タイル/SED/アレイインターフェースを用いたマルチプレックスイオンビームイメージング顕微鏡における組織マイクロアレイおよびタイル状領域イメージングの迅速なセットアップ

要約

多重化イオンビームイメージング(MIBI)は、組織マイクロアレイやタイル状の連続した組織領域のイメージングによく使用されますが、これらの実験を設定するための現在のソフトウェアは煩雑です。タイル/SED/アレイ・インターフェースは、MIBIランのセットアップを劇的に簡素化し、加速するために開発された、直感的でインタラクティブなグラフィカル・ツールです。

要約

概要

マルチプレックスイオンビームイメージング(MIBI)は、最大250 nmの分解能^1,2,3で組織組織切片上の40+タンパク質を同時にイメージングする技術です。同位体純度の元素金属でタグ付けされた抗体を用いて組織組織切片を染色した後、MIBI装置は二次イオン質量分析を行い、組織上の個々のスポットにおけるすべての同位体、したがってすべての40+抗原の発現を同時に定量します。何百万ものスポットのグリッドにわたって実行される、結果として得られるタンパク質発現の40+プレックス画像は、空間的文脈1,2,3,4を維持しながら、細胞境界の描写と特定の細胞タイプの同定を可能にします。この手法は、腫瘍に対する免疫応答、感染性病原体によって引き起こされる組織炎症、認知症の神経病理学、および妊娠中の免疫寛容を調べる一環として、約20の施設で数百人のユーザーによって使用されてきました

プロトコル

1. TSAIの積載

1. MIBIユーザー制御コンピューターのWebブラウザで https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai を開いてTSAIを実行します。
   1. このTSAIのインスタンスには、すべてのインストゥルメントに適用されるわけではないカスタムプリセットが含まれています。これを使用する場合は、以下のステップ 2.6 で生成されたテンプレート FOV からのみタイルを構築します。TSAI は Web ブラウザー内でローカルに実行され、画像、.json、またはファイル名のデータはサーバーに送信または保存されません。
2. または、任意のWebサイトでTSAIをセットアップし、任意のインストゥルメントのカスタムプリセットを使用します。
   1. https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai に移動し、mibi_tsai_standaloneディレクトリをダウンロードします。または、Supplementary Coding File 1 .zip ファイルをダウンロードし、その内容を mibi_tsai_standalone というタイトルのディレクトリに解凍します。
   2. 任意のテキストエディタでmibi_tsai_standalone/_r....

結果

TSAI には、FOV を設定するための 2 つの方法が用意されています (図 2)。1つは光学画像(図2、TSAI、左枝)のみを使用し、他の既存の方法と同様に使用します。2 つ目の方法であるタイル化された SED イメージの生成は、TSAI に固有のものです (図 2、TSAI、右の分岐)。TSAIはこの画像にFOVを正確に描画するた?.......

ディスカッション

マルチプレックスイオンビームイメージング(MIBI)は、詳細な細胞表現型と組織組織構造を解剖するための強力な技術です5,6,7,8,9,10,11。MIBIに関する計算作業は、主にイメージング後のデータの?.......

資料

Name	Company	Catalog Number	Comments
MIBI computer	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslide	Ionpath	567001	Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/