elegans microbiota across habitats and geographic locations, thereby helping to obtain a comprehensive understanding of the diversity and stability of the nematode's microbiota as a basis for future functional research.

Isolation and Characterization of the Natural Microbiota of the Model Nematode Caenorhabditis elegans

Caenorhabditis elegans is one of the main model species in biology, yet almost all research is performed in the absence of its naturally associated microbes. The methods described here will help to improve our understanding of the diversity of associated microbes as a basis for future functional C. elegans research.

Model Nematod Caenorhabditis elegans'ın Doğal Mikrobiyotasının İzolasyonu ve Karakterizasyonu

The nematode Caenorhabditis elegans interacts with a large diversity of microorganisms in nature. In general, C. elegans is commonly found in rotten plant ...

Nematodlarda Kolektif Davranışların Köpek Maması Agar Besiyeri Kullanılarak İncelenmesi

The Large-Scale Cultivation of Nematodes to Study Their Collective Behaviors

Animals exhibit dynamic collective behaviors, as observed in flocks of birds, schools of fish, and crowds of humans. The collective behaviors of animals have been investigated in the fields of both biology and physics. In the laboratory, researchers have used various model animals such as the fruit fly and zebrafish for approximately a century, but it has remained a major challenge to study large-scale complex collective behavior orchestrated by these genetically tractable model animals. This paper presents a protocol to create an experimental system of collective behaviors in Caenorhabditis elegans. The propagated worms climb on the lid of the Petri plate and show collective swarming behavior. The system also controls worm interactions and behaviors by changing the humidity and light stimulation. This system allows us to examine the mechanisms underlying collective behaviors by changing environmental conditions and examining the effects of individual-level locomotion on collective behaviors using mutants. Thus, the system is useful for future research in both physics and biology.

Yazar Spotlight: Nematodun Kolektif Davranış Analizi, Caenorhabditis elegans

Here, a system is reported for studying the collective behaviors of nematodes by culturing them in bulk using dog food agar medium. This system allows researchers to propagate large numbers of dauer worms and can be applied to Caenorhabditis elegans and other related species.

Kolektif davranışlarını incelemek için nematodların büyük ölçekli ekimi

Animals exhibit dynamic collective behaviors, as observed in flocks of birds, schools of fish, and crowds of humans. The collective behaviors of animals ...

içinde Yırtıcı Beslenme Davranışları tahlil

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler