Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) часто используется для визуализации тканевых микрочипов и мозаичных, смежных областей тканей, но нынешнее программное обеспечение для постановки этих экспериментов является громоздким. Интерфейс tile/SED/array — это интуитивно понятный интерактивный графический инструмент, разработанный для значительного упрощения и ускорения настройки MIBI.

Аннотация

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) — это метод микроскопии нового поколения, основанный на масс-спектрометрии, который генерирует 40+ плексных изображений экспрессии белка в гистологических тканях, что позволяет детально препарировать клеточные фенотипы и гистоархитектурную организацию. Ключевым узким местом в работе является, когда пользователи выбирают физические места на ткани для визуализации. По мере увеличения масштаба и сложности экспериментов MIBI интерфейс, предоставляемый производителем, и инструменты сторонних производителей становятся все более громоздкими для визуализации больших тканевых микрочипов и мозаичных участков тканей. Таким образом, был разработан интерактивный веб-слой интерактивного графического интерфейса «что видишь, то и получаешь» (WYSIWYG) — интерфейс тайлов/SED/массива (TSAI) — для того, чтобы пользователи могли задавать местоположения изображений с помощью знакомых и интуитивно понятных жестов мыши, таких как перетаскивание, перетаскивание и рисование полигонов. Написанный в соответствии с веб-стандартами, уже встроенными в современные веб-браузеры, он не требует установки внешних программ, расширений или компиляторов. Этот интерфейс, представляющий интерес для сотен нынешних пользователей MIBI, значительно упрощает и ускоряет настройку больших и сложных прогонов MIBI.

Введение

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) — это метод одновременной визуализации 40+ белков на срезах гистологических тканей с разрешением до 250 нм 1,2,3. После окрашивания участка гистологической ткани антителами, меченными изотопно чистыми элементарными металлами, прибор MIBI выполняет масс-спектрометрию вторичных ионов для одновременного количественного определения всех изотопов и, следовательно, экспрессии всех 40+ антигенов в отдельных точках ткани. Полученные 40+ изображений экспрессии белка, выполненные по сетке из миллионов то....

протокол

1. Загрузка ЦАИ

  1. Запустите TSAI, открыв https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai в веб-браузере компьютера управления пользователя MIBI.
    1. Этот экземпляр TSAI содержит пользовательские пресеты, которые не применяются ко всем инструментам. При его использовании стройте тайлы только из шаблона FOV, как показано ниже в шаге 2.6. TSAI выполняется локально в веб-браузере, и никакие данные об изображениях, .json или именах файлов не отправляются на сервер и не хранятся на нем.
  2. Как вариант, вы можете настроить TSAI на любом веб-сайте с пользовательскими пресетами для любого инструмента....

Результаты

TSAI предоставляет два метода настройки FOV (рисунок 2). Используется только оптическое изображение (рис. 2, ЦАИ, левая ветвь), как и в других существующих методах. Второй метод - создание мозаичного образа SED - уникален для TSAI (Рисун.......

Обсуждение

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) является мощным методом для анализа детальных клеточных фенотипов и гистоархитектуры тканей 5,6,7,8,9,10,11.

Раскрытие информации

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Благодарности

H. Piyadasa была поддержана стипендией Канадского института исследований в области здравоохранения (CIHR) (MFE-176490). Б. Оберлтон был поддержан стипендией Национального научного фонда (NSF) (2020298220). А. Цай был поддержан стипендией Фонда исследования рака Деймона Раньона (DRCRF) (DRG-118-16), Стэнфордским отделением патологии, Фондом Аннелиз Граммберг и NIH 1U54HL165445-01. Выражаем благодарность доктору Эйвери Ламу, доктору Давиде Франчине и Мако Голдстону за помощь в тестировании и отладке программы.

....

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
MIBI computerIonpath
MIBIcontrol (software)Ionpath
MIBIscopeIonpathMultiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslideIonpath567001Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/

Ссылки

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

MIBIWYSIWYGSED TSAI

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Исследования

Образование

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены