Bu protokol, insan mezenkimal kök hücrelerini tek bir platformda doğru bir şekilde karakterize etmek ve saflaştırmak için çok önemli bir yöntemi detaylandırır ve kök hücre nakli gibi verimli aşağı akış uygulamalarını mümkün kılar. Tasarlanmış veya doğal kök hücrelerin hassas tek hücre sıralaması yoluyla moleküler ve sitogenetik testleri geliştiren klinik laboratuvarlar için özellikle önemlidir. Saflaştırılmış kök hücre popülasyonlarının yaygın olarak kullanılan izolasyon yöntemleri, immünomanyetik ayırma, yoğunluk gradyanı veya mikroakışkan hücre ayırma gibi teknikleri ifade eder.
İndeks sıralama gibi bir teknik, sıralanan her hücrenin transkriptomik bilgilerini çıkarabilen tek hücreli RNA profillemesine bağlanmasına izin verir. Temel zorluklar, numune kalitesinin korunmasını, hücre yoğunluğu ve sıralama sırasında ve sonrasında canlılık dahil olmak üzere hücre kültürü koşullarının optimizasyonunu içerir. Ek olarak, cihaz için uygun nozul boyutlarının seçilmesi ve ayıklayıcılara zamanında erişimin sağlanması da dikkate alınacaktır.
Bu protokol, immünofenotipleme ve istenen hücre popülasyonunu sıralamak için hassas bir boyama panelini gösterir. Standartlaştırılmış numune kalitesi, optimum hücre canlılığı, hücre popülasyonu sıralaması için yoğunluk sağlar ve FACSDiva yazılımında sıralama deneysel parametrelerini tanımlar. Bu yöntem, spesifik biyobelirteçleri eksprese eden kök hücre popülasyonunun basit bir seçimini ve immünofenotiplenmesini sağlar.
Bu basit platform, sonraki sonraki uygulamalar için saflaştırılmış numunelere yardımcı olarak ve elde ederek hedef popülasyona dayalı verimli ayırmaya izin verir.