Bağıntılı ışık ve elektron mikroskobu, floresan mikroskobu tarafından sağlanan lokalizasyon bilgilerini birleştirebilen ve elektron mikroskobu ile ultra yapı olan tamamen kararlı bir mikroskopi tekniğidir. Bununla birlikte, bu tekniğin zihniyeti, basit bir hazırlık yaptıktan sonra floresansı korumaktır. Bu floresan proteini kullanarak, floresan ve ultra yapıyı aynı anda koruyabilen bağıntılı ışık ve elektron mikroskobu elde edebiliriz.