Telomerik protein-DNA etkileşimini incelemek için tek moleküllü yöntemler kullanılmıştır. Bununla birlikte, telomerik tekrarlayan motiflerle tek molekül yapılarını hazırlamak zorlu bir görev olmaya devam etmektedir. Bu protokolde, TRF2 proteininin eksprese edilmesi ve saflaştırılması, telomerik DNA'nın hazırlanması, tek moleküllü mekanik tahlillerin kurulması ve elde edilen verilerin analiz edilmesi için adımların ana hatlarını çiziyoruz.

Tek moleküllü araçlar, telomerik protein-DNA etkileşimlerini keşfetmek için güçlü tekniklerdir. Manyetik cımbız, optik cımbız ve AFM gibi tek moleküllü mekanik yöntemler, TRF2'ye bağımlı DNA distorsiyonunu araştırmak, insan telomerik kromatininin TRF2 aracılı sütunlu istiflenmesini ortaya çıkarmak ve diğer uygulamalar arasında telomeraz katalizinin varlığını gözlemlemek için kullanılmıştır. Tek moleküler manyetik cımbız kullanarak telomerik DNA-protein etkileşimlerini araştırdık ve uygulanan kuvvetler altında uzantıdaki değişikliklerin ve protein-DNA etkileşimlerinin sürelerinin hassas ölçümlerini sağladık.

Bu ölçümlerden, telomerik DNA-protein komplekslerinin ayrışma kinetiğini elde ettik. Ayrıca, bu kompleksler içinde ilmeklerin oluşumu ortaya çıkarıldı. DNA ile kompleks halinde bulunan telomerik bağlayıcı proteinlerin çok sayıda yapısı, kriyo-EM, X-ışını kristalografisi ve NMR kullanılarak çözülmüştür.

Bu yapısal içgörüler, telomerik protein-DNA etkileşimleri hakkındaki anlayışımızı geliştirmiştir. Bu etkileşimlerin dinamiklerini daha fazla araştırmak için, özellikle telomerik protein-DNA etkileşimlerini incelemek için tek moleküllü bir mekanik yöntem geliştirdik. Tek moleküllü araçlar, telomerlerdeki protein-DNA etkileşimlerini araştırmak için güçlü tekniklerdir.

Bu yöntemler özellikle topolojik konformasyonlar ve protein-DNA birleşmesi ve ayrışma kinetiğini analiz etmek için değerlidir.