Karo/SED/Array arayüzü kullanılarak çoğullanmış iyon ışını görüntüleme mikroskobu üzerinde doku mikrodizisi ve döşenmiş alan görüntülemesinin hızlı kurulumu

Özet

Çoğullanmış iyon demeti görüntüleme (MIBI) genellikle doku mikrodizilerini ve döşenmiş, bitişik doku alanlarını görüntülemek için kullanılır, ancak bu deneyleri kurmak için mevcut yazılım hantaldır. Döşeme/SED/dizi arayüzü, MIBI çalıştırma kurulumunu önemli ölçüde basitleştirmek ve hızlandırmak için geliştirilmiş sezgisel, etkileşimli bir grafik aracıdır.

Özet

Çoğullanmış iyon demeti görüntüleme (MIBI), histolojik dokularda protein ekspresyonunun 40+ plex görüntüsünü üreten, hücresel fenotiplerin ve histomimari organizasyonun ayrıntılı diseksiyonunu sağlayan yeni nesil kütle spektrometresi tabanlı bir mikroskopi tekniğidir. Kullanıcılar görüntüleme için doku üzerindeki fiziksel konumları seçtiğinde işlemdeki önemli bir darboğaz oluşur. MIBI deneylerinin ölçeği ve karmaşıklığı arttıkça, üretici tarafından sağlanan arayüz ve üçüncü taraf araçlar, büyük doku mikrodizilerini ve döşenmiş doku alanlarını görüntülemek için giderek daha hantal hale geldi. Bu nedenle, web tabanlı, etkileşimli, ne görürsen onu alırsın (WYSIWYG) bir grafik arayüz katmanı - döşeme / SED / dizi Arayüzü (TSAI) - kullanıcıların sürükle ve bırak, tıklama ve sürükleme ve çokgen çizimi gibi tanıdık ve sezgisel fare hareketlerini kullanarak görüntüleme konumlarını ayarlamaları için geliştirilmiştir. Halihazırda modern web tarayıcılarında yerleşik olarak bulunan web standartlarına göre yazılmıştır, harici programların, uzantıların veya derleyicilerin yüklenmesini gerektirmez. Yüzlerce mevcut MIBI kullanıcısının ilgisini çeken bu arayüz, büyük, karmaşık MIBI çalıştırmalarının kurulumunu önemli ölçüde basitleştirir ve hızlandırır.

Giriş

Çoğullanmış iyon ışını görüntüleme (MIBI), histolojik doku kesitlerinde 40+ proteini aynı anda 250 nm çözünürlüğe kadar^{görüntülemek} için kullanılan bir tekniktir ^1,2,3. Histolojik bir doku kesiti, izotopik olarak saf elementel metallerle etiketlenmiş antikorlar kullanılarak boyandıktan sonra, MIBI cihazı, doku üzerindeki tek tek noktalarda tüm izotopları - ve dolayısıyla tüm 40+ antijenlerin ekspresyonunu - aynı anda ölçmek için ikincil iyon kütle spektrometresi gerçekleştirir. Milyonlarca noktadan oluşan ızgaralar boyunca gerçekleştirilen, e....

Protokol

1. TSAI'nin Yüklenmesi

1. MIBI kullanıcı denetim bilgisayarının web tarayıcısında https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai açarak TSAI'yi çalıştırın.
   1. TSAI'nin bu örneği, tüm enstrümanlar için geçerli olmayan özel ön ayarlar içerir. Bunu kullanırken, aşağıda adım 2.6'da oluşturulduğu gibi yalnızca şablon FOV(lar)ından döşemeler oluşturun. TSAI, web tarayıcısında yerel olarak çalışır ve sunucuya hiçbir görüntü, .json veya dosya adı verisi gönderilmez veya sunucuda saklanmaz.
2. Alternatif olarak, TSAI'yi herhangi bir enstrüman için özel ön ayarlarla herhangi bir web sitesinde kurun.<....

Tartışmalar

Çoğullanmış iyon ışını görüntüleme (MIBI), ayrıntılı hücresel fenotipleri ve doku histomimarisini^incelemek için güçlü bir tekniktir 5,6,7,8,9,10,11. MIBI ile ilgili hesaplama çabaları, büyük ölçüde görüntülemeden sonra verilerin.......

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
MIBI computer	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslide	Ionpath	567001	Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/