Быстрая настройка тканевых микрочипов и визуализации мозаичных областей на мультиплексном ионно-лучевом микроскопе с использованием интерфейса Tile/SED/Array

Резюме

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) часто используется для визуализации тканевых микрочипов и мозаичных, смежных областей тканей, но нынешнее программное обеспечение для постановки этих экспериментов является громоздким. Интерфейс tile/SED/array — это интуитивно понятный интерактивный графический инструмент, разработанный для значительного упрощения и ускорения настройки MIBI.

Аннотация

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) — это метод микроскопии нового поколения, основанный на масс-спектрометрии, который генерирует 40+ плексных изображений экспрессии белка в гистологических тканях, что позволяет детально препарировать клеточные фенотипы и гистоархитектурную организацию. Ключевым узким местом в работе является, когда пользователи выбирают физические места на ткани для визуализации. По мере увеличения масштаба и сложности экспериментов MIBI интерфейс, предоставляемый производителем, и инструменты сторонних производителей становятся все более громоздкими для визуализации больших тканевых микрочипов и мозаичных участков тканей. Таким образом, был разработан интерактивный веб-слой интерактивного графического интерфейса «что видишь, то и получаешь» (WYSIWYG) — интерфейс тайлов/SED/массива (TSAI) — для того, чтобы пользователи могли задавать местоположения изображений с помощью знакомых и интуитивно понятных жестов мыши, таких как перетаскивание, перетаскивание и рисование полигонов. Написанный в соответствии с веб-стандартами, уже встроенными в современные веб-браузеры, он не требует установки внешних программ, расширений или компиляторов. Этот интерфейс, представляющий интерес для сотен нынешних пользователей MIBI, значительно упрощает и ускоряет настройку больших и сложных прогонов MIBI.

Введение

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) — это метод одновременной визуализации 40+ белков на срезах гистологических тканей с разрешением до 250 нм ^1,2,3. После окрашивания участка гистологической ткани антителами, меченными изотопно чистыми элементарными металлами, прибор MIBI выполняет масс-спектрометрию вторичных ионов для одновременного количественного определения всех изотопов и, следовательно, экспрессии всех 40+ антигенов в отдельных точках ткани. Полученные 40+ изображений экспрессии белка, выполненные по сетке из миллионов то....

протокол

1. Загрузка ЦАИ

1. Запустите TSAI, открыв https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai в веб-браузере компьютера управления пользователя MIBI.
   1. Этот экземпляр TSAI содержит пользовательские пресеты, которые не применяются ко всем инструментам. При его использовании стройте тайлы только из шаблона FOV, как показано ниже в шаге 2.6. TSAI выполняется локально в веб-браузере, и никакие данные об изображениях, .json или именах файлов не отправляются на сервер и не хранятся на нем.
2. Как вариант, вы можете настроить TSAI на любом веб-сайте с пользовательскими пресетами для любого инструмента....

Результаты

TSAI предоставляет два метода настройки FOV (рисунок 2). Используется только оптическое изображение (рис. 2, ЦАИ, левая ветвь), как и в других существующих методах. Второй метод - создание мозаичного образа SED - уникален для TSAI (Рисун.......

Обсуждение

Мультиплексная ионно-лучевая визуализация (MIBI) является мощным методом для анализа детальных клеточных фенотипов и гистоархитектуры тканей 5,6,7,8,9,10,11.

Материалы

Name	Company	Catalog Number	Comments
MIBI computer	Ionpath
MIBIcontrol (software)	Ionpath
MIBIscope	Ionpath		Multiplexed Ion Beam Imaging (MIBI) microscope
MIBIslide	Ionpath	567001	Conductive slide for MIBI
Tile/SED/Array Interface (TSAI) (software)		https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/