A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

غالبا ما يستخدم التصوير بالحزمة الأيونية المتعددة (MIBI) لتصوير المصفوفات الدقيقة للأنسجة ومناطق الأنسجة المتجانبة والمتجاورة ، لكن البرامج الحالية لإعداد هذه التجارب مرهقة. واجهة البلاط / SED / الصفيف هي أداة رسومية تفاعلية بديهية تم تطويرها لتبسيط وتسريع إعداد تشغيل MIBI بشكل كبير.

Abstract

التصوير بالحزمة الأيونية المتعددة (MIBI) هو تقنية مجهرية قائمة على قياس الطيف الكتلي من الجيل التالي تولد 40+ صورة plex للتعبير البروتيني في الأنسجة النسيجية ، مما يتيح تشريحا مفصلا للأنماط الظاهرية الخلوية والتنظيم النسيجي. يحدث عنق الزجاجة الرئيسي في العملية عندما يختار المستخدمون المواقع المادية على الأنسجة للتصوير. مع زيادة حجم وتعقيد تجارب MIBI ، أصبحت الواجهة التي توفرها الشركة المصنعة وأدوات الجهات الخارجية غير عملية بشكل متزايد لتصوير المصفوفات الدقيقة للأنسجة الكبيرة ومناطق الأنسجة المتجانبة. وهكذا ، تم تطوير طبقة واجهة رسومية تفاعلية قائمة على الويب ، ما تراه هو ما تحصل عليه (WYSIWYG) - واجهة البلاط / SED / الصفيف (TSAI) - للمستخدمين لتعيين مواقع التصوير باستخدام إيماءات الماوس المألوفة والبديهية مثل السحب والإفلات والنقر والسحب والرسم المضلع. مكتوب وفقا لمعايير الويب المضمنة بالفعل في متصفحات الويب الحديثة ، ولا يتطلب تثبيت برامج أو ملحقات أو برامج تحويل برمجي خارجية. تهم هذه الواجهة المئات من مستخدمي MIBI الحاليين ، وهي تبسط بشكل كبير وتسرع إعداد عمليات تشغيل MIBI الكبيرة والمعقدة.

Introduction

التصوير بالحزمة الأيونية المتعددة (MIBI) هو تقنية لتصوير 40+ بروتينات في وقت واحد على أقسام الأنسجة النسيجية بدقة تصل إلى 250 نانومتر1،2،3. بعد تلطيخ قسم الأنسجة النسيجية باستخدام الأجسام المضادة الموسومة بمعادن عنصرية نقية نظائريا ، تقوم أداة MIBI بإجراء قياس طيف الكتلة الأيونية الثانوية لتحديد جميع النظائر في وقت واحد - وبالتالي التعبير عن جميع مستضدات 40+ - في البقع الفردية على الأنسجة. يتم إجراؤها عبر شبكات من ملايين البقع ، وتمكن صور 40+ plex الناتجة عن تعبير البروتين من ترسيم حدود الخلايا وتحديد أنواع معينة من الخلايا مع الحفاظ على السي....

Protocol

1. تحميل TSAI

  1. قم بتشغيل TSAI عن طريق فتح https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai في مستعرض الويب الخاص بكمبيوتر التحكم في مستخدم MIBI.
    1. يحتوي مثيل TSAI هذا على إعدادات مسبقة مخصصة لا تنطبق على جميع الأدوات. عند استخدامه ، قم ببناء المربعات فقط من قالب FOV (s) كما تم إنشاؤه أدناه في الخطوة 2.6. يعمل TSAI محليا داخل متصفح الويب ، ولا يتم إرسال أي صورة أو .json أو بيانات اسم ملف إلى الخادم أو تخزينها عليه.
  2. بدلا من ذلك ، قم بإعداد TSAI على أي موقع ويب بإعدادات مسبقة مخصصة لأي أداة.
    1. انتقل إلى https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai وقم بتنزيل دليل mibi_tsai_standalone. بدلا من....

النتائج

يوفر TSAI طريقتين لإعداد FOVs (الشكل 2). يستخدم المرء فقط الصورة البصرية (الشكل 2 ، TSAI ، الفرع الأيسر) ، على غرار الطرق الأخرى الموجودة. الطريقة الثانية - إنشاء صورة SED متجانبة - فريدة من نوعها ل TSAI (الشكل 2 ، TSAI ، الفرع الأيمن). يرسم T.......

Discussion

يعد التصوير بالحزمة الأيونية المتعددة (MIBI) تقنية قوية لتشريح الأنماط الظاهرية الخلوية التفصيلية والهندسة النسيجيةللأنسجة 5،6،7،8،9،10،11. ركزت ?.......

Disclosures

يعلن أصحاب البلاغ عدم وجود تضارب في المصالح.

Acknowledgements

تم دعم H. Piyadasa من قبل زمالة المعاهد الكندية للبحوث الصحية (CIHR) (MFE-176490). تم دعم B. Oberlton من قبل زمالة المؤسسة الوطنية للعلوم (NSF) (2020298220). تم دعم A. Tsai من قبل زمالة مؤسسة دامون رونيون لأبحاث السرطان (DRCRF) (DRG-118-16) ، وقسم علم الأمراض في ستانفورد ، وصندوق Annelies Gramberg ، و NIH 1U54HL165445-01. شكر وتقدير إضافي للدكتور أفيري لام والدكتور دافيدي فرانشينا وماكو غولدستون للمساعدة في اختبار البرنامج وتصحيحه.

....

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
MIBI computerIonpath
MIBIcontrol (software)Ionpath
MIBIscopeIonpathMultiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslideIonpath567001Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/

References

  1. Liu, C. C., et al. Multiplexed Ion Beam Imaging: Insights into Pathobiology. Annu Rev Pathol. 17, 403-423 (2022).
  2. Keren, L., et al. MIBI-TOF: A multiplexed imaging platform relates cellular phenotypes and t....

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

MIBI WYSIWYG SED TSAI

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved